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ChineseJournalofBioprocessEngineering
Vol.10No.6
Nov.2012
doi:10.3969/j.issn.1672-3678.2012.06.006
STUM
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Mechanismofproteinthermostabilityby
analyzingchangeofionizablegrouppositioninnitrilasefrom
Pyrococcusabyssi
TANGXiaomang1,ZHANGLujia1,2,CUIDongbing1,YAOZhiqiang1,WANGXuedong1,WEIDongzhi1
(1.NewWorldBiotechnologyInstitute,StateKeyLaboratoryofBioreactorEngineering,EastChinaUniversityof
ScienceandTechnology,Shanghai200237,China;2.StateKeyLaboratoryofMaterialsOrientedChemicalEngineering,
NanjingUniversityofTechnology,Nanjing210009,China)
Abstract:Thepositionoftheaminoacidswithionizablegroupofproteinhadagreatefectonprotein
thermostability.Athermoactivenitrilasewasconstructedandtheheterologousexpressed.Thebasicprop
ertiesweretested.TheenzymewasmodeledbyDiscoveryStudioprograminhomologymodelingprotocol
andsimulatedinGromacsmoleculardynamicsprogramatdiferentgiventemperatures.Finaly,themac
rodoxprogramwasusedtocalculatetheproteinssolventaccesssibility.Thesolventaccessibilityofioniz
ablegroupsinnitrilasewasdiferentatchangingtemperatures.Itwasnecessaryfordynamicanalysisof
protein′sthemrostabilitymechanism.
Keywords:homologymodeling;moleculardynamics;solventaccessibility;nitrilase;thermostability
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4697 OE2 Glu291 B 72 10 62 72
8313 OE1 Glu519 B 60 9 51 667
4120 OE2 Glu258 A 73 24 49 304
4484 OD1 Asp279 B 61 12 49 508
,
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SA370/% SA300/% ΔSA4/% SA300/SA370
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5662 OD1 Asp355 B 23 72 -49 313
,
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