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生物技术通报
BIOTECHNOLOGY BULLETIN 2016, 32(7):170-177
收稿日期 :2015-09-24
基金项目 :广东省科技厅项目(2012B010300021,2013B010404044),广东省教育厅项目(2013KJCX0107)
作者简介 :张雪玲,女,硕士研究生,研究方向 :利用宏基因组学的方法筛选新型纤维素酶 ;E-mail :1095199175@qq.com
通讯作者 :李荷,女,博士研究生,教授,研究方向 :微生物分子生物学 ;E-mail :lihe32@163.com
漆酶 Lac1338 的酶学特性测定及定向突变对其酶解染料
影响
张雪玲 陈小利 李荷
(广东药学院基础学院生物化学与分子生物学系,广州 510006)
摘 要 : 为了获得表达量高、热稳定性好的漆酶,通过密码子优化合成漆酶基因 lac1338、连接到 pET-32a(+)载体上并
在 Escherichia coli BL21(DE3)中表达,获得 HIS-Lac1338蛋白。酶学性质测定结果显示,以 ABTS为底物时,HIS-Lac1338的比
活力高达 22.8 U/mg,Km 和 Vmax 分别为 567 μmol/L 和 2.8 mmol/ (L·min·g);HIS-Lac1338的最适反应温度为 55℃,最适 pH为
6.0 ;在 55℃以下保温 2 h能保留 50%的酶活性,在 pH 4-8范围内孵育 4 h仍保留 50%以上的活性;HIS-Lac1338对 Cu2+抗性强,
Ca2+、Na+、K+对 HIS-Lac1338有促进作用,而 Co2+、Fe2+、Hg2+、Ag+等重金属离子对 HIS-Lac1338有抑制作用。易错 PCR方法得
到的 Lac1338的突变酶 Lac16与 HIS-Lac1338相比,对酸性紫 7、溴酚蓝、考马斯亮蓝的降解率分别由 10.9%、20%和 25%提高到
90.5%、67.8%和 85%。结果表明,HIS-Lac1338具有较好的温度及 pH稳定性,而通过易错 PCR技术定向突变获得的突变酶 Lac16
的染料降解率大大提高。
关键词 : 漆酶;克隆表达;酶学性质;定向进化;染料降解
DOI :10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2016.07.025
Determination of Enzymatic Properties of a Laccase Lac1338,and
Effects of Directed Mutants on the Degradations of Different Dyes
ZHANG Xue-ling CHEN Xiao-li LI He
(Department of Biochemistry & Molecular Biology,School of Basic Courses,Guangdong Pharmaceutial University,Guangzhou 510006)
Abstract: In order to obtain the laccase with high expression and high thermal stability,a laccase gene lac1338 synthesized was cloned
by codon optimization,ligated to the vector pET-32a(+),then expressed in Escherichia coli BL21(DE3),and the recombinant protein
HIS-Lac1338 was obtained. Its enzymatic properties showed that while using ABTS as a substrate,the specific activity of HIS-Lac1338 was
up to 22.8 U/mg,Km and Vmax of HIS-Lac1338 was 567 μmol/L and 2.8 mmol/(min·g protein),respectively. The optimal temperature
and pH of HIS-Lac1338 were 55℃ and 6.0 respectively. Its activity remained 50% at 55℃ for 2 h and in the pH range of 4-8. HIS-Lac1338
was strongly resistant to Cu2+,while its activity was promoted by Ca2+,Na+,K+ and inhibited by heavy metal ions such as Co2+,Fe2+,Hg2+,
Ag+,etc. Comparing with HIS-Lac1338,mutant enzyme Lac16 of Lac1338 by sequential error-prone PCR improved the degradation rates of
Acidviolet 7,Bromophenol blue,and Coomssie brilliant blue from 10.9%,20%,and 25% to 90.5%,67.8%,and 85%,respectively.
Above results reveal that HIS-Lac1338 is stable to temperature and pH,the degradation rate of dye increases greatly with the mutant enzyme
Lac16 via directed evolution of sequential error-prone PCR.
Key words: laccase ;cloning and expression ;enzymatic properties ;directed evolution ;degradation to dyes
2016,32(7) 171张雪玲等:漆酶 Lac1338 的酶学特性测定及定向突变对其酶解染料影响
漆酶最早是从日本的漆树汁中发现的[1],它是
人类研究最早的酶之一,属于多铜氧化酶家族中的
一大类,可利用分子氧通过自由基催化反应来氧化
各种芳香族和非芳香族化合物,在植物、真菌、细
菌中广泛存在,但至今人们对于这种酶的认识比较
有限[2]。近年来随着漆酶功能的逐步发现,漆酶的
研究受到普遍重视,它在降解木质素方面的功能,
使其在制浆造纸工业,特别是纸浆生物漂白方面得
到深入的研究和开发[3,4];在生物能源的开发利用
方面应用也很广泛,如利用漆酶降解木质纤维原料
中的木质素,提高纤维素水解成单糖的效率及生产
乙醇等新能源[5];在环保方面亦具有较大的应用潜
力,如可去除有毒的非酚类[6]、除草剂、杀虫剂[7]
及合成有机物[8,9]石油工业废物等物质的毒性。
我们利用密码子最优化方法合成的漆酶基因
lac1338,通过原核表达获得了表达量高、热稳定性
较好的漆酶 HIS-Lac1338,并且该漆酶能够降解多
种染料,但是其比酶活相对较低,对染料的降解率
也较低,这一定程度上限制了该漆酶的应用。因此,
提高漆酶的酶活力及其降解环境污染物的能力具有
重要的意义,不仅可扩宽漆酶的工业应用范围,而
且可进一步深入研究其结构与功能之间的关系。
本研究首先对漆酶 HIS-Lac1338 的酶学性质进
行研究,并且拟通过易错 PCR(error-prone PCR)的
定向进化策略对该漆酶基因 lac1338 进行改造,以
酶活力为筛选指标,以获得漆酶活性提高的突变株。
1 材料与方法
1.1 材料
1.1.1 菌 株 和 质 粒 重 组 质 粒 pUC118-lac1338
(GenBank,登录号 HM623889)为本实验室构建并
保 存,pET-32a(+) 及 Escherichia coli BL2l(DE3)
为本实验室保存。
1.1.2 主要试剂 胶回收试剂盒、质粒提取试剂盒、
PCR 产物回收试剂盒购于 Omega ;蛋白纯化试剂盒
购 于 德 国 Novagen 公 司 ;170 kD Prestained Protein
Ladder 购自广州赛哲生物科技有限公司 ;2,2’- 连
氮 - 双(3-乙 基 苯 并 噻 唑 -6-磺 酸 )(ABTS) 购 于
Amresco 公司;IPTG、氨苄青霉素购自 TaKaRa 公司。
突 变 试 剂 盒 Diversify® PCR Random Mutagenesis Kit
购自 Clontech 公司。其他常规试剂均为国产分析纯。
1.2 方法
1.2.1 漆酶基因 lac1338 的克隆及重组质粒构建
1.2.1.1 lac1338 的 PCR 扩增 根据 lac1338 的基因
序列,使用 Premier 5 软件设计引物对。lac1338-F :
5-CCG GAA TTC ATG CGC AAA AGT CCC GGA GTC
ACT TTT TCA -3(下划线部分为 BamH I 酶切位点);
lac1338-R :5-AGC AAG CTT TCA GTC GGG CAT
GTT GGG GAT TTC AGG -3(下划线部分为 Hind III
酶切位点)。以提取的质粒 pUC118-lac1338 为模板,
进行 PCR 扩增,反应条件 :94℃ 30 s ;94℃ 10 s,
55℃ 5 s,72℃ 9 s,共 30 个循环 ;72℃ 5 min。PCR
产物经普通 PCR 试剂盒回收。
1.2.1.2 lac1338 基因重组表达菌株的构建 使用
限 制 性 内 切 酶 Hind III 和 BamH Ⅰ 双 酶 切 PCR 产
物,并连接到表达载体 pET-32a(+)的 Hind III 和
BamH Ⅰ位点上,转化到 E. coli BL21(DE3)。筛选
阳性克隆进行酶切验证,并送样测序。
1.2.2 漆酶 Lac1338 的表达纯化
1.2.2.1 漆酶基因 lac1338 在 E. coli BL21 中的诱导
表 达 将 重 组 质 粒 pET-32a-lac1338 转 化 入 E. coli
BL2l(DE3)感受态细胞,挑选阳性克隆,37℃ 培
养 过 夜。 按 1% 的 接 种 量 接 种 于 100 mL( 含 100
mg/L 氨苄青霉素)的 LB 培养基中,置于 37℃、200
r/min 下振荡培养至 OD600 达到 0.8 左右。加入终浓
度 0.2 mmol/L 的 IPTG 及 0.5 mmol/L 的 Cu2+, 置 于
30℃、200 r/min 振荡培养 16 h。4℃、4 500 r/min 离
心 15 min 收集菌体。冰浴进行超声波破碎细胞(振
幅设为 300 W ;超声循环为 :超声 5 s,间隔 5 s,时
间设为 4 min);4℃、12 000 r/min 离心 10 min,分
别取上清和沉淀煮沸 5-10 min ;4℃、12 000 r/min
离心 10 min,进行 SDS-PAGE 电泳检测(浓缩胶为
5%,分离胶为 10%)。
1.2.2.2 漆 酶 Lac1338 的 纯 化 参 见 His·Bind®
Purification Kit(Novagen)试剂盒说明书。
1.2.3 HIS-Lac1338 的酶学性质研究
1.2.3.1 温度对酶活力的影响 (1)最适温度 :取
10 μL 一定浓度的纯化后酶液,在 35-80℃范围内,
每隔 5℃测定酶活,以最高酶活为 100%,计算相对
生物技术通报 Biotechnology Bulletin 2016,Vol.32,No.7172
酶活。(2)温度稳定性 :取一定量的纯化后的酶液,
分别于上述温度孵育 120 min,当温度恢复到室温时
于 55℃下测定酶活力,并计算其相对酶活,以 4℃
保存的酶液酶活为 100%。
1.2.3.2 pH 对酶活力的影响 (1)最适 pH :取 10
μL 一定浓度的纯化后酶液,分别于不同 pH 的 Britt-
on-Robinson 缓冲液中,55℃测定其酶活力,并计算
其相对酶活,以酶活力最高者为 100%。(2)pH 稳
定性 :将酶液置于不同 pH 的 Britton-Robinson 缓冲
液下于室温中放置 4 h,随后在最适 pH,最适温度
条件下测定其酶活,以未处理的酶样酶活为 100%,
计算其相对酶活。
1.2.3.3 金属离子及有机物对酶活力的影响 (1)
Cu2+ 对漆酶酶活的影响 :在不同浓度的 Cu2+ 离子存
在条件下,测定漆酶的活性,并以酶活力最高者为
100%,计算相对酶活。(2)其他金属离子对酶活性
的影响 :在柠檬酸 - 柠檬酸钠缓冲液(pH6.0)及 1
mmol/L 和 100 mmol/L 的金属离子存在条件下,测定
漆酶的活性,计算相对酶活。对照样品为不含金属
离子的酶反应液。(3)几种化合物对酶活性的影响:
在 1 mmol/L 或 100 mmol/L 的所研究化合物存在条件
下,测定漆酶的活性,并计算相对酶活。对照样品
为不含所研究化合物的酶反应液。
1.2.3.4 HIS-Lac1338 酶促反应动力学参数测定 米
氏常数 Km 和最大速度 Vmax 的测定 :以 ABTS 为底物,
在不同底物终浓度(0.2、0.4、0.5、0.8、1.0 和 2.0
mmol/L)的反应体系中反应,测定其 OD405 值以计
算酶反应的初速度,作 Lineweaver-Burk 双倒数图。
1.2.4 酶活力测定及蛋白质浓度测定
1.2.4.1 酶活力测定 以 ABTS 为底物,使 3 mL 柠
檬酸 - 柠檬酸钠缓冲液(pH6.0)的反应体系中含 5
mmol/L ABTS、6 mmol/L Cu2+ 和一定浓度的酶液样品,
将其混合均匀后于 55℃水浴反应 3 min,测 OD405
值,同时做不加酶液的空白对照。该条件下,每分
钟催化 1 μmol ABTS 氧化所需的酶量定义为 1 个酶
活 单 位(U)。U=(0.1844×OD405)×V1×N/V2×t。
y=0.1844x 为 ABTS 自由基浓度与吸光度值的关系曲
线[10];V1 :反应总体积 ;V2 :测定酶活时所取的酶
液体积 ;N :酶液稀释倍数 ;t :反应时间。
1.2.4.2 蛋白浓度测定 以牛血清白蛋白(BSA)为
标准,采用 BCA 法测定[11]。
1.2.5 lac1338 的定向突变 以 lac1338 为模板,按
照 Diversify® PCR Random Mutagenesis Kit 说 明 书 进
行易错 PCR,选择 2.3 bp/kb 的突变率,反应体系 :
PCR Grade Water 39 μL,10× TITANIUM Taq Buffer
5μL,MnSO4(8 mmol/L)1 μL l,dGTP(2 mmol/L)
1 μL,50× Diversify dNTP Mix 1 μL,Primer mix 各
1 μL,Template DNA(~1 ng/μL)1 μL,TITANIUM
Taq Polym 1 μL。 反 应 条 件 :94℃ 30 s ;94℃ 30 s,
68℃ 90 s,25 个循环 ;72℃ 5 min。将易错 PCR 产
物克隆并构建到表达菌株 E. coli BL21(DE3)中表达,
筛选产酶量更高,所产酶更耐高温、更耐碱、染料
降解率更高的突变酶[12]。
1.2.6 HIS-Lac1338 与 Lac16 对染料的降解比较 本
研究考察 HIS-Lac1338 及突变酶 Lac16 对多种工业
染料(苋菜红、靛红、溴酚蓝、酸性紫 7、结晶紫、
橙红 G、刚果红、罗丹明 B、亚甲基蓝及考马斯亮
蓝 G250)的降解作用。以不加酶液为空白对照,
37℃摇床过夜(16 h),并同时考察 Ca2+ 与小分子介
体 ABTS 对降解率的影响。
降解率 I=(A0-A1)A0×100%,其中,I:降解率;
A0 :空白对照染料的光吸收值 ;A1 :反应体系样品
染料的光吸收值。
1.2.7 突 变 株 三 维 结 构 模 拟 在 PHYRE2(http://
www.sbg.bio.ic.ac.uk/)中输入目的蛋白的氨基酸序列,
预测的结构及 PDB 文件便输入邮箱。用 Pymol 软件
打开 PDB 文件,并标注突变位点。根据预测的结构
信息,结合突变酶酶学性质与野生型酶对比,分析
其位点突变效应。
2 结果
2.1 漆酶基因lac1338的克隆及表达菌株的构建
通过 PCR 方法扩增出 1 338 bp 的 lac1338 基因
(图 1),将其成功连接到 pET-32a 上,重组质粒被
命名为 pET-32a(+)-lac1338 上。将重组质粒转化
入 E. coli BL21(DE3)感受态细胞中。随机挑取 9
个转化子进行菌液 PCR 初步验证转化是否成功。从
图 2 可以看出转化子 1、2、4、8 和 9 菌液 PCR 成
功,扩增出了目的条带,可以初步认为菌落 1、2、4、
8 和 9 转化成功,提质粒酶切进一步验证,如图 3。
2016,32(7) 173张雪玲等:漆酶 Lac1338 的酶学特性测定及定向突变对其酶解染料影响
双酶切得到 1 338 bp 左右和 5 900 bp 左右的两条带,
分别是目的基因与空线性质粒 pET-32a(+),证明
目的基因已成功连接到表达载体上。选取连接正确
的转化子做下一步研究。
2.2 漆酶Lac1338的表达及粗酶纯化
SDS-PAGE 分析(图 4)表明,经过 IPTG 诱导
后的重组菌在低于 30℃条件下有明显的可溶性重
组 蛋 白 表 达。 粗 酶 液 经 His·Bind® Purification Kit
(Novagen)纯化,产物进行 SDS-PAGE 检测,见图 5。
纯化后的重组漆酶 HIS-Lac1338 为单一的条带,分
子量约为 68 kD (其中 18 kD 为表达载体上的融合蛋
白标签),与理论预测蛋白分子量相同。用 BCA 法
测得纯化后的蛋白浓度为 0.25 mg/mL。
kb
15
10
7.5
5
2.5
1.0
0.25
1.3
kb
3 2 1 M
M :DL15 000 Make ;1-3 :lac1338 的 PCR 产物
图 1 lac1338 的 PCR 扩增产物的电泳分析
3456789 2 1 M
2000
bp
1000
750
500
250
100
M :Marker ;1-9 :随机挑选的 9 个转化子
图 2 转化子菌液 PCR 电泳分析
5900
2000
1000
bp
7200
1300
bp
M221M1
M1 :DL 2000 ;M2 :DL 15000 ;1 :被 Hind III 和 BamH I 双酶切的重组质粒 ;
2 :被 Hind III 酶切的重组质粒
图 3 重组质粒 pET-32a-lac1338 的酶切验证
kD
170
130
100
70
55
M 1 2 3 4 5 6 7 8
1、3、5 和 7 :分别为悬浮蛋白在 20、25、30 和 35℃下的表达量 ;2、4、6
和 8 :沉淀蛋白在 20、25、30 和 35℃下的表达量
图 4 重组漆酶 HIS-Lac1338 的最佳诱导培养温度
kD
170
130
100
70
55
M 1 2 3
图 5 纯化后重组漆酶 HIS-Lac1338 的 SDS-PAGE 电泳
2.3 HIS-Lac1338的酶学性质研究
通 过 在 35-80℃ 范 围 内 的 酶 活 测 定,HIS-
Lac1338 的 最 适 反 应 温 度 为 55℃( 图 6), 在 35-
55℃ 经 2 h 处 理, 酶 活 仍 保 持 50 % 以 上 ;HIS-
Lac1338 的最适 pH 为 6.0,且在 pH4-8 之间经 4 h
的处理仍然保存 50%以上的酶活(图 7)。总体来
看,HIS-Lac1338 有较好的 pH 稳定性和热稳定性,
能够在高温下发挥相对高的酶催化活力。如图 8 所
示,随着 Cu2+ 浓度增加,酶活性不断提高,当 Cu2+
浓度达到 6.0 mmol/L 时,酶活力最高 ;而当 Cu2+ 浓
度 大 于 6.0 mmol/L 时, 酶 活 性 不 断 降 低, 呈 一 种
生物技术通报 Biotechnology Bulletin 2016,Vol.32,No.7174
不对称的钟形结构。由表 1 可以看出,100 mmol/L
的 Ca2+、Na+ 和 K+ 对其活性有着一定程度的激活
作用 ;100 mmol/L 的 Mn2+ 对其活性有 80% 以上的
抑制作用,Co+、Fe2+、Hg+ 和 Ag+ 对其活性完全抑
制 ;而 Mg2+ 在低浓度与高浓度对其活性影响都不
大。 由 表 2 可 知,100 mmol/L 的 EDTA 及 SDS 对
其活性完全抑制,高浓度与低浓度的尿素和 DMSO
的 对 其 活 性 抑 制 作 用 差 别 不 大。 根 据 Michaelis-
Menten 方 程 v= Vmax·[s]/Km +[s] 的 变 形 方 程
1/v= Km/Vmax·1/[s]+1/Vmax, 通 过 双 倒 数 作 图
法,测得反应的 Km 和 Vmax 分别为 567 μmol/L 和 2.8
mmol/(L·min·g)。
2.4 酶活力测定蛋白质浓度测定
根据 ABTS 自由基吸光度与浓度关系曲线,测
出吸光度并计算得酶活力为 5.7 U/mL。由 BCA 法
测得纯化后蛋白浓度为 0.25 mg/mL,所以比酶活为
22.8 U/mg。
2.5 lac1338的定向突变
用电转化方法获得突变文库后,用功能筛选
30 40 50 60 70
30
40
50
60
70
80
90
100
110
Activity of HIS-Lac1338
Stability of HIS-Lac1338
Temperature/ćRelative activity/%
图 6 温度对 HIS-Lac1338 的酶活力和热稳定性的影响(以
ABTS 为底物)
4 5 6 7 8 9 10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
110
Activity of Lac1338
Stability of Lac1338
pH
R
el
at
iv
e A
ct
iv
ity
/%
图 7 pH 对 HIS-Lac1338 的酶活力和稳定性的影响(以
ABTS 为底物)
0 10 20 30 40
0
20
40
60
80
100
R
el
at
iv
e
ac
tiv
ity
/%
Cu2+mmol·L-1
图 8 Cu2+ 对 HIS-Lac1338 酶活性的影响(以 ABTS 为底物)
表 1 不同金属离子对 HIS-Lac1338 酶活性的影响
金属离子 相应的盐
相对酶活 /%
1 mmol/L 100 mmol/L
对照 对照 100 100
Ca2+ 氯化钙 93.98±2.2 109±2.8
Mn2+ 氯化锰 26.3±2.1 18.8±1.2
Mg2+ 氯化镁 105.6±2.4 83.95±3.2
Co2+ 氯化钴 118±1.9 0
Fe2+ 硫酸亚铁 112±2.1 0
Na+ 氯化钠 99.4±2.4 120.4±2.1
K+ 氯化钾 104±2.1 121±2.1
Hg2+ 氯化汞 25.6±1.2 0
Ag+ 氯化银 11.5±0.9 0
表 2 不同化合物对 HIS-Lac1338 酶活性的影响
抑制剂
相对酶活性 /%
1 mmol/L 100 mmol/L
对照 100 100
EDTA 61.3±1.2 0
尿素 67.7±2.3 48.39±2.3
二甲基亚砜 87.1±1.9 83.87±2.2
SDS 37.03±1.3 0
2016,32(7) 175张雪玲等:漆酶 Lac1338 的酶学特性测定及定向突变对其酶解染料影响
法[13,14]获得一株比野生型酶活提高 1.6 倍的菌株,
命名为 lac16,表达蛋白命名为 Lac16。测序表明菌
株 lac16 的碱基与野生型相比有 3 个碱基发生了突
变,相应的氨基酸变化为 :72 位的苯丙氨酸突变为
亮氨酸(UUA-CUA),75 位的苯丙氨酸突变为亮氨
酸(UUA-CUA),290 位的谷氨酰胺突变为精氨酸
(CAA-CGA)。
2.6 Lac16与HIS-Lac1338对染料的降解比较
HIS-Lac1338 对 6 种染料的降解效果(图 9)显示,
ac16 与野生型相比,突变后对酸性紫 7 的降解率大
大提高,由 10.9% 升高到 90.5% ;对溴酚蓝的降解
率也由 20% 升高到 67.8% ;对考马斯亮蓝的降解率
由 25% 提高到 85% ;对苋菜红的降解率由 13.7% 提
高到 14.5% ;对刚果红和靛红的降解率无明显改善。
可见通过易错 PCR 技术获得功能增强的突变酶是可
行的。
β - 绳带排成 β-折页形成所谓的希腊图状)拓扑构
型。对比突变酶和野生型漆酶 Lac1338 的氨基酸序
列,突变位点(图中紫色所示)V278A、P310L 和
S315G 距离漆酶的活性中心较远,位于漆酶蛋白的
表面或环状区域,相应的碱基变化为 GAU → GCU、
CCG → CUG、AGC → GGC。
3 讨论
本研究中的 lac1338 是通过密码子最佳化方法
合成的,这一方法的最大优点是可以使蛋白得到高
水平表达,同时我们优化了表达条件,使得该蛋白
表达量为目前报道的最高表达量。通过定向进化得
突变的 Lac16 漆酶蛋白。研究表明,突变酶较野生
型酶 HIS-Lac1338 在对染料的降解种类及降解率上
都有所改进,表明通过定向进化的方法获取更具工
业应用价值的突变酶是可行。利用某种生物的偏爱
密码子,避免利用率低的或稀有密码子合成基因,
进行基因的重新设计叫密码子最佳化。散在分布的
稀有密码子对翻译效率有负面效应,消除稀有密码
子、去除去稳定序列、重新设计合成基因,都可能
增加蛋白产量,使得蛋白生产更有效和经济。本研
究中的 lac1338 即利用密码子最佳化方法合成而来,
研究表明其表达量为目前已知的最高表达量,对其
酶学性质及染料降解作用还需作进一步探索,并通
过定向进化方法获得染料降解率更高的突变酶。
酶的定向进化是指不需事先了解酶的空间结构
和催化机制,而是人为地创造特殊的进化条件,模
拟自然进化机制,在体外对酶基因进行改造,并定
Am
ara
nth
Ac
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iol
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om
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he
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120
100
80
60
40
20
0
Pe
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en
ta
ge
/%
HIS-Lac1338
Lac16
图 9 野生型酶 HIS-Lac1338 和突变型漆酶 Lac16 对不同
染料的降解情况比较
2.7 突变株三维结构模拟
将突变酶和野生型漆酶的氨基酸序列提交到
phyre2(http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/)蛋白质在线分析
服务器,模拟其三维结构并用软件 pymol 标出结构
中的铜原子及突变氨基酸。结果(图 10)显示,该
酶以单亚基蛋白的形式存在,整个单体分子由 3 个
杯 状(Cupredoxin-like) 结 构 域(Domain 1、2、3)
组成,相应的分成 3 区,每区均具有 β - 圆桶状(由
图 10 突变酶 Lac16 的三维结构模拟图
生物技术通报 Biotechnology Bulletin 2016,Vol.32,No.7176
向筛选、获得具有某些预期特征的进化酶[15]。利
用易错 PCR(Error prone PCR)或 DNA 改组(DNA
shuffling)对酶分子编码基因进行定向进化,可获得
催化效率提高的酶蛋白,并改善酶的一系列性质,
如稳定性[16,17]、底物特异性[18]等,是蛋白质工程
的重要研究工具。易错 PCR 是指通过改变 PCR 的
反应条件,如调整反应体系中 4 种 dNTP 的浓度、
增加 Mg2+ 的浓度、加入 Mn2+ 或使用低保真度的 Taq
酶等,使碱基在一定程度上随机错配而引入多点突
变,构建突变库,筛选出所需的突变体。
ABTS 等小分子介体不仅能增强漆酶对染料的
降解效率,而且能介导漆酶和非酶底物染料之间的
氧化作用,使得漆酶能降解非漆酶底物的染料[19],
例如偶氮类染料不是漆酶的底物,大部分的漆酶
则不能直接降解此类染料[20],但 HIS-Lac1338 在
ABTS 及 Ca2+ 协同作用下能完全降解偶氮类染料罗
丹明 ;对酸性紫 7 及苋菜红降解率很小,对橙黄 G
无降解作用 ;在靛系染料中,只能降解靛红,而不
能降解靛蓝,其原因可能是基团结构的差异性影
响了漆酶 HIS-Lac1338 对其降解效果[21]。突变酶
Lac16 的突变位点都是同类性质氨基酸的替换,如第
72 氨基酸位点,由非极性氨基酸苯丙氨酸突变成非
极性氨基酸亮氨酸 ;第 290 氨基酸位点,由极性氨
基酸谷氨酰胺突变成精氨酸,这些位点有可能参与
维持漆酶催化氧化所需的蛋白空间构像,而同类氨
基酸的替换可维持该空间构像[22],在接下来的工作
中我们将结合该漆酶蛋白的三维结构及其生物信息
学进一步探索突变碱基对其性质改变的原因。Miele
等[23]通过定向进化提高糙皮侧耳(P. ostreatus)漆
酶 POXA1b 的酶活性,进而提高了该漆酶对酸性
黄 49、 酸 性 红 266 及 直 接 黄 106 染 料 的 降 解 率 ;
Koschorreck 等[24]研究发现,通过提高地衣芽胞杆
菌(B. licheniformis)的漆酶 CotA 的酶活性,可增
强该漆酶对茜素红 S、亮蓝 R 和靛红等染料的降解
效果。
4 结论
本研究中,与野生型漆酶 HIS-Lac1338 相比,
酶活力提高的突变酶 Lac16 对酸性紫 7、考马斯亮蓝、
溴酚蓝和苋菜红等染料的降解率也得到一定的提高,
结果表明通过易错 PCR 的定向进化技术获得的酶活
力提高的突变酶,其对环境污染物的降解能力也会
得到提高,所以下一步我们希望通过筛选酶活力更
高的突变菌株,得到降解染料能力更强的菌株。
参 考 文 献
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(责任编辑 狄艳红)