全 文 :西北农业学报 2015,24(8):84-91
Acta Agriculturae Boreali-occidentalis Sinica doi:10.7606/j.issn.1004-1389.2015.08.014
网络出版日期:2015-08-04
网络出版地址:http://www.cnki.net/kcms/detail/61.1220.S.20150804.1716.014.html
橡胶草顺式异戊烯基转移酶基因的克隆与原核表达
收稿日期:2014-08-07 修回日期:2014-10-22
基金项目:国家自然科学基金(31360060)。
第一作者:王秀珍,女,在读硕士,从事植物转基因的研究。E-mail:wxz836365@163.com
通信作者:闫 洁,女,副教授,主要从事生物化学与分子生物学的教学与研究工作。E-mail:jiey@shzu.edu.cn
王秀珍,赵丽娟,赵李婧,李永梅,袁彬青,闫 洁,祝建波
(新疆石河子大学 生命科学学院,新疆石河子 832000)
摘 要 克隆新疆野生橡胶草顺式异戊烯转移酶基因,对其进行生物信息学分析,构建该基因的原核表达载
体,在大肠杆菌中诱导表达融合蛋白,为进一步研究该基因的功能和植物体内天然橡胶合成分子机制奠定基
础。采用同源克隆法结合RT-PCR技术获得目的基因,测序正确后将该基因片段连接到原核表达载体pET-
30a中,转化大肠杆菌BL21并诱导表达。结果表明:该基因开放阅读框为927bp,编码308个氨基酸,推测
的蛋白分子质量为34.9ku,理论等电点为8.74;具有cis-异戊烯基转移酶的5个高度保守区,属于cis-IPPS
superfamily蛋白家族;系统进化树表明,橡胶草顺式异戊烯基转移酶与短角蒲公英的亲缘关系最近;经IPTG
诱导和SDS-PAGE检测,所构建的原核表达载体表达的融合蛋白与预期蛋白相符合。可见,利用 RT-PCR
技术从橡胶草叶片中克隆得到顺式异戊烯转移酶基因,成功构建原核表达载体,并使其在大肠杆菌中得到表达。
关键词 橡胶草;顺式异戊烯转移酶;序列分析;原核表达
中图分类号 Q78 文献标志码 A 文章编号 1004-1389(2015)08-0084-08
Molecular Cloning and Prokaryotic Expression of
Cis-prenyltransferase Gene fromTaraxacum kok-saghyz Rodin
WANG Xiuzhen,ZHAO Lijuan,ZHAO Lijing,LI Yongmei,
YUAN Binqing,YAN Jie and ZHU Jianbo
(Colege of Life Science,Shihezi University,Shihezi Xinjiang 832000,China)
Abstract Cloning,sequence analysis of the cis-prenyltransferase gene from Taraxacum kok-saghyz
Rodin,and expression of recombinant proteins in Escherichia coli were conducted to further research
the gene’s function and the molecular mechanism of Natural Rubber Biosynthesis in the plant.The
TkCPT1 gene was amplified by homologous sequence cloning method and RT-PCR,then the cloned
genes of TkCPT1 were inserted into vector pET-30a.The recombinant plasmids pET-30a-TkCPT1
were expressed in the prokaryotic expression system after its transformation into E.coli BL21.The
TkCPT1 genes’s ORF of 927bp and encodes 308amino acids.The putative protein of the gene had an
isoelectric point of 8.74and a calculated molecular weight of 34.9ku.The protein contained five high-
ly conserved regions,belonged to the cis-IPPS superfamily protein family;phylogenetic analysis
showed that the TkCPT1 had nearest relationship with Taraxacum brevicorniculatumcis-prenyltrans-
ferase.Results of SDS-PAGE showed that the specific fusion protein was successfuly induced to ex-
press by IPTG.In this study,the cis-prenyltransferase gene was obtained from Taraxacum kok-
saghyz Rodin by RT-PCR,and the prokaryotic expression vector for this gene was constructed,and
then successfuly induced to express by IPTG in BL21.
Key words Taraxacum kok-saghyz Rodin;Cis-prenyltransferase;Sequence analysis;Prokaryotic ex-
pression
橡胶草(Taraxacum kok-saghyz Rodin),属
于菊科莴苣族蒲公英属植物,其根中含20%以上
的橡胶(多年生的干质量),是世界主要产胶植
物之一[1]。原产于哈萨克斯坦共和国天山山谷和
中国新疆特克斯河流域,苏联中亚地区和欧洲也
有分布,橡胶草适应性强,干旱、盐碱地等仍可良
好生长[2]。
橡胶草,由于是草本植物,进行组织培养比木
本植物容易。在组织培养的基础上,容易建立遗
传转化体系。从产胶的分子生物学来看,橡胶草
乳管组织中可产生与巴西橡胶树橡胶结构和性能
相当的天然橡胶,是一种具有很大发展前途的产
胶植物[3]。同时,其产胶生理过程与巴西橡胶树
相似,作为产胶模式植物,可进行胶乳相关基因和
植物产胶机制的研究。从研究植物的萜类代谢来
看,橡胶草更是研究的好材料。橡胶草作为天然
橡胶替代作物,在获得战略橡胶的同时,可以得到
清洁能源乙醇和保健品菊糖[4]。因此,橡胶草不
仅在植物生物技术研究领域具有深远的科学意
义,而且在工业应用上具有很高的经济价值。
橡胶主要通过依赖于甲羟戊酸的植物类异戊
二烯次生代谢途径合成,是一个酶促的顺1,4-异
戊二烯聚合到长链异戊二烯橡胶分子的过程[5]。
橡胶的合成处于类异戊二烯生物合成的中心途径
以外的侧枝途径[6],在橡胶体外合成试验中,存在
起始物链长效应,即始物碳链越长,橡胶合成速度
越快[7]。而顺式-异戊烯基转移酶催化异戊烯基
二磷酸(isoprenyldiphosphate,IPP)多聚化形成
长链橡胶,决定橡胶分子大小,产胶量及橡胶的理
化性质,位于橡胶生物合成的最后一步,是天然橡
胶合成中最重要的关键酶之一[8]。
近年来,国外在橡胶草分子生物学方面研究
进展迅速,而中国在这方面的研究中断时间较长。
国内对橡胶草的研究早期集中在橡胶提取工艺和
橡胶含量测定方法的比较[9-14],近期也开展了少
量橡胶草组培技术[15]和基因克隆分析的研究[16]。
鉴于国内外对橡胶草研究的差距及中国天然橡胶
生产和消费现状,以及顺式-异戊烯基转移酶在
橡胶合成途径中的重要作用,本研究从橡胶草中,
克隆得到顺式-异戊烯基转移酶基因,对其进行
生物信息学分析和原核表达,为研究该基因的功
能和植物体内橡胶生物合成分子机制奠定理论
基础。
1 材料与方法
1.1 材 料
1.1.1 试验材料 橡胶草植株于2013年7月采
自新疆石河子市蘑菇湖水库边,移栽至温室培养。
1.1.2 菌株与试剂 大肠杆菌(Escherichia coli)
DH5α、表达载体pET-30a、表达菌株BL21(DE3)
均由石河子大学生命科学学院农业生物技术重点
实验室保存。植物总RNA提取试剂盒购于艾德
莱生物公司,cDNA合成试剂盒和凝胶回收试剂
盒购于北京康为世纪生物科技有限公司。T4
DNA连接酶、限制性内切酶购自TaKaRa公司,
pMD19-T克隆载体、10×Taq ReactionBuffer、
Taq DNA Polymerase、dNTP购自TIANGEN公
司。广谱彩虹预染蛋白 marker购自北京康为世
纪生物科技有限公司。
1.2 方 法
1.2.1 新疆野生橡胶草总 RNA的提取和cD-
NA的合成 参照EASY spin Plus植物RNA快
速提取试剂盒说明书提取新疆野生橡胶草叶片的
RNA。cDNA的合成参照北京康为世纪生物科
技有限公司的SuperRT cDNA第1链合成试剂
盒中的说明书。
1.2.2 橡胶草CPT1基因的克隆 根据 Gen-
Bank公布的橡胶草近源种短角蒲公英的3个顺
式-异戊烯基转移酶基因序列(GenBank登录号分
别为:JQ991925.1、JQ991926.1、JQ991927.1),
结合软件primer premier5.0设计特异性引物。
F:5′-GAATTCATGCAAGTGAATCCAA-
TCATTAC-3′,R:5′-CTCGAGTTATGCCTGC-
TTCTTCTTCTTC-3′
将已反转录成的新疆野生橡胶草cDNA为
模板进行PCR扩增,PCR的反应体系参见Taq
DNA Polymerase说明书。PCR 反应程序为:
94℃ 预变性5min,94℃ 变性30s,59℃退火
30s,72℃ 延伸1min,30个循环;最后72℃延
伸7min;4℃保存。PCR产物经10g/L的琼脂
·58·8期 王秀珍等:橡胶草顺式异戊烯基转移酶基因的克隆与原核表达
糖凝胶电泳分离后,参照康为世纪凝胶回收纯化
试剂盒说明书回收目的条带,将回收的目的片段
与克隆载体pMD19-T Vocter连接,将连接产物
转化DH5α感受态细胞,挑取阳性克隆进行PCR
鉴定,小量提取质粒经酶切鉴定正确后交由北京
华大基因公司进行测序。
1.2.3 橡胶草CPT1 基因序列分析和进化树构
建 利用 NCBI网站的 ORF Finder工具(ht-
tp://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gorf/),
确定该基因的开放阅读框。利用ProtScale工具(
http://web.expasy.org/protscale/)进行亲水
性/疏水性分析。用 Conserved Domains (ht-
tp://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/
wrpsb.cgi)预测蛋白的保守域。蛋白理化性质预
测用ProtParam (http://web.expasy.org/prot-
param/)网站分析。利用 NCBI网站的 Blastx
(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/)工具进行其
他物种的同源氨基酸搜索,利用DNAMAN软件
对同 源 氨 基 酸 进 行 多 重 比 对,Clustalx 和
MEGA4.1软件构建系统进化树。
1.2.4 原核表达载体的构建 将PET-30a(+)
质粒和pMD19-T-TkCPT1 质粒分别用EcoRⅠ
和XhoⅠ双酶切,双酶切反应体系为20μL,其中
质粒10μL,10×T Buffer 2μL、EcoRⅠ1μL、
XhoⅠ1μL,加灭菌蒸馏水至20μL;反应条件为
37℃、4h。胶回收 PET-30a(+)载体片段和
TkCPT1 基因片段,之后用T4DNA连接酶于16
℃连接过夜,将连接产物转化E.coli BL21(DE3)
感受态细胞,在卡那霉素抗性的 LB平板上挑取
重组质粒,通过PCR、双酶切筛选阳性克隆,并对
阳性克 隆 测 序 验 证 。构 建 成 功 的 表 达 质
粒 命 名 为pET-30a-TkCPT1 ,将测序正确的质
粒转化BL21(DE3)感受态细胞。
1.2.5 重组质粒在大肠杆菌中的诱导表达及
SDS-PAGE分析 把经鉴定含有重组质粒pET-
30a-TkCPT1 的大肠杆菌BL21(DE3)接种于50
mL LB含 Kan的LB液体培养基中,37℃、220
r/min过夜培养后取0.5mL加入到50mL含
Kan的LB液体培养基中,37℃、220r/min继续
振荡培养至OD600为0.4~0.6时,加入IPTG使
终浓度达到0.5mmol/L,以不加IPTG为对照,
分别诱导表达1~6h。诱导完成后,将经诱导表
达的菌液转入50mL离心管中,5 000r/min离心
10min,收集菌体。弃上清,加入5mL磷酸缓冲
液,超声波破碎后离心去除破碎菌体,收集上清
液。SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳参照文献[17]的
方法进行。
2 结果与分析
2.1 橡胶草CPT1的克隆
以新疆野生橡胶草叶片cDNA为模板,利用
特异性引物进行过PCR扩增,得到目的条带(图
1)。将目的片段回收、连接克隆载体pMD19-T
连接,将连接产物转化DH5α感受态细胞,挑取阳
性克隆扩大培养,经菌液PCR和双酶切鉴定正确
后测序。测序结果经 DNAMAN 软件分析,
TkCPT1 包含1个长927bp的完整开放阅读框。
比较TkCPT1 与短角蒲公英的3个顺式-异戊烯
基转移酶基因序列,发现其与TbCPT1的一致性
最高,达到98.17%;与TbCPT2、TbCPT3的一
致性分别为97.63%,96.98%。比较TkCPT1 和
TbCPT1的 ORF序列,发现二者存在17处碱基
差异,编码产物的氨基酸序列存在7个差异,氨
基酸序列一致性达97.96%。
2.2 橡胶草CPT1基因的生物信息学分析
2.2.1 橡胶草CPT1基因的序列分析 利用
ORF Finder工具分析显示,所克隆的TkCPT1 包
含1个927bp的完整开放阅读框,推导 ORF编
码308个氨基酸(图2)。
M.DNA markerⅢ;1~6.RT-PCR扩增产物 RT-PCR
amplification of TkCPT1 gene
图1 TkCPT1 基因的扩增
Fig.1 Amplification of CPT1gene from
Taraxacum kok-saghyz Rodin
2.2.2 蛋白质理化性质分析 利用ExPASy在
线分析软件对推导的 TkCPT1氨基酸序列进行
理化特性分析:橡胶草CPT1蛋白质的分子式为
C1570H2451O447S14;分子质量为34.909 1ku;理论
·68· 西 北 农 业 学 报 24卷
等电点为8.74,不稳定系数为33.72,属于稳定蛋
白,含 量 较 高 的 氨 基 酸 主 要 有 Leu(28 个,
9.1%)、Val(24个,7.8%)、Gly(23个,7.5%)、
Asn(22个,7.1%);负电荷氨基酸残基(Asp+
Glu)的数目共有31个,正电荷氨基酸残基(Arg
+Lys)的数目共有 35 个,总平均亲水性为
-0.173。
*终止密码子 Stop codon
图2 TkCPT1 基因的cDNA序列及其推导的蛋白质氨基酸序列
Fig.2 cDNA sequence and deduced amino seqences of CPT1fromTaraxacum kok-saghyz Rodin
采用在线ProtScale软件对橡胶草CPT1蛋
白进行亲水性/疏水性预测。由图3可知,多肽链
第82位氨基酸最高分值为2.322,疏水性最强;
而在多肽链第109位氨基酸最低分值为-2.811,
亲水性最强。亲水氨基酸分布比较均匀,而且亲
水氨基酸数量比疏水性多,该蛋白为亲水性蛋白。
2.2.3 TkCPT1蛋白二级结构和三级结构预测
分析 采用SOPMA方法对 TkCPT1蛋白的二
级结构进行预测,结果显示该蛋白由45.78%的
α-螺旋 (α-helix)、20.78% 的 β-股 (β-strand)、
33.44%的无规则卷曲构成。利用PSIPRED 在
线软件分析表明,该蛋白质共有11个α-螺旋,6
个β-股和18个无规则卷曲。通过SWISS-MOD-
EL在线软件,预测其三级结构(图4),可以看出
结果与二级结构预测基本一致,从而进一步验证
结构的正确性。
2.2.4 橡胶草CPT1结构域与氨基酸同源性分
析 用CDD软件分析该蛋白的保守结构域,结果
表明,CPT1与十一异戊烯基二磷酸合酶(unde-
caprenyl diphosphate synthase,UPPS)都是异戊
烯基二磷酸合酶 (isoprenyl diphosphate syn-
thase,IPPS),它们的功能是催化IPP与其异构
体二甲基烯丙基二磷酸(dimethylalyldiphos-
phate,DMAPP)缩合反应得到牻牛儿基二磷酸
(geranyl diphosphate,GPP),并在此基础上陆续
加入IPP单位而得到不同异戊烯类化合物。这
类酶的通俗名称为异戊烯基转移酶(prenyltrans-
ferase)。IPPS又可分为催化合成反式双键的反
式异戊烯基转移酶(E-IPPS)和催化合成顺式双
键的顺式异戊烯基转移酶(Z-IPPS)。CPT1属于
Cis(Z)-Isoprenyl Diphosphate Synthases (cis-
IPPS)超级家族(图 5)。在原核生物中,cis-
IPPS,UPP合酶在细菌细胞壁肽聚糖的生物合成
中催化载体脂质UPP的形成。类似地,在真核生
物中,cis-IPPS,UPP合酶在异戊二烯糖基载体脂
质中催化多萜醇基磷酸的形成。
通过 BlastP进行同源性搜索,应用 DNA-
MAN软件进行氨基酸序列比对分析。多重比较
结果显示橡胶草CPT1基因编码的蛋白与短角蒲
公 英(Taraxacum brevicorniculatum)TbCPT 1
·78·8期 王秀珍等:橡胶草顺式异戊烯基转移酶基因的克隆与原核表达
图3 TkCPT1 基因编码蛋白的氨基酸序列疏水性/亲水性预测
Fig.3 Prediction of the hydrophobicity and hydrophilicity of TkCPT1fromTaraxacum kok-saghyz Rodin
(AGE89403.1)、TbCPT2(AGE89404.1)和 Tb-
CPT3(AGE89405.1)的氨基酸序列一致性分别
为97.96%、97.08%和96.10%;与橡胶树(Hev-
ea brasiliensis)Hpt1(AAM92880.1)和 Hpt2
(AAM92881.1)的氨基酸序列一致性分别为
51%和50%;与碧桃(Prunus persica)PRUPE_
ppa009495mg(XP_007200535.1)和油菜(Bras-
sica napus)BnaA10g13280D(CDY31543.1)的氨
基酸序列一致性分别为53.72%和44.34%。橡
胶草CPT1具有所有的cis-IPPS家族都具有5个
高度保守区域(图6),这些序列的出现有重要功
能:Ⅰ区(P-LOOP结构)是一个磷酸结合环,其功
能是结合和转换法呢基二磷酸(farnesyldiphos-
phate,FPP)的磷酸基团;Ⅲ区识别IPP的正确定
位以及催化活性,并且在橡胶链延伸过程中需要
Ⅲ区和Ⅴ区。
2.2.5 橡胶草CPT1的系统进化树分析 应用
ClustalX 2和MEGA 4.1软件对1 4个物种氨基
图4 TkCPT1蛋白三级结构同源建模
Fig.4 3Dstructure of TkCPT1established
by homology based modeling
图5 TkCPT1保守结构域的预测结果
Fig.5 Prediction conserved domain of CPT1fromTaraxacum kok-saghyz Rodin
·88· 西 北 农 业 学 报 24卷
酸序列建立系统发育树,结果表明橡胶草CPT1
与短角蒲公英和橡胶树的顺式异戊烯基转移酶具
有较近的亲缘关系,与短角蒲公英TbCPT1蛋白
亲缘关系最近并在同一分支上(图7)。
2.3 原核表达载体的构建及鉴定
重组质粒pMD19-TkCPT1 用EcoRⅠ/Xho
Ⅰ酶切,定向插入经EcoRⅠ/XhoⅠ酶切的原核
表达载体pET-30a(+)中,构建表达质粒pET-
30a-TkCPT1 ,转化BL21(DE3)感受态细胞,挑
取阳性克隆进行菌液PCR,提取阳性质粒进行
EcoRⅠ/XhoⅠ酶切鉴定(图8),鉴定结果表明
TkCPT1 基因已成功克隆入pET-30a(+)原核表
达载体中,说明成功构建表达质粒。
I~V.顺式异戊烯基转移酶的5个保守区 The five conserved regions of cis-prenyltransferases
图6 TkCPT1氨基酸与其他物种氨基酸序列比对
Fig.6 Multialignment of the deduced amino acid sequences of cis-prenyltransferases
fromTaraxacum kok-saghyz Rodin and other plant genes
标尺上面的数字代表遗传距离 The numbers in the ruler indicated the genetic distances
图7 橡胶草与其他科属植物CPT基因氨基酸的系统树
Fig.7 Homologous phylogenetic tree of amino acid of CPTgene between
Taraxacum kok-saghyz Rodin and other plants
·98·8期 王秀珍等:橡胶草顺式异戊烯基转移酶基因的克隆与原核表达
M.DNA markerⅢ;1~2.PET-30a-TkCPT1 质粒经EcoR
和XhoⅠ双酶切结果 Digested with EcoRⅠ/XhoⅠ;3.阳性质
粒对照 Plasmid control
图8 PET-30a-TkCPT1 质粒酶切鉴定
Fig.8 Identification of PET-30a-TkCPT1 plasmid
through double enzyme cut
2.4 SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳
经IPTG诱导后提取菌体总蛋白进行SDS-
聚丙烯酰胺凝胶电泳,结果如图9所示,随着时间
的延长,大小约为34.9ku的蛋白的含量增加,在
6h时表达量最高。说明TkCPT1 基因在大肠杆
菌中成功表达。
M.蛋白 marker Protein molecular weight marker;1~6.
IPTG诱导表达1~6h Induced pET-30a-TkCPT1 ;CK.对照
Uninduced pET-30a-TkCPT1
图9 SDS-PAGE电泳检测TkCPT1蛋白表达
Fig.9 TkCPT1protein expression detected
by SDS-PAGE electrophoresis
3 结论与讨论
植物萜类化合物是以异戊二烯为结构单位的
一大类植物天然产物,橡胶是含有多于8个异戊
二烯单位的多贴类化合物。在橡胶合成过程中,
CPT是一种与橡胶粒子紧密结合的膜蛋白,催化
IPP掺入到聚异戊烯链上形成长链橡胶,直接决
定橡胶分子的大小。目前,顺式-异戊烯基转移酶
基因在红褐肉座菌、大肠杆菌、克氏锥虫、拟南芥、
酿酒酵母和人类等中被克隆出来。Asawatrera-
tanakul等[18]从橡胶树胶乳中分离到的HRT1
和HRT2 ,2个cDNA核苷酸相似性为92%,氨
基酸相似性为87%,且与大肠杆菌、酿酒酵母、拟
南芥等的氨基酸相似性都不小于30%。罗明武
等[19]从橡胶树胶乳特异表达基因差减文库筛选
到的CPT基因,编码290个氨基酸,分子量约为
32.9kDa,等电点为7.2,含有cis-异戊烯基链转
移酶的5个高度保守区。Fujihashi等[20]通过细
菌UPPS的X射线衍射图分析该酶的三维结构
后,发现Z-IPPS是以同型二聚体的形式存在,每
个亚基由α-螺旋以及二聚体内部中心部位的10
个β-折叠构成。橡胶草CPT1蛋白的三维结构预
测和氨基酸序列比对表明,该蛋白与其他物种
CPT的结构基本相符,这进一步说明橡胶草
CPT1是一个在萜类生物合成途径中起作用的功
能蛋白。
到目前为止,人们对cis-IPPS的链长决定机
制还不十分清楚,一些报道说自然状态下cis-
IPPS产物链长特异性受环境因素的影响,可能与
酶自身空间结构有关[21]。由于橡胶生物合成机
理的复杂性,对于顺1,4-异戊二烯聚合成橡胶分
子的详细过程还知之甚,橡胶生物合成可能存在
共同的机制,不同植物橡胶生物合成分子机理及
橡胶分子质量大小决定机制的研究结果可相互借
鉴与印证[22]。因此,掌握橡胶草CPT1的功能以
及进一步鉴定与CPT1互作的蛋白将有助于更好
的了解和调控橡胶的生物合成。
本研究利用 RT-PCR 从橡胶草中成功克隆
得到1个顺式异戊烯基转移酶基因,与已报道的
其他植物的同一基因相比,编码区基本一致。序
列分析表明,该基因具有顺式异戊烯基转移酶的
5个高度保守的区域。将TkCPT1 基因与原核
表达载体pET-30a构建融合表达载体,并成功地
在大肠杆菌BL21中实现表达,为橡胶草CPT1
蛋白功能研究提供理论基础。
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·19·8期 王秀珍等:橡胶草顺式异戊烯基转移酶基因的克隆与原核表达