全 文 ：园 艺 学 报 ， （增刊）： 2011 38 2510 http: // www. ahs. ac. cn
Acta Horticulturae Sinica E-mail: yuanyixuebao@126.com

收稿日期：2011–09–16
基金项目：浙江省重大科技专项农业项目（2008C12013-1）；浙江省自然科学基金项目（Y3080537，Y3100434）
* 通信作者（E-mail：qixj@sohu.com；xiexiaobo@yahoo.com；Tel：0571-86417311）
杨梅EST-SSR序列的特征
谢小波，求盈盈，郑锡良，梁森苗，周 鑫，项康华，戚行江*
（浙江省农业科学院园艺研究所，杭州 310012）
杨梅（Myrica rubra Sieb. et Zucc.）的品种数量少、类型相对单一，育种进展缓慢。杨梅的遗传
育种研究中可供利用的 SSR 分子标记很少，目前已发表的仅有 36 个，严重制约了相关研究的开展。
本研究旨在通过开发一定数量的 EST-SSR 分子标记，为杨梅的遗传育种研究提供更多可用的分子标
记工具，以促进杨梅研究的深入。
本试验材料为杨梅的当家品种之一‘东魁’（Myrica rubra var.‘Dongkui’）。从其花序组织中进
行总mRNA的提取，并进行cDNA的合成，建立文库并用高通量的测序方法Illumina HiSeqTM 2000 进
行测序。SSR序列的分析采用在线的分析工具SSRIT（http://www.gramene.org/db/markers/ssrtool），二
碱基、三碱基的SSR序列设置最少重复数为 5，四碱基至六碱基的SSR序列最少重复数为 4。
本研究中分析了 5 379 条 EST 序列，139 条序列中含有 SSR，占 2.6%，其中 13 条序列含有 2
个或 2 个以上 SSR，共有 SSR 序列 154 处。按平均序列长度 302 bp 计算（据测序结果统计数值），
每 10.5 kb 长度的 EST 序列含有 1 个 SSR。根据 SSR 在序列中所处的位置不同，这 139 条 EST 序列
中可设计 SSR 引物的 EST 序列有 104 条，占 1.9%。采用 Primer3 为二碱基至六碱基重复数在 5 次
以上的 96 条 EST-SSR 序列设计了引物，根据“杨梅”两字的拼音首字母，以“YM”命名 SSR 标
记，后跟阿拉伯数字，连同以前分离的基因组 SSR 分子标记，目前已编号到 YM117。
根据前人对 SSR 分子标记类型的分类，这 139 条 EST-SSR 中，单一的 SSR 序列有 126 条，占
90.7%；连续的组合 SSR 序列 1 条，占 0.7%；非连续的组合 SSR 序列 13 条，占 8.6%。154 个 SSR
序列中，二碱基重复序列有 104 个，占 67.5%；三碱基重复序列有 40 个，占 26.0%；四碱基重复序
列有 4 个，占 2.6%；五碱基重复序列有 4 个，占 2.6%；六碱基重复序列有 2 个，占 1.3%。二碱基
的重复序列中，最大碱基重复数是 18，重复数为 5 的序列数量最多，49 个；重复数为 6 的 14 个，
重复数为 7 的 15 个，重复数为 8 以上的共 26 个。统计表明，二碱基的重复序列中以低重复（重复
数为 5 ~ 7）数的 SSR 序列为主。三碱基的重复序列中，最大重复数为 11，重复数为 5 的最多，26
个；其次是重复数为 6 的有 9 个；重复数为 7 至 11 的共 5 个。四碱至六碱基的重复序列共有 10 个，
最大重复数为 8。
比较分析表明，杨梅的 EST-SSR 特征与其它植物有着类似的趋势。

关键词：杨梅；EST-SSR 特征
中图分类号：S 667.6 文献标识码：A 文章编号：0513-353X（2011）S-2510-01