免费文献传递   相关文献

Complete Gene Sequencing and Genetic Analysis of PCV2 Isolates from Guizhou Province

猪圆环病毒2型三株贵州流行株全基因序列分析



全 文 :·研究报告·
生物技术通报
BIOTECHNOLOGY BULLETIN 2014年第3期
猪圆环病毒 2 型病毒(Porcine cirvovirus 2,PC-
V2)是导致断奶仔猪多系统衰竭综合征(Postweaning
multisystemic wasting syndrome,PMWS) 的 主 要 病
原[1],为圆环病毒科圆环病毒属的成员,最早是由
Tischer 在 PK-15 细胞中发现[2]。1998 年加拿大首
先爆发断奶猪多系统衰竭综合症并分离到该病毒[3],
我国学者自 2000 年开展了对于 PCV2 感染血清学的
收稿日期 :2013-09-16
基金项目 :贵州省生猪质量安全工程技术研究中心建设项目[黔科合农 C 字(2011)4022 号],贵州省农业委员会科技计划项(2013-06 号)
作者简介 :李涛,男,研究方向 :动物传染病与综合防控 ;E -mail :727670509@qq.com
通讯作者 :王开功,男,教授,硕士生导师,研究方向 :预防兽医学 ;E-mail :kaigongwang@aliyun.com.cn
猪圆环病毒 2 型三株贵州流行株全基因序列分析
李涛1  王开功2,3  程振涛2,3  周碧君2,3  文明2,3  崔亚兰3
(1. 贵州省农业委员会,贵阳 550001 ;2. 贵州省生猪质量安全工程技术研究中心,贵阳 550001 ;3. 贵州大学动物科学学院,贵阳 550025)
摘 要: 为掌握贵州省猪圆环病毒 2 型(PCV2)流行株的分子生物学资料,对已分离的 3 株 PCV2 贵州流行株(GZ-LZ1 株、
GZ-KY1 株和 GZ-PX1 株)进行全基因克隆与测序,应用生物信息学软件将贵州 PCV2 流行株与参考株进行核苷酸同源性与系统进
化树分析。结果显示,3 株 PCV2 贵州流行株贵州全基因组大小均为 1 767 bp,同源性为 97.0%-98.3%,与国内外 24 株参考株同源
性为 77.5%-99.9%,与国产疫苗株同源性为 95.5%-98.2% ;系统进化树结果显示,3 株 PCV2 贵州流行株归属 PCV2d 分支,其中
GZ-LZ1 株和 GZ-PX1 株与国内 PCV2 疫苗 YM-SH 株的进化关系较远,而 GZ-KY1 与四川 SC-10 株、浙江 ZJ-38 株和黑龙江 HLJ-10
株的进化关系较近。
关键词 : 猪圆环病毒 2 型 全基因序列 分离株的遗传分析
Complete Gene Sequencing and Genetic Analysis of PCV2 Isolates from
Guizhou Province
Li Tao1 Wang Kaigong2,3 Cheng Zhentao2,3 Zhou Bijun2,3 Wen Ming2,3 Cui Yalan3
(1. The Agricultrual Committee of Guizhou Province,Guiyang 550001 ;2.Guizhou Animal Disease Control Center,Guiyang 550001 ;3.
College of Animal Science,Guizhou University,Guiyang 550025)
Abstract:  It was to get the molecular biology data of the PCV2 strains in Guizhou province, 3 isolations of PCV2(GZ-LZ1strain, GZ-
KY1strain and GZ-PX1 strain)were cloned and sequenced. The sequences were then multiple-aligned with representative sequences published
in GenBank, and phylogenetic analysis was performed, both using bioinfromatics software. Sequence analysis showed that complete gene of all the
3 PCV2 isolates were 1 767 bp, the accession numbers were, KC788503, KC788504and KC788505. In pairwise comparisons, they were closely
relate to each other and to the strains of vaccine producted in China with high nucleotide sequence identity from 97.0% to 98.3% and 95.5%-
98.2%, respectively. However, they were more divergent from those of other countries or orther regions of China with lower level of similarities
from 77.5% to 99.9%. GZ-LZ1 and GZ-PX1 were closely relate to the the strainYM-SH of vaccine, the strain of GZ-KY1 Phylogenetic analysis
revealed that all of the 3 isolates were in the branch of PCV2d, strains of was closely relate to the SC-10 strain, ZJ-38 strain and HLJ-10.
Key words:  PCV2 Complete gene sequencing Genetic analysis of isolates
调查、病原核酸检测及病毒分离[4-6]。
PCV2 是单链环状无囊膜包裹的 DNA 病毒,根
据其抗原性以及基因组的长度,PCV 分为两个血清
型,分别为 PCV1 与 PCV2。PCV1 虽无致病性,但
是广泛存在于猪体内以及猪源传代细胞系中,PCV1
全长由 1 759 或 1 758 个核苷酸组成,PCV2 全长由
1 767 或 1 768 个核苷酸组成,PCV1 与 PCV2 两者同
生物技术通报 Biotechnology Bulletin 2014年第3期166
源性小于 80%,而 PCV2 型内同源性可达 96%[7]。
生物信息学分析表明 PCV2 含有 11 个开放阅读框
(ORFS),且大小相差悬殊,阅读框之间相互重叠,
充分利用了有限的遗传物质传递大量的遗传信息。
虽然世界各国分离的 PCV2 毒株具有较高的同源性,
但不同地域 PCV2 之间仍存在明显差异,并且新毒
株或新基因型仍在不断出现[8]。PCV2 根据基因遗
传距离的大小划分为 3 个基因型,分别为 PCV2a,
PCV2b,PCV2c,其中 PCV2c 仅在丹麦发现[9]。 最
近我国多个地区报道 PCV2 基因型已经有 PCV2a 向
PCV2b 转变[10,11],同时关于 PCV2d 及 PCV2e 的报
道也逐渐增多。本试验通过对已分离鉴定的 PCV2
贵州流行株全基因组扩增、克隆及序列分析,了解
当前 PCV2 贵州流行株的生物信息学特征,以期能
丰富我国 PCV2 分子流行病学资料,并为该病的综
合防控提供参考资料。
1 材料与方法
1.1 材料
1.1.1 毒 株 3 株 PCV2 贵 州 流 行 株 GZ-PX1 株、
GZ-KY1 株和 GZ-LZ1 株,分别从贵州省盘县某猪场、
开阳县某猪场和六枝特区某猪场猪脾脏、淋巴结分
离,为贵州省动物疫病研究室鉴定保存。
1.1.2 主要试剂 DNAiso Reagent 提取试剂盒,pMD
18-T 载体,dNTPs、200 bp DNA Marker、AMP 购自
宝生物(大连)有限公司 ;Gel Extraction Kit(50×)
胶回收试剂和 E.Z.N.ATM Plasmid Mini Kit 质粒提取试
剂盒购自 OMEGA 公司 ;Taq 酶购自北京天根生化科
技有限公司 ;限制性内切酶(BamH I、Hind III)购
自 MBI Fermentas 公司 ;其它试剂均为国产分析纯。
1.2 方法
1.2.1 引物设计与合成 根据国内已发表文献[12],
分 2 段 设 计 合 成 引 物, 序 列 如 下,A 段(1 274
bp):P1 :5-ACCAGCGCACTTCGGCAGCGG-3, P2 :
5-CCTACCACTCCCGTTACTT-3 ;B 段(685 bp):
P3 :5-ACATGGTTACACCGGATATTGT-3,P4 :5-
AATACTTACAGCGCCATTCTTTCG-3。引物由上海生
物工程有限公司合成。
1.2.2 PCV2 基因组 DNA 提取 按照试剂盒说明书
所述分别提取 3 株 PCV2 贵州流行株(GZ-PX1 株、
GZ-KY1 株和 GZ-LZ1 株)总 DNA,保存备用。
1.2.3 目 的 基 因 扩 增 以 3 株 PCV2 贵 州 流 行 株
DNA 为模板,应用 PCR 技术扩增目的基因。反应体
系为上下引物(10 pmo L/μL)各 2 μL,10×PCR Bu-
ffer(含 MgCl2)5 μL,dNTP(10 mmol/L)1 μL,Taq
酶 1 μL,模板 DNA 2 μL,灭菌双蒸水补足 50.0 μL。
反应条件 :95℃预变性 5 min ;94℃变性 30 s,60℃
退火 30 s,72℃延伸 30 s,35 个循环 ;72℃延伸 10
min,1% 琼脂糖凝胶电泳观察扩增目的基因的结果。
1.2.4 目的基因片段回收与纯化 参照 Gel Extract
Kit(50×)操作说明书进行目的基因胶回收与纯化。
1.2.5 目的基因克隆 取回收纯化目的基因片段,
与 pMD18-T 载体连接,转化感受态大肠杆菌 DH5α,
经蓝白斑筛选,PCR 和双酶切(BamH I 与 Hind Ⅲ,
酶切体系为 :质粒 DNA 4 μL,BamH I 和 Hind Ⅲ各
1 μL,Buffer R 2 μL,灭菌双蒸水补足 20 μL)鉴定,
初步鉴定为阳性的重组质粒送至上海生工生物公司
测序。
1.2.6 全基因序列拼接与序列分析 利用 DNA Star
6.0 拼接两段序列为全基因序列,并用 DNA Star 6.0
与 MEGO 4.0 查看 PCV2 贵州流行株全基因序列与参
考株全基因序列同源性,绘制系统进化树。所参考
毒株信息,见表 1。
2 结果
2.1 目的基因扩增结果
以 3 株 PCV2 贵州流行株总 DNA 为模板,分别
对 PCV2 全基因序列 A、B 两段进行 PCR 扩增,产
物经 1% 琼脂糖凝胶电泳(图 1)观察。由图 1 可
见,分别扩增的 A、B 两段特异性条带约为为 1 274
M :DL2000 ;分子质量标准 ;1 :A 段扩增产物 ;2 :阴性对照 ;
3,4 :B 段扩增产物
图 1 PCV2 全基因扩增结果
1274
bp bp
1 2 3 4M
2000
1000
750
685
500
2014年第3期 167李涛等 :猪圆环病毒 2 型三株贵州流行株全基因序列分析
bp 和 685 bp,与预期片段大小相同。
2.2 目的基因克隆
2.2.1 重组质粒 PCR 鉴定结果 3 株 PCV2 贵州流
行株目的基因 PCR 产物,经回收、纯化、克隆并提
取质粒 DNA,进行 PCR 鉴定,产物经 1% 琼脂糖凝
胶电泳(图 2)观察。由图 2 可见,A、B 段目的基
因重组质粒可扩增出两条大小约为 1 274 bp 与 685
bp 的条带,初步证明重组质粒中含有目的基因片段。
产物经 1% 琼脂糖凝胶电泳(图 3,图 4)观察。重
组质粒 A 段经双酶切鉴定可获得大小约为 1 274 bp
特异性目的片段(图 3),重组质粒 B 段经双酶切鉴
定可获得大小约为 685 bp 特异性片段(图 4),与预
期酶切片段大小相同,进一步证明成功将 A、B 目
的基因片段克隆于载体。
表 1 PCV2 参考毒株序列的来源及登录号
序号 毒株名称 来源 登录号
1 AUT1 Australia AY424401
2 USA USA JQ692110
3 South Korea South Korea FR823451
4 German German HQ231329
5 SC-10 四川 HM776449
6 TailWan 台湾 JQ390467
7 SXYLA-02 陕西 KC800640
8 KSSF1103 江苏 JX982220
9 09JL 吉林 HQ395037
10 HBZF2013-1 河北 KC527542
11 NY-2 河南 JF928006
12 XJ 山东 HM161711
13 SZ1101 安徽 JX406420
14 ZJ-38 浙江 HM776453
15 HLJ-10 黑龙江 HM776440
16 TJ-PCV2d 天津 AY181946
17 YM-LG 黑龙江(疫苗株) HM038034
18 YM-SH 上海(疫苗株) AY686743
19 YM-DBN-SX07 山西(疫苗株) HM641752
20 Canada-PCV2a Canada AF055392
21 France-PCV2b France AF055394
22 Denmark-PCV2c Denmark EU148503
23 YN-8 云南 HM776452
24 GX 广西 AY56457
1274
685
bpbp
1 2 3M
1000
800
600
400
200
M :200 bp 分子质量标准 ;1 :重组质粒 A ;2 :重组质粒 B ;3 :阴性对照
图 2 PCV2 重组质粒的 PCR 鉴定结果
2.2.2 重组质粒双酶切鉴定结果 阳性重组质粒分
别用限制性内切酶 BamH I 和 Hind III 双酶切鉴定,
1274
bp bp
1 2 3 4 M
1000
2000
750
500
250
M :DL 2000 分子质量标准 ;1 :阳性对照 ;2 :阴性对照 ;3,4 :酶切质粒
图 3 PCV2 重组质粒 A 段酶切鉴定结果
M :200 bp 分子质量标准 ;1 :阴性对照 ;2 :阳性对照 ;3,4 :酶切质粒
图 4 PCV2 重组质粒 B 段酶切鉴定结果
685
bpbp
1 2 3 4M
1000
800
600
200
2.3 全基因序列拼接及生物信息学分析
2.3.1 全基因序列拼接 将鉴定后的 3 株 PCV2 贵
州流行株重组质粒送至上海生工生物有限公司进行
双向测序,序列片段 A 和 B 使用 DNAStar 软件拼接
获得 3 株 PCV2 全基因序列。拼接后 PCV2 三株全
基因组序列长度为 1 767 bp。全基因序列提交 Gen-
Bank,获得登录号分别为 :KC788503(GZ-LZ1 株)、
KC788504(GZ-KY1 株)和 KC788505(GZ-PX1 株)。
2.3.2 分离株与国内外参考株同源性分析 利用
DNAStar 软件分析 3 株 PCV2 贵州流行株与国内外
流行株基因组序列进行同源性分析,3 株 PCV2 贵
州流行株之间的同源性为 97.0%-98.3%,与国内外
流行株之间同源性为 77.5%-99.9%,其中与 PCV2b
参考毒株 France-PCV2b 和 PCV2a 参考毒株 Canada-
生物技术通报 Biotechnology Bulletin 2014年第3期168
PCV2c 之间同源性差,均为 77% 左右,GZ-KY1 株
与 XJ 株同源性最高为 99.9%。3 株 PCV2 贵州流行
株与大多数国内流行株同源性较高在 95% 以上,与
国产疫苗毒株(YM-DBN-SX07,YM-LG,YM-SH 株)
之间同源性为 95.5%-98.2%,结果见图 5。
2.3.3 三株分离毒株与国内外流行毒株系统树分
3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13
Percent Idetity
14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27
France-PCV2b
German
GX
GZ-KY1
GZ-LZ1
GZ-PX1
HBZF2013-1
HLJ-10
KSSF1103
NY-2
SC-10
South Korea
SXYLA-02
SZ1101
TailWan
TJ-PCV2d
USA
XJ
YM-DBN-SX07
YM-LG
YM-SH
YN-8
ZJ-38
Denmark-PCV2c
09JL
AUT1
Canada-PCV2a
1
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15D
ie
ro
en
ce
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
1.4
1.6
3.5
2.2
3.2
2.5
3.4
3.2
3.2
3.5
3.5
3.0
3.4
3.5
3.1
0.5
3.4
0.3
3.4
3.6
3.4
3.5
3.6
3.3
3.2
3.7
79.3
2.4
4.4
2.8
4.6
3.8
4.4
4.4
4.3
4.5
4.2
4.3
4.4
4.5
3.8
1.6
4.4
1.3
4.3
4.3
3.9
4.4
5.4
4.2
3.8
3.0
79.1
97.6
3.8
1.0
2.8
3.4
3.8
2.6
3.7
4.0
4.5
2.4
3.9
4.0
3.5
1.5
3.8
1.3
4.4
2.9
4.0
3.9
5.3
2.3
3.8
3.1
77.6
95.8
96.3
3.0
1.7
1.5
0.2
1.4
0.9
0.2
5.2
1.5
0.2
0.3
1.8
4.2
0.1
4.0
4.6
2.1
4.4
0.2
5.8
1.8
5.5
3.7
78.6
97.2
99.0
97.0
1.8
2.6
3.0
1.8
2.8
3.1
4.7
1.8
3.1
3.1
3.0
2.3
3.0
2.2
4.6
2.4
3.8
3.1
5.3
1.6
3.8
3.2
77.8
95.5
97.2
98.3
98.2
1.2
1.6
0.5
1.4
1.7
5.4
0.5
1.7
1.8
2.9
4.2
1.6
4.1
5.2
1.8
4.6
1.7
6.1
0.8
5.0
3.5
78.4
93.3
96.7
98.5
97.4
98.8
1.4
1.0
1.4
1.5
5.3
1.0
1.5
1.7
2.6
3.4
1.4
3.2
4.7
2.2
4.2
1.5
5.6
1.3
5.1
3.7
77.7
95.8
96.3
99.8
97.0
98.4
98.6
1.4
0.7
0.2
5.2
1.4
0.1
0.3
1.9
4.2
0.1
4.0
4.6
2.1
4.4
0.1
5.8
1.7
5.5
3.6
77.8
95.8
97.5
98.6
98.2
99.5
99.0
98.6
1.3
1.5
5.2
0.3
1.5
1.7
2.7
4.0
1.4
3.8
4.9
1.5
4.3
1.5
5.8
0.6
4.8
3.6
77.8
95.8
96.4
99.2
97.2
98.6
98.6
99.3
98.7
0.9
5.0
1.3
0.8
1.0
2.2
4.1
0.7
4.0
4.7
2.3
4.4
0.8
5.6
1.6
5.1
3.4
77.6
95.6
96.2
99.8
96.9
98.3
98.5
99.8
98.5
99.2
5.3
1.5
0.2
0.3
2.0
4.3
0.1
4.1
4.7
2.2
4.5
0.2
5.9
1.8
5.6
3.7
77.7
95.9
95.7
95.0
95.4
94.8
95.0
95.0
95.0
95.2
94.9
5.1
5.3
5.3
4.8
4.6
5.2
4.6
3.4
4.9
4.5
5.3
6.0
5.3
2.9
0.6
78.0
95.9
97.7
98.5
98.2
99.5
99.0
98.6
99.7
98.7
98.5
95.1
1.5
1.7
2.8
3.7
1.4
3.6
4.7
1.7
4.3
1.5
5.9
0.6
4.7
3.5
77.7
95.7
96.2
99.8
96.9
98.4
98.5
99.9
98.5
99.0
99.8
95.0
98.5
14
0.2
1.9
4.3
0.1
4.1
4.6
2.2
4.4
0.1
5.9
1.8
5.5
3.6
77.6
95.6
96.2
99.7
96.9
98.2
98.4
99.7
98.4
99.0
99.7
94.9
88.4
99.8
15
2.0
4.3
0.2
4.1
4.8
2.2
4.5
0.3
5.9
1.8
5.6
3.7
77.9
96.3
96.6
98.2
97.0
97.1
97.4
98.1
97.3
97.8
98.1
95.4
97.2
98.1
98.1
16
3.4
1.8
3.5
4.4
1.8
4.2
1.8
5.0
2.7
4.6
3.4
80.0
98.4
98.5
95.9
97.6
95.9
96.7
95.9
96.2
96.0
95.8
95.6
96.4
95.9
95.8
96.7
17
4.2
0.6
4.6
4.1
4.2
4.2
4.4
3.8
4.6
3.2
77.7
95.8
96.3
99.9
97.0
98.4
98.6
99.9
98.6
99.3
99.9
95.0
98.6
99.9
99.8
98.2
95.9
18
4.0
4.6
2.1
4.4
0.1
5.8
1.7
5.5
3.6
80.1
98.7
98.7
96.1
97.7
96.0
96.8
96.1
96.3
96.2
96.0
95.7
96.5
96.0
96.0
96.6
99.4
96.1
19
4.3
4.0
4.0
4.1
5.2
3.7
4.4
3.2
77.7
95.8
95.7
95.6
95.5
95.0
92.5
95.6
95.3
95.5
95.5
96.7
95.4
95.5
95.4
95.8
95.6
95.6
95.8
20
4.7
4.7
4.6
6.0
5.2
3.5
2.5
77.5
95.8
97.1
97.9
97.6
98.2
97.8
97.9
98.5
97.7
97.8
95.4
98.4
97.8
97.8
98.2
96.0
97.9
96.2
95.4
21
4.1
2.2
5.5
1.7
4.3
3.5
77.7
96.2
96.1
95.8
96.3
95.5
95.9
95.8
95.8
95.7
95.6
95.6
95.8
95.7
95.6
95.9
95.9
95.8
96.1
95.5
96.0
22
4.4
5.2
4.3
4.4
3.2
77.6
95.7
96.2
99.8
96.9
98.4
98.5
99.9
98.5
99.2
99.8
95.0
98.5
99.9
99.7
98.2
95.9
99.9
96.0
95.5
97.8
95.7
23
5.8
1.8
5.5
3.7
77.5
95.0
95.1
94.5
95.0
94.3
94.7
94.5
99.5
94.7
94.4
94.6
94.4
94.5
94.4
95.3
95.0
94.5
95.2
94.4
94.9
95.2
94.6
5.6
6.1
3.6
77.8
95.9
97.7
98.2
98.4
99.2
98.7
98.3
99.4
98.4
98.2
95.0
99.4
98.2
98.2
97.4
96.3
98.3
96.4
95.0
98.4
95.9
98.2
94.9
4.7
3.7
77.8
96.3
96.3
94.7
96.2
95.1
95.1
94.7
95.4
95.1
94.6
97.2
95.5
94.7
94.6
95.6
95.5
94.7
95.7
96.5
95.9
95.8
94.7
94.4
95.4
2.2
96.4
78.0
77.9
77.5
77.8
77.5
77.5
77.5
77.5
77.7
77.5
79.9
77.6
77.5
77.5
77.7
77.9
77.5
77.9
78.4
77.6
77.9
77.5
77.4
77.5
78.6
2
图 5 PCV2 全基因组核苷酸序列同源性比较
析 利用 DNAStar 6.0、MEGA.4.0 分析 3 株 PCV2 贵
州流行株与国内外流行株基因序列系统进化关系,
结果见图 6。 3 株 PCV2 贵州流行株之间亲缘关系近,
位于一个大的分支上。3 株贵州 PCV2 流行毒株与多
数国内流行毒株在 PCV2d 的大分支上,且与国产疫
苗毒株 SH 株进化关系近。
3 讨论
崔亚兰等[14]对 2007-2011 年贵州省 9 个市(州)
不同饲养规模猪场猪圆环病毒血清学调查,结果显
示 5 年来贵州省猪圆环病毒总体阳性率为 43.45%,
且抗体阳性率呈现稳步上升趋势,同时还存在混合
感染。PCV2 为单链环状闭合的 DNA 病毒,PCV2 基
因组多为 1 767 nt 或 1 768 nt,最近丹麦学者 Dupont
等 报 道 了 1 766 nt 毒 株 序 列(GenBank 序 列 号 为
EU148507)。 本 研 究 3 株 PCV2 贵 州 流 行 株 均 为 1
767 bp,与国内大多数的流行毒株基因组长度相
同。尽管 PCV2 流行毒株的基因长度相似,PCV2 流
行株在临床上不断的发生碱基突变、基因缺失和插
入的变异,究竟变异后的致病性如何,仍需要进一
步的探讨。早期 PCV2 全基因组序列研究将其分为
PCV2a,PCV2b,PCV2c 三个亚型,并且将 GenBank
中 最 早 的 报 道 的 原 型 毒 株 Canada(AF055392)、
France(AF055394) 和 Denmark(EU148503) 分 别
作 为 PCV2a、PCV2b、PCV2c 参 考 株[13]。 最 新 的
研究结果把 PCV2 分为了 PCV2a、PCV2b、PCV2c、
PCV2d 和 PCV2e 等 5 种 基 因 型 亚 群, 其 中 又 以
PCV2b 亚型的致病性最强,是造成猪圆环病毒近年
来在世界各国流行的主要原因[15,16]。
国内报道的流行毒株以 PCV2b 亚型为主,兼
有 PCV2a 亚型和 PCV2d 亚型的报道。王宪文等[17]
通过对 2001-2009 年间报道的 136 株 PCV2 中国株
进行了分析,结果表明 PCV2b 为 127 株,PCV2a 为
9 株,其中 2001 年中国流行株以 PCV2a 为主,以
后 PCV2b 占绝大部分。刘健等[10]报道上海、江西
等地 2010-2011 年流行毒株主要以 PCV2b 为主,徐
廷川等[11]证实广东地区 PCV2 基因型已经发生了
PCV2b 到 PCV2d 的转换,以 PCV2d 流行毒株为主
的趋势。本试验分离的 3 株贵州毒株均与 PCV2d 参
考毒株位于同一进化分支上,属于 PCV2d 型,但因
为过去几年分子流行病学的资料较少,因此不能看
2014年第3期 169李涛等 :猪圆环病毒 2 型三株贵州流行株全基因序列分析
出贵州地区 PCV2 基因型转换的特点。我国幅员辽
阔,地形复杂多变,养猪业规模庞大但是疫病尤其
是 PCV2 防制水平低,同时与国外有频繁的种猪交流,
这可能是导致 PCV2 在我国存在多个亚型流行毒株
的主要原因。随着 PCV2 基因序列的易变异性,针
对性的 PCV2 防控技术开发越来越迫切。
4 结论
本 试 验 成 功 构 建 了 GZ-LZ1 株、GZ-KY1 株 和
GZ-PX1 株重组质粒。经生物软件分析,3 株 PCV2
流行株全基因组大小均为 1767bp,同源性为 97.0%-
98.3%。系统进化树分析,3 株分离株归属 PCV2d 分
支上,其中 GZ-LZ1 株与 GZ-PX1 株与国内 PCV2 疫
苗 YM-SH 株的进化关系较远,而 GZ-KY1 猪与四川
SC-10 猪、浙江 ZJ-38 株和黑龙江 HLJ-10 株进化关
系较近。
参 考 文 献
[1] Allan GM, McNeilly, Kenendy S, et al. Isolation of circovirus-like
virusesfrom pig with a wasting disease in the USA and Europe[J].
J Vet Diagn Invest, 1998(10):3-10.
[2] Tischer, Rasch R, Tochternann G, et al.Characterization of
papovavirus and pieornavims-like particles in permanent pig kidney
cell lines[J].Abt Orig A, 1974, 22(2):153-167.
[3] Ellis JL, Hassard E, Clark J, et al. Isolation of circovirus from lesions
of pigs with postweaning multisystemic wasting syndrome[J].Can
Vet J, 1998, 39 :44-51.
[4] 郎洪武 , 张广川 , 吴发权 , 等 . 断奶猪多系统衰弱综合征血清抗
体检测[J]. 中国兽医科技 , 2000(3):3-5.
[5] 曹胜波 , 陈焕春 , 肖少波 , 等 . 猪圆环病毒型的检测方法的建立
与应用[J]. 华中农业大学学报 , 2001, 20(1):53-56.
[6] 郎洪武 , 王力 , 张广川 , 等 . 猪圆环病毒分离鉴定及断奶仔猪多
系统衰竭综合征的诊断[J]. 中国兽医科技 , 2001, 31(3):3-5.
[7] Fenaux M, Halbur PG, Gill M, et al. Genetic characterization of type
2 porcine circovirusPCV-2 from pigs with postweaning multisystermic
wasting syndrome in different geographic regions of North America
and development of a differential PCR-restricition fragment length
Canada-PCV2a. seq
South Korea. seq
AUT1. seq
YM-LG. seq
German. seq
France-PCV2b. seq
YM-DBN-SX07. seq
USA. seq
YN-8. seq
GX. seq
09JL. seq
KSSF1103. seq
SXYLA-02. seq
GZ-PX1. seq
HBZF2013-1. seq
YM-SH. seq
TJ-PCV2d. seq
NY-2. seq
HLJ-10. seq
ZJ-38. seq
SZ1101. seq
XJ. seq
SC-10. seq
GZ-KY1. seq
Tailvvan. seq
GZ-LZ1. seq
Denmark-PCV2c. seq
PCV 2b
PCV 2d
PCV 2a
0.002
图 6 PCV2 核苷酸系统进化树
生物技术通报 Biotechnology Bulletin 2014年第3期170
polymorphism assay to detect and differentiate between infections
with PCV1 and PCV[J].J Clin Microbiol, 2000, 38(7):2494-
2503.
[8] 郭抗抗 , 张彦明 , 张红 , 等 . 猪圆环病毒型分离株优势基因型分
析与检测[J]. 中国预防兽医学报 , 2010, 32(10):808-811.
[9] 蔡林 , 胡冬梅 , 李晓霞 , 等 . 猪圆环病毒2型 -株的分离与全基
因组序列分析[J]. 中国畜牧兽医 , 2012, 39(7):6-10.
[10] 刘健 , 周锦萍 , 王建 , 等 . 上海及周边地区猪圆环病毒型基因
型分析[J]. 中国动物传染病学报 , 2011, 19(1):27-30.
[11] 徐廷川 , 张亮权 , 王衡 , 等 . 年广东省猪圆环病毒2型分离
株的遗传变异分析[J]. 中国兽医科学 , 2012, 42(3):233-
237.
[12] 黎丁滔 , 陈芳艳 , 陈瑞爱 , 等 . 珠江三角地区分离鉴定及序列
分析[J]. 动物医学进展 , 2012, 32(10):5-9.
[13] 王贵华 , 陈义锋 , 刘明明 , 等 . 猪圆环病毒型不同地区毒株的
分离鉴定及基因型分析[J]. 动物医学进展 , 2011, 32(10):
75-78.
[14] 崔亚兰 , 王开功 , 张华 , 等 .2007-2011 年贵州省猪圆环病毒感
染的流行病学调查[J]. 畜牧与兽医 , 2013, 45(3):70-73.
[15] Segales J, Olvera A, Grau-Roma L.Further comments on porcine
circovirus type 2(PCV2)genotype definition and nomenclature
[J].Virus Microbiol, 2011, 149 :3-4.
[16] Wang F, Guo X, Ge X.Genetic variation analysisi of Chinese strains
of porcine circovirus type[J].Virus Reascher, 2009, 145(1):
151-156.
[17] 王宪文 , 姚四新 , 王丽荣 , 等 . 猪圆环病毒Ⅱ型流行病学新特
点及致病机理研究进展[J]. 中国畜牧兽医 , 2012, 39(12):
190-194.
[18] 蒋成砚 , 李开明 , 谢昆 , 等 . 猪圆环病毒型检测技术研究进
展[J]. 中国畜牧兽医 , 2012, 39, (1):188-191.
[19] 史岩 , 秦爱建 . 猪圆环病毒型生物学特性与致病特征研究进
展[J]. 扬州大学学报 :农业与生命科学学 , 2010, 31(1):
10-15.
[20] 王贵华 , 陈义锋 , 汤波 , 等 . 猪圆环病毒型毒株分离鉴定和体
外增殖特性研究[J]. 中国畜牧兽医 , 2012, 39(1):17-22.
[21] 卢权威 , 郭官鹏 , 崔保安 , 等 . 株猪圆环病毒型的分离鉴定及
全基因组序列分析[J]. 西北农林科技大学学报 , 2013, 41(9):
1-6.
[22] 何世成 , 刘道新 , 张志 , 等 . 猪圆环病毒型湖南株的分离与序
列分析[J]. 动物医学进展 , 2010, 31(1):31-35.
(责任编辑 李楠)