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The review of crystal structure of laccase

漆酶结构的研究进展



全 文 :漆酶结构的研究进展
韩君莉!,",郭丽琼!,",林俊芳!,"
!
(! # 华南农业大学 生物质能研究所,广州 $!%&’";" # 华南农业大学 食品学院,广州 $!%&’")
摘 要:漆酶是一种含铜的多酚氧化酶,具有特异的氧化还原电位,能够催化氧化酚类和芳胺类化合物,同时伴随 ’
个电子的传递,最终将 ("还原成水。本文就近年来漆酶的结构及其特性的研究进展做扼要综述。
关键词:漆酶;多铜氧化酶;晶体结构
中图分类号:)$$’ 文献标识码:* 文章编号:!&+" , -&+.("%%&)%’ , %%%! , %&
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/*0 123456!,",78( 964:6;3?3(! # =3@A6A2AB ;> C6;D?@@ E3BF" # J;55B N;;O HK6B3KB,H;2AI JI63? *12,-$.*-:9?KK?@B 6@ ? D25A6K;PPBF Q52B ;R6O?@B SI6KI K?3 K?A?5GMB ? 5;A ;> ;F?3O ?FG5?D63B@,K;3K;D6A?3A5G FBO2KA6;3 ;> D;5BK25?F ;RG;2F4B5BKA6;3 AF?3@D6@@6;3 T UI6@
P?PBF FBL6BS@ AIB ?OL?3KB@ ;3 AIB @AF2KA2FB@ ?3O AIB6F KI?F?KABF6@A6K@ ;> 5?KK?@B@ 63 AIB FBKB3A GB?F @A2O6B@ S6AI
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3#+ ’($4,:5?KK?@B;Q52B D25A6K;PPBF ;R6O?@B;KFG@A?5 @AF2KA2FB
漆酶(9?KK?@B,EJ ! #!% #- #")是一种含铜的多酚
氧化酶,和植物中的抗坏血酸氧化酶、哺乳动物的血
浆铜蓝蛋白同属蓝色多铜氧化酶(Q52B D25A64K;PPBF
;R6O?@B)家族。!..- 年,日本学者吉田(V;@I6)[!]首次
从日本紫胶漆树( !"#$ %&’()*)+,#-)漆液中发现一种
可催化漆固化过程的蛋白质;!.W’ 年,CBFAF?3O["]将
这种蛋白质命名为漆酶(9?KK?@B)。漆酶广泛分布于
真菌分泌物、高等植物[- X $]、少量细菌[& X +]和昆虫[.]
中。分泌漆酶的真菌主要分布于担子菌( .-$)/)0123
*04)(-)、多孔菌(50,260’#$)、子囊菌( 7$*012*04)(-)、脉
孢菌( 8&#’0$6’-)、柄孢壳菌( 50/0$60’-)和曲霉菌
( 7$6&’9),,#$)等属种,其中最主要的是担子菌亚门的
白腐真菌[W]。按其来源漆酶主要分为漆树漆酶、真
菌漆酶和细菌漆酶。漆酶具有较强的氧化还原能
力,例如漆树漆酶能够催化木质素的聚合过程[!%],
而真菌漆酶则能催化木质素的降解、去除有毒化合
物的毒性作用、促进真菌色素的合成等[!!],因此,真
菌漆酶在环境保护、生物检测、造纸工业、食品工业
等领域具有广泛的潜在作用[!"]。然而不同来源的
漆酶其氧化还原能力相差较大,这与漆酶的分子结
构密切相关。本文主要就近年来漆酶的结构及其特
性的研究进展做扼要综述。
5 漆酶的结构
漆酶分子结构中一般含有 ’个铜原子,根据磁学
和光谱学性质不同可将漆酶分子中 ’个铜原子分为 -
类:!型 J2" Y(U!J2)和"型 J2" Y(U"J2)各 ! 个,是单
电子受体,呈顺磁性;# 型 J2’ Y" (U-J2)两个,是耦合
! 收稿日期:"%%&4%!4!%
基金项目:国家自然科学基金资助项目(0;#-%&+!’$+);广东省科技攻关项目(0;#"%%-J-!"%+,0;#"%%’C"%!%!%%!);广东省自然科学基金
课题(0;#$%%&&.%)
作者简介:韩君莉(!W.!4),女,山东烟台人,硕士研究生,研究方向:生物转化和生物加工。
联系人:林俊芳,研究员,E4D?65:563Z>[ @K?2# BO2# K3;E4D?65:Z23>?3<563"%%-[ G?I;;# K;D# K3
第 ’ 卷第 ’ 期
"%%& 年 !! 月
生 物 加 工 过 程
JI63B@B 1;2F3?5 ;> C6;PF;KB@@ E3<63BBF63<
0;L T "%%&
· ! ·
万方数据
离子对,双电子受体,反磁性。!型 !" 原子形成单核
中心,在 #$% &’有强烈光吸收,呈蓝色;"型 !" 原子
和# 型 !"原子形成三核铜簇,"型 !"原子具有 ()*
(电子顺磁共振效应)性质,非蓝色,无特征吸收光谱;
# 型 !"原子无 ()*性质,在 ++% &’附近有宽的吸收
带[$+]。,-./"&0& (等[$1]研究的射脉菌(!"#$%&’ (’)&’*
+’)漆酶只含有 2个铜原子(!型 !"原子、"型 !"原子
各 $一个),无# 型 !"1 32 ,该漆酶分子中含有 $ 个有
机小分子辅基吡咯喹啉(45..6768"9&679&08"9&6&0,)::)
在分子中具有类似# 型 !" 的功能。)-7’90.9 ; 等[$<]
从糙皮侧耳(!#$,(-+,. -.+($’+,.)中纯化的一种新型漆
酶 )=>?$只有 $ 个 !",却含有 2 个锌原子和 $ 个铁
原子,由于缺少 @$!",在 #$% &’处没有吸收峰,酶蛋
白呈白色。
漆酶大多数为单体酶,由 <%% A <<% 个左右的氨
基酸所组成,表观相对分子质量主要集中在 < B
$%1 A $%< 之间[$+],皆为糖蛋白,糖配基主要有己糖、
葡萄糖、甘露糖、半乳糖、岩藻糖和阿拉伯糖,含糖质
量分数在 $%C A D%C[$2]。其糖基化被认为可能与
漆酶的热稳定性有关[$+]。但是近来 ,-9E/-&F7 等[$#]
测试了 1 种含糖质量分数差别显著的漆酶的稳定
性,发现含糖质量分数高的漆酶既不能提高漆酶的
热稳定性,也不能阻止由紫尿酸自由基引起的漆酶
失活。纵观近年来不同来源的漆酶,其氨基酸序列
相似性并不高,例如子囊菌漆酶 /$#’0-1’(2,. ’#*
%-341$.(G-H)与担子菌漆酶的序列相似性仅为 2%C
A +%C[$I],但与铜原子相连的 $ 个 !5J 和 $% 个 K9J
及其周围的氨基酸配基则是相对保守的。
由于漆酶的含糖质量分数较高,一直难以获得
>L衍射分析用的单晶,因此关于漆酶结构的研究进
展比较缓慢。$MMD 年 N"E.6J O[$D]制备了第一个来
自灰盖鬼伞(5-2(&0,. 1&0$($,.6)P540L2 !" 缺失型漆酶
晶体,并解析了它的结构。目前,来自 7’1&##,. .,%*
+&#&.(!6?)[$M];/$#’0-1’(2,. ’#%-341$.(G-H)[$I];8&9&*
)-2-(,. #&90-.,. ( *9H)[2%];!410-2-(,. 1&00’%’(&1,.
()EH)[2$];5-2(&0,. 1&0$($,.(!EH)[22]和 :(’3$+$. 6$(.&*
1-#-((@QH)[2+]漆酶的三维结构已相继被报道。
漆酶分子主要由 + 个 E"4.0R6S9&L79T0 结构域所
组成,三者紧密结合形成球状结构。这种结构形式
是铜蓝蛋白家族所共有的[$I,$D],图 $ 所示分别为在
% U21 &’ 分辨率下 /$#’0-1’(2,. ’#%-341$.(G-H)和
5-2(&0,. 1&0$($,.(!EH)的三维结构图。
(V)/$#’0-1’(2,. ’#%-341$.(G-H);(W)5-2(&0,. 1&0$($,.(!EH)
图 $ 漆酶的三维结构图,糖基以灰色标示
X9F U$ @/.00LR9’0&J96&-7 JP."EP".0J 6Y G-H -&R !EHU !-.W6/5R.-P0J -.0 J/6Z& -J F.-5 JP9ETJ
如图 $ 所示,G-H 分子含有 + 个结构域:?($ A
$螺旋,7664结构所组成。@2 \ @+ 铜原形成的三核铜簇
位于结构域 ?(红色)和结构域 !(蓝色)的界面上,单
核的 @$铜原子位于结构域 !(蓝色)上,结构域 [(绿
色)和结构域 !参与底物结合。整个分子由 + 个二馏
键加以稳定,分别是位于结构域 ? !5J1 A !5J$2、结构
域 ? ! 界面上 !5J$$1 A !5J<1%、结构域 ! !5J2MD A
!5J++2,而 5-2(&0,. 1&0$($,.(!EH),8&9&)-2-(,. #&90-.,.
(*9H)漆酶分子中则含有两个二硫键。
· 2 · 生物加工过程 第 1 卷第 1 期
万方数据
! 铜离子结合位点
! "# $# %&结合位点
$#%&以 %&! ’ 形式存在,在所有的多铜氧化酶
中,$#%& 都与两个 ()* 的 + 和一个 %,* 的 - 配位结
合,形成扭曲的四面体结构[#.,!/],如图 ! 所示。其
中共价键 %&0-(%,*)的配位结合使酶呈现蓝色。
(1)!"#$%&’( )%&*$*’((%23);(4)+%,%-"#"$’( .%,&"(’((5)3)
图 ! 漆酶 $#%&单核结合位点
6)7 "! $89 :;<;<&2=9>? $#%& *)@9 ;A =>22>*9
如图 ! 所示,在 %23 中距离 $#%& / "BC <: 处有
一个轴向的 39& 配基,在抗坏血酸氧化酶中为
D9@[!E],在 $F3 中为 G89[!B]。这种轴向的氨基酸配
位的不同曾经被认为是影响真菌漆酶氧化还原电位
(H;)的重要因素[#]。G9??,2? 等[!C]认为此位置的疏
水基团越大,则其还原电势越强,如为甲硫氨酸
(D9@)配基,还原电势最低;亮氨酸(39&)配基,还原
电势次之;苯丙氨酸(G89)配基,还原电势最高。在
5)3中为 39& 配基,氧化还原电势可达到 IB/ :J。
然而 -)=F)> K>?>F>7=)> 等[!/]通过比较 %23(低 H;)和
$F3(高 H;)的不同发现,39& 或 G89 配位的不同并不
是影响氧化还原电位高低的最主要因素,认为 %�
+H间的距离则是影响氧化还原电位高低的最主要
因素。与 %23相比,在 $F3分子中 $#%& 处存在一个
!0螺旋,K=&EL/ 和 -9?##B 能形成强烈的氢键,从而导
致 %�+H的距离比 %23长 / "/#I <:,因而使得 $F3
具有较高的氧化还原电势。同样,在 5)3 中 K=&ECM
和 -9?##B 能形成氢键(K=&ECM 的 NH! 距离 -9?##B NK
/ "!LB <:,可能与 $F3 中 K=&EL/ 和 -9?##B 间的氢键
对于 %�+H的距离起相同的作用。
! "! $! O $B%& 结合位点
在已知漆酶的三维结构中,$!O $B%& 三核铜簇与高
度保守的 E个 ()*0P0()*花样的 .个 ()*配位结合,$B%&
结合 L个 ()*,$!%&结合 !个 ()*,如图 B所示[#M,!/]。
(1)/0)%..’( (’12%.%((%;Q);(4)+%,%-"#"$’( .%,&"(’((5)3)
图 B 漆酶 $! O $B 三核结合中心
6)7 "B $89 $! O $B @?)<&2=9>? 2;RR9? *)@9 ;A =>22>*9
!//L 年 ## 月 韩君莉等:漆酶结构的研究进展 · B ·
万方数据
由图 ! 可得,不同来源漆酶的 "# $ "! %& 结合位
点也有一定的差别,!"#$%%&’ ’&()$%$’(%’()"! %& 的 #
个铜原子通过 ) 个 *+ 桥配位连接起来,组成双核
铜区,具有抗磁性,因而在 ,-. 上无信号产生,然而
在 *$+$,-.-/&’ %$+0-’&’(./0)(如图 !(1)所示)中 "!
%&的 # 个铜原子并无 *+桥存在,相反 "!2%&,"#%&
则分别与 ) 个 *+相连,但由于与 *+相连是不对称
的,因此也不能认为是 *+桥(如图 !(1)所示)。3/45
6/2 72826294/2等[#:]认为在 *$+$,-.-/&’ %$+0-’&’(./0)
中,具有 ,-. 活性不是 "# %&,而是与来自 ! 个 +/;
的 <原子相连的 "!1%&,而 "!2%&、"#%& 则分别与 )
个 *+ 相连是导致 ,-. 沉默的原因。=24>8/> ?&@8’;
等[##]于 #::) 年在 : A)BC DE 分辨率下得到完整的
1-./$0&’ #$02/2&’(%@0)结构,并表明在 %@0 中 "# $ "!
%& 三核铜簇也没有 *+桥的存在。
! 漆酶底物结合位点
! A) *#分子结合位点
D 等[)G]观察 32%"0-#"/.&’ "%(-45#2’
(H20)发现在两个 "! %& 铜原子中间处结合一个 *#
分子。两个氧原子 *) 和 *# 距离 "! %& 的 %&#%&!
的距离在 : A#I J : A#B DE(如图 I(2)所示)。K82D@/;@’
L 等[#B]于 #::I 年研究来自 !"#$%%&’ ’&()$%$’(%’()孢子
壁漆酶的结构发现,%’(中 *#分子则分别与 74&IMC5
*,和两个 "! %& 铜原子相结合,其中 *) 主要跟
74&IMC5*,结合(*,)5*) N : A#G DE,*,#5*) N : A#M#
DE),而 *# 则跟两个 "! %& 铜原子结合(*#5%&# N
: A!#O DE,*#5%&! N : A!! DE)(如图 I(1)所示)。
(P)32%"0-#"/.&’ "%(-45#2’(H20);(1)!"#$%%&’ ’&()$%$’(%’()
图 I 漆酶 *#分子结合位点
K/9 AI "Q> ’RS9>D 1/DT/D9 ;/U> ’V 42@@2;>
! A# 还原性底物结合位点
漆酶还原性底物的活性结合位点通常位于
")%&单核结构中心的附近,单电子氧化还原性底物
开始传递电子[)M]。D 等[)G]通过分析
32%"0-#"/.&’ "%(-45#2’(H20)的结构,得出 H20 的底
物活性结合位点是结构域 W和结构域 %的 O 个 4’’X
结构。K82D@/;@’ L等[)M]通过分析来自 !"#$%%&’ ’&()$%$’
(%’()孢子壁漆酶的结构,得出在 %’( 中漆酶的活
性结合位点是由极性氨基酸所组成的 4’’X 和!Y 螺
旋的盖状结构(如图 O 所示)。#::I 年 K82D@/;@’ L
等[#B]以 (W"3为底物研究底物结合后漆酶结构,证
实了这一论点。其中 (W"3以 Z 形状与漆酶分子相
结合,这与 (W"3 被漆酶氧化后形成 (W"3 [ 几何结
构是相一致的。在 Z 形状底部 (W"3 的噻唑环与
+/;IMG 的 <原子垂直结合,+/;IMG Y < 原子与 ") 铜
原子的配位键 %S;5IM#5%间距离是 : A!!# DE(如图 O
所示)。(W"3 与 %’( 漆酶分子的结合形式则解释
了漆酶分子从还原性底物 (W"3 中提取 ) 个电子经
+/;IMG,再经过 ") Y %S;传递到 "# $ "! %& 三核铜簇,
将氧气还原成水。
! A! 溶剂通道
漆酶在 "# $ "! %& 三核铜簇处将氧气还原成水,
其中氧气分子进入 "# $ "!%& 三核铜簇结构中心和水
分子流出蛋白质表面至少存在两条由极性和中性氨
基酸所组成的溶剂通道,一条主要用来连接 "#%& 和
蛋白质表面,另外一条通道则用来连接 "! %& 和蛋白
· I · 生物加工过程 第 I 卷第 I 期
万方数据
质表面[!"](如图 # 所示)。两条溶剂通道的存在从而
允许了氧气的快速结合和水分子的迅速释放[$%]。在
!"#$%&’$()*+ $#,&-.’"+(&’()中则是通过 )*末端的一
段保守 +,-*./0*123序列连接三核铜簇中心到蛋白质
表面[!4]。/$’0##*+ +*,10#0+()5+)漆酶分子中以 +,-67!*
+,-8""*1298":形成溶剂通道,+,-67! 位于蛋白质表
面,经过 +,-8""* 1298":到达三核铜簇中心,水分子则
与周围的氨基酸形成很多氢键[$#]。
图 6 /$’0##*+ +*,10#0+()5+)漆酶的还原性底物(+;<.)结合位点
=>? @6 +;<. A/B>’C50 >D CE/ /$’0##*+ +*,10#0+ )5+ 2’FF’,/ G>DB>D? ,>C/
图 # /$’0##*+ +*,10#0+()5+)漆酶分子中的溶剂通道
=>? @# .C09FC90/ 5H /$’0##*+ +*,10#0+()5+)2’FF’,/ ,52I/DC FE’DD/2,
! 漆酶结构与热稳定性的关系
多数真菌漆酶的热稳定性不高,一般当温度超
过 67 J几分钟后就失去活性["]。现在也有较耐高
温真菌漆酶的报道,K50B’’D K 等[$4]从来自南非的嗜
热白腐真菌菌株中得到耐高温漆酶,其最适反应温
度为 47 J,#7 J保温 " E 仍具有完全活性。
(>?>’ L等人于 $77$ 年发现了一种来自 /$’0##*+
+*,10#0+()5+)孢子壁高度耐热性漆酶,:7 J半衰期为
$ M 8 E[$:]。=0’DF>,F5 K同 (>?>’ L于 $77% 年进一步观
测了 )5+漆酶的结构,并讨论了漆酶结构与热稳定
性的关系。=0’DF>,F5 K等[!"]指出 )5+漆酶耐热性是
与漆酶分子中形成的氢键、盐桥、蛋白质表面的电荷
分布,蛋白质的堆叠作用,氨基酸的组成等因素密切
相关。与其他已知不耐热漆酶结构相比,)5+ 的 N05
的质量分数较高(: @"O)(:O &’()可能是提高其热稳定性的原因。另外,% 个
F9-0/B5P>D*2>Q/ 结构域间形成了很多氢键,以及在结
构域 ! 和结构域 $ 表面存在的高度密集排列堆叠的
氨基酸残基,如氨基酸残基 +’!87*+’!#6、氨基酸残
基 +’$46*+’%77,)*末端氨基酸残基 +’847*+’6!7 同
样也影响了 )5+漆酶热稳定性。
$77# 年 !! 月 韩君莉等:漆酶结构的研究进展 · 6 ·
万方数据
! 展 望
漆酶最早是从高等植物中发现,但对于高等植物
漆酶的结构和功能的研究仍存在一定的空白,这部分
漆酶的研究,无疑是将低等植物和高等植物漆酶的研
究建立一个桥梁。目前,真菌漆酶的理论研究和应用
研究日益深入,但仍有很多问题亟待解决。仍需加强
对不同漆酶分子晶体结构的研究,如漆酶氧化还原电
势高低、漆酶热稳定性与结构之间的内在关系仍然不
是很清楚。通过比较其结构的差异与漆酶的性质和
功能不同,研究不同漆酶间的催化机制,为高活性漆
酶在蛋白质水平的改造提供理论依据。在应用研究
方面,由于漆酶分子结构机制的日益明朗使得漆酶具
有坚实的理论基础;同时,漆酶的广泛的底物专一性,
较强的氧化还原能力,使得真菌漆酶在造纸工业、环
境保护、食品等工业有广阔的应用前景。
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8!= (
[!H] ]-1?2&$2# 5 Y,T&R&1 QO,F@-&1?# Q ’,*, 10 ( )-.$,10 $,-42,4-* #/ 1
X12,*-&10 *?@#$B#-* 2#1, 2#+B#?*?,[ 5]( K%* 5#4-?10 #/ >�#R&210
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