免费文献传递   相关文献

节节麦pbf基因的克隆、序列分析及原核表达



全 文 :书麦类作物学报 2014,34(6):727-734
Journal of Triticeae Crops  doi:10.-7606/j.-issn.-1009-1041.-2014.-06.-01
网络出版时间:2014-6-6
网络出版地址:http://www.cnki.net/kcms/doi/10.7606/j.issn.1009-1041.2014.06.01.html
节节麦pbf基因的克隆、序列分析及原核表达
收稿日期:2014-01-27   修回日期:2014-03-24
基金项目:“十二五”农村领域国家科技计划课题(2011AA100501);国家现代农业产业技术体系研究项目(CARS-3-2-47)
第一作者E-mail:jiangqinqin0616@163.com
通讯作者:高 翔(E-mail:gx@nwsuaf.edu.cn);陈其皎(E-mail:qjchen@nwsuaf.edu.cn)
强琴琴,杨 帆,陈其皎,高 翔,杨 华,张龙龙
(西北农林科技大学农学院,陕西杨凌712100)
摘 要:醇溶蛋白盒结合因子(prolamin-box binding factor,PBF)通过调控籽粒蛋白的表达效率进而影
响面粉的加工品质。为给深入研究小麦籽粒PBF对籽粒蛋白质表达调控的分子基础提供参考依据,进而为
小麦面粉加工品质的改良提供候选基因资源,利用特异引物组合pbfF1/pbf R1分别从两份节节麦(AS90、
AS2386)中克隆出pbf基因后进行序列分析,并进一步构建pbf基因的原核表达体系。结果表明,从两份节
节麦中克隆得到了2个不同类型的pbf基因(GenBank登录号分别为 KJ544771和 KJ544772),其中来源于
AS2386的KJ544772与来源于普通六倍体小麦的1个pbf基因序列完全相同。推导的氨基酸序列分析表
明,KJ544771和KJ544772所编码的蛋白质均为弱碱性的亲水蛋白,具有典型的DOF蛋白结构域。与其他远
缘物种来源的PBF比对结果表明,该类蛋白在NLS核心、DOF结构域及Ser铰链区相对保守,而在C-端调控
区变异较大,说明PBF蛋白具有种属特异性。同时,系统演化树显示,来源于节节麦 AS2386的pbf基因与
迄今已知的全部普通小麦的pbf基因具有高度的相似性,因此推测该种类型的节节麦很可能参与了最初的
普通六倍体小麦的形成。此外,本研究成功构建了pbf基因的原核表达体系,可为后续功能验证的开展奠定
基础。
关键词:节节麦;pbf;基因克隆;序列分析;原核表达
中图分类号:S512.9;S330    文献标识码:A    文章编号:1009-1041(2014)06-0727-08
Cloning,Sequence Analysis and Prokaryotic Expression
of pbfgenes fromAegilops tauschi
JIANG Qinqin,YANG Fan,CHEN Qijiao,GAO Xiang,YANG Hua,ZHANG Longlong
(Colege of Agronomy,Northwest A&F University,Yangling,Shaanxi 712100,China)
Abstract:PBF(prolamin-box binding factor),as a trans-acting factor,is involved in seed storage pro-
tein expression and thus determined the processing quality of wheat flour.To provide a reference for
studying the regulation characteristics of wheat PBF and further enhanced the gene resources for
wheat quality improvement,two pbfgenes were isolated fromAe.tauschii lines of AS90and AS2386
with the primer pbf F1/pbf R1and then a prokaryotic expression system was constructed.Nucleic
acid sequence analysis showed that two pbf genes (GenBank accession numbers:KJ544771and
KJ544772)belonged to two different kinds and KJ544772was identical to the pbfgene from Chinese
Spring.Deduced amino acid sequence analysis revealed that PBFs encoded by pbfgenes in this study
were slightly alkaline and hydrophilic.And the PBFs had typical domains of DOF protein.While reg-
ulatory region of PBF C-terminal showed significant differences,with NLS core,DOF domain and Ser
hinge were relatively conserved,through alignment among PBFs from different species.This result
indicated PBFs had the species specificity as was showed in phylogenetic analysis.Further,phyloge-
netic analysis showed pbfgene from AS2386had high similarity with al known pbfgenes from com-
mon hexaploid wheat so far,which indicated Ae.tauschii like AS2386was probably involved in the o-
riginal formation of common hexaploid wheat.In addition,to lay foundation on further studies inclu-
ding functional validation,prokaryotic expression system of pbfgene was constructed successfuly.
Key words:Aegilops tauschii;pbf;Gene cloning;Sequence analysis;Prokaryotic expression
  麦类作物籽粒蛋白主要在灌浆期间的种子胚
乳中形成,并受到时空上的精准转录调控。其中,
转录因子在转录调控过程中起了重要的作用[1-2]。
转录因子也叫反式作用因子,其本质是一种蛋白
质,能够特异地识别并结合真核基因启动子区域
中的顺式作用元件,从而激活或抑制基因转录[3]。
研究表明,大麦、小麦及水稻胚乳特异性启动子区
域存在三个保守的顺式作用元件,分别为GCN4-
like motif(GLM)、prolamin box(PB)及5′-AA-
CA/TA-3′motif[4]。醇溶蛋白盒结合因子(pro-
lamin-box binding factor,PBF)属于转录因子
DOF家族成员之一,N-端具有典型的单锌指结构
域(DNA binding with One Finger,DOF Do-
main)。目前研究发现,除少数PBF参与调控水
解酶、赤霉素应答等基因表达外[5-7],大多数PBF
在胚乳中不仅可以识别并结合顺式作用元件PB,
还可以与识别顺式作用元件GLM 的bZIP(basic
leucine zipper)家族转录因子或者与识别顺式作
用元件5′-AACA/TA-3′motif的MYB家族转录
因子相结合,形成蛋白复合体,共同参与调控种子
贮藏蛋白的表达[1,8-13],最终影响贮藏蛋白的积累
量。其中,PBF通过 DOF结合域与bZIP相结
合,而通过C-端结构域与 MYB相结合,且前者较
多。在大麦中研究表明,来源于顺式作用元件PB
或者DOF蛋白结合域的突变会导致PBF结合
PB的特性改变及贮藏蛋白基因转录活性的丧
失[8]。在水稻中,同时敲除 RPBF和RISBZ1可
使得水稻胚乳中贮藏蛋白的表达大幅度降低[14]。
而小麦PBF可通过调控籽粒蛋白的表达效率影
响贮藏蛋白各组分的含量及比例,从而决定小麦
的加工品质。因此,对籽粒PBF的深入研究可为
揭示其籽粒蛋白质的表达调控特性提供理论依
据,为小麦品质改良候选基因资源的提供奠定
基础。
节节麦(Aegilops tauschii Coss.,2n=2x
=14,DD)属于禾本科小麦族山羊草属。从形态
学与染色体组分析的结果表明,节节麦是六倍体
普通小麦(Triticum aestivum L.,2n = 6x =
42,AABBDD)D染色体组的原始供体种[15-16]。
由于最初形成的途径及后来长期的驯化,使得小
麦的遗传多样性较其祖先种大为降低[17],相对于
普通小麦D基因组而言,节节麦具有更为丰富的
种子贮藏蛋白亚基类型[18-23],常作为外源基因,用
于普通小麦加工品质的改良。
迄今,有关调控贮藏蛋白转录的PBF在水
稻、大麦、玉米等禾本科作物中研究较多,但大多
集中在对 PBF所结合的顺式元件的功能解析
上[8-11],而对编码pbf基因序列信息及转录因子
自身的研究较少。另外,对有关调控贮藏蛋白转
录的pbf基因在小麦中的研究,主要是以中国春
为研究对象[24],尚缺乏对小麦供体物种节节麦中
该基因序列的报道。鉴于此,本研究拟通过对两
份节节麦材料进行pbf基因克隆、生物信息学分
析,并构建原核表达体系,为研究节节麦中pbf
基因的相关特性,后续的标记开发、功能验证及小
麦品质的改良等奠定基础。
1 材料与方法
1.1 材 料
1.1.1 试验材料
节节麦材料AS90和 AS2386由四川农业大
学小麦研究所提供,经国家小麦改良中心杨凌分
中心品质实验室繁殖、保存。
1.1.2 主要试剂
2×Easy Taq PCR SuperMix、分子量标准、
pEASY-T1克隆载体、pEASY-E1表达载体、大
肠杆菌Trans1-T1及BL21(DE3)等购于北京全
式金生物技术有限公司;X-gal和IPTG购于Sig-
ma公司;DNA凝胶回收纯化试剂盒、质粒小提试
剂盒购于天根生化科技公司(北京);其他实验用
试剂均为分析纯。
1.2 方 法
1.2.1 基因组DNA的提取
以室温黑暗培养1周左右的节节麦幼嫩叶片
·827· 麦 类 作 物 学 报                  第34卷
为材 料,采 用 微 量 CTAB 法 提 取 基 因 组 总
DNA[25]。
1.2.2 目的基因克隆
选用郭丽娜等[24]设计的覆盖pbf基因完整
编码区的特异性引物pbf F1/pbf R1(pbf F1:
5′-ATGGAGGAAGTGTATCCGTCA-3′; pbf
R1:5′-TTACATCAGGGAGGTGCTG-3′)克 隆
pbf基因(引物由南京金斯瑞生物科技有限公司
合成)。分别以节节麦 AS90及 AS2386基因组
DNA为模板,利用pbfF1/pbf R1进行PCR扩
增。PCR扩增体系:2×Easy Taq PCR SuperMix
12.5μL,上下游引物各1μL(10μmol·L
-1),基
因组DNA 1μL,加ddH2O补足总体积至25μL。
扩增程序:95℃预变性5min;94℃变性50s,58℃
退火50s,72℃延伸1min 30s,25个循环;72℃
延伸8min。
PCR产物经1%琼脂糖凝胶电泳检测后,切
胶回收目的片段,与克隆载体pEASY-T1在25℃
条件下连接15min。连接产物转化入Trans1-T1
感受态细胞中,在涂有 Amp、IPTG 及 X-gal的
LB固体平板培养基上进行蓝白斑筛选,并利用通
用引物 M13F/M13R进行菌落PCR,进一步辅助
筛选阳性克隆。扩增体系及扩增程序与扩增目的
基因条件相同。最后随机挑取3个阳性克隆送华
大基因(北京)测序,同时保存阳性克隆菌株以
备用。
1.2.3 序列分析
采用 NCBI网站的 BLASTn工具(http://
blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)在线比对测
序得到的序列并判断其属性,同时在线搜索与其
同源的核苷酸及氨基酸序列;利用 DNAMAN
(ver.7.0)拼接所测序列,以得到完整编码区序
列,并利用该软件进行蛋白质翻译及多序列比对
等处理;利用 ProtParam (http://web.expasy.
org/protparam/)对蛋白理化性质进行预测;利用
SignalP 4.1(http://www.cbs.dtu.dk/services/
SignalP/)对蛋白信号肽进行预测;利用SherLoc2
(http://abi.inf.uni-tuebingen.de/Services/
SherLoc2)对 PBF蛋白进行亚细胞定位;利用
NLStradamus (http://www.moseslab.csb.
utoronto.ca/NLStradamus/)对蛋白核定位信号
进行预测;利用 DiANNA(http://clavius.bc.
edu/~clotelab/DiANNA/)对蛋白二硫键进行预
测;利 用 ScanProsite(http://prosite.expasy.
org/scanprosite/)对蛋白结构进行预测;利用
MEGA 5.0构建系统演化树。
1.2.4 节节麦pbf基因原核表达体系的建立
(1)表达重组子的构建 由于本研究中克隆
引物的扩增产物恰好为ORF,所以所用表达引物
与克隆引物相同。根据以上测序结果分别选取
AS90及AS2386在-20℃保存的阳性克隆甘油
菌,以此为模板,利用克隆引物进行PCR扩增并
回收目的片段。PCR扩增体系及程序同1.2.2。
将目的片段与表达载体pEASY-E1在25℃条件
下连接15min,转化克隆菌株Trans1-T1,利用引
物组合 T7promotor primer/pbf R1进行菌落
PCR,以筛选阳性克隆,并通过测序进一步鉴定阳
性克隆菌。
(2)重组质粒的诱导表达及重组蛋白的SDS-
PAGE检测  通过测序鉴定后将正确的阳性克
隆菌株过夜培养,并提取质粒,转化表达菌株
BL21(DE3),挑取阳性菌落,37℃过夜培养。将
过夜菌按1∶100的比例接种在5mL新鲜LB液
体培养基中,在37℃、200r·min-1条件下扩大培
养至OD600=0.5~0.8时,取1mL菌液作为未
诱导的阴性对照;向剩余培养液中加入IPTG(终
浓度0.8mmol·L-1),37℃、200r·min-1诱导
表达4h。同时,设立含有pEASY-E1空载转化
表达菌株BL21(DE3)的诱导及未诱导菌液作为
对照。然后,将诱导及未诱导的对照菌液及诱导
的重组质粒表达菌液各取1mL,4℃、10 000
r·min-1离心10min收集菌体,分别加入50mL
1×SDS蛋白上样缓冲液重悬,煮沸7min,4℃、
10 000r·min-1离心 2 min 后用 15% SDS-
PAGE检测重组蛋白的表达情况。
2 结果与分析
2.1 节节麦pbf基因克隆结果
利用克隆引物pbf F1/pbf R1对节节麦
AS90及AS2386进行PCR扩增,经1%琼脂糖凝
胶电泳检测后,得到大小为1 000bp左右的单一
条带(图1)。将目的片段回收、克隆并测序后,利
用DNAMAN进行序列比对及拼接得到长度为
993bp的序列。
2.2 节节麦pbf基因的核酸序列分析
NCBI在线BLASTn表明,所得到的两条序
列与NCBI数据库中已公布的4条普通六倍体小
麦中国春pbf 基因序列(登录号:KC849701、
·927·第6期 强琴琴等:节节麦pbf基因的克隆、序列分析及原核表达
KC849702、KC849703及 AJ012284)相似性高达
99%以上,因此初步推断此次克隆得到的序列为
节节麦来源的pbf基因。将上述两条基因序列
提 交 至 GenBank 数 据 库,登 录 号 分 别 为
KJ544771(来源于 AS90)和 KJ544772(来源于
AS2386)。利用DNAMAN进行序列比对,发现
KJ544771和KJ544772的核苷酸及氨基酸序列
M:Marker DL2000;1:AS90;2:AS2386
图1 pbf基因PCR扩增产物电泳结果
Fig.1 Amplified products of pbfgene
separated on 1%agarose gel
之间的相似性分别为99.09%和98.48%。
  进一步对本研究克隆得到的两条序列与NC-
BI数据库中已公布的5条普通六倍体小麦pbf
基因 序 列 (KC849701、KC849702、KC849703、
AJ012284及AY496057)、1条节节麦基因组测序
得到的pbf基因序列(KD505515)及1条乌拉尔
图小麦(Triticum urartu Thum.ex Gandil,AA,
2n=2x=14,四倍体小麦和普通小麦A基因组的
供体)基 因 组 测 序 得 到 的 pbf 基 因 序 列
(EMS61761)进行比对。结果(图2)表明:(1)
KJ544771、KJ544772与除 EMS61761外的其他
序列之间相对保守(序列相似度为99.74%),
EMS61761与其他序列存在多处变异(序列相似
度为99.11%);(2)KJ544772与 KC849701序列
完全相同;(3)KJ544771与除EMS61761外的其
他序列之间存在7个SNP位点;(4)KJ544771、
KD505515与除EMS61761外的其他序列之间存
在2个SNP位点。
  “-”代表和大写字母相同的碱基;数字代表SNP所处序列位置;“Δ”代表 KJ544771与除EMS61761外的其他序列(KC849701、
KC849702、KC849703、AJ012284、KD505515及KJ544772)之间存在的SNP;“O”代表KJ544771、KD505515与除EMS61761外的其他序
列(KC849701、KC849702、KC849703、AJ012284及KJ544772)之间存在的SNP
′-′indicates the base identical to that the upper case represents within each column;Numbers under bases of each column indicate
the position of SNPs;′Δ′indicates SNPs between KJ544771and sequences including KC849701,KC849702,KC849703,AJ012284,
KD505515and KJ544772;′O′indicate SNPs between KJ544771and sequences including KC849701,KC849702,KC849703,AJ012284
and KJ544772
图2 核苷酸序列间SNP比对
Fig.2 Alignment of SNPs among nucleotide sequences
2.3 推导的蛋白质序列分析
2.3.1 蛋白质理化性质分析
利用ProtParam对本研究克隆得到的2个核
苷酸序列推导的蛋白质进行理化性质预测,可得
蛋白分子量约为34kD、且均属弱碱性的亲水
蛋白。
2.3.2 蛋白质亚细胞定位分析
SignalP 4.1分析结果表明,这两种蛋白质没
有信号肽且没有跨膜区域(noTM),所以二者均
属于非分泌蛋白。由SherLoc2预测结果可知,由
·037· 麦 类 作 物 学 报                  第34卷
KJ544771和 KJ544772推导的蛋白质定位于细
胞核的分值分别为0.98和0.97,因此这两种
PBF蛋白合成后转运至细胞核中起作用。利用
NLStradamus预测可得,KJ544771推导的蛋白
质核定位信号位于 26aa~30aa区域的短肽
KKPRP,KJ544772推导的蛋白质核定位信号位
于26aa~31aa区域的短肽 KKPRPK,二者均属
于单组份核定位信号;而单组份核定位信号保守
的序列特征为 K-K/R-X-K/R[26],所以本研究推
导的蛋白核定位信号保守序列(NLS Core)为位
于26aa~29aa区域的短肽 KKPR。利用 Net-
NES预测未发现含有保守亮氨酸区域,即所预测
蛋白没有核输出信号,因此这两种蛋白不具备在
细胞核与细胞质之间穿梭的特征。
2.3.3 蛋白质结构分析
DOF蛋白通常含有两个重要的结构域,分别
为N-端保守的DOF结合域(DOF Domain)[27-28]
和C-端可变的调控域(Variable Regulation Do-
main)[1,28-29]。其中,N-末端 DOF结合域是由4
个Cys残基与1个Zn2+以共价键结合并在空间
上扭曲而形成;C-端调控域具有典型的富天冬酰
胺(Asparagine-rich)序列特征[30];DOF结构域下
游丝氨酸(Ser)残基链(Ser Hinge)是连接结合域
和调控域的铰链[28]。利用ScanProsite对推导的
氨基酸序列分析表明,推导的蛋白 N-端区36aa-
90aa为DOF结合域;分析氨基酸序列特征可发
现,推导得到的氨基酸C-端区存在典型的富天冬
酰胺区且N-端和C-端之间也存在保守的Ser残
基链[29]。由此可得推导得到的PBF蛋白具有典
型的DOF蛋白结构(图3)。利用DiANNA对推
导的氨基酸序列二硫键进行预测,发现氨基酸序
列均存在4个二硫键且位置保守(38-85、41-49、
63-116及66-309)(图3)。
另外,利用DNAMAN对本研究推导得到的
2个PBF蛋白(KJ544771和 KJ544772)与5个来
源于普通六倍体小麦的 PBF蛋白(AAS19857、
AGR34055、AGR34056、AGR34057和CAA09976)、1
个由乌拉尔图小麦基因组测序得到的PBF蛋白
(EMS61761)、1个由节节麦基因组测序得到的
PBF蛋白(EMT30398)及1个来源于大麦的PBF
蛋白(CAA04440)进行比对(图4),分析表明:(1)
PBF蛋白NLS核心均具有单组份核定位信号特
征序列K-K/R-X-K/R且位于26aa-29aa区域,其
中,大麦相对于小麦及其祖先种在第28位氨基酸
发生变异(P→S);(2)PBF蛋白DOF结构域极端
保守,仅有 AGR34056的第72位氨基酸发生变
异(H→R),但其并不影响DOF结构域功能[31];
(3)在N-端结合域与C-端调控域之间均存在富丝
氨酸区,其中AGR34057第149位发生变异(S→
P);(4)PBF蛋白N-端调控域均具有典型的富天
冬酰胺区,KJ544772与来自普通小麦及D基因
组测序得到的PBF蛋白序列在此区域非常保守,
而KJ544771相对于KJ544772在第295位存在1
个氨基酸变异(D→G);另外,来源于大麦及乌拉
尔图小麦的PBF蛋白相对于来源于普通六倍体
小麦和节节麦的PBF蛋白而言,该区域乃至整个
N-端区变异较大;(5)来源于普通六倍体小麦的
PBF蛋白与来源于节节麦的PBF蛋白序列相似
度(99.39%)高于其与乌拉尔图(98.23%)及大麦
的PBF蛋白(96.15%)。
2.4 系统演化树分析
将本研究推导得到的PBF蛋白序列与NCBI
已公布的普通六倍体小麦PBF蛋白序列、节节麦
基因组测序得到的PBF蛋白序列、乌拉尔图小麦
基因组测序得到的PBF蛋白序列、大麦PBF蛋
白序列、水稻PBF蛋白序列、小米类PBF蛋白序
列、高粱PBF蛋白序列及玉米PBF蛋白序列利
用 MEGA 5.0构建系统进化树(图 5)。发现
PBF蛋白序列被聚类为2个相对独立的组,本研
究得到的PBF蛋白序列与来源于小麦、水稻、节
节麦、乌拉尔图小麦和大麦的PBF蛋白聚为一
类,而来源于小米、高粱及玉米的PBF蛋白独立
“☆”代表半胱氨酸残基的位置 “☆′”indicates positions of cysteine residues
图3 PBF蛋白结构及二硫键模式图
Fig.3 Schematic structure of PBF and intra-molecular disulfide bonds
·137·第6期 强琴琴等:节节麦pbf基因的克隆、序列分析及原核表达
  “↓”表示参与形成锌指结构保守的半胱氨酸;“-”代表和大写字母相同的碱基;“…”代表缺失3个碱基
“↓”indicates cysteines conserved in zinc finger;“-”indicates the base identical to that the upper case represents within each col-
umn;“…”indicates 3bases of absence
图4 不同来源的pbf基因推导的蛋白序列比对
Fig.4 Alignment of deduced protein sequences of pbfgenes from different materials
“Δ”代表本研究推导得到的蛋白质 “Δ”indicate the deduced proteins in this study
图5 PBF蛋白序列系统演化树分析
Fig.5 Phylogenetic analysis of the PBFs
·237· 麦 类 作 物 学 报                  第34卷
的聚为另一类。本研究得到的PBF蛋白序列所
在的大类又可以分为2个小类,来源于水稻的
PBF蛋白独立的聚为一小类,而其他PBF蛋白聚
为另一小类。本研究得到的PBF蛋白序列所在
的小类又可以分为3类,其中 KJ544772与普通
小麦及节节麦基因组测序来源的PBF蛋白序列
聚为一类,来源于高粱及乌拉尔图小麦的PBF蛋
白聚为一类,而KJ544771独立的聚为一类。
2.5 原核表达结果
将含有重组表达质粒的表达菌株在37℃经
过0.8mmol·L-1 IPTG诱导6h后,用15%
SDS-PAGE电泳检测表达情况(图6)。与对照相
比,本研究所诱导的蛋白约在36kD处出现目的
条带,除去约2kD组氨酸标签外,与2.3.1中
ProtParam在线预测的蛋白分子量大小相符,表
明pbf基因在原核表达体系中表达成功。
  M:Blue PlusTM protein marker;1:未诱导空载体;2:诱导
空载体;3:未诱导的重组质粒(KJ544771);4:诱导后的重组质
粒(KJ544771);5:未诱导的重组质粒(KJ544772);6:诱导后的重
组质粒(KJ544772);箭头所指为目的蛋白
M:Blue PlusTM protein marker;1:Protein of non-recombi-
nant plasmid without induction;2:Protein of non-recombinant
plasmid after induction;3:Protein of recombinant plasmid with-
out induction(KJ544771);4:Protein of recombinant plasmid af-
ter induction (KJ544771);5:Protein of recombinant plasmid
without induction(KJ544772);6:Protein of recombinant plasmid
after induction(KJ544772);Expression products are indicated by
arrows
图6 表达蛋白的SDS-PAGE分析
Fig.6 Protein analysis by SDS-PAGE
3 讨 论
本研究对两份节节麦材料进行pbf基因克
隆,得到 2 个不同的 pbf 基因 (KJ544771 和
KJ544772)序列。根据KJ544771、KJ544772与小
麦及祖先种pbf序列之间的SNP分布特点,推测
本研究所克隆的2个pbf 基因属于不同类型。
此外,来源于AS2386的pbf基因与来源于普通
六倍体小麦中国春的一个pbf 基因完全相同,推
测该类型的基因在普通小麦形成过程中表现为极
端保守,且中国春pbf基因(KC849701)理论上
来自于D基因组。
就保守性上看,PBF具有较强的物种特异
性。本研究推导的PBF蛋白与来源于普通六倍
体小麦、大麦、节节麦及乌拉尔图小麦PBF蛋白
序列比对,发现所有的PBF蛋白均具有DOF蛋
白典型结构,且DOF结构域极端保守。NLS均
具有单组份核定位信号保守的序列特征 K-K/R-
X-K/R,而大麦相对于小麦及其祖先种在第28位
氨基酸发生变异(P→S),推测变异的 NLS核心
(KKSR)可能是大麦 PBF 蛋白所特有的一种
NLS核心。连接PBF蛋白N-端与C-端的Ser铰
链区保持相对保守,普通六倍体小麦PBF蛋白
AGR34057第149位发生变异(S→P),该Ser变
异对PBF功能是否有影响还有待于进一步研究。
N-端调控域均具有富天冬酰胺区,其中,来源于
节节麦及普通六倍体小麦PBF蛋白在此区域乃
至整个N-端调控区保持相对保守,而来源于乌拉
尔图小麦及大麦的PBF蛋白相对于普通小麦和
节节麦而言,变异较大,推测不同基因组及不同物
种之间来源的PBF蛋白可能在激活蛋白表达方
式及表达活性方面存在差异。从PBF蛋白序列
整体来看,来源于普通六倍体小麦与节节麦的
PBF蛋白相似度(99.39%)高于其与乌拉尔图小
麦(98.23%)及大麦的PBF蛋白(96.15%),表明
PBF蛋白在物种之间存在差异且亲缘关系越远
其差异越大,即PBF蛋白表现为种属特异性。
系统演化树分析表明,麦类作物PBF蛋白首
先从其他禾本科植物中分离出来,其次大麦、乌拉
尔图小麦PBF蛋白从其他麦类作物PBF蛋白中
分离出来,同样表明PBF具有种属特异性。此
外,KJ544772与普通小麦及D基因组测序来源
的PBF蛋白序列聚为一类,来源于大麦及乌拉尔
图小麦的PBF蛋白聚为一类,而 KJ544771独立
的聚为一类,推测有可能pbf基因在小麦中是多
拷贝,数据库中已公布的普通六倍体小麦PBF蛋
白全都来源于D基因组,或者乌拉尔图小麦在普
通六倍体小麦形成之后发生了大量变异,而这种
推测需要对普通六倍体小麦 A基因组供体PBF
等进 行 研 究 得 到 进 一 步 证 实;同 时,推 测
KJ544772类型的节节麦很可能参与了最初的普
通六倍体小麦的形成。
·337·第6期 强琴琴等:节节麦pbf基因的克隆、序列分析及原核表达
参考文献:
[1]Diaz I,Vicente-Carbajosa J,Abraham Z,et al.The GAMYB
protein from barley interacts with the DOF transcription fac-
tor BPBF and activates endosperm-speciffc genes during seed
development[J].The Plant Journal,2002,29:453-464.
[2]Verdier J,Thompson R D.Transcriptional regulation of stor-
age protein synthesis during dicotyledon seed filing[J].Plant
and Cell Physiology,2008,49(9):1263-1271.
[3]Wray G A,Hahn M W,Abouheif E,et al.The evolution of
transcriptional regulation in eukaryotes[J].Molecular Biolo-
gy and Evolution,2003,20:1377-1419.
[4]Diaz I,Martinez M,Isabel-Lamoneda I,et al.The DOF pro-
tein,SAD,interacts with GAMYB in plant nuclei and activates
transcription of endosperm-specific genes during barley seed
development[J].The Plant Journal,2005,42:652-662.
[5]Muler M,Muth G R,Galusci P,et al.Regulation of storage
protein synthesis in cereal seeds:developmental and nutrition-
al aspects[J].Journal of Plant Physiology,1995,145:606-
613.
[6]Martinez M,Rubio-Semoza L,Fuentes R,et al.The barley
cystatin gene(Icy)is regulated by DOF transcription factors
in aleurone cels upon germination[J].Journal of Experi-
mental Botany,2005,56:547-556.
[7]Mena M,Cejudo F J,Isabel-Lamoneda1I,et al.A role for the
DOF transcription factor BPBF in the regulation of gibberel-
lin-responsive genes in barley aleurone[J].Plant Physiology,
2002,130:111-139.
[8]Mena M,Vicente-Carbajosa J,Schmmidt R J,et al.An endo-
sperm-specific DOF protein from barley,highly conserved in
wheat,binds to and activates transcription from the prolamin-
box of a native B-hordein promoter in barley endosperm[J].
The Plant Journal,1998,16:53-62.
[9]Vicente-Carbajosa J,Moose S P,Parsons R L,et al.A maize
zinc-finger protein binds the prolamin box in zein gene pro-
moters and interacts with the basic leucine zipper transcrip-
tional activator Opaque2[J].Proceedings of the National A-
cademy of Sciences of United States of America,1997,94:
7685-7690.
[10]Yamamoto M P,Onodera Y,Touno S M,et al.Synergism be-
tween RPBF Dof and RISBZ1bZIP activators in the regula-
tion of rice seed expression genes[J].Plant Physiology,
2006,141:1694-1707.
[11]Marzabal P,Gas E,Fontanet P,et al.The maize Dof protein
PBF activates transcription ofγ-zein during maize seed devel-
opment[J].Plant Molecular Biology,2008,67:441-454.
[12]Suzuki A,Wu C Y,Washida H,et al.Rice MYB protein OS-
MYB5specificaly binds to the AACA motif conserved a-
mong promoters of genes for storage protein glutelin[J].
Plant and Cell Physiology,1998,39:555-559.
[13]Albani D,Hammond-Kosack M C,Smith C,et al.The wheat
transcriptional activator SPA:a seed-specific bZIP protein
that recognizes the GCN4-like motif in the bifactorial endo-
sperm box of prolamin genes[J].The Plant Cell,1997,9:
171-184.
[14]Kawakatsu1T,Yamamoto M P,Touno S M,et al.Compen-
sation and interaction between RISBZ1and RPBF during
grain filing in rice[J].The Plant Journal,2009,6:908-920.
[15]Kihara H.Discovery of the DD-analyser,one of the ancestors
of Triticum vulgare(Japanese)[J].Agriculture and Horti-
culture(Tokyo),1944,19:13-14.
[16]Mcfadden E S,Sears E R.The origin of Triticum spelta and
its free-threshing hexaploid relatives[J].Journal of Heredi-
ty,1946,37:107-116.
[17]Cox T S.Deepening the wheat gene pool[J].Journal of
Crop Production,1998,1:1-25.
[18]Wiliam M,Pena R J,Mujeen-Kazi A.Seed portein and
isozyme vairation in Triticum tauschii (A.squarrosa)[J].
Theoretic and Applied Genetics,1993,87:257-263.
[19]Gianibeli M C,Wrigley C W,Macritchie F.Polymorphism of
low Mrglutenin subunits in Triticum tauschii[J].Journal
of Cereal Science,2002,35:277-286.
[20]Gianibeli M C,Gupta R B,Lafiandra D,et al.Polymorphism
of high Mrglutenin subunits in Triticum tauschii:characteri-
sation by chromatography and electrophoretic methods[J].
Journal of Cereal Science,2001,33:39-52.
[21]Yan Y,Hsam S L K,Yu J,et al.Alelic variation of the
HMW glutenin subunits in Aegilops tauschii accessions de-
tected by sodium dodecyl sulphate(SDS-PAGE),acid polyac-
rylamide gel(A-PAGE)and capilary electrophoresis[J].Eu-
phytica,2003,130:377-385.
[22]Yan Y,Hsam S L K,Yu J,et al.Genetic polymorphisms at
Gli-Dt gliadin loci in Aegilops tauschii as revealed by acid
polyacrylamide gel and capilary electrophoresis[J].Plant
Breeding,2003,122:120-124.
[23]Rehman A,Evans N,Gianibeli M C,et al.Alelic variations
in high and low molecular weight glutenins at the Glu-D1lo-
cus of Aegilops tauschii as a potential source for improving
bread wheat quality[J].Australian Journal of Agricultural
Research,2008,59:399-405.
[24]Guo L N(郭丽娜),Gao X(高 翔).Cloning and sequence a-
nalysis of PBF encoding genes from hexaploid common wheat
Chinese Spring(Triticum aestivum L.)[J].Journal of An-
hui Agriculture Science(安徽农业科学),2013,41:4740-
4744(in Chinese with English abstract).
[25]Wang M,Na D C,Ji H T,et al.A simple and quick method of
extracting genomic DNA from wheat leaves[J].Agricultural
Science and Technology,2009,10:34-35.
[26]Dingwal C,Robbins J,Dilworth S M,et al.The nucleoplas-
min nuclear location sequence is larger and more complex
than that of SV-40large T antigen[J].The Journal of Cell
Biology,1988,107:841-849.
[27]Yanagisawa S.A novel DNA-binding domain that may form a
single zinc finger motif[J].Nucleic Acids Research,1995,
23:3403-3410.
[28]Yanagisawa S.The Dof family of plant transcription factors
[J].Trends in Plant Science,2002,7:555-560.
[29]Kang H G,Singh K B.Characterization of salicylic acid-re-
sponsive,Arabidopsis Dof domain proteins:overexpression of
OBP3leads to growth defects[J].The Plant Journal,2000,
21:329-339.
[30]Titz B,Thomas S,Rajagopala S V,et al.Transcriptional acti-
vators in yeast[J].Nucleic Acids Research,2006,34:955-
967.
[31]Yanagisawa S.Dof domain proteins:plant-specific transcrip-
tion factors associated with diverse phenomena unique to
plants[J].Plant and Cell Physiology,2004,45:386-391.
·437· 麦 类 作 物 学 报                  第34卷