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植物microRNAs在植物发育和非生物胁迫响应中的作用



全 文 :·综述与专论·
生物技术通报
BIOTECHNOLOGY BULLETIN 2011 年第 4 期
植物 microRNAs在植物发育和
非生物胁迫响应中的作用
鲁晓燕 岳英 樊新民 马兵钢 赵宝龙 张虎平
(石河子大学农学院园艺系,石河子 832003)
摘 要: microRNAs(miRNAs)是一类内源的长度约为 22 个核苷酸的非编码小分子 RNA,其通过对靶基因 mRNA 进行
切割或翻译抑制调节 mRNA的表达,在植物中起到重要的作用。主要介绍了植物 miRNAs 的特征、合成和作用机制,综述了
miRNAs在植物生长发育和非生物胁迫响应中的作用。
关键词: microRNAs 植物发育 非生物胁迫
收稿日期:2010-09-28
基金项目:国家自然科学基金项目(30970236) ,自然科学基金地区项目(31060037)
作者简介:鲁晓燕,女,博士,副教授,研究方向:植物逆境生理与分子生物学;E-mail:lxyshz@ 126. com
Functions of Plant miRNAs in Plant Development and
Abiotic Stress Responses
Lu Xiaoyan Yue Ying Fan Xinmin Ma Binggang Zhao Baolong Zhang Huping
(Agricultural College,Shihezi University,Shihezi 832003)
Abstract: MicroRNAs(miRNAs)are endogenous approximate 22 nucleotide(nt)small non-coding regulatory RNAs that play an
important roles in plants by targeting mRNAs for cleavage or translational repression. In this review,we focused on the current under-
standing of properties,biogenesis and regulatory mechanisms of plant miRNAs,also highlighted specific examples of miRNAs,which are
invoved in plant development and abiotic stress responses.
Key words: Plant miRNAs Plant development Abiotic stress
microRNAs(miRNAs)是真核生物中一类长度
约为 22 个核苷酸的调控基因表达的非编码小分子
RNA。1993 年,Lee等[1]在对秀丽新小杆线虫(Cae-
norhabditis elegans)家族成员进行突变体的遗传分
析中意外发现了一种控制细胞发育时序的长度约为
22 nt 的 lin-4 RNA。它只在线虫发育的第一、第二
阶段大量表达,其通过碱基配对的方式结合到靶
mRNA lin-4 的 3非翻译区(3untranslated region,3
UTR) ,从而抑制 lin-4 翻译,但不影响其转录。lin-4
现在被公认为 miRNAs分子的奠基性的成员。
2002 年,Llave 等[2]几个不同实验室同时报道
植物中也存在 miRNAs。这个新的发现表明,miR-
NAs极可能出现在真核生物进化的早期阶段,并可
能在动物和植物中都起着重要的调节作用。
截至 2010 年 9 月,在国际 miRNA 数据库 miR-
Base(http:/ /www. mirbase. org /cgi-bin /browse. pl)中
注册的植物 miRNA总数量为 2 656 个,其中在拟南
芥(Arabidopsis thaliana)中发现 213 个,水稻(Oryza
sativa)中发现 462 个,苜蓿(Medicago truncatula)中
发现 375 个,其他是在玉米(Zea mays)、高粱属
(Sorghum bicolor)、杨树(Populus trichocarpa)、甘蔗
属(Saccharum officinarum)和苔藓(Physcomitrella
patens)等物种中发现的。在 miRBase 上,这些数据
仍处在不断更新之中。
1 植物miRNAs的特性、生物合成和作用机制
1. 1 植物 miRNAs的特性
miRNAs在结构上具有以下几个明显特征: (1)
miRNAs的长度一般为 20 - 24 nt,是单链的非编码
RNA[3];(2)所有的 miRNAs具有能形成分子内茎环
生物技术通报 Biotechnology Bulletin 2011 年第 4 期
结构的前体,并且茎环结构具有较低的自由能,miR-
NA都是来自于前体的一条臂[4,5]; (3)成熟的 miR-
NA的 5端有一个磷酸基团,3端为羟基[4]; (4)
miRNA的基因结构和功能在进化中呈现保守性,在
表达上具有时序性和组织特异性,也就是说在生物
发育的不同阶段有不同的 miRNAs 表达,在不同的
组织中表达有不同类型的 miRNAs。
1. 2 植物 miRNAs的生物合成和作用机制
植物 miRNAs的生物合成是一个复杂的过程。
首先,细胞核中编码 miRNAs的基因在 RNA 聚合酶
Ⅱ的作用下转录形成长度约为几百个核苷酸的初级
转录物 pri-miRNA[6];然后在一种类 Dicer 酶———
DCL1 的作用下形成 miRNA前体(miRNA precursor,
pre-miRNA)。该前体长度一般为 60 - 300 nt[7],
DCL1 继续作用于 pre-miRNA 而形成 miRNA /miR-
NA﹡双链分子;最后,双链 miRNA 在 miRNA 甲基
转移酶 HEN1 的作用下,使 3端最后一个核苷酸发
生甲基化修饰。甲基化的主要作用是阻止转移酶、
聚合酶的活性。此外,另外一个双链 RNA结合蛋白
HYL1 也在 miRNA 的产生过程发挥了作用[8,9]。植
物 miRNAs 的加工是在细胞核内完成的。成熟的
miRNAs或者是在细胞核中与类似 RISC 的核糖核
蛋白结合形成 miRNP,然后被 Exportin5 的同源
物———HASTY 运送到细胞质中[10];或者是先被
HASTY运送到细胞质中,再与核糖核蛋白结合形成
miRNP。成熟的 miRNAs 序列会进入 RISC 复合体
当中以行使进一步的功能[11]。典型的 RISC 复合物
包括 ARGONAUTE(AGO)或 PPD 蛋白家族的一个
成员,AGO蛋白包括高度保守的 PAZ和 PIWI区域。
PAZ区域结合单链 RNAs,PIWI区域调节与 Dicer蛋
白的相互作用和提供核酸内切酶活性[12]。
由于成熟的 miRNAs 的序列能够与其靶基因
mRNAs的序列互补配对,因此,RISC 复合物会在
miRNAs引导下识别其靶基因,指导复合体对靶基
因 mRNAs进行切割或者翻译抑制。miRNAs 究竟
是抑制还是切割取决于 miRNAs与靶序列互补配对
的程度。互补配对高的可能进行切割,而配对低的
只是抑制。在植物中,miRNAs 主要与靶 mRNAs 的
编码序列结合,而且这种序列配对比较完全,在两者
结合后,会造成靶 mRNAs 在配对区被剪切,使得靶
基因的表达被抑制[4]。但是在植物中也有例外,如
miR172 对 AP2 的表达抑制便是发生在翻译抑制
水平[13]。
2 植物 miRNAs的功能
2. 1 miRNAs在植物逆境胁迫适应中的作用
植物在生长发育的过程中会遇到各种不适宜的
环境,为了适应或抵抗这些不利的环境状况,植物可
通过逃避或忍耐来适应或抵抗逆境。植物对环境的
忍耐则要通过自身形态、生理甚至遗传的改变来实
现。已经报道的研究结果表明,miRNAs 与植物适
应环境的能力之间存在相互联系。
在低磷的环境中,拟南芥 miR399 的表达明显
增强,同时 miR399 的靶基因 UBC 的表达减弱。在
过量表达 miR399 的转基因植物中,即使在高磷条件
下,UBC的 mRNA表达仍然被抑制。Fujii 等[14,15]的
试验证明,在低磷的条件下,miR399 结合到 UBC
mRNA而抑制了靶基因的表达,miRNA399 维持植
物体内的磷素平衡。
拟南芥 miR395 的表达受外界低硫的诱导,同
时调控靶基因 APS1 的表达,在含有 2 mmol /L
SO42 -的培养基上生长的拟南芥材料中,几乎检测
不到 miR395 的表达;当 SO42 -降低到 0. 2 mmol /L
或 0. 02 mmol /L时,miR395 的表达较对照增强了约
100 倍;同时检测到 miR395 靶基因 APS1(ATP 硫酸
化酶)的表达降低[16]。
Sunkar等[17]发现,拟南芥在强光、重金属铜和
甲基紫精的氧化胁迫条件,miR398 的表达都减弱,
miR398 的靶基因 CSD1、CSD2(Cu /Zn 超氧化物歧
化酶)的表达增强,转基因植物 mCSD2 抵抗强光、重
金属和甲基紫精的氧化胁迫的能力明显比野生型增
强。试验证明在氧化胁迫条件下,miR398 调控
CSD2 的表达,并且这种调控发生在转录后。Ya-
masaki等[18]的试验结果证明,在拟南芥中,铜浓度
偏低时,miR398 通过剪切 CSD2 的 mRNA 来调控这
个转化过程。miR398 上调表达能够提高作物在氧
化胁迫中的适应性[19]。
对水稻 miRNA169 家族进行分析发现,miR-
NA169g和 miRNA169o 对盐胁迫强烈响应,它们在
染色体上位于同一个簇中,其启动子区存在 ABA响
应元件 ABRE,表明两者受 ABA 调控。进一步分析
22
2011 年第 4 期 鲁晓燕等:植物 microRNAs在植物发育和非生物胁迫响应中的作用
发现,miR169 通过选择性切割 CCAAT 盒结合转录
因子来影响下游基因的作用,miR169n 响应高盐浓
度[20],miR169g 受干旱诱导[21]。
miRNA159受 ABA 诱导过量表达,拟南芥种子发
芽过程,ABA 诱导 miR159 的表达,抑制其靶基因转
录因子 MYB33 和 MYB101 的表达[22]。miR393 受冷
冻、干旱、盐害和 ABA 的诱导表达;在冷冻、干旱、盐
害和 ABA的胁迫条件下,miR397b 和 miR402 的表达
略有增强;而 miR319c只受冷冻的诱导,干旱、盐害和
ABA则没有诱导作用;在冷冻、干旱、盐害和 ABA 的
胁迫条件下,miR389a. 1 的表达减弱[23]。miR397 调
控盐胁迫相关的基因 P5CDH和 SRO5 的表达[24]。
Jung 等[25]报道 miR417 的表达受多种非生物因
素的调控,RT-PCR 和 Real-time PCR 分析结果表明
盐胁迫适度抑制了 miR417 的表达,干旱和 ABA 胁
迫对 miR417 的调控是先诱导后抑制,冷胁迫诱导
了 miR417 的表达。与对照相比,过量表达 miR417
的转基因植物在盐胁迫的条件下,种子发芽明显滞
后,而且成活率降低。
miRNA在植物面对机械应力状态发生改变时
有着重要的防御调控作用。Lu 等[26]从毛果杨木质
部组织受到机械胁迫的样品中分离出 5 种与机械损
伤相关的 miRNA,如受压力增强表达的 miR159;受
张力和压力上调表达的 miR408;受张力和压力下调
表达的 miR156、miR162 和 miR164;仅受压力下调
表达的 miR160 和 miR172。比较杨树和拟南芥在非
生物胁迫条件下 miRNA398 的表达方式发现,杨树
的 miRNA398 表达呈现波动,而拟南芥的表达则非
常稳定,预示不同植物的调控方式存在差异[27]。
2. 2 miRNAs与植物的生长发育
miRNAs的正常表达是植物正常生长发育所必
需的,目前对拟南芥中 miRNAs 的研究较多。miR-
NAs参与调控植物发育进程,植物形态建成以及植
物激素信号通路,部分结果已有试验证明。
在植物中,许多 miRNAs 在具有共同祖先的不
同物种中成熟 miRNAs 序列上,在发育时期及组织
特异性上也呈现丰富的多样性[28]。miRNA 对发育
的调节作用通过对靶基因的调节完成。
Yang等[29]发现,AGO1 基因与拟南芥的横向器
官的形成有关。转录因子 REVOLUTA(REV)基因
与叶形态建成有关,双链 RNA 结合蛋白 HYPONAS-
TIC LEAVES1(HYL1)通过改变 miR165 的水平控制
拟南芥 REV mRNA 表达量,维持叶脉和叶片的形
态,拟南芥 hyl1 突变株的叶片表现为背腹轴极性丧
失,叶脉变少且不连续[30]。miR165 通过引起转录
因子 PHAVOLUTA(NsPHV)mRNA 裂解来调控林生
烟草(Nicotiana sylvestris L.)维管形成层的生长。在
失去 miR165 调控功能的烟草半显性 phv 突变株中,
叶和茎维管系统发生异常的径向生长,茎节点的维
管组织不连续[31]。miR166 通过调节拟南芥 Ho-
meobox15 蛋白(ATHB15)来调控植物的维管细胞和
韧皮部细胞的发育[32]。
在拟南芥中,miR160 的调控作用对根冠细胞形
成很重要。miR160 通过负调控生长素响应因子
(auxin response factors)ARF10 和 ARF16 的表达来
控制根冠细胞的形成。miR160 过表达或 arf10
arf16 双突变都会造成拟南芥根尖呈瘤状并失去重
力感应性,根分生区末端的干细胞分化受阻抑[33],
miR160 在植物发育和激素信号的调节中起作用。
Mallory 等[34]证实,中断 miR160 的转录,ARF10、
ARF16 和 ARF17 mRNA 水平即增加,从而改变生长
素诱导因子 GH3-like 基因的表达和影响另一生长
素效应因子 DR5 的正常功能,并导致植株的严重发
育缺陷,植株表现出产生锯齿状叶片或卷缩状叶片
等多效异常表型。
拟南芥侧根生长也受 miRNAs 调控。miR164
的靶基因之一是拟南芥 NAM/ATAF /CUC(NAC)基
因家族的 NAC1。NAC1 的作用是传递生长素信号,
促进拟南芥侧根生长,miR164 引起 NAC1 mRNA 裂
解,从而削弱生长素信号,抑制其侧根生长。NAC1
mRNA中与 miR164 配对的碱基发生突变(编码的
蛋白序列未改变)或 miR164 表达受阻遏都会导致
拟南芥侧根增生[35]。
miR172通过调控靶标 AP2(APETALA2)和 AP2-
like基因来调节植物开花的时间和花的形态。过量
表达 miR172 能抑制 AP2 基因和 AP2-like 基因如
TOE1 (TARGET OF EAT1)的表达,导致植物开花期
提前并影响花器官的形态建成[36]。APETALA2-like
基因 GLOSSY15 (GL15)调控玉米(Zea mays L.)幼
叶到成熟叶的转变。GL15 活性增高不仅会使幼年
32
生物技术通报 Biotechnology Bulletin 2011 年第 4 期
期叶片增多,而且会延缓生殖发育。miR172 对
GL15mRNA 水平进行负调控,从而促进玉米幼叶向
成熟叶转变[37]。
miR156 是通过靶向作用于转录因子 SPL(squa-
mosa promoter binding protein like)影响植物的开花
时间,在 35S ∷ MIR156 转基因植物大量表达
miR156 后,发现植株表现出短日照条件下开花延迟
和能育性降低[38]。miR159 参与花的形态调控。拟
南芥的转录因子 MYB 家族成员 MYB33 和 MYB65
与花粉囊发育有关,miR159 对 MYB33 和 MYB65 的
表达进行负调控,从而影响花粉囊形态[39]。
在低磷胁迫的油菜和西葫芦韧皮液中也发现了
miR399 表达,而根系中并未发现 miR399 的初级转
录产物。由此推测,存在着一个由茎叶向根系转运
的长距离运输过程,以保证根系细胞内磷素水平的
稳定[40]。通过野生型和过量表达转基因材料间嫁
接试验证明,在磷胁迫条件下,地上部 miR399 表达
快于根部,表明 miR399 是通过韧皮部从地上部运
输到根系起作用,直接证明了 miR399 是植物磷胁
迫响应的长距离信号[41]。miR395 的靶基因包括硫
同化第一个关键酶 ATP 硫化酶基因 APS1、APS3 和
APS4 等[42]以及负责将硫由根系转运至茎叶的低亲
和力硫转运子 SULTR2 1[43]。
3 展望
迄今为止,对植物 miRNAs 的研究取得了一定
的进展。大量的 miRNAs 被发现,一些 miRNAs 的
功能也被阐明,相应的 miRNAs 靶基因被鉴定。但
是无论在理论还是应用上,对 miRNAs 的研究现在
还是一个开端,目前的研究大多停留在少数植物种
类上,虽然在各个物种中发现的 miRNAs数量不少,
但是已知的 miRNAs只有极少数的功能得到了较完
整的研究,许多 miRNAs相关基因的功能尚未明确;
对于 miRNAs 相关基因之间的联系缺乏足够的认
识;尽管已初步明确了 miRNAs 的加工过程中的某
些重要步骤,但其中具体的调控因素还不尽清楚。
对 miRNAs的已有认识为解析生命现象提供了
新的思路和方向。探索 miRNAs在植物中是否普遍
存在、更精确地掌握 miRNAs在植物生长发育、耐受
逆境胁迫等生理过程中的生物学意义和调节机制,
对于揭示 miRNAs 在植物生长发育、逆境应答中所
扮演的角色,调控植物的生长发育和提高植物抗逆
性能力都具有重要的意义。
参 考 文 献
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(责任编辑 李楠)
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