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ISSR analysis of genetic diversity of Fusarium oxysporum and F. redolens

尖孢镰刀菌及芬芳镰刀菌遗传多样性的ISSR分析



全 文 :植物病理学报
ACTA PHYTOPATHOLOGICA SINICA摇 41(4): 337鄄344(2011)
收稿日期: 2010鄄05鄄25; 修回日期: 2011鄄04鄄23
基金项目: 山西自然科学基金项目(2006011080)
通讯作者: 王建明,教授,主要从事真菌病害及分子病理研究; Tel: 0354鄄6289739, E鄄mail: jm. w@sohu. com。
尖孢镰刀菌及芬芳镰刀菌遗传多样性的 ISSR分析
王建明1*, 李蕊倩2, 畅引东1, 何 瑞1, 李新风1, 徐玉梅1, 高俊明1
( 1山西农业大学农学院, 太谷 030801; 2山西农业大学成人教育学院, 太谷 030801)
摘要: 为了明确镰刀菌属(Fusarium)美丽组(Section Elegans)中尖孢镰刀菌(F. oxysporum)和芬芳镰刀菌(F. redolens)2
种菌的遗传差异性和亲缘关系,利用 ISSR分子标记技术对这 2 种菌的 35 个菌株进行了遗传多样性分析。 结果表明,用筛
选的 15 条引物对 35 个供试菌株共扩增出 231 条条带,其中多态性条带 220 条,平均多态性比率为 95. 2% ,平均每条引物产
生条带为 14. 7 条。 聚类结果和遗传相似系数分析显示,35 个菌株间的遗传相似系数范围为 0. 506 ~ 0. 935,平均为 0. 661。
在遗传相似系数为 0. 593 时,供试的 35 株镰刀菌可明显的分成 2 个 ISSR类群( IG),其中 IG玉包括 1 ~ 23 号菌株,全部为
F. oxysporum;IG域包括 24 ~ 35 号菌株,全部为 F. redolens。 ISSR类群划分与菌种分类之间存在一定相关性 ( IG玉中 23
株 F. oxysporum间的平均相似系数为 0. 720,IG域中 12 株 F. redolens间的平均相似系数为 0. 717),但与菌株的地理来源
不存在相关性。 而同一类群中,菌株之间的遗传相似性与菌株的地理来源存在一定的相关性。
关键词: 美丽组镰刀菌; 分子标记; ISSR鄄PCR; 遗传多样性
ISSR analysis of genetic diversity of Fusarium oxysporum and F. redolens 摇 WANG
Jian鄄ming1, LI Rui鄄qian2, CHANG Yin鄄dong1, HE Rui1, LI Xin鄄feng1, XU Yu鄄mei1, GAO Jun鄄ming1 摇
( 1College of Agriculture of Shanxi Agricultural University, Taigu 030801,China; 2College of Adult Education of Shanxi Agricul鄄
tural University,Taigu 030801,China)
Abstract: To specify genetic difference and phylogenetic relationship of Fusarium oxysporum and F. redo鄄
lens, the genetic diversity of 35 isolates of two kinds of species in Fusarium section Elegans was analyzed
through ISSR molecular marker technique. The results showed that 231 fragments were amplified from 35 iso鄄
lates with 15 screened primers, ,among them the number of polymorphic loci was 220, which accounted for
95. 2% in the total amplified fragments and the average amplified fragments was 14. 7 each primer. The analy鄄
sis of dendrograms and genetic similarity coefficient showed that genetic similarity coefficient of 35 isolates
was 0. 506鄄0. 935, the average was 0. 661. At the level of 0. 593, 35 isolates could be obviously divided into
two ISSR groups ( IGS), IG I included isolates 1鄄23, which were F. oxysporum, meanwhile, IG II included
isolates 24 -35, which were F. redolens. There was certain relativity between ISSR group partition and iso鄄
lates classification ( In IG I,the average similarity coefficient was 0. 720, while it was 0. 717 in IG II), mean鄄
while the relations between ISSR group partition and distribution of isolates was not obvious. In the same
group, there was certain relativity between genetic similarity coefficient and distribution of isolates.
Key words: Fusarium Section Elegans; molecular marker; ISSR鄄PCR; genetic diversity
中图分类号: S432. 1摇 摇 摇 摇 摇 文献标识码: A摇 摇 摇 摇 摇 文章编号: 0412鄄0914(2011)04鄄0337鄄08

植物病理学报 41 卷
摇 摇 镰刀菌属(Fusarium Link)是真菌中最难鉴定
和最具经济价值的属之一,也是人类发现的一类最
重要的植物病原菌之一,可引起多种植物枯萎
病[1,2]。 自 Wollenweber 和 Reinking 于 1935 年提
出该属的分类系统以来[3],随后陆续以此为基础
出现了 10 余种主要以形态学为依据而又各具特色
的分类系统[4,5]。 镰刀菌是一类 DNA 遗传异质性
高、种内分化和变异显著的多型性真菌[6],主要以
大小分生孢子形态、培养性状等形态学特征建立的
形态种(Morphological or typological species),其分
类的一些性状易变且不稳定,给实际鉴定带来许多
困难[4,7];同时以形态学所建立的分类系统也难以
准确反映其系统发育关系。 因此在形态种的基础
上,人们提出了结合生物种(biological species)和
亲缘种(phylogenetic species)的概念用于对镰刀菌
的研究和分类[6,7,8]。
以分子生物学为基础建立的 phylogenetic spe鄄
cies能弥补形态种的一些不足,能比较科学的反映
镰刀菌的系统发育,也能为菌种的快速分子检测和
鉴定提供科学基础和技术方法[7 ~ 10]。 目前应用于
镰刀菌研究的分子生物学技术主要有 RFLP、
RAPD、AFLP、rDNA鄄ITS序列分析和 SSR等[8 ~ 22]。
1989 年 Guadet 等[23]将分子系统学方法应用于镰
刀菌属种的鉴定,O忆Donnell等[24]也采用分子系统
学方法对该属做了大量而系统的研究工作。 在随
后的 20 多年里,科研人员在该属研究过程中用分
子系统学方法澄清了该属许多种间、种内系统发育
关系等[5,23 ~ 26]。 在多种分子标记技术中,ISSR 技
术在分析镰刀菌的遗传多态性方面,特别是种内遗
传多样性上有其独特的优势[21,22,27]。
尖孢镰刀菌 ( F. oxysporum)和芬芳镰刀菌
(F. redolens)是镰刀菌属美丽组 ( Section Ele鄄
gans)中 2 个具有重要经济意义的种,也是 2 个十
分易变和不稳定,种内分化和变异非常显著,侵染
植物最多的种[1,3,4]。 在美丽组中,所有分类系统
中都包含尖孢镰刀菌(F. oxysporum),而芬芳镰刀
菌( F. redolens = F. oxysporum var. redolens)在
Wollenweber和 Gerlach & Nirenberg系统中单独作
为 1 个种,在 Booth 系统中作为 1 个变种,在 Sny鄄
der &Hansen和 Nelson , Toussoun &Marasas系统
中没有单独划分为 1 个种,而是归在 F. oxysporum
种内[1,3,4]。 国内外有关尖孢镰刀菌菌株间的遗传
多样性有大量报道[6 ~ 27],但国内外未见有关这 2
个种的遗传差异性和系统发育关系的系统报道。
为了明确这 2 种菌 DNA 基因组 SSR 区域的遗传
差异性和亲缘关系,本文拟采用 ISSR鄄PCR 技术分
析 35 株尖孢镰刀菌及芬芳镰刀菌的遗传分化,以
便为今后深入开展镰刀菌的分类鉴定、系统发育和
致病性分化等研究提供科学的分子依据和技术
方法。
1摇 材料与方法
1. 1摇 材料
1. 1. 1摇 供试菌株摇 供试的 35 株尖孢镰刀菌及芬
芳镰刀菌由山西农业大学植物病理实验室提供,依
据 Booth[1]的分类系统进行形态学鉴定。 其寄主
及采集地如表 1 所示。
1. 1. 2 摇 供试引物 摇 用于 ISSR鄄PCR 反应的 21 个
ISSR引物,从 University of British Columbia 公布
的序列中选出[28],并由北京天根生物技术有限公
司合成。
1. 2摇 方法
1. 2. 1摇 菌丝的培养与模板 DNA的制备
1)菌丝的培养:将镰刀菌菌种接种到查彼培养
液中,27益恒温振荡培养 7 d,然后过滤菌丝,烘干。
2)模板 DNA 的制备: 采用改进的 SDS 法抽
提镰刀菌基因组 DNA[27],所提取的 DNA经 0. 8%
琼脂糖凝胶电泳,在 GIS 凝胶成像分析系统中拍
照,经软件分析荧光面积,与标准 DNA 分子量参
照比较而定量,稀释成 20 ng · 滋L -1,贮存于
-20益冰箱中,备用。
1. 2. 2摇 ISSR反应体系和反应参数摇 采用的 ISSR
扩增反应体系[27]为:20 滋L 的 PCR 反应体积中,
1. 0 UTaqDNA 聚合酶 0. 2 滋L,1. 5 mmol·L -1
MgCl2 2 滋L,0. 15 mmol·L -1 4 伊 dNTP 1. 6 滋L,
0. 4 滋mol·L -1引物 2 滋L,20 ng 模板 DNA 1 滋L。
采用德国 Thermo 公司生产的 PCR 仪。 PCR 扩增
反应程序为:94益预变性 5 min,1 个循环;94益变
性 45 s,52益退火 45 s,72益延伸 2 min,共 35 个循
环;72益最后延伸 7 min。 扩增后的 PCR 产物在
4益中保存。
833

摇 4 期 摇 摇 王建明,等:尖孢镰刀菌及芬芳镰刀菌遗传多样性的 ISSR分析
Table 1摇 The tested isolates in the study
No. Host Strains Collected site
1 Gossypium sp. Fusarium oxysporum Qixian,Shanxi
2 Gossypium sp. F. oxysporum Qixian,Shanxi
3 Gossypium sp. F. oxysporum Taigu,Shanxi
4 Gossypium sp. F. oxysporum Taigu,Shanxi
5 Cucumis melo F. oxysporum Taigu,Shanxi
6 Citrullus lanatus F. oxysporum Taigu,Shanxi
7 Dioscorea opposita F. oxysporum Taigu,Shanxi
8 Linum usitatissimum F. oxysporum Jiaokou,Shanxi
9 Brassica oleracea var. capitata F. oxysporum Changzhi,Shanxi
10 B. oleracea var. capitata F. oxysporum Taigu,Shanxi
11 Phaseolus vulgaris F. oxysporum Kelan,Shanxi
12 Lycopersicon esculintum F. oxysporum Lanxian,Shanxi
13 Ly. esculintum F. oxysporum Lanxian,Shanxi
14 Sophora japonica F. oxysporum Xinzhou,Shanxi
15 Cit. lanatus F. oxysporum Qixian,Shanxi
16 Sorghum bicolor F. oxysporum Dingxiang,Shanxi
17 Zea mays F. oxysporum Changzhi,Shanxi
18 Z. mays F . oxysporum Changzhi,Shanxi
19 Z. mays F. oxysporum Xinzhou,Shanxi
20 Z. mays F. oxysporum Pianguan,Shanxi
21 Gossypium sp. F. oxysporum Yuncheng,Shanxi
22 Cu. melo F. oxysporum Lanxian,Shanxi
23 Cit. lanatus F . oxysporum Lanxian,Shanxi
24 Gossypium sp. F. redolens Taigu,Shanxi
25 Ly. esculintum F. redolens Yangcheng,Shanxi
26 Giycine max F. redolens Fenyang,Shanxi
27 Li. usitatissimum F. redolens Jiaokou,Shanxi
28 Li. usitatissimum F. redolens Jiaokou,Shanxi
29 Li. usitatissimum F. redolens Jiaokou,Shanxi
30 Cu. sativus F. redolens Taigu,Shanxi
31 Ly. esculintum F. redolens Fenyang,Shanxi
32 Gossypium sp. F. redolens Fenyang,Shanxi
33 Li. usitatissimum F. redolens Jiaokou,Shanxi
34 B. oleracea var. capitata F. redolens Changzhi,Shanxi
35 Capsicum annuum F. redolens Yuncheng,Shanxi
933

植物病理学报 41 卷
摇 摇 扩增反应结束后,在 1. 5%琼脂糖凝胶(含 0. 5
mg·L -1核酸染色剂)中分离扩增产物,用 GIS 凝
胶成像分析系统拍照记录。
1. 2. 3摇 引物筛选摇 利用合成的 ISSR引物,选取 3
个 DNA 模板,在 20 滋L 反应体系中进行扩增筛
选,从 21 个引物中筛选扩增条带较多、信号强、背
景清晰的引物,用于全部 35 个 DNA样品的扩增。
1. 2. 4摇 电泳谱带的记录及数据统计分析 摇 ISSR鄄
PCR产物经电泳分离后,记录每条引物每管反应
的扩增结果。 电泳图谱中每 1 条扩增带均代表了
引物与模板 DNA 互补的 1 对结合位点,可记为 1
个分子标记。 将 PCR 扩增的 DNA 条带转换成二
进制数据,有带的记为 1,无带的记为 0。 利用 NT鄄
SYSpc(Version 2. 10e)软件进行聚类分析并构建
种间及种内的系统聚类图。
2摇 结果与分析
2. 1摇 ISSR引物的筛选结果
试验结果表明(表 2),供试的 21 条引物退火
温度为 52益或 54益,从中共筛选出 15 条多态性明
显、条带清晰、反应稳定的引物。 用筛选的 15 条引
物对 35 株供试镰刀菌进行扩增,共扩增出 231 条
条带,多分布在 400 ~ 3 000 bp 之间(图 1 ~图 3),
其中特征性条带(多态性位点)为 220 条,多态性
平均比例为 95. 2% 。 不同引物扩增条带数不等,
条带数在 11 ~ 21 条之间,多数为 13 ~ 17 条之间,
平均每条引物产生多态性条带 14. 7 条。 其中 807
号引物扩增出的条带数最多(21 条);而引物 881
扩增出的条带数最少(11 条)。
Table 2摇 Amplification results of 35 Fusarium isolates with 21 ISSR primers
Primer Sequence Tm / 益
Number of
amplified band
No. of
polymorphic
band
Precentage of
polymorphic
band / %
801 (AT) 8T 52 - - 0
807 (AG) 8T 54 21 21 100
808 (AG) 8C 54 18 18 100
809 (AG) 8G 54 13 10 76. 9
810 (GA) 8T 54 17 17 100
811 (GA) 8G 52 16 16 100
812 (GA) 8A 52 17 13 76. 5
831 (AC) 8YA 52 16 16 100
835 (AG) 8YC 52 13 13 100
895 AGA GTT GGT ACG TCTTGA T 54 - - 0
847 (CA) 8RC 52 - - 0
881 (GGGGT) 3 54 11 11 100
882 VBV(AT) 7 54 - - 0
883 BVB(TA) 7 54 - - 0
884 HBH(AG) 7 54 16 16 100
885 BHB(GA) 7 52 13 13 100
887 DVD(TC) 7 52 14 14 100
888 BDB(CA) 7 54 17 17 100
889 DBD(AC) 7 54 13 12 92. 3
891 HVH(TG) 7 52 16 13 81. 3
898 GAT CAA GCT TNN NNN NAT GTG G 54 - - 0
Total 231 220 95. 2
043

摇 4 期 摇 摇 王建明,等:尖孢镰刀菌及芬芳镰刀菌遗传多样性的 ISSR分析
2. 2摇 不同 ISSR引物 PCR的扩增效果
试验结果表明(图 1 ~图 2),所筛选出的引物
均能扩增出清晰稳定的条带。 15 条引物对 35 个
菌株的 ISSR鄄PCR扩增均可取得很好的效果,扩增
的条带明显稳定清晰,而且不同菌株之间差异明
显,如引物 809、891。 因此,所筛选的 15 条引物均
可用于镰刀菌的遗传多态性分析。
2. 3摇 供试镰刀菌聚类分析结果及遗传相似性
分析
2. 3. 1摇 35 株美丽组镰刀菌 ISSR鄄PCR扩增结果聚
类分析 摇 15 条引物对 35 株美丽组镰刀菌 ISSR鄄
PCR扩增结果的聚类分析结果如图 3。 从树状图
可看出,35 株美丽组镰刀菌类群间的遗传相似系
数在 0. 593 ~ 0. 939 之间。 在遗传相似系数为
0郾 593 时,供试的 35 株美丽组镰刀菌可明显地分
成 2 个 ISSR 类群( ISSR Groups,IGs),其中 IG玉
包括 1 ~ 23 号菌株,全部为尖孢镰刀菌(F. oxyspo鄄
rum);IG域包括 24 ~ 35 号菌株,全部为芬芳镰刀
菌(F. redolens)。 这说明美丽组的尖孢镰刀菌(F.
oxysporum)和芬芳镰刀菌(F. redolens)2 个菌种间
的遗传差异性较大,同源性较低,遗传相似系数仅
为 0. 593。 ISSR类群划分与菌种分类之间存在一
定相关性,但与菌株的地理来源没有关系。
摇 摇 从图 3 中还可以看出,在遗传相似系数为
0. 593 明显分成的 2 个类群中,在不同的遗传相似
系数下,又分别可分为不同的亚类群。 比如第玉类
群中在遗传相似系数为 0. 683 时可分为 2 个亚类,
其中 1 ~ 8 号菌株为亚类玉鄄印,9 ~ 23 号菌株为亚
类玉鄄英;在 0. 708 水平上,可分为 3 个亚类群;在
0. 724 水平上,可分为 4 个亚类群;在 0. 820 水平
上,可分为 13 个亚类群。 第域类群中遗传相似系
数为 0. 679 时可分为 2 个亚类,其中 24 和 25 号菌
株为亚类域鄄印,26 ~ 35 号菌株为亚类域鄄英。 在
0. 708 水平上,可分为 3 个亚类群;在 0. 712 水平
上,可分为 4 个亚类群;在 0. 807 水平上,可分为
11 个亚类群。 这说明同一种菌的种内遗传分化现
象也十分明显。 供试的 35 个菌株在 0. 800 水平
上,可分为 22 个类群,在 0. 900 水平上,就可分为
31 个类群。 说明尖孢镰刀菌及其变种在其 DNA
基因组的 SSR 区域的遗传差异显著,种内分化也
十分明显,表明 ISSR 标记技术是一种分析镰刀菌
菌种内遗传差异十分有效的分子方法。
Fig. 1摇 Amplification of 35 Fusarium isolates with primer 809
Fig. 2摇 Amplification of 35 Fusarium isolates with primer 891
143

植物病理学报 41 卷
Fig. 3摇 Dendrogram of 35 Fusarium isolates with ISSR鄄PCR
2. 3. 2 摇 35 株美丽组镰刀菌菌株间的遗传相似性
分析摇 以 35 个美丽组镰刀菌菌株的 231 个位点的
谱带数据为原始矩阵,共获得 595 个两两不同菌株
间的遗传相似系数。 35 个菌株间的遗传相似系数
范围为 0. 506 ~ 0. 935,平均为 0. 661。 其中 13 号
和 32 号、15 号和 25 号各自间的相似系数最小,遗
传距离大,亲缘关系最远;5 号和 6 号、19 号和 20
号各自间的相似系数最大,遗传距离小,亲缘关系
最近。 在相似系数矩阵中,IG玉中 23 株 F. oxyspo鄄
rum间的平均相似系数为 0. 720,IG域中 12 株 F.
redolens间的平均相似系数为 0. 717。 IG玉和 IG
域两类群间的平均相似系数为 0. 593。
两个类群中菌株间的遗传相似系数大小与不
同寄主来源的相关性表现比较复杂。 在同一类群
中,一般分离自不同寄主的菌株之间遗传相似系数
相对较小,同一寄主的遗传相似系数相对较大,但
个别菌株例外,如 5 号(甜瓜)和 6 号(西瓜)间的
相似系数高达 0. 939, 22 号(甜瓜)和 23 号(西瓜)
间的相似系数为 0. 826,它们虽来自不同寄主但却
表现很高的遗传相似性。
在两个类群中,分离自不同地区同一种菌的菌
株遗传相似性和地理来源间有一定的相关性,来自
同一地区的相似性相对较高,反之较低,其相似程
度因菌种而异。 如同样分离自棉花的 1、2、3、4 号
(山西中部的祁县和太谷)和 21 号(山西南部的运
城)菌株,却分属于不同的亚类,来自山西南部运
城的 21 号菌株与来自山西中部祁县和太谷的 1、
2、3、4 号 4 个菌株间的相似系数分别为 0. 736、
0. 680、0. 710 和 0. 710;来自太谷的 3、4 号菌株间
的相似系数为 0. 896,而来自祁县的 1、2 号菌株间
的相似系数为 0. 788,但太谷和祁县的 4 个菌株间
的相似系数在 0. 797 ~ 0. 827 间。 又如同样分离自
玉米的 17、18 号(山西东南部的长治)与 19、20 号
(山西北部的忻州和偏关)菌株, 17、18 号菌株间
相似系数为 0. 913,19、20 号菌株间相似系数为
0. 935;而来自山西东南部长治的 2 个菌株与来自
山西北部忻州和偏关的 2 个菌株间的相似系数在
0. 848 ~ 0. 883 间。
分离自同一地区同一寄主上的同一菌种,其菌
株间也存在一定的遗传差异。 比如分离自交口亚
麻上的 27、28、29 和 33 号 4 个菌株,相互间的相似
系数在 0. 714 ~ 0. 775 间。 说明种内的遗传分化也
243

摇 4 期 摇 摇 王建明,等:尖孢镰刀菌及芬芳镰刀菌遗传多样性的 ISSR分析
比较明显。
3摇 结论与讨论
研究中所筛选的 15 个引物平均多态性条带达
95. 2% 。 对 35 个菌株进行 ISSR鄄PCR 扩增均可取
得很好的效果,说明镰刀菌 DNA基因组的 SSR区
域的遗传差异明显、多态性高,表明 ISSR 标记技
术用于分析镰刀菌种内遗传差异十分有效。 本试
验中主要选用了二核苷酸重复的通用引物,但基因
组中还可能存在三核苷酸重复和四核苷酸重复的
情况,还需扩大筛选其它引物以进一步的证明所获
得的结论。 ISSR虽然在种间和种内都表现很高的
遗传多态性,但在菌株间的特异性上并不十分明
显,因此进一步开发特异性明显的镰刀菌 SSR 引
物,对于镰刀菌的分子鉴定等具有更加重要的意义。
在 0. 593 的水平上,供试的 23 株 F. oxysporum
和 12 株 F. redolens明显分为 2 个 ISSR类群,说明
2 个菌种间的遗传差异性较大、同源性较低、亲缘
关系较远,作为 2 个独立的种比较合理,这和参考
文献[3]和[4] 的分类相一致。 但在一些传统的
形态学分类中,有些将其分在一个组(美丽组),有
的将 2 个种作为 1 个种或变种[1,4],所反映的系统
发育亲缘关系都较近,但这和基于 ISSR 所反映的
分子系统发育亲缘关系差异比较大。 说明采用形
态学与分子系统发育学进行种的划分还存在不一
致性。
在基于 ISSR的遗传相似性水平上,可以将 35
株供试镰刀菌株区分为不同的类群。 有关不同分
类单元上类群划分的 ISSR 标准及其和形态学类
群划分标准的相关性,是分子系统学在未来菌物分
类学上的一个新课题。
基于 ISSR 分析的类群划分与菌种分类之间
存在一定的相关性,但与菌株的地理来源没有关
系,这和已报道的研究结果一致[12 ~ 18]。 但同一类
群中,不同菌株之间的遗传相似性与菌株的地理来
源却有一定的相关性。 因此,简单地提出分子类群
与菌株的地理来源没有相关性是不准确的。 在同
一类群中,一般分离自不同寄主的菌株之间的遗传
相似系数相对较小,但 5 号和 6 号菌株例外,二者
的相似系数高达 0. 935,为供试菌株的最高值。 5
号菌株寄主为甜瓜,6 号菌株寄主为西瓜,属于 2
个不同的专化型[1],但基于 ISSR 的遗传相似性却
很高,亲缘关系很近,二者是否划分为 2 个不同的
专化型值得商榷。 有关基于 ISSR 所反映的分子
系统亲缘关系和病菌致病性分化的关系有待进一
步地深入研究。
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