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基于ITS和trnL-F序列的青藏高原棘豆属植物分子系统学研究



全 文 :第39卷 第11期
2011年11月
西北农林科技大学学报(自然科学版)
Journal of Northwest A&F University(Nat.Sci.Ed.)
Vol.39 No.11
Nov.2011
DOI:CNKI:61-1390/S.20110907.1054.010 网络出版时间:2011-09-07 10:54
网络出版地址:http://www.cnki.net/kcms/detail/61.1390.S.20110907.1054.010.html
基于ITS和trnL-F序列的青藏高原
棘豆属植物分子系统学研究

李云霞,兰芙蓉,常朝阳,郭泽坤
(西北农林科技大学 生命科学学院,陕西 杨凌712100)
[摘 要]  【目的】探讨青藏高原棘豆属植物的系统学关系,为该属植物的研究提供分子系统学方面的资料。
【方法】以青藏高原16种棘豆属植物27个地理种群标本为试材,提取其总DNA后,分别对ITS序列和trnL-F序列
进行PCR扩增、纯化及测序,并对所测序列进行同源性比对,用Kimura 2-parameter距离模型计算各序列间的进化距
离,以乌拉特黄耆(Astragalus hoantchy)和多枝黄耆(A.polycladus)为外类群,利用 MEGA软件构建基于ITS序列
和trnL-F序列的青藏高原棘豆属植物的系统发育进化树。【结果】ITS序列对位后长度为710bp,有58个简约信息
位点,G+C平均含量为54.3%,该序列的平均进化距离为0.016,但进化距离总体较小。trnL-F序列对位后长度为
867bp,有94个简约信息位点,G+C平均含量为33.7%,该序列的平均进化距离为0.018,总体进化距离较ITS序列
大。ITS序列较叶绿体trnL-F序列含有较多的系统发育信息。在基于2个序列构建的系统发育树中,大花棘豆亚属
除少数居群外均形成单系分支,说明以心皮有无隔膜来划分棘豆属属下分类系统可以较好地获得分子系统学的支
持;但在其他亚属及组水平上,并不构成单系。【结论】棘豆属各类群间系统发育信息含量明显较低,说明棘豆属物种
分化发生较晚,尤其是在青藏高原这样一个始于第三纪造山运动的年轻区域,其棘豆属物种的新近起源和形态的快
速分化还难以在遗传水平上固定下来。
[关键词] 棘豆属;ITS序列;trnL-F序列;系统发育;青藏高原
[中图分类号] Q111 [文献标识码] A [文章编号] 1671-9387(2011)11-0187-07
Molecular phylogeny of Oxytropis DC.of Qinghai-Tibetan
Plateau by ITS and trnL-F sequences
LI Yun-xia,LAN Fu-rong,CHANG Zhao-yang,GUO Ze-kun
(College of Life Sciences,Northwest A&F University,Yangling,Shaanxi 712100,China)
Abstract:【Objective】The research explored the phylogenetic relationships of Oxytropis DC.of Qing-
hai-Tibetan Plateau to provide more information for the molecular phylogeny of Oxytropis DC.【Method】
Total DNA of 16species(27sequence accessions)of the genus Oxytropis from Qinghai-Tibetan Plateau
was extracted,and the ITS sequence and trnL-F sequence were respectively amplified and sequenced,then
the homology of the sequences was compared.The evolutionary distance of ITS and trnL-F sequences were
respectively calculated by Kimura 2-parameter model.The phylogenetic trees were constructed with the
MEGA software and Astragalus hoantchyand A.polycladus were outgroups.【Result】The aligned length
of ITS sequence is 710bp,and there are 58parsimonious informative sites and 54.3% G+C content in the
ITS sequence.The average evolutionary distance of ITS sequence is 0.016,but the general distance is
* [收稿日期] 2011-04-07
[基金项目] 国家自然科学基金项目(30870155)
[作者简介] 李云霞(1984-),女,山西忻州人,在读硕士,主要从事分子进化与系统发育学研究。E-mail:liyunxia2005@sohu.com
[通信作者] 郭泽坤(1969-),男,黑龙江齐齐哈尔人,教授,博士,博士生导师,主要从事分子细胞生物学研究。
E-mail:gzk@nwsuaf.edu.cn
smal.The aligned length of trnL-F sequence is 867bp,and there are 94parsimonious informative sites and
33.7% G+C content in the trnL-F sequence.The average evolutionary distance of trnL-F sequence is
0.018,but the general distance is more than the ITS sequence.ITS sequence contains more phylogenetic in-
formation than trnL-F sequence.On the phylogenetic trees of ITS and trnL-F sequences,Orobia(Bunge)
C.W.Chang form a wel supported clade.The results suggested that whether having septum in the carpel
or not is a good character for infrageneric classification of Oxytropis.However,in the level of other subge-
nus and sections,the two trees contain low phylogenetic information,and the sections can not form mono-
phyletic group.【Conclusion】The low phylogenetic information revealed that species diferentiation of Oxytropis
may be late,especialy in the young floristic region like Qinghai-Tibetan Plateau which was formed by Tertiary oro-
genic movement,circumscription of those species needs further investigation by more data.
Key words:Oxytropis DC.;ITS sequence;trnL-F sequence;phylogenetic analysis;Qinghai-Tibetan
Plateau
   棘豆属(Oxytropis DC.)植物属于豆科(Legu-
minosae)山 羊 豆 族 (Galegeae (Br.)Torrey et
Gray)黄耆亚族(Astragalinae(Adans.)Benth.et
Hook.f.),约有300多种,主要分布于亚洲、欧洲、
非洲和北美[1]。在我国有130多种,分为6个亚属,
其中大花棘豆亚属和棘豆亚属在《中国植物志》[1]中
主要是以心皮有无隔膜来划分的。棘豆属植物以内
蒙古和新疆的种类居多,其次是青藏高原及西南山
区[2]。该属植物具有重要的药用价值,尤其在藏药
中被广泛使用[3]。目前国内对棘豆属植物的研究多
集中在形态分类、细胞学、化学成分的危害、预防和
治疗及其开发利用等方面[3-10],在分子水平上的研
究较少。对棘豆属植物进行系统研究的仅见于Jor-
gensen等[11]对北美一些种的研究以及高静等[12]对
内蒙古棘豆属的研究,而对青藏高原棘豆属植物的
分子系统学研究目前尚未见报道。
始于第三纪的造山运动不仅使青藏高原成为了
世界屋脊,也使其成为了一个特殊的自然地理综合
体。其极端复杂的环境造就了区域内植物区系的特
殊性和复杂性,近年来报道的青藏高原棘豆属新种就
有10多个[13-17]。由于核DNA ITS序列基因内保守
但基因间存在一定变异,且便于设计通用引物,所以
常被用来分析植物属及属下水平的系统发育关
系[18],如 Matthias等[19]通过比较黄耆属和棘豆属植
物的ITS序列,发现在遗传多样性方面棘豆属植物更
值得保护。而叶绿体DNA trnL-F序列所受选择压力
较小,进化较快,也常被用于属间及属下分类阶元的
系统发育分析[20]。本研究对青藏高原16种棘豆属植
物27个地理种群单株的ITS序列和叶绿体trnL-F序
列进行了分析,以乌拉特黄耆(Astragalus hoantchy)
和多枝黄耆(A.polycladus)为外类群,结合形态学资
料探讨青藏高原棘豆属植物的系统学关系,以期为棘
豆属植物研究提供分子系统学方面的资料。
1 材料与方法
1.1 材 料
供试的16种棘豆属植物及外类群多枝黄耆标
本由常朝阳等在2009年采自西藏、甘肃、四川等地,
均经野外烘干处理而成,凭证标本存放于西北农林
科技大学植物标本馆(WUK),具体情况见表1。外
类群乌拉特黄耆的ITS 序列来自 GenBank 库
(AF521952.1)。
表1 供试棘豆属植物标本的基本情况
Table 1 Oxytropis materials of the research
物种
Species
采集地
Locality
凭证标本号
Voucher
采集日期
Colecting date
海拔/m
Elevation
毛瓣棘豆O.sericopetala
Prain et C.E.C.Fisch.
西藏日喀则市柳乡
Liuxiang,Rikaze,Xizang QZ687  07-31  4 000
西藏曲水茶巴拉乡
Chabalaxiang,Qushui,Xizang QZ655  07-30  3 600
西藏日喀则市甲措雄乡
Jiacuoxiongxiang,Rikaze,Xizang QZ683  07-30  3 858
甘肃棘豆O.kansuensis Bunge 甘肃碌曲尕秀村 Gaxiucun,Luqu,Gansu  QZ150  07-15  3 500
西藏工布江达县 Gongbujiangda,Xizang  QZ629  07-28  4 400
四川炉霍更知乡
Gengzhixiang,Luhuo,Sichuan QZ392  07-21  3 700
881 西北农林科技大学学报(自然科学版) 第39卷
续表1 Continued table 1
物种
Species
采集地
Locality
凭证标本号
Voucher
采集日期
Colecting date
海拔/m
Elevation
密花棘豆
O.imbricata Kom.
甘肃夏河县阿寨乡
Azhaixiang,Xiahe,Gansu QZ089  07-14  2 664
祁连山棘豆O.qilianshanica
C.W.Chang et C.L.Zhang
西藏拉孜县热绒乡
Rerongxiang,Lazi,Xizang QZ712  07-31  4 400
黄花棘豆
O.ochrocephala Bunge
四川色达县翁达镇
Wengdazhen,Seda,Sichuan QZ265  07-19  4 000
甘肃和政县太子山
Taizishan,Hezheng,Gansu QZ007  07-13  2 500
甘肃夏河县拉卜楞
Labuleng,Xiahe,Gansu QZ116  07-14  3 000
小叶棘豆
O.microphylla(Pal.)DC.
西藏拉孜县柳乡
Liuxiang,Lazi,Xizang QZ698  07-31  4 202
西藏定日县果热加措乡
Guorejiacuoxiang,Dingri,Xizang QZ716  07-31  4 500
冰川棘豆O.glacialis
Benth.ex Bunge
西藏江孜县热隆乡
Relongxiang,Jiangzi,Xizang QZ678  07-30  5 061
兴隆山棘豆O.xinglong-
shanica C.W.Chang
甘肃夏河县清水乡
Qingshuixiang,Xiahe,Gansu QZ043  07-14  2 273
洮河棘豆
O.taochensis Kom.
甘肃夏河县清水乡
Qingshuixiang,Xiahe,Gansu QZ032  07-14  2 273
细小棘豆
O.pusilla Bunge
西藏八宿吉中乡
Jizhongxiang,Basu,Xizang QZ520  07-25  4 200
软毛棘豆
O.mollis Royle ex Benth.
四川炉霍县旦都乡
Danduxiang,Luhuo,Sichuan QZ379  07-21  3 450
四川德格县柯洛洞乡
Keluodongxiang,Dege,Sichuan QZ440  07-22  3 400
西藏江达县岗托乡
Gangtuoxiang,Jiangda,Xizang QZ454  07-23  3 100
拉伯兰棘豆O.lapponica
(Wahlenb.)J.Gay
西藏工布江达嘎木龙玛
Gamulongma,Gongbujiangda,Xizang QZ636  07-28  4 400
西藏八宿县邦达镇
Bangdazhen,Basu,Xizang QZ528  07-25  4 500
少花棘豆
O.pauciflora Bunge
西藏江孜县热隆乡
Relongxiang,Jiangzi,Xizang QZ676  07-30  5 061
线苞棘豆
O.linearibracteata P.C.Li
西藏江达县同普乡
Tongpuxiang,Jiangda,Xizang QZ467  07-23  4 500
黄毛棘豆
O.ochrantha Turcz.
甘肃夏河县博拉乡
Bolaxiang,Xiahe,Gansu QZ137  07-15  2 900
四川炉霍县旦都乡
Danduxiang,Luhuo,Sichuan QZ384  07-21  3 450
宽苞棘豆
O.latibracteataJurtz.
甘肃夏河县拉卜楞
Labuleng,Xiahe,Gansu QZ110  07-14  3 000
多枝黄耆A.polycladus
Bur.et Franch.
甘肃夏河县拉卜楞
Labuleng,Xiahe,Gansu QZ107  07-14  3 000
1.2 方 法
1.2.1 供试植物材料总DNA的提取 用改良的
CTAB法[21]提取各植物样品的总DNA。经琼脂糖
凝胶电泳检测后,保存于4℃冰箱中备用。
1.2.2 目的序列的PCR扩增 外类群乌拉特黄耆
的ITS序列来自GenBank(AF521952.1),其余ITS
序列PCR扩增所用引物均为ITS5和C26A[11],采用
降落PCR,反应体系50μL:DNA模板1μL,PCR
bufer 5μL,MgCl24μL,dNTPs 1μL,引物各2μL,
ddH2O 34.75μL,Taq酶(10U)0.25μL。扩增程序
为:95℃预变性2min;94℃变性1min,55℃复性1
min,72℃延伸1.5min,3个循环;94℃变性1min,
53℃复性1min,72℃延伸1.5min,3个循环;94℃
变性1min,51℃复性1min,72℃延伸1.5min,20个
循环;最后72℃延伸10min。
trnL-F序列PCR扩增所用引物为通用引物c
和f[22],PCR反应体系50μL:DNA 模板 1μL,
PCR buffer 5μL,MgCl24μL,dNTPs 1μL,引物各
1.5μL,ddH2O 35.75μL,Taq酶(10U)0.25μL。
扩增程序为:94℃预变性5min;94℃变性1min,
56℃复性1min,72℃延伸1.5min,30个循环;最
后72℃延伸10min。
ITS序列的PCR产物用AxyPrep PCR清洁试
剂盒进行纯化;trnL-F序列的PCR产物用AxyPrep
DNA凝胶回收试剂盒进行纯化。由北京三博远志
技术有限责任公司完成测序,其中ITS序列采取正
向测序,trnL-F序列采取双向测序并对测序结果进
行手工校对和拼接,拼接软件为Contigl软件。
1.3 数据处理与分析
用ClustalX2软件进行多序列比对,用 MEGA
981第11期 李云霞,等:基于ITS和trnL-F序列的青藏高原棘豆属植物分子系统学研究
进行最大简约法分析,构建系统发育进化树,用
Kimura 2-parameter距离模型计算序列间进化距
离,自展Bootstrap检验评价发育树,1 000次重复。
2 结果与分析
2.1 棘豆属植物ITS和trnL-F序列的特点
表2显示,ITS序列长度为680~700bp,对位
后长度为710bp,包括124个变异位点,58个简约
信息位点,65个单一位点,G+C含量为53.5%~
55.1%,平均为54.3%。trnL-F序列长度为690~
790bp,对位后长度为867bp,包括150个变异位
点,94个简约信息位点,55个单一位点,G+C含量
为32.8%~34.5%,平均为33.7%。
2.2 棘豆属植物ITS和trnL-F序列间的进化距离
ITS序列间的Kimura 2-parameter遗传距离在
0.000~0.018,平均距离为0.016,但总体遗传距离
较小。其中甘肃棘豆 QZ392、QZ150、QZ629间,宽
苞棘豆 QZ110与黄毛棘豆 QZ384、QZ137间,软毛
棘豆QZ440、QZ379与QZ454间及黄花棘豆QZ265
与QZ007间的遗传距离均为0。小叶棘豆 QZ716
与细小棘豆 QZ520间的遗传距离最大,为0.018。
细小棘豆QZ520与其他各序列间的遗传距离都较
大。
trnL-F序列间的遗传距离在0.000~0.040,平
均距离为0.018,总体遗传距离较ITS序列大,只有
毛瓣棘豆QZ655与QZ687间的距离为0。
表2 青藏高原棘豆属植物ITS序列和trnL-F序列的相关参数
Table 2 Characteristics for ITS sequence and trnL-F sequence
序列
Sequence
对位后长度/bp
Aligned
length
变异位点/bp
Variable
简约信息位点/bp
Parsimony
informative
简约信息位点/%
Parsimony
informative site
G+C含量/%
G+C content
单一位点
Singleton site
ITS  710  124  58  8.2  54.3  65
trnL-F  867  150  94  10.8  33.7  55
2.3 棘豆属植物ITS和trnL-F序列系统发育分析
以多枝黄耆和乌拉特黄耆为外类群对ITS序
列、以多枝黄耆为外类群对trnL-F序列,采用最大
简约法构建青藏高原棘豆属植物的系统发育树,结
果见图1和图2。其中ITS序列的严格一致树树长
为294,trnL-F序列的严格一致树树长为420。
图1 基于最大简约法构建的青藏高原棘豆属植物ITS序列系统发育树
分支上的数字为自展支持率(%),图2同
Fig.1 Maximal parsimonious tree based on ITS of Oxytropisof Qinghai-Tibetan Plateau
Numbers above branches indicate bootstrap values(%),the same as fig.2
091 西北农林科技大学学报(自然科学版) 第39卷
图2 基于最大简约法构建的青藏高原棘豆属植物trnL-F序列系统发育树
Fig.2 Maximal parsimonious tree based on trnL-F of Oxytropis of Qinghai-Tibetan Plateau
  从图1可以看出,多枝黄耆和乌拉特黄耆处于
分支的基部,所有棘豆属的种类自成一支,自展支持
率为99%。除黄花棘豆甘肃夏河居群QZ116与甘
肃和政居群 QZ007、四川色达居群 QZ265,小叶棘
豆西藏拉孜居群QZ698与定日居群QZ716,以及毛
瓣棘豆西藏日喀则居群 QZ687和日喀则的另一个
居群QZ683及曲水居群 QZ655外,相同物种不同
地理种群均能够聚为一类,自展支持率均超过
50%。大花棘豆亚属的种类除小叶棘豆拉孜居群
QZ698外形成一个单系分支,自展支持率为81%;
其余棘豆亚属的种类为软毛棘豆与细小棘豆聚为一
支,自展支持率为58%;毛瓣棘豆与冰川棘豆聚为
一支,自展支持率为62%;小叶棘豆拉孜居群与黄
花棘豆聚为一支,自展支持率为95%;甘肃棘豆与
密花棘豆及毛瓣棘豆的QZ687居群聚为一支,自展
支持率为54%,少花棘豆与线苞棘豆聚为一支,自
展支持率为52%。
从图2可知,大花棘豆亚属的种类形成一个单
系分支,自展支持率为99%,其余棘豆亚属种类与
ITS序列构建的系统发育树差异较大,而且很多相
同物种不同地理种群未聚在一起,有很多物种间的
自展支持率为0,形成了多岐分支。
3 讨 论
目前对棘豆属的系统学研究主要是以传统形态
学特征为依据,通过分子学手段探讨其系统演化及
物种间关系的研究还较少。本研究依据核基因ITS
序列和叶绿体trnL-F序列,构建了青藏高原16种
棘豆属植物27个居群的系统发育树,结果显示,
ITS序列比叶绿体trnL-F序列含有更多的系统发
育信息。赵海光等[23]在基于ITS和trnL-F序列对
繁缕及其近缘种的亲缘关系分析中指出,trnL-F序
列的鉴别能力较ITS序列弱,这与本研究结果一
致。有研究表明,被子植物中叶绿体DNA的进化
速率比核DNA低,而大多数植物中以无性生殖方
式进行遗传的细胞器基因的突变速度比核基因的
低[24],这可能是导致本研究中ITS序列和trnL-F
序列构建的系统发育树差别较大的原因。
康云等[25]通过ITS序列研究了中国簇毛黄耆
亚属植物的系统学问题,发现棘豆属植物均聚在了
191第11期 李云霞,等:基于ITS和trnL-F序列的青藏高原棘豆属植物分子系统学研究
一个大分支上,支持率达到了100%。本研究构建
的基于ITS序列和trnL-F序列的系统发育树也显
示,棘豆属植物和黄耆属植物分属同一大支,支持了
棘豆属单系起源的观点[12]。王丽等[26]在对青藏高
原上棘豆属和黄耆属7种植物的核型研究中得出,
小叶棘豆普兰种群的核型属于2B型,而其拉孜种
群为1A型。本研究中基于ITS序列构建的进化树
中,小叶棘豆拉孜种群与定日种群未聚在一起,这支
持了小叶棘豆不同地理种群间有一定差异的观
点[26];王丽等[26]还发现,冰川棘豆与毛瓣棘豆的核
型均属2A型,但前者有2个B染色体且第4对染
色体短臂上具随体。本研究基于ITS序列构建的
进化树中,毛瓣棘豆与冰川棘豆聚在了一起,说明二
者有较近的亲缘关系。
  本研究构建的ITS序列进化树中,大花棘豆亚
属除小叶棘豆拉孜居群(QZ698)外均可构成单系,
而在以多枝黄耆为外类群构建的trnL-F序列系统
发育树中,大花棘豆亚属形成单系分支。显然,以心
皮有无隔膜来划分棘豆属属下分类阶元,能获得分
子系统学比较好的支持。但新修订的《中国植物志
(英文版)》[27]取消了大花棘豆亚属,并将其亚属下
的植物均归入棘豆亚属中,本研究不支持这一观点。
同时,在《中国植物志》[1]中,少花棘豆和线苞棘豆分
别属于棘豆组和蓝花棘豆组,黄花棘豆和小叶棘豆
也分属于不同亚属,但在《中国植物志(英文版)》[27]
中将少花棘豆和线苞棘豆都归入了矮生棘豆组中,
将黄花棘豆和小叶棘豆均归为同一亚属。本研究结
果也显示,少花棘豆与线苞棘豆、黄花棘豆与小叶棘
豆分别聚在了一起。
另外,本研究中相同种的不同地理种群在基于
ITS序列构建的系统发育树中也基本能够聚为一
类,说明它们具有相同的遗传背景。但在组的水平
上,传统分类所承认的组并没有构成单系。显然,对
棘豆属属下分类系统的界定仍需进行更深入的研
究。
  Jorgensen等[11]对阿拉斯加棘豆属2个复合群
的研究及高静等[12]对内蒙古棘豆属的分子系统学
研究,均出现了遗传变异位点偏低及信息含量较低
的现象。本研究结果与此类似,说明棘豆属的物种
分化发生较晚,尤其对于青藏高原这样一个年轻的
区域,物种的新近起源和形态的快速分化还没有在
遗传上固定下来。因此,今后的研究应选取更多的
棘豆属物种及居群数量,并选择更好的基因序列,以
期能更准确地说明它们的系统发育关系。
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