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SCOT genetic diversity of plants in Paris

重楼属植物遗传多样性的SCOT标记



全 文 :广 西 植 物 Guihaia May2014,34(3):315-319           http://journal.gxzw.gxib.cn 
DOI:10.3969/j.issn.1000G3142.2014.03.007
李壮,辛本华,杨华,等.重楼属植物遗传多样性的SCOT标记[J].广西植物,2014,34(3):315-319
LiZ,XinBH,YangH,etal.SCOTgeneticdiversityofplantsinParis[J].Guihaia,2014,34(3):315-319
重楼属植物遗传多样性的SCOT标记
李 壮1,辛本华1,杨 华2,刘 晨3,田孟良3∗
(1.四川农业大学农学院,四川 成都611130;2.四川农业大学科技管理处,四川 雅安625014;
3.四川农业大学新农村发展研究院,四川 雅安625014)
摘 要:为评估重楼属植物的基因资源开发前景,初步探讨了SCOT标记技术在重楼属植物遗传多样性研究
上的应用.采用目标起始密码子多态性(Startcodontargetedpolymorphism,SCOT)技术,对重楼属9个种40
份材料进行基因组DNA多态性分析.结果表明:四川地区重楼属植物具有丰富的遗传多样性,40份供试材
料可聚为4类:狭叶重楼单独聚为第一类;球药隔重楼、卵叶重楼、金线重楼及滇重楼聚为第二类;黑籽重楼与
七叶一枝花聚为第三类;五指莲与毛重楼聚为第四类.说明SCOT标记能够对重楼属植物进行准确的分子鉴
定,为重楼属植物的种类鉴定和种间的分类地位提供分子生物学依据,同时也为深入探究重楼皂苷合成关键
酶基因定位研究提供重要参考.
关键词:重楼;SCOT标记;多态性;聚类分析
中图分类号:Q949  文献标识码:A  文章编号:1000G3142(2014)03G0315G05
SCOTgeneticdiversityofplantsinParis
LIZhuang1,XINBenGHua1,YANGHua2,LIUChen3,TIANMengGLiang3∗
(1.AgriculturalcollegeofSichuanAgriculturalUniversity,Chengdu611130,China;2.Scienceandtechnology
managementofficeinSichuanAgriculturalUniversity,Ya’an625014,China;3.Researchinstitute
ofnewruraldevelopmentinSichuanAgriculturalUniversity,Ya’an625014,China)
Abstract:GeneresourcesanddevelopmentprospectsofplantsinPariswereevaluated.Appliedresearchesingenetic
diversityofplantinPariswerecarriedoutbasedonSCOTmarkers.GenomicDNApolymorphicanalysisintotalforG
tyindividulsofninespeciesinPariswereperformedbytheapproachofstartcodontargetedpolymorphism(SCOT).
ThegeneticdiversityoftheninespeciesinPariswashighinSichuanProvince.Clusteringanalysiscouldbeusedto
studytheclassificationofParis,whichindicatedthatfortyindividulswereclustered4classes.P.polyphyllavar.
stenophylla wasclusteredalonely.P.fargesii,P.delavayivar.petiolata,P.delavayivar.delavayi,P.
polyphyllavar.yunnaensiswereclustered.P.thibeticaandP.polyphyllavar.chinesiswereclustered.P.axiparis
var.axialisandP.maireiwereclustered.Inconclusion,plantinPariswasidentifiedaccuracilyinmolecularby
SCOTmarkersandmolecularevidenceswereprovidedonthetaxonomicstatusofspeciesandinterspecific.ItishelpG
fultofurtherstudyongenemappingofP.polyphyllasaponinbiosynthesiskeyenzyme.
Keywords:Paris;SCOTmarkers;polymorphism;clusteringanalysis
  重楼属(Paris)是瑞典植物学家CarlvonLinne
于1753年以分布于欧洲的Parisguadrifolia为模
式建立的,由于本属植物的外貌一致:一个茎,一轮
叶,顶生一朵花,不容易确定划分种以上各级单位的
指标,所以属的分类系统学范围一直存在争论,曾被
归于5个不同的科中,置于7个不同的目下(杨永红
收稿日期:2014G01G27  修回日期:2014G03G07
基金项目:国家“十二五”科技支撑计划项目(2011BAI13B02G6)
作者简介:李壮(1980G),男,重庆江津人,博士,讲师,从事药用植物栽培及分子生物学研究,(EGmail)lizhuang2006@sina.com.
∗通讯作者:田孟良,博士,教授,长期从事药用植物栽培及分子生物学研究,(EGmail)secondat@sicau.edu.cn.
表1 供试材料
Table1 Listofmaterialsused
编号
No.
种名 Materials 采集点Source
份数
Copies
编号
No.
种名 Materials 采集点Source
份数
Copies
1 球药隔重楼
Parisfargesii
天全、宝兴
Tianquan,Baoxingcounty
12 21 狭叶重楼
P.polyphyllavar.stenophylla
天全、宝兴
Tianquan,Baoxingcounty
12
2 球药隔重楼
P.fargesii
天全、宝兴
Tianquan,Baoxingcounty
12 22 狭叶重楼
P.polyphyllavar.stenophylla
天全、宝兴
Tianquan,Baoxingcounty
12
3 球药隔重楼
P.fargesii
天全、宝兴
Tianquan,Baoxingcounty
12 23 狭叶重楼
P.polyphyllavar.stenophylla
天全、宝兴
Tianquan,Baoxingcounty
12
4 球药隔重楼
P.fargesii
天全、宝兴
Tianquan,Baoxingcounty
12 24 狭叶重楼
P.polyphyllavar.stenophylla
天全、宝兴
Tianquan,Baoxingcounty
12
5 球药隔重楼
P.fargesii
天全、宝兴
Tianquan,Baoxingcounty
12 25 狭叶重楼
P.polyphyllavar.stenophylla
天全、宝兴
Tianquan,Baoxingcounty
12
6 球药隔重楼
P.fargesii
天全、宝兴
Tianquan,Baoxingcounty
12 26 狭叶重楼
P.polyphyllavar.stenophylla
天全、宝兴
Tianquan,Baoxingcounty
12
7 球药隔重楼
P.fargesii
天全、宝兴
Tianquan,Baoxingcounty
12 27 狭叶重楼
P.polyphyllavar.stenophylla
天全、宝兴
Tianquan,Baoxingcounty
12
8 球药隔重楼
P.fargesii
天全、宝兴
Tianquan,Baoxingcounty
12 28 狭叶重楼
P.polyphyllavar.stenophylla
天全、宝兴
Tianquan,Baoxingcounty
12
9 球药隔重楼
P.fargesii
天全、宝兴
Tianquan,Baoxingcounty
12 29 狭叶重楼
P.polyphyllavar.stenophylla
天全、宝兴
Tianquan,Baoxingcounty
12
10 黑籽重楼
P.thibetica
天全、宝兴
Tianquan,Baoxingcounty
12 30 狭叶重楼
P.polyphyllavar.stenophylla
天全、宝兴
Tianquan,Baoxingcounty
12
11 黑籽重楼
P.thibetica
天全、宝兴
Tianquan,Baoxingcounty
12 31 狭叶重楼
P.polyphyllavar.stenophylla
天全、宝兴
Tianquan,Baoxingcounty
12
12 黑籽重楼
P.thibetica
天全、宝兴
Tianquan,Baoxingcounty
12 32 七叶一枝花
P.polyphyllavar.chinensis
天全、宝兴
Tianquan,Baoxingcounty
12
13 黑籽重楼
P.thibetica
天全、宝兴
Tianquan,Baoxingcounty
12 33 七叶一枝花
P.polyphyllavar.chinensis
天全、宝兴
Tianquan,Baoxingcounty
12
14 毛重楼
P.mairei
天全、宝兴
Tianquan,Baoxingcounty
12 34 七叶一枝花
P.polyphyllavar.chinensis
天全、宝兴
Tianquan,Baoxingcounty
12
15 金线重楼
P.delavayivar.
delavayi
天全、宝兴
Tianquan,Baoxingcounty
12 35 七叶一枝花
P.polyphyllavar.chinensis
天全、宝兴
Tianquan,Baoxingcounty
12
16 金线重楼
P.delavayivar.
delavayi
天全、宝兴
Tianquan,Baoxingcounty
12 36 七叶一枝花
P.polyphyllavar.chinensis
天全、宝兴
Tianquan,Baoxingcounty
12
17 卵叶重楼
P.delavayivar.
petiolata
天全、宝兴
Tianquan,Baoxingcounty
12 37 七叶一枝花
P.polyphyllavar.chinensis
天全、宝兴
Tianquan,Baoxingcounty
12
18 卵叶重楼
P.delavayivar.
petiolata
天全、宝兴
Tianquan,Baoxingcounty
12 38 五指莲
P.axiparisvar.axialis
天全、宝兴
Tianquan,Baoxingcounty
12
19 卵叶重楼
P.delavayivar.
petiolata
天全、宝兴
Tianquan,Baoxingcounty
12 39 五指莲
P.axiparisvar.axialis
天全、宝兴
Tianquan,Baoxingcounty
12
20 卵叶重楼
P.delavayivar.
petiolata
天全、宝兴
Tianquan,Baoxingcounty
12 40∗ 滇重楼
P.polyphyllavar.yunnaensis
天全、宝兴
Tianquan,Baoxingcounty

 注:40∗采自云南丽江,2008年4月移栽至四川宝兴;天全县和宝兴县属雅安市.
 Note:40∗colectedfromLijiangofYunnantransplantingtoBaoxinofSichuaninApril,2008;TianquanCountyandBaoxingCountybelongtoYa’anCity.
等,2008;纪运恒,2006).
李恒(1998)曾基于形态特征及演化趋势、根据
数量性状和质量性状数据进行聚类分析(翁周等,
2008),利用DNA分子标记(陈照等,2009)等方法
建立了分类系统,但由于各种方法都有一定的缺陷
性(赵亚周等,2009),所以结果都还需进一步考证.
随着重楼需求量的增加以及重楼研究的进展,需要
更多的从种质资源方面入手,解决目前重楼基因资
源利用率水平低、药材品质不稳定以及基源选择太
过单一等问题.
在本研究中,通过SCOT标记揭示了四川重楼
属植物的遗传多样性,这不仅对收集与保存优良重
楼种质资源具有重要而深远意义,而且对保障用药
安全与扩大法定重楼基源具有重要参考价值.
1 材料与方法
1.1材料
2010年5月分别于四川天全至泸定二郎山隧
道段、宝兴至甘孜泸定段龙门山脉原始森林中荫湿
613 广 西 植 物                  34卷
处采集完整开花植株,每个材料采集6~12株,采集
地海拔2000~2800m.连同土壤用湿毛巾包裹,
带回四川农业大学农学院人工气候室按野生条件进
行栽培.供试材料编号、种名、采集点、份数见表1,
所有材料均由四川农业大学杨瑞武教授鉴定.
1.2基因组DNA提取及检测
将每个供试材料的样本混合,采用CTAB法分
别提取每个供试材料混合样的基因组DNA,通过
0.8%的琼脂糖凝胶电泳和紫外分光光度计检测
DNA的浓度和纯度,并稀释至10ng􀅰μLG1.DNA
样品保存于4℃冰箱内.
1.3SCOT标记
1.3.1SCOT 标记引物设计 试验参考 Bertrand
(2009)的研究,设计合成36条SCOT标记引物(表
2),引物由上海Invitrogen公司合成.
表2 SCOT引物
Table2 SCOTprimers
SCOT引物
SCOTprimer
引物序列
Sequence(5′G3′)
G+C含量
Contentof
G+C(%)
SCOT1 5′GCAACAATGGCTACCACCAG3′ 50
SCOT2 5′GCAACAATGGCTACCACCCG3′ 56
SCOT3 5′GCAACAATGGCTACCACCGG3′ 56
SCOT4 5′GCAACAATGGCTACCACCTG3′ 50
SCOT5 5′GCAACAATGGCTACCACGAG3′ 56
SCOT6 5′GCAACAATGGCTACCACGCG3′ 56
SCOT7 5′GCAACAATGGCTACCACGGG3′ 56
SCOT8 5′GCAACAATGGCTACCACGTG3′ 50
SCOT9 5′GCAACAATGGCTACCAGCAG3′ 50
SCOT10 5′GCAACAATGGCTACCAGCCG3′ 56
SCOT11 5′GAAGCAATGGCTACCACCAG3′ 50
SCOT12 5′GACGACATGGCGACCAACGG3′ 61
SCOT13 5′GACGACATGGCGACCATCGG3′ 61
SCOT14 5′GACGACATGGCGACCACGCG3′ 67
SCOT15 5′GACGACATGGCGACCGCGAG3′ 67
SCOT16 5′GACCATGGCTACCACCGACG3′ 56
SCOT17 5′GACCATGGCTACCACCGAGG3′ 61
SCOT18 5′GACCATGGCTACCACCGCCG3′ 67
SCOT19 5′GACCATGGCTACCACCGGCG3′ 67
SCOT20 5′GACCATGGCTACCACCGCGG3′ 67
SCOT21 5′GACGACATGGCGACCCACAG3′ 61
SCOT22 5′GAACCATGGCTACCACCACG3′ 56
SCOT23 5′GCACCATGGCTACCACCAGG3′ 61
SCOT24 5′GCACCATGGCTACCACCATG3′ 56
SCOT25 5′GACCATGGCTACCACCGGGG3′ 67
SCOT26 5′GACCATGGCTACCACCGTCG3′ 61
SCOT27 5′GACCATGGCTACCACCGTGG3′ 61
SCOT28 5′GCCATGGCTACCACCGCCAG3′ 67
SCOT29 5′GCCATGGCTACCACCGGCCG3′ 72
SCOT30 5′GCCATGGCTACCACCGGCGG3′ 72
SCOT31 5′GCCATGGCTACCACCGCCTG3′ 67
SCOT32 5′GCCATGGCTACCACCGCACG3′ 67
SCOT33 5′GCCATGGCTACCACCGCAGG3′ 67
SCOT34 5′GACCATGGCTACCACCGCAG3′ 61
SCOT35 5′GCATGGCTACCACCGGCCCG3′ 72
SCOT36 5′GGCAACAATGGCTACCACCG3′ 55
1.3.2SCOTGPCR的优化 SCOTGPCR反应的因素
及用量采用 L16(45)正交试验设计,对 Mg2+、
dNTps、Taq酶、引物和模板DNA的用量进行5因
素4水平的筛选(表3),取引物SCOT19作为体系
优化的引物,以编号为1的DNA作模板,建立适合
重楼属植物多样性研究的最优体系.其 SCOTG
PCR产物经2.5%的琼脂糖凝胶电泳检测,筛选出最
优PCR体系.
表3 L16(45)正交试验设计
Table3 FactorsanddosageL16(45)orthogonaldesign
编号
No.
因素Factors
Mg2+
模板量
Template dNTPs
引物
Primer
Taq酶
TaqEnzyme
1 1(1.0) 1(1.0) 1(1.2) 1(0.4) 1(0.5)
2 1(1.0) 2(1.5) 2(1.6) 2(0.8) 2(1.0)
3 1(1.0) 3(2.0) 3(2.0) 3(1.2) 3(1.5)
4 1(1.0) 4(2.5) 4(2.4) 4(1.6) 4(2.0)
5 2(1.5) 1(1.0) 2(1.6) 3(1.2) 4(2.0)
6 2(1.5) 2(1.5) 1(1.2) 4(1.6) 3(1.5)
7 2(1.5) 3(2.0) 4(2.4) 1(0.4) 2(1.0)
8 2(1.5) 4(2.5) 3(2.0) 2(0.8) 1(0.5)
9 3(2.0) 1(1.0) 3(2.0) 4(1.6) 2(1.0)
10 3(2.0) 2(1.5) 4(2.4) 3(1.2) 1(0.5)
11 3(2.0) 3(2.0) 1(1.2) 2(0.8) 4(2.0)
12 3(2.0) 4(2.5) 2(1.6) 1(0.4) 3(1.5)
13 4(2.5) 1(1.0) 4(2.4) 2(0.8) 3(1.5)
14 4(2.5) 2(1.5) 3(2.0) 1(0.4) 4(2.0)
15 4(2.5) 3(2.0) 2(1.6) 4(1.6) 1(0.5)
16 4(2.5) 4(2.5) 1(1.2) 3(1.2) 2(1.0)
  以最优SCOTGPCR体系设计进行退火温度梯
度试验,取编号为1的DNA作模板,SCOT7为引
物进行试验,试验中对PCR扩增程序中的扩增阶段
设置48℃、50℃、52℃、54℃、56℃共5个温度梯
度,其PCR产物经2.5%的琼脂糖凝胶电泳检测.
1.4SCOTGPCR电泳检测
扩增产物用6%的变性聚丙烯酰胺(PAGE)凝
胶(丙烯酰胺G甲叉19∶1,7mol􀅰LG1尿素,1×TBE
缓冲液)电泳分离.75W恒功率预电泳20min,每
点样孔中点样3.5μL,75W 恒功率电泳110~120
min后,经固定、银染、显影观察及记录.
1.5聚类分析
对获得清晰可重复的DNA条带进行统计,按
二元数据进行统计,有带记为1,无带记为0;构成遗
传多样性的原始数据矩阵.用 NTSYSpc2.10e软
件分析采集的数据计算遗传距离,进行UPGMA聚
类分析构建聚类图.
7133期          李壮等:重楼属植物遗传多样性的SCOT标记
2 结果与分析
2.1SCOT标记的引物筛选电泳图
在本研究中,以供试材料 QYG1为模板,从36
条SCOT标记引物中筛选出11条可扩增出清晰、
具有多样性谱带的引物(图1).
2.2SCOTGPCR的优化
琼脂糖电泳检测发现,可扩增出较多清晰条带
的最优 SCOTGPCR 体系为 Mg2+ 为2.0μL(20
mmol􀅰LG1)、模板DNA为1.5μL(10ng􀅰μLG1)、
dNTPs为2.4μL(2.5mmol􀅰LG1)、引物为1.2μL
(10μmol􀅰LG1)、Taq酶 为0.5U,退火温度为
52℃.
图1 SCOTGPCR引物筛选的电泳图
Fig.1ElectrophoresisofprimersselectioninSCOTGPCR
2.3扩增产物多态性分析
40份供试重楼材料总扩增带为127条,其中多
态性带在17~70条之间,平均多态性条带为48.15
条;多态性条带百分比为70.833%~90.909%,平均
多态性百分比为86.494%.结果表明,经SCOT标
记研究供试的40份重楼均表现出丰富的多态性(表
4).
表4 SCOTGPCR扩增产物多态性
Table4 AmplificationpolymorphismofSCOTGPCR
编号
No.
多态性条带数
Polymorphicbands
总扩增条带数
Amplificbands
多态性百分比
Polymorphism(%)
XY(21G31) 59.73 66.73 89.510
QYG(1G9) 31.33 38.33 80.865
HZ(10G13) 55.00 62.00 88.705
WZ(38G39) 38.50 45.50 84.614
DIA(40) 39.00 46.00 84.783
LY(17G20) 44.00 51.00 86.205
QY(32G37) 53.00 60.00 88.311
JX(15G16) 51.00 58.00 87.899
MAO(14) 55.00 62.00 88.710
2.4基于SCOT标记揭示的遗传多样性
基于遗传相似系数,利用UPGMA法对重楼属
9个种40份供试材料进行UPGMA聚类分析,从聚
类图可以将40份供试材料聚为4类,与李恒(1998)
的分类结果较为一致.狭叶重楼单独聚为第一类;
球药隔重楼、卵叶重楼、金线重楼及滇重楼聚为第二
类;黑籽重楼与七叶一枝花聚为第三类;五指莲与毛
重楼聚为第四类.其中遗传相似系数在0.333~
0.817,遗传距离在0.183~0.667之间;以七叶一枝
花与狭叶重楼间的遗传距离最小,狭叶重楼与金线
重楼间的遗传距离最大,表明重楼属植物遗传多样
性比较丰富(图2).
图2 40份重楼种质SCOT标记聚类图
Fig.2 Dendrogramfor40accessionsof
ParisbasedonSCOTmarkers
813 广 西 植 物                  34卷
3 讨论与结论
3.1重楼属种间系统发育关系
狭叶重楼、滇重楼、七叶一枝花为同一种下的不
同变种,但这三种重楼的遗传距离较远,分别聚在了
不同的类中.其中狭叶重楼单独聚在了第一类,滇
重楼却与来自不同种的卵叶重楼、球药隔重楼、金线
重楼一起聚在了第二类,七叶一枝花却与来自不同
种的黑籽重楼聚在了第三类.滇重楼和球药隔重
楼、卵叶重楼、金线重楼聚为第二类,可能是由于属
于蚤休组的滇重楼、卵叶重楼和金线重楼与属于球
药隔组的球药隔重楼都会出现雄蕊2轮的情况(李
恒,1998).金线重楼、卵叶重楼为同一种下的不同
变种,二者遗传距离较近,且同时聚在了第二类.七
叶一枝花属于多叶重楼,它与黑籽重楼同归于侧膜
亚属种,它们都同为热带型核型(李恒,1998),这两
种重楼聚为第三类.
本研究将球药隔重楼、卵叶重楼、金线重楼、滇
重楼聚为一类(第二类),虽尚无同时将这四种重楼
归为一类的相关研究,但却有不少间接的支持观点.
李恒(1998)根据核型结构公式均为 K2n=2x=10
=6m+4t而将金线重楼与球药隔重楼都归在热带
核型组中,根据萼片、花瓣特点及药隔外凸等将金线
重楼与卵叶重楼归为金线重楼的两个变种;丁春邦
等(2009)研究发现金线重楼与卵叶重楼柱头可授性
与花粉活力呈正相关;李娟等(2008)通过POD同
工酶分析指出球药隔重楼与卵叶重楼和金线重楼按
形态学差异分属于两个不同的组,但体内代谢相似
程度较高;赵万顺等(2010)采用数量分类学得到了
类似的聚类结果.根据本课题组资源收集后质量指
标测试试验数据,聚为第二类的重楼所含皂苷类物
质组成基本相同,含量相近,有类似的药用价值,由
于上述四种重楼中除滇重楼外的其它三种还未被药
典所收载,建议可将球药隔重楼、卵叶重楼、金线重
楼归为药典允许使用的种,扩大基源范围,缓解重楼
药用资源紧张的现状.
本研究将黑籽重楼与七叶一枝花聚在一起(第
三类),在一定程度支持了洪淑华(2009)根据薄层色
谱谱聚类分析的观点.2012-2013年我们在目前
国内最大的野生重楼密集分布区、四川省绵阳市安
县高川乡天池村的实地调查中发现,该地近10km2
的野生重楼中约60%为黑籽重楼、40%为七叶一枝
花.这一结果有力地提示了这两个种在系统发育关
系上的特殊性.在四川省邛崃山脉其它地区如宝
兴、彭州等地的调查也有相似的结果.
此外,关于五指莲与毛重楼聚在同一支的报道,
目前按李恒(1998)分类标准,毛重楼虽属侧膜亚属
种,但与属于中轴亚属的五指莲的雄蕊均有2轮,且
都为热带型核型;黄芸等(2005)以包含五指莲与毛
重楼在内的11种重楼测定皂苷总含量百分比低于
2.300%,缺乏分子方面的依据.
3.2重楼属植物遗传多样性
RSAP分子标记基于限制性酶切位点设计引
物,产物经分辨率较高的变性的PAGE(6%)检测;
而本研究所采用的SCOT分子标记是以起始密码
子设计引物,其PCR同时具有单、双引物特征,加之
产物由2.5%的琼脂糖凝胶电泳检测.PAGE电泳
结果显示,RSAPGPCR在供试材料间能有效、重复
地扩增出差异条带(杜晓华等,2006;辛本华等,
2011);SCOTGPCR同样能扩增出稳定的多样性条
带,说明这两种分子标记方法都适合于研究重楼属
植物遗传差异的多样性.
近年来利用分子标记进行分子系统学研究已广
泛应用于生物分类学,辛本华等(2011)用RSAP分
子标记方法研究重楼属植物,认为重楼属植物种内
差异较大.本研究以SCOT分子标记方法,通过对
电泳图谱数据矩阵进行遗传相似系数计算与聚类分
析,同样表明四川地区重楼属植物具有丰富的遗传
多样性.SCOT分子标记能够对重楼属植物进行准
确的分子鉴定,这为收集、保存、评价和利用重楼种
质资源,对重楼属植物的种类鉴定和种间分类地位
提供了分子生物学的依据,同时对深入探究重楼皂
苷合成关键酶基因定位研究提供了重要参考.
参考文献:
BertrandCY,ColardDavidJ,Mackil.2009.StartCodonTargeted
(SCOT)Polymorphism:Asimple,novelDNAmarkertechnique
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