全 文 ：植物科学学报　 ２０１４ꎬ ３２(３): ２４０~２５０
Ｐｌａｎｔ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｊｏｕｒｎａｌ
　 　 ＤＯＩ:１０􀆰 ３７２４ / ＳＰ􀆰 Ｊ􀆰 １１４２􀆰 ２０１４􀆰 ３０２４０
燕麦 ＥＳＴ￣ＳＳＲ标记的开发和利用
郭红媛１ꎬ 贾举庆１∗ꎬ 张仙红１ꎬ 剌士潇１ꎬ 杨武德１ꎬ２∗
(１. 山西农业大学农学院ꎬ 山西太谷 ０３０８０１ꎻ ２. 山西农业大学旱作工程研究所ꎬ 山西太谷 ０３０８０１)
摘　 要: 为拓展分子标记在燕麦种质资源分析与鉴定中的应用ꎬ 利用公共数据库中的 ２５３７６ 条 ＥＳＴ(ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ
ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｔａｇｓ)序列ꎬ 开展了燕麦 ＥＳＴ￣ＳＳＲ功能性标记的开发和利用研究ꎮ ２５３７６条 ＥＳＴ序列经拼接去冗余后
获得了 １１６１８条序列ꎬ 从中筛选出含有不同重复基元的 ＳＳＲ且重复次数较多、 长度较长的 ５５６条 ＥＳＴ序列进行
引物设计ꎬ 开发了 ５０对燕麦 ＥＳＴ￣ＳＳＲ引物ꎬ 通过筛选得到 ４０对有效的 ＥＳＴ￣ＳＳＲ引物ꎮ 选取其中 ４对引物对 ５
个燕麦种质资源进行了 ＰＣＲ扩增及产物测序ꎬ 结果表明扩增条带多态性是由 ＳＳＲ差异造成的ꎮ 利用 ４０ 对 ＥＳＴ￣
ＳＳＲ引物对 １５个六倍体燕麦种质资源进行遗传多样性分析ꎬ 共扩增出 ８９个等位基因ꎬ 平均每对引物产生 ２􀆰 ２３
个等位基因ꎻ ＵＰＧＭＡ聚类分析表明ꎬ １５个六倍体燕麦种质资源在 Ｄｉｃｅ系数为 ０􀆰 ９３ 处聚为 ３ 支ꎬ 基本上是按
照不同种进行聚类的ꎬ 在相同种中又根据地理来源分别聚集成支ꎮ 利用 ４０对 ＥＳＴ￣ＳＳＲ引物对 ３１ 个遗传背景不
清的燕麦种质资源进行基因组倍性鉴定ꎬ 发现这些种质中可能存在有四倍体和二倍体的燕麦新资源ꎮ 本研究开
发的燕麦 ＥＳＴ￣ＳＳＲ功能性标记将在燕麦遗传多样性分析、 遗传图谱构建及燕麦属内种间基因组鉴定等方面发挥
重要作用ꎮ
关键词: 燕麦属ꎻ ＥＳＴ￣ＳＳＲｓꎻ 引物开发ꎻ 多态性
中图分类号: Ｑ３４６􀆰 ５ꎻ Ｓ５１２􀆰 ６　 　 　 　 　 文献标识码: Ａ　 　 　 　 　 文章编号: ２０９５￣０８３７(２０１４)０３￣０２４０￣１１
　 　 　 收稿日期: ２０１４￣０１￣０２ꎬ 修回日期: ２０１４￣０２￣１４ꎮ
　 基金项目: 国家自然科学基金(３１１０１１９９)ꎻ 山西省基础研究计划项目(２０１２０２１０２４￣２)ꎻ 山西农业大学“中青年学术带头人及学术骨
干”项目(ＸＧ２０１２０９)ꎻ 山西农业大学引进人才科研启动项目(ＸＢ２０１０００９)ꎮ
　 作者简介: 郭红媛(１９８０－)ꎬ 女ꎬ 硕士ꎬ 讲师ꎬ 主要从事植物基因工程与植物抗逆性研究(Ｅ￣ｍａｉｌ: ｇｕｏ＿ｈｙ＠１６３􀆰 ｃｏｍ)ꎮ
　 ∗通讯作者(Ａｕｔｈｏｒ ｆｏｒ ｃｏｒｒｅｓｐｏｎｄｅｎｃｅ􀆰 Ｅ￣ｍａｉｌ: ｓｘａｕｙｗｄ＠１２６􀆰 ｃｏｍꎻ ｊｉａｊｕｑｉｎｇ＠１２６􀆰 ｃｏｍ)ꎮ
Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ＥＳＴ￣ＳＳＲ Ｍａｒｋｅｒｓ ｉｎ Ｏａｔ
ＧＵＯ Ｈｏｎｇ￣Ｙｕａｎ１ꎬ ＪＩＡ Ｊｕ￣Ｑｉｎｇ１∗ꎬ ＺＨＡＮＧ Ｘｉａｎ￣Ｈｏｎｇ１ꎬ ＬＡ Ｓｈｉ￣Ｘｉａｏ１ꎬ ＹＡＮＧ Ｗｕ￣Ｄｅ１ꎬ２∗
(１􀆰 Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ａｇｒｏｎｏｍｙꎬ Ｓｈａｎｘｉ Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙꎬ Ｔａｉｇｕꎬ Ｓｈａｎｘｉ ０３０８０１ꎬ Ｃｈｉｎａꎻ
２􀆰 Ｄｒｙｌａｎｄ Ｆａｒｍｉｎｇ Ｅｎｇｉｎｅｅｒ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅꎬ Ｓｈａｎｘｉ Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙꎬ Ｔａｉｇｕꎬ Ｓｈａｎｘｉ ０３０８０１ꎬ Ｃｈｉｎａ)
Ａｂｓｔｒａｃｔ: Ｔｏ ｅｘｐａｎｄ ｔｈｅ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｍａｒｋｅｒｓ ｉｎ ｔｈｅ ａｎａｌｙｓｉｓ ａｎｄ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ
ｏａｔ ｇｅｒｍｐｌａｓｍ ｒｅｓｏｕｒｃｅｓꎬ ＥＳＴ￣ＳＳＲ ｍａｒｋｅｒｓ ｗｅｒｅ ｄｅｖｅｌｏｐｅｄ ａｎｄ ｕｔｉｌｉｚｅｄ ｕｓｉｎｇ ｐｕｂｌｉｃｌｙ
ａｖａｉｌａｂｌｅ ｏａｔ ＥＳＴ ｄａｔａ. Ａｆｔｅｒ ｓｐｌｉｃｅ ａｎｄ ｒｅｄｕｎｄａｎｃｙ ｃｈｅｃｋꎬ １１６１８ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｗｅｒｅ ｏｂｔａｉｎｅｄꎬ
ａｎｄ ５５６ ＥＳＴｓ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ５９５ ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅｓ ｌｏｃｉ ｗｅｒｅ ｓｅｌｅｃｔｅｄ ａｎｄ ａｓｓｅｍｂｌｅｄ ｆｒｏｍ ２５３７６ ｏａｔ
ＥＳＴ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ. Ｆｉｒｓｔｌｙꎬ ５０ ｐｒｉｍｅｒｓ ｗｅｒｅ ｄｅｓｉｇｎｅｄ ｂａｓｅｄ ｏｎ ５５６ ＥＳＴｓꎬ ａｎｄ ４０ ｐｒｉｍｅｒｓ ｗｅｒｅ
ｓｃｒｅｅｎｅｄ. Ｔｈｅ ａｍｐｌｉｆｉｅｄ ｐｒｏｄｕｃｔｓ ｗｅｒｅ ｔｅｓｔｅｄ ａｎｄ ｓｅｑｕｅｎｃｅｄ ｕｓｉｎｇ ｆｏｕｒ ｐｒｉｍｅｒ ｐａｉｒｓ ｏｎ ｆｉｖｅ
ｏａｔ ｇｅｒｍｐｌａｓｍ ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ. Ｔｈｅ ｒｅｓｕｌｔｓ ｓｈｏｗｅｄ ｔｈｅ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ ｏｆ ｂａｎｄｓ ｗｅｒｅ ｃａｕｓｅｄ ｂｙ
ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅｓ ｉｎ ＳＳＲ. Ｆｏｒｔｙ ｅｆｆｅｃｔｉｖｅ ｐｒｉｍｅｒ ｐａｉｒｓ ｗｅｒｅ ｔｅｓｔｅｄ ｏｎ ｔｈｅ ｇｅｎｅｔｉｃ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ １５
ｈｅｘａｐｌｏｉｄ ｏａｔ ｇｅｒｍｐｌａｓｍ ｒｅｓｏｕｒｃｅｓꎬ ａｎｄ ｔｈｅ ｓｔｕｄｙ ｏｆ ｔｒａｎｓｆｅｒａｂｉｌｉｔｙ ｗａｓ ａｎａｌｙｚｅｄ ａｍｏｎｇ ｏａｔ
ｓｐｅｃｉｅｓ. Ｅｉｇｈｔｙ￣ｎｉｎｅ ｌｏｃｉ ｗｅｒｅ ｓｕｃｃｅｓｓｆｕｌｌｙ ａｍｐｌｉｆｉｅｄ ｉｎ １５ ｈｅｘａｐｌｏｉｄ ｏａｔ ｇｅｒｍｐｌａｓｍ
ｒｅｓｏｕｒｃｅｓꎬ ｗｉｔｈ ａｎ ａｖｅｒａｇｅ ｏｆ ２􀆰 ２３ ｌｏｃｉ ｐｅｒ ｐｒｉｍｅｒ ｐａｉｒ. Ｂａｓｅｄ ｏｎ ｇｅｎｅｔｉｃ ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ ｃｏｅｆｆｉｃｉｅｎｔ
(Ｄｉｃｅ ＝ ０􀆰 ９３)ꎬ ｔｈｅ ＵＰＧＭＡ ｄｅｎｄｒｏｇｒａｍ ｇｒｏｕｐｅｄ １５ ｈｅｘａｐｌｏｉｄ ｏａｔ ｇｅｒｍｐｌａｓｍ ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ ｉｎｔｏ
ｔｈｒｅｅ ｃｌｕｓｔｅｒｓ. Ｔｈｅ １５ ｇｅｒｍｐｌａｓｍ ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ ｗｅｒｅ ｃｌｕｓｔｅｒｅｄ ａｃｃｏｒｄｉｎｇ ｔｏ ｓｐｅｃｉｅｓꎬ ａｎｄ ｗｅｒｅ
ｓｕｂ￣ｃｌｕｓｔｅｒｅｄ ｆｏｌｌｏｗｉｎｇ ｇｅｏｇｒａｐｈｉｃ ｏｒｉｇｉｎ. Ｔｈｅ ＥＳＴ￣ＳＳＲ ｐｒｉｍｅｒｓ ｓｈｏｗｅｄ ｈｉｇｈｅｒ ａｖａｉｌａｂｉｌｉｔｙ ｏｎ
ｔｈｅ ｓｔｕｄｙ ｏｆ ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ ｐｌｏｉｄｙ ｏｆ ３１ ｕｎｋｎｏｗｎ ｏａｔ ｇｅｒｍｐｌａｓｍ ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ. Ｒｅｓｕｌｔｓ ｓｈｏｗｅｄ
ｓｏｍｅ ｄｉｐｌｏｉｄｓ ａｎｄ ｔｅｔｒａｐｌｏｉｄｓ ｏｆ ｏａｔ ｇｅｒｍｐｌａｓｍ ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ ｗｅｒｅ ｔｅｓｔｅｄ ｉｎ ｔｈｅ ｇｅｎｅｔｉｃ ａｎａｌｙｓｉｓ
ｏｆ ３１ ｏａｔ ｇｅｒｍｐｌａｓｍ ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ. Ｔｈｉｓ ｓｔｕｄｙ ｐｒｏｖｅｄ ｔｈａｔ ＥＳＴ￣ＳＳＲｓ ａｒｅ ｖａｌｕａｂｌｅ ｆｏｒ ｇｅｎｅｔｉｃ
ａｎａｌｙｓｉｓꎬ ｌｉｎｋａｇｅ ｍａｐｐｉｎｇ ａｎｄ ｔｒａｎｓｆｅｒａｂｉｌｉｔｙ ｓｔｕｄｙ ａｍｏｎｇ ｏａｔ ｓｐｅｃｉｅｓ. Ｔｈｅ ＥＳＴ￣ＳＳＲｓ ａｌｓｏ
ｐｒｏｖｅｄ ｕｓｅｆｕｌ ｉｎ ｄｉｓｃｒｉｍｉｎａｔｉｎｇ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ ｓｐｅｃｉｅｓ ａｎｄ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ ｇｅｎｏｍｅ ｐｌｏｉｄｙ ｉｎ ｏａｔ.
Ｋｅｙ ｗｏｒｄｓ: Ａｖｅｎａꎻ ＥＳＴ￣ＳＳＲｓꎻ Ｐｒｉｍｅｒ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔꎻ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ
　 　 燕麦(Ａｖｅｎａ ｓａｔｉｖａ Ｌ.)是禾本科燕麦属(Ａｖｅｎａ
Ｌ.)一种营养价值较高的粮食、 经济、 饲料、 药用
等多用途作物ꎬ 在世界谷类作物总产量中位于小
麦、 玉米、 水稻、 大麦和高粱之后ꎬ 居第六位[１]ꎮ
近年来ꎬ 因燕麦携带有优异抗性基因及其所含的健
康营养成分[２－４]ꎬ 引起世界各国学者的研究兴趣ꎬ
而在这些研究中分子标记发挥了很大的作用[５ꎬ６]ꎮ
目前ꎬ ＲＦＬＰ、 ＲＡＰＤ、 ＩＳＳＲ、 ＡＦＬＰ、 ＳＳＲ 和
ＤａｒＴ等分子标记技术已被广泛应用于包括燕麦在
内的多种作物中ꎬ 并在遗传多样性分析[７]、 基因
组分析[８]、 基因定位和分子辅助育种[９]中发挥了
重要的作用ꎮ 其中 ＳＳＲ 分子标记因具有实验操作
简单、 稳定性高以及丰富的信息含量和共显性等特
点ꎬ 在多种作物种质资源鉴定与遗传多样性分析中
被广泛应用ꎮ 对于 ＳＳＲ 分子标记的开发ꎬ 传统的
方法一般是通过对基因组文库杂交[１０ꎬ１１]和富集
法[１２]来获得 ＳＳＲ 位点ꎬ 但是存在着开发周期长、
成本高等缺点ꎬ 限制了基因组 ＳＳＲ 标记的开发与
应用ꎮ 近年来随着测序技术的发展特别是第二代测
序技术的出现ꎬ 大量的 ＥＳＴ 序列被提交到公共数
据库中ꎬ 成为开发 ＳＳＲ 标记的宝贵资源[１３ꎬ１４]ꎮ
ＥＳＴ￣ＳＳＲ引物除具有基因组 ＳＳＲ 引物的特点外ꎬ
还有自己独特的优势ꎬ 如 ＥＳＴ￣ＳＳＲ 是来自于基因
中编码区部分ꎬ 因此相对于 ＳＳＲ 引物来讲ꎬ 它在
序列上更为保守ꎬ 并可以在种间甚至属间转移ꎮ 目
前ꎬ ＥＳＴ￣ＳＳＲ标记已在水稻、 小麦、 大麦、 谷子、
高粱、 黑麦等多种禾谷类作物中得到应用ꎬ 包括遗
传图谱构建[１５－１９]、 遗传多样性分析[２０－２３]和转移性
检测[２４－２７]等多个方面ꎮ 燕麦作为一种重要的禾谷
类作物ꎬ 已有大量的研究成果报道ꎬ 但因燕麦物种
数量繁多ꎬ 种间形态差异较小且品种名称与地方俗
名常常混用ꎬ 传统的形态学分类方法已无法准确分
析燕麦物种间的亲缘关系ꎮ 已开发的分子标记在数
量上还远远不能满足燕麦遗传研究的需要ꎬ 且缺乏
目的扩增片段的测序验证ꎮ 到 ２０１３ 年 ４ 月 ＮＣＢＩ
的 ＥＳＴ数据库中已收录燕麦 ＥＳＴ 序列 ２５３７６ 条ꎬ
为 ＥＳＴ￣ＳＳＲ引物的开发提供了丰富的资源ꎬ 因此
本研究拟利用燕麦的 ＥＳＴ 序列开发 ＳＳＲ 引物ꎬ 并
测序验证 ＥＳＴ￣ＳＳＲ引物在基因组上存在的真实性ꎬ
评估这些引物对不同燕麦种质资源遗传多样性分析
的有效性ꎬ 同时为燕麦研究提供更多的 ＥＳＴ￣ＳＳＲ
标记ꎮ
１　 材料与方法
１􀆰 １　 实验材料与 ＤＮＡ提取
利用 ４０对 ＥＳＴ￣ＳＳＲ标记对表 １ 中编号为 １~
１５的 １５ 个六倍体燕麦种质资源 ( Ａ􀆰 ｎｕｄａ Ｌ.、
Ａ􀆰 ｓａｔｉｖａ、 Ａ􀆰 ｆａｔｕａ和 Ａ􀆰 ｏｃｃｉｄｅｎｔａｌｉｓ)进行遗传多
样性研究ꎬ 并评估 ＥＳＴ￣ＳＳＲ 引物在不同燕麦种之
间的转移性ꎮ 对编号为 １６~４６的 ３１个遗传背景不
清的燕麦种质资源进行基因组倍性鉴定ꎮ 实验材料
分别由美国国家小谷物研究机构、 山西省农业科学
院、 甘肃省农业科学院提供ꎬ 并种植于山西农业大
学燕麦种质资源圃内ꎬ 其种名、 品种名或选育编
号、 基因组信息等详见表 １ꎮ
采用改良 ＣＴＡＢ 法[２８]提取燕麦幼嫩叶片的基
因组 ＤＮＡꎮ
１􀆰 ２　 ＥＳＴ序列来源及 ＳＳＲ检测
从 ＧｅｎＢａｎｋ的 ＥＳＴ数据库中下载燕麦的 ＥＳＴ
序列ꎬ 至 ２０１３ 年 ４ 月共搜索到 ２５３７６ 条ꎮ 利用
Ｐｈｒａｐ软件(ｈｔｔｐ: / / ｗｗｗ􀆰 ｐｈｒａｐ􀆰 ｏｒｇ)拼接并去冗
余后ꎬ 共获得了 １１６１８条 ＥＳＴ序列ꎬ 包括 ３４３３条
拼接的和 ８１８５条未能成功拼接的 ＥＳＴ序列ꎮ 利用
ＭＩＳＡ 软件 ( ｈｔｔｐ: / / ｐｇｒｃ􀆰 ｉｋｐｇａｔｅｒｓｌｅｂｅｎ􀆰 ｄｅ / ｍｉ￣
ｓａ)对这些 ＥＳＴ 序列(１１６１８ 条)进行 ＳＳＲ 搜索得
到了 ８１１条具有 ＳＳＲ的 ＥＳＴ序列ꎬ 排除含有 ＰｏｌｙＡ
和 ｐｏｌｙＴ(因为 ＰｏｌｙＡ 有可能为 ｍＲＮＡ 的 ＰｏｌｙＡ 尾
巴)的序列后ꎬ 共有 ５５６条 ＥＳＴ序列利用在线软件
１４２　 第 ３期　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 郭红媛等: 燕麦 ＥＳＴ￣ＳＳＲ标记的开发和利用
表 １　 供试燕麦材料
Ｔａｂｌｅ １　 Ｌｉｓｔ ｏｆ Ａｖｅｎａ ｇｅｎｅｔｉｃ ｓｔｏｃｋｓ
序号
Ｎｏ.
品种或选育编号
Ｖａｒｉｅｔｉｅｓ ｏｒ ｂｒｅｅｄｉｎｇ Ｎｏ.
种名
Ｓｐｅｃｉｅｓ
基因组
Ｇｅｎｏｍｅ
来源地
Ｏｒｉｇｉｎ
１ ‘品燕 １号’‘Ｐｉｎｙａｎ １’ Ａ. ｎｕｄａ Ｌ. ＡＣＤ 山西ꎬ中国 Ｓｈａｎｘｉꎬ Ｃｈｉｎａ
２ ‘白燕 １１号’‘Ｂａｉｙａｎ １１’ Ａ. ｎｕｄａ Ｌ. ＡＣＤ 吉林ꎬ中国 Ｊｉｌｉｎꎬ Ｃｈｉｎａ
３ ‘品燕 ２号’‘Ｐｉｎｙａｎ ２’ Ａ. ｎｕｄａ Ｌ. ＡＣＤ 山西ꎬ中国 Ｓｈａｎｘｉꎬ Ｃｈｉｎａ
４ ‘宁莜 １号’‘Ｎｉｎｇｙｏｕ １’ Ａ. ｎｕｄａ Ｌ. ＡＣＤ 宁夏ꎬ中国 Ｎｉｎｇｘｉａꎬ Ｃｈｉｎａ
５ ９４０６－１ Ａ. ｎｕｄａ Ｌ. ＡＣＤ 山西ꎬ中国 Ｓｈａｎｘｉꎬ Ｃｈｉｎａ
６ ‘白燕 ２号’‘Ｂａｉｙａｎ ２’ Ａ. ｎｕｄａ Ｌ. ＡＣＤ 吉林ꎬ中国 Ｊｉｌｉｎꎬ Ｃｈｉｎａ
７ ＰＩ７１０５４ Ａ. ｓａｔｉｖａ ＡＣＤ 莫斯科ꎬ俄罗斯 Ｍｏｓｃｏｗꎬ Ｒｕｓｓｉａ
８ ＰＩ７１０５５ Ａ. ｓａｔｉｖａ ＡＣＤ 基辅ꎬ乌克兰 Ｋｉｅｖꎬ Ｕｋｒａｉｎｅ
９ ＣＮ３４５１ Ａ. ｆａｔｕａ ＡＣＤ 澳大利亚 Ａｕｓｔｒａｌｉａ
１０ ＣＮ３４７６ Ａ. ｆａｔｕａ ＡＣＤ 澳大利亚 Ａｕｓｔｒａｌｉａ
１１ ＣＮ４２４８ Ａ. ｆａｔｕａ ＡＣＤ 马尼托巴ꎬ加拿大 Ｍａｎｉｔｏｂａꎬ Ｃａｎａｄａ
１２ ＣＮ４２５６ Ａ. ｆａｔｕａ ＡＣＤ 马尼托巴ꎬ加拿大 Ｍａｎｉｔｏｂａꎬ Ｃａｎａｄａ
１３ ＣＮ４５４７ Ａ. ｏｃｃｉｄｅｎｔａｌｉｓ ＡＣＤ 加那利群岛ꎬ西班牙 Ｃａｎａｒｙ Ｉｓｌａｎｄｓꎬ Ｓｐａｉｎ
１４ ＣＮ２５９４２ Ａ. ｏｃｃｉｄｅｎｔａｌｉｓ ＡＣＤ 摩洛哥 Ｍｏｒｏｃｃｏ
１５ ＰＩ８０２２２ Ａ. ｓａｔｉｖａ ＡＣＤ 新南威尔士ꎬ澳大利亚 Ｎｅｗ Ｓｏｕｔｈ Ｗａｌｅｓꎬ Ａｕｓｔｒａｌｉａ
１６ ＹＭ１(ＰＩ３９１４１７) Ａ. ｂａｒｂａｔａ ＡＢ 威尔士ꎬ英国 Ｗａｌｅｓꎬ Ｂｒｉｔａｉｎ
１７ ＹＭ２(ＣＩａｖ２５１３) Ａ. ｂｒｅｖｉｓ Ａｓ 英格兰 Ｅｎｇｌａｎｄ
１８ ~ ４６ ＹＭ３ ~ ＹＭ３１ 不详 不详 由甘肃省农业科学院收集
ＳＳＲＩＴ查找以 ２、 ３、 ４、 ５、 ６ 个核苷酸为重复基
元的 ５种 ＳＳＲ 类型ꎮ 查找标准为不同重复基元的
ＳＳＲ总重复序列长度不低于 １８个核苷酸ꎮ
１􀆰 ３　 ＥＳＴ￣ＳＳＲ引物开发
利用 Ｐｒｉｍｅｒ Ｐｒｅｍｉｅｒ ５􀆰 ０对含有不同重复基元
的 ＳＳＲ且重复次数较多、 长度较长的 ５５６ 条 ＥＳＴ
序列进行引物设计ꎬ 得到 ５０对 ＥＳＴ￣ＳＳＲ引物ꎮ 引
物设计原则为: 引物长度 １８ ~２６ ｂｐꎻ 退火温度
Ｔｍ值为 ４８℃ ~６５℃ꎻ (Ｇ ＋ Ｃ)含量范围 ４０％ ~
７０％ꎻ ＰＣＲ扩增产物长度 １００~５００ ｂｐꎮ 所有引物
均由上海生工生物工程股份有限公司合成ꎮ
１􀆰 ４　 ＥＳＴ￣ＳＳＲ引物筛选与多态性检测
ＰＣＲ反应体系为 １０ μＬꎬ 其中包含 ５０ ｎｇ模板
ＤＮＡꎬ １×ｂｕｆｆｅｒꎬ ２􀆰 ０ ｍｍｏｌ / Ｌ ＭｇＣｌ２ꎬ ０􀆰 １ ｍｍｏｌ / Ｌ
ｄＮＴＰｓꎬ １􀆰 ０ μｍｏｌ / Ｌ引物ꎬ ０􀆰 ５ Ｕ Ｔａｑ ＤＮＡ 聚合
酶 (以上试剂均购自全式金生物技术有限公司)ꎮ
ＰＣＲ扩增是在 Ｂｉｏ￣Ｒａｄ ＭｙＣｙｃｌｅｒ Ｔｈｅｒｍａｌ ＰＣＲ仪
上进行ꎬ 反应程序为: ９４℃预变性 ５ ｍｉｎꎻ ９４℃变
性 ４５ ｓꎬ ４９℃ ~５６℃ (依引物而定)退火 ４５ ｓꎬ
７２℃延伸 ７０ ｓꎬ 共 ３５ 个循环ꎻ 最后 ７２℃延伸
１０ ｍｉｎꎮ ＰＣＲ扩增产物经 ８％非变性聚丙烯酰胺凝
胶电泳、 银染检测ꎮ 电泳在北京六一仪器厂生产的
ＤＹＹⅡ￣型垂直板电泳仪上进行ꎬ 电泳条件为 １８０ Ｖ、
２００ ｍＡ、 ３５ ｍｉｎꎮ
根据同一迁移位置扩增条带的有无ꎬ 按照“０”
和“ １”的记录方式读取数据于 Ｅｘｃｅｌ 中ꎬ 采用
ＮＴＳＹＳ￣ｐｃ２􀆰１ 软件按基于 Ｎｅｉ￣Ｌｉ 遗传相似系数
(ＧＳ)的 ＵＰＧＭＡ(Ｕｎｗｅｉｇｈｔｅｄ Ｐａｉｒ Ｇｒｏｕｐ Ｍｅｔｈｏｄ
ｗｉｔｈ Ａｒｉｔｈｍｅｔｉｃ Ｍｅａｎ)法进行聚类分析ꎬ 绘制不同
燕麦种质间的 ＵＰＧＭＡ聚类树状图ꎮ
１􀆰 ５　 ＰＣＲ产物回收与测序
从聚丙烯酰胺凝胶(ＰＡＧＥ)中回收扩增产物于
１􀆰 ５ ｍＬ离心管中ꎬ 洗涤后加入 １００ μＬ双蒸水ꎬ 再
用无菌玻璃棒碾碎凝胶ꎬ 水浴 ( ５０℃ ~ ６０℃)
３０ ｍｉｎ后离心ꎻ 取 １ μＬ 上清液作为模板进行 ＰＣＲ
检测ꎬ 反应条件同 １􀆰 ４ 中的引物筛选ꎻ ＰＣＲ 产物
经普通琼脂糖凝胶电泳分离ꎬ 采用快速琼脂糖凝胶
ＤＮＡ回收试剂盒 Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ Ｋｉｔ(康为世纪生
产)回收凝胶中的 ＰＣＲ 产物ꎬ 全式金生物技术有
限公司的 ｐＥＡＳＹ￣Ｔ１ Ｃｌｏｎｉｎｇ Ｋｉｔ 克隆目的 ＤＮＡꎬ
鉴定后的菌液送北京华大基因科技股份有限公司进
行测序ꎮ 测序结果用在线软件 Ｃｌｕｓｔａｌｗ２(ｈｔｔｐ: / /
ｗｗｗ􀆰 ｅｂｉ􀆰 ａｃ􀆰 ｕｋ / Ｔｏｏｌｓ / ｍｓａ / ｃｌｕｓｔａｌｗ２ / )进行多序
列比对分析ꎮ
２４２ 植 物 科 学 学 报 第 ３２卷　
２　 结果与分析
２􀆰 １　 燕麦 ＥＳＴ￣ＳＳＲ发掘及特征
２５３７６条 ＥＳＴ 序列经拼接并去冗余后进行
ＳＳＲ搜索ꎬ 排除含有 ＰｏｌｙＡ和 ｐｏｌｙＴ的序列后ꎬ 对
筛选出的 ５５６条 ＥＳＴ 序列利用在线软件 ＳＳＲＩＴ 查
找以 ２、 ３、 ４、 ５、 ６ 个核苷酸为重复基元的 ５ 种
ＳＳＲ类型ꎬ 共找到 ５９５个 ＳＳＲ位点ꎮ 由表 ２可知ꎬ
５５６条 ＥＳＴ 序列中ꎬ 有 ５１８ 条分别仅含有 １ 个
ＳＳＲ位点ꎬ 其余 ３８ 条序列中则分布有 ７７ 个 ＳＳＲ
位点ꎮ ５９５ 个 ＥＳＴ￣ＳＳＲ 中ꎬ 三核苷酸重复基元最
多 (３３１个)ꎬ 为 ５５􀆰 ６３％ꎻ 其次为二核苷酸重复基
元ꎬ 占 ３０􀆰 ５９％ꎮ ＥＳＴ序列总长度为 ７２３３ ｋｂꎬ 平
均每 １２􀆰１６ ｋｂ出现一个 ＳＳＲ位点ꎮ
表 ２　 燕麦 ＥＳＴ￣ＳＳＲ的类型和频率
Ｔａｂｌｅ ２　 Ｔｙｐｅｓ ａｎｄ ｆｒｅｑｕｅｎｃｉｅｓ ｏｆ ＥＳＴ￣ＳＳＲｓ ｉｎ ｏａｔ
项目 Ｉｔｅｍ 数量Ｎｕｍｂｅｒ
频率 (％)
Ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ
ＥＳＴ总数
Ｔｏｔａｌ ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ＥＳＴｓ ｓｅａｒｃｈｅｄ ２５３７６ －
具有 ＳＳＲ的 ＥＳＴ个数
Ｔｏｔａｌ ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ＥＳＴｓ ｗｉｔｈ ＳＳＲ ８１１ ３.２０
有单个 ＳＳＲ的 ＥＳＴ个数
Ｔｏｔａｌ ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ＥＳＴｓ ｗｉｔｈ ａ ｓｉｎｇｌｅ ＳＳＲ ５１８ ２.０４
有≥ ２个 ＳＳＲ的 ＥＳＴ个数
Ｔｏｔａｌ ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ＥＳＴｓ ｗｉｔｈ ≥ ２ ＳＳＲｓ ３８ ０.１５
重复基元类型
Ｒｅｐｅａｔ ｍｏｔｉｆ ｔｙｐｅ
单核苷酸
Ｍｏｎｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ４１ ６.８９
二核苷酸
Ｄｉｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ １８２ ３０.５９
三核苷酸
Ｔｒｉｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ３３１ ５５.６３
四核苷酸
Ｔｅｔｒａｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ３５ ５.８８
五核苷酸
Ｐｅｎｔａｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ １ ０.１７
六核苷酸
Ｈｅｘａｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ５ ０.８４
ＳＳＲ位点的总数
Ｔｏｔａｌ ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ＳＳＲｓ ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ ５９５ －
ＥＳＴ总长度
Ｔｏｔａｌ ｌｅｎｇｔｈ ｏｆ ＥＳＴｓ ｓｅａｒｃｈｅｄ (ｋｂ) ７２３３
ＳＳＲ位点的平均间隔长度
Ａｖｅｒａｇｅ ｉｎｔｅｒｖａｌ ｏｆ ＳＳＲｓ (ｋｂ) １２.１６
２􀆰 ２　 燕麦 ＥＳＴ￣ＳＳＲ引物开发及有效性验证
利用 Ｐｒｉｍｅｒ Ｐｒｅｍｉｅｒ ５􀆰 ０ 设计了 ５０ 对 ＥＳＴ￣
ＳＳＲ引物ꎬ 为检验这些引物的可用性ꎬ 选取 ５ 个
燕麦种质资源 (‘品燕 １ 号’、 ‘白燕 １１ 号’、
ＰＩ７１０５４、 ＣＮ４２５６、 ＣＮ２５９４２)的 ＤＮＡ 为模板进
行扩增ꎬ 结果表明ꎬ 有 ４０对 ＥＳＴ￣ＳＳＲ引物(表 ３)
在预期片段大小位置附近有扩增条带且为特异性扩
增(染色信号强、 条带清晰)ꎬ 扩增效率为 ８０％ꎮ
为进一步验证所开发 ＥＳＴ￣ＳＳＲ 标记的真实性ꎬ 随
机从 ４ 对引物 (ＡＭ８、 ＡＭ２８、 ＡＭ３３、 ＡＭ４０)的
ＰＡＧＥ凝胶上回收了 ２０ 条电泳片段ꎬ 并进行了测
序ꎬ 结果表明这些引物在 ５个燕麦种质资源中的多
态性的确是由 ＳＳＲ差异造成的(图 １)ꎻ ４０对 ＥＳＴ￣
ＳＳＲ引物扩增的等位基因实际片段大小均在其预
期片段大小上下变动ꎬ 如引物 ＡＭ３３在 ５个模板中
扩增的实际片段大小范围为 ３９８~４６６ ｂｐꎬ 是在其
预期片段大小 ４２６ ｂｐ上下变动ꎮ
２􀆰 ３　 燕麦 ＥＳＴ￣ＳＳＲ引物应用
为检测开发出的 ＥＳＴ￣ＳＳＲ引物在不同燕麦种
质间的可转移性及进行遗传多样性研究ꎬ 利用筛
选出的 ４０ 对引物对 １５ 个六倍体燕麦种质资源进
行了 ＰＣＲ扩增ꎬ 结果显示这些引物在 １５ 个供试
材料中均能有效扩增(图 ２)ꎬ 共扩增出 ８９ 个等
位基因ꎬ 平均每对引物产生 ２􀆰 ２３ 个等位基因ꎮ
通过ＵＰＧＭＡ聚类分析发现ꎬ １５ 个六倍体燕麦种
质资源基本上是按照不同种进行聚类的ꎬ 在相同
种中又根据地理来源分别聚集成支ꎮ 在相似性系
数阈值为 ０􀆰９３ 时ꎬ １５ 个供试材料聚为 ３ 类(图
３): ＧｒｏｕｐⅠ主要是由国内裸燕麦品种 (‘品燕 １
号’、 ‘宁莜 １ 号’、 ‘品燕 ２ 号’、 ‘白燕 １１ 号’、
‘白燕 ２号’和 ９４０６￣１)和普通栽培燕麦(ＰＩ７１０５４、
ＰＩ７１０５５、 ＰＩ８０２２２) 组成ꎬ 这些种质分别属于
Ａ􀆰 ｎｕｄａ Ｌ. 和 Ａ􀆰 ｓａｔｉｖａꎻ ＧｒｏｕｐⅡ由普通野燕麦
(Ａ􀆰 ｆａｔｕａ)ＣＮ３４５１、 ＣＮ３４７６、 ＣＮ４２４８ 和 ＣＮ４２５６
聚在一起ꎻ ＧｒｏｕｐⅢ为 Ａ􀆰 ｏｃｃｉｄｅｎｔａｌｉｓ 类西方燕麦
(野生种)ꎬ 由 ＣＮ４５４７ 和 ＣＮ２５９４２ 组成(图 ３)ꎮ
以上结果表明ꎬ 本实验开发的 ４０对 ＥＳＴ￣ＳＳＲ引物
可在不同燕麦种间进行转移ꎬ 也可较好地用于燕麦
遗传多样性分析ꎮ
３４２　 第 ３期　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 郭红媛等: 燕麦 ＥＳＴ￣ＳＳＲ标记的开发和利用
表 ３　 ４０个微卫星标记的特征
Ｔａｂｌｅ ３　 Ｓｕｍｍａｒｙ ｏｆ ４０ ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ ｍａｒｋｅｒｓ
引物
Ｐｒｉｍｅｒ
ＧｅｎＢａｎｋ序列号
ＧｅｎＢａｎｋ Ｎｏ.
重复基元
Ｒｅｐｅａｔ ｍｏｔｉｆ
引物序列(５’→ ３’)
Ｐｒｉｍｅｒ ｓｅｑｕｅｎｃｅ
退火温度
Ｔｍ (℃)
预期片段大小
Ｓｉｚｅ ｏｆ ｅｘｐｅｃｔｅｄ
ｐｒｏｄｕｃｔ (ｂｐ)
ＡＭ１ ＧＯ５９０１１６.１ (ＡＧ) １１
５’ ￣ＡＴＡＧＡＧＧＣＣＡＡＧＧＣＧＡＧＡＡ￣３’
５’ ￣ＴＧＧＴＧＣＧＡＧＧＣＡＧＡＧＴＡＧ￣３’ ５４.８ ２９２
ＡＭ２ ＧＯ５８７５７９.１ (ＧＡ) １１
５’ ￣ＡＧＧＣＡＧＡＡＣＡＧＡＡＣＡＡＧＴＧＣ￣３’
５’ ￣ＧＡＡＧＴＣＡＡＴＣＡＣＣＡＣＣＡＧＣＴ￣３’ ５５.５ ４５９
ＡＭ３ ＧＯ５９６９８５.１ (ＴＣ) １３
５’ ￣ＧＡＣＴＣＧＴＧＣＧＴＣＣＡＣＴＧＧＴＣＡＧＡＧＧ￣３’
５’ ￣ＧＧＴＣＧＴＡＧＣＡＧＴＣＧＴＣＣＴＣ￣３’ ５７.９ ３４３
ＡＭ４ ＧＯ５９７８４８.１ (ＣＴ) １６
５’ ￣ＴＴＣＣＣＣＡＴＣＡＣＣＧＴＧＣＣＣ￣３’
５’ ￣ＧＣＴＴＴＣＡＣＴＧＣＧＧＴＴＣＴＣ￣３’ ５４.０ ４１１
ＡＭ５ ＧＯ５９１２８１.１ (ＧＡ) １６
５’ ￣ＣＣＴＴＣＧＣＴＴＣＴＣＣＧＡＴＴＴ￣３’
５’ ￣ＣＣＴＴＧＧＡＣＧＴＴＧＴＴＧＡＧＣ￣３’ ５３.０ ４６７
ＡＭ６ ＧＯ５９６２４５.１ (ＡＧ) １９
５’ ￣ＣＡＡＧＡＡＡＡＴＴＡＴＡＣＡＡＡＣＡＡＡＡＣＡＡ￣３’
５’ ￣ＴＴＧＴＴＴＴＧＴＴＴＧＴＡＴＡＡＴＴＴＴＣＴＴＧ￣３’ ４９.２ ６３９
ＡＭ７ ＣＮ８１６３１１.１ (ＴＣ) ２５
５’ ￣ＧＡＧＡＡＧＧＣＧＴＧＣＣＡＧＴＡＣ￣３’
５’ ￣ＣＣＧＧＣＧＡＴＡＡＴＡＣＡＡＡＧＣ￣３’ ５０.２ ２１１
ＡＭ８ ＣＮ８１６３４５.１ (ＧＡ) ３０
５’ ￣ＡＡＡＣＣＣＴＡＣＴＴＣＣＴＧＣＴＴ￣３’
５’ ￣ＧＡＡＧＡＧＧＴＡＣＡＣＣＧＡＧＡＡ￣３’ ５０.５ ４７７
ＡＭ９ ＣＮ８１９１５５.１ (ＣＡＧ) ５
５’ ￣ＴＡＧＡＧＧＧＴＡＡＴＡＴＧＧＴＴＧＧ￣３’
５’ ￣ＣＴＴＣＡＴＴＣＡＴＴＣＧＧＣＡＧＴ￣３’ ５０.４ ４２７
ＡＭ１０ ＧＯ５９７５２５.１ (ＴＣＣ) ５
５’ ￣ＧＧＧＣＣＴＣＴＧＣＣＴＡＧＴＴＣＧＣＣＡＣＣＡＣ￣３’
５’ ￣ＴＣＡＣＣＧＴＣＡＧＣＣＡＴＴＴＧＡＴ￣３’ ５６.２ １５７
ＡＭ１１ ＧＯ５８１４５６.１ (ＧＣＡ) ６
５’ ￣ＴＧＴＡＣＡＡＣＡＡＧＡＡＣＡＡＣＣＡＴ￣３’
５’ ￣ＡＧＴＧＧＣＴＧＧＡＧＡＡＡＣＡＴＴ￣３’ ４６.３ １６７
ＡＭ１２ ＧＯ５８２３０８.１ (ＧＣＣ) ７
５’ ￣ＡＡＴＡＡＴＡＴＧＧＣＧＴＣＣＡＡＣＴＣ￣３’
５’ ￣ＴＡＴＴＣＴＧＧＣＧＡＡＧＴＣＣＣＴ￣３’ ５６.０ ３６９
ＡＭ１３ ＧＯ５９０７３４.１ (ＣＧＧ) ７
５’ ￣ＧＡＣＡＣＣＡＧＣＴＡＡＡＴＧＴＡＣＴＧＡ￣３’
５’ ￣ＡＡＣＣＴＧＴＣＴＴＣＡＴＧＣＣＴＣ￣３’ ５４.９ ３００
ＡＭ１４ ＧＯ５９０７７３.１ (ＧＧＡ) ７
５’ ￣ＣＴＣＧＣＣＴＴＴＣＣＡＡＣＣＣＡＴ￣３’
５’ ￣ＣＣＴＴＧＡＡＴＣＴＣＣＧＣＴＣＡＣＣ￣３’ ５６.６ ４１１
ＡＭ１５ ＧＯ５９６４４３.１ (ＣＣＧ) ８
５’ ￣ＡＡＧＡＡＣＣＧＡＴＴＣＡＣＴＡＣＧＡ￣３’
５’ ￣ＡＡＡＴＣＴＴＴＣＡＣＧＣＣＡＧＴＡＧ￣３’ ５２.７ １４３
ＡＭ１６ ＧＯ５９７１２６.１ (ＣＡＧ) ８
５’ ￣ＣＴＣＡＡＴＣＧＧＣＡＡＡＣＴＡＡＴＣＧ￣３’
５’ ￣ＣＡＧＣＣＣＧＴＴＣＴＧＣＴＣＧＴＡ￣３’ ５７.１ ４９３
ＡＭ１７ ＧＯ５９２２８７.１ (ＡＡＧ) ８
５’ ￣ＣＧＴＧＣＣＣＡＡＧＴＣＧＴＧＡＴＴ￣３’
５’ ￣ＡＣＴＣＧＴＣＣＴＧＣＴＣＧＴＣＣＣＴ￣３’ ５３.７ ２３９
ＡＭ１８ ＧＯ５９３３７１.１ (ＡＧＧ) ８
５’ ￣ＧＣＴＣＣＡＴＴＴＣＣＡＴＴＣＣＧＣＡＣＡＡＣＡＣ￣３’
５’ ￣ＴＴＣＣＧＣＣＡＡＧＣＡＴＣＡＴＣＴ￣３’ ５８.０ ４２５
ＡＭ１９ ＧＯ５８５８０９.１ (ＣＴＧ) ９
５’ ￣ＧＣＧＡＧＴＧＡＧＴＴＴＴＡＴＧＴＡＴＧＣＣＧＡＴ￣３’
５’ ￣ＡＡＡＴＣＡＡＧＣＡＧＡＡＡＣＣＣＴＣ￣３’ ５２.０ １３９
ＡＭ２０ ＧＯ５９４０２９.１ (ＧＴＧ) ９
５’ ￣ＴＴＣＡＴＣＧＴＴＧＣＴＣＡＴＧＧＧＴＴ￣３’
５’ ￣ＣＧＡＡＧＴＡＧＧＡＣＴＣＧＣＣＧＴＡＧ￣３’ ５６.７ ２４８
ＡＭ２１ ＣＮ８２１４５７.１ (ＴＧＴ) ９
５’ ￣ＧＡＡＧＧＧＡＧＡＡＧＡＧＧＴＧＴＴ￣３’
５’ ￣ＡＴＴＧＧＴＧＣＴＡＧＴＡＣＡＧＧＴＴ￣３’ ４９.６ ３８２
ＡＭ２２ ＧＯ５９６７８５.１ (ＴＧＣ) ９
５’ ￣ＡＡＡＧＡＡＧＧＣＴＣＡＡＧＧＡＣＣ￣３’
５’ ￣ＣＡＧＣＡＡＡＡＧＴＴＡＣＡＴＣＡＡＣＡＧ￣３’ ５３.０ ４５４
ＡＭ２３ ＧＯ５９６１２０.１ (ＣＴＴ) １１
５’ ￣ＧＡＧＧＡＡＡＧＣＴＣＣＡＧＡＣＧＧ￣３’
５’ ￣ＣＡＡＡＣＧＡＡＧＣＧＡＣＡＡＴＣＣ￣３’ ５４.５ ４１２
ＡＭ２４ ＣＮ８２０６６８.１ (ＣＴＣ) １１
５’ ￣ＴＣＣＴＣＣＡＧＧＡＴＧＴＧＡＣＴＣ￣３’
５’ ￣ＧＣＣＡＣＧＡＡＡＴＧＧＴＡＡＣＴＡＧ￣３’ ５０.０ ２４５
４４２ 植 物 科 学 学 报 第 ３２卷　
　 续表 ３
引物
Ｐｒｉｍｅｒ
ＧｅｎＢａｎｋ序列号
ＧｅｎＢａｎｋ Ｎｏ.
重复基元
Ｒｅｐｅａｔ ｍｏｔｉｆ
引物序列(５’→ ３’) 　 　 　 　
Ｐｒｉｍｅｒ ｓｅｑｕｅｎｃｅ　 　 　 　
退火温度
Ｔｍ (℃)
预期片段大小
Ｓｉｚｅ ｏｆ ｅｘｐｅｃｔｅｄ
ｐｒｏｄｕｃｔ (ｂｐ)
ＡＭ２５ ＧＯ５９７２８６.１ (ＣＴＴ) １０
５’ ￣ＣＣＴＣＣＴＧＣＧＡＡＧＡＡＧＡＣＣ￣３’
５’ ￣ＧＧＣＡＴＧＡＡＣＧＧＴＧＡＡＣＡＡ￣３’ ５１.５ ４３６
ＡＭ２６ ＣＮ８１９１３９.１ (ＡＧＴ) １５
５’ ￣ＴＣＴＧＣＡＴＴＣＧＣＣＡＧＴＡＡＡ￣３’
５’ ￣ＡＧＣＡＣＡＡＣＡＣＣＡＡＣＣＡＣＣ￣３’ ５０.４ ２１９
ＡＭ２７ ＣＮ８１５０７７.１ (ＧＧＡ) １６
５’ ￣ＧＧＧＡＧＴＴＣＧＡＣＴＴＣＴＧＣＴ￣３’
５’ ￣ＡＧＡＣＡＣＴＧＣＧＧＴＧＧＴＴＧＴ￣３’ ５３.０ ３２２
ＡＭ２８ ＣＮ８１７１４６.１ (ＴＡＣ) １８
５’ ￣ＣＧＡＧＧＡＡＡＣＣＣＡＴＣＡＣＣＡ￣３’
５’ ￣ＧＡＧＣＣＧＡＣＡＣＣＡＧＣＡＡＣＴ￣３’ ５１.８ ４４３
ＡＭ２９ ＣＮ８１７７４９.１ (ＡＡＧＡ) ６
５’ ￣ＴＧＡＡＧＧＡＡＣＧＧＡＡＡＴＣＴＧ￣３’
５’ ￣ＣＣＡＴＴＣＧＣＣＴＣＡＡＣＣＡＣＣ￣３’ ４９.１ １７４
ＡＭ３０ ＣＮ８２１０９２.１ (ＡＧＡＴ) ８
５’ ￣ＧＣＣＡＣＣＣＡＡＴＣＡＧＴＴＣＣＡ￣３’
５’ ￣ＡＴＧＣＣＡＴＣＧＣＴＣＣＣＡＧＡＣ￣３’ ５２.１ ２７０
ＡＭ３１ ＣＮ８１５７４２.１ (ＧＴＡＴ) １０
５’ ￣ＣＡＡＡＣＡＧＣＡＡＣＴＣＧＴＣＡＡ￣３’
５’ ￣ＴＴＴＡＣＡＴＧＣＡＴＣＧＧＧＴＡＣ￣３’ ４８.４ ２４５
ＡＭ３１ ＣＮ８１５９７０.１ (ＧＣＡＧ) ５
５’ ￣ＴＣＴＣＣＴＡＣＴＣＣＴＣＣＴＣＣＣ￣３’
５’ ￣ＣＡＣＣＣＴＧＡＡＧＴＣＴＧＴＣＧＴ￣３’ ５３.３ ２１２
ＡＭ３３ ＣＮ８１４８９４.１ (ＴＡＴＧ) １８
５’ ￣ＧＧＡＡＡＣＣＣＡＡＣＴＡＣＴＧＡＴ￣３’
５’ ￣ＡＧＣＡＴＡＣＣＡＡＣＴＣＧＡＡＡＣ￣３’ ４７.８ ４２６
ＡＭ３４ ＣＮ８２１６７３.１ (ＣＴＡＣＣＧ) ６
５’ ￣ＡＣＧＡＧＧＣＧＴＡＧＴＡＧＡＴＡＣＣＧ￣３’
５’ ￣ＴＧＣＴＴＴＣＡＧＣＧＣＡＣＡＡＡＴ￣３’ ５２.９ ３１７
ＡＭ３５ ＧＯ５９０３１７.１ (ＣＴＣＴＣＧ) ５
５’ ￣ＧＧＴＡＣＴＡＧＣＡＡＡＡＣＡＡＧＣＴＣＴＣＧＡＣ￣３’
５’ ￣ＣＡＧＣＣＴＣＡＡＣＡＡＧＣＧＡＴＧ￣３’ ５５.３ ４７８
ＡＭ３６ ＧＯ５８７４４１.１ (ＣＡ) ６(ＣＡＣ) ９
５’ ￣ＣＣＡＣＴＣＣＧＡＴＣＣＡＧＣＡＣＡ￣３’
５’ ￣ＧＣＡＡＴＣＴＣＣＡＡＧＣＧＴＣＣＣ￣３’ ５８.２ ２００
ＡＭ３７ ＧＯ５８９４３６.１ (ＧＣＴ) ５(ＧＣＧ) ６
５’ ￣ＣＣＣＣＡＡＴＣＴＣＡＧＡＣＣＣＴＣＣ￣３’
５’ ￣ＴＣＡＧＣＧＧＣＡＣＡＧＣＴＡＡＣＧ￣３’ ５８.３ ３４７
ＡＭ３８ ＧＯ５８８４７５.１ (ＣＡ) ７(ＣＡＣ) ９
５’ ￣ＣＣＡＣＴＣＣＧＡＴＣＣＡＧＣＡＣＡ￣３’
５’ ￣ＧＣＡＡＴＣＴＣＣＡＡＧＣＧＴＣＣＣ￣３’ ５８.１ ２０２
ＡＭ３９ ＧＯ５９４８９０.１ (ＡＧＧ) ６(ＡＧＣ) ５
５’ ￣ＣＧＣＡＡＣＧＴＣＧＴＣＡＡＣＡＧＣ￣３’
５’ ￣ＣＣＴＣＡＧＡＴＧＧＣＡＣＣＴＣＡＴＴ￣３’ ５５.４ ３８２
ＡＭ４０ ＧＯ５９０７８２.１ (ＡＣ) １７(ＡＧ) ９
５’ ￣ＴＧＣＴＴＣＴＣＣＧＣＣＣＡＴＡＡＡＣＴ￣３’
５’ ￣ＴＡＴＧＡＴＡＡＣＣＧＴＴＣＣＣＴＧＡＣ￣３’ ５２.２ ２５１
　 　 此外ꎬ 利用 ４０ 对 ＥＳＴ￣ＳＳＲ 引物对收集到的
３１个燕麦种质资源(除 ＰＩ３９１４１７ 和 ＣＩａｖ２５１３ 外ꎬ
其余材料遗传背景不清)进行 ＰＣＲ 扩增分析ꎬ 所
有引物均可扩增出清晰带型ꎬ 重复性也较好(图
４)ꎮ 通过等位基因位点的统计和聚类分析ꎬ 结果
显示在相似性系数阈值为 ０􀆰 ７２处ꎬ ３１个燕麦种质
资源大致聚为 ３ 类(图 ５)ꎬ 其中 ＹＭ１(ＰＩ３９１４１７)
和 ＹＭ４ 聚为一组 (分支Ⅰ)ꎻ ＹＭ２ (ＣＩａｖ２５１３)、
ＹＭ６、 ＹＭ７、 ＹＭ１２和 ＹＭ１３ 聚为一组(分支Ⅲ)ꎻ
其余燕麦种质资源聚为一类(分支Ⅱ)ꎮ 根据六倍
体燕麦种质的遗传多样性图谱分析认为ꎬ 分支Ⅱ可
能是由六倍体燕麦种质资源构成的ꎻ 由 ＰＩ３９１４１７
和 ＣＩａｖ２５１３的基因组倍性[分别为四倍体(ＡＢ)和
二倍体(Ａｓ)]推测ꎬ 分支Ⅰ中燕麦种质资源基因组
倍性可能为四倍体ꎬ 而分支Ⅲ可能由二倍体燕麦种
质组成ꎮ
３　 讨论
ＥＳＴ￣ＳＳＲ引物的开发是对大量 ＥＳＴ 序列信息
的进一步利用ꎬ 且具有开发费用低ꎬ 省时省力等特
点ꎮ 本研究表明ꎬ 燕麦公共数据库中的 ＥＳＴ 是开
发 ＳＳＲ引物的理想资源ꎬ 具 ＳＳＲ位点的 ＥＳＴ序列
占总 Ｕｎｉｇｅｎｅ 的比例为 ３􀆰 ２％ꎬ 与亚麻[２９]中的比
例 (３􀆰 ５％)相似ꎬ 高于大麦[１９](２􀆰 ８％)ꎬ 而低于小
麦[３０](７􀆰 ４１％)ꎮ 在 ＳＳＲ的重复基元类型上ꎬ 三核
苷酸重复基元最多(３３１个)ꎬ 占全部重复基元类型
５４２　 第 ３期　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 郭红媛等: 燕麦 ＥＳＴ￣ＳＳＲ标记的开发和利用
‘Pinyan 1’
‘Pinyan 1’
‘Pinyan 1’
‘Pinyan 1’
‘Pinyan 1’
‘Pinyan 1’
‘Pinyan 1’
‘Pinyan 1’
PI71054
PI71054
PI71054
PI71054
PI71054
PI71054
PI71054
PI71054
‘Baiyan 11’
‘Baiyan 11’
‘Baiyan 11’
‘Baiyan 11’
‘Baiyan 11’
‘Baiyan 11’
‘Baiyan 11’
‘Baiyan 11’
CN4256
CN4256
CN4256
CN4256
CN4256
CN4256
CN4256
CN4256
CN25942
CN25942
CN25942
CN25942
CN25942
CN25942
CN25942
CN25942
1
1
1
1
1
61
61
61
61
61
121
121
121
121
121
181
181
181
181
181
241
241
241
241
241
301
301
301
301
301
361
361
361
361
361
382
398
410
421
421
图 １　 引物 ＡＭ３３在 ５个燕麦种质中扩增片段的 Ｃｌｕｓｔａｌｗ比对结果
Ｆｉｇ􀆰 １　 Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ ｒｅｓｕｌｔｓ ｏｆ ＡＭ３３ ａｍｐｌｉｆｉｅｄ ｐｒｏｄｕｃｔｓ ｉｎ ｆｉｖｅ ｏａｔ ｇｅｒｍｐｌａｓｍ ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ
M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
500
400
bp
图 ２　 引物 ＡＭ３３在不同燕麦种质资源间扩增的多态性
Ｆｉｇ􀆰 ２　 Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ ｉｎ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ ｏａｔ ｇｅｒｍｐｌａｓｍ
ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ ｂｙ ｐｒｉｍｅｒ ＡＭ３３
的 ５５􀆰 ６３％ꎬ 这与其他作物如大麦、 水稻和小麦一
致[３１]ꎮ 对 ＥＳＴ￣ＳＳＲ的分布频率统计表明ꎬ 燕麦中
平均 １２􀆰１６ ｋｂ会出现一个 ＳＳＲ位点ꎬ 此结果低于
辣椒[３２](３􀆰 ８ ｋｂ)和咖啡[３３](７􀆰 ７３ ｋｂ)ꎬ 这可能是
由于统计标准和搜索 ＥＳＴ￣ＳＳＲ 的标准不同所造成
的ꎬ 因为在水稻中按照 Ｇａｏ 等[３４]的统计标准平均
１１􀆰 ８ ｋｂ出现一个 ＳＳＲꎬ 而按照 Ｃａｒｄｅｌ 等[３５]的统
计标准平均 ３􀆰 ４ ｋｂ出现一个 ＳＳＲꎮ
６４２ 植 物 科 学 学 报 第 ３２卷　
图 ３　 基于 Ｄｉｃｅ相似性系数(０􀆰 ９３)构建的 １５个燕麦种质间的 ＵＰＧＭＡ聚类树状图
Ｆｉｇ􀆰 ３　 ＵＰＧＭＡ ｄｅｎｄｒｏｇｒａｍ ｏｆ ｇｅｎｅｔｉｃ ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓ ｏｆ １５ ｏａｔ ｖａｒｉｅｔｉｅｓ ｂａｓｅｄ ｏｎ ｔｈｅ Ｄｉｃｅ ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ ｃｏｅｆｆｉｃｉｅｎｔ ｏｆ ０􀆰 ９３
M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31
500
400
bp
图 ４　 引物 ＡＭ３３对 ３１个燕麦种质资源扩增的多态性
Ｆｉｇ􀆰 ４　 Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ ｉｎ ３１ ｏａｔ ｇｅｒｍｐｌａｓｍ ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ ｂｙ ＡＭ３３
YM1
YM4
YM3
YM22
YM28
YM19
YM21
YM23
YM14
YM26
YM30
YM15
YM24
YM29
YM27
YM20
YM25
YM31
YM17
YM5
YM8
YM9
YM10
YM16
YM18
YM11
YM2
YM12
YM13
YM6
YM7
0.67 0.72 0.77 0.81 0.86 0.91 0.95 1.00
Coefficient
Ⅱ
Ⅲ
Ⅰ}
图 ５　 基于 Ｄｉｃｅ相似性系数(０􀆰 ７２)构建的 ３１个燕麦种质的 ＵＰＧＭＡ聚类树状图
Ｆｉｇ􀆰 ５　 ＵＰＧＭＡ ｄｅｎｄｒｏｇｒａｍ ｏｆ ｇｅｎｅｔｉｃ ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓ ｏｆ ３１ ｏａｔ ｂａｓｅｄ ｏｎ ｔｈｅ Ｄｉｃｅ ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ ｃｏｅｆｆｉｃｉｅｎｔ ｏｆ ０􀆰 ７２
７４２　 第 ３期　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 郭红媛等: 燕麦 ＥＳＴ￣ＳＳＲ标记的开发和利用
　 　 ＥＳＴ￣ＳＳＲ 在物种间的转移性要高于基因组
ＳＳＲ[３６]ꎬ 这可能是因为 ＥＳＴ￣ＳＳＲ 来源于功能基因
的转录部分ꎬ 这部分序列通常是非常保守的[３７]ꎬ
这为研究种间的群体遗传提供了很好的工具[１４]ꎮ
本研究利用六倍体燕麦的 ４ 个种 (Ａ􀆰 ｎｕｄａ Ｌ.、
Ａ􀆰 ｓａｔｉｖａ、 Ａ􀆰 ｆａｔｕａ和 Ａ􀆰 ｏｃｃｉｄｅｎｔａｌｉｓ)对开发的 ４０
对引物的可转移性作了检测与测序验证ꎬ 结果发现
扩增出的特异性条带的确是由 ＳＳＲ 差异导致的ꎬ
４０对引物均可在这 ４ 个种中高效扩增(图 ２)ꎮ 另
外ꎬ 在一些物种研究中也发现 ＥＳＴ￣ＳＳＲ 可以在属
内种间进行转移[２９ꎬ３８]ꎮ 本研究还对收集的 ３１ 个遗
传背景不清的燕麦种质资源进行了 ＥＳＴ￣ＳＳＲ 扩增
(图 ４)ꎬ 发现其遗传多样性要远高于本实验中的 ４
个六倍体燕麦种ꎬ 且在基因组为 ＡＢ(ＰＩ３９１４１７)和
Ａｓ(ＣＩａｖ２５１３)的燕麦种质中也具有较好的多态性ꎮ
由于有些试材遗传背景不清楚ꎬ 我们根据六倍体燕
麦遗传多样性图谱分析并结合 ３１ 个燕麦种质的聚
类结果ꎬ 推测 ３１个试材中多数可能为经过杂交育
种而未准确鉴定的六倍体燕麦ꎬ 同时试材中也可能
存在一些非六倍体的燕麦种质资源ꎬ 所以仅推测收
集的 ３１ 个燕麦种质资源中可能有其他倍性的燕
麦ꎬ 如二倍体和四倍体ꎮ 故本实验开发的燕麦
ＥＳＴ￣ＳＳＲ能区分不同基因组倍性的燕麦种质资源ꎬ
然而由于四倍体和二倍体试材较少ꎬ 具体为哪种基
因组倍性还需进一步验证ꎮ
燕麦属物种较多ꎬ 全世界约 ２９ 个种ꎬ 其中六
倍体 燕 麦 有 Ａ􀆰 ｆａｔｕａ、 Ａ􀆰 ｎｕｄａ、 Ａ􀆰 ｏｃｃｉｄｅｎｔａｌｉｓ、
Ａ􀆰 ｓａｔｉｖａ、 Ａ􀆰 ｓｔｅｒｉｌｉｓ[３９]ꎮ 本研究利用新开发的 ４０
对燕麦 ＥＳＴ￣ＳＳＲ 引物对六倍体燕麦的 ４ 个种
Ａ􀆰 ｎｕｄａ、 Ａ􀆰 ｆａｔｕａ、 Ａ􀆰 ｏｃｃｉｄｅｎｔａｌｉｓ 和 Ａ􀆰 ｓａｔｉｖａ 的
遗传多样性进行了分析ꎬ ＵＰＧＭＡ 聚类结果显示ꎬ
根据种的不同可将 １５ 个燕麦种质分为 ３ 类ꎻ 在 ４
个 Ａ􀆰 ｆａｔｕａ种质中又因地域分布的差异分别聚为 ２
小支ꎻ 在 ９ 个 Ａ􀆰 ｎｕｄａ 和 Ａ􀆰 ｓａｔｉｖａ 种质中也基本
遵循因地域相近而聚到一起的规律(图 ３)ꎮ 但由中
国吉林省白城市农业科学院选育的‘白燕 ２ 号’和
‘白燕 １１ 号’与同样来自于中国山西的‘品燕 １
号’、 ‘品燕 ２号’和中国宁夏的‘宁莜 １号’遗传距
离较远(图 ３)ꎬ 通过对‘白燕 ２号’和‘白燕 １１号’
的系谱分析发现ꎬ 这 ２个品种都是以加拿大引入的
燕麦材料选育而成ꎬ 如‘白燕 ２ 号’以加拿大引入
的燕麦 Ｆ４代(编号为 Ｂ０７０４６)材料为基础经系谱
法选育而成ꎻ ‘白燕 １１ 号’以 ２００２ＶＢ 为父本、
‘白燕 ２ 号 ’ 为母本杂交并经系谱法选育而
成[４０－４４]ꎬ 故本实验 ＵＰＧＭＡ 聚类分析结果说明新
开发的 ４０对 ＥＳＴ￣ＳＳＲ引物可用于燕麦遗传多样性
研究ꎮ
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ｆｏｒ ｇｒａｉｎ ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ｑｕａｌｉｔｙ ｔｒａｉｔｓ ｉｎ ａ ｗｈｉｔｅ ｏａｔ ｄｉａｌ￣
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Ｗｏｌｔｅｒｓ ＷＲ. Ａ ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ￣ｂａｓｅｄ ｇｅｎｅｔｉｃ ｌｉｎｋａｇｅ
ｍａｐ ｆｏｒ ｃｈａｎｎｅｌ ｃａｔｆｉｓｈꎬ Ｉｃｔａｌｕｒｕｓ ｐｕｎｃｔａｔｕｓ[ Ｊ] .
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ｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ａｎｄ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ
ｍａｒｋｅｒｓ ｆｏｒ ｇｅｎｅｔｉｃ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ａ Ｂｒａｚｉｌｉａｎ ｅｎｄａｎ￣
ｇｅｒｅｄ ｔｒｅｅ ｓｐｅｃｉｅｓ Ｃａｒｙｏｃａｒ ｂｒａｓｉｌｉｅｎｓｅ[ Ｊ] . Ｈｅ￣
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Ｔꎬ Ｃｈａｎｄｒａ Ｓꎬ Ｈｏｉｓｉｎｇｔｏｎ ＤＡꎬ Ｖａｒｓｈｎｅｙ ＲＫ. Ａ
ｄａｔａｂａｓｅ ｏｆ ｓｉｍｐｌｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｒｅｐｅａｔｓ ｆｒｏｍ ｃｅｒｅａｌ
ａｎｄ ｌｅｇｕｍｅ ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｔａｇｓ ｍｉｎｅｄ ｉｎ
ｓｉｌｉｃｏ: ｓｕｒｖｅｙ ａｎｄ ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ [ Ｊ] . Ｉｎ Ｓｉｌｉｃｏ Ｂｉｏｌꎬ
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Ｃꎬ Ｊａｙａｓｈｒｅｅ Ｂꎬ Ｆｏｌｋｅｒｔｓｍａ ＲＴꎬ Ａｎａｎｄａ Ｒｅｄｄｙ
Ｌꎬ Ｋｕｒｕｖｉｎａｓｈｅｔｔｉ ＭＳꎬ Ｈａｕｓｓｍａｎｎ ＢＩＧꎬ Ｈａｓｈ ＣＴ.
Ｅｘｐｌｏｉｔｉｎｇ ｒｉｃｅ￣ｓｏｒｇｈｕｍ ｓｙｎｔｅｎｙ ｆｏｒ ｔａｒｇｅｔｅｄ ｄｅｖｅｌ￣
ｏｐｍｅｎｔ ｏｆ ＥＳＴ￣ＳＳＲｓ ｔｏ ｅｎｒｉｃｈ ｔｈｅ ｓｏｒｇｈｕｍ ｇｅｎｅ￣
ｔｉｃ ｌｉｎｋａｇｅ ｍａｐ[Ｊ] . Ｔｈｅｏｒ Ａｐｐｌ Ｇｅｎｅｔꎬ ２００９ꎬ １１９
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Ｒｅｄｄｙ Ｒꎬ Ｍｕｒａｌｉ Ｍｏｈａｎ Ｓꎬ Ｓｅｅｔｈａｒａｍａ Ｎ. Ｉｄｅｎｔｉｆｉ￣
ｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ ｔｒａｉｔ ｌｏｃｉ ｆｏｒ ａｇｒｏｎｏｍｉｃａｌｌｙ ｉｍ￣
ｐｏｒｔａｎｔ ｔｒａｉｔｓ ａｎｄ ｔｈｅｉｒ ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ｗｉｔｈ ｇｅｎｉｃ￣ｍｉｃ￣
ｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ ｍａｒｋｅｒｓ ｉｎ ｓｏｒｇｈｕｍ [ Ｊ ] . Ｔｈｅｏｒ Ａｐｐｌ
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Ｇｉｌｌ Ｂꎬ Ｓｏｒｒｅｌｌｓ ＭＥ. Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ａｎｄ ｍａｐｐｉｎｇ ｏｆ
ＥＳＴ￣ｄｅｒｉｖｅｄ ｓｉｍｐｌｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｒｅｐｅａｔ ｍａｒｋｅｒｓ ｆｏｒ
ｈｅｘａｐｌｏｉｄ ｗｈｅａｔ [ Ｊ] . Ｇｅｎｏｍｅꎬ ２００４ꎬ ４７ ( ５ ):
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[１８] 　 Ｔｈｉｅｌ Ｔꎬ Ｍｉｃｈａｌｅｋ Ｗꎬ Ｖａｒｓｈｎｅｙ Ｒꎬ Ｇｒａｎｅｒ Ａ. Ｅｘ￣
ｐｌｏｉｔｉｎｇ ＥＳＴ ｄａｔａｂａｓｅｓ ｆｏｒ ｔｈｅ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ａｎｄ
ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｇｅｎｅ￣ｄｅｒｉｖｅｄ ＳＳＲ￣ｍａｒｋｅｒｓ ｉｎ
ｂａｒｌｅｙ ( Ｈｏｒｄｅｕｍ ｖｕｌｇａｒｅ Ｌ.) [ Ｊ ] . Ｔｈｅｏｒ Ａｐｐｌ
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[１９] 　 Ｖａｒｓｈｎｅｙ ＲＫꎬ Ｇｒｏｓｓｅ Ｉꎬ Ｈａｈｎｅｌ Ｕꎬ Ｓｉｅｆｋｅｎ Ｒꎬ
Ｐｒａｓａｄ Ｍꎬ Ｓｔｅｉｎ Ｎꎬ Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ Ｐꎬ Ａｌｔｓｃｈｍｉｅｄ Ｌꎬ
Ｇｒａｎｅｒ Ａ. Ｇｅｎｅｔｉｃ ｍａｐｐｉｎｇ ａｎｄ ＢＡＣ ａｓｓｉｇｎｍｅｎｔ
ｏｆ ＥＳＴ￣ｄｅｒｉｖｅｄ ＳＳＲ ｍａｒｋｅｒｓ ｓｈｏｗｓ ｎｏｎ￣ｕｎｉｆｏｒｍ
ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ｏｆ ｇｅｎｅｓ ｉｎ ｔｈｅ ｂａｒｌｅｙ ｇｅｎｏｍｅ [ Ｊ] .
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ＭｃＣｏｕｃｈ ＳＲꎬ Ｐａｒｋ ＷＤꎬ Ａｙｒｅｓ Ｎꎬ Ｃａｒｔｉｎｈｏｕｒ Ｓ.
Ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅｓ ｄｅｒｉｖｅｄ ｆｒｏｍ ｇｅｎｏｍｉｃ ｌｉ￣
ｂｒａｒｉｅｓ ａｎｄ ＧｅｎＢａｎｋ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｉｎ ｒｉｃｅ(Ｏｒｙｚａ ｓａ￣
ｔｉｖａ Ｌ.) [ Ｊ] . Ｔｈｅｏｒ Ａｐｐｌ Ｇｅｎｅｔꎬ ２０００ꎬ １００ (５):
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[２１] 　 Ｇｕｐｔａ ＰＫꎬ Ｒｕｓｔｇｉ Ｓꎬ Ｓｈａｒｍａ Ｓꎬ Ｓｉｎｇｈ Ｒꎬ Ｋｕｍａｒ
Ｎꎬ Ｂａｌｙａｎ ＨＳ. Ｔｒａｎｓｆｅｒａｂｌｅ ＥＳＴ￣ＳＳＲ ｍａｒｋｅｒｓ ｆｏｒ
ｔｈｅ ｓｔｕｄｙ ｏｆ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ａｎｄ ｇｅｎｅｔｉｃ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ｉｎ
ｂｒｅａｄ ｗｈｅａｔ[Ｊ] . Ｍｏｌ Ｇｅｎｅｔ Ｇｅｎｏｍｉｃｓꎬ ２００３ꎬ ２７０
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[２２] 　 Ｅｕｊａｙｌ Ｉꎬ Ｓｏｒｒｅｌｌｓ ＭＥꎬ Ｂａｕｍ Ｍꎬ Ｐｏｗｅｌｌ Ｗ. Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ
ｏｆ ＥＳＴ￣ｄｅｒｉｖｅｄ ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ ｍａｒｋｅｒｓ ｆｏｒ ｇｅｎｏｔｙ￣
ｐｉｎｇ ｔｈｅ Ａ ａｎｄ Ｂ ｇｅｎｏｍｅｓ ｏｆ ｗｈｅａｔ [ Ｊ] . Ｔｈｅｏｒ
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Ｍꎬ Ｖａｌｋｏｕｎ Ｊꎬ Ｇｕｏ Ｐꎬ Ｇｒａｎｄｏ Ｓꎬ Ｃｅｃｃａｒｅｌｌｉ Ｓꎬ
Ｇｒａｎｅｒ Ａ. Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ ｖａｌｉｄａｔｉｏｎ ｏｆ ａ ｃｏｒｅ ｓｅｔ
ｏｆ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｖｅ ｇｅｎｉｃ ＳＳＲ ａｎｄ ＳＮＰ ｍａｒｋｅｒｓ ｆｏｒ ａｓ￣
ｓａｙｉｎｇ ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ｉｎ ｂａｒｌｅｙ[Ｊ] . Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ
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ｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅｓ ｉｎ ｍａｊｏｒ ｃｒｏｐｓ ａｓｓｅｓｓｅｄ ｂｙ ｃｏｍｐｕｔａ￣
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Ｍａｒｓｈａｌｌ Ｄꎬ Ｗａｕｇｈ Ｒ. Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ ａｎｄ ｅｘｐｅｒｉ￣
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Ｗａｎｇ ＷＱ. Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ ＥＳＴ￣ＳＳＲ ａｎｄ ｇｅｎｏｍ￣
ｉｃ￣ＳＳＲ ｍａｒｋｅｒｓ ｔｏ ａｓｓｅｓｓ ｇｅｎｅｔｉｃ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ｉｎ Ｊａｔ￣
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ｆｒｏｍ ｐｅａｃｈ ｆｒｕｉｔ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ａｎｄ ｔｈｅｉｒ ｔｒａｎｓｐｏｒｔａ￣
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(责任编辑: 刘艳玲)
０５２ 植 物 科 学 学 报 第 ３２卷