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Construction and utilization of a yeast two-hybrid cDNA library from Arabidopsis thaliana infected by powdery mildew

白粉菌侵染后的拟南芥酵母双杂交cDNA文库构建及其利用



全 文 :植物病理学报
ACTA PHYTOPATHOLOGICA SINICA  45(4): 370 ̄375(2015)
收稿日期: 2014 ̄04 ̄13ꎻ 修回日期: 2015 ̄02 ̄22
基金项目: 国家自然科学基金(31071670)
通讯作者: 王文明ꎬ研究员ꎬ主要从事植物广谱抗病机理研究ꎻTel:028-86290949ꎬE ̄mail:j316wenmingwang@sicau.edu.cn
第一作者: 黄衍焱ꎬ男ꎬ湖北宜昌人ꎬ博士研究生ꎬ主要研究方向为拟南芥广谱抗性蛋白 RPW8抗性机制ꎻE ̄mail:h1985yy@163.comꎮ
doi:10.13926 / j.cnki.apps.2015.04.005
白粉菌侵染后的拟南芥酵母双杂交
cDNA文库构建及其利用
黄衍焱1ꎬ 杨玲珑2ꎬ 王 莹1ꎬ 李 冉1ꎬ 鲁黎明2ꎬ 王文明1∗
( 1四川农业大学水稻研究所ꎬ成都 611130ꎻ 2四川农业大学农学院ꎬ成都 611130)
摘要:拟南芥广谱抗病基因 RPW8对拟南芥白粉病菌、霜霉病菌和烟草花叶病毒等均具有抗性ꎮ 为了深入研究其广谱抗病
机制ꎬ筛选鉴定与 RPW8具有直接相互作用的蛋白ꎬ我们以含有 RPW8的拟南芥纯合转基因系 S5为材料ꎬ接种拟南芥白粉
菌系 UCSC1ꎬ36 h后取样ꎬ构建了白粉菌侵染初期的拟南芥 cDNA文库ꎮ 为了提高文库对长片段基因 5′端的覆盖率ꎬ分别
使用含有 oligo(dT)和 oligo(dN)的接头引物反转录 cDNA第一链ꎬPCR扩增双链 cDNAꎮ 将纯化后的双链 cDNA与线性化
载体 pGADT7 ̄Rec混合ꎬ利用同源重组技术在酵母菌株 Y187 中构建 cDNA 文库ꎮ 经检测ꎬ文库转化效率为 5.0×106 / 3 μg
pGADT7 ̄Recꎬ滴度为 2.5×108 CFU􀅰mL-1ꎬ插入片段长度在 350~ 2 000 bp 之间ꎬ平均插入片段大小为 750 bpꎮ 用 RPW8.1
和 RPW8.2构建诱饵载体ꎬ分别获得 11和 12个候选互作蛋白ꎮ 结果表明此 cDNA文库质量较好ꎬ适用于互作蛋白的筛选ꎮ
关键词:RPW8ꎻ 白粉菌ꎻ 拟南芥ꎻ cDNA文库ꎻ 酵母双杂交
Construction and utilization of a yeast two ̄hybrid cDNA library from Arabidopsis
thaliana infected by powdery mildew  HUANG Yan ̄yan1ꎬ YANG Ling ̄long2ꎬ WANG Ying1ꎬ LI
Ran1ꎬ LU Li ̄ming2ꎬ WANG Wen ̄ming1   ( 1Rice Research Instituteꎬ Sichuan Agricultural Universityꎬ Chengdu 611130ꎬ
Chinaꎻ2College of Agronomyꎬ Sichuan Agricultural Universityꎬ Chengdu 611130ꎬ China)
Abstract: RPW8ꎬ a broad ̄spectrum resistance locus in Arabidopsis thaliana confers enhanced resistance to
Golovinomyces cichoracearumꎬ Hyaloperonospora parasiticaꎬ and Tobacco mosaic virus. To identify its
interacting candidates that may be helpful for understanding the mechanisms of RPW8 ̄mediated broad ̄spectrum
resistanceꎬ an Arabidopsis thaliana yeast two ̄hybrid cDNA library was constructed by using plant seedlings at an
early stage of powdery mildew infection. Total RNA was isolated from the homozygous line S5 with a single
copy of RPW8 at 36 h after inoculation of the powdery mildew strain UCSC1. mRNA was purified and the
first ̄strand cDNA was reverse transcribed by oligo ( dT) and oligo ( dN) primersꎬ respectivelyꎬ in order to
improve the 5’ terminus coverage of genes with large size. The cDNA library was constructed by homologous
recombination between ds cDNA and linearized pGADT7 ̄Rec vector in yeast strain Y187. The transformation ef ̄
ficiency of the constructed cDNA library was 5.0×106 / 3 μg pGADT7 ̄Rec and the titer was 2.5×108CFU􀅰mL ̄1.
The length of the insertion fragments ranged from 350 bp to 2 000 bp with an average length of 750 bp. The
cDNA library was then applied to screen for RPW8.1 ̄ and RPW8.2 ̄interacting proteinsꎬ and 11 and 12 candidates
were obtainedꎬ respectively. These data suggest that the cDNA library is in high quality and suitable for screening
the interacting proteins of an interested protein in the Arabidopsis thaliana ̄powdery mildew pathosystem.
Key words: RPW8ꎻ powdery mildewꎻ Arabidopsis thalianaꎻ cDNA libraryꎻ yeast two ̄hybrid
中图分类号: S432.4          文献标识码: A          文章编号: 0412 ̄0914(2015)04 ̄0370 ̄06
 
  4期 黄衍焱ꎬ等:白粉菌侵染后的拟南芥酵母双杂交 cDNA文库构建及其利用
    白粉菌是一种专性寄生的真菌ꎬ能侵染多种农
作物、果树及绿化植物ꎬ给农林业的发展造成了严
重危害ꎮ 通过克隆白粉菌抗性基因ꎬ阐明抗性机制
对白粉菌的防治具有重要的意义ꎮ 白粉菌抗性基
因位点 RPW8是 Xiao等[1]从高抗白粉菌的拟南芥
生态型 Ms ̄0 中克隆得到的ꎬ该基因位点包含
RPW8.1 和 RPW8.2 两个抗性基因(其编码的氨基
酸序列一致性为 45%ꎬ相似性为 65%)ꎬ对拟南芥
白粉菌、烟草白粉菌、拟南芥霜霉菌和烟草花叶病
毒等均表现抗性[2]ꎬ是一个具有广谱抗性的基因
位点ꎮ 研究发现ꎬ RPW8. 2 由病原菌诱导表达ꎬ
RPW8.2特异性地锚定在白粉菌吸器外质膜上ꎬ可
提高胼胝质在吸器周围的积累ꎬ形成吸器复合体
鞘ꎬ也能让过氧化氢在吸器复合体鞘中富集并杀死
吸器从而断绝白粉菌的营养来源以达到抗病的目
的[3]ꎮ RPW8.1 定位于叶绿体周围[2]ꎮ 最新研究
结果表明:RPW8.1 和 RPW8.2 在时空表达特征、引
起的细胞死亡和抗病特性等方面都存在明显差
异[4]ꎮ 尽管已证实 RPW8的抗病反应依赖于 SA信
号途径ꎬ并受 SA的反馈调节[5]ꎬ但对直接与 RPW8
相互作用且参与其广谱抗性途径的基因知之甚少ꎮ
    为了获得在白粉菌侵染过程中直接与 RPW8
互作的基因ꎬ我们构建了白粉菌侵染拟南芥的前期
cDNA 文库ꎬ利用酵母双杂交技术ꎬ从中筛选与
RPW8.1和 RPW8.2互作的蛋白ꎬ为阐明 RPW8 的
广谱抗性机制奠定基础ꎮ
1  材料与方法
1.1  材料
    拟南芥 S5:含有 RPW8 基因位点的拟南芥生
态型 Col ̄gl纯合转基因株系ꎻ白粉菌(Golovinomy ̄
ces cichoracearum UCSC1)ꎻThe RNeasy Mini Kit
(Cat. No. 74104)和 Purification of poly A+ RNA
from total RNA (Cat. Nos. 70022)购自 QIAGEN
公司ꎻMake Your Own “Mate & PlateTM ” Library
System User Manual(Cat. No. 630490)购自 Clon ̄
tech公司ꎻAdvantage 2 Polymerase Mix (Cat. No.
639201)购自 Clontech公司ꎮ
1.2  总 RNA提取及mRNA分离
    参照说明书ꎬ使用 the RNeasy Mini Kit (QIA ̄
GEN) 提取总 RNAꎬ然后使用 Purification of poly
A+ RNA from total RNA (QIAGEN) 从中分离
mRNAꎮ 分别用 1%的琼脂糖凝胶和 NanoDrop
2000分光光度计检测质量及浓度ꎮ
1.3  cDNA文库的构建
    以 2 μg mRNA为模板ꎬ参照说明书 PT4085 ̄1
(Clontech)ꎬ分别使用引物 CDS III Primer:5′ ̄AT ̄
TCTAGAGGCCGAGGCGGCCGACATG ̄d ( T ) 30
VN ̄3′和 CDS III / 6 Primer: 5′ ̄ATTCTAGAGGC ̄
CGAGGCGGCCGACATG ̄NNNNNN ̄3′进行反转
录合成 cDNA第一链和双链 cDNA(ds cDNA)ꎬ将
2 管 ds cDNA PCR 产物使用 CHROMA SPINTM
TE ̄400 Column 进行纯化后ꎬ收集在同一离心管
中ꎮ 最后取 2. 3 μg dsDNA 与 3 μg 线性化载体
pGADT7 ̄Rec共转化酵母菌 Y187 感受态细胞ꎬ得
到 cDNA文库ꎮ
1.4  cDNA文库转化效率及滴度的测定
    用无菌的双蒸水将 0.9% NaCl 中的酵母菌悬
液稀释 10 和 102倍ꎬ将 Freezing medium 收集的菌
体稀释 102ꎬ103ꎬ104和 105倍ꎬ分别涂布于 SD /  ̄Leu
固体培养基上ꎬ30℃培养 5 dꎬ根据培养基上生长的
单菌落数量分别计算 cDNA 文库的转化率及滴
度ꎮ 具体步骤见说明书 PT4085 ̄1(Clontech)ꎮ
1.5  cDNA文库平均插入片段大小及重组率的计算
    从 SD /  ̄Leu培养皿上随机挑取 36 个单菌落ꎬ
用引物 3AD LD ̄Insert: 5′ ̄ACTTGCGGGGTTT
TTCAGTATCTA ̄3′ 和 5AD LD ̄Insert: 5′ ̄GAT ̄
GATGAAGATACCCCACCAAAC ̄3′进行菌落 PCR
扩增ꎬ扩增条件为:94℃预变性 3 minꎻ94℃变性
30 sꎬ58℃退火 30 sꎬ72℃延伸 4 minꎬ扩增 30 个循
环ꎻ72℃延伸 5 minꎻ最后 12℃保存 5 minꎮ 使用
1%的琼脂糖凝胶电泳 PCR 产物ꎬ统计扩增片段的
大小和数量ꎬ分别计算 cDNA 文库平均插入片段
大小及重组率ꎮ
1.6  Bait载体构建及 cDNA文库筛选
    利用多克隆位点中的 EcoR I和 BamH I分别将
广谱抗病基因 RPW8. 1 (AF273059. 1)和 RPW8. 2
(AF273059.1)构建在 Bait 载体上ꎬ并转化到酵母菌
株 Y2H Gold中ꎮ 然后通过文库酵母菌株(Y187)和
Bait酵母菌种(Y2H Gold)之间 mating 的方式进行
173
 
植物病理学报 45卷
文库筛选ꎬ具体步骤见说明书 PT4084 ̄1(Clontech)ꎮ
2  结果与分析
2.1  总 RNA提取及mRNA的分离
    在拟南芥 S5 叶片上接种白粉菌 UCSC1 菌株
36 h后ꎬ使用环境扫描电镜(FEI Quanta 450)发现
UCSC1萌发并长出菌丝(图 1 ̄A)ꎬ台盼蓝染色后
光学显微镜观察发现吸器已经形成(图 1 ̄B)ꎮ 取
此时的叶片提取总 RNAꎬ经测定 OD260 / OD280 =
1.94ꎬOD260 / OD230 = 2.58ꎬ浓度为 2.62 μg􀅰μL
-1ꎮ
表明总 RNA 纯度较高ꎬ蛋白及盐离子去除干净ꎮ
根据 1%琼脂糖凝胶电泳结果分析ꎬ28S 和 18S 条
带清晰明亮ꎬ且可以看到其它不同大小的 RNA 条
带(图 2 ̄A)ꎬ表明总 RNA 完整性及质量较好ꎮ
mRNA分离后ꎬ在 1%琼脂糖凝胶呈现弥散状(图
2 ̄B)ꎬ经测定浓度为 312 ng􀅰μL-1ꎬ回收效率为
2.1%ꎬ可以用于文库构建ꎮ
2.2  ds DNA合成
    为了提高文库在基因 5′端的覆盖率ꎬ在反转
录过程中ꎬ以 CDS III Primer 和 CDS III / 6 Primer
为引物分别合成 cDNA 第一条链ꎬ然后以此为模
板ꎬ分别合成 ds cDNAꎮ 以含有 ploy(dT)的引物
CDS III Primer扩增得到的 ds cDNAꎬ分布于 150~
5 000 bp之间的区域(图 2 ̄C)ꎬ而以含有随机结合
位点 poly(dN)的引物 CDS III / 6 Primer 得到的 ds
cDNA分布于150~1 500 bp之间(图2 ̄D) ꎮ原因在
Fig. 1  Microscopic images of powdery mildew UCSC1 on Arabidopsis thaliana
S5 leaves at 36 h post inoculation
A: A representative scanning electronic microscopy image showing growth of UCSC1ꎻ
B: A representative optical microscopy image of UCSC1 stained by trypan blue. hꎬ haustoriumꎬ Scale bar= 100 μm.
Fig. 2  Agarose gel electrophoresis images
A: Total RNAꎻ B: mRNA (Lane 1)ꎻ CꎬD: The double strand cDNA reverse transcribed with oligo(dT)
(Lane 1 in C) and oligo(dN) (Lane 1 in D) . M: Trans 2K Plus DNA Marker.
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  4期 黄衍焱ꎬ等:白粉菌侵染后的拟南芥酵母双杂交 cDNA文库构建及其利用
于随机引物接头 CDS III / 6 Primer 可以随机匹配
于 mRNA序列上ꎬ所以由其合成的 ds cDNA 片段
较小ꎮ 混合分别纯化的 ds cDNAꎬ浓度为 114.44
ng􀅰μL-1ꎮ
2.3  cDNA文库转化效率及滴度的测定
    在稀释 102倍的两个 SD /  ̄Leu 平板上分别长出
358和 304 个菌落(图 3 ̄A、B)ꎬ计算得到 cDNA 文
库转化效率为 5.0×106 / 3 μg pGADT7 ̄Recꎬ达到要
求的 1.0×106 / 3 μg pGADT7 ̄Rec转化效率ꎮ
    在稀释 105倍的两个 SD /  ̄Leu 平板上分别长
出 127和 119 个菌落(图 3 ̄C、D)ꎬ计算得到cDNA
文库滴度为 2.5×108 CFU􀅰mL-1ꎬ达到要求的 2.0×
107 CFU􀅰mL-1滴度ꎮ
2.4  cDNA文库重组率及平均重组片段大小的鉴定
    在 cDNA文库中随机挑取 36个酵母菌落进行
PCR鉴定ꎮ 琼脂糖凝胶电泳检测显示(图 4)ꎬ仅有
1个菌落没有扩增出条带 (白色箭头所示)ꎬ故
cDNA文库的重组率为 97.2%ꎮ 重组片段大小在
350~2 000 bp之间ꎬ平均重组片段大小为 750 bpꎮ
这些数据表明此 cDNA 文库质量较好ꎬ适用于互
作蛋白的筛选ꎮ
Fig. 3  Transformation efficiency and the titer
of the constructed cDNA library
A ̄B: Yeast colonies of NaCl diluted (102 ) suspension on
SD /  ̄Leu medium for calculating the transformation
efficiency. There were 358 and 304 colonies in two replicated
plates A and Bꎬ respectivelyꎻ C ̄D: Yeast colonies of free ̄
zing medium diluted (105) suspension on SD /  ̄Leu medium
for calculating the titer. There were 127 and 119 colonies in
two replicated plates C and Dꎬ respectively.
Fig. 4  Agarose gel electrophoresis showing the amplification bands of the cDNA
library insertions by colony PCR
M: Trans 2K Plus DNA Markerꎻ Lane 1 ̄12: Representative samples.
White arrow indicates failure of amplification from one colony.
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植物病理学报 45卷
2.5  酵母双杂交 cDNA文库初筛结果
    用含有 RPW8. 1 和 RPW8. 2 的 Bait 载体对
cDNA文库进行酵母双杂交筛选ꎬ分别获得 11 和
12个阳性克隆ꎮ 从筛选的结果(图 5)看出ꎬ23 个
阳性 菌 株 在 QDO / X / A ( SD /  ̄Ade /  ̄His /  ̄Leu /  ̄
Trp / X ̄a ̄Gal / AbA2)培养基上的生长情况各不一
样ꎮ 这些菌株相对于阴性对照均能在四缺培养基
上生长ꎬ但有的菌落生长较小ꎬ有的并未显蓝色ꎬ究
其原因可能是与 Bait 蛋白互作较弱ꎬ或者为假阳
性ꎮ 分析测序结果发现ꎬ候选基因所编码的蛋白分
别为:ATP酶亚基蛋白、光系统蛋白、组蛋白、泛素
连接酶蛋白等(表 1)ꎬ目前正在对这些候选基因进
行验证ꎮ
3  讨论
    在接种后 36 h左右ꎬ白粉菌在 S5 叶片表面萌
发并形成第一个吸器ꎬ诱导宿主抗性基因 RPW8.1
和 RPW8.2的表达ꎬ从而形成一个复杂的抗病调控
Fig. 5  Screen for RPW8.1 ̄ and RPW8.2 ̄interacting proteins by using
the yeast two ̄hybrid system on QDO / X / A
CK ̄1: Positive controlꎻ CK ̄2: Negative control.
Table 1  Positive clones screened by the yeast ̄two ̄hybrid approach
No. RPW8.2 No. RPW8.1
1 ATPase F subunit 1 ATPase F subunit
2 D1 subunit of photosystem I reaction center 2 D1 subunit of photosystem I reaction center
3 Extrinsic protein that is part of photosystem II 3 Subunit of photosystem I reaction center
4 Subunit of light ̄harvesting complex II 4 Light harvesting complex photosystem II subunit 6
5 30S chloroplast ribosomal protein S14 5
FKBP ̄like peptidyl ̄prolyl cis ̄trans
isomerase family protein
6 Ubiquitin ̄conjugating enzyme E2 6 RING / FYVE / PHD zinc finger superfamily protein
7 Recombination and DNA ̄damage resistance protein 7 Trypsin family protein with PDZ domain
8 Tetratricopeptide repeat (TPR)  ̄like superfamily protein 8 Histone superfamily protein
9 Putative RING ̄H2 finger protein 9 Glycine decarboxylase P ̄protein 2
10 Unknown protein 10 Germin ̄like protein 1
11
Subunit of TFIIH and nucleotide excision repair
factor (Golovinomyces cichoracearum UCSC1)
11 Glutamine synthase clone F11
12
Sorting ̄associated protein(Golovinomyces
cichoracearum UCSC1)
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  4期 黄衍焱ꎬ等:白粉菌侵染后的拟南芥酵母双杂交 cDNA文库构建及其利用
网络ꎬ开始产生一系列针对白粉菌的抗性生理生化
反应ꎮ 构建这一时间点的 cDNA 文库ꎬ筛选与
RPW8互作的蛋白ꎬ进而完善其互作基因网络及抗
病机制ꎬ为研究其对烟草白粉菌、拟南芥霜霉菌和
烟草花叶病毒等病原菌的广谱抗性机理奠定基础ꎮ
    cDNA 文库在构建过程中由于受实验条件等
限制ꎬ一般对基因的 5′端覆盖率不足ꎬ尤其是对序
列较长的基因ꎮ 所以本研究用含有随机引物的接
头 CDS III / 6 Primer 来弥补 cDNA 文库对基因 5′
端覆盖不足的缺点ꎬ该引物可与 mRNA 序列随机
退火ꎬ由其合成的 ds cDNA分布区域明显较小(图
2 ̄D)ꎬ因而 cDNA文库平均插入片段偏小ꎬ但由于
提高了文库对基因全长的覆盖率ꎬ有助于提高文库
筛选的成功率ꎮ 另外由于使用 CHROMA SPINTM
TE ̄400 Column纯化 ds cDNA效率不高ꎬ需要使用
加倍的 ds cDNA PCR 产物(100 μL)才能纯化得
到文库所要求的 ds cDNA浓度ꎮ
    经过分析发现ꎬRPW8.2 不仅含有一个跨膜结
构域ꎬ而且含有 2 个核定位与 3 个核输出信号[6]ꎬ
如此多的核质穿梭元件可能决定了 RPW8.2 在细
胞核ꎬ细胞质和吸器外质膜上[3]共同调控一个抗
病网络ꎬ从而达到其广谱抗病的效果ꎮ 本文库适用
于筛选与 RPW8在细胞核与细胞质中互作蛋白的
筛选ꎬ而与 RPW8 在膜上互作蛋白需要通过膜蛋
白酵母双杂交系统[7]来筛选ꎮ
参考文献
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责任编辑:李晖
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