全 文 :书西北植物学报!
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#&陕西省财政厅项目"
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#&陕西省
科学院科技计划"
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#
作者简介柏国清" #4(% #!男!在读博士研究生!助理研究员!主要从事系统与进化植物学研究 5)67.8
9
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6/+<79+7=+=0
"
通信作者赵桂仿!教授!主要从事植物系统进化与分子生态研究5)67.8
:
>?@7A
!
0BC+DEC+=0
中国特有金钱槭属植物物种分化研究
柏国清#!!李思锋#!李为民#!李忠虎!!杨
!
娟%!赵桂仿!"
"
#
陕西省西安植物园%陕西省植物研究所!西安
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!
西北大学 生命科学学院 西部资源生物与现代生物技术教育部重点实
验室!西安
,#""&4
&
%
西安交通大学 环境与疾病相关基因教育部重点实验室 生物医学研究实验中心%医学院遗传学与分子生物
学系!西安
,#""&#
#
摘
!
要金钱槭属" !" #%&(")F8.G+
#隶属于槭树科"
H=DI7=D7D
#!是北温带植物区系中古老(残遗的木本属之一!为
中国特有属!属下仅包括金钱槭"
!*+"(%(+"+F8.G+
#和云南金钱槭"
!*,
-
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K
#
!
个物种本实验从形态学(
分子遗传学及基因序列分析等方面对金钱槭"
!*+"(%(+"+F8.G+
#和云南金钱槭"
!*,
-
%&)()JD0I
K
#进行对比研究!
探讨其物种间分化程度结果表明" # #形态学研究显示两物种形态性状存在显著差异!表明其在形态上发生了显 著分化&" ! #基因组 LMH 的 HNOP 标记分析表明!两物种间存在极显著遗传分化" ! QR S"+%4"* #!在物种水平及群 体水平!两物种遗传多样性及遗传变异水平皆有明显差异"金钱槭 # 云南金钱槭#&" % #从 TD0U70V 数据库中选出 ! 物种已知的叶绿体基因" # +./0&(!
(
&(!0&(1
(
&(2 (&(20&(3 ( & # 4#& #和核基因 WRQ " 516# (*(6789
(
516!
#进
行序列进化比对分析!
)XD/X检验表明!物种叶绿体基因序列间有极显著差异研究结果表明金钱槭和云南金钱
槭两物种间产生了极显著的分化!推测可能由于长期的地理隔离所致
关键词金钱槭&云南金钱槭&形态学&分子遗传学&种间分化 中图分类号
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文献标志码H%&()
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516#
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b
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>DID0X.7X.A0
!!
金钱槭属"
!"
#
H`PL
(
N`OP
(
QQ`
等所具有的
优点!而且还具有用量少(灵敏度高(扩增条带丰富(
可重复性高(快速高效等特点!一次分析可获得基因
组大量的遗传信息!并可检测出大量的多态性条带!
特别是对具亲缘关系及遗传上区别不大的种类来说
是较合适的分子标记方法*()4+本研究将结合形态
学(基于基因组
LMH
的
HNOP
标记对金钱槭属内
两物种进行比较研究!分析两物种的形态分化程度!
检测两物种的遗传多样性水平!揭示其种间分化程
度!探讨种间亲缘关系另外结合
TD0U70V
中两物
种已知的几个叶绿体基因及核基因的序列比对结
果!从分子水平进一步揭示两物种间的分化水平!为
金钱槭属及槭树科植物的进化生物学研究奠定理论
基础
#
!
材料和方法
>+>
!
研究材料
本研究所用的植物材料分别采自金钱槭自然地
理分布区陕西(河南(甘肃(四川(重庆(湖北(湖南(
贵州等
(
个省区的
#%
个居群!云南金钱槭采自云南
境内
*
个居群"表
#
#为保证取样的可靠性!对各
个居群中的每个被调查个体!从东(南(西(北
*
个方
向选最基部分枝和近基部第
%
个分枝!从分支中部
选取
!
对羽状复叶!将复叶上近基部的
&
片小叶摘
下浸于
NHH
固定液中&并从东(西(南(北
*
个方
向!分上下
!
层在果序上选取成熟翅果!并压制成标
本&同时采集金钱槭(云南金钱槭各个居群新鲜幼嫩
的植物叶片!迅速装入密封袋用硅胶迅速干燥!带回
实验室置于超低温冰箱"
("c
#保存!用于分子遗
传学实验
>+?
!
研究方法
>+?+>
!
形态学研究
!
参照李珊*#"+的方法!形态学
性状研究共测量
#,
项宏观(微观形态性状每个居
群取
%
个个体的平均值作为该居群的各项指标数
值用
QPQQ##+"
软件包计算同种内不同居群各项
形态指标的平均值
d
标准误差!用
FI.
:
.0PIA,+软 件对 ! 种植物各项形态学指标数值分别进行单因素 方差分析!在 "+"# 及 "+"
水平下对
!
物种总样本
的各项数值进行显著性
检验 >+?+? ! 群体遗传学研究 ! 采用植物基因组 LMH 的 HNOP 分子标记对金钱槭和云南金钱槭进行遗 传多样性(遗传结构和种间分化研究采用改良的 _RHU 法提取金钱槭属植物基因组 LMH * ##)#! + HNOP 反应按照酶切连接一步法(预扩增 ) 选择 性扩增两步法进行*#!+选择性扩增从 %! 对 :+
#
Z%
%
/+%
#
Z%
引物组合中筛选出多态位点检出率
*!##
西
!
北
!
植
!
物
!
学
!
报
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%卷 表 > ! ? 个物种的居群信息 R798D# ! PA b C87X.A0ID/ACI=DA>XBA/ b D=.D/ 物种 Q b D=.D/ 居群编码 PA b +MA 地点 OA=7X.A0 数量 Q76 b 8D/.?D 海拔 H8X.XCED % 6 经度 OA0 : .XCED 纬度 O7X.XCED 金钱槭 !" #%&(")+"(%(+"+
RUQ
陕西太白山
R7.97.2AC0X7.0
!
Q@770<. #" ##* #",e*&f %%e!f
O^Q
甘肃小陇山
.^7A8A0
:
2AC0X7.0
!
T70/C 4 #!& #"&e""f %*e!#f _L四川川洞子 _@C70EA0 : ?. ! Q.=@C70 #% #*&( #"!e*!f %"e!(f OLT 四川陇东沟 OA0 : EA0 : g78D K ! Q.=@C70 #" #4" #"!e*f #"" ##"e%#f %"e"#f 1_Q 湖北九冲山 1.C=@A0 : 2AC0X7.0 ! JC9D. 4 (," ##"e%f %#e!*f
[1T
湖北万家沟
[70
-
.7g78D
K
!
JC9D. ( (## ##"e%%f %#e!*f
O2J
湖北龙门河
OA0
:
6D0@D
!
JC9D. , #!4, ##"e!4f %#e#4f
\_T
湖北猪槽沟
\@C=7Ag78D
K
!
JC9D. 4 #,%##"eff
YR[
湖北青潭湾
Y.0
:
X70B70
!
JC9D. , #&(##"ef%&("),
-
%&)()
[QJ
云南文山
[D0/@70
!
]C0070 !!#, #"*e!*f !%e%,f 2云南蒙自 2D0 : ?. ! ]C0070 #4"! #"%e!%f !%e!*f
PU
云南屏边
P.0
:
9.70
!
]C0070 !"#4 #"%e!f !%e"#f
JOR
云南黑龙潭
JD.8A0
:
X70
!
]C0070 & #4!% #"!e∗f!e"!f
高(扩增结果稳定的
(
对引物组合"
:)THH
%
/)
_HH
(
:)THH
%
/)_H_
(
:)THH
%
/)_HT
(
:)THT
%
/)
_HH
(
:)THT
%
/)_HH
(
:)THT
%
/)_H_
(
:)THT
%
/)
_RT
(
:)THT
%
/)_RR
#!对金钱槭和云南金钱槭进行
比较研究
扩增结果按照条带的有无"显性(隐性#记为
"
(
#
数据!形成
HNOP
原始数据矩阵应用
PFPT5M5
"
GDI+#+%#
#
*
#%
+计算种水平(群体水平的多态位点百分
率"
::;
#(
Q@700A0
多样性指数"
5
#(
MD.
基因多样性
指数"
<
#以及种内居群间遗传分化系数"
=
/X
#检测
种内群体间基因多样度"
<
X
#以及群体内基因多样度
"
<
/
#
H2FgH
"
H078
K
/./A>2A8D=C87Ig7I.7X.A0
#用
来分析种间遗传分化系数"
!
QR
#以及种内居群间(居
群内遗传变异成分"
>?
#
>+?+@
!
序列比对分析
!
从
TD0U70V
搜索金钱槭和云
南金钱槭叶绿体基因"
#
+./0&(! (&(!0&(1 (&(2
(
&
#
4#&
(
&(20&(3
#以及核基因
WRQ
"
516#
(
*(6789 ( 516! #!采用 U.A5E.XG+"+&
*
#*
+软件中
_8C/X78[
进行
序列比对分析!计算插入缺失(成对序列的相似性等
采用
25THG+" * #
+分析成对序列的碱基组成(相同
位点(转换(颠换(转换与颠换比值(同一基因及间隔
区序列间的遗传距离采用
QPQQ##+"
软件对两物
种已知叶绿体基因序列进行显著性检验
!
!
结果与分析
?+>
!
形态学分析
对金钱槭和云南金钱槭植物的
#,
项形态指标
"表
!
#分析比较发现!云南金钱槭小叶长(小叶宽(
小叶脉数及复叶叶柄长高于金钱槭!且有显著差异
云南金钱槭果实长(果实宽(果实厚及果实重量高于
金钱槭!且有显著差异云南金钱槭种子长(种子
宽(种子厚及种子重显著高于金钱槭通过结果分
析发现!两物种形态水平存在显著差异!较明显的差
异是果实的大小(种子的重量及小叶形态
?+?
!
遗传多样性
通过筛选出的
(
对引物组合对金钱槭和云南金
钱槭进行选择性扩增!共得到
%!*
个扩增片段!由表
!
可以看出!金钱槭种内多态性片段"
::;
#为
(&+,%h
!云南金钱槭为
,(+"4h
&
MD.
)
/
基因多样性
指数"
<
#在金钱槭和云南金钱槭物种水平分别为
"+%%!#
和
"+%"*,
&
Q@700A0
多样性指数"
5
#在
!
物
种水平分别为
"+*(,*
和
"+**"在群体水平!,+!4h
(
"+!%*%
(
"+%%4!在云南金钱槭种群内!##
&
期
!!!!!!!!!!!!!!!
柏国清!等中国特有金钱槭属植物物种分化研究为!+#&h
(
"+!"**
(
"+!44#
H2FgH
分析表明在
金钱槭种内有
!#+#h
变异存在于群体内
?+@
!
遗传分化
本研究对金钱槭(云南金钱槭两物种的基因多
样性"
MD.
)
/
#进行分析!结果"表
%
#表明金钱槭的基因多样度为"+
"
<
X
#和
"+!"**
"
<
/
#&两物种居群间
遗传分化指数"
=
/X
#分别为
"+!4,"
和
"+%!&&
&基因流
"
8
6
#分别为
#+#(%(
和
#+"%#"
!
H2FgH
分析表明
金钱槭与云南金钱槭两种间存在极显著的遗传分化
表
?
!
?
个物种的形态比较
R798D!
!
2AI
b
@A8A
:
.=78=A6
b
7I7X.A0A>XBA/
b
D=.D/
项目
WXD6
金钱槭
!*+"(%(+"+
云南金钱槭
!*,
-
%&)()
叶形态指标
OD7>6AI
b
@A8A
:K
小叶长
OD0
:
X@A>>A8.A8D
%
=6 4+"(9 #!+&7 小叶宽 [.EX@A>>A8.A8D % =6 !+!(9 %+"(7 小叶数 MC69DIA>>A8.A8D ##+,*7 #%+"*7 小叶脉数 MC69DIA>0DIG7X.A0 #,+ !%+*(7 主侧脉夹角 H0 : 8DA>0DIG7X.A0 *,+%+4#7
复叶叶柄长
OD0
:
X@A>70/7D
%
=6 ,+4&9 4+&"7
小叶形系数
_AD>>.=.D0XA>8D7>>AI6 !+*!9 *+"*7
果实形态指标
NIC.X6AI
b
@A8A
:K
果实长
OD0
:
X@A>>IC.X
%
=6 !+%49 *+,,7
果实宽
[.EX@A>>IC.X
%
=6 !+##9 *+((7
果实厚
R@.=V0D//A>>IC.X
%
=6 "+"49 "+%(7
果实重
[D.
:
@XA>>IC.X
%
:
"+"!9 "+!,7
果梗长
OD0
:
X@A>>IC.X/X78V
%
=6 #+*#7 #+"7 果行系数 _AD>>.=.D0XA>>IC.X>AI6 #+#%7 "+4,9 种子形态指标 QDDE6AI b @A8A :K 种子长 OD0 : X@A>/DDE % =6 "+&%9 #+##7 种子宽 [.EX@A>/DDE % =6 "+!9 "+(!7
种子厚
R@.=V0D//A>/DDE
%
=6 "+"*9 "+!*7
种子重
[D.
:
@XA>/DDE
%
:
"+"!9 "+#!7
种行系数
_AD>>.=.D0XA>>IC.X>AI6 #+!*7 #+%&7
!!
注表中不同字母表示两个物种之间具有显著性差异":
"+"# MAXD
L.>>DID0X8DXXDI/.0E.=7XDE/.
:
0.>.=70XE.>>DID0=D/9DXBDD0XBA/
b
D=.D/
"
:
"+"
#
+
表
@
!
?
个物种间遗传参数的比较
R798D%
!
H=A6
b
7I./A0A>
:
D0DX.=
b
7I76DXDI/9DXBDD0XBA/
b
D=.D/
遗传参数
TD0DX.=
b
7I76DXDI
金钱槭
!*+"(%(+"+
云南金钱槭
!*,
-
%&)()
样本量
Q76
b
8D/.?D #"( !#
多态位点数量
MA+A>
b
A8
K
6AI
b
@.=8A=. !(# !"
居群水平
PA
b
C87X.A08DGD8
多态位点比率
::;
%
h ,+!4!+#&
MD.
)
/
基因多样性指数
< "+!%*% "+!"**
Q@700A0
多样性指数
5 "+%%4"+!44# 方差分析 g7I.70=D=A6 b A0D0X % h 居群间 H6A0 :b A b C87X.A0/ !#+% !&+*4
居群内
[.X@.0
b
A
b
C87X.A0
,(+*,
"
,%+# " 总基因多样性 RAX78 : D0DE.GDI/.X K " < X # "+%%%# "+%"%
居群内基因多样性
TD0DE.GDI/.X
K
B.X@.0
b
A
b
C87X.A0
"
<
/
#
"+!%*! "+!"**
基因分化系数
R@D=AD>>.=.D0XA>
:
D0DE.>>DID0X.7X.A0
"
=
/X
#
"+!4," "+%!&&
基因流估计
5/X.67XDA>
:
D0D>8AB>IA6=
/X
"
8
6
#
#+#(%( #+"%#"
种间遗传分化系数
TD0DX.=E.>>DID0X.7X.A09DXBDD0XBA/
b
D=.D/
"
!
QR
#
"+%4"*
"
!!
注"表示极显著差异":
"+"#
#
MAXD
" /. : 0.>.=70=D7X"+"#8DGD8A> b IA979.8.X K + &!## 西 ! 北 ! 植 ! 物 ! 学 ! 报 !!!!!!!!!!!!!!!!!!! %
卷
表
A
!
基因库中金钱槭和云南金钱槭的序列分析
R798D*
!
R@D787078
K
/./A>/D
;
CD0=D
b
7.I/A>/
b
D=.D/!*+"(%(+"+70E!*,
-
%&)()>IA6TD0U70V
项目
WXD6/
基因
TD0D
#
+./0&(!&(!0&(1&(2 &(20&(3 &
#
4#& 516
基因库中的编号
MA+A>TD0U70V
LY&4(4(%(
LY&4,,4 LY&4,,(
HN*"##&%
HN*"##44
HN*"##&%
HN*"##44
HN*4*&& HN*4*&,
HN*"##!#
HN*"##!"
原始序列长度
FI.
:
.0788D0
:
X@
%
9
b
,"&" #%!%
%
#%(, ,, %(&
%
%(" #"%4
%
#"& &," % &!* 比对后长度 OD0 : X@7>XDI78. : 06D0X % 9 b,& #%(( (
"
.0_@.0D/D
#
+
*
*
+
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RWHM^
"田
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欣#!
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