全 文 :·生物技术· 北方园艺2014(20):90~95
第一作者简介:任伟(1984-),男,博士研究生,助理研究员,现主要
从事牧草逆境生理与分子生物学领域等研究工作。E-mail:
wren84@163.com.
责任作者:徐安凯(1959-),男,博士,研究员,现主要从事牧草遗传
育种与恢复生态学领域等研究工作。E-mail:xuankai0167@
163.com.
基金项目:现代农业产业技术体系建设专项资金资助项目(cars-
35-02)。
收稿日期:2014-05-27
朝鲜碱茅过氧化氢酶基因(PuCAT)的克隆及表达分析
任 伟1,2,徐 博3,耿 慧1,王 志 锋1,徐 安 凯1
(1.吉林省农业科学院 畜牧科学分院,吉林 公主岭136100;2.中国科学院 水土保持与生态环境研究中心,陕西 杨凌712100;
3.吉林农业大学,吉林 长春130000)
摘 要:以朝鲜碱茅(Puccinelia chinampoensis)茎叶组织提取的RNA为模板,根据已报道的
CAT 基因同源序列设计引物,通过RT-PCR法扩增出1个CAT 基因的cDNA序列并与其它植物
CAT 基因进行同源性比对。结果表明:该基因全长1 487bp,是一个完整开放阅读框,编码含492
个氨基酸的蛋白,Genebank登陆号为:HM230827,命名PuCAT;朝鲜碱茅CAT 基因的核苷酸和
氨基酸序列与大麦、小麦的同源性最高;并对其信号肽、疏水性、跨膜结构、二级结构和主要功能
域做了预测。半定量RT-PCR结果表明,PuCAT 基因在4种胁迫处理条件下,有着不同的表达
规律,总体而言,在朝鲜碱茅的根部和叶片均可以表达,但是在叶片中的表达量要高于在根中的
表达。
关键词:朝鲜碱茅;过氧化氢酶;基因克隆
中图分类号:Q 785 文献标识码:A 文章编号:1001-0009(2014)20-0090-06
过氧化氢酶(Catalase,CAT)是Locw于1901年首
先在烟草中发现的一种能够催化双氧水分解的酶,并将
其命名为catalase,它广泛存在于动植物体内,主要分布
于过氧化物酶体、乙醛酸循环体及细胞质中,少数分布
在线粒体内。按照不同理化特性,可以将其划分为典型
性、非典型性和CAT-过氧化物体3种类型[1]。其作用
是在细胞组织受到伤害之前,清除光呼吸、线粒体电子
传递及脂肪酸氧化等过程中产生的H2O2[2]。植物体中
H2O2有双重作用:一方面,适量的H2O2 作为一种小分
子物质,是复杂信号转导网络中普遍存在的一种信号激
发因子,通过诱导一系列防御机制来保护植物细胞免受
环境胁迫;另一方面,过量的H2O2 则导致氧化损伤,产
生大量氧化能力极强的羟自由基和单线态氧,直接引发
膜脂过氧化而对细胞造成巨大的伤害[3],还可以抑制卡
尔文循环的关键酶,对整个植物体造成伤害。而过氧化
氢酶可以调节控制细胞内H2O2 的氧还平衡,进而保证
植物体正常的生长发育。此外,它在增强植物的抗逆能
力[4]、提高光合效率[5]、增强防御能力[6]、延缓衰老[7]和
诱导细胞全能性[8]等方面也起着非常重要的作用。
正因为过氧化氢酶对生物体如此重要,所以植物在
进化过程中形成多种同工酶,其中拟南芥(Arabidopsis
thaliana)、小麦(Triticum aestivum)、冬枣(Ziziphus ju-
juba)、豌豆(Pisum sativum Linn)、棉花(Gossypium
spp)、玉米(Zea mays)、水稻(Oryza sativa Japonica)、大
麦(Hordeum vulgare)、毛果杨(Populus trichocarpa)、高
粱(Sorghum bicolor)、西兰花(Brassica oleracea)、甘蔗
(Saccharum)、盐地碱蓬(Suaeda salsa)、银杏(Ginkgo
biloba)等多种植物的过氧化氢酶同工酶基因均已被克
隆[9-15]。但是有关碱茅CAT 基因的研究尚鲜见报道,而
碱茅作为一种重要的盐生种质资源,具有一般农作物不
可比拟的抗盐碱能力,被誉为盐碱地的先锋植物。前期
的生理试验表明,盐碱胁迫下,碱茅体内过氧化氢酶的
含量显著增加(另文发表),因此,为了进一步探究CAT
基因在碱茅抗盐碱机制中的作用机理,现以朝鲜碱茅
(Puccinelia chinampoensis)为试材,分离克隆了碱茅的
CAT 基因,命名为PuCAT,并研究了不同逆境胁迫处理
下,其在碱茅根部和叶片中的表达规律。
1 材料与方法
1.1 试验材料
供试植物材料朝鲜碱茅采自吉林省农业科学院草
地所牧草育种试验田。
TRNzol试剂、PCR-Mix和大肠杆菌DH5α菌株由
北京天根生化公司提供,PMD18-T载体和DNA连接酶
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北方园艺2014(20):90~95 ·生物技术·
由TakaRa公司提供,cDNA第一链合成试剂盒、琼脂糖
凝胶回收试剂盒由Fermentas公司提供,其余均为国产
分析纯试剂。
1.2 试验方法
1.2.1 试验设计 将种子用蒸馏水清洗消毒后,置于一
次性无菌培养皿中,放入人工气候箱,15℃恒温暗培养。
1周后,将幼苗移栽至沙培介质中,每盆6株,于20℃/
15℃(昼/夜)温室中正常生长,待其株高长至约10cm
时,用1.5%NaCl溶液预处理,备用。该试验设计了4
种不同的逆境胁迫处理:碱胁迫(1.5% Na2CO3)、盐胁
迫(1.5%NaCl)、干旱胁迫(20%PEG)和盐碱复合胁迫
(1.5%NaCl+1.5% Na2CO3)。分别于处理的0、3、6、
12、24、48h剪取朝鲜碱茅地上部叶片和地下须根,液氮
保存,以备提取RNA之用。
1.2.2 总RNA的提取和cDNA的合成 参照北京天
根生化公司的TRNzol试剂说明书逐步提取朝鲜碱茅叶
片的总RNA,采用1.0%甲醛变性凝胶电检测其质量和
浓度。以总RNA为模板,根据试剂盒的操作程序逆转
录合成cDNA第一链。
1.2.3 CAT基因的克隆及测序 通过NCBI检索,根
据已发表的CAT 基因编码区序列设计1对简并引物P1
(5-GCCATGGATCCCTACAAGCACCGG -3)和P2(5-
CCATCCTACATGTTCGGCTTCA-3),由上海生工生物
工程技术服务有限公司合成。以反转录合成的cDNA
单链为模板,进行PCR扩增,反应体系为:DNA template
1μL,P1 1μL,P2 1μL,ddH2O 10μL,PCR-Mix 12μL;
退火温度56℃,30个循环。经琼脂糖凝胶电泳,回收目
的片段,与pMD18-T Vector连接过夜,转化感受态大肠
杆菌DH5α,挑取阳性克隆,负对照以蒸馏水为DNA模
板进行PCR反应,测序。
1.2.4 序列分析 由NCBI的BLAST程序进行核苷酸
序列同源性比对。使用DNAMAN软件完成氨基酸的
多重序列比较,等电点,分子量的预测以及进化树的构
建。分别使用 Protscale、TMHMM、HNN、SignalP和
Smart程序来预测蛋白质疏水性、跨膜结构、二级结构、
信号肽以及蛋白质保守结构域(domains)。
1.2.5 朝鲜碱茅PuCAT 基因在不同胁迫处理下的组
织表达分析 以Actin基因为内标(Genebank登录号:
FJ545641),采用半定量RT-PCR的方法分析PuCAT 基
因在朝鲜碱茅叶片或根部的表达情况。根据测序后的
全长序列设计5′端引物(5-ACTTTGACCCGCTCGAT-
GTC-3)和3′端引物(5-CCATCCTACATGTTCGGCT-
TCA-3)。提取4种处理条件下总RNA,以反转录合成
的cDNA单链为模板进行PCR扩增,反应条件为退火
温度57℃,25个循环。
2 结果与分析
2.1 朝鲜碱茅PuCAT 基因全长的克隆
通过RT-PCR反应,获得1 500bp左右的条带(图
1、2)。将此条带进行回收,连接转化并测序,结果表明,
获得的PuCAT 基因全长1 487bp,是一个完整的开放
阅读框(ORF),包括起始密码子(ATG)和终止密码子
(TAG),编码492个氨基酸的多肽,蛋白质分子量为
56.67kDa,等电点为6.9,并登陆Genebank获得编号
HM230827。将其核酸序列用NCBI的BLAST程序检
索比对发现,其与大麦(Hordeum vulgare U20777)、小麦
(Triticum aestivumX94352)、水稻(Oryza sativaJaponica
D26484)、高粱(Sorghum bicolor XM002437586)、玉米
(Zea mays NM001254879)、马 蹄 莲 (Zantedeschia
aethiopica AF207906)、木 榄 (Bruguiera gymnorhiza
GU433192)、碱蓬(Suaeda salsa AF390210)的CAT 基因
的同源性分别为92%、91%、87%、87%、85%、79%、
77%、77%。测序结果和核苷酸序列的同源性比对验证
了该基因的准确性。
注:M:DL 15 000Marker,从上至下:15.0、10.0、5.0、2.5、1.0kb。
Note:M:DL 15 000Marker,from the top to the bottom:15.0,10.0,
5.0,2.5,1.0kb.
图1 RT-PCR电泳
Fig.1 The electrophoresis of RT-PCR
注:—为负对照。
Note:—show negative control.
图2 阳性克隆PCR鉴定
Fig.2 The PCR of positive cloning
2.2 信号肽的预测与分析
由图3神经网络算法的预测结果可知,PuCAT 基
因编码蛋白的C值(原始剪切位点分值)、S值(信号肽分
值)和Y 值(综合剪切位点分值)均比较小,远远小于
0.5,无氨基酸残基位点,可以推测,PuCAT 基因编码蛋
白可能不存在导肽酶切位点,没有信号肽,在细胞质中
合成后,不能进行蛋白转运,是一个非分泌蛋白。
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·生物技术· 北方园艺2014(20):90~95
注:C值:原始剪切位点的分值;S值:信号肽的分值;Y值:综合剪切位点的分值。
Note:Cscore:Score of cleavage site;Sscore:Score of signal peptide;Yscore:Score of comprehensive cleavage sites.
图3 PuCAT 编码蛋白信号肽分析
Fig.3 Analysis on the signal peptide encoded by PuCAT
2.3 疏水性的预测与分析
蛋白质疏水性分析对于研究其跨膜特征和二级结
构有着重要的指导意义,通常依据蛋白的GRAVY 值来
判断:该值为正值,则判定该蛋白为疏水蛋白;该值为负
值,则判定为亲水蛋白;氨基酸分值越高疏水性越强,分
值越低亲水性越强。由图4可知,PuCAT 编码氨基酸
序列的第168位氨基酸具有最低分值(-2.456),亲水性
最强;第327位氨基酸分值最高(2.122),疏水性最强。
但就整体分析而言,没有形成明显的疏水性区域,并且
亲水性氨基酸的分布要多于疏水性氨基酸,因此,推测
PuCAT 编码蛋白是一个可溶性蛋白。
图4 PuCAT 编码蛋白的疏水性/亲水性预测
Fig.4 Predicted hydrophobicity/hydrophilic for PuCAT
2.4 跨膜结构域的预测
由图5TMHMM程序的预测结果可以看出,朝鲜
碱茅过氧化氢酶蛋白不具有跨膜结构域,无跨膜螺旋区
存在,不是膜蛋白,这与疏水性分析结果相一致。
图5 PuCAT 编码蛋白跨膜结构域的预测结果
Fig.5 Trans-membrane domain prediction result of PuCAT
2.5 二级结构的预测分析
蛋白质二级结构是构成三级结构的基础,对了解其
空间结构和功能有着重要意义。图6预测结果表明,
PuCAT 编码蛋白的肽链有295个氨基酸构成了随机卷
曲,占到了59.84%;有112个氨基酸参与了延伸链结
构,占到了22.72%;有86个氨基酸参与了α?螺旋结构,
占到了17.44%;其中随机卷曲和延伸链结构占据了大
多数。
注:长线:α?螺旋;中线:延伸;短线:随机卷曲。
Note:Long term:alpha helix;Line:extension;Short-term:random curl.
图6 PuCAT 二级结构预测结果
Fig.6 Secondary structure prediction result of PuCAT
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北方园艺2014(20):90~95 ·生物技术·
2.6 氨基酸序列分析与系统进化树的构建
利用DNAMAN 6.0序列分析软件对朝鲜碱茅
与大麦(U20777.1)、小麦(X94352.1)、玉米(NM_
001111945.1)、水稻(D26484.1)、马蹄莲(AF207906.1)、
木榄(GU433192.1)6种植物的CAT氨基酸序列进行对
比,由图7可知,6种植物C-端均具有与PTS1受体
(Pex5p)结合的保守3肽区域(QKL),说明朝鲜碱茅过
氧化氢酶可能也是通过PTS1系统进入细胞内的过氧化
物酶体。
图7 C-末端氨基酸序列对比
Fig.7 Sequence alignment of the C-terminal amino acid
从图8构建的CAT氨基酸序列系统发育树状图可
以看出,以0.07为结点,可以分为4组,第1组为:棉花、
杨树、李属、木榄、金丝桃、芸薹、盐芥、碱蓬和马蹄莲;第
2组为:大麦、小麦、碱茅、水稻、高粱和玉米;第3组为木
薯;第4组是番茄。其中朝鲜碱茅与大麦、小麦的同源
关系最近,与同为禾本科的水稻、高粱、玉米的同源关系
较为相近,而与其它科植物的同源关系较远,这与前面
核苷酸序列的同源性分析结果相一致。
图8 氨基酸进化树分析
Fig.8 Analysis of amino acid homology-tree
2.7 不同胁迫处理下PuCAT 基因在朝鲜碱茅叶和根
中的表达
半定量RT-PCR结果表明,PuCAT 基因在朝鲜碱
茅的地下部和地上部均可以表达,但是在叶片中的表达
量要高于在根中的表达量。4种胁迫处理均可以诱导
PuCAT 基因的表达,但变化规律不同,PuCAT 基因受
盐碱复合胁迫诱导的表达量最高,其次是碱胁迫和盐胁
迫,受干旱胁迫诱导的表达量最低。在同种胁迫处理
下,PuCAT 基因在朝鲜碱茅叶片和根中的表达规律也
不相同。由图9可知,在盐胁迫处理条件下,PuCAT 基
因在叶片中的表达量,随着处理时间的延长,逐渐增加,
在处理6h之后表现出降低的趋势,而在处理48h时又
突然升高;在根中的表达规律则为先增加后降低,在处
理12h的表达量最高。在碱胁迫处理条件下,PuCAT
基因在叶片中的表达量与盐胁迫有所不同,处理12h之
后表现出降低的趋势,在处理48h时也表现为突然升
高;在根中的表达规律与盐胁迫类似。在盐碱复合胁迫
处理条件下,PuCAT 基因在朝鲜碱茅叶片和根中的表
达量均表现出随着时间延长逐渐升高的变化趋势。在
干旱胁迫处理条件下,PuCAT 基因在朝鲜碱茅叶片和
根中的表达规律呈现出先增加后降低的变化态势,在处
理12h的表达量达到最高。
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·生物技术· 北方园艺2014(20):90~95
注:A:1.5% NaCl;B:1.5% Na2CO3;C:1.5% NaCl+1.5% Na2CO3;D:20%PEG;Actin:内参基因。
Note:A:1.5% NaCl;B:1.5% Na2CO3;C:1.5% NaCl+1.5% Na2CO3;D:20%PEG;Actin:reference gene.
图9 朝鲜碱茅PuCAT 基因在叶和根中的表达
Fig.9 Analysis of PuCATgene expression in leaf and root of Puccinellia chinampoensis
3 讨论
目前,虽然已从许多植物中分离到CAT 基因的
cDNA序列,但是这些植物大多为甜土植物,抗盐碱能力
有限,有关盐生植物CAT 基因的研究较少。该研究从
盐碱地先锋植物碱茅中克隆到了过氧化氢酶基因的
cDNA序列,通过在NCBI上进行核酸和氨基酸的序列比
对,发现该序列是一个完整的开放阅读框,具有保守的
过氧化氢酶结构域,与禾本科植物大麦、小麦、水稻等农作
物的同源性很高,说明PuCAT 基因全长序列的克隆是成
功的。
已经被学者分离克隆的CAT 基因主要有3类:
Cat1、Cat2和Cat3[16]。其中,Cat1主要负责清除光呼吸
产生的H2O2,在叶内表达丰富;Cat2的表达受UV-B、臭
氧[17]及病原诱导,在植物抗逆中起重要作用,主要在种
子萌发后的盾片中表达,在叶和上胚轴内表达量很低;
Cat3主要清除脂肪酸氧化代谢产生的H2O2,在种子内
表达丰富[18]。研究表明CATs 的表达不仅具有组织和
器官特异性,还与植物的生长发育以及外界环境影响等
诸多因素有关。半定量RT-PCR结果表明,该试验分离
到的PuCAT 基因在朝鲜碱茅的地下部和地上部均可以
表达,但是在叶片中的表达量要明显高于在根中的表达
量,同时结合NCBI中的序列比对结果,推断朝鲜碱茅
PuCAT 基因应该属于Cat1类基因。
过氧化氢酶主要分布在细胞中的过氧化物酶体。
该研究克隆的碱茅PuCAT 基因,其氨基酸序列与其它
植物的CATs都有一个保守的三肽序列(QKL),是一个
PTS1-like motifs,与过氧化物酶体的PTS1(Peroxis omal
targeting signal)相一致,可能作为内在的PTS1发挥作
用。而PTS1是许多蛋白识别过氧化物酶体,进而进入
该细胞器的目标信号,这个信号位于PTS1受体(PTS1
receptor-Pex5p)的C-端。进一步研究表明,CAT1可以
与PTS1受体(Pex5p)相结合[19],说明碱茅PuCAT 基因
合成的过氧化氢酶,可能通过PTS1系统进入过氧化物
酶体,进而维持体内H2O2 的氧还平衡。此外,在C-末
端还具有典型的SRL序列(Ser-Arg-Leu),作为典型的
PTS1motif,该位点可能与增强过氧化氢酶向过氧化物
酶体的转运效率有关。
植物分子生物学的飞速发展,为提高作物的抗逆
性,培育抗盐碱植物种质资源提供了一条有效途径。已
有许多研究将外源过氧化氢酶基因导入到需改良的作
物中[20-21],减少了光呼吸产生的 H2O2、提高光合效率、
促进光合作用,提高了植株的抗逆能力,获得了抗旱、抗
盐碱能力显著增强的育种材料。此外,过氧化氢酶还能
提高植物对除草剂的抗性[22],增强植物体本身的抗病
性、耐低温性等[23-24]。同时,也应该看到,有关过氧化氢
酶基因在植物体内的具体调节机制尚不清楚,过氧化氢
酶与体内H2O2含量如何达到最佳的平衡点,正如该研
究的试验结果,PuCAT 基因在叶片中的表达量,在盐处
理前期逐渐增加,处理6h之后逐渐降低,可能是由于朝
鲜碱茅体内H2O2的含量在过氧化氢酶的作用下达到了
对植物生长有益的浓度范围,而在处理48h时又突然升
高,说明此时H2O2 对朝鲜碱茅的伤害作用又进一步加
大。碱处理与盐处理的变化规律则有所不同,在处理12h
之后才逐渐降低,说明在今后的工作中,应该对碱胁迫和
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盐胁迫分别开展研究。随着人们对CAT 基因研究的深入
以及过氧化氢信号传导途径的逐渐明晰,必将促进过氧
化氢酶基因在改良牧草和农作物抗逆性方面的应用。
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Molecular Cloning and Expression Analysis of Catalase(PuCAT)Gene in
Puccinelia chinampoensis
REN Wei 1,2,XU Bo3,GENG Hui 1,WANG Zhi-feng1,XU An-kai 1
(1.Animal Science Branch,Jilin Academy of Agricultural Sciences,Gongzhuling,Jilin 136100;2.Institute of Soil and Water Conservation,
Chinese Academy of Sciences,Yangling,Shaanxi 712100;3.Jilin Agricultural University,Changchun,Jilin 130000)
Abstract:The ful length cDNA sequence of CATgene was cloned fromPuccinelia chinampoensis leaves using RT-PCR
method,the primers were designed according to the homologous CATgene sequences of other plant species.The results
showed that the nucleotide sequence of the gene was 1 487bp,containing a complete open reading frame and encoding 492
amino acids,Genebank:HM230827.Nucleotide and amino acid sequence analysis revealed that PuCAT shared high
identity with the orthologs from Triticum aestivumand Hordeum vulgare.And its signal peptide,hydrophobicity/
hydrophilic,trans-membrane domain,secondary structure and main functional domains were predicted.Semi-quantitative
RT-PCR analysis showed that PuCATexpressed in diferent tissues,but the expression in root was lower,and in leaf
much higher.Various elevated levels of PuCAT expression had been detected when exposed to 4diferent stress
experimental treatments,and the results were not the same.
Keywords:Puccinelia chinampoensis;CAT;gene clone
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