全 文 :林业科学研究 2016,29(2):227 233
ForestResearch
文章编号:10011498(2016)02022707
miR396在落叶松体细胞胚胎中的功能研究
肖 霞1,张立峰2,齐力旺2,韩素英1
(1.中国林业科学研究院森林生态环境与保护研究所,北京 100091;
2.中国林业科学研究院林业研究所细胞生物学实验室,北京 100091)
收稿日期:20150604
基金项目:国家高技术研究发展计划(2013AA102704和2011AA100203)、国家自然科学基金(31330017)
作者简介:肖霞(1989—),女,湖南娄底人,在读硕士研究生,从事树木生物技术研究,E-mail:944375388@qq.com
通讯作者:教授,硕士生导师,主要研究方向:树木生物技术。E-mail:syhan@caf.ac.cn
摘要:[目的]探讨miR396在落叶松体细胞胚胎发生中的功能。以期该研究能为解决体胚发育中子叶畸形胚与生
根率低的问题提供新的视角,同时也为进一步揭示体胚发育的分子调控网络做基础铺垫。[方法]构建 premiR396
超表达载体,通过农杆菌介导侵染,将 premiR396转入落叶松胚性细胞中,筛选稳定抗性细胞系。在 DNA与 RNA
水平上,对抗性细胞系进行的鉴定、检测,同时统计比对其与野生细胞系间发芽率、叶片数目以及生根率的差异。
[结果]在抗性细胞系基因组中,扩增出HTP与 miR396的特异性片段,且无农杆菌 Virg基因片段。RNA表达水平
上,抗性系premiR396与miR396表达皆增加,而靶基因LaGRFs的表达量下调。统计表明抗性系胚的发芽率、生根
率、叶片数目畸形率分别为70.60%、0.60%、37%,而野生型分别为92.50%、10.55%、4%,抗性系胚的发芽率、生根
率显著降低(Sig.=0.000),叶片数目畸形率显著增加(Sig.=0.000)。[结论]miR396在落叶松体细胞胚胎发生过
程中,可能通过负调节靶基因LaGRFs的表达或者通过LaGRFs影响与它相互作用的基因,参与体胚子叶原基细胞代
谢,从而影响了子叶与叶片的发育;通过负调节LaGRFs或者其它与根部发育相关的靶基因,影响了根端分生区细胞
的活动,参与调控根的发育。
关键词:落叶松,体细胞胚胎,转基因,miR396,生长调节因子,发芽率,生根率,叶片数目
中图分类号:S79122 文献标识码:A
FunctionAnalysisofmiR396inSomaticEmbryosofLarixleptolepis
XIAOXia1,ZHANGLifeng2,QILiwang2,HANSuying1
(1.ResearchInstituteofForestEcology,EnvironmentandProtection,ChineseAcademyofForestry,Beijing 100091,China;
2.ResearchInstituteofForestry,ChineseAcademyofForestry,Beijing 100091,China)
Abstract:[Objective]TostudythefunctionofmiR396intheprocessofsomaticembryogenesisinLarixleptolepis,
andprovideanewperspectiveforsolvetheproblemofabnormalcotyledonembryosoccuringinsomaticembryode
velopmentandlowrootingrate.Itisalsoproposedtolayafoundationforfurtherstudyonmolecularregulatorynet
workofsomaticembryodevelopment.[Method]Apre-miR396expressionvectorwasconstructedandinsertedinto
thesomaticcelsofL.leptolepisthroughagrobacteriuminfection.Thenthecelsinfectedwerescreeneduntilstable
resistantlineswereobtained.MoleculardetectionandverificationwerecariedoutattheDNAandRNAlevelsof
resistantcellines.Therateofgerminationandrootingandthenumberofleaveswerealsocolectedonresistantcel
linesandwildlines.[Result]Inresistantcellines,thefragmentsofHTPandmiR396wereamplifiedwhilethe
virggenefragmentwasnotobtained;theexpressionlevelsofthepre-miR396andmiR396increased,andtheex
pressionoftargetgenesLaGRFsdecreased.Thegerminationrate,rootingrateandleafnumbersabnormalityrateof
positivesomaticembryoswere70.60%,0.60% and37% respectively,contrastto92.50%,10.55% and4% in
thewildtypes.Thesomaticembryosofpositivecellinehadsignificantlylowergerminationrateandrootingrate
林 业 科 学 研 究 第29卷
(Sig.=0.000),andgreatlyhigherleafnumbersabnormalityrate(Sig.=0.000)thanthewildtypes.[Conclu
sion]DuringtheprocessofL.leptolepissomaticembryogenesis,miR396mightbeinvolvedinthemetabolismofso
maticembryocotyledonprimordialcelbyregulatingnegativelytheexpressionoftargetgenesLaGRFsorthroughLa
GRFstoinfluencethegenesinteracted,soastomakeefectonthedevelopmentofcotyledonandblade,andalsoby
regulatingnegativelytheLaGRFsorothertargetgenesrelatedtorootdevelopmenttoinfluencethecelactivityofap
icalrootandparticipatinginregulatingtherootdevelopment..
Keywords:Larixleptolepis;somaticembryogenesis;transgenosis;miR396;growthregulatingfactor;germination
rate;rootingrate;leafnumber
落叶松(Larixleptolepisspp.)主要分布于我国
北方、日本以及欧洲,它可生长在高纬度高海拔地
区[1],是一种重要的速生、优生、造林树种[2],但其
基因组庞大[3]、生长周期长以及难以扦插,这些大大
限制了它的繁育,而植物体细胞胚胎发生是有效解
决该问题的重要途径之一[4]。体细胞胚胎发生是指
已经分化的植物细胞,在激素的诱导下,脱分化成胚
性愈伤,再经历类似于合子胚的发育过程,生长发育
为成熟体胚,进而萌发为完整植株。然而在落叶松
体细胞胚胎发生过程中存在畸形胚发生率高、胚性
不稳定、生根率低等问题[5],目前关于这方面的机理
研究还很有限,因此,亟需更多的研究数据来阐明其
发育机制。
microRNA(miRNA)是生物体内一段21 24nt
的非编码小RNA分子,可对基因进行转录后表达水
平的调控,它在动植物胚胎发育[6]、细胞增殖[7]、分
化与死亡[8]等方面都发挥着重要作用,因此,推测其
在落叶松体细胞胚胎发育中也可能扮演着同样重要
的角色。
本实验室张等[5]以落叶松体胚为材料,构建小
RNA文库,鉴定了83个不同发育阶段中保守 miR
NAs,发现其中miR396在拟南芥、水稻、落叶松等15
种植物中都具有高度保守性。研究表明,miR396通
过负调节靶基因growthregulatingfactor(GRF)的表
达,对子叶与叶片的发育起重要的调控[9-11]。
Horiguchi等[12]发现Atgrf5突变体表现出叶片窄小,
Rodriguez[13]的研究中表明 miR396与 GRFs共同调
控着叶片细胞的数目。过表达 miR396植株除有茎
端分生组织(SAM)、叶片窄小等现象[9-11],还出现
顶端优势受到抑制现象,侧芽发育增强,叶片数增加
等状况[14]。
最近的研究表明 miR396还参与了根细胞的发
育。过表达 miR396a植株根部短小[15-16]。拟南芥
根部受胞囊线虫侵染时,MicroRNA396GRF1/GRF3
调控模块扮演发育调节因子,重新编排根细胞程
序[17-18]。因此,我们猜测 miR396在落叶松体胚发
育中可能也有类似的功能,参与调控子叶与根的发
育。基于此,本研究构建了 miR396超表达载体,通
过农杆菌介导侵染,将其转入落叶松胚性细胞系中,
对miR396进行功能探讨,以期该研究能为解决体胚
发育中子叶畸形胚与生根率低的问题提供新的视
角,同时也为进一步揭示体胚发育的分子调控网络
做基础铺垫。
1 材料与方法
1.1 材料
本实验以日本落叶松胚性细胞系 S287作为实
验材料。将生长继代培养基上的胚性细胞(约 16
天)夹碎置于液体培养基中,25±2℃ 暗培室,100r
·min-1进行悬浮培养。每7天,继代与扩大培养一
次;pSuper1300+表达载体(中国农业大学杨淑华教
授赠予),带有 35S启动子驱动潮霉素磷酸转移酶
(HTP)抗性筛选基因;农杆菌菌株 GV3101,具有庆
大霉素与利福平抗性。
1.2 实验方法
1.2.1 表达载体构建 将 premiR396片段转入载
体超表达miR396,而为了防止前体序列的识别与剪
切,选择在前体序列两端各200bp左右的长度设计
酶切位点。因此,先需对已知的 premiR396序列进
行RACE反应。
(1)总 RNA提取:各个时期的总 RNA参照
RNAisoPlus和 RNAisomateforPlantTissuekits(宝
生物,日本)说明书提取,并于ND1000检测RNA的
纯度(OD260/OD280=1.8 2.0适宜)以及浓度。
(2)5’cDNA与3’cDNA合成:各时期的 RNA
等量混合,根据 SMARTerTM RACEcDNAamplifica
tionkit(Clontech,USA)说明书分别合成5’cDNA
与3’cDNA。
822
第2期 肖 霞,等:miR396在落叶松体细胞胚胎中的功能研究
(3)根据已有 premiR396序列设计引物,进行
RACE反应,转化,测序,拼接。
(4)根据扩增得到的全长序列,在 premiR396
两端各200bp左右设计带有酶切位点的引物:Hind
II:CCCAAGCTTCCTACTAAAGAGCAGTCACGAG;Kpn
I:GGGGTACCAGCAGCATCCACGAATACTA。经验证
为目地片段后与表达载体同时进行双酶切,将切下
的目的片段插入 pSuper1300+表达载体(35S启动
子)多克隆位点构成重组质粒。再将重组质粒转入
农杆菌GV3101中,获得转化工程菌并保存。
1.2.2 农杆菌介导的遗传转化 农杆菌介导的落
叶松体细胞的遗传转化方法是在已有的实验基
础[19-20],稍加改进。
(1)各培养基的配置与材料的培养:参照李水
根[20],其中 S2、S3培养基中头孢浓度改为 600mg
·L-1。
(2)农杆菌菌液的准备:首先将保存于 -80℃
的农杆菌工程菌进行活化,挑取单菌落并验证后,加
入含有三种抗生素(卡那霉素、庆大霉素、利福平各
50mg·L-1)的YEB液体培养基中扩大培养,28℃,
200r·min-1,过夜培养。生长至OD600=0.4 0.6
时,在超净台中用50mL无菌离心管收集,每管30
mL菌液。4000r·min-1,室温,离心10min。倒掉
上清液,用6mLY1[20]重悬,轻轻吹打均匀备用。
(3)转化与共培养:①将悬浮培养的细胞过滤
并用滤纸吸干残留培养液,均匀平铺在S1[20]培养基
上②将灭菌并烘干的滤纸(滤纸半径与培养皿一
样)用重悬菌液全部浸湿,至夹起刚好不滴菌液状即
可③将被菌液浸湿的滤纸片平铺在细胞上,轻轻压
服滤纸片,尽量都贴附在细胞上④将培养皿置于暗
培室,25℃共培养2天,此时可见滤纸片上细菌呈水
渍状。
(4)脱菌:弃滤纸片,将培养板上的细胞(约 1
g)夹入装有200mL无菌水的三角瓶中,反复摇匀,
清洗2min,用筛子(300目,已灭菌)过滤,将收集
到的细胞重新放入加有无菌水的锥形瓶中,再次清
洗。重复5次,至上层溶液清澈无浑浊状。
(5)恢复培养:用滤纸将收集到的细胞的残留
水吸干,镊子轻轻夹取,均匀将其接种在 S2[20]培养
基上,暗培室,25℃,培养7天。若脱菌不成功,此步
骤时细胞将会被农杆菌污染。
(6)抗性筛选:将经过恢复培养后且没有被农
杆菌污染的细胞转移至筛选培养基 S3[20]上进行抗
性筛选,至长出白色健康细胞,再将这些细胞转接到
新的筛选培养基上(至少筛选两代)至抗性稳定。
1.2.3 抗性细胞系的分子检测
(1)PCR检测:①基因组 DNA提取:按照植物
基因组DNA提取试剂盒(鼎国,北京)说明书进行②
设计引物(表1)进行 HTP、目的基因 miR396、Virg
基因检测并测序。其中目的基因的特异性引物(位
于载体上,但跨目的片段),而 Virg基因位于 TDNA
之外,可用来检测农杆菌是否污染。
表1 HTP,miR396与Virg引物表
引物 序列 (5’
"
3’)
HTPF: AGATGTTGGCGACCTCGTAT
HTPR: ATTCCGGAAGTGCTTGACAT
PF ACAGCAAGAACGGAATGC
PR CGGTCTTGCGATGATTAT
CVirF GATTTTATTGCCAAGCCTTTT
VirR TACTTCTGTCATACACCTCCTCC
(2)qRTPCR检测:①总RNA的提取:同1.2.1
②反转录 cDNA的合成:按照 DNase(Lithuania,
EU)说明书进行基因组 DNA消化。然后按照反转
录试剂盒(Fermentas)进行 RNA反转录,按照 miR
cutemiRNAcDNASynthesisKit(天根,北京)说明书
进行miRNA的反转录③qRTPCR检测于 CFX96TM
RealtimePCRDetectionSystem(BIORAD,USA)进
行。LaGRFs(GenBankaccessionnumber:KM00072
toKM00074)与 PremiR396的 qRTPCR检测按照
试剂盒 SYBRPremixEXTaqkit(宝生物)进行,
LaEF1A1[21]为 LaGRFs检测内参基因,EF1[5]为
PremiR396检测内参基因。为了确保 mRNAs没有
被切割,所有的引物都跨 miR396结合位点的两侧,
定量引物如表 2,每个样品重复 4次,取平均值。
miR396的qRTPCR检测按照试剂盒 miRcutemiR
NAqRTPCRDetectionKit(天根)操作。miR396的
正向引物是基于miR396自身序列设计(表2),反向
引物为试剂盒提供,5.8srRNA[5]做为内参基因,每
个样品重复4次,取平均值。
1.2.4 抗性细胞系胚的发芽率、生根率以及叶片数
目统计 将约 200个的发育成熟的体细胞胚胎,
4℃,暗培养7天。然后接种于生根培养基上,25℃,
光照(16h/8h)培养[20],20天后进行发芽统计,并
随机选取100个发芽胚,进行叶片数目统计;45天
后生根统计。用SPSS软件进行数据分析。
922
林 业 科 学 研 究 第29卷
表2 qRTPCR用到的引物
引物 序列 (5’
"
3’) 用途
qLaGRF1F GCGTTGCTCAAAGGATGC LaGRF1实时定量
qLaGRF1R AGGGGTGGCGAAGGATAT LaGRF1实时定量
qLaGRF2F CGCAGAACGGATGGTAAGA LaGRF2实时定量
qLaGRF2R CGGAATGATGATGAGGAGGA LaGRF2实时定量
qLaGRF3F AACAGACGGTAAGAAATGGCG LaGRF3实时定量
qLaGRF3R ACTGGTAACAGCGGGGGC LaGRF3实时定量
LaEF1A1F GACTGTACCTGTTGGTCGTG 内参基因
LaEF1A1R CCTCCAGCAGAGCTTCAT 内参基因
3F: GTGCTGCATGGTTTGTTTTG PremiR396实时定量
3R: CCTGTTACCTTCCTCGATCTG PremiR396实时定量
EF1F TACTGCACTGTGATTGATGCC 内参基因
EF1R CATCCATCTTGTTACAGCAGC 内参基因
MiR396 CGGTTCCACAGCTTTCTTGAACTTA miR396实时定量
2 结果与分析
2.1 表达载体的构建
通过 RACE技术,拼接获得816bppremiR396
及其侧翼序列。在此序列的基础上构建了 miR396
的表达载体(前体序列两端各约200bp处)。并通
过PCR扩增、转化、测序确定为目的片段(图1)。
注:M:Marker;MiR396为目的片段
图1 表达载体中miR396的扩增电泳图
2.2 抗性细胞系的分子检测
2.2.1 抗性材料基因组 PCR检测 对 HTP,目的
基因 miR396,Virg三个基因进行了 PCR扩增。在
抗性材料中得到了HTP与目的基因 miR396的特异
性片段(图2a,2b),且测序确认为目的片段。而农
杆菌Virg基因片段只在加有农杆菌菌液的样品中出
现(图2c)。
2.2.2 抗性材料的 qRTPCR检测 为了检测抗性
细胞系的mRNA表达水平,分别采用野生型与抗性
材料的胚性组织,进行 RNA提取,cDNA反转录,对
premiR396、miR396以及靶基因LaGRFs进行表达分
析,结果如图3。从图中可看出,在转基因细胞中,
premiR396与 miR396的表达明显上调,而靶基因
LaGRFs的表达则下调。
2.3 抗性细胞系的表型分析
将抗性细胞系与野生型细胞系的体细胞胚转接
于生根培养基上,各约200个,20天,统计二者的发
芽情况,从中随机选取100个发芽的胚,统计其叶片
数目。45天,统计生根个数。结果如表3,表4。野
生型系胚的发芽率、生根率以及叶片数目畸形率分
别为92.50%、10.55%、4%,而抗性细胞系胚表现出
低的发芽率(70.60%)与生根率(0.60%),以及高
的叶片数目畸形率(37%)。
3 讨论
裸子植物由于其生长周期长,基因组大(18
35G)[3],且缺乏合适的转化研究体系,加之其遗传
操作困难,因此,关于miR396的功能研究,虽已在被
子植物中研究比较广泛,而在裸子植物中仍未见报
道,本研究首次在裸子植物对 miR396进行功能
探究。
注:M:Marker;G1:抗性细胞系;CK+:对照细胞系;GV:农杆菌液;CK:ddH2O
a:HTP扩增电泳图;b:miR396扩增电泳图(引物跨载体与目的基因);c:农杆菌Virg扩增电泳图
图2 抗性材料的PCR扩增电泳图
032
第2期 肖 霞,等:miR396在落叶松体细胞胚胎中的功能研究
表3 生长20天的发芽率与生长45天的生根率
细胞系 接种胚数/个 发芽率/% Sig.(2tailed) 生根率/% Sig.(2tailed)
S287 199 92.50 ---- 10.55 ----
G287 167 70.60 0.000 0.60 0.000
表4 生长20天(生根培养基)的叶片数目统计
叶片数目/片
0 3 4 10 >10 畸形率 Sig.(2tailed)
所占比例/%
G287 36 63 1 37 ----
S287 4 96 0 4 0.000
在课题组已有的优良再生体系与较成熟的转化
条件上[19-20],构建了miR396过表达载体,通过农杆
菌介导侵染,成功将 miR396转入落叶松体细胞胚
中,获得到1个稳定抗性细胞系。利用 PCR技术,
对其基因组进行检测,发现在抗性细胞系中含有抗
性筛选标记基因HTP与目的基因 miR396的特异性
片段,而农杆菌Virg基因片段仅在加有农杆菌菌液
的样品中获得,故而基本排除农杆菌污染,确定为转
基因阳性系。利用qRTPCR,在RNA水平上对抗性
系进行检测,结果表明,抗性细胞中 premiR396与
miR396的表达量皆增加,而LaGRF1,LaGRF2和La
GRF3的表达明显则下降,这暗示 miR396的过表达
抑制了 LaGRFs的表达。而关于 miR396负调节
GRF的研究已有很多报道[9-10,22-24]。
为进一步探究 miR396的功能,我们对 miR396
过表达细胞系胚的发芽、生根以及叶片数目进行了
统计,结果显示,相比野生型,过表达miR396细胞系
胚表现出低的发芽率与生根率,以及高的叶片数目
畸形率。
MiR396如何影响体胚的发芽、生根以及叶片数
目?被子植物中的研究表明,miR396过表达植株出
现子叶融合、茎端分生组织(SAM)缺失等表型[5]。
miR396过表达,抑制 GRF的表达[9-11,13,16,18,24],而
GRF与 GRFinteractingfactor(GIF)协同作用,影响
叶片细胞数量[10,12]或者细胞大小[25],grf突变体表
现出叶片窄小等现象。杨[14]等发现过表达 miR396
植株出现顶端优势受抑制现象,侧芽发育明显增强,
叶片数比野生型明显增加。由此推测,miR396可能
类似于被子植物中的作用机制,通过负调节靶基因
LaGRFs的表达或者通过LaGRFs影响与它相互作用
的基因,参与体胚子叶原基细胞代谢,从而影响了子
叶与叶片的发育。
而关于根部的发育调节,Kim[25]等发现 GRF在
拟南芥根端有明显表达。Bazin[26]等发现miR396在
图3 转pSuper::miR396胚性细胞中premiR396、
miR396与LaGRFs的表达分析
蒺藜苜蓿根尖有强烈表达,且影响了蒺藜苜蓿根端
分生组织分裂细胞的数目。水稻中,GRF过表达,抑
制KNOTTED1LIKEHOMEOBOX基因的表达,引起
132
林 业 科 学 研 究 第29卷
水稻分生组织活动异常[27]。玉米根尖细胞受胁迫
时,可能通过miRNA396调节抑制主根的伸长,促进
不定根的形成[28]。拟南芥根部受胞囊线虫侵染时,
MicroRNA396GRF1/GRF3调控模块扮演发育调节
因子,重新编排根细胞程序[17-18]。Bao等[16]在拟南
芥中发现 miR396的另外一个靶基因 BASICHELIX
"
LOOP
"
HELIXtranscriptionfactor74(bHLH74),
在过表达 miR396a植株中,GRF与 bHLH74的表达
量皆下降,且植株根部短小,与 bHLH74突变体表型
一样,推测 miR396可能通过抑制 bHLH74的表达,
从而促进拟南芥根部的生长。因此,在落叶松体胚
发育中,miR396可能通过负调节 LaGRFs或者其它
与根部发育相关的靶基因,影响了根端分生区细胞
的活动,参与调控根的发育。
4 结论
本研究暗示miR396通过负调节靶基因 LaGRFs
调节体胚子叶与根的发育,这为解决体胚子叶异常
与生根率低的问题提供新的视角,靶基因的过表达
或者miR396的低表达有可能改善畸形胚与生根率
低问题。这既对体胚的培育、应用有一定的参考价
值,也为深入研究体胚发育的分子机制奠定了基础。
由于落叶松转化周期长,且转化效率较低,很多相关
调控机制还不清楚,因此具体的作用方式,还需进一
步研究证明。
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(责任编辑:张 研)
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