免费文献传递   相关文献

鸟巢蕨EST-SSR标记的开发与应用



全 文 :华北农学报·2015,30(6) :134 -139
收稿日期:2015 - 09 - 02
基金项目:江苏省农业科技自主创新资金品种创新项目(CX(13)2044)
作者简介:贾新平(1983 -) ,男,山西晋城人,助理研究员,博士,主要从事园艺植物分子生物学研究。
通讯作者:邓衍明(1976 -) ,男,安徽泗县人,副研究员,博士,主要从事观赏植物生物技术育种研究。
鸟巢蕨 EST-SSR标记的开发与应用
贾新平,邓衍明,孙晓波,梁丽建
(江苏省农业科学院 园艺研究所,江苏省高效园艺作物遗传改良重点实验室,江苏 南京 210014)
摘要:为加速分子标记在鸟巢蕨研究中的应用,利用鸟巢蕨 EST 序列开展了 EST-SSR 标记的开发和应用研究。
利用 MISA软件对鸟巢蕨 EST序列进行 SSR位点查找,分析 EST-SSR的总体特征,并利用 Primer 3. 0 软件设计 40 对
引物,选用 10 份蕨类材料检测引物的多态性。从 42 907 条鸟巢蕨 EST序列中检测到 6 067 个 SSR位点,其出现频率
为 1 /6. 62 kb,包括 106 种重复基元。在鸟巢蕨 EST-SSR中,二核苷酸重复(2 873 个,47. 35%)是最主要的类型,其次
是三核苷酸(1 107 个,18. 25%)和单核苷酸(972 个,16. 02%)。出现最多的重复基元是 AG/TC(1 371 个,22. 60%) ,
其次是 CA/GT(1 066 个,17. 57%)和 A/T(628 个,10. 35%)。设计合成了 40 对 EST-SSR引物对 10 份蕨类材料进行
PCR扩增,26 对引物能扩增出明显条带,其中 17 对引物扩增出了 65 条多态性条带,平均每对引物多态性带为 3. 82
条。遗传分析表明,10 份蕨类材料之间的遗传相似系数为 0. 338 ~ 0. 815,可将供试蕨类材料分为 2 个类群。从鸟巢
蕨 EST序列中开发 SSR标记是有效和可行的,开发的 EST-SSR引物可用于蕨类植物遗传分析研究。
关键词:鸟巢蕨;分子标记;EST-SSR
中图分类号:S682. 03 文献标识码:A 文章编号:1000 - 7091(2015)06 - 0134 - 06
doi:10. 7668 /hbnxb. 2015. 06. 020
Development and Application of EST-SSR Marker in Asplenium nidus
JIA Xin-ping,DENG Yan-ming,SUN Xiao-bo,LIANG Li-jian
(Institute of Horticulture,Jiangsu Academy of Agricultural Sciences,Jiangsu Key Laboratory for
Horticultural Crop Genetic Improvement,Nanjing 210014,China)
Abstract:To accelerate the application of molecular markers in Asplenium nidus,EST-SSR markers develop-
ment and utilization form the Asplenium nidus EST sequences were performed. A total of 42 907 EST sequences were
obtained from the Asplenium nidus transcriptome,and these sequences were screened by using MISA software to
search for SSR motifs. Forty pairs of primers were designed by Primer 3. 0 software,and the polymorphism of the
primer was tested by PCR amplification of 10 ferns. A total of 6 067 EST-SSR were identified with an average of one
SSR per 6. 62 kb,and included 106 SSR motif types. Dinucleotide repeats was the dominant type(2 873,
47. 35%) ,followed by trinucleotide(1 107,18. 25%)and mononucleotide(972,16. 02%)repeats. The dominant
repeat motif in all EST-SSRs was AG /TC(1 371,22. 60%) ,followed by CA /GT(1 066,17. 57%)and A /T(628,
10. 35%). 40 pairs of EST-SSR primers were designed and synthesized based on different motifs types,and verified
with 10 fern varieties for polymorphism. Among them,26 primer pairs could produce clear and stable bands,and 17
out of 26 primer pairs could amplify 65 polymorphic bands with an average of 3. 82 bands per primer pair. The ge-
netic similarity coefficient and cluster analysis were calculated by NTSYS-pc 2. 10e software. The genetic analysis
showed that,the genetic similarity coefficients between the 10 cultivars ranged from 0. 338 to 0. 815,and the cluster
analysis showed that all the cultivars could be categorized into two major clusters. These results showed that it is an
effective and feasible way to develop EST-SSR markers from Asplenium nidus EST sequences,and the primers de-
signed in this study can be used in genetic analysis of fern.
Key words:Asplenium nidus;Molecular marker;EST-SSR
6 期 贾新平等:鸟巢蕨 EST-SSR标记的开发与应用 135
SSR(Simple sequence repeat)又称微卫星(Mic-
rosatellite) ,是一类由 1 ~ 6 个核苷酸为基本单位的
串联重复 DNA序列,广泛存在于真核生物基因组的
编码区和非编码区[1]。SSR 分子标记具有数量丰
富、重复性好、多态性信息高、特异性强、共显性等特
点,且成本低、易检测、操作简便[2 - 3]。根据 SSR 分
子标记的序列性质不同,可将其分为基因组 SSR
(Genomic SSR,gSSR)和表达序列标签 SSR(Ex-
pressed sequence tag SSR,EST-SSR)。采用试验手
段开发 gSSR标记需要经过基因组文库构建、探针
杂交、克隆和测序等复杂工作,费时、耗力、成本
高、效率低,制约了其发展和应用[4]。EST-SSR 是
基于 EST 序列开发的标记,具有成本低、稳定性
好、多态性高等特点,它还在不同物种间具有良好
的通用性[5]。目前,关于 EST-SSR 标记的研究已
有许多报道,被广泛应用于植物遗传育种研究
中[6 - 10]。
鸟巢蕨(Asplenium nidus L.)又称山苏花,属于
真蕨目(Eufilicales)铁角蕨科(Aspleniaceae)巢蕨属
(Asplenium) ,不仅是居室观叶植物的重要组成部
分和作为地被植物被用于构建园林景观,还具有
食用价值和药用价值[11]。随着测序技术的成熟和
测序成本的降低,利用第二代高通量测序技术对
转录本进行测序可产生大量 EST 序列,这为 SSR
标记开发提供了丰富的数据信息资源。目前,已
有许多植物基于 EST 序列成功开发了 SSR 标记的
报道,如黄瓜[12]、草坪草[13]、番茄[14]、芝麻[15]等。
本研究利用 MISA软件对鸟巢蕨 EST序列进行 SSR
搜索,分析 EST-SSR 的组成和分布特征,开发 EST-
SSR标记并对供试蕨类材料进行聚类分析,为蕨类种
质资源评价、生物遗传多样性分析、指纹图谱、遗传作
图和分子标记辅助育种等研究提供高效的分子标记。
1 材料和方法
1. 1 试验材料
试验于 2014 年 10 月在江苏省农业科学院园艺
研究所温室内进行,采集 10 份蕨类材料(鸟巢蕨、
狼尾蕨、铁角蕨、肾蕨、扇蕨、凤尾蕨、铁线蕨、富贵
蕨、鹿角蕨、波士顿蕨)的幼嫩叶片,采用 CTAB法提
取材料的基因组 DNA,- 20 ℃保存备用。
1. 2 EST序列来源及 EST-SSR的挖掘
本研究所用的 EST 序列来源于江苏省高效园
艺作物遗传改良重点实验室对鸟巢蕨转录组测序所
获得的数据信息[16]。利用 MISA软件对鸟巢蕨 EST
序列进行 SSR位点搜索。
1. 3 EST-SSR引物设计
利用软件 Primer 3. 0 对含有 SSR 位点的 EST
序列设计引物。引物设计主要参数为:长度18 ~
23 bp;退火温度 Tm 值 50 ~ 60 ℃,上、下游引物的
Tm值相差不大于 5 ℃;GC含量 40%~60%;预期扩
增产物长度 150 ~ 400 bp。
1. 4 PCR扩增
PCR反应总体系为 10 μL:10 × Buffer 1. 0 μL,
25 mmol /L MgCl2 0. 8 μL,2. 5 mmol /L dNTPs
0. 8 μL,10 μmol /L 上下游引物各 0. 4 μL,5U Taq
聚合酶 0. 2 μL和 50 ng /μL DNA模板 1 μL,最后用
ddH2O补充至 10 μL。PCR 扩增程序为:94 ℃预变
性 3 min;94 ℃变性 30 s,最佳退火温度 30 s,72 ℃
延伸 45 s,32 个循环;最后 72 ℃延伸 10 min,4 ℃保
存。PCR扩增产物先经过 8%非变性聚丙烯酰胺凝
胶进行分离,电压 180 V,60 min 左右,电泳结束之
后进行银染显色。
1. 5 统计与数据分析
采用人工读带的方法,将电泳图中在相同迁移
位置有清晰扩增条带的记作“1”,同一位置无扩增
条带或不易分辨的弱带记作“0”,建立原始数据矩
阵。利用 NTSYS-pc2. 10e 软件进行数据处理,计算
不同材料之间的遗传相似系数,得到相似系数矩阵。
然后使用 SHAN程序中的 UPGMA方法进行聚类分
析,构建遗传聚类图。
2 结果与分析
2. 1 鸟巢蕨 EST-SSR类型及比例
对鸟巢蕨的 42 907 条 EST序列进行 SSR搜索,
共检测到 6 067 个 SSR 位点,分布于 5 178 条 EST
序列中,其出现频率为 1 /6. 62 kb。其中,含有 1 个
SSR位点的 EST 有 4 283 个,含有 2 个及 2 个以上
SSR位点的 EST 有 895 个(表 1)。在鸟巢蕨 EST-
SSR中,二核苷酸、三核苷酸和单核苷酸为主要的重
复类型,占 EST-SSR总数的 81. 62%。其中,二核苷
酸重复类型所占比例最大(2 873 个,47. 35%) ,其
次是三核苷酸(1 107 个,18. 25%)和单核苷酸(972
个,16. 02%) ,其余重复类型按所占比例高低依次
为四核苷酸(537 个,8. 85%)、五核苷酸(423 个,
6. 97%)和六核苷酸(155 个,2. 56%)。
2. 2 鸟巢蕨 EST-SSR基元种类及频率
在鸟巢蕨 EST-SSR中,观察到了 106 个基元种
类。其中,单核苷酸 2 种、二核苷酸 4 种、三核苷酸
18 种、四核苷酸 21 种、五核苷酸 23 种和六核苷酸
38 种,总体上随着核苷酸数的增加而增多(图 1)。
136 华 北 农 学 报 30 卷
表 1 鸟巢蕨 EST-SSR搜索结果
Tab. 1 Summary of Asplenium nidus EST-SSR searching resulting results
检索类别
Searching category
数目
Numbers
检测 EST序列总数 Total number of EST sequences examined 42 907
检测 EST序列碱基总数 /bp Total size of examined EST sequences 40 163 259
总 SSR数 Total number of identified SSR 6 067
含 SSR位点 EST序列数 Number of SSR containing EST sequences 5 178
含多个 SSR位点 EST序列数 Number of EST sequences containing more than one SSR 895
单核苷酸 Mononucleotide 972
二核苷酸 Dinucleotide 2 873
三核苷酸 Trinucleotide 1 107
四核苷酸 Tetranucleotide 537
五核苷酸 Pentanucleotide 423
六核苷酸 Hexanucleotide 155
图 1 鸟巢蕨 EST-SSR不同重复类型的基元种类
Fig. 1 Kinds of motif in different repeat type of
EST-SSR in Asplenium nidus
单核苷酸中,A /T(628 个,10. 35%)占绝对优
势。二核苷酸中,AG /TC(1 371 个,22. 60%)出现
频率最高,其次是 CA /GT(1 066 个,17. 57%)和
AT /TA(287 个,4. 73%)。三核苷酸中,出现频率最
高的基元是 CCT /AGG(275 个,4. 53%) ,其次是
ACC /TGG(142 个,2. 34%)和 AGT /TCA(119 个,
1. 96%)。四核苷酸中,出现频率最高的基元是
AGGG /CCCT(79 个,1. 30%) ,其次是 GTCT /AGAC
(45 个,0. 75%)和 CTCC /GGAG(37 个,0. 61%)。
五核苷酸和六核苷酸中,出现最多的基元是
AGGGG /CCCCT (46 个,0. 76%)和 AGGCGG /
CCGCCT(32 个,占 0. 53%) (表 2)。
2. 3 鸟巢蕨 EST-SSR各重复类型不同重复次数的
出现频率
在鸟巢蕨 EST-SSR中,各重复类型不同重复次
数的出现频率存在差异。单核苷酸中,出现最多的
重复次数为 10 次,其次为 11 和 12;二核苷酸中,出
现频率最高的为 8 次,其次是 9 和 10;三核苷酸
中,出现最多的重复次数为 6 次,其次为 7 和 8;四
核苷酸中,出现频率最高的为 5 次,其次为 6 和 7;
五核苷酸和六核苷酸中,出现频率最高的均为 4 次
(表 3)。
表 2 鸟巢蕨 EST-SSR的主要基元及其比例
Tab. 2 The major repeat motif and their percentages
of EST-SSR in Asplenium nidus
重复类型
Repeat type
重复基元
Motifs
数量
Number
比例 /%
Percentage
单核苷酸 A/T 628 10. 35
Mononucleotide G /C 475 7. 83
二核苷酸 AG/TC 1 371 22. 60
Dinucleotide CA /GT 1 066 17. 57
AT /TA 287 4. 73
CG /GC 149 2. 46
三核苷酸 CCT /AGG 275 4. 53
Trinucleotide ACC /TGG 142 2. 34
AGT /TCA 119 1. 96
CTT /GAA 86 1. 42
ACT /TGA 74 1. 22
ATC /TAG 61 1. 01
CTC /GAG 56 0. 92
CAG/GTC 51 0. 84
四核苷酸 AGGG/CCCT 79 1. 30
Tetranucleotide GTCT /AGAC 45 0. 75
CTCC /GGAG 37 0. 61
GAGG/CCTC 33 0. 54
五核苷酸 AGGGG/CCCCT 46 0. 76
Pentanucleotide
六核苷酸 AGGCGG/CCGCCT 32 0. 53
Hexanucleotide
2. 4 EST-SSR标记的多态性分析
根据含有 SSR 位点的 EST 序列,设计合成 40
对 EST-SSR引物。为了验证引物的有效性,将鸟巢
蕨基因组 DNA 作为模板进行扩增。其中,34 对能
成功扩增出 PCR产物,其余 6 对在不同的退火温度
条件下均无扩增产物。在成功扩增的 34 对引物中,
26 对引物的 PCR产物与预期片段大小相符合,有效
扩增率为 76. 47%;5 对引物的 PCR 产物大于预期
6 期 贾新平等:鸟巢蕨 EST-SSR标记的开发与应用 137
片段长度,3 对引物的 PCR 产物小于预期片段长
度。进一步将这 26 对已验证的 EST-SSR 引物对 10
份蕨类材料进行多态性检测,17 对引物扩增结果具
多态性(表 4)。这些 EST-SSR 引物共扩增出 65 条
多态性带,平均每对引物能扩增出 3. 82 条。图 2 为
引物 ES7 和 ES29 在供试蕨类材料中扩增的结果。
表 3 鸟巢蕨 EST-SSR中各重复类型中不同重复次数的出现次数
Tab. 3 The frequency of different repeat times in every repeat types of EST-SSR in Asplenium nidus
重复次数
Repeat times
单核苷酸
Mononucleotide
二核苷酸
Dinucleotide
三核苷酸
Trinucleotide
四核苷酸
Tetranucleotide
五核苷酸
Pentanucleotide
六核苷酸
Hexanucleotide
4 - - - - 334 95
5 - - - 421 75 38
6 - - 675 84 12 19
7 - - 318 27 1 2
8 - 1 148 91 3 1 0
9 - 655 17 0 0 1
10 348 676 4 2 0 0
> 10 624 394 2 0 0 0
表 4 多态性引物信息表
Tab. 4 Information of polymorphism primers from EST of Asplenium nidus
引物编号
Primer ID.
重复基元
Repeat motifs
上游引物(5 - 3)
Forward primer (5 - 3)
下游引物(5 - 3)
Reverse primer (5 - 3)
ES2 (CA)9 AGCCACCATCAGCAACAATT ACATGAGCAGTTTGGCAC
ES3 (TG)11 ATTCGGTCGGTTGGCTAAG TTGTGGTGGGTGGATTGC
ES6 (CG)13 GCGTCGTTGGTGCTGGATTC CGTCGGTGTCGTGCGGTAG
ES7 (CT)15 ACTCTCCCCCTCGTTGCTAT ATTTAAGGGAGACATCGGGC
ES11 (TGG)6 GAATTTTTGGTGGCCTGTGT ATCACTGCACCGACTTTTGG
ES14 (CTT)7 CTCGACGAGGAGGCATGATG CTCGTTGTGCCGCTTCAATATC
ES16 (CAG)8 CGCTTCTGCCCGTTCCAG CAGCAGCTTTCTTGCCATAGC
ES19 (T)15 AGCTTCCTCTGCTGCAATGAC CTTCCAAACTGCACGTCAACAC
ES21 (CCT)7 ATCGCATGATGCACGTAGAG ACATGCATGCCTACCTAATGG
ES23 (CCGCCT)4 ACACCGCTGCTCAAGAGGATG TGCCGCCGCCTGCTATTGC
ES26 (GCCA)5 ATGCCGCCACGACGAAGG CGGTGGGCTACTCTCCTATGTC
ES27 (AG)8 GTGACGAAGGACGAAGGACAAG TGGTGAAGCAGCAAAGAGGAAG
ES29 (AGGG)6 ACTCTCCCCCTCGTTGCTAT ATTTAAGGGAGACATCGGGC
ES31 (ATC)7 CTGGCGGGAAGCGGACTC AATGGCGAGACTGTTGGCAATC
ES32 (TC)14 TGCTCCATCGCCTGCTCTTG CTCCACGACATTCTCCGCCTAG
ES37 (AT)11 GCGAATTGAGAGCCATTCAGTAAA CACTTCCACCAAATTCAGCTTCAA
ES39 (TA)10 CGACAATGGGGTCTTAGCAT TGCACACTTAAATTACATCCGC
1.鸟巢蕨;2.狼尾蕨;3.铁线蕨;4.铁角蕨;5.凤尾蕨;6.富贵蕨;7.肾
蕨;8.波士顿蕨;9.扇蕨;10.鹿角蕨。
1. Asplenium nidus;2. Davallia bullata;3. Adiantum capillus-veneris;4.
Asplenium trichomanes;5. Pteris cretica;6. Blechnum orientale;7. Nephrol-
epis auriculata;8. Nephralepis exaltata;9. Neocheiropteris palmatopedata;
10. Platycerium wallichii.
图 2 多态性引物在不同蕨类材料中的 PCR扩增
Fig. 2 PCR product of polymorphism of
EST-SSR primers in different fern varieties
2. 5 遗传多样性分析
为评价所开发 EST-SSR 标记的可用性,将筛选
到的 17 对 EST-SSR引物对 10 份蕨类材料进行遗传
多样性分析。根据 17 对引物的扩增数据,利用 NT-
SYS-pc2. 10e软件计算不同材料之间的相似系数。
结果表明,这些引物可以将这 10 份蕨类材料区分开
来,相似系数为 0. 338 ~ 0. 815,说明供试蕨类材料
之间的遗传差异较大(表 5)。
通过遗传相似系数进行 UPGMA 聚类,可将供
试 10 份蕨类材料分为两大类,命名为Ⅰ类和Ⅱ类。
Ⅰ类约在 0. 61 处将鸟巢蕨、铁角蕨、扇蕨、富贵蕨和
狼尾蕨聚为一组;Ⅱ类约在 0. 64 处将铁线蕨、凤尾
蕨、波士顿蕨、肾蕨和鹿角蕨聚为一类,其中波士顿
蕨、肾蕨和鹿角蕨又在 0. 72 处被区分出来(图 3)。
138 华 北 农 学 报 30 卷
表 5 基于 SSR分析得到的 10 份蕨类材料间的相似系数
Tab. 5 The coefficient of 10 accessions based on SSR analysis
编号 No. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
1 1. 000
2 0. 784 1. 000
3 0. 584 0. 676 1. 000
4 0. 569 0. 601 0. 738 1. 000
5 0. 615 0. 628 0. 661 0. 738 1. 000
6 0. 415 0. 384 0. 492 0. 538 0. 461 1. 000
7 0. 430 0. 400 0. 538 0. 523 0. 507 0. 796 1. 000
8 0. 353 0. 359 0. 523 0. 446 0. 480 0. 692 0. 676 1. 000
9 0. 351 0. 362 0. 517 0. 481 0. 430 0. 661 0. 676 0. 815 1. 000
10 0. 338 0. 369 0. 529 0. 432 0. 476 0. 523 0. 600 0. 738 0. 707 1. 000
图 3 供试蕨类材料的 UPGMA聚类图
Fig. 3 Cluster diagram for tested fern varieties by UPGMA method
3 讨论
随着高通量测序技术的发展,EST 序列信息的
快速增长,很大程度上提高了分子标记的挖掘、验证
和评估效率[17]。近些年,许多植物基于网络公共数
据库中的序列信息开展了 EST-SSR 标记的开发与
利用研究[18 - 21]。目前,蕨类植物可利用的分子标记
数量较少,对鸟巢蕨转录组测序所获得的 EST 序列
为 SSR 标记开发提供了丰富的信息资源。对鸟巢
蕨的 EST序列进行查找发现了 6 067 个 SSR 位点,
分布于 5 178条 EST序列,其出现频率为 1 /6. 62 kb。
与其他物种相比,鸟巢蕨 EST-SSR 的出现频率高于
西瓜(1 /11. 5 kb)[22]、甘蓝(1 /11. 5 kb)[23]等植物,
但低于萝卜(1 /3. 4 kb)[24]和黄瓜(1 /1. 8 kb)[12],
出现这种情况的原因可能与 EST 数据库中的信息
量、SSR位点搜索标准及研究物种等多种因素有关。
在本试验中,鸟巢蕨的 EST-SSR 类型丰富,但
各重复类型所占的比例差异较大。鸟巢蕨 EST-SSR
中,出现最多的重复类型是二核苷酸,这与已报道的
水稻、芝麻和橡胶树研究结果一致[15,19],而与杏、甘
蓝等植物中报道的研究结果却不同,这些物种的
SSR类型主要是三核苷酸[21,23]。不同物种的优势
重复类型有所不同,这可能与植物本身的 EST-SSR
特征、EST数据来源等有关。二核苷酸重复类型中,
出现频率最高的基元分别是 AG /CT,这与其他植物
中二核苷酸主要重复基元是(AG)n 的观点一
致[3,25]。
设计合成的 40 对 EST-SSR 引物中,26 对引物
能得到有效扩增产物,分析其原因可能是由于本试
验用到的 EST数据量大和组装质量高。将这 26 对
引物对供试蕨类材料进行了 PCR 扩增,其中 17 对
引物在不同材料中存在多态性,占有效扩增引物的
76. 47%,说明 EST-SSR 引物的多态性较高。本研
究中,有 6 对引物未扩增出任何条带,其原因可能由
于 PCR扩增片段中存在较大的内含子而无法获得
有效扩增或者设计的引物跨过 mRNA 剪接位点而
导致引物失效[26]。8 对引物的扩增片段与预期产
物大小不符,大于或小于预期产物长度,其中 PCR
扩增产物大于预期长度的 DNA 片段可能是由于引
物对之间存在内含子区域,从而扩增出了包含外显
子和内含子的 DNA片段[27]。
本研究还将部分新开发的 EST-SSR 标记用于
6 期 贾新平等:鸟巢蕨 EST-SSR标记的开发与应用 139
10 份蕨类材料的遗传多样性分析,EST-SSR 标记体
系的聚类分析结果和形态学分类结果基本一致,与
之前利用 SSR标记体系分析的结果也一致[28],说明
本试验开发的 EST-SSR 标记能比较准确反映不同
蕨类材料之间的遗传差异,可用于蕨类种质资源的
遗传多样性分析。综上所述,本研究通过鸟巢蕨转
录组中的 EST序列开发 SSR标记是可行的,不仅丰
富了鸟巢蕨分子标记的类型和数量,还可用于蕨类
种质资源评价、遗传多样性分析、遗传作图、重要性
状的分子标记辅助选择等方面的研究。
参考文献:
[1] Morgante M,Hanafey M,Powell W. Microsatellites are
preferentially associated with nonrepetitive DNA in plant
genomes[J]. Nature Genetics,2002,30(2) :194 - 200.
[2] 吕 婧,时秋香,任 毅,等.黄瓜 23 对高多态性 SSR
标记的筛选与评价[J].园艺学报,2011,38(11) :2140 -
2148.
[3] Powell W,Machray G C,Provan J. Polymorphism revealed
by simple sequence repeats[J]. Trends in Plant Science,
1996,1(7) :215 - 222.
[4] Zane L,Bargelloni L,Patarnello T. Strategies for microsat-
ellite isolation:a review[J]. Molecular Ecology,2002,11
(1) :1 - 16.
[5] Portis E,Nagy I,Sasvári Z,et al. The design of Capsicum
spp. SSR assays via analysis of in silico DNA sequence,
and their potential utility for genetic mapping[J]. Plant
Science,2007,172(3) :640 - 648.
[6] 江 东,钟广炎,洪棋斌.柑橘 EST-SSR 分子标记分析
[J].遗传学报,2006,33(4) :345 - 353.
[7] 姚利华,滕元文. EST-SSR标记及其在果树研究中的应
用[J].果树学报,2008,25(2) :219 - 224.
[8] 董清华,王西成,赵密珍,等. 草莓 EST-SSR 标记开发
及在品种遗传多样性分析中的应用[J]. 中国农业科
学,2011,44(17) :3603 - 3612.
[9] Tan L Q,Wang L Y,Wei K,et al. Floral transcriptome se-
quencing for SSR marker development and linkage map
construction in the tea plant(Camellia sinensis) [J]. PLoS
One,2013,8(11) :e81611.
[10] 王 娟,陶永焕,宋尚伟. 葡萄 EST-SSR 引物的开发
及部分种质聚类分析[J].华北农学报,2014,29(2) :
121 - 126.
[11] 陆树刚. 蕨类植物学[M]. 北京:高等教育出版社,
2007:34 - 42.
[12] Cavagnaro P F,Senalik D A,Yang L,et al. Genome-wide
characterization of simple sequence repeats in cucumber
(Cucumis sativus L.) [J]. BMC Genomics,2010,11:
569.
[13] 贾新平,叶晓青,梁丽建,等.基于高通量测序的海滨
雀稗转录组学研究[J].草业学报,2014,23(6) :242 -
252.
[14] 韩明利,崔 娜,于志海,等.番茄果实 EST 资源 SSR
信息分析[J].华北农学报,2011,26(4) :213 - 217.
[15] Wei W,Qi X,Wang L,et al. Characterization of the ses-
ame(Sesamum indicum L.)global transcriptome using
Illumina paired-end sequencing and development of
EST-SSR markers[J]. BMC Genomics,2011,12:451.
[16] 贾新平,孙晓波,邓衍明,等.鸟巢蕨转录组高通量测
序及分析[J].园艺学报,2014,41(11) :2329 - 2341.
[17] Davey J W,Hohenlohe P A,Etter P D,et al. Genome-
wide genetic marker discovery and genotyping using
next-generation sequencing[J]. Nature Reviews Genet-
ics,2011,12(7) :499 - 510.
[18] 安泽伟,赵彦宏,程 汉,等.橡胶树 EST-SSR 标记的
开发与应用[J].遗传,2009,31(3) :311 - 319.
[19] Li D,Deng Z,Qin B,et al. De novo assembly and char-
acterization of bark transcriptome using Illumina sequen-
cing and development of EST-SSR markers in rubber tree
(Hevea brasiliensis Muell. Arg.) [J]. BMC Genomics,
2012,13:192.
[20] Jia X P,Deng Y M,Sun X B,et al. Characterization of
the global transcriptome using Illumina sequencing and
novel microsatellite marker information in seashore pas-
palum[J]. Genes & Genomics,2015,37(1) :77 - 86.
[21] 上官凌飞,李晓颖,宁 宁,等.杏 EST-SSR 标记的开
发[J].园艺学报,2011,38(1) :43 - 54.
[22] 包文风,王吉明,尚建立,等.基于公共数据库的西瓜
EST-SSR信息分析与标记开发[J]. 华北农学报,
2011,26(2) :85 - 89.
[23] 陈 琛,庄 木,李康宁,等.甘蓝 EST-SSR 标记的开
发与应用[J].园艺学报,2010,37(2) :221 - 228.
[24] Wang S,Wang X,He Q,et al. Transcriptome analysis of
the Roots at early and late seedling stages using Illumina
paired-end sequencing and development of EST-SSR
markers in radish[J]. Plant Cell Reports,2012,31(8) :
1437 - 1447.
[25] 魏兵强,刘飞云,马宗桓,等. 辣椒 EST-SSRs 的分布
特征及在品种多样性研究中的应用[J]. 园艺学报,
2013,40(2) :265 - 274.
[26] Vendramin E,Dettori M T,Giovinazzi J,et al. A set of
EST-SSRs isolated from peach fruit transcriptome and
their transportability across Prunus species[J]. Molecu-
lar Ecology Notes,2007,7(2) :307 - 310.
[27] Saha M C,Cooper J D,Mian M A,et al. Tall fescue ge-
nomic SSR markers:development and transferability
across multiple grass species[J]. Theoretical and Ap-
plied Genetics,2006,113(8) :1449 - 1458.
[28] 贾新平,叶晓青,梁丽建,等. 12 份蕨类材料亲缘关系
的 SSR分析[J].江西农业学报,2013,25(11) :1 - 5.