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基于GGE双标图分析紫花苜蓿根瘤菌的抗盐性



全 文 :收稿日期:2012-05-08;修回日期:2012-07-25
基金项目:农业科技成果转化资金项目(2011GB2B200005);黑
龙江省农业科技创新工程种子创新基金项目(2010-10);国家国际科
技合作项目(2011DFR30840-11)
作者简介:朱瑞芬(1982- ),女,甘肃省礼县人,助理研究员,硕
士,2009年毕业于甘肃农业大学,主要从事豆科牧草根瘤菌方面的
研究,发表论文10篇,Email:zhuruifen1983@yahoo.com.cn.
文章编号:1673-5021(2012)06-0026-06
基于GGE双标图分析紫花苜蓿根瘤菌的抗盐性
朱瑞芬,唐凤兰,刘杰淋,刘凤岐,陈积山
(黑龙江省农科院草业研究所,黑龙江 哈尔滨 150086)
  摘要:为准确评价紫花苜蓿根瘤菌的抗盐性,采用GGE双标图对来自兰西地区、哈尔滨地区的6个紫花苜蓿根
瘤菌(Rhizobium)菌株分别进行耐盐性、耐酸碱及其泌酸碱能力的评价研究,结果表明:哈尔滨地区紫花苜蓿根瘤菌
株 Hmx-c耐盐性极强,在10%NaCl培养基上生长正常;兰西地区紫花苜蓿根瘤菌株Lmx-a和哈尔滨地区紫花苜蓿
根瘤菌株 Hmx-b耐酸性最强,能在pH4.0的培养基上正常生长;耐碱性最强的是兰西地区菌株 Hmx-c,可以在
pH12.0的培养基上正常生长。进一步试验表明,菌株 Hmx-a既能抗pH 4.0的酸逆境,又能抗pH11.0的碱逆境。
同时,菌株耐碱性的强弱与其泌酸能力相关。GGE双标图为研究紫花苜蓿根瘤菌的抗逆性提供了更为直观有效的
分析手段。
关键词:GGE双标图;根瘤菌;耐盐性;耐酸碱性;泌酸碱能力
中图分类号:S154.3   文献标识码:A
  豆科植物与根瘤菌共生固氮作用一直是生物固
氮研究的焦点[1]。生物固氮是固氮微生物通过固氮
酶将分子氮催化形成氨的过程。自然界中的生物固
氮主要有自生固氮和共生固氮两种形式,在现代农
业中具有提高作物产量、培肥土壤、维持生态系统平
衡的作用。要增加生物固氮的数量,就要有效利用
现有的固氮资源和寻找新的固氮资源。自生固氮指
微生物独立进行固氮;共生固氮指微生物在自然条
件下必须与另一种生物配合才能固氮。共生固氮是
生物固氮领域中研究的热点,而豆科植物与根瘤菌
是共生固氮中作用最强的体系。
近几十年来,随着人们对生物固氮的关注,根瘤
菌肥在农业上的应用越来越广泛,但促生效果参差
不齐。分析原因主要是菌肥中的根瘤菌抗逆性不
强,接种到土壤中后存活率不高,并且大量适应力强
的土著根瘤菌与接种根瘤菌互相竞争,接种根瘤菌
多数情况处于弱势,而土著根瘤菌结瘤固氮能力较
差[2]。因此,筛选菌株时要求综合考虑寄主和环境
条件相互关系,选择适应特定寄主和特定环境的特
异菌株或适应多寄主和多种环境条件的广谱菌株。
我国根瘤菌的研究起步较晚,始于1950年[3],
以引进国外根瘤菌剂应用为主。1980年开始立项
进行大规模豆科植物根瘤菌筛选与利用研究。不同
地区、种属间根瘤菌菌株抗逆能力差异性较大,筛选
评价优良紫花苜蓿根瘤菌及其菌剂开发意义重大。
黑龙江省地域特征明显,筛选出适合本省寒地生态
环境定植、抗逆性强、结瘤率高并与主栽品种相匹配
的优良根瘤菌,建立高效且适应性强的苜蓿-根瘤
菌共生固氮体系,在人工草地建植中推广应用苜蓿
根瘤菌菌剂及菌肥系列产品,对我国北方草业发展、
及农业环境生态工程建设具有重要意义。
基因型和基因与环境互作合称为“GGE”。
GGE双标图法是一种新的多因素互作的分析方法,
以图解的方式分析基因型、基因与环境的互作关系,
相对于其他分析方法(或模型)能提供更多信息。
GGE双标图法作为一个能有效揭示因素互作的优
异方法,以图谱的形式显示二维矩阵。它将原始数
据进行矩阵处理,使数据只含处理主效应(基因型,
G)和处理与环境互作效应 GE,对 GGE(基因型和
基因与环境互作效应)作单值分解,并以第一和第
二主成分为坐标轴,将其放到二维图上即可形成
GGE双标图。基于此理,目前GGE双标图方法广
泛应用于基因环境互作、QTL互作、寄主-病原菌
关系、肥料互作、双列杂交等基因芯片等领域的两向
数据研究。
本文利用基因环境互作数据处理方法,对两个
不同种植区紫花苜蓿根系分离获得的28株根瘤菌
—62—
第34卷 第6期
Vol.34 No.6
         
中 国 草 地 学 报
Chinese Journal of Grassland
         
2012年11月
Nov.2012
株,进行耐盐、耐酸、耐碱及其酸碱分泌能力指标的
研究,以期筛选出优良的抗逆性菌株,旨在为高纬度
寒冷地区建植紫花苜蓿人工草地以及盐碱地改良提
供优良菌株资源,为充分发掘优异根瘤菌株在提高
苜蓿产量方面的优势提供理论参考和分析手段。
1 材料与方法
1.1 试验材料
1.1.1 供试菌株
供试菌株信息见表1。
表1 菌株编号及来源地
Table 1 The source and code of tested strains
菌株编号
Code
菌株来源
Source
位置
Site
土壤类型
Soil type
Lmx-a
Lmx-b
Lmx-c
Hmx-a
Hmx-b
Hmx-c
兰西地区
兰西地区
兰西地区
哈尔滨地区
哈尔滨地区
哈尔滨地区
E126°16′N46°15′
E126°16′N46°15′
E126°16′N46°15′
E125°42′N44°04′
E125°42′N44°04′
E125°42′N44°04′
盐碱土
盐碱土
盐碱土
黑土
黑土
黑土
1.1.2 基础培养基
酵母-甘露醇(YMA)培养基[4],配方为:甘露
醇10.0g/L,氯化钠0.1g/L,七水合硫酸镁0.2g/L,酵
母粉1.0g/L,磷酸氢二钾0.5g/L,蒸馏水1000ml/L,
pH值7.0~7.2,固体培养基则每升加15g琼脂。
将待测菌株接种至液体 YMA培养基上,28℃生长
48±6h,用灭菌水将各菌株悬浮液调节至相同
OD600值。
1.2 试验设计与方法
1.2.1 菌株耐盐特性测定
NaCl浓度配制:C1(0.8%)、C2(1.2%)、C3
(2.4%)、C4(3%)、C5(8.5%)、C6(9.0%)、C7
(10.0%)YMA培养液,取1.1.2获得的菌液1ml
接至以上NaCl浓度的灭菌YMA培养液中,28℃摇
床(120r/min转速)培养80±6h,以分光光度计测菌
液OD600值,测试供试菌株在不同NaCl浓度下生长
情况。CK为基础培养基,每处理3个重复[5]。
1.2.2 菌株耐酸碱特性测定
用盐酸和氢氧化钠调节培养基pH 值,制成
PH依次为3.0、4.0、5.0、6.0、8.0、9.0、10.0、11.0、
12.0的培养液。供试菌株接种、培养、测试方法同
1.2.1。
1.2.3 菌株泌酸碱特性测定
5ml 0.5%溴麝香草酚兰溶液加入到1000ml液
体YMA培养基中,氢氧化钠溶液调节培养基呈草
绿色,pH为7.0。供试菌株接种方法同1.2.1。接
种后培养液在28℃摇床上培养3~7d观察结果。
菌液若有泌酸能力,培养基逐渐呈黄色[6],泌酸能力
越强,黄色越深。菌液pH值测定用酸度计。
1.3 分析方法
在菌株基因型评价的同时考虑菌株总体效应
(G)和菌株×环境互作效应(GE)。首先,对品种区
域试验数据进行标准化,再经过主成分(Principal
components,PC)PC1和PC2的单值分解(Singu-
lar value decomposition,SVD)及主成分 PC1 和
PC2上的特征向量,形成 GGE双标图。GGE双标
图采用平均环境坐标法(Average environment co-
ordinate,AEC)使其更简洁全面地显示两向数据
表中的信息结果。即过原点构成 AEC 的横轴
AEA(Average-environment axis),通过原点垂直
于 AEA的直线就是 AEC的纵轴。GGE双标图给
出菌株和环境图标直观地进行菌株某一性状和稳定
性的结合分析的同时,还能利用 AEC作图确定出
一个理想菌株(或环境)的位置。在所有含不同盐浓
度的YMA培养环境中,通过GGE坐标图可以定义
AEA正向一侧的最长基因型向量的长度(平均值最
高)即理想菌株,所谓“理想菌株”事实上并不一定存
在,但可以根据与理想菌株的接近程度对供试菌株
优劣进行排序。靠近同心圆中心越近,则表示该菌
株越理想,反之亦然。
在本试验中,菌株效应 G、环境效应 E和菌株
与环境互作效应GE,分别占到产量变异的3.17%,
92.75% 和4.08% 。在一般的试验中,尽管环境效
应E占的比例都很大,但它却与菌株评价没有关
系,与菌株评价有关的只是菌株效应 G和菌株与环
境互作效应 GE,因此 GGE双标图分析中去掉了环
境效应E,只剩下菌株效应 G和菌株与环境互作效
应 GE,并且合并起来分析,简称GGE。
1.4 数据处理
试验数据采用用 Excel和 SPSS 统计软件、
GGE双标图软件处理。
2 结果与分析
2.1 紫花苜蓿根瘤菌株耐盐性
紫花苜蓿根瘤菌耐盐性在 0.8%、1.2%、
2.4%、3.0%、8.5%、9.0%、10.0%的YMA培养液
培养下,各个菌株在不同 NaCl浓度培养基上生长
差异明显,其中菌株 Hmx-c在含10% NaCl基础培
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朱瑞芬 唐凤兰 刘杰淋 刘凤岐 陈积山   基于GGE双标图分析紫花苜蓿根瘤菌的抗盐性
养基上生长,耐盐能力较强,占分离根瘤菌总数的
17.9%;菌株Lmx-a、Lmx-c在2.4%NaCl的YMA
培养基上不生长或生长量缓慢,占分离根瘤菌总数
的33.3%;但多数菌株适宜于0.8%~3.0%浓度生
长。
在图1中,双标图主成分PC1(81.7%)和PC2
(16.3%)集中了 G+GE 的大部分变异信息
(98%),据此分析推断具有较大的可靠性。图1中
6株菌株加7个不同NaCl含量的培养环境共计13
个点就包含了试验结果的主要信息。在 GGE双标
图分析中,由于 AEA代表了菌株的平均耐盐性状
值,在 AEA的投影,箭头所示方向为正,即各个菌
株在 AEA 轴上的投影点越靠右,其耐盐性越大。
在 AEC纵轴右边的菌株,其耐盐性状值大于平均
值,而在 AEC纵轴左边的菌株,其耐盐性状值小于
平均值,其耐盐性顺序为 Hmx-c> Hmx-b ≥
Lmx-b> Hmx-a>Lmx-c>Lmx-a。AEC纵轴代
表了菌株的稳定性,AEC横轴上垂线的长短显示
菌株稳定性的大小,此值越接近于0,稳定性越好。
从图1可以看出,菌株 Hmx-a稳定性最好。综合
比较,耐盐性和稳定性较好的为菌株 Hmx-c。
图1 基于 GGE-biplot分析比较参试菌
株耐盐表现及其稳定性
Fig.1Comparisons of tested strains for salt
stress tolerance and its stability based
on GGE-biplot analysis
  根据与理想菌株的接近程度,可直观地对供试
菌株优劣进行排序。越靠近同心圆中心,则表示该
菌株越理想。从图2可见,Hmx-c靠近最小同心
圆,说明其是耐盐、稳定的菌株;而 Lmx-a、Lmx-c
菌株距离同心圆最远,是耐盐性、稳定性最差的菌株。
图2 基于GGE-biplot分析比较参试菌
株与理想菌株
Fig.2 Comparisons of tested strains with
the ideal cultivar for salt stress tolerance based
on GGE-biplot analysis
2.2 紫花苜蓿根瘤菌株耐酸、耐碱性
用 HCl和NaOH调节培养液pH 值进行菌株
的耐酸、耐碱性试验表明(图3),双标图主成份分别
集中了92.7%、93.1%的变异信息,据此分析推断
6株菌株在4个不同pH 的培养环境中耐酸、耐碱
性具有较大的可靠性。在酸逆境下,各菌株均可在
pH 5.0的培养基上生长,其中菌株Lmx-a、Hmx-a
能在pH 4.0的培养基上生长,说明其耐酸能力很
强。双标图表明,在 AEC纵轴右边的菌株,其耐酸
性状值大于平均值,而在 AEC纵轴左边的菌株,其
耐酸性状值小于平均值,其耐酸性顺序为 Lmx-a>
Hmx-b> Hmx-a>Lmx-b>Lmx-c>Hmx-c。菌
株的稳定性顺序为 Hmx-c>Lmx-a> Lmx-c>
Hmx-a=Lmx-b>Hmx-b。综合比较,耐酸性和稳
定性较好的为菌株Lmx-a。在碱逆境下,各菌株均
可在pH 10.0的碱性培养基上生长,其中菌株Hmx-c、
Hmx-a可在pH 11.0的培养基上生长,表明其耐碱
性较强;其耐碱性顺序为Hmx-c>Hmx-a>Lmx-c
>Lmx-b>Lmx-a> Hmx-b。菌株的稳定性顺序
为Lmx-a= Lmx-c>Hmx-a>Hmx-c>Lmx-b
>Hmx-b。综合分析,Hmx-a既可在pH 4.0的酸
性培养基上生长,又能在pH 11.0的碱性培养基上
生长,并且稳定性较好。
同样,双图标以理想菌株为圆心做多层同心圆,
对供试菌株在耐酸、耐碱的优劣进行排序。越靠近
同心圆中心,则表示该菌株在耐酸、耐碱越理想,
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中国草地学报 2012年 第34卷 第6期
反之亦然。由图4可见,Lmx-a、Hmx-c靠近最小 同心圆,说明其分别是耐酸、耐碱的最优菌株。
A:耐酸性;B:耐碱性
A:Acid stress tolerance;B:Alkali stress tolerance
图3 基于 GGE-biplot分析比较参试菌株耐酸、耐碱表现及其稳定性
Fig.3 Comparisons of tested strains for acid and alkali tolerance and its stability based on GGE-biplot analysis
左右图圆心分别表示耐酸耐碱理想菌株
The centers of the circles in the left and right fig mean ideal strain with acid and alkali tolerance respectively
图4 基于GGE-biplot分析比较参试菌株与理想耐酸、耐碱菌株
Fig.4 Comparisons of tested strains with the ideal cultivar for acid and alkali tolerance based on GGE-biplot analysis
2.3 紫花苜蓿根瘤菌泌酸能力测定
供试各菌株泌酸能力差异显著(P<0.05)(表
2),菌株Lmx-a具有最强泌酸能力(pH=3.53),与
其他5个菌株具有极显著差异(P<0.01)。Lmx-b
具有较强泌酸能力(pH=4.11),与其他菌株具有显
著差异 (P<0.05)。分析发现,泌酸能力较强的菌
株大多具有较强的抗碱能力,泌酸能力最强的菌株
Lmx-a,其耐碱性也是所有供试菌株中最强的。根
瘤菌未分泌酸的培养基呈草绿色(pH7.0);根瘤菌
分泌酸后的菌液的黄色随pH降低逐渐加深。接种
菌株的培养基最后均变黄,因此可以断定6个根瘤
菌株均有泌酸能力。
3 讨论
GGE双标图广泛适用于所有二向数据资料的
分析[7~8],表现出极大的直观、便利性。通过研究发
现6株根瘤菌菌株都是通过逐层遴选的优良菌株。
分析可见,耐盐性和稳定性较好的为菌株 Hmx-c,
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朱瑞芬 唐凤兰 刘杰淋 刘凤岐 陈积山   基于GGE双标图分析紫花苜蓿根瘤菌的抗盐性
表2 紫花苜蓿根瘤菌分泌酸能力
Table 2 The ability of acid and alkali secreting of
alfalfa Rhizobium
菌株
Trains
pH均值
Average pH
Lmx-a  3.53aA
Lmx-b  4.11bB
Lmx-c  4.39cdC
Hmx-a  4.53dC
Hmx-b  4.57dC
Hmx-c  5.18eD
  注:小写字母表示5%水平上差异显著,大写字母表示1%水平
差异显著。
Note:The different smal and capital letters mean significant
difference at 0.05and 0.01level,respectively.
耐酸性和稳定性较好的为菌株Lmx-a,试验未发现
综合抗逆都达到最好的菌株。但调查发现各类型区
都有特殊适应性的优异菌株,所以菌株筛选不必苛
求其有全面优异的特性,科研工作者在筛选和生产
中更应重视在某一生境下具有的特殊适应性菌株的
选择与利用。
Abdel等[9]的研究表明,根瘤菌数量在高盐度
(NaCl)胁迫下受到较大影响,较低水平的盐胁迫对
根瘤菌数量影响不大,但豆血红蛋白含量、固氮酶活
性以及类菌体中蛋白质含量会有一定影响。盐分胁
迫对固氮的影响,可能同其影响根瘤内氧气的扩散
调节和离子分布有关[10]。康金花等[11]报道,新疆苜
蓿菌株R346能耐10%浓度的NaCl,本试验发现有
4株供试菌株在10%浓度 NaCl下可以正常生长。
但该研究结果与其他地区和其他种属植物根瘤菌菌
株在盐分胁迫下的表现有较大差异[12~15],具体原因
还需做进一步研究才能确定。师尚礼等[5]报道,菌
株DA42、GL21、WA32在pH=4.0与pH=12.0
的条件下均可正常生长,其他地区与种属较少见根
瘤菌具有极端抗逆性的报道。本试验发现部分菌株
在耐酸碱性上有较大优势,其中1株菌株(菌株
Hmx-a)在pH=4.0和pH=11.0的条件下都能生
长正常,初步推断认为,对环境的长期适应使该地区
紫花苜蓿根瘤菌具有极强的抗逆性。对于具有“双
高”抗逆性的菌株的生理生化及抗逆性机理需进一步
的研究。
对被试紫花苜蓿根瘤菌泌酸能力的测定及其与
耐碱能力的综合分析表明,紫花苜蓿根瘤菌的耐碱
能力与其泌酸能力具有一定相关性,这一结果与杨
江科等报道[16]的大豆根瘤菌的结论一致,但紫花苜
蓿根瘤菌耐酸碱能力与其酸碱分泌能力具体存在何
种相关性还需做进一步研究。
4 结论
借助 GGE双标图研究紫花苜蓿根瘤菌菌株在
不同逆境下的抗逆性和稳定性。6株紫花苜蓿根瘤
菌表现出不同的耐盐性,最高耐盐量达10%,占所
供试菌株的14.3%。哈尔滨地区紫花苜蓿根瘤菌
耐盐能力较兰西地区强。寒地紫花苜蓿根瘤菌具有
较好的逆境耐受能力,既具有较好抗酸性或抗碱性
单一功能的菌株,又具有耐酸碱综合能力突出的菌
株。菌株 Hmx-a既能耐pH值4.0的盐酸,又能耐
pH值11.0的 NaOH。对6个紫花苜蓿根瘤菌株
耐酸碱、耐碱和泌酸能力的测定发现,菌株Lmx-a
综合抗逆能力最好。
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Research on Salt Resistance of Alfalfa Rhizobium
Based on GGE-Biplot Analysis
ZHU Rui-fen,TANG Feng-lan,LIU Jie-lin,LIU Feng-qi,CHEN Ji-shan
(Institute of Pratacultural Science,Heilongjiang Academy of Agricultural
Science,Harbin150086,China)
Abstract:Six rhizobia strains were isolated from alfalfa Rhizobiumin Lanxi and Harbin,the salt-re-
sistance,acid-alkali resistance and acid-alkali secreting ability of each strain were studied.The results
showed that the salt-resistant ability of strain Hmx-c in Harbin was the strongest,and can regularly grew
in 10% NaCl medium;the acid-resistant ability of strain Lmx-a in Lanxi and strain Hmx-b in Harbin was
the strongest,and can regularly grew in medium with pH value of 4.0;the alkali-resistant ability of strain
Hmx-c in Lanxi was the strongest,and can regularly grew in medium with pH value of 12.0.A further
experiment indicated that strain Hmx-a can resist both acid stress with pH value of 4.0and alkali stress
with pH value of 11.0.Meanwhile,the ability of alkali resistance was related to the ability of acid secre-
ting.
Key words:GGE-biplot;Rhizobia;Saline tolerance;Acid resistance and alkali tolerance;Ability of
secreting acid and alkali
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朱瑞芬 唐凤兰 刘杰淋 刘凤岐 陈积山   基于GGE双标图分析紫花苜蓿根瘤菌的抗盐性