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Development and application of nested RT-PCR assay for detection of Citrus yellow vein clearing virus

柑橘黄化脉明病毒巢式RT-PCR检测方法的建立及应用



全 文 :植物保护学报 Journal of Plant Protection, 2016, 43(2): 255 - 259 DOI: 10􀆰 13802 / j. cnki. zwbhxb. 2016􀆰 02􀆰 011
基金项目:国家公益性行业(农业)科研专项(201203076⁃01),中央高校基本科研业务费(XDJK2015A009)
∗通讯作者(Author for correspondence), E⁃mail: zhoucy@ cric. cn
收稿日期: 2014 - 10 - 08
柑橘黄化脉明病毒巢式 RT⁃PCR检测方法
的建立及应用
周  彦1   陈洪明1   王雪峰1   李中安1   王  亮2   周常勇1∗
(1.西南大学柑橘研究所, 重庆 400712; 2.四川省安岳县柠檬科学技术研究所, 安岳 642300)
摘要: 为探索柑橘黄化脉明病毒(Citrus yellow vein clearing virus,CYVCV)引起的柑橘新病害—柑橘
黄脉病的早期快速检测技术,针对 CYVCV核酸结合蛋白基因的保守序列设计 2 对特异性引物,通
过优化退火温度,建立了 CYVCV巢式 RT⁃PCR 检测方法,并对采自不同柑橘品种的 54 个 CYVCV
疑似样品进行了检测。 结果表明,CYVCV巢式 RT⁃PCR检测中,以 55℃和 60℃分别作为第 1 轮和
第 2 轮扩增的退火温度时检测效果最佳;该方法检测样品中病毒总核酸的最低浓度为 2􀆰 40 μg / L,
灵敏度较 RT⁃PCR提高 100 倍。 在 CYVCV疑似样品检测中,巢式 RT⁃PCR和 RT⁃PCR的阳性检出
率分别为 59􀆰 26%和 57􀆰 41% ,前者更适用于检测不同来源的 CYVCV。 当尤力克柠檬、锦橙北碚⁃
447、天草和台湾椪柑嫁接接种 CYVCV后,巢式 RT⁃PCR比 RT⁃PCR提前 10 ~ 30 d检测出病毒。 表
明所建立的 CYVCV巢式 RT⁃PCR检测方法适用于田间病树的早期诊断。
关键词: 柑橘黄化脉明病毒; 巢式 RT⁃PCR; 检测
Development and application of nested RT⁃PCR assay for detection of
Citrus yellow vein clearing virus
Zhou Yan1   Chen Hongming1   Wang Xuefeng1   Li Zhongan1   Wang Liang2   Zhou Changyong1∗
(1. Citrus Research Institute, Southwest University, Chongqing 400712, China;
2. Lemon Science and Technology Institute of Anyue County, Anyue 642300, Sichuan Province, China)
Abstract: Yellow vein clearing disease caused by Citrus yellow vein clearing virus ( CYVCV) is an
emerging viral disease in China. To resolve the defect that the existing detection methods were difficult to
detect CYVCV at the early stage, two pairs of primers were designed within conserved region of the
nucleic acid binding protein gene, and a rapid and specific nested RT⁃PCR detection method for CYVCV
was established. The results showed that 55℃ and 60℃ were the optimized annealing temperature to the
first and second PCR reaction, respectively, and nested RT⁃PCR had a detection limit of 2􀆰 40 μg / L of
total nucleic acid and the sensitivity was 100⁃fold higher than RT⁃PCR. In the detection of 54 CYVCV⁃
suspected samples, the positive rates by using the nested RT⁃PCR and RT⁃PCR were 59􀆰 26% and
57􀆰 41% , respectively. The results suggested that the nested RT⁃PCR could detect CYVCV more
effectively in various citrus cultivars. Furthermore, after CYVCV isolates were graft⁃inoculated on Eureka
lemon, Jincheng Beibei⁃447, Amakusa and Taiwan ponkan, they were detected 10 to 30 days earlier by
nested RT⁃PCR than RT⁃PCR. The present study demonstrated that the nested RT⁃PCR is a valuable tool
for early detection of CYVCV in different citrus cultivars.
Key words: Citrus yellow vein clearing virus (CYVCV); nested RT⁃PCR; detection
    柑橘黄脉病是由柑橘黄化脉明病毒 ( Citrus
yellow vein clearing virus,CYVCV)引起的一种新的柑
橘病害。 该病最早发现于巴基斯坦(Catara et al. ,
1993;Grimaldi & Catara,1996),随后在印度(Alsha⁃
mi et al. ,2003)、土耳其(Önelge et al. ,2011)、中国
等国家相继被报道(Chen et al. ,2014)。 该病能够
危害大多数柑橘种类,其中柠檬和酸橙对此病最为
敏感,甜橙较为耐病,宽皮柑橘、葡萄柚、香橼和墨西
哥莱檬等最为耐病(Catara et al. ,1993;Grimaldi &
Catara,1996;Chen et al. ,2014)。 植株感染此病后
叶脉黄化、透明,叶片脱落,产量降低,甚至绝收
(Catara et al. ,1993;Önelge et al. ,2010)。 目前该病
已对我国柑橘产业,尤其是柠檬生产造成了严重损
失,且发生范围逐渐扩大(周常勇等,2013;陈洪明
等,2015)。
CYVCV为柑橘病毒属 Mandarivirus 成员,病毒
粒子呈弯曲线状,大小约为 670 ~ 700 nm × 13 ~ 14
nm。 CYVCV基因组含有 7 529 个核苷酸,可能包含
有 6 个开放阅读框 ( Loconsole et al. , 2012 )。
CYVCV除可以通过嫁接传播外,还能通过豆蚜 A⁃
phis craccivora Koch 和绣线菊蚜 A. spiraecola Patch
在柠檬和菜豆间进行传播(Önelge et al. ,2011),因
此,豇豆、菜豆、辣椒、藜麦等也是柑橘黄脉病的草本
寄主(Grimaldi & Catara,1996;Önelge et al. ,2011;
Chen et al. ,2014)。 但目前尚不清楚 CYVCV 是通
过何种媒介昆虫在柑橘间进行传播,通过防治媒介
昆虫来防控柑橘黄脉病尚不可行。
柑橘黄脉病是我国新生病害,目前尚缺乏有效
防治该病的药剂,因此种植无病毒苗木和加强病毒
检测成为防治该病的重要途径,建立快速、灵敏的病
毒检测技术是当前柑橘黄脉病防治的首要任务。
CYVCV的检测鉴定通常以柠檬和酸橙作为指示植
物,但检测周期长,需 2 ~ 3 个月,且需要进行隔离处
理(Catara et al. ,1993)。 Catara et al. (1993)曾通过
电镜技术检测 CYVCV,但操作较为繁琐,且仅适用
于部分柑橘品种的检测。 近年来,Alshami et al.
(2003)和 Chen et al. (2014)相继建立的血清学和
RT⁃PCR检测方法,缩短了 CYVCV 的检测时间。 但
对大量 CYVCV 疑似样品进行检测时,这些方法在
灵敏度和检测范围上存在不足。 因此,本研究通过
建立 CYVCV的巢式 RT⁃PCR检测方法,以期进一步
提高检测范围和准确性,以满足当前柑橘生产中
CYVCV快速检测的需要。
1 材料与方法
1􀆰 1 材料
供试毒源及植物样品:感染了 CYVCV、柑橘衰
退病毒 (Citrus tristeza virus,CTV)、柑橘碎叶病毒
(Citrus tatter leaf virus,CTLV)、柑橘裂皮病类病毒
(Citrus exocortis viroid,CEVd)、温州蜜柑萎缩病毒
(Satsuma dwarf virus,SDV)、柑橘鳞皮病病毒(Citrus
psorosis virus, CPV)、柑橘黄龙病 ( huanglongbing,
HLB)的病株,2 年生无病毒尤力克柠檬 Citrus li⁃
mon、锦橙 C. sinensis 北碚⁃447、天草C. reticulata ×
C. sinensis 和台湾椪柑 C. poonensis 实生苗,以及
柑橘溃疡病的总核酸提取物均由西南大学柑橘研
究所脱毒中心提供。 所有植物分别置于不同的
20 ~ 25℃隔离温室中生长备用。 供试 54 份疑似
样品采自四川、重庆、云南、江西、湖南、福建等地
的甜橙、柚、宽皮柑橘、杂柑、柠檬、葡萄柚和枳类
等柑橘上。
引物:根据 GenBank 中 CYVCV 土耳其分离株
Y1(JX040635􀆰 1)的基因组序列,针对其 3′端保守的
核酸结合蛋白基因运用 Oligo 6􀆰 0 生物学软件设计 2
对引物。 其中外巢引物中上游引物为 CYVCV⁃1f:
5′⁃ATCATGAGTTCCATACCACTCGAG⁃3′,下游引物
为 CYVCV⁃1r:5′⁃AAATATTCAGGCTTTCAGTTT⁃3′,预
期扩增片段长度为 704 bp。 内巢引物中上游引物为
CYVCV⁃2f:5′⁃AAACCTAATCGGTCCTGTG⁃3′,下游引
物为 CYVCV⁃2r:5′⁃GAGACACCCTACTTCAGCG⁃3′,预
期扩增片段长度为 469 bp。 Chen et al. (2014)建立
的 RT⁃PCR 所用上游引物为 VF⁃1:5′⁃TACCGCAGC⁃
TATCCATTTCC⁃3′;下游引物为 VR⁃1:5′⁃GCAGAA
ATC⁃CCGAACCACTA⁃3′。 所有引物均由英潍捷基
(上海)贸易有限公司合成。
培养基及试剂:LB(Luria⁃Bertani)液体培养基:
1%氯化钠、0􀆰 5% 酵母提取液、1% 蛋白胨。 Prim⁃
Script 1 Step Enzyme Mix、Ex Taq DNA 聚合酶、胶纯
化试剂盒、pMD19⁃T 载体、感受态细胞 JM⁃109 和质
粒纯化提取试剂盒等均购于宝生物工程(大连)有
限公司;限制性内切酶 XmaI 和 HindIII 购于美国
NEB公司;Sephadex G⁃50⁃80 购于美国 GE Health⁃
care公司;其余试剂均为国产分析纯。
仪器: Varioskan® Flash 核酸读数系统,美国
Thermo Scientific 公司; TGRADIENT 型 PCR 仪,美国
WhatMan公司。
652 植  物  保  护  学  报 43 卷
1􀆰 2 方法
1􀆰 2􀆰 1 CYVCV病毒总核酸的提取
选取 5 ~ 10 mg CYVCV 病株的叶片,液氮中研
磨后加入 60 μL TES 缓冲液和 60 μL 饱和酚 ∶ 氯
仿 ∶异戊醇(25 ∶ 24 ∶ 1)。 混匀后 70℃水浴 5 ~ 10
min。 将上清液用由 Sephadex G⁃50⁃80 构成的微柱
过滤后在 - 20℃保存备用(周常勇等,2001)。
1􀆰 2􀆰 2 退火温度的优化
第 1 轮 RT⁃PCR 扩增:将 1 μL CYVCV 病株的
总核酸与 1 μL无菌水混合,95℃解链 3 min,冰浴后
依次加入 5 μmol / L外巢引物 CYVCV⁃1f / CYVCV⁃1r
各 0􀆰 5 μL、2 × 1 Step Buffer 5 μL、PrimScript 1 Step
Enzyme Mix 0􀆰 4 μL,无菌水补足至 10 μL。 反应条
件为:50℃ 30 min,94℃ 2 min;94℃ 30 s,退火(温
度设置 49、51、53、55、57、59℃)30 s,72℃ 45 s,循环
15 次;72℃延伸 5 min。
第 2轮 PCR扩增:取1 μL第1轮扩增产物,依次
加入 5 μmol / L 内巢引物 CYVCV⁃2f / CYVCV⁃2r 各 1
μL、10 × PCR缓冲液 2􀆰 5 μL、5 U / μL Ex Taq DNA聚
合酶 0􀆰 2 μL,无菌水补足至 25 μL。 反应条件为:
94℃ 2 min;94℃ 30 s,退火(温度设置 56、58、60、62、
64、66℃)30 s,72℃ 45 s,循环 30次;72℃ 5 min。
1􀆰 2􀆰 3 巢式 RT⁃PCR扩增产物的检测及鉴定
将巢式 RT⁃PCR扩增产物的目的片段切胶纯化
回收后与 pMD19⁃T 载体于 4℃连接过夜,并转化感
受态菌株 JM⁃109。 挑取单个的转化菌落,加 LB 液
体培养基培养 24 h 后用质粒纯化提取试剂盒提取
质粒 DNA。 质粒 DNA 经限制性内切酶 XmaI 和
HindIII双酶切鉴定后,将阳性克隆送英潍捷基(上
海)贸易有限公司进行测序鉴定。 测序结果与
CYVCV土耳其分离株 Y1(JX040635􀆰 1)的相应序列
进行 BLAST比对分析。
1􀆰 2􀆰 4 巢式 RT⁃PCR特异性及灵敏度检测
按照 1􀆰 2􀆰 1 的方法分别提取感染了 CTV、
CTLV、SDV、CEVd、CPV、CYVCV 和 HLB 的病株的
总核酸,并将其与本课题组保存的溃疡病总核酸用
已建立的巢式 RT⁃PCR 方法进行检测。 按照 1􀆰 2􀆰 1
方法提取黄脉病病株样品的总核酸,使用核酸读数
系统测定其 A260 / A280比值和总核酸浓度。 用无菌水
按 10 倍梯度将获得的总核酸稀释至 107 倍,并以此
为模板,分别按照上述的巢式 RT⁃PCR,以及 Chen et
al. (2014)建立的 RT⁃PCR方法进行检测。
1􀆰 2􀆰 5 巢式 RT⁃PCR和 RT⁃PCR检测效果比较
采用 RT⁃PCR和巢式 RT⁃PCR 法分别检测采自
甜橙、柚、宽皮柑橘、杂柑、柠檬、葡萄柚和枳类等柑
橘上的 54 个 CYVCV 疑似样品。 为保证检测的可
靠性,每种方法均以 CYVCV 病株和健康植株作为
正负对照。 将检测结果不一致的样品嫁接接种于 2
年生无病毒尤力克柠檬实生苗,置于 25 ~ 28℃隔离
温室中保存。 接种 2 ~ 3 个月后观察新梢症状。
选取 CYVCV分离株 AY1 分别嫁接接种于 2 年
生无病毒的尤力克柠檬、锦橙北碚⁃447、天草和台湾
椪柑。 每个品种嫁接 10 株,每株嫁接 2 块皮和 1 个
芽。 嫁接后置于 25 ~ 28℃隔离温室保存。 嫁接后
每 10 d提取 1 次总核酸,总共提取 8 次。 每次按照
周常勇等(2001)的方法从 4 个方向提取叶片中的
总核酸,并将同一植株 4 个方向提取的总核酸混合
后分别进行巢式 RT⁃PCR和 RT⁃PCR检测。
2 结果与分析
2􀆰 1 退火温度的优化及扩增产物的鉴定
第 1 轮 RT⁃PCR扩增中,退火温度为 49、51、53、
55、57℃时均能扩增出 704 bp 的目标片段,但 57℃
时目标片段较弱,因此选用 55℃作为最佳退火温
度。 第 2 轮扩增中,退火温度为 56、58、60、62、64、
66℃时均能扩增出 469 bp 的目标片段,除 62、64、
66℃时扩增的条带亮度较弱外,其余条带亮度基本
一致,且在 58℃和 60℃时没有出现非特异性扩增,
因此选用 60℃作为第 2 轮最佳退火温度。
获得的质粒 DNA经双酶切鉴定后,与预期大小
相符。 阳性菌液的测序结果经 BLAST 比对分析表
明,插入片段与 CYVCV 毒株 Y1(JX040635􀆰 1)序列
相似性为 100% 。 表明该扩增产物为 CYVCV。
2􀆰 2 巢式 RT⁃PCR特异性检测
建立的巢式 RT⁃PCR 方法能从来自柑橘黄脉病
样品的总核酸中扩增出 469 bp 的特征条带。 该方法
在检测来自柑橘衰退病、柑橘碎叶病、温州蜜柑萎缩
病、裂皮病、鳞皮病和黄龙病病株的总核酸,以及保存
的溃疡病菌总核酸时均不能产生特征条带(图 1)。
2􀆰 3 巢式 RT⁃PCR灵敏度检测
提取样品总核酸的 A260 / A280平均值为 1􀆰 93,其
浓度为 239􀆰 71 mg / μL。 检测结果显示,巢式 RT⁃
PCR能够检测到 105 倍稀释的模板,浓度约为 2􀆰 40
μg / L。 RT⁃PCR能够检测到 103 倍稀释的模板,浓
度约为 240 μg / μL,表明巢式 RT⁃PCR 检测灵敏度
较 RT⁃PCR提高了 100 倍(图 2)。
2􀆰 4 巢式 RT⁃PCR和 RT⁃PCR检测效果比较
RT⁃PCR从 54 个疑似样品中检测出了 31 个阳
7522 期 周  彦等: 柑橘黄化脉明病毒巢式 RT⁃PCR检测方法的建立及应用
图 1 巢式 RT⁃PCR方法对柑橘黄脉病样品
的特异性检测
Fig. 1 The specificity test of nested RT⁃PCR on CYVCV
1: 水对照; 2 ~ 10: 柑橘衰退病、柑橘碎叶病、温州
蜜柑萎缩病、裂皮病、鳞皮病、溃疡病、黄龙病、健康植株
和柑橘黄脉病样品; 11: DNA marker BM5000 + 1􀆰 5 k。
1: Water control; 2 - 10: CTV, CTLV, SDV, CEVd,
CPV, Citrus canker, HLB, healthy plant and CYVCV sam⁃
ples; 11: DNA marker BM5000 + 1􀆰 5 k.
 
性样品,巢式 RT⁃PCR不仅能检测出这 31 个阳性样
品,还从 1 个椪柑疑似样品中检测出了 CYVCV,2
种方法的阳性检出率分别为 57􀆰 41% 和 59􀆰 26% 。
将 RT⁃PCR未检测出的椪柑疑似样品嫁接接种于无
病毒尤力克柠檬 3 个月后,其新梢表现出典型的脉
明、黄化症状,证实该样品感染了 CYVCV。
图 2 巢式 RT⁃PCR与 RT⁃PCR方法检测柑橘
黄化脉明病毒灵敏度的比较
Fig. 2 Comparison of the sensitivities of nested RT⁃PCR
and RT⁃PCR for the detection of CYVCV
1、10: DNA marker BM5000 +1􀆰 5 k; 2 ~ 9 和 11 ~ 18:
分别为巢式 RT⁃PCR和 RT⁃PCR的检测结果,病毒总核酸
模板均分别被稀释 100、101、102、103、104、105、106、107 倍。
1 and 10: DNA marker BM5000 +1􀆰 5 k; 2 -9 and 11 - 18:
amplification of total RNA which diluted from 100 to 107 times
by nested RT⁃PCR and RT⁃PCR, respectively.
 
    将 CYVCV分离株 AY1 嫁接接种于不同的柑橘
品种后 20 d, 运用巢式 RT⁃PCR 均可检测出
CYVCV。 在接种 30 d 后,RT⁃PCR 方可在尤力克柠
檬和锦橙北碚⁃447 上检测出 CYVCV,直至接种 50 d
后,RT⁃PCR才能在台湾椪柑上检测出 CYVCV。 相
比 RT⁃PCR,巢式 RT⁃PCR 在检测出 CYVCV 的时间
上提前了 10 ~ 30 d(表 1)。
表 1 巢式 RT⁃PCR和 RT⁃PCR检测不同寄主中的柑橘黄化脉明病毒
Table 1 Monitoring of Citrus yellow vein clearing virus in different hosts by nested RT⁃PCR and RT⁃PCR
接种
后天数 (d)
尤力克柠檬
C. limon
锦橙北碚⁃447
C. sinensis
天草
C. reticulata × C. sinensis
台湾椪柑
C. poonensis
Days post⁃
inoculation
巢式 RT⁃PCR
Nested RT⁃PCR RT⁃PCR
巢式 RT⁃PCR
Nested RT⁃PCR RT⁃PCR
巢式 RT⁃PCR
Nested RT⁃PCR RT⁃PCR
巢式 RT⁃PCR
Nested RT⁃PCR RT⁃PCR
10 0 / 10 0 / 10 0 / 10 0 / 10 0 / 10 0 / 10 0 / 10 0 / 10
20 6 / 10 0 / 10 5 / 10 0 / 10 3 / 10 0 / 10 1 / 10 0 / 10
30 10 / 10 4 / 10 7 / 10 2 / 10 6 / 10 0 / 10 2 / 10 0 / 10
40 10 / 10 7 / 10 10 / 10 5 / 10 10 / 10 3 / 10 5 / 10 0 / 10
50 10 / 10 10 / 10 10 / 10 8 / 10 10 / 10 5 / 10 10 / 10 1 / 10
60 10 / 10 10 / 10 10 / 10 10 / 10 10 / 10 10 / 10 10 / 10 4 / 10
70 10 / 10 10 / 10 10 / 10 10 / 10 10 / 10 10 / 10 10 / 10 7 / 10
80 10 / 10 10 / 10 10 / 10 10 / 10 10 / 10 10 / 10 10 / 10 10 / 10
    检出率以阳性植株数 /检测植株数表示。 Positive rate was indicated by the ratio of number of plants infected to number of test
plants used.
3 讨论
柑橘黄脉病是近年来我国出现的一种柑橘新病
害,目前尚缺乏有效的防治方法,对柑橘黄脉病的早
期诊断以及对采穗母树的监测是保证柑橘安全生产
的重要措施,因此快速、准确、灵敏的检测方法显得
尤为重要。 而当前通过指示植物鉴定 ( Catara et
al. ,1993)、血清学分析(Ahlawat & Pant,2003)、电
镜观察(Grimaldi & Catara,1996)等方法进行柑橘黄
脉病检测时,操作繁琐且检测周期长。 Chen et al.
(2014)建立的 RT⁃PCR方法虽然极大地缩短了检测
时间,但是本研究结果显示,在检测椪柑等耐病的柑
橘品种时,尤其是在植株感染 CYVCV 的初期,RT⁃
PCR在检测灵敏度等方面还存在不足。
852 植  物  保  护  学  报 43 卷
相较于常规 RT⁃PCR,巢式 RT⁃PCR因具有更高
的检测灵敏度和特异性,近年来被广泛运用于柑橘
病毒病的检测。 本研究建立的 CYVCV 巢式 RT⁃
PCR检测方法,可从浓度约为 2􀆰 40 μg / L 的总核酸
模板中特异性检测出 CYVCV,其灵敏度较 RT⁃PCR
提高了 100 倍。 这与巢式 RT⁃PCR在检测其它柑橘
病毒病时表现相似,如宋震等(2011)建立的巢式
RT⁃PCR可检测出浓度为 1􀆰 27 μg / L 总核酸中的
CTLV,其灵敏度较一步法 RT⁃PCR 提高了 100 倍;
刘永清等 ( 2010 ) 和 Adkar⁃Purushothama et al.
(2011)报道,CTV 巢式 RT⁃PCR 检测方法的灵敏度
与实时 RT⁃PCR相当,达 13 ~ 14 拷贝 / μL。 虽然巢
式 RT⁃PCR通过 2 次 PCR 扩增提高了检测的灵敏
度,但是因为在第 2 轮 PCR扩增时反应体系中同时
存在 2 对引物,增加了发生非特异性扩增的机率,从
而对检测结果造成严重干扰。 为此,本研究通过提
高第 2 轮 PCR扩增时的退火温度,消除了非特异性
扩增的产生,从而保证了检测的准确性。
在对 54 份田间疑似样品进行检测时发现,巢式
RT⁃PCR不仅可识别所有 RT⁃PCR 检测为阳性的样
品,还可以检测出 1 份 RT⁃PCR检测为阴性、但经指
示植物鉴定确认感染了 CYVCV 的椪柑样品,因此
巢式 RT⁃PCR更适用于检测不同来源的 CYVCV 株
系,且其准确性高于 RT⁃PCR。 此外,在进一步检测
接种了 CYVCV的尤力克柠檬、锦橙北碚⁃447、天草
和台湾椪柑中发现,巢式 RT⁃PCR 比 RT⁃PCR 可提
前 10 ~ 30 d 检测出病毒,极大地缩短了田间样品检
测时的“窗口期”,从而为柑橘黄脉病的早期监测、
预警以及有效防控提供了重要的技术保障。
参 考 文 献 (References)
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(责任编辑:李美娟)
9522 期 周  彦等: 柑橘黄化脉明病毒巢式 RT⁃PCR检测方法的建立及应用