全 文 :2014年3月 四川大学学报(自然科学版) Mar.2014
第51卷 第2期 Journal of Sichuan University(Natural Science Edition) Vol.51 No.2
收稿日期:2012-01-25
基金项目:国家自然科学基金(31171586);国家转基因重大专项(2011ZX08009-003-002)
作者简介:姜欣(1987-),女,甘肃武威人,硕士,研究方向为植物遗传与分子生物学.E-mail:49803703@qq.com
通讯作者:杨毅.E-mail:yangyi528@vip.sina.com
doi:103969/j.issn.0490-6756.2014.02.033
拟南芥AtDWD与RCAR1相互作用的初步研究
姜 欣,李德款,陶志文,袁德志,杨 毅
(四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室,成都610064)
摘 要:采用pul down和酵母共转化的方法研究了AtDWD与RCAR1之间的相互作用.体
外pul down试验得出AtDWD与RCAR1之间存在明显的相互作用;酵母共转化试验显示
AtDWD的截断区域中只有 WD45和 WD345转化子可以在SD四缺培养基平板上长出正常
的酵母菌落.实验结果表明,AtDWD C端的145~350位氨基酸序列中含有与RCAR1相互
作用的功能域.
关键词:酵母双杂交;Pul down;RCAR1;AtDWD
中图分类号:Q78 文献标识码:A 文章编号:0490-6756(2014)02-0402-06
Preliminary study of proteins interacting with RCAR1 and
AtDWD in Arabidopsis thaliana
JINGXin,LI De-Kuan,TAO Zhi-Wen,YUAN De-Zhi,YANG Yi
(KeyLaboratory of Bio-resources and Eco-Environment of Ministry of Education,Colege of
Life Sciences,Sichuan University,Chengdu 610064,China)
Abstract:Pul down and yeast co-transformation methods were used to study the interaction between At-
DWD and RCAR1in research.The significant interaction of them was tested by pul down in vitro.On-
ly the truncated area AtDWD WD45and WD345tansformants could grow into normal yeast colonies on
SD-deficient medium plate,this result was studied by yeast co-transformation.It is confirmed that the
interacting area of AtDWD with RCAR1located at 145~350aa of AtDWD C terminus.
Key words:Yeast two-hybrid system;Pul down;RCAR1;AtDWD
1 引 言
脱落酸(abscisic acid,ABA)是植物中一种重
要的内源激素,它参与植物的生长调控,并在多种
环境胁迫中起着重要的调控作用,比如干旱、盐、低
温、高温、病原侵袭等.因此对ABA信号通路的研
究对农作物的生长、提高农作物产量有着重要的基
础性意义[1].脱落酸是20世纪60年代发现和分
离出来的一种化合物,随着人们对脱落酸的不断研
究,它的生物学方面的功能越来越受到重视.脱落
酸是20世纪60年代发现和分离出来的一种化合
物,随着人们对脱落酸的不断研究,它的生物学方
面的功能越来越受到重视.多年来,对ABA的研
究工作一直在进行,尤其对ABA受体的研究,至
2009年,一种新的蛋白家族 RCARs/PYR/PYLs
被鉴定为 ABA 受体[2].ABA 是通过 RCARs/
PYR/PYLs受体进行通路转导的.ABA 能够与
RCARs/PYR/PYLs结合,当ABA 存在时,ABA
和RCARs/PYR/PYLs受体结合,使受体的结构
发生改变,形成能与蛋白磷酸酶(PP2Cs)相互作
第2期 姜欣等,拟南芥AtDWD与RCAR1相互作用的初步研究
用的结构域,然后和PP2Cs相互作用,这样能够完
全遮盖住PP2Cs的磷酸酶活性位点,从而PP2C
失去了抑制SNF1相关的蛋白激酶2(SnRK2s)亚
家族的能力,具有活性的SnRK2s能够自我磷酸化
或使下游ABA应答元件转录因子磷酸化,最终正
调控 ABA 应答基因的表达.当 ABA 不存在时,
RCARs/PYR/PYLs受体以二聚体形式存在,它
们不能够和PP2Cs相互作用,此时的PP2Cs具有
高活性并能抑制下游蛋白激酶SnRK2s的活性,从
而不能产生相应的ABA应答反应[3].
为进一步研究ABA信号转导途径,本实验室
以拟南芥为模型,利用酵母双杂交系统共转化方
法,从拟南芥cDNA文库中筛选出了与 RCAR1
相互作用的蛋白AtDWD.AtDWD具有E3泛素
连接酶活性,已知E3泛素连接酶参与 ABA 信号
转导,一些DWD家族基因是ABA 信号通路中的
负调控因子,因此为了进一步研究 AtDWD 的在
ABA信号通路中的功能,对它与RCAR1之间的
相互作用机制做了初步的研究.本文构建了AtD-
WD蛋白表达载体,采用体外pul down实验技
术、western blot 检 测 技 术 验 证 AtDWD 和
RCAR1之间的相互作用,定性和定量实验都充分
证明 AtDWD和RCAR1之间存在明显的相互作
用。随后进一步构建了含有 AtDWD不同结构域
序列的PGADT7融合载体,采用酵母双杂交的实
验方法分析 AtDWD 与RCAR1之间的相互作用
及其作用区域,实验结果显示AtDWD C端的145
~350位氨基酸序列中含有与 RCAR1的氨基酸
序列相互作用的功能域,这对深入研究AtDWD的
功能及其在植物 ABA信号通路的作用机制奠定
了基础.
2 材料与方法
2.1 材 料
拟南芥cDNA,大肠杆菌(E.coli)DH5α菌
株,pET28A表达载体、GTK载体由本实验室保
存.限制性内切酶,T4DNA Ligase购自Fermen-
tas公司.Primer STAR高保真DNA聚合酶购自
TaKaRa公司.AH109酵母菌株来源于Clontech
公司.常用试剂购于成都博瑞克生物技术有限公
司.引物合成及测序由华大基因公司完成.
2.2 方 法
2.2.1 目的基因的分离与载体的构建 以本实验
室保存的拟南芥cDNA为模板,用Primer STAR
高保真DNA聚合酶和相应的引物扩增基因片段,
得到 AtDWD 与RCAR1基因全长.构建 PG-
BKT7-RACR1、PGADT7-AtDWD 和 pET28A-
AtDWD、GTK-RACR1载体,分别用于酵母双杂
交实验和pul down实验.根据Smart软件对At-
DWD的基因结构域进行预测,将AtDWD的氨基
酸序列截断成五个部分(图1):WD1、WD2、WD3、
WD4、WD5,由于本实验室之前用RCAR1通过酵
母双杂交方法筛选出AtDWD时,发现RCAR1与
AtDWD相互作用部位位于 C端的可能性较大,
于是将 AtDWD 的氨基酸序列再分成 WD34、
WD45、WD345三个部分.然后分别设计引物,
PCR扩增,酶切后连接PGADT7形成融合载体:
PGADT7-WD1、PGADT7-WD2、PGADT7-WD3、
PGADT7-WD4、 PGADT7-WD5、 PGADT7-
WD34、PGADT7-WD45、PGADT7-WD345.
图1 不同结构域的AtDWD氨基酸片段
Fig.1 the different domain amino acid sequences of
AtDWD.
2.2.2 蛋白质纯化及Pul down 蛋白质纯化过
程方法参考文献[4],得到较纯浓度的三个蛋白
His-AtDWD、GST-RACR1、GST,其中GST作为
实验中的空白对照.取20μg量的 GST、GST-
RACR1蛋白,分别向其中各加入40μL谷胱甘
肽-Sepharose 4B介质及5μg量的His-AtDWD蛋
白,然后用Incubation buffer(50mM Tris-Cl,
pH 7.5,100mM NaCl,1mM EDTANa2,1mM
DTT,0.2%Triston X-100)补足500μL的体系,
4℃,65r/min,孵育4h.接着用 Wash buffer
(50mM Tris-Cl,pH 7.5,500mM NaCl,1mM
EDTANa2,1mM DTT,0.1% Triston X-100)在
4℃,50r/min条件下小心洗6次,每次5min,
低速离心1min,最后得到蛋白质相互作用复合
304
四川大学学报(自然科学版) 第51卷
体.在跑蛋白胶前制样,分别在样品中加入30μL
1×loading buffer,沸水中煮10min,12000r/min
离心5min,取0.25μg量的 His-AtDWD作为
5%Input.SDS-PAGE电泳和 western blot检测
方法参考文献[5],用 His-Tag特异性抗体作为检
测抗体,用软件Bandscan定量分析 western blot
实验结果.
2.2.3 酶母共转化 制作AH109酵母感受态细
胞,共转化各个目的载体和诱饵载体PGBKT7-
RACR1,共转化步骤参照Clontech操作手册和文
献[6],同时设立对照组,阳性对照为PGBKT7-
RACR1+ PGADT7-AtDWD,阴性对照为 PG-
BKT7-RACR1 + PGADT7 与 PGBKT7 +
PGADT7-AtDWD,将共转化后的酵母细胞均匀
涂布在缺陷型二缺培养基SD/Leu-/Trp-平板上,
30℃培养3~5d,然后挑取阳性单克隆涂在二缺
培养基 SD/Leu-/Trp-与四缺培养基 SD/Leu-/
Trp-/His-/Ade-平板上,30℃培养3~5d,观察
其生长情况.同时,还将在培养基SD/Leu-/Trp-
平板上挑取的阳性单克隆接入缺陷型液体培养基
SD/Leu-/Trp-中,30 ℃,220r/min,摇菌约48
小时,至菌液OD值为0.5~0.6,分别取5μL菌
液滴点在培养基SD/Leu-/Trp-和SD/Leu-/Trp-/
His-/Ade- 平板上,30℃倒置培养3~5d,观察
菌落生长情况.
3 结果与分析
3.1 不同物种中DWD的比对分析
拟 南 芥 AtDWD (GenBank 登 录 号:
AEE36435.1)共349个氨基酸,含有一个16个氨
基酸的DWD基序核心序列,如图2-A中下划线
标出,在这个核心序列中含有 WD40结构域,即
W、D两个紧临的氨基酸重复片段.拟南芥的 At-
DWD氨基酸序列全长与水稻(Oryza sativa)、玉
米(Zea mays)、蓖麻 (Ricinus communis)中的
DWD进行氨基酸序列比对,比对结果发现不同物
种中的DWD序列相似度较高,拟南芥中的AtD-
WD与蓖麻中的 RcDWD显示出最高的同源性,
有83%的氨基酸相同,与水稻OsDWD,玉米Zm-
DWD的氨基酸序列分别有81%,75%的相同(图
2-A).将蓖麻,杨树(Populus trichocarpa),大豆
(Glycine max),葡 萄 (Vitis vinifera),苜 蓿
(Medicago truncatula),拟南芥,烟草(Nicotiana
tobacum),水稻,玉米中的DWD进行进化树的分
析,分析显示拟南芥AtDWD是DWD家族中的分
枝之一,它的姊妹关系枝进一步又分成若干枝,
拟南芥AtDWD与这些物种中DWD序列之间的
同源性说明拟南芥AtDWD与蓖麻RcDWD、大豆
GmDWD、葡萄VvDWD都较为相近(图2-B).
3.2 蛋白质纯化
分别将构建的载体pET28A-AtDWD、GTK-
RACR1以及GTK空载体转入Rosetta表达菌株,
将转化阳性子活化过夜,然后按照1∶100的比例
接入500mL LB培养基中(含相应的抗生素),在
37℃,225r/min的条件下培养2h,之后加入相
应量的IPTG(异丙基-β-D-硫代吡喃半乳糖苷)使
其终浓度为0.5mM,在28℃,180r/min的条件
下,诱导表达6h,随后将菌体收集,破碎后将蛋
白质经亲和层析纯化,制备样品后通过SDS-聚丙
烯酰胺凝胶电泳看出,得到了大小正确,浓度较
高的三个蛋白,泳道从左至右依次是 His-AtD-
WD,GST-RACR1、GST,这三个蛋白的大小分别
是44kD、49kD、25kD,其他条带为非特异性条
带(图3).
3.3 体外验证RCAR1与AtDWD的相互作用
用 His-Tag特异性抗体作为 Western blot实
验的检测抗体,经过 DAB显色实验,可以看到
Input泳道有较浓的明显的单一条带,此条带大小
为44kD,是 His-Tag特异性抗体检测出的 His-
AtDWD的条带,GST负对照泳道见一条亮度很
弱的带,GST-RCAR1泳道有明显的单一的且大
小也为44kD 的 His-AtDWD 条带,此条带比
GST泳道的条带浓度高且更清晰,这个实验结果
说明GST-RCAR1与 His-AtDWD之间有明显的
相互作用(图4-A);用软件 Bandscan 定量分析
western blot实验结果,将Input泳道的His-AtD-
WD相对含量设置为100,则得到:GST泳道的
His-AtDWD相对含量为6,GST-RCAR1泳道的
His-AtDWD相对含量为40,此结果更加肯定了
GST-RCAR1与 His-AtDWD之间有明显的相互
作用(图4-B).
3.4 酵母共转化检测RCAR1与AtDWD相互作
用部位
分析菌落在缺陷型培养基平板的生长结果发
现,所有转化子在培养基SD/Leu-/Trp-平板上均
长出白色光滑、丘状隆起状的菌落,说明酵母转化
成功.WD1、WD2、WD3三个转化子未在培养基
SD/Leu-/Trp-/His-/Ade- 平板上长出菌落,说明
404
第2期 姜欣等,拟南芥AtDWD与RCAR1相互作用的初步研究
图2 不同物种中DWD氨基酸序列比对和进化树分析
A:序列比对;B:进化树分析
Fig.2 sequence alignment of amino acid and phylogenetic tree of DWD in different species
A:sequence alignment;B:phylogenetic tree analysis
图3 SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳
Fig.3 SDS-PAGE result map
WD1、WD2、WD3与RCAR1没有相互作用,而片
段转化子在培养基SD/Leu-/Trp-/His-/Ade- 平
板上长出较少的小点菌落,说明 WD4、WD5与
RCAR1的相互作用非常微弱(结果此处未给出).
根据以上实验结果,进一步设计和操作了以
下实验,实验结果发现:所有转化子均能在培养基
SD/Leu-/Trp-平板上的平板上长出白色光滑、丘
状隆起状的菌落,而只有WD45、WD345及全长
AtDWD转化子也可以在培养基SD/Leu-/Trp-/
His-/Ade- 平板上长出白色光滑、丘状隆起状的菌
落(图5),由此表明在这三个转化子的AtDWD截
断片段氨基酸序列中包含有与RCAR1相互作用
的功能域.
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四川大学学报(自然科学版) 第51卷
图4 GST Pul down体外检测RCAR1与AtDWD之间的相互作用
A:His抗体检测GST-RCAR1与 His-AtDWD之间的相互作用;B:Bandscan检测 AtDWD的相对
含量,将Input的值设为100
Fig.4 Interaction between RCAR1and AtDWD by GST Pul down assay in vitro
A:Detecting the interaction between RCAR1and AtDWD by His antibody;B:Testing AtDWD rela-
tive content by software Bandscan,the value of Input is setted to 100.
图5 RCAR1与AtDWD不同结构域片段的酵母共转结果
Fig.5 The yeast co-transformation result of RCAR1and the different domain of AtDWD
4 讨 论
植物需要演化出各种耐受机制来适应环境压
力,它们主要通过操控能保护支持细胞功能和结
构的基因来增强自身的耐受性,这样的应答过程
是相当复杂的[7].ABA作为植物中一种重要的内
源激素,广泛地参与着植物的生长发育调控,并
在植物对外界胁迫应答中起着非常重要的作用.
比如植物对干旱、低温、高温、盐等多种胁迫的适应
性反应中均发现了ABA的参与[8,9].
我们已知RCAR1是ABA信号通路的重要受
体之一[10],于是本实验室用RCAR1为诱饵蛋白
通过酵母双杂交系统筛选出了 AtDWD,它是E3
连接酶中的家族之一,可能具有E3泛素连接酶活
性,我们已经知道泛素介导的依赖于26S蛋白酶
体的蛋白降解途径几乎在所有的植物激素信号转
导途径中都发挥着重要的作用,植物对激素的应答
会通过泛素降解途径影响下游转录因子的表达调
控,本文研究的蛋白 AtDWD 含有多个典型的
WD40结构域,属于CUL4-DDB多亚基E3泛素连
接酶型.Cul4-DDB1-WD40是最新发现的一种E3
泛素连接酶,可以调控DNA 复制、DNA 修复、转
录及病毒感染等多种反应.为了进一步研究AtD-
WD 和 ABA 信号通路的关系,本文利用 pul
down和酵母共转化的方法初步考究了它与 ABA
受体RCAR1之间的相互作用及其作用机制,得
出结论AtDWD 的145~350位氨基酸序列能与
RCAR1的相互作用,说明AtDWD C端的这一段
氨基酸序列中含有与RCAR1相互作用的功能域.
最近有研究表明,一些DWD 家族基因的突
变体对ABA表现出高敏感的表型,并且利用酵母
双杂交系统证明了DWD 家族基因能够和DDB1
相互作用,推断它是Culin-RING 4泛素连接酶复
合物 (CRL4)的底物受体,在CUL4E3连接酶复
合体中起连接作用[11,12];并且发现在DWD 家族
基因突变体中,ABA诱导的转录因子 (ABI5and
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第2期 姜欣等,拟南芥AtDWD与RCAR1相互作用的初步研究
AtMYC2)和他们的下游基因的表达被上调,因此
推测DWD家族中的相关基因在 ABA应答通路
中起负调控因子的作用,并且可能通过CRL4参
与底物蛋白的降解[12].虽然,E3泛素连接酶已被
证明参与ABA信号转导,一些DWD家族基因是
ABA信号通路中的负调控因子[13],但 CRLs对
ABA应答具体有怎样的影响还不清楚,DWD 对
植物信号转导和植物生长发育的作用机制还需要
进一步研究和探讨.
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