全 文 ：基于 ＩＴＳ序列的中国药用石斛及其混伪品的
分子鉴定
刘静１，２，何涛１，淳泽１
（１．中国科学院 成都生物研究所，四川 成都 ６１００４１；
２．中国科学院 研究生院，北京 １０００４９）
［摘要］ 目的：通过测定１７种药用石斛的ｒＤＮＡＩＴＳ全序列，构建分子系统树，在分子水平对待检种进行鉴别，为石斛的
分子鉴定提供依据。方法：采用改良的ＣＴＡＢ法提取石斛叶片ＤＮＡ，ＰＣＲ扩增ｒＤＮＡＩＴＳ区全序列，产物回收纯化后直接测序，
运用Ｂｉｏｅｄｉｔ，ＭＥＧＡ４０等软件分析石斛属植物的ｒＤＮＡＩＴＳ序列的特征。结果：建立了１７种药用石斛ｒＤＮＡＩＴＳ区碱基全序
列数据库，其中，ＩＴＳ１的长度为２２８～２３４ｂｐ，ＧＣ量为４５７％～５３０％，变异位点１６７个，占总位点６７３４％，信息位点１０６个，
占总位点４２７４％；ＩＴＳ２长度为２４１～２４７ｂｐ，ＧＣ量为４４８％～５５７％，变异位点１６５个，占总位点６６２７％，信息位点１１５个，
占总位点４６１８％。属间的遗传距离为０２９５，石斛种间的平均遗传距离为０１４２，种内各居群间的平均遗传距离为０００２。结
论：利用１７种石斛的全序列数据库及遗传分析软件，通过对待检种ｒＤＮＡＩＴＳ区进行序列测定，可以在分子水平对石斛不同种
质进行鉴别，为石斛的分子鉴定提供依据。
［关键词］ 石斛属；ＩＴＳ序列；分子鉴定
［收稿日期］ ２００９０３１６
［基金项目］ 国家科技支撑计划项目（２００６ＢＡＩ０６Ａ１１１０）；国家星
火计划项目（２００８ＧＡ８１０００３）；四川省科技支撑计划（０７ＦＧ００１００５，
２００６Ｚ０８０１４，２００９ＦＺ００７７）；四川省 “十一五”育种攻关项目
（２００６ＹＺＧＧ１２３）；四川省公益性研究计划（２００８ＮＧ０００７）
［通信作者］ 淳泽，Ｔｅｌ：１３９０８０５８５８６，Ｅｍａｉｌ：ｃｈｕｎｚｅ＠ｃｉｂ．ａｃ．ｃｎ
石斛是一味常用的名贵中药，用药历史悠久，以
新鲜或干燥茎入药。具有滋阴清肺，生津止渴，养胃
除烦等功效［１］。我国药用石斛的原植物主要来源
于兰科石斛属７６种植物，其次有的地区尚将金石斛
属Ｅｐｈｅｍｅｒａｎｔｈａ、石仙桃属 ＰｈｏｌｉｄｏｔａＬｉｎｄｌ．、石豆兰
属ＢｕｌｂｏｐｈｙｌｕｍＴｈｏｕ．等部分植物做石斛用［２］。有
些药效相差较大的石斛外观形态相近，加之石斛野
生资源遭到破坏，市场供不应求，很多市场上流通的
做药用的非石斛植物与石斛形态也极为相似，仅凭
形态、理化、显微鉴别的手段难以鉴别。
植物核糖体ＤＮＡ中的内转录间隔区（ｒＤＮＡＩＴＳ
区）序列是中度保守区，进化速率较快，既具有核苷
酸序列高度变异性又有长度上的保守性，可以提供
较丰富的变异位点和信息位点［３４］，在研究属间和校
正属间关系时都表现出较高的趋异率和信息位点百
分率［５］，因此广泛用于近缘属间、属内种间的分子
系统及鉴别。徐红［６］等人曾对部分黄草石斛的 ＩＴＳ
序列，丁小余［７］等人曾对部分枫斗类石斛的 ＩＴＳ序
列分别进行了分析及鉴别。但还有大量药用石斛的
ＩＴＳ序列未知，为此，本实验广泛收集各类中国药用
石斛及其混伪品材料，拟测定石斛属间，属内种间、
种内不同居群间的ｒＤＮＡＩＴＳ序列，比较其序列特征
及其差异，为石斛的分子鉴定提供依据。
１ 材料
实验所用石斛属植物采自我国的四川、云南、贵
州等省区，还有来自缅甸、老挝等国家的种类。药用
石斛１７种，共３２份（包括待检材料），外类群材料２
份。见表１。
２ 方法
２．１ 总 ＤＮＡ的提取 采用改良的 ＣＴＡＢ法：取石
斛新鲜的叶片０１ｇ，用无菌水冲洗干净，在液氮中
研磨成粉。将研磨好的组织粉末迅速装入２ｍＬ离
心管中，加入２×ＣＴＡＢ提取缓冲液７００μＬ［含２％
的ＣＴＡＢ，１４ｍｏｌ·Ｌ－１的 ＮａＣｌ，００２ｍｏｌ·Ｌ－１的
ＥＤＴＡ，１％的 ＰＶＰ（ｐｏｌｙｖｉｎｙｐｙｒｏｌｉｄｏｎｃ，聚乙烯吡咯
烷酮）］，６５℃水浴３０ｍｉｎ，并不时的颠倒混匀。加
入相同体积的苯酚氯仿异戊醇（２５∶２４∶１），抽提１０
ｍｉｎ后以８０００ｒ·ｍｉｎ－１的转速离心１０ｍｉｎ。取上
清再加苯酚氯仿异戊醇抽提１次。小心取上清液
于１５ｍＬ的离心管中，加入２倍体积的无水乙醇，
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第３４卷第２２期
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Ｖｏｌ．３４，Ｉｓｓｕｅ ２２
Ｎｏｖｅｍｂｅｒ，２００９
表１ 所测定的材料及来源
编号 种名 来源地 登录号
１ 密花石豆兰 Ｂｕｌｂｏｐｈｙｌｕｍｏｄｏｒａｔｉｓｉｍｕｍ四川万源 ＦＪ４２８２２２
２ 密花石豆兰 Ｂ．ｏｄｏｒａｔｉｓｉｍｕｍ 四川万源 ＦＪ４２８２２３
３ 铁皮石斛 Ｄｅｎｄｒｏｂｉｕｍｏｆｉｃｉｎａｌｅ 贵州三都 ＦＪ４２８２２４
４ 铁皮石斛 Ｄ．ｏｆｉｃｉｎａｌｅ 贵州荔波 ＦＪ３８４７２３
５ 铁皮石斛 Ｄ．ｏｆｉｃｉｎａｌｅ 贵州荔波 ＦＪ５３０９４７
６ 铁皮石斛 Ｄ．ｏｆｉｃｉｎａｌｅ 广西乐业 ＦＪ５３０９４４
７ 铁皮石斛 Ｄ．ｏｆｉｃｉｎａｌｅ 广西永福 ＦＪ５３０９４５
８ 铁皮石斛 Ｄ．ｏｆｉｃｉｎａｌｅ 重庆 ＦＪ５３０９４６
９ 铁皮石斛 Ｄ．ｏｆｉｃｉｎａｌｅ 云南思茅 ＦＪ５８８８７１
１０ 铁皮石斛 Ｄ．ｏｆｉｃｉｎａｌｅ 云南广南 ＦＪ５８８８７２
１１ 细叶石斛 Ｄ．ｈａｎｃｏｃｋｉ 四川万源 ＦＪ３８４７２５
１２ 细叶石斛 Ｄ．ｈａｎｃｏｃｋｉ 四川成都 ＦＪ３８４７２６
１３ 金钗石斛 Ｄ．ｎｏｂｉｌｅ 云南 ＦＪ３８４７２８
１４ 金钗石斛 Ｄ．ｎｏｂｉｌｅ 四川夹江 ＦＪ３７８６４９
１５ 金钗石斛 Ｄ．ｎｏｂｉｌｅ 贵州赤水 ＦＪ３８４７２７
１６ 金钗石斛 Ｄ．ｎｏｂｉｌｅ 贵州赤水 ＦＪ５３０９４８
１７ 叠鞘石斛 Ｄ．ｄｅｎｎｅａｎｕｍ 四川夹江 ＦＪ３８４７２９
１８ 叠鞘石斛 Ｄ．ｄｅｎｎｅａｎｕｍ 四川夹江 ＦＪ３８４７３０
１９ 叠鞘石斛 Ｄ．ｄｅｎｎｅａｎｕｍ 四川夹江 ＦＪ５３０９４９
２０ 叠鞘石斛 Ｄ．ｄｅｎｎｅａｎｕｍ 云南思茅 ＦＪ３８４７３１
２１ 叠鞘石斛 Ｄ．ｄｅｎｎｅａｎｕｍ 四川彭州 ＦＪ３８４７３２
２２ 密花石斛 Ｄ．ｄｅｎｓｉｆｌｏｒｕｍ 云南 ＦＪ３８４７４２
２３ 曲茎石斛 Ｄ．ｆｌｅｘｉｃａｕｌｅ 四川万源 ＦＪ３８４７４３
２４ 梳唇石斛 Ｄ．ｓｔｒｏｎｇｙｌａｎｔｈｕｍ 云南龙陵 ＦＪ３８４７３９
２５ 串珠石斛 Ｄ．ｆａｌｃｏｎｅｒｉ 老挝 ＦＪ３８４７３４
２６ 束花石斛 Ｄ．ｃｈｒｙｓａｎｔｈｕｍ 云南思茅 ＦＪ３８４７３８
２７ 长苏石斛 Ｄ．ｂｒｙｍｅｒｉａｎｕｍ 缅甸 ＦＪ４２８２２１
２８ 齿瓣石斛 Ｄ．ｄｅｖｏｎｉａｎｕｍ 云南龙陵 ＦＪ３８４７３５
２９ 球花石斛 Ｄ．ｔｈｙｓｉｆｌｏｒｕｍ 云南思茅 ＦＪ３８４７３３
３０ 翅梗石斛 Ｄ．ｔｒｉｇｏｎｏｐｕｓ 云南思茅 ＦＪ３８４７４１
３１ 鼓槌石斛 Ｄ．ｃｈｒｙｓｏｔｏｘｕｍ 云南思茅 ＦＪ３８４７３６
３２ 兜唇石斛 Ｄ．ａｐｈｙｌｕｍＬａｏｓ 老挝 ＦＪ４２８２１９
３３ 杯鞘石斛 Ｄ．ｇｒａｔｉｏｓｉｓｉｍｕｍ 缅甸 ＦＪ３８４７３７
３４ 黑毛石斛 Ｄ．ｗｉｌｉａｍｓｏｎｉ 云南龙陵 ＦＪ４２８２２０
室温下放置 ３０ｍｉｎ沉淀 ＤＮＡ，然后 ５０００ｒ·
ｍｉｎ－１离心１０ｍｉｎ，轻轻倒掉乙醇，用７０％的乙醇
清洗 ＤＮＡ２次，倒掉残留的乙醇，操作过程动作
要轻缓，在室温下将 ＤＮＡ干燥，然后用５０μＬＴＥ
溶解 ＤＮＡ。用 ０７％的琼脂糖凝胶进行电泳检
测，并经 ＥＢ（溴化乙锭）染色后，在凝胶成像系统
（ＵＶＰＧＤＳ８０００）上观测其纯度并判断 ＤＮＡ分
子的大小及一致性。
２．２ ＰＣＲ扩增 根据 Ｅｍｍａｎｕｅｌ等［８］对兰科植物
ＩＴＳ区的研究，设计了一对用于石斛属 ｒＤＮＡＩＴＳ区
的扩增引物Ｐ１或Ｐ２，Ｐ１为５′ＣＧＴＡＡＣＡＡＧＧＴＴＴＣ
ＣＧＴＡＧＧＴＧＡＡＣ３′，位于 １８Ｓ上，Ｐ２为 ５′ＴＴＡＴＴ
ＧＡＴＡＴＧＣＴＴＡＡＡＣＴＣＡＧＣＧＧＧ３′，位于 ２６Ｓ上。由
Ｐ１，Ｐ２可扩增出完整的 ＩＴＳ序列。引物由上海英骏
生物公司合成。ＰＣＲ扩增反应在 ２５μＬ体系中
完成。
反应体系：灭菌ｄｄＨ２Ｏ１５９μＬ，１０×Ｂｕｆｅｒ２５
μＬ，ＭｇＣｌ２１５ｍｍｏｌ·Ｌ
－１，ｄＮＴＰ２μＬ，随机引物２
μＬ，模板１μＬ，ＴａｑＤＮＡ聚合酶０１μＬ，ＤＮＡ模板约
５０ｎｇ。
扩增程序：９４℃预变性３ｍｉｎ，９４℃变性３０ｓ，
５６℃退火４５ｓ，７２℃复性１ｍｉｎ，共３０个循环后，７２
℃延伸 ７ｍｉｎ补齐，以 ｄｄＨ２Ｏ代替 ＤＮＡ作空
白对照。
ＰＣＲ产物纯化：ＰＣＲ产物用ＡＸＹＧＥＮ试剂盒纯
化，按试剂盒的操作步骤进行。
ＤＮＡ序列测定：采用 ＰＣＲ产物直接测序法，由
上海英骏生物技术有限公司完成测序。
２．３ 数据的处理 ＤＮＡ序列的排序用 ＢｉｏＥｄｉｔ软
件完成，使用 ＭＥＧＡ４０分子进化遗传分析软件分
析各样品序列间的差异百分率和转换／颠换数。用
ＵＰＧＭＡ法构建分子系统树，系统树各分支的置信度
用自举检验法（ｂｏｏｔｓｔｒａｐｔｅｓｔ）检验，共进行２０００次
循环，以评价各分支的系统学意义与可靠性。
３ 结果与讨论
３．１ ＩＴＳ１与ＩＴＳ２序列的长度与变异 根据兰科近
缘 种 类 群 已 报 道 的 序 列 资 料 （ＧｅｎＢａｎｋ
ＡＦ３１１７７６１，ＡＦ３６２０３８，ＡＦ３６２０４６１，ＥＵ８４０７０７１）
确定核糖体ＤＮＡ内转录间隔区ＩＴＳ１和ＩＴＳ２与３个
编码区１８Ｓ，５８Ｓ和２６Ｓ的界限。外类群密花石豆
兰，为兰科石豆兰属植物。其中，Ａ占碱基总数的
２３９％，Ｔ占２２６％，Ｃ占２４１％，Ｇ占２９４％。转
换率为Ｋ１＝３３１，颠换率为 Ｋ２＝１３４５６，总的碱基
替换率为Ｒ＝４１５９。
石斛各类群间在ＩＴＳ１与 ＩＴＳ２序列长度上较为
接近，ＩＴＳ１长度为 ２２８～２３４ｂｐ，ＧＣ为 ４５７％ ～
５３０％，变异位点 １６７个，占总位点 ６７３４％，信息
位点１０６个，占总位点４２７４％；ＩＴＳ２长度为２４１～
２４７ｂｐ，ＧＣ为４４８％ ～５５７％，变异位点１６５个，
占总位点 ６６２７％，信息位点 １１５个，占总位点
４６１８％。而密花石豆兰 ＩＴＳ１长度为 ２３６，２３７，ＧＣ
为 ５４３％，５４８％；ＩＴＳ２长度为 ２４５，ＧＣ均为
６１６％，见表２。由此可见，石斛属植物ＩＴＳ２序列的
趋异性比ＩＴＳ１强。
３．２ 石斛种内各居群间和种间的遗传距离 铁皮
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第３４卷第２２期
２００９年１１月
Ｖｏｌ．３４，Ｉｓｓｕｅ ２２
Ｎｏｖｅｍｂｅｒ，２００９
表２ ＩＴＳ１和ＩＴＳ２的长度及ＧＣ含量
Ｎｏ．
长度／ｂｐ
ＩＴＳ１ ＩＴＳ２
ＧＣ／％
ＩＴＳ１ ＩＴＳ２
总长度
／ｂｐ
１ ２３６ ２４５ ５４３ ６１６ ６４４
２ ２３７ ２４５ ５４８ ６１６ ６４５
３ ２３１ ２４２ ５０６ ５０４ ６３６
４ ２３１ ２４２ ５０６ ５０４ ６３６
７ ２３１ ２４２ ５０６ ５０４ ６３６
８ ２３１ ２４２ ５０６ ５０４ ６３６
９ ２３１ ２４２ ５０６ ５０４ ６３６
１０ ２３１ ２４２ ５０６ ５０４ ６３６
１１ ２３０ ２４５ ４８２ ５５１ ６３８
１２ ２３０ ２４５ ４８２ ５４７ ６３８
１３ ２３１ ２４２ ５０７ ５３４ ６３６
１４ ２３１ ２４２ ５０６ ５２９ ６３６
１５ ２３１ ２４２ ５０６ ５３４ ６３６
１６ ２２８ ２４３ ５２６ ４９８ ６３６
１７ ２３１ ２４４ ４９３ ５１２ ６３８
１８ ２３１ ２４４ ４９３ ５０８ ６３８
１９ ２３１ ２４４ ４９３ ５０８ ６３８
２０ ２３３ ２４４ ５０６ ５００ ６４０
２１ ２３１ ２４４ ４９７ ５１８ ６３８
２２ ２２８ ２４３ ５２６ ４９８ ６３４
２３ ２３１ ２４２ ５０２ ５００ ６３６
２４ ２３１ ２４６ ４３３ ４４８ ６４０
２５ ２２９ ２４５ ４７６ ５１４ ６３７
２６ ２３３ ２４１ ５１５ ５１５ ６３７
２７ ２２８ ２４７ ４７８ ４９７ ６４０
２８ ２３４ ２４４ ４４５ ４８８ ６４１
２９ ２３１ ２４７ ４９３ ５３１ ６４１
３０ ２３４ ２４７ ５３０ ５０６ ６４４
３１ ２３４ ２４５ ５２６ ５５１ ６４２
３２ ２３２ ２４４ ４５７ ５２５ ６３９
３３ ２２７ ２４６ ５１６ ５４５ ６３６
３４ ２３０ ２４７ ５３５ ５２３ ６４０
石斛浙江、云南、贵州居群间碱基差异为０。细叶石
斛万源居群和成都居群间相差１个碱基，都在ＩＴＳ２。
金钗石斛贵州和夹江居群无差异，与云南居群有２个
碱基差异，都在 ＩＴＳ１，相差０８％。叠鞘石斛居群间
碱基差异度为１０９％，夹江居群间有２个碱基差异，
夹江居群和彭州居群间的差异为３个碱基，夹江居群
与云南居群碱基差异为２６个碱基差异，相差１２５％，
云南居群与彭州居群为２３个，相差３５９％。
石斛属植物与外类群石豆兰属间的遗传距离为
０２９５，其形态相近，市场上常混作商品石斛。石斛
各种间的平均遗传距离为０１４２，铁皮石斛组培苗
与野生种间的 ＩＴＳ序列一致，没有发生变异。各居
群间也没有变化，可能因为铁皮石斛的分布范围跨
度较小，大多分布于云南、广西、贵州等省。铁皮石
斛与曲茎石斛的遗传距离最近为０００３，金钗石斛
与铁皮石斛和曲茎石斛间的遗传距离为００６０。梳
唇石斛与齿瓣石斛间的遗传距离最远为０３６３，其
次，梳唇石斛与鼓槌石斛和束花石斛之间的遗传距
离为０３３３。金钗石斛各居群间的平均遗传距离为
０００２。叠鞘石斛夹江和彭州居群间的平均遗传距
离为０００２，云南居群与夹江和彭州居群差异较大，
与夹江居群间的遗传距离为００３７，与彭州居群间
的遗传距离为００３６，碱基相差１２５％共２６个。细
叶石斛各居群间的遗传距离为０００２。可见，属间
的遗传距离大于种间的遗传距离，而种间的遗传距
离又大于种内不同居群间的遗传距离。
３．３ 对待检种进行鉴别 石斛属植物与石豆兰属
的植物分化十分明显，各自为一单系树，见图１，来
自石斛属的３２个序列可以分为３支，Ａ支为石斛
组，包括铁皮石斛、曲茎石斛、金钗石斛、叠鞘石斛、
串珠石斛、杯鞘石斛、束花石斛、兜唇石斛、长苏石
斛、细叶石斛、鼓槌石斛、密花石斛；Ｂ支为黑毛组：
翅梗石斛、黑毛石斛、球花石斛、齿瓣石斛；Ｃ支为草
叶组梳唇石斛，这与我国植物学家吉占和［１０］等出版
的《中国植物志》的分类基本一致，不同的是他们将
鼓槌石斛和球花石斛分在了顶叶组，将齿瓣石斛分
在了石斛组。
图１ 根据３４份材料的ＩＴＳ序列构建的ＵＰＧＭＡ
分子系统树
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２００９年１１月
Ｖｏｌ．３４，Ｉｓｓｕｅ ２２
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４ 小结
传统分类上的叠鞘石斛为石斛属的一个变种，
本实验中所做的夹江居群和彭州居群遗传距离较
近，碱基差异仅为３个，但是与云南居群间的差异较
远，碱基差异数达到了２６个，相差１２５％。通过在
ＧｅｎＢａｎｋ比对也能得出叠鞘石斛有２种 ＩＴＳ序列的
碱基差异很大，结果显示，可能传统分类上归为一类
的叠鞘石斛，从ＩＴＳ序列分析来看，两者可能在分子
水平上列为２个种较为合适，当然，这还需要进一步
的研究证据。
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ＤＮＡｍｏｌｅｃｕｌａｒｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎｏｆＨｅｒｂａＤｅｎｄｒｏｂｉａｎｄｉｔｓ
ａｄｕｌｔｅｒａｎｔｓｐｅｃｉｅｓｂａｓｅｄｏｎＩＴＳｓｅｑｕｅｎｃｅａｎａｌｙｓｉｓ
ＬＩＵＪｉｎｇ１，２，ＨＥＴａｏ１，ＣＨＵＮＺｅ１
（１．ＣｈｅｎｇｄｕＩｎｓｔｉｔｕｔｅｏｆＢｉｏｌｏｇｙ，ＣｈｉｎｅｓｅＡｃａｄｅｍｙｏｆＳｃｉｅｎｃｅｓ，Ｃｈｅｎｇｄｕ６１００４１，Ｃｈｉｎａ；
２．ＧｒａｄｕａｔｅＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＣｈｉｎｅｓｅＡｃａｄｅｍｙｏｆＳｃｉｅｎｃｅｓ，Ｂｅｉｊｉｎｇ１０００４９，Ｃｈｉｎａ）
［Ａｂｓｔｒａｃｔ］ ＴｏｉｄｅｎｔｉｆｙＨｅｒｂａＤｅｎｄｒｏｂｉａｎｄｉｔｓａｄｕｌｔｅｒａｎｔｓｐｅｃｉｅｓｏｎｍｏｌｅｃｕｌａｒｌｅｖｅｌ，ｔｈｅｒＤＮＡＩＴＳｓｅｑｕｅｎｃｅｓｏｆ１７ｓｐｅｃｉｅｓｏｆ
ＨｅｒｂａＤｅｎｄｒｏｂｉｗｅｒｅｓｔｕｄｉｅｄ．ＧｅｎｏｍｉｃＤＮＡｏｆＤｅｎｄｒｏｂｉｕｍｗａｓｅｘｔｒａｃｔｅｄｕｓｉｎｇｔｈｅｍｏｄｉｆｉｅｄｃｅｔｙｌｔｒｉｍｅｔｈｙｌａｍｍｏｎｉｕｍｂｒｏｍｉｄｅ
（ＣＴＡＢ）ｍｅｔｈｏｄ．ＴｈｅＰＣＲｐｒｏｄｕｃｔｓｏｆｔｈｅｒＤＮＡＩＴＳｓｅｑｕｅｎｃｅｓｏｆＤｅｎｄｒｏｂｉｕｍ（３２ｍａｔｅｒｉａｌｓ）ｗｅｒｅｐｕｒｉｆｉｅｄａｎｄｔｈｅｎｓｅｑｕｅｎｃｅｄ．Ｔｈｅ
ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｏｆｔｈｅｓｅｑｕｅｎｃｅｓａｎｄｔｈｅｇｅｎｅｔｉｃｄｉｓｔａｎｃｅｗｅｒｅｃｏｍｐａｒｅｄｂｅｔｗｅｅｎＢｕｌｂｏｐｈｙｌｕｍｏｄｏｒａｔｉｓｉｍｕｍａｎｄＤｅｎｄｒｏｂｉｕｍ，Ｄｅｎ
ｄｒｏｂｉｕｍｉｎｔｅｒｓｐｅｃｉｅｓａｎｄｄｉｆｅｒｅｎｔｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ．ＰｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃｔｒｅｅｓｗｅｒｅｃｏｎｓｔｒｕｃｔｅｄｕｓｉｎｇｔｈｅＵＰＧＭＡｍｅｔｈｏｄｂｙｔｈｅｂｉｏｌｏｇｙｓｏｆｔｗａｒｅｓ
ｉｎｃｌｕｄｉｎｇＢｉｏＥｄｉｔ，ＭＥＧＡ４．０ｅｔｃ．ＴｈｅＰＣＲｐｒｏｄｕｃｔｓｗｅｒｅｐｕｒｉｆｉｅｄａｎｄｔｈｅｎｓｅｑｕｅｎｃｅｄ．ＩｔｗａｓｂｕｉｌｔｕｐｔｈａｔｔｈｅｄａｔａｂａｓｅｏｆｒＤＮＡＩＴＳ
ｓｅｑｕｅｎｃｅｓｏｆ１７ｓｐｅｃｉｅｓｏｆＨｅｒｂａＤｅｎｄｒｏｂｉ（３２ｍａｔｅｒｉａｌｓ）．ＴｈｅＩＴＳ１ｗａｓ２２８２３４ｂｐ，ｔｈｅＧＣｃｏｎｔｅｎｔａｃｃｏｕｎｔｉｎｇｆｏｒ４５．７％
５３．０％．Ｉｔｓｖａｒｉａｂｌｅｓｉｔｅｓｗｅｒｅ１６７，ａｃｃｏｕｎｔｉｎｇｆｏｒ６７．３４％．ＴｈｅＰａｒｓｉｍＩｎｆｏｒｍａｔｉｖｅｐｏｓｉｔｉｏｎｓｗｅｒｅ１０６，ａｃｃｏｕｎｔｉｎｇｆｏｒ４２．７４％．
ＴｈｅＩＴＳ２ｗａｓ２４１２４７ｂｐ，ｔｈｅＧＣａｃｃｏｕｎｔｉｎｇｆｏｒ４４．８％５５．７％．Ｔｈｅｖａｒｉａｂｌｅｓｉｔｅｓｗｅｒｅ１６５，ａｃｃｏｕｎｔｉｎｇｆｏｒ６６．２７％．ＴｈｅＰａｒｓｉｍ
Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｖｅｐｏｓｉｔｉｏｎｓｗｅｒｅ１１５，ａｃｃｏｕｎｔｉｎｇｆｏｒ４６．１８％．ＴｈｅｇｅｎｅｔｉｃｄｉｓｔａｎｃｅｂｅｔｗｅｅｎＢ．ｏｄｏｒａｔｉｓｉｍｕｍａｎｄＤｅｎｄｒｏｂｉｕｍｗａｓ０．２９５．
Ｔｈｅａｖｅｒａｇｅｇｅｎｅｔｉｃｄｉｓｔａｎｃｅｗａｓ０．１４２ｂｅｔｗｅｅｎＤｅｎｄｒｏｂｉｕｍｓｐｅｃｉｅｓ，ａｎｄｔｈｅｒｅｗｅｒｅ２１５６ｖａｒｉａｂｌｅｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ．Ｔｈｅａｖｅｒａｇｅｇｅｎｅｔｉｃ
ｄｉｓｔａｎｃｅｂｅｔｗｅｅｎｄｉｆｅｒｅｎｔｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓｗａｓ０．００２，ａｎｄｔｈｅｒｅｗｅｒｅ２１５６ｖａｒｉａｂｌｅｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ．ＴｈｅｇｅｎｅｔｉｃｄｉｓｔａｎｃｅｂｅｔｗｅｅｎＢ．ｏｄｏｒａｔｉ
ｓｉｍｕｍａｎｄＤｅｎｄｒｏｂｉｕｍｗａｓｇｒｅａｔｅｒｔｈａｎｔｈａｔｏｆＤｅｎｒｏｂｉｕｍｉｎｔｅｒｓｐｅｃｉｅｓ．Ｍｅａｎｗｈｉｌｅ，ｔｈｅｇｅｎｅｔｉｃｄｉｓｔａｎｃｅｂｅｔｗｅｅｎＤｅｎｒｏｂｉｕｍｓｐｅｃｉｅｓ
ｗａｓａｌｓｏｇｒｅａｔｅｒｔｈａｎｔｈａｔｏｆｄｉｆｅｒｅｎｔｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ（ｖａｒｉｅｔｉｅｓ）．ＴｈｅｍｏｌｅｃｕｌａｒｐｈｙｌｏｇｅｎｙｔｒｅｅｗａｓｃｏｎｓｔｒｕｃｔｅｄｏｎｔｈｅｄａｔａｂａｓｅｏｆｒＤＮＡ
ＩＴＳｔｈｅｓｅｑｕｅｎｃｅｓｏｆ１７ｓｐｅｃｉｅｓｏｆＨｅｒｂａＤｅｎｄｒｏｂｉｕｓｉｎｇｔｈｅｂｉｏｌｏｇｙｓｏｆｔｗａｒｅｓ．Ｔｈｅｎ１０ｍａｔｅｒｉａｌｓｏｎｍｏｌｅｃｕｌａｒｌｅｖｅｌｗｅｒｅａｕｔｈｅｎｔｉｃａ
ｔｅｄ．Ｉｔｉｓｃｏｎｃｌｕｄｅｄｔｈａｔｕｓｉｎｇｏｆｔｈｅｗｈｏｌｅｓｅｑｕｅｎｃｅｓｄａｔａｂａｓｅｏｆ１７ｓｐｅｃｉｅｓｏｆＨｅｒｂａＤｅｎｄｒｏｂｉａｎｄｈｅｒｅｄｉｔｙａｎａｌｙｓｉｓｓｏｆｔｗａｒｅｓ，ａｎｄ
ｍｅａｓｕｒｉｎｇｔｈｅｓｅｑｕｅｎｃｅｓｏｆｒＤＮＡＩＴＳｏｆｔｈｅｉｎｓｐｅｃｔｅｄｓｐｅｃｉｅｓ，ｃａｎａｕｔｈｅｎｔｉｃａｔｅｔｈｅＤｅｎｄｒｏｂｉｕｍｏｎｍｏｌｅｃｕｌａｒｌｅｖｅｌ，ａｎｄｐｒｏｖｉｄｅｂａｓｉｓ
ｆｏｒｍｏｌｅｃｕｌａｒａｕｔｈｅｎｔｉｃａｔｉｏｎ．
［Ｋｅｙｗｏｒｄｓ］ Ｄｅｎｄｒｏｂｉｕｍ；ＩＴＳｓｅｑｕｅｎｃｅ；ｍｏｌｅｃｕｌａｒｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ
［责任编辑 吕冬梅］
·６５８２·
第３４卷第２２期
２００９年１１月
Ｖｏｌ．３４，Ｉｓｓｕｅ ２２
Ｎｏｖｅｍｂｅｒ，２００９