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Quick SDS Method for RNA Isolation from Apple and Other Plant Tissues with Room Temperature Centrifugation

室温离心SDS法快速提取苹果等植物组织RNA



全 文 :园   艺   学   报 33卷
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收稿日期 : 2005 - 09 - 06; 修回日期 : 2006 - 06 - 06
基金项目 : 北京市果树逆境生理与分子生物学重点实验室资助项目 ; 国家留学基金会留学基金资助项目 (21162446)3 通讯作者 Author for correspondence ( E2mail: litianzhong1535@1631com)
室温离心 SDS法快速提取苹果等植物组织 RNA
成建红  张玉刚  李天忠 3   (中国农业大学园艺植物研究所 , 北京 100094)
Qu ick SD S M ethod for RNA Isola tion from Apple and O ther Plan t T issues
w ith Room Tem pera ture Cen tr ifuga tion
Cheng J ianhong, Zhang Yugang, and L i Tianzhong3 ( Institu te of Horticultural P lants, China A gricu ltura l U niversity,
B eijing 100094, China)
关键词 : 室温 ; 快速 ; RNA提取 ; 植物组织 ; SDS
中图分类号 : S 66; Q 78  文献标识码 : A  文章编号 : 05132353X (2006) 0320470201
植物 RNA提取常用的有异硫氰酸胍法、盐酸胍法、SDS - 酚法、CTAB法、酸酚法、一步法以及 TR IZOL等商品
化的试剂盒等 , 大都因为实验试剂昂贵 , 需要至少 5 h到 3 d的操作时间 , 效果良莠不齐。作者在试验过程中发现快
速短时操作是提取完整 RNA的关键。我们在夏季 32℃室温条件下 , 采用冰上操作的方法 , 用普通离心设备 (上海安
亭科学仪器厂 , TGL - 16G台式离心机 ) , 采用缩短抽提和沉淀时间的快速 SDS法在苹果和甜樱桃的多个组织中提取
了质量较好的 RNA。
现以苹果叶片为例 : 取 - 70℃保存的叶片约 011 g, 用液氮预冷的研钵冷冻研样至白色粉末状 ; 加样至预冷的 115
mL的离心管 ; 依次迅速加入配好的 750μL的 PCl (酚 ∶氯仿 ∶异戊醇 = 25∶24∶1) 和 750μL的 SDS buffer (NaCl, 100
mmol·L - 1 ; Tris - HCl 10 mmol·L - 1 , PH 810; EDTA 10 mmol·L - 1 ; SDS 1% ) ; 涡悬震荡 30 s, 冰浴 2~3 m in; 普通
离心机室温离心 , 保持 15 000 rpm最高转速 10 s; 转移上清液至新管 , 加等体积 C I (氯仿 ∶异戊醇 = 24∶1) , 上下颠倒
混匀 ; 室温 15 000 rpm离心 5 m in; 取上清液至新管 , 加入 017~110倍的 - 20℃保存的异丙醇 , 颠倒混匀 ; 室温
15 000 rpm离心 5 m in; 去上清液 , 加入 300μL 70%乙醇轻微摇洗沉淀 , 倒去洗液 ; 再加入 300μL 70%乙醇将沉淀弹
起 , 15 000 rpm离心 30 s; 去上清液 , 用未污染的吸水纸条吸去残液 ; 风干沉淀 5~10 m in; 根据沉淀多少取 20~50
μL无核酸酶水至沉淀完全溶解 ; 电泳检测 RNA质量 ; 加入 1 /20体积的核酸酶抑制剂混匀 , - 70℃保存备用。
整个试验从研样至电泳检测需 215 h, 比 SDS低温常规操作节省约一半时间 , 是 CTAB法时间的 1 /5左右。提取
效果与 SDS常规低温操作纯度接近 , 产率增大 , 较 CTAB法纯度偏低 , 产量增大。
对甜樱桃 3个组织 RNA进行反转录 , 获得了可视片段大小在 250~3 000 bp的较好的双链 cDNA弥散带。以双链
cDNA为模板 , 内参基因 A ctin在 3个组织中均有明亮的 1 100 bp的 PCR扩增条带 , 表明 3个组织的 cDNA具有良好的
可用性。PaSFB 基因仅在花粉中获得了大小近 500 bp的特异性扩增片段 , 而花柱和叶片 cDNA中无扩增产物 , 表现出
SFB 家族基因花粉组织特异性表达的特征。与内参基因 A ctin相比 , PaSFB 的表达量较低。
试验结果表明 , 室温快速 SDS法提取植物组织 RNA在蔷薇科一些种的多个组织中完全可行 , 并获得了较好的结
果 , 尽管获得的 RNA纯度偏低 , 但并未影响到对表达量较低的 PaSFB 基因的克隆及其表达分析。该方法比 SDS法和
CTAB法能获得较高的 RNA产率 , 在一定程度上为克隆丰度较低的基因提供了保证。对要求较高的 RNA样品 , 建议
增加抽提步骤 , 纯化 RNA。本方法提取植物组织 RNA用时短 , 室温操作简单易行 , 获得的 RNA较完整 , 产量高 , 并
可用于常规分子试验研究 , 尤其在 Northern杂交大量提取 RNA时有效节约了时间 , 具有较强的实用性和可操作性。
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