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基于DNA条形码—产地—形态分析联用的巴西马钱属植物药QUINA基原鉴定研究



全 文 :1312 环球中医药 2015 年 11 月第 8 卷第 11 期 Global Traditional Chinese Medicine,November 2015,Vol. 8,No. 11
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(收稿日期:2015-08-18)
(本文编辑:蒲晓田)
基金项目:国家国际科技合作专项(2011DFA31370)
作者单位:100102 北京中医药大学中药学院[臧艺玫(硕士研究生)、顾选、肖瑶、刘春生、马长华],针灸推
拿学院(赵百孝) ,中医养生学研究所(韩丽) ;北京华邈中药工程技术开发中心(顾选) ;河南省药品审评认证中心
(余春霞)
作者简介:臧艺玫(1990 - ) ,女,2013 级在读硕士研究生。研究方向:药用植物与分子生药学。E-mail:meiy-
ee0810@ sina. com
通讯作者:赵百孝(1963 - ) ,教授,博士生导师。研究方向:针灸推拿。E-mail:baixiao100@ gmail. com
基于 DNA 条形码—产地—形态分析联用
的巴西马钱属植物药 QUINA基原鉴定研究
臧艺玫 顾选 余春霞 肖瑶 赵百孝 刘春生 马长华 韩丽
【摘要】 目的 通过 DNA条形码—产地—形态分析联用的方法对巴西马钱属植物药 QUINA
进行基原鉴定研究,为这种药材的开发利用提供依据。方法 通过提取样品 DNA、PCR扩增及双向
测序,获得样品的内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列,利用 NCBI数据库中的 BLAST
功能计算相似度,对其基原进行 DNA条形码鉴定;根据其产地信息对 DNA 条形码鉴定结果进行筛
选和分析;依据其形态特征验证鉴定结果。结果 本次收集的植物类药材 QUINA 来源于马钱科马
钱属植物 Strychnos pseudo quina A. St. -Hil.的根皮。结论 DNA条形码—产地—形态三者联用的方
法可弥补单一鉴定方法的不足,能够快速、准确的对未知样品进行基原鉴定。
【关键词】 马钱属; ITS序列; 基原鉴定
【中图分类号】 R284. 1 【文献标识码】 A doi:10. 3969 / j. issn. 1674-1749. 2015. 11. 010
The variety identification of QUINA in Brazil based on a combined analysis of DNA barcoding-ori-
gin-morphology ZANG Yi-mei,GU Xuan,YU Chun-xia,et al. School of Chinese Materia Medica,Bei-
jing University of Chinese Medicine. Beijing 100102,China
Corresponding author:ZHAO Bai-xiao,E-mail:baixiao100@ gmail. com
【Abstract】 Objective To study the variety identification of QUINA of Strychnos Linn. with the
combined analysis of DNA barcoding-origin-morphology and provide an evidence for the exploitation of this
kind of herbal in Brazil. Methods ITS sequences were amplified by PCR from genomic DNA and se-
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quenced.,BLAST(basic local alignment search tool)in NCBI database was used to calculate the similarity
of sequences to identify the variety of samples;then the DNA barcoding identification results were screened
and analyzed in reference to its origin information;finally,the morphological characteristics of samples was
used to verify the accuracy of identification. Results QUINA collected from market in Brazil was the root
bark of Strychnos pseudo quina A. St. -Hil. Conclusion The combined analysis of DNA barcoding-origin-
morphology could make up for the deficit of onefold identification method. It contributes to identifying the
variety of unidentified samples quickly and accurately.
【Key words】 Strychnos Linn.; ITS sequence; Variety identification
巴西蕴含丰富的植物资源[1],其中许多植物具
有药用价值[2]。由于没有植物药药典,巴西植物药
的品种鉴别主要依靠口授家传[3],导致其药材市场
伪品混杂。因此,建立一套规范化的基原鉴定方法
对保证巴西植物药的用药安全具有重要意义。
随着分子生物学的发展,DNA 条形码技术为物
种鉴定提供了新的依据,其具有准确、快速、能鉴别
无背景信息物种的优点[4-7],但由于存在相似度阈
值等问题,仅依靠 DNA条形码鉴定不能准确完成物
种鉴定,还需结合该属物种在巴西的分布情况对数
据库中的物种进行筛选,最终参照文献核对该物种
的性状和显微特征,判断入药部位的合理性。
巴西将可以提取到奎宁成分的 29 种苦味植物
药统称 QUINA[8],但这些不同来源的植物药中其他
的化学成分差异较大,药理作用也不甚相同,一旦
混用将带来严重的安全隐患。作者在巴西市场收
集药材样本时发现名为 QUINA 的药材,其基原可能
为马钱属植物,但品种难以确定。本文尝试利用
DNA条形码—产地—形态分析联用的方法对缺少
背景信息的该马钱属植物药进行基原鉴定研究,为
其安全、正确的使用提供依据。
1 材料与方法
1. 1 实验材料
QUINA药材 3 份,每份 200 g,2012 年 4 月购买
于巴西隆城市场药材集散地。样品的凭证标本保
存于北京中医药大学大学标本室。
1. 2 试剂
广谱植物基因组 DNA 快速提取试剂盒(北京
博迈德生物有限公司,批号:69632855) ;rTaq酶(上
海生工生物工程有限公司,批号:695671BE)、乙醇
(北京化工厂,批号:1124120381060079) ;琼脂糖
(BIOWEST,批号:142045) ;ddH2O等。
1. 3 仪器
显微镜(OLYMPUSCX-21,中国) ;SY-601 超级
恒温水浴(天津欧诺仪器仪表有限公司) ;L-901 涡
旋振荡仪(海门市其林贝尔仪器制造有限公司) ;
JA1103N千分之一精密电子天平;SIGMA3K-15 低
温高 速 离 心 机 (SIGMA 公 司) ;TECHNE TC-
3000PCR扩增仪,Bio-Rad电泳仪,水平电泳槽(北京
六一仪器厂) ;JS-680B全自动凝胶成像分析仪(上海
培清科技有限公司) ;GRANT 制冰机,超纯水制备系
统;KQ5200E型超声波清洗器;SANYO -80℃超低温
冰箱(SANYO公司) ;DHG-9145A型电热恒温鼓风干
燥箱(上海一恒科学仪器有限公司)等。
1. 4 DNA提取和 PCR扩增方法
取 3 份样品,观察形态,形态结果一致。每份样
品取 40 mg进行 DNA 提取。各份样本分别用液氮
冷冻后研磨成细粉,按照广谱植物基因组 DNA 快速
提取试剂盒操作步骤提取样品 DNA,1%琼脂糖凝
胶电泳检查 DNA 纯度及完整性。采用内转录间隔
区(internal transcribed spacer,ITS)序列通用引物对
样品进行 PCR扩增,ITS-R:5-CGTAACAAGGTTTC-
CGTAGGTGAA -3,ITS-F:5-TTATTGATATGCTTA-
AACTCAGCGGG -3。PCR扩增条件:50 μL 体系含
2 × Taq PCR MasterMix 25 μL,ITS-R(5 μmol /L)2.
5 μL,ITS-F(5 μmol /L)2. 5 μL,DNA 模板 4 μL,
ddH2O 16 μL。PCR 扩增程序:94 ℃预变性 5 分
钟,94 ℃ 变性 1 分钟,55 ℃ 退火 1 分钟,72℃ 延伸
1 分钟,35 个循环;72℃再延伸 10 分钟。PCR 产物
经 1% 的琼脂糖凝胶电泳检测,条带单一明亮者即
扩增成功。PCR扩增产物经纯化后,送上海生工生
物工程有限公司测序部测序。各样品均采用正向
和反向测序,以保证测序的准确性。
1. 5 DNA 条形码鉴定方法
利用 ContigExpress 软件对测序获得的正、反向
序列进行拼接,以 TCGA/T和GACCC /TC作为 ITS序
列边界截取 ITS 序列,然后利用相似度法分析序列。
根据 NCBI 中相似度搜索法(basic local align-
ment search tool,BLAST)功能,检索样品的 ITS 序列,
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本文以相似度 90%以上为属的鉴定依据,以相似度
97%以上的最高相似度物种为物种鉴定依据,获得鉴
定结果。若 BLAST 比对后得到的序列相似度均在
97%以下,则认为数据库中可能未注册该序列,此时,
根据“基于 ITS序列的鉴定方法”仅能鉴定到属水平;
该属中未注册序列的物种可能为鉴定结果。
1. 6 基于产地分析的鉴定方法
根据“基于 DNA 条形码鉴定方法”项下获得的
科、属和种的鉴定结果,依据《巴西植物志》记载的
巴西分布的该属植物物种信息,依次分析最高相似
度物种的产地是否相符合,如果符合,则为产地鉴
定结果,继续进行下一项分析;如果不符合,则分析
第二高相似度物种,以此类推,分析直至相似度
97%的物种。若相似度在 97%以上的物种产地均
与样品产地不相符合,则认为数据库未注册该样品
序列,无法根据“基于产地分析的鉴定方法”准确鉴
定到种水平。
1. 7 基于性状分析的鉴定方法
根据“基于产地分析的鉴定方法”项下获得的
鉴定结果,查询植物志(efloras)等数据库的形态信
息,按照《中华人民共和国药典》(一部)中性状和显
微鉴定的方法,核对性状特征和显微特征,进一步
证实鉴定物种结果和入药部位。
2 结果
2. 1 DNA条形码分析鉴定结果
2. 1. 1 科属的鉴定 3 份样品的测序峰图良好,测
序结果一致,选择一条序列用于后续分析。截取
ITS片段后,经 BLAST 检索,样品与马钱科马钱属
Strychnos L.植物相似度最高,相似度范围为 95% ~
99%,与其他属相似度均低于 95%。因此,该样品
来自马钱科马钱属 Strychnos L.植物。
2. 1. 2 种的鉴定 经 BLAST 检索,相似度达到
97%以上的物种有 Strychnos pseudo quina A. St. -Hil.
(JF938028. 1, 99%)、 Strychnos ecuadoriensis
(JF937975. 1,98%)、Strychnos cogens(JF937962. 1,
98%)及 Strychnos mitscherlichii(JF938007. 1,98%)。
故上述植物可能为巴西植物药 QUINA的基原,其中,
最佳鉴定结果为 Strychnos pseudoQuina A. St. -Hil.。
2. 2 基于产地分析的鉴定结果
巴西植物志记载马钱科马钱属共有 35 种植物,
ITS序列的最佳鉴定结果 Strychnos pseudoQuina A.
St. -Hil.在巴西分布[8-9],因此,根据产地分析巴西植
物药 Quina 的基原为 Strychnos pseudoQuina A.
St. -Hil.。
2. 3 基于形态分析的鉴定结果
样品的性状特征如下:浅槽状,有的为不规则
片状或块状。厚 1. 0 ~ 10. 0 mm。外表面红棕色或
棕褐色,多刮去外层栓皮,具“龟裂状”浅沟纹,和
“疙瘩状”突起,粉性;内表面偶见根痕,纤维性。质
脆,易折断,断面多分为两层,内层棕黄色或浅棕红
色,外层红棕色或棕褐色,有时两层分开。气微,味
极苦,见图 1。可知本样品与马钱属植物性状特征
较为符合,入药部位为根皮。
图 1 QUINA的性状图
样品的粉末显微特征如下:粉末黄棕色;木栓
细胞黄棕色,表面观多角形,侧面观呈栅栏状;石细
胞类圆形、多角形、长方形或少数呈纺锤形,纹孔及
孔沟明显;晶鞘纤维纤维束周围薄壁细胞中常含草
酸钙方晶,形成晶鞘纤维,见图 2。
由于以上显微特征专属性不强,且缺少参考资
料,无法根据显微特征对该样品基原进行准确鉴定。
1.木栓细胞 2.石细胞 3.晶鞘纤维
图 2 QUINA的显微图
3 讨论
DNA条形码分子鉴定技术为植物药基原物种
的鉴定提供了强有力的科技支撑,但也存在如下
问题:由于生物进化机制的复杂性,如多倍化现
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象,基因水平转移,基因渗入和物种谱系分选不完
全等,经常造成物种树与基因树不一致,导致 DNA
条形码序列在一些物种间没有鉴别力[10];一些物
种序列尚未登录 NCBI核酸数据库,因此通过分子
鉴定技术仅能够鉴定到属,但不能准确鉴定到物
种水平;一些物种没有准确的鉴定阈值且参比对
照序列时常变化,导致鉴定标准难以统一;一些物
种在 NCBI核酸数据库中比对后会出现相似度在
99%以上物种有两个甚至多个的情况,构建邻接
树时则会出现不同物种聚为一支的现象,因而无
法准确进行物种鉴定。综上所述,仅依靠 DNA 条
形码技术还不能满足植物药溯源及鉴定的要求。
产地适宜性是大部分药用植物的固有性质,不同
物种在不同国家的分布有所不同,因此产地信息
对植物药的基原鉴定起到了辅助作用;植物的形
态特征,包括性状特征及显微特征,是判断入药部
位的重要依据。先利用分子鉴定的方法对无背景
信息的药材进行品种溯源,再结合该药材的产地
及形态信息对分子鉴定结果进行筛选和验证,最
后利用形态特征判断药材的入药部位,三种方法
相互补充,弥补了单一鉴定方法的不足,能够快
速、准确地对未知样品进行基原鉴定。
本研究结果表明,本次收集的巴西植物药 QUI-
NA来源于马钱科马钱属 Strychnos pseudo quina A.
St. -Hil.的根皮。在巴西,Strychnos pseudo quina A.
St. -Hil.的根皮一直是提取奎宁的原料之一,用以治
疗发热、疟疾等症[8]。因此,中国也可以此为依据,
尝试在马钱属植物中提取奎宁。
2010 版《中国药典》收录的马钱属药材为马钱
Strychnos nux-vomica L. 的干燥成熟种子[11]。马钱
子的主要成分是单萜吲哚类生物碱,包括马钱子碱
(brucine)、伪马钱子碱(pseudobrucine)、番木鳖碱
(stryehnine)、4-羟基士的宁 (4-hydroxystrychine)
等[12-15]。药理研究显示,马钱子提取物具有肌松、
中枢神经系统兴奋、镇痛、治疗风湿性关节炎等作
用且疗效显著[16-19]。Strychnos pseudo quina A. St. -
Hil.的根皮中也含有生物碱类[8],具体的化学成分还
鲜有报道,但已有研究表明,皮刺马钱(strychnos ac-
uleata)、里渥马钱(strychnos castelneana)等马钱
属其他植物的根皮中也含有多种吲哚类生物碱,
如黑马钱碱(nigritanins)、裸籽士的宁(spermos-
trychnine)、N-乙酰基异华采马钱 碱 (n-acetyl-
isostrychnosplendine)[20]等,与马钱子的主要成分相
似。因此,可对 Strychnos pseudo quina A. St. -Hil.和
其他马钱属植物根皮提取物的化学成分及药理活
性进行深入研究,以期扩大马钱属植物的药用资源。
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(本文编辑:蒲晓田)