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紫云英AD-cDNA文库构建及与豆血红蛋白Lb相互作用靶蛋白的筛选



全 文 :Research Paper 研究报告
微生物学报 Acta Microbiologica Sinica
50(12):1607 - 1612;4 December 2010
ISSN 0001 - 6209;CN 11 - 1995 /Q
http:/ / journals. im. ac. cn / actamicrocn
基金项目:国家“973 项目”———国家重点基础研究发展计划“生物固氮作用的分子机理研究”(2010CB126500)
* 通信作者。Tel: + 86-27-87281685;Fax:+ 86-27-87280670;E-mail:youguoli@ mail. hzau. edu. cn
作者简介:刘燕(1984 -),女,山西榆次人,硕士研究生,微生物学专业,研究方向生物固氮。E-mail:hhcoco@ sina. com
收稿日期:2010-03-23;修回日期:2010-05-15
紫云英 AD-cDNA文库构建及与豆血红蛋白 Lb 相互作用靶蛋
白的筛选
刘燕,谷慧琳,熊小波,李一星,李友国 *
(华中农业大学农业微生物学国家重点实验室,武汉 430070)
摘要:【目的】本文旨在构建紫云英酵母双杂交 AD-cDNA 文库和互作靶蛋白筛选平台,为深入研究共生固氮
作用的分子机理奠定工作基础。【方法】以接种华癸中慢生根瘤菌 7653R 的豆科植物紫云英不同时期根部
组织为材料,抽提和纯化 RNA,构建了一个酵母 AD-cDNA 文库。库容量达到 1. 02 × 106 /3 μg pGADT7-Rec
DNA,插入片段大小 1 - 1. 5 kb 左右。以紫云英豆血红蛋白基因 AsB2510 构建诱饵载体 pGBKT7-AsB2510,
利用酵母双杂交技术,筛选与诱饵蛋白相互作用的靶蛋白。【结果】在含有 X-gal 的 SD 四缺培养基上筛选得
到 26 个克隆,经过质粒抽提、PCR 鉴定、回转酵母验证获得 10 个阳性克隆。【结论】对阳性克隆的外源片段
进行了测序和同源性分析,发现一个值得深入研究的含有 tify domain 和 Divergent CCT motif 的转录调控因
子。
关键词:紫云英;华癸中慢生根瘤菌 7653R;AD-cDNA 文库;酵母双杂交;AsB2510;互作蛋白
中图分类号:Q933 文献标识码:A 文章编号:0001-6209 (2010)12-1607-06
根瘤菌和豆科植物的共生固氮是宿主植物与微
生物相互识别和信号分子间相互作用的结果,包括
早期结瘤阶段和晚期固氮阶段,大量的根瘤菌和宿
主植物基因参入其中。近年来,在早期根瘤发生、发
展和形成过程中宿主植物与根瘤菌相互识别、信号
分子间相互作用的研究取得了突破进展,如在宿主
豆科植物中鉴定出结瘤因子受体和控制结瘤的关键
基因,其信号传导的主要途径和关键蛋白相互作用
亦得到确定[1]。晚期的研究则相对较少,缺乏系统
和深入的研究,特别是在宿主植物参与或控制类菌
体及根瘤发育、固氮等过程有关的功能基因、信号分
子和蛋白质相互作用等方面有待加强。近年来随着
豆科植物分子生物学和基因组学的发展,这方面的
研究取得了较大进展,科学家们从豆科植物中分离
出很多固氮相关的功能基因,其中最具代表性的是
豆血红蛋白基因(leghemoglobin,Lb),它控制和保
持类菌体周围的低氧环境,保护固氮酶活性,被认为
是固氮的标志性基因[8]。近年的研究[9]表明 Lb 还
在根瘤发育和固氮过程中具有多种其他重要功能,
但其作用及调控机制尚未阐明。
酵母双杂交技术是一种从基因水平分析蛋白质
之间相互作用的灵敏方法[2],该方法在研究蛋白质
间相互作用时可保持蛋白质在细胞内的天然构像,
能够反映蛋白质间的真实作用,因而被广泛用于蛋
白质相互作用的研究。构建 cDNA 文库也成为研究
基因组学的基本手段之一,已广泛用于研究不同发
育阶段基因表达的变化、某特定发育期基因的表达
情况、克隆新型细胞因子和分离新的组织特异基因
等[3 - 4]。通过酵母双杂交技术来筛选和研究与重要
诱饵蛋白相互作用的靶蛋白,将提供直接有力的实
验证据揭示根瘤发育、固氮和衰老等过程等的蛋白
互作网络和调控机制。
DOI:10.13343/j.cnki.wsxb.2010.12.009
Yan Liu et al. / Acta Microbiologica Sinica(2010)50(12)
紫云英 -华癸中慢生根瘤菌共生固氮体系是我
国具有长期研究历史、特色鲜明的一种共生固氮资
源。紫云英个体小,生长迅速,易于室内栽培、它和
华癸中慢生根瘤菌(Mesorhizobium huakuii)有着专
一的共生关系,互作结果形成不定型根瘤[5]。本研
究利用酵母双杂交系统构建了高质量的华癸中慢生
根瘤菌 7653R 侵染紫云英后的根部组织 cDNA 文
库,同时以豆血红蛋白 Lb 作为诱饵构建载体。通
过对 cDNA 文库的初步筛选,获得一个重要的转录
调控因子,这为深入阐明 Lb 在共生固氮过程中的
功能和调控机制提供了新的研究材料和思路。
1 材料和方法
1. 1 材料
1. 1. 1 菌株和质粒:根瘤菌菌株为华癸中慢生根瘤
菌 7653R。酵母双杂交所用菌株为 AH109 和 Y187,
质 粒 为 pGADT7-Rec、pGADT7-SV40、pGBKT7、
pGBKT7-53 和 pGBKT7-Lam。
1. 1. 2 试剂与仪器:MatchmakerTM Library Constr-
uction & Screening Kit(Cat. Nos. 630445)、Advantage
2 PCR Kit (Cat. Nos. 639207)购自 Clontech 公司。
常规分子生物学试剂购自 TaKaRa 公司及 Fermentas
公司,引物均由赛百盛公司合成,DNA 序列由南京金
斯瑞生物科技有限公司测定。
1. 2 总 RNA 抽提
紫云英种子经 95%乙醇和 NaClO 表面灭菌后,
在琼脂平板上萌发。萌发后移栽到灭菌沙钵中,待
幼苗长出第一片真叶后,接种华癸中慢生根瘤菌
7653R。分别在接种后 2 d、4 d、6 d、8 d、10 d、12 d
收获根部组织(即感染根和根瘤),液氮中研磨后加
入 Trizol 混匀。将上述各材料按照相等比例混合移
入离心管,用 Trizol 法提取总 RNA。用琼脂糖凝胶
电泳和分光光度计检测 RNA 质量和浓度,符合要求
则加入 RNase 抑制剂放入 - 80℃保存。
1. 3 AD-cDNA 文库构建
以总 RNA 为模板,以 CDSIII 和 SMART III 为引
物,进行反转录,然后以得到的 cDNA 为模板,利用
试剂盒提供的 PCR 引物,进一步扩增得到双链
cDNA。具体操作按照 MatchmakerTM Library Cons-
truction & Screening Kit (Clontech)中的说明进行双
链 cDNA 用 CHROMA SPINTM TE-400 树脂柱纯化
后,经 3 mol /L NaAC 和 95%乙醇沉淀过夜,离心去
上清,干燥后加 20 μL 去离子水溶解备用。
双链 cDNA 和 Sma I 线性化的 pGADT7-Rec 质
粒共转化酵母菌株 AH 109。转化后将细胞悬浮液
涂布到酵母选择性培养基 SD /-Leu 平板上,30℃培
养 5 d。在每一个待收获的平板上加入 5 mL 冻藏液
(含 25%甘油的 YPD)。收集并均匀混合所有平板
上得到的酵母细胞悬液。取 1 mL 用于血球计数板
计数,其余分装小管于 - 70℃保存。
利用酵母文库通用引物(5′-AD:5′-CTATTCGA
TGATGAAGATACCCCACCAAACCC-3′和 3′-AD:5′-
GTGAACTTGCGGGGTTTTTCAGTATCTACGATT-3′),
通过菌落 PCR 检测文库插入片段的大小。
1. 4 诱饵载体构建及文库筛选
根据本研究室前期工作中克隆的紫云英豆血红
蛋白 AsB2510(GenBank:DQ199647)基因序列,设计
引物 (上 游:5′-CCGGAATTCATGGGTTTCACTGAG
GCACA-3′和下游:5′-CGCGGATCCTTAACTCATAGC
TTTCTTAATTTCAGC -3′),PCR 扩增 AsB2510 编码
区序列,将其克隆到 pGBKT7 获得 BD 诱饵质粒,测
序无误后通过 LiAc 法转化酵母菌株 Y187。将含诱
饵质粒的 Y187 菌悬液和文库菌 AH109 混合,约
20 h后取培养物用 SD /-Leu /-Trp /-His /-Ade 四缺平
板筛选,挑选直径大于 2 mm 的菌落点接于含 X-Gal
(80 mg /mL)的 SD /-Leu /-Trp /-His /-Ade 四缺平板
上复筛。初步确定变蓝的菌落为阳性克隆。同时,
从酵母阳性克隆中分离含有外源片段的文库质
粒,回 转 到 含 有 诱 饵 质 粒 pGBKT-AsB2510 的
AH109 菌株中进一步确证体内相互作用的发生。
筛 选 过 程 中 以 pGADT7-SV40 /AH109 分 别 与
pGBKT7-53 /Y187 和 pGBKT7-Lam /Y187 杂交,作
为阳性和阴性对照。
1. 5 阳性克隆分析
抽提阳性克隆的质粒,将酵母质粒转化到大肠
杆菌感受态细胞中,用 LB + Amp 抗性平板进一步筛
选出只含有 pGADT7-X 阳性克隆,进行测序和
BLAST 比对等生物信息学分析。
2 结果和分析
2. 1 紫云英根部组织总 RNA 和 cDNA 的质量
RNA 质量直接影响 cDNA 文库的质量。RNA
样品的凝胶电泳分析是判断 RNA 质量的一种有效
手段,在本研究中,从非变性琼脂糖凝胶电泳结果可
看出:28S 和 18S rRNA 比例在 2. 5 - 1 之间,且条带
清晰,说明制备的 RNA 没有降解。同时通过紫外分
光光度计检测,RNA 样品 A260 在 0. 5 - 1. 0 之间,
此时吸光度与浓度的线性关系最好,所测得的数值
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刘燕等:紫云英 AD-cDNA 文库构建及与豆血红蛋白 Lb 相互作用靶蛋白的筛选 . /微生物学报(2010)50(12)
最可靠(表 1)。A260 /A280 在 1. 8 - 2. 0 之间,显示
样品中蛋白质极少;A260 /A230 > 2,显示样品中多糖
类物质污染也极低,这两个比值说明所制备 RNA 中
含有的杂质较少,纯度高,完全满足后续构建文库的
要求。另一方面,双链 cDNA 的片段大小和浓度也
是影响 文 库 质 量 的 关 键 因 素。经 过 CHROMA
SPINS TE-400 树脂柱纯化、富集后的双链 cDNA,主
要集中在 500 - 2000 bp,且分布均匀,达到了预期的
cDNA 片段大小范围和浓度要求。
表 1 紫外分光光度计测量 RNA 纯度
Table 1 RNA purity measured by ultraviolet
spectrophotometer
Sample A230 A260 A280 A320
A260 /
A280
A260 /
A230
Concentration /
(g /L)
1 0. 287 0. 610 0. 327 0. 020 1. 922 2. 210 3. 776
2 0. 283 0. 608 0. 325 0. 019 1. 925 2. 231 3. 770
3 0. 288 0. 606 0. 325 0. 021 1. 924 2. 191 3. 774
2. 2 AD-cDNA 文库库容量的检测
酵母 AD-cDNA 的构建主要是利用外源 cDNA
片段和线性化的文库质粒 pGADT7-Rec 在酵母体内
重组成 pGADT7-cDNA,进而得到保存和复制,所以
酵母 AH109 的转化效率直接影响到文库的库容量。
按照文库构建试剂盒中建议的标准操作和转化效率
计算方法,我们检测了所构建文库的质量。结果显
示效率为 1. 02 × 106 转化子 /3 μg pGADT7-Rec
DNA,达到试剂盒要求的库效率期望值 1. 0 × 106 转
化子 /3 μg pGADT7-Rec DNA。同时,随机挑取部分
酵母单菌落为模板,以试剂盒中提供的 AD Insert
Screening 引物进行菌落 PCR 扩增,检查其插入 cDNA
片段的分布及平均长度,结果表明目标 cDNA 片段主
要分布在 1 - 1. 5 kb 范围(图 1)。进一步通过血球计
数板直接计数,检测结果表明所构建的文库细胞浓度
达到了酵母双杂交所需浓度每 mL 2. 0 × 107 个细胞。
图 1 随机菌落 PCR 检查 cDNA 插入片断大小
Fig. 1 cDNA insert size checked by random colony PCR. M:Marker12,1-24:Randomly selected yeast single colonies for PCR.
图 2 诱饵质粒 pGBKT7-AsB2510 的鉴定
Fig. 2 Identification of bait plasmid pGBKT7-AsB2510.
1. pGBKT7 vector;2. AsB2510;M. Marker 1 kb ladder.
2. 3 诱饵载体构建和自激活活性及毒性检测
设计适当引物,以紫云英根部组织 cDNA 为模
板扩增紫云英豆血红蛋白基因 AsB2510,获得预期
大小的 447 bp 片段,经 EcoRⅠ和 BamHⅠ酶切,克
隆于相同双酶切后的 BD 载体 pGBKT7 质粒上,从
而构建出重组诱饵质粒 pGBKT7- AsB2510,其酶切
鉴定如图 2,选取的 Marker 为 1 kb Ladder。进一步
测序无误后将上述诱饵质粒转入酵母 Y187 中,转
化后涂布选择培养基 SD /-Trp。转化子接种到 SD /-
Trp /X-gal 平板上,菌落不显蓝,说明融合蛋白无自
激活活性(图 3)。同时将含有诱饵质粒的 Y187 接
种到液体 SD /-Trp /Kan(20 g /L),30℃震荡培养过
夜,紫外分光光度计检测,OD600大于 0. 8,表明融合
蛋白对酵母细胞生长无毒性。根据以上结果可判断
该诱饵质粒可用于筛选文库。
2. 4 与诱饵蛋白 Lb 相互作用的阳性克隆筛选
利用含诱饵质粒 pGBKT7-AsB2510 的 Y187 菌
株与含文库质粒的 AH109 菌株在 YPDA 培养液中
共培养进行有性杂交。在 SD /-Leu /-Trp /-His /-Ade
四缺平板上初步筛选获得 114 个阳性克隆。将这些
克隆分别点种到含 X-gal(80 mg /L)的 SD /-Leu-
Trp /-His /-Ade 培养基上,通过检测报告基因 Lac Z
的表达进行复筛,结果显示共有 26 个菌落在 48 h
内不同程度显蓝。进一步,利用试剂盒中所提供的
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文库质粒 pGADT7-Rec 上检测外源片段的 AD Insert
Screening 特异性引物,对显蓝酵母菌落逐个进行菌
落 PCR 检测,以鉴定文库质粒上外源 DNA 片段的
大小,部分菌落 PCR 的电泳结果见图 4。同时,从酵
母阳性克隆中分离含有外源片段的文库质粒,回转
到含有诱饵质粒 pGBKT7-AsB2510 的 AH109 菌株
中进一步小范围杂交确证,在 SD /-Leu /-Trp /-His /-
Ade /X-gal 四缺平板都能长出菌落且显蓝,说明在
酵母双杂交系统条件下,阳性克隆所编码产物确实
能与 AsB2510 蛋白相互作用。
图 3 AsB2510-BD bait 自激活活性的检测
Fig. 3 Auto-transcriptional activation test of AsB2510-BD bait.
图 4 阳性克隆 cDNA 插入片段的菌落 PCR 鉴定
Fig. 4 cDNA insert sizes checked for positive clones by PCR. M:
Marker12;Lane1-10:cDNA insert sizes checked by PCR.
2. 5 阳性克隆的初步分析
挑选部分阳性克隆测序,测序结果在 NCBI 数
据库中进行 BLAST 对比分析,获得与紫云英豆血红
蛋白相互作用的四类序列。其中编号 LY-53 号克隆
不仅与大豆中很多功能未知蛋白和假想蛋白在结构
上保持高度同源,还含有 tify domain 和 Divergent
CCT motif 功能结构域。针对 LY-53 号克隆,我们采
用小范围点对点杂交方法,再次验证了该靶蛋白在
酵母体内确实能与诱饵蛋白 Lb 相互作用(图 5)。
考虑到 LY-53 基因为一个调控蛋白基因,本文进一
步将转化含有 AD-LY-53 的酵母菌株 AH109 与转化
含有 BD 空载体的酵母菌株 Y187 进行杂交,结果显
示全部杂交子可在二缺平板上生长,但在 SD /-
Leu /-Trp /-His /-Ade 四缺平板上不能生长。这表明
靶蛋白 LY-53 本身不具有 AD 和 BD 活性,只有当诱
饵蛋白基因存在时,其才能够直接作用于酵母双杂
交系统,因而可以判定筛选所获得的靶蛋白 LY-53
不是假阳性。
图 5 靶蛋白 LY-53 与诱饵蛋白 Lb 的相互作用验证
Fig. 5 The validation test for interactions between target protein
LY-53 and bait protein Lb.
从生物信息学角度进一步分析 LY-53 蛋白的功
能:在 LY-53 氨基酸序列图上,红色和绿色各代表两
个功 能 域,绿 色 框 代 表 tify domain,红 框 代 表
Divergent CCT motif(图 6)。前者包含有锌指结构,
常见于植物转录因子 中,在拟南芥中 研 究 较
多[10 - 11],与多种调控功能相关[12];后者与核定位有
关[13]。基于该基因片段的两个结构域功能特点,初
步推断该候选靶蛋白序列代表一个具有重要功能的
转录因子。
图 6 阳性克隆 LY-53 插入序列推断的氨基酸序列及其
结构域
Fig. 6 The putative amino acid sequence and conserved domain of
positive clone LY-53.
3 讨论
生物信息学分析 LY-53 含有 tify 结构域,该结
构域首先在模式植物拟南芥中研究并命名为 ZIM
(BAA97679; Zinc-finger protein expressed in
Inflorescence Meristem),随着对其保守区域的进一
步研究,将 TIFY 蛋白是否含有 C2C2-GATA domain
又分为 I 和 II 型。而且这种蛋白只发现于陆地植物
体内,目前关于该蛋白的具体功能研究还比较少,仅
停留在影响组织分化和发育阶段[12],但有研究发现
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II 型 TIFY 蛋白与茉莉酸(JA)压力应答反应有
关[14]。JA 广泛分布于各种植物中,并参与许多生
理活动,包括果实成熟、花粉的产生、根的生长、根毛
卷曲、植物对非生物压力和外界伤害的反应和植物
对昆虫以及病原菌的抵御反应[15 - 18]。由此可见,
TIFY 蛋白可能在植物正常生长阶段影响分化和发
育,在非正常状态类似于免疫系统调节植物发生应
答反应抵御压力。
根瘤菌与宿主植物共生的早期实际上类似于病
原菌入侵植物,不同的是在长期的进化过程中,双方
为了更适应对方都发生了某些功能方面的协同演化
与改变:根瘤菌对植物免疫系统的影响与其它细菌
不同,根瘤菌缺少引起植物防御应答的微生物分子
机制。同时,豆科植物也和其他植物不同,缺少对这
种其他微生物分子机制防御性的感知和应答[19]。
由此推断,LY-53 蛋白与豆血红蛋白相互作用可能
是豆科植物在被根瘤菌侵染后的一种免疫应答性质
的反应。对于这种相互作用还有待深入研究,可通
过基因沉默(RNAi)、超表达、活细胞体内互作定位
及酵母单杂交等技术方法来分析其在共生固氮过程
中的功能及调控机制。不难看出,本文结果对研究
Lb 在豆科植物根瘤中除具有维持低氧浓度之外的
其它功能提供了新的思路。
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Construction of Astragalus sinicus AD-cDNA library and
identification of proteins interact with the leghemoglobin
Yan Liu,Huilin Gu,Xiaobo Xiong,Yixing Li,Youguo Li*
(State Key Laboratory of Agricultural Microbiology,Huazhong Agricultural University,Wuhan 430070,China)
Abstract: [Objective] The objectives of this work were (i) to construct a yeast two-hybrid AD-cDNA library of
Astragalus sinicus and provide a fundamental system to screen target proteins involved symbiotic nitrogen fixation,and (ii)
to isolate the target proteins interacting with the leghemoglobin. [Methods] By using the MatchmakerTM Library
Construction & Screening Kit (Clontech),we constructed a yeast AD-cDNA library basing on the total RNA,which was
isolated from the root and nodule tissues of A. sinicus at different developmental stages infected by Mesorhizobium huakuii
7653R. [Results] The quality examination of the AD-cDNA library showed that the transformation efficiency was
1. 0 × 106 transformants /3μg pGADT7-Rec DNA,and the average length of cDNA inserts was around 1. 0 kb. The library
was then screened with the leghemoglobin AsB2510 as bait by yeast two-hybrid system,and 26 positive clones was
obtained on SD /-Leu /-Trp / -His / -Ade containing X-gal. 10 of them were individually further confirmed by resuing the
plasmid,amplifying the cDNA insert and retesting the protein-interacting phenotype. [Conclusions]The cDNA inserts of
positive clones were sequenced and undertaken a blast analysis in NCBI database,it was found that clone LY-53 contained
a tify domain and divergent CCT motif,which was an important transcription factor needs in-depth investigation.
Keywords: Astragalus sinicus; Mesorhizobium huakuii 7653R; AD-cDNA library; AsB2510; yeast two-hybird;
interacting protein
(本文责编:张晓丽)
Supported by the Major Project of Chinese National Programs for Fundamental Research and Development (2010CB126500)
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Received:23 March 2010 /Revised:15 May 2010
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