全 文 :·研究报告·
生物技术通报
BIOTECHNOLOGY BULLETIN 2013年第5期
主要组织相容性复合体(major histocompatibility
complex,MHC)是由紧密连锁的高度多态性基因座
所组成的染色体上的一个与免疫应答和抗病性密切
相关的多基因复合体。它广泛存在于脊椎动物中,
决定着动物的免疫排斥反应 [1]。MHC 基因复合体由
收稿日期 :2012-11-23
基金项目 : 甘肃省省青年科技基金计划(1107RJYA060),2012 年甘肃省高等学校基本科研业务费项目(GSAU-STS-1231),甘肃农业大学
盛彤笙科技创新项目(GAU-YZ1007),2012 年甘肃省农业科技创新项目
作者简介 :柴文琼,女,硕士研究生,研究方向 :动物遗传育种与繁殖 ;E-mail :358215320@qq.com
通讯作者 :罗玉柱,男,教授,博士生导师,研究方向 :生物技术与动物育种 ;E-mail :luoyz@gsau.edu.cn
河西绒山羊 GOLA-DQA1 基因第 2 外显子
遗传特征分析
柴文琼 王继卿 胡江 刘秀 李少斌 罗玉柱
(甘肃农业大学甘肃省草食动物生物技术重点实验室 动物科学技术学院 研究测试中心,兰州 730070)
摘 要 : 采用 PCR-SSCP 和测序技术,分析 864 只河西绒山羊(有流产表型记录)GOLA-DQA1 基因的遗传特性及其与山羊
流产的关联性。研究结果表明,在河西绒山羊 DQA1 基因第 2 外显子上检测到 9 个等位基因,其中 GOLA-DQA1*B、GOLA-DQA1*E
和 GOLA-DQA1*H 3 个等位基因为本研究首次发现。9 个等位基因中存在 42 个核苷酸多态位点,占分析位点总数的 12.65%,包括
23 个转换位点,13 个颠换位点,5 个转换和颠换共存位点及 1 个插入位点。相关性分析结果表明,不同表型间的等位基因分布差
异显著(P<0.05),病例组中等位基因 GOLA-DQA1*A 的频率显著高于正常组(P<0.05),等位基因 GOLA-DQA1*H 的频率显著低于
正常组(P<0.05)。由此推测等位基因 GOLA-DQA1*A 与山羊流产的易感性相关,GOLA-DQA1*H 与流产抗性相关。
关键词 : GOLA-DQA1 基因 河西绒山羊 遗传特征 PCR-SSCP 流产
Genetic Characteristics of GOLA-DQA1 Gene at Exon2 in Hexi
Cashmere Goat
Chai Wenqiong Wang Jiqing Hu Jiang Liu Xiu Li Shaobin Luo Yuzhu
(Gansu Key Laboratory of Herbivorous Animal Biotechnology,Faculty of Animal Sci-tech,Analysis and Research Center of Gansu Agricultural
University,Lanzhou 730070)
Abstract: Genetic Characteristics of GOLA-DQA1 gene at exon2 and the association of alleles with pregnancy in Hexi cashmere goat
were analyzed using polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism (PCR-SSCP) and sequencing technology. Nine alleles
were identified at GOLA-DQA1 gene at exon2 in Hexi cashmere goat and 3 new DQA1 alleles were identified (GOLA-DQA1*B, GOLA-DQA1*E
and GOLA-DQA1*H). Sequence analysis indicated that there were 42 single nucleotide polymorphism sites, which occupied 12.65% of exon
2 sequences which include twenty three transition sites, thirteen transversion sites, five coexist sites and one insertion site. Correlation analysis
showed significant statistic difference between different alleles (P<0.05). Frequencies of GOLA-DQA1*A were significantly in abortion group
higher than those in normal group (P<0.05). In contrast, GOLA-DQA1*H allelic frequencies in abortion group were significance lower than
those in normal group (P<0.05). The result suggested that the allele GOLA-DQA1*A might associated with abortion and GOLA-DQA1*H might
related to pregnancy protection in Hexi Cashmere Goat.
Key words: GOLA-DQA1 gene Hexi cashmere goat Genetic characteristic PCR-SSCP Abortion
Ⅰ、Ⅱ类和Ⅲ类 3 类基因组成。Ⅱ类基因包括高度
多态的 DQ 和 DR 基因家族,DQ 基因家族至少含有
DQA1、DQA2、DQB1 和 DQB2 等 4 个基因座位。它
们所编码的 MHC 抗原在其免疫系统中发挥着最重
要的作用,与家畜的多种疾病之间存在强相关。如
2013年第5期 121柴文琼等 :河西绒山羊 GOLA-DQA1 基因第 2 外显子遗传特征分析
牛乳房炎、口蹄疫、慢性后脊椎轻瘫,绵羊的线虫、
痒病、包虫病,鸡传染性疾病等 [2-6]。山羊的 MHC
称为 GoLA(Goat lymphocyte antigen),即山羊白细
胞抗原。山羊 GoLA 的结构和功能与牛、绵羊非常
相似,具有高度多态性和连锁不平衡的特点。国内
外对山羊 GoLA 遗传多态性的研究主要集中在 GoLA-
DRB1 和 GoLA-DRB3[7-9]基因上,但是尚未见我国
优良地方山羊品种 DQA 基因的研究报道,明显不利
于我国地方山羊品种的合理利用和抗病育种研究。
河西绒山羊是中国固有的三大绒山羊品种之
一,现存栏 116.8 万只(占甘肃省山羊存栏总量的
30.22%),是甘肃省绒山羊生产的重要遗传资源。但
流产严重影响着河西绒山羊的健康发展。据课题组
对 26 831 只河西绒山羊适繁母羊的调查,河西绒山
羊平均流产率达 20% 以上。其他学者也证实了河西
绒山羊流产病的发生 [10]。目前还没有针对山羊流产
的专用治疗药物,因此只能通过药物预防和加强饲
养管理来降低流产率,但使用药物会造成畜产品品
质下降(如羊肉),且和加强饲养管理一样,虽然在
预防流产中发挥了重要作用,但无法根除它。相同
环境条件下个体对山羊流产病的抗性有差异,为从
遗传本质上消灭此病提供了理论依据,但前提是需
要找到与流产相关的抗性等位基因。因此,本研究
应用 PCR-SSCP 和测序技术,以与家畜多种疾病存
在强相关的 GOLA-DQA1 基因为研究对象,分析河西
绒山羊 DQA1 基因第 2 外显子的遗传特征,探讨等
位基因频率与山羊流产的相关性,以期为河西绒山
羊抗流产病分子育种提供基础性资料。
1 材料与方法
1.1 材料
采集 864 只河西绒山羊血样记录是否流产,其
中正常个体 610 只,流产 254 只。颈静脉采血 10
mL,ACD 抗凝,-20℃保存。采用常规酚 - 氯仿抽
提法提取血液基因组 DNA[11]。
1.2 方法
1.2.1 引物设计及 PCR 扩增 参照 GenBank 中山羊
DQA1 基因第 2 外显子序列(AY464657)设计 1 对
引物,由大连宝生物有限公司合成。引物序列见表 1。
PCR 反 应 体 系 :总 体 积 20 μL,5 U/μL Taq 酶
0.2 μL,2.5 mmol/L dNTP 0.3 μL,10×Buffer(含 2.5
mmol/L Mg2+)2 μL,10 pmol/μL 引物 0.4 μL,模板 1
μL,加 H2O 补足 20 μL。PCR 反应条件 :94℃预变
性 2 min ;94℃ 30 s,60℃ 35 s,72℃ 30 s,共 32 个
循环 ;72℃ 7 min,4℃保存。PCR 产物用 1.5% 的
琼脂糖凝胶(含 EB)检测,用凝胶成像仪检验扩增
效果。
1.2.2 SSCP 分析及序列测定 取 PCR 产物 2-3 μL,
与 8 μL 加 样 缓 冲 液(98% formamide,10 mmol/L
EDTA,0.025% bro-mophenol blue,0.025% xylene-
cyanol)混合,98℃变性 10 min,立即转置冰上冷却,
加入 14%(37.5∶1)的非变性聚丙烯酰胺凝胶,在
0.5×TBE、4℃、280 V 电压下,电泳 18 h。为保证
内循环温度不受外界温度影响,电泳在温控室进行。
电泳结束后,采用银染法显色,判定等位基因和基
因型。
1.2.3 测序 纯合子 PCR 产物送北京六合华大基因
科技股份有限公司直接进行序列测定,杂合子克隆
后对菌液进行序列测定。为确保结果准确,所有等
位基因序列均选择 2 个以上的不同个体测序 2 次。
1.2.4 数据分析 根据文献[12,13] 统计基因型,计
算 χ2 值、多态信息含量(PIC)、有效等位基因数(Ne)
和位点的杂合度(He)。使用 SPSS16.0 软件比较河
西绒山羊不同等位基因与山羊流产的关联性。
2 结果
2.1 DQA1基因第2外显子PCR-SSCP检测结果与序
列分析
PCR-SSCP 检测结果(图 1)显示,河西绒山羊
DQA1 第 2 外显子共存在 A、B、C、D、E、F、G、H、
I 9 个等位基因。与 GenBank 中山羊 GOLA-DQA1 基因
第 2 外显子序列比对发现,GOLA-DQA1*B、GOLA-
DQA1*E 和 GOLA-DQA1*H 3 个等位基因为本研究新
发现,Cahi-DQA1.7[14]未在本研究中发现。根据等
位基因核苷酸序列比对结果(图 2)显示,河西绒
表 1 DQA1 基因第 2 外显子的引物序列、扩增长度及退火温度
名称 引物序列(5-3) 扩增长度(bp) 退火温度(℃)
DQA1-up AAGCCCACAATGTTTGATAGTC
384 60
DQA1-dn CAACAAAGAGAGGCAGAATGG
生物技术通报 Biotechnology Bulletin 2013年第5期122
山羊 DQA1 中发现 42 个核苷酸多态位点,占总分析
位点的 12.65%(42/332)。其中转换位点 23 个,占
核苷酸多态位点的 54.76%(23/42),包括 G/A 的转
换位点 15 个,T/C 的转换位点 8 个;颠换位点 13 个,
占核苷酸多态位点的 30.95%(13/42);转换和颠换
共存位点 5 个,占 11.9%(5/42);本试验还发现 1
个插入位点(17 位点)。因此,河西绒山羊 DQA1 基
因第 2 外显子多态性较丰富,转换在核苷酸多态位
点中占优势(54.76%)。
2.2 DQA1基因第2外显子遗传特征分析
河 西 绒 山 羊 DQA1 等 位 基 因 频 率( 表 2) 表
明, 在 9 等 位 基 因 中 GOLA-DQA1*G 的 频 率 最 高
(21.82%),其次是 GOLA-DQA1*D 和 GOLA-DQA1*C,
等位基因频率分别为 18.75% 和 15.16%。等位基因
GOLA-DQA1*B 和 GOLA-DQA1*I 的频率最低,仅分
*A *B *C *D *E *H *F *G *I
159
239
319
332
79GOLA-DQA1*A. seq
GOLA-DQA1*I. seq
GOLA-DQA1*H. seq
GOLA-DQA1*G. seq
GOLA-DQA1*F. seq
GOLA-DQA1*E. seq
GOLA-DQA1*D. seq
GOLA-DQA1*C. seq
GOLA-DQA1*B. seq
GOLA-DQA1*A. seq
GOLA-DQA1*I. seq
GOLA-DQA1*H. seq
GOLA-DQA1*G. seq
GOLA-DQA1*F. seq
GOLA-DQA1*E. seq
GOLA-DQA1*D. seq
GOLA-DQA1*C. seq
GOLA-DQA1*B. seq
GOLA-DQA1*A. seq
GOLA-DQA1*I. seq
GOLA-DQA1*H. seq
GOLA-DQA1*G. seq
GOLA-DQA1*F. seq
GOLA-DQA1*E. seq
GOLA-DQA1*D. seq
GOLA-DQA1*C. seq
GOLA-DQA1*B. seq
GOLA-DQA1*A. seq
GOLA-DQA1*I. seq
GOLA-DQA1*H. seq
GOLA-DQA1*G. seq
GOLA-DQA1*F. seq
GOLA-DQA1*E. seq
GOLA-DQA1*D. seq
GOLA-DQA1*C. seq
GOLA-DQA1*B. seq
GOLA-DQA1*A. seq
GOLA-DQA1*I. seq
GOLA-DQA1*H. seq
GOLA-DQA1*G. seq
GOLA-DQA1*F. seq
GOLA-DQA1*E. seq
GOLA-DQA1*D. seq
GOLA-DQA1*C. seq
GOLA-DQA1*B. seq
图 2 河西绒山羊 DQA1 基因第 2 外显子等位基因核苷酸比对结果
图 1 河西绒山羊 GOLA-DQA1 基因第 2 外显子
PCR-SSCP 检测结果
2013年第5期 123柴文琼等 :河西绒山羊 GOLA-DQA1 基因第 2 外显子遗传特征分析
别为 4.22% 和 2.60%。
多态性分析结果(表 3)表明,河西绒山羊多
态信息含量为 0.837 9,属于高度多态,杂合度和有
效等位基因数分别为 0.421 3 和 6.879 5,说明河西绒
山羊有丰富的遗传多样性。经 χ2 适合性检验,河西
绒山羊各基因座位的基因频率分布明显偏离 Hardy-
Weinborg 平衡(P<0.01)。
2.3 DQA1基因第2外显子多态性与山羊流产关联
性分析
经 SPSS 单变量线性模型分析(表 4)[15],病例
组与正常组之间的等位基因分布差异显著(P<0.05),
病例组中等位基因 GOLA-DQA1*A 的频率显著高于正
常组(P<0.05),等位基因 GOLA-DQA1*H 的频率显
著低于正常组(P<0.05)。其余各等位基因频率无显
著差异(P>0.05)。
3 讨论
多 态 性 且 多 碱 基 突 变 是 脊 椎 动 物 MHC 的 一
个突出特点。与人类、小鼠、牛、猪、绵羊和家
禽等相比,山羊 MHC 遗传多态性的研究主要集中
在 DRB1 和 DRB3 两个等位基因[7-9,16]上,结果表
明山羊 DRB1、DRB3 基因多态性极为丰富。有关
GoLA-DQA1 基因的研究很少,只有 Amills 等[17]利
用 PCR-SSCP 方法检测到 7 个等位基因,发现了 23
个氨基酸多态位点。Zhou 等[18] 在 GoLA-DQA2 中发
表 2 河西绒山羊 DQA1 基因第 2 外等位基因频率
* 表示等位基因
等位基因 频率(%)
*A 10.53
*B 4.22
*C 15.16
*D 18.75
*E 12.15
*F 8.80
*G 21.82
*H 5.96
*I 2.60
品种 多态信息含量 有效等位基因数
杂合度 He
χ2
观察值 期望值
河西绒山羊 0.8379 6.8795 0.4213 0.8551 2557.43**
表 3 DQA1 基因第 2 外显子群体遗传结构
** 表示差异极显著(P<0.01)
表 4 河西绒山羊正常组与病例组等位基因频率
* 字母表示等位基因 ;数字后 * 表示差异显著(P<0.05);** 表示差异极显著(P<0.01)
现了 11 个等位基因。本研究应用 PCR-SSCP 技术,
在河西绒山羊 GoLA-DQA1 基因中检测到 9 个等位基
因。与 GenBank 中已有序列相比,本研究在 DQA1
中新发现了 GoLA-DQA1*B、GoLA-DQA1*E 和 GoLA-
DQA1*H3 个等位基因,未发现 Cahi-DQA1.7。本研
究结果使 DQA1 等位基因数目从 7 个增加到 9 个。
同时在 DQA1 中发现 42 个核苷酸多态位点(占总分
析位点的 12.65%),表明该基因具有高度的多态性。
这主要与河西绒山羊常年生活在海拔 1 400-5 564 m
的干旱、寒冷、缺氧的严酷条件下,具有的适应性强、
等位基因 总频率 (%)
正常组 病例组
P
基因频率 检出数 基因频率 检出数
*A 10.53 9.02 110 14.17 72 0.001*
*B 4.22 4.75 58 2.95 15 0.090
*C 15.16 15.41 188 14.57 74 0.656
*D 18.75 18.77 229 18.70 95 0.973
*E 12.15 12.05 147 12.40 63 0.838
*F 8.80 9.26 113 7.68 39 0.289
*G 21.82 21.23 259 23.23 118 0.360
*H 5.96 6.72 82 4.13 21 0.044*
*I 2.60 2.79 34 2.17 11 0.408
合计 1220 508 0.019*
生物技术通报 Biotechnology Bulletin 2013年第5期124
耐粗饲、抗病性强等特性有关。由于地理环境改变
产生的选择作用产生了物种的多样性,不同环境中
所接触的病原体不同,所以其免疫系统要增加遗传
多样性来应对这种情况,这是 MHC 对环境和病原体
的适应性的体现。动物体只有具有多态的机体免疫
系统才能适应千差万别的外界环境。由于动物 MHC
起抗原呈递作用、与免疫应答密切相关,因此作为
主 要 编 码 MHC 肽 结 合 区(Peptide-binding region,
PBR)的 DQA1 基因也表现为丰富的多态性。新等
位基因的出现可能与其所处的地理环境和山羊品种
有关。
许多研究表明,DQA1 与人类和家畜部分疾病
的易感性和抗性有关,它能诱导强排斥反应并参与
免疫调节[19,20]。Demurov 等[21] 报道莫斯科人 2 型
糖尿病与 DQA1*0301 呈正相关。Lunden 等[22]研究
发现只有一种 DQ 单倍型与奶牛乳房炎易感性显著
相关。国外学者对高加索人群研究结果表明,反复
自 然 流 产(recurrent spontaneous abortion,RSA) 的
发生与单倍型 DQA1*0201-DQB1*0201、DQA1*0101-
DQB1*0501、DQA1*0501-DQB1*0201 相关[23]。我国
林其德等[24]研究上海人群不明原因 RSA 患者,发
现 DQA1*01-DQB1*0604,0605 单 倍 型 可 能 是 该 病
的易感单倍型。本试验结果表明,GoLA-DQA1 不同
等位基因对流产的易感性和抗性存在差异。在相同
的饲养管理及防疫条件下,不同表型间的等位基因
分布差异显著(P<0.05),病例组中等位基因 GoLA-
DQA1*A 的频率显著高于正常组(P<0.05),等位基
因 GoLA-DQA1*H 的频率显著低于正常组(P<0.05)。
由此推测等位基因 GoLA-DQA1*A 与流产的易感性相
关,GoLA-DQA1*H 与流产抗性有关。但需进一步扩
大试验群体样本量进行深入研究,以确定山羊流产
的有效分子标记,为河西绒山羊抗病育种奠定良好
的基础。
4 结论
在河西绒山羊 GoLA-DQA1 基因第 2 外显子中
检测到 9 个等位基因,其中 GoLA-DQA1*B、GoLA-
DQA1*E 和 GoLA-DQA1*H 3 个为本研究首次发现。9
个等位基因中存在 42 个核苷酸多态位点,占总分析
位点的 12.65%。其中转换位点 23 个,颠换位点 13
个,转换和颠换共存位点 5 个,插入位点 1 个。说
明河西绒山羊 GoLA-DQA1 具有丰富的多态性。相关
性结果表明,不同表型间的等位基因分布差异显著
(P<0.05),等位基因 GoLA-DQA1*A 可能与流产的易
感性相关,GoLA-DQA1*H 可能与流产抗性相关。
参 考 文 献
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(责任编辑 马鑫)