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Clone and stress expression analysis of iron superoxide dismutase from Isatis indigotica

菘蓝铁型超氧化物歧化酶基因IiFeSOD的克隆与胁迫表达分析



全 文 :广 西 植 物 Guihaia Sept.2013,33 (5):663-668       http://journal.gxzw.gxib.cn
DOI:10.3969/j.issn.1000-3142.2013.05.014
韩立敏,化文平,王喆之.菘蓝铁型超氧化物歧化酶基因IiFeSOD 的克隆与胁迫表达 [J].广西植物,2013,33 (5):663-668
Han LM,Hua WP,Wang ZZ,et al.Clone and stress expression analysis of iron superoxide dismutase fromIsatis indigotica [J].Guihaia,2013,33
(5):663-668
菘蓝铁型超氧化物歧化酶基因
IiFeSOD 的克隆与胁迫表达分析
韩立敏1,2,化文平1,2,王喆之1*
(1.陕西师范大学 生命科学学院,药用资源与天然药物化学教育部重点实验室,西北濒危药材资源
开发国家工程实验室,西安710062;2.陕西学前师范学院,西安710062)
摘 要:超氧化物歧化酶 (SOD)是生物体内超氧阴离子自由基的清除剂,可有效地防止它们对生物体的
损害。从菘蓝中经RT-PCR方法扩增得到SOD基因,命名为IiFeSOD,其全长882bp,包含一个834bp
的ORF,编码277个氨基酸,分析其编码的蛋白质序列显示其属于铁型超氧化物歧化酶,具有线粒体导
肽,定位于线粒体中。实时荧光定量PCR技术分析结果表明,IiFeSOD 在菘蓝各个组织中均有表达,但表
达量高低不同,在叶中表达最高、茎次之、根中最低;该基因受盐胁迫的诱导,随着盐胁迫强度的加强基
因表达量迅速升高而后下降。同时SOD酶活性在盐胁迫处理下表现出类似的变化规律。说明SOD的大量
积累与植物的耐逆性密切相关。
关键词:菘蓝;SOD;盐胁迫;表达分析;酶活性分析
中图分类号:Q945  文献标识码:A  文章编号:1000-3142(2013)05-0663-06
Clone and stress expression analysis of iron
superoxide dismutase fromIsatis indigotica
HAN Li-Min1,2,HUA Wen-Ping1,2,WANG Zhe-Zhi 1*
(1.Key Laboratory of Medicinal Resources and Natural Pharmaceutical Chemistry,Ministry of Educationa,
National Engineering Laboratory for Resource Developing of Endangered Chinese Crude Drugs in
Northwest of China,College of Life Sciences,Shaanxi Normal University,Xi’an 710062,
China;2.Shaanxi Xueqian Normal University,Xi’an 710062,China)
Abstract:Superoxide dismutase is a scavenger of superoxide anion free radical in vivo.They can effectively prevent
reactive oxygen species damage to organism.An iron superoxide dismutase gene was isolated fromIsatis indigotica,
and was named as IiFeSOD.The ful-length cDNA of IiFeSODcontained a 834bp open reading frame(ORF)and
encoded 277amino acids,which might locate in mitchondria.Real-time PCR analysis showed that IiFeSODhad the
highest expression in leaves,then in stems,and the least in roots.The expression level of IiFeSODcould be in-
duced by NaCl.Levels of IiFeSODtranscripts could increase at three days after salt stress.However,the expres-
sion of IiFeSODfirst increased and then decreased after salt stress at 100mmol/L.Activity of SOD was also in-
duced by NaCl and showed the analogous change rule with gene expression.Studies showed that massive accumula-
tion of SOD was closely related with the stress tolerance of plants.
收稿日期:2013-02-28  修回日期:2013-05-17
基金项目:国家自然科学基金 (31200221);陕西学前师范学院自然科基金 (2012KJ020)
作者简介:韩立敏 (1981-),女,河北邯郸人,在读博士,讲师,主要从事植物生物技术方面的研究,(E-mail)hdd_1981_@163.com。
*通讯作者:王喆之,博士,教授,主要从事植物分子生物学、天然产物研究与开发利用研究,(E-mail)zzwang@snnu.edu.cn。
Key words:Isatis indigotica;iron superoxide dismutase;salt stress;expression analysis;activity analysis
  菘蓝 (Isatis indigotica)常用的十字花科药
用植物,在我国南北各地广为栽培,其根和叶均可
入药,干燥根入药称板蓝根,干燥叶入药称为大青
叶。具有清热、解毒、凉血、利咽等功效,被广泛
应用于流行性感冒、流行性腮腺炎、流行性乙型肝
炎症等症的治疗。菘蓝对环境的适应能力很强,这
与其对各种逆境胁迫的耐受能力密切相关。
植物在生长的过程中,会受到如干旱、盐碱、
冷害等各种环境的胁迫,这些逆境将导致植物体内
产生 大 量 的 活 性 氧 (reactive oxygen species,
ROS),ROS通过破坏核酸,氧化蛋白来影响细胞
的功能,从而影响植物的正常生长 (窦俊辉等,
2010)。超氧化物歧化酶 (superoxide dismutase,
SOD)是体内氧自由基清除反应系统中的关键酶
类,催化超氧负离子转变为 O2 和 H2O2,植物细
胞主要含有3种类型的SOD:CuZnSOD,MnSOD
和FeSOD (Malik et al.,2011)。
FeSOD是抗氧化代谢途径中关键酶之一,在
植物抗逆反应中起着重要作用,FeSOD转基因的
烟草或紫花苜蓿植株都较对照植株表现出更强的抗
逆 性 (Van et al.,1996; Mckersie et al.,
2000)。FeSOD基因现已从马铃薯 (武新娟等,
2009)、烟草 (Kurepaet al.,1997)、水稻 (Ka-
minaka et al.,1999)和 萝 卜 (Soon et al.,
2006)等植物中克隆得到。对菘蓝 FeSOD 基因
(IiFeSOD)的克隆和胁迫表达分析研究有助于从
分子水平揭示菘蓝对环境的适应机理,以及抗氧化
抗逆的生理机制,并为利用基因工程技术改良菘蓝
提供理论依据和基因资源。
1 材料与方法
1.1材料
将购自于济南绿禾种业有限公司的菘蓝种子播
种于花盆中,定期浇水,温室中进行培养。当幼苗
长至2~3cm时移栽至新的花盆中,每个花盆6棵
幼苗。待生长至2个月时,进行 NaCl胁迫处理,
每18株菘蓝为一组样品,分别以0、50、100、
200mmol/L的NaCl溶液进行处理72h,取样后,
迅速液氮速冻并于-80℃保存。
大肠杆菌 DH5α为本实验室保存,pMD18-T
载体购自TAKARA。
1.2菘蓝超氧化物歧化酶基因的基因克隆
分离提取菘蓝样品总 RNA [提取方法参照
BIOZOL总 RNA 提取试剂盒 (Cat# BSC51S1)
说明书],反转录成cDNA (参考购自Fermentas
公司的RevertAid First Strand cDNA Synthesis试
剂盒说明书),PCR扩增,依据实验室已构建的菘
蓝 cDNA 文 库 中 EST 拼 接 序 列, 用
PrimerPremier 5.0设计引物,IiFeSOD-S (5′-
TTCTCAAGTTACAGGGCC-3′) 和 IiFeSOD-R
(5′-AGGGCTCAAGATGCTAAT-3′)由上海生工
合成。采用20μL的PCR反应体系,其中:3μL
cDNA;1μL Primer3′(10μmol/L);1μL Prim-
er5′ (10μmol/L);10μL 2×Master Mix,加
ddH2O补至20μL。PCR扩增条件为94℃10min;
(94℃30s;48℃40s;72℃70s)×30个循环;
72℃10min;4℃保温。110V电泳检测,回收目
的片段 (参照购自于安徽优晶生物工程有限公司的
U-gene H.Q.Q.Q.凝胶回收试剂盒II说明书),
连接至pMD18-T载体,转入大肠杆菌DH5α中,筛
选阳性菌落,菌落PCR检测,测序。
1.3生物信息学分析
用DNAStar软件和http://www.cbs.dtu.
dk/、http://www.ncbi.nlm.nih.gov/、ht-
tp://www.ebi.ac.uk/、http://cn.expasy.
org/等网站提供的各类生物信息学软件进行分析。
查找开放读码框 (ORF)、翻译核苷酸序列、分析
氨基酸序列的组成与理化性质分析利用 DNAStar
软件;用Blast工具完成核苷酸和氨基酸序列的同
源性比对分析;蛋白跨膜结构域和亚细胞定位的分
析用在线工具 TMHMM、TargetP 1.1Server;
用Swiss-model服务器进行蛋白质的三维结构
预测。
1.4菘蓝超氧化物歧化酶基因的定量分析
分别提取自然生长状态下的幼苗的根、茎、叶
总RNA,逆转录获得cDNA,用于IiFeSOD 不同
组织表达分析。提取同胁迫处理条件下的菘蓝全株
总RNA逆转录得cDNA,以未处理的做对照,用
于菘蓝超氧化物歧化酶基因 (IiFeSOD)在盐胁
迫条件下表达情况的分析。采用荧光实时定量
PCR技术对转录产物进行扩增,以菘蓝肌动蛋白
基因 (Iiactin)作为内参。
定量分析时扩增IiFeSOD 片段的上游引物:5′-
466 广 西 植 物                  33卷
TGTTTCTGGTGTTATCACAGCGGG-3′,下游引物:
5′-TGTGCCTACGATTTGCTTGTTCAG -3′;扩增内
参Iiactin的上游引物:5′-ATTGTCTTGGACTCTG-
GAGATGGTGT-3′,下游引物:5′-CGGCTGTGGT-
GGTGAATGAGTAA-3′。反应体系为20μL,反应条
件为94℃4min,(94℃30s;60℃30s;72℃40
s)×40个循环。
1.5菘蓝超氧化物歧化酶的提取及其酶活性测定
称取新鲜材料1g,于研钵中研磨,使组织破
碎,加入3倍体积的0.05mol/L、pH为7.8的
磷酸缓冲溶液,5 000r/min离心15min,弃沉淀,
得提取液。提取液加入0.25倍体积的氯仿-乙醇
混合溶剂搅拌15min,5 000r/min离心15min,
去杂蛋白,得粗酶液。粗酶液加入等体积的冷丙
酮,搅拌15min,5 000r/min离心15min。得沉
淀SOD。将沉淀溶于1mL 0.05mol/L、pH 为
7.8的磷酸缓冲溶液中,于55℃热处理15min,
离心,弃沉淀,得到SOD酶液。测定酶活 (按照
南京建成生物SOD检测试剂盒说明书操作)。
2 研究结果
2.1 IiFeSOD 的克隆及其序列特征分析
利用反转录的cDNA 作为模板进行 PCR扩
增,得到一条长度为882个核苷酸的扩增产物 (图
1),核苷酸序列及其推导的氨基酸序列如图2所
示,ORF包含834个核苷酸编码277个氨基酸,
氨基酸组成中含量最多的是 Glu(9.7%)、Leu
(9.4%),分子量为31 647.3,理论等电点为4.
76,菘蓝FeSOD稳定性相对较高。通过同源性比
对分析,其氨基酸序列与拟南芥、番茄、小盐芥等
的FeSOD蛋白相似度达95%以上,存在保守区域
HWGKHH、 FNNA、 WNHEFF、 FGSGW、
WEHAYY。用 Blast-conserved Domains Search
(Marchler-Bauer et al.,2013)分析菘蓝SOD氨
基酸序列功能结构域的结果 (图3)表明:菘蓝超
氧化物歧化酶 (IiSOD)包含FeSOD结构域,属
于Fe超氧化物歧化酶蛋白家族。利用TargetP 1.
1Server在线工具分析菘蓝SOD的亚细胞定位,
推测菘蓝IiFeSOD 可能定位于线粒体中 (分值为
0.8,可靠等级为2),跨膜结构预测菘蓝铁型
SOD (IiFeSOD)没有跨膜区域。利用 MitoProt
II-v1.101在线工具 (http://ihg.gsf.de/ihg/
mitoprot.html)预测 N 端的 19 个氨基酸即
MQWKRNVKRRFSRKVAVS是线粒体导肽,引
导肽链进入线粒体中 (Manuel et al.,1996)。
图1 IiFeSOD 全长cDNA序列扩增
Fig.1 Amplification products of IiFeSOD
whole cDNA sequence
   用 Swiss-model进行同源建模预测,构建
IiFeSOD蛋白的高级结构模型 (图4),结果表明
IiFeSOD蛋白质主要包含α螺旋和β折叠片,另外
还有无规则卷曲及转角结构。
2.2 IiFeSOD 基因的器官表达分析与诱导表达分析
IiFeSOD 在菘蓝的根、茎、叶中均有表达,但
表达量有差异,叶片中表达量最高,茎次之,根中
最低 (图5),仅有少量表达,这与银杏铁型SOD
(GbFeSOD)在不同组织中的表达情况相似 (李琳
玲等,2009);用 不 同 浓 度 (0、50、100、200
mmol/L)的NaCl处理菘蓝,定量分析结果 (图6)
表明,IiFeSOD 的表达受 NaCl诱导,IiFeSOD 随
着NaCl浓度的提高在整个植株体内的表达量先升高
后下降,浓度为50mmol/L时,表达量最高,是对
照的3.5倍,NaCl溶液浓度为100mmol/L时,基
因表达量稍有下降,NaCl溶液浓度为200mmol/L
时,基因表达量下降显著但仍比对照菘蓝植株体内
的表达量要高2倍。
2.3盐胁迫处理下菘蓝体内超氧化物歧化酶活性
的变化
SOD活性测定结果表明,盐胁迫条件下菘蓝超
氧化物歧化酶活性大大提高,是对照的3~5倍,且
随着盐浓度的提高,菘蓝体内SOD活性增强,而后
具下降趋势,但仍比对照高 (图7),研究结果表明
菘蓝铁型超氧化物歧化酶是诱导酶 (Stepien et al.,
2005)。在盐胁迫条件下,植物机体内会产生大量的
活性氧和自由基,植物通过调整体内基因的表达提
高SOD酶活性,有利于活性氧的清除,保护菘蓝免
5665期      韩立敏等:菘蓝铁型超氧化物歧化酶基因IiFeSOD 的克隆与胁迫表达
图2 IiFeSOD 核苷酸序列及其推导的氨基酸序列
Fig.2 Nucleotide sequence and deduced amino acid sequence of IiFeSOD
图3 菘蓝FeSOD氨基酸序列功能结构域分析
Fig.3 Functional domain analysis of IiFeSOD amino acid sequence fromIsatis indigotica
受氧化损伤,增强菘蓝对不良环境的抵抗能力。
3 结论与讨论
植物FeSOD多为环境诱导表达型,表达量高
低受到光、激素、温度等环境因子的影响 (Aaron
et al.,2012),本研究获得了一条菘蓝铁型超氧化
物歧化酶基因的全长,编码277个氨基酸。该基因
是环境诱导表达型,受盐胁迫诱导,盐胁迫引起了
IiFeSOD 表达量的迅速升高,菘蓝体内积累了大
量的铁型SOD来清除盐胁迫条件下所产生的活性
氧,从而减少氧化胁迫伤害,提高菘蓝对环境的适
应能力 (Mmalik et al.,2011)。
不同植物FeSOD蛋白的亚细胞定位不同,且
编码基因的组织表达特性有差异。Kwon et al.
(2003)研究萝卜SOD的表达发现,FeSOD 在萝
卜肉质根中基本不表达。但是 Kaminaka et al.
(1999)研究发现,在水稻中FeSOD 在所有组织
都有大量表达。该研究中,IiFeSOD 在菘蓝的根、
茎、叶中均有表达,叶中表达量最高,根中表达量
最低。GbFeSOD 可能主要定位于叶绿体中,所以
666 广 西 植 物                  33卷
图4 菘蓝FeSOD蛋白的Swiss-model同源建模分析
Fig.4 Homologous modeling analysis of IiFeSOD
protein Swiss-model
图5 菘蓝IiFeSOD 的组织表达分析
Fig.5 Expression analysis of IiFeSODin different tissues
在银杏含有叶绿体等器官组织中会有较高表达量
(李琳玲,等2009),IiFeSOD 虽然在叶中表达量最
高,但通过生物信息软件预测其却定位在线粒体中,
并具备线粒体导肽,不具跨膜结构,说明其可能定位
于线粒体基质中发挥作用,对其是否定位于线粒体,
在线粒体中发挥活性氧清除作用还有待进一步研究。
正常情况下,植物体内产生的活性氧处于较低
水平,不会对植物产生伤害。而在胁迫状态下,活
性氧代谢平衡被打破,ROS增多,会使蛋白质、
叶绿体等发生降解,活性氧中的羟自由基能直接启
动膜脂过氧化的自由基链式反应。盐胁迫下植物体
内ROS的积累是导致盐害的主要原因之一,植物
图6 菘蓝IiFeSOD 在盐胁迫条件下的表达分析
Fig.6 Expression analysis of IiFeSOD
under salt stress condition
图7 盐胁迫处理条件下的菘蓝体内SOD酶活性
Fig.7 Activity analysis of SOD fromIsatis indigotica
under salt stress
对胁迫的响应之一就是保护酶活性的变化 (Alsche
et al.,2002)。本研究也表明,NaCl可引起菘蓝
中SOD活性的提高,但不同浓度的 NaCl溶液对
菘蓝SOD活性有着不同的影响。在轻度盐胁迫下,
IiFeSOD 基因表达量升高,SOD活性上升,这可
能是菘蓝在抗盐机理方面对盐胁迫的一种适应性表
现,但在高浓度胁迫下,超过了其自身的忍耐程
度,导致SOD活性下降,不能有效地清除氧,从
而启动膜脂质过氧化作用,可能是盐胁迫对菘蓝造
成伤害的重要原因之一。
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