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拟南芥AtDWD与ABI2相互作用的初步研究



全 文 :2015年7月 四川大学学报 (自然科学版) July.2015
第52卷 第4期 Journal of Sichuan University(Natural Science Edition) Vol.52 No.4
收稿日期:2014-01-06
基金项目:国家自然科学基金 (31171586),国家转基因重大专项 (2011ZX08009-003-002)
作者简介:袁德志 (1989-),男,贵州普定人,硕士,研究方向为植物遗传与分子生物学.
通讯作者:杨毅.E-mail:yangyi528@vip.sina.com
doi:103969/j.issn.0490-6756.2015.07.028
拟南芥AtDWD与ABI2相互作用的初步研究
袁德志,李德款,赵 哲,杨 昊,杨 毅
(四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室,成都610064)
摘 要:本文以RCAR1为诱饵蛋白通过酵母双杂交 (Y2H)技术筛选出了DWD基因编码
的蛋白,同时在用ABI2参与筛选的过程中,同样得到了DWD这个基因.进行了pul down
实验验证它们之间的相互作用,实验结果显示:在体外,RCAR1、RCAR3与DWD之间确
实存在相互作用,同时ABI2与DWD也存在相互作用.其后对DWD结构的进行分析和实
验,发现ABI2和DWD的相互作用区域集中在AtDWDC端,大概是145~350位氨基酸之
间的 WD40结构域里.
关键词:酵母双杂交;Pul down;PP2C;AtDWD
中图分类号:Q945   文献标识码:A   文章编号:0490-6756(2015)04-0865-06
Preliminary study of proteins interacting between ABI2 and
AtDWD in Arabidopsis thaliana
YUANDeZhi,LI De-Kuan,ZHAO Zhe,YANG Hao,YANG Yi
(Key Laboratory of Bio-resources and Eco-Environment of Ministry of Education,
Colege of Life Sciences,Sichuan University,Chengdu 610064,China)
Abstract:AtDWD (WD40)protein was obtained by using yeast two-hybrid screening with the bait of
RCAR1in former work.Further studies demonstrated that ABI2 (a kind of PP2C)could interact with
AtDWD.Due to the deficiency of the yeast two hybrid technology,this study used GST pul down to
determine the interaction between ABI2and AtDWD.The results showed that the interaction between
AtDWD and ABI2was exist.In addition the study showed that 145~350aa in the C terminus of AtD-
WD interacted with ABI2(PP2C).
Key words:Yeast two hybrid system;Pul down;PP2C;AtDWD
1 引 言
作为植物激素,ABA在植物抗逆机制中不可
或缺,同时ABA在植物胁迫应答和生长发育中也
起着十分重要的作用[1,2].至 ABA发现以来,对
ABA及其相关作用机理的研究一直是科研的热点
之一,2009年一类命名为 PYR/PYLs (也称为
RCARs)的蛋白家族,他们的特点是都包含
START结构域,被鉴定为 ABA受体蛋白[3].研
究者们通过研究发现这一类RCARs蛋白能够与
PP2C (ABI1、ABI2、HAB1和 PP2CA/AHG3)
发生相互作用,从而抑制 PP2C的活性[4-6].而
PP2Cs,包括ABI2抑制着下游基因SnRK2s亚家
族的活性,如果ABI2受到抑制,那么SnRK2s的
功能就得到了激活,从而磷酸化下游的一些特定
应答元件转录因子,最终启动ABA应答基因的表
  四川大学学报 (自然科学版)   第52卷
达[7].
本室一直致力于ABA信号通路的研究,针对
ABI2,我们通过酵母双杂交的方法,针对ABI2进
行实验,发现它能够与一种含有多个 WD40结构
域的蛋白相互作用,这种蛋白我们命名为 AtD-
WD.
而目前关于DWD的研究表明,DWD很有可
能在泛素降解体系中有一定的作用,一些研究者
发现DWD家族蛋白能够和一种被命名为DDB1
的蛋白相互作用,这种蛋白则是一种被命名为
Culin-RING 4(CRL4)的泛素连接酶复合物的
重要构成部分,而目前已经有证据表明E3泛素体
系参与了ABA信号转导途径,有科研工作者认为
DWD很有可能是CRL4的底物受体,在降解过程
中起着连接底物与E3的重要作用[8].
为了进一步的确定和探究ABI2与DWD的相
互作用,我们通过体外表达两种蛋白并进行了
pul down实验,并根据DWD上 WD40结构区域
的不同,对其进行节段,通过酵母双杂交以进一
步分析ABI2和DWD的结合部位在DWD上的所
在区域,我们发现,这个作用区域集中在AtDWD
C端145~350位的氨基酸序列中,并且在切除掉
这些区域以后相互作用变得不存在或者明显降低,
希望这些结果能够为后面的研究提供一定的帮助.
2 材料与方法
2.1 材料
各类菌株 (包括克隆菌株,表达菌株)来源
于实验室的现有菌株,AH109酵母菌株来源于
Clontech. 载 体 (pET28A,GTK,PGBKT7-
RACR1,PGADT7)均为常用载体,来源于实验
室.GST-resin、His-resin蛋白质纯化柱以及填料
购自invitrogen.His抗体,DMSO采购于Sigma
公司.其它常用试剂来源于实验室现有,引物的
合成以及载体特定基因的测序由华大基因完成.
2.2 方法
2.2.1 目的基因的分离与扩增 从拟南芥cDNA
通过 PCR 等手段获取目标基因 ABI2,DWD,
RCAR1的全长基因,引物皆为自己设计并通过华
大基因合成.
2.2.2 载体的构建 构建pET28A-ABI2、GTK-
AtDWD载体,用于原核表达蛋白进行pul down.
构 建 PGBKT7-ABI2、 PGADT7-AtDWD、
PGADT7-RCAR1用于酵母双杂交实验.我们通
过Smart软件对 AtDWD 的基因结构进行分析,
为了确定DWD上的多个 WD40机构域中真正起
作用的那一个或者那一些,我们根据 WD40结构
区域的不同将AtDWD的氨基酸序列分成了如下
5个部分 (图1):WD1 (1~61)、WD2 (62~
103)、WD3 (104~144)、WD4 (145~229)、
WD5 (230~350).由于预测结果中 AtDWD与
ABI2的相互作用区域可能主要集中于C端,我们
又对C端的几个 WD40结构域进行了组合,包括
WD34 (104~229)、WD45 (145~350)、WD345
(104~350)三个部分.然后分别设计引物,构建
如 下 载 体: PGADT7-WD1、PGADT7-WD2、
PGADT7-WD3、 PGADT7-WD4、 PGADT7-
WD5、 PGADT7-WD34、 PGADT7-WD45、
PGADT7-WD345.
图1 不同结构域的AtDWD氨基酸片段
Fig.1 The different domain amino acid sequences of
AtDWD
2.2.3 蛋白质纯化及 Pul down 分别将GTK-
AtDWD、pET28A-ABI2以及 GTK 空载体转入
到表达菌株Rosetta中并置于特定抗性的培养基
上进行单克隆筛选,挑取阳性单克隆过夜培养活
化,然后按照1∶100接入到特定抗性的500mL
LB培养基中,在摇床内特定条件 (37℃,225r/
min)下培养2h,然后加入终浓度为0.5mM 的
诱导剂IPTG,在摇床中特定条件 (28℃,180r/
min)下,诱导表达7h,收集菌体破碎后将蛋白
质经亲和层析分离,纯化,得到了0.5363mg/mL
His-ABI2、0.4908mg/mL GST (用作对照组)、
0.4420mg/mL GST-DWD的原核表达蛋白.分
别取20μg的 GST、GST-DWD蛋白质,向其中
各加入40μL谷胱甘肽-Sepharose 4B介质以及
5μg的 His-ABI2蛋白,然后用分别加入Incuba-
tion buffer(50mmol Tris-Cl,pH7.5,100mmol
NaCl,1mmol EDTA-Na2,1mmol DTT,0.2%
Triston X-100)补足500μL,其后在摇床中特定
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第4期    袁德志,等:拟南芥AtDWD与ABI2相互作用的初步研究  
条件下 (4℃,65r/min)孵育4h.再用 Wash
buffer (50 mmol Tris-Cl,pH7.5,500 mmol
NaCl,1mmol EDTA-Na2,1mmol DTT,0.1%
Triston X-100)在摇床内特定条件下 (4℃,50
r/min)清洗5次,每次5min,除去游离的蛋白,
低速离心1min,得到最终产物.制样,分别在样
品中加入30μL 1×loading buffer,沸水浴10
min,12000r/min离心5min,取0.25μg量的
His-ABI2作为5%Input.SDS-PAGE 电泳和
westernblot检测方法来源于文献[9],转膜以后用
His特异的抗体进行检测,最后通过DAB显色以
后,用软件Bandscan对结果进行分析.
2.2.4 酶母双杂交 酵母双杂交实验的各个步骤
参考Clontech操作手册和相关文献[10],由于有两
组酵母双杂交的实验,分别设立正负对照,DWD
与ABI2之间相互作用确定,阳性对照为 PG-
BKT7-RACR1+PGADT7-AtDWD,阴性对照为
PGBKT7-ABI2 + PGADT7 与 PGBKT7 +
PGADT7-AtDWD.而在酵母共转化检测 ABI2与
AtDWD相互作用部位的试验中,正对照为PG-
BKT7-ABI2+PGADT7-AtDWD,负对照为PG-
BKT7-ABI2 + PGADT7 与 PGBKT7 +
PGADT7-AtDWD.将转入质粒后的酵母细胞均
匀涂布在氨基酸缺陷型筛选培养基SD/Leu-/Trp-
平板上,倒置平板,30℃培养3~5d,然后挑取
阳性单克隆涂在四缺培养基SD/Leu-/Trp-/His-/
Ade-/8MMOL 3AT平板上,30℃培养3~4d,
其长出白色圆型光滑菌落的为阳性.其后在培养基
SD/Leu-/Trp-/His-/Ade-/8MMOL 3AT 平板上挑
取的阳性克隆接入缺陷型液体培养基SD/Leu-/
Trp-中,摇床上特定条件 (30℃,220r/min),培
养48h,至菌液 OD值为0.5~0.6,分别取5μL
菌液滴点并稀释10倍,100倍并列滴在培养基
SD/Leu-/Trp-和 SD/Leu-/Trp-/His-/Ade-/8MMOL
3AT平板上,30℃倒置培养3~5d,观察菌落生
长情况,长出白色菌落的证明有相互作用存在.
3 结果与分析
3.1 验证DWD与ABI2之间的相互作用
在之前的研究中,我们已经发现 RCAR1能
够与 ABI2发生相互作用,DWD是否也能够与
ABI2发生相互作用,经过酵母实验,如图2所示,
四组实验中第一行三个稀释比例下在二缺培养基
上均能长出菌落,证明酵母共转化质粒均已经成
功进入酵母菌中.作为正对照的RCAR1与ABI2
两个转化子在培养基SD/Leu-/Trp-/His-/Ade-/
8MMol 3AT平板上,长出菌落,而负对照空载的
AD与ABI2,BD与DWD并没有长出菌落,证明
实验控制精确,结果可信,ABI2和DWD转化子
与正对照出现相似的结果,证明DWD和RCAR1
一样能够与ABI2相互作用 (图2).
图2 ABI2与AtDWD酵母共转结果
Fig.2 The yeast co-transformation result of ABI2
and AtDWD
3.2 不同物种中的DWD的对比分析
AtDWD的共由349个氨基酸构成,GenBank
登录号为:AEE36435.1,如图3A所示,之前的
研究表明,DWD类蛋白的核心结构是由16个氨
基酸构成的 W,D重复序列,这样的核心序列被
称为 WD40 (图3A红线标注部分),故我们将该
基因命名为DWD,AtDWD氨基酸序列全长同源
比对结果发现 AtDWD与很多植物中的DWD存
在同源性 (比对物种包括水稻 (Oryza sativa)、
玉米 (Zea mays)、蓖麻 (Ricinus com munis))
(图3A).同样的我们对AtDWD进行了进化树分
析 (包括蓖麻,杨树 (Populus trichocarpa),大
豆 (Glycine max),葡萄 (Vitis vinifera),苜蓿
(Medicago truncatula),拟南芥,烟草 (Nicoti-
anatobacum),水稻,玉米等),结果再一次证明了
拟南芥AtDWD与这些物种中DWD 之间有较高
同源性 (图3-B),这也说明,可能 DWD 对于
ABI2的作用不仅仅只是在拟南芥中能够实现.
3.3 蛋白的原核表达和蛋白质纯化
根据前面的方法我们在原核表达纯化后获得
了 GST,GST-DWD,His-ABI2 三种蛋白,在
SDS-PAGE检测目的条带实验中我们能够看到如
图4所示的三个明显的蛋白条带,泳道从左至右
依次是His-ABI2,GST-AtDWD,GST,这三个蛋
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白的大小分别是51kD、59kD、25kD(图4),蛋
白浓度测量分别为 0.5363 mg/mL His-ABI2、
0.4908 mg/mL GST (用 作 对 照 组)、0.4420
mg/mL GST-DWD.这样的蛋白质可以保证我们
后续实验的进行.
图3 不同物种中DWD氨基酸序列比对和进化树分析
A:序列比对;B:进化树分析
Fig.3 sequence alignment of amino acid and phylogenetic tree of DWD in different species
A:sequence alignment;B:phylogenetic tree analysis
3.4 GST pul down体外验证RCAR1与AtDWD
的相互作用
由于我们获得了状态良好的目标蛋白,我们
进一步进行体外的相互作用实验,我们通过pul
down实验,获取了 GST与 His-ABI2,GST 与
GST-AtDWD的蛋白交联产物,通过SDS-PAGE
电泳后,我们用特异性地 His-Tag抗体检测,我
们发现,在input正常,实验条件完善的情况下,
空载的GST并不能够在实验中结合 ABI2 (图5-
A第二条泳道),而DWD能够和 ABI2相互结合
所以在第三条泳道我们能够看到 ABI2的条带;
用软件Bandscan定量分析 western blot实验结
果,将Input泳道中的 His-ABI2相对含量设置为
100,GST 泳道的 His-ABI2相对含量为4,而第
三列泳道中的His-ABI2相对含量为45 (图5-B),
这样的结果是具有显著性差异的,也就是说,体
外蛋白AtDWD和 ABI2之间的相互作用是显著
存在的.
图4 SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳
Fig.4 SDS-PAGE result map
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图5 GST Pul down体外检测 ABI2与 AtDWD之
间的相互作用
A:His抗体检测GST-AtDWD与 His-AtABI2之间的相互
作用;B:Bandscan检测ABI2的相对含量,将Input的值设
为100
Fig.5 Interaction between ABI2and AtDWD by
GST Pul down assay in vitro
A:Detecting the interaction between GST-AtDWD and His-
AtABI2by His antibody;B:Testing ABI2relative content
by software Bandscan,the value of Input is setted to 100
3.5 酵母双杂交实验研究ABI2与AtDWD相互
作用部位
对于 ABI2和 AtDWD相互作用具体区域的
研究,我们需要通过酵母双杂交实验来完成,我
们将实验分为9组,如图6所示,九组试验中第一
行三个稀释比例下在二缺培养基上均能长出菌落,
证明酵母共转化质粒均已经成功进入酵母菌中.
正对 照 组 ABI2 与 AtDWD 能 够 在 SD/Leu-/
Trp-/His-/Ade-/8MMOL 3AT 平板上长出白色
光滑、丘状隆起状的菌落,负对照空载 AD,BD
均不能长出菌落,证明实验结果是可信且可以重
复的,而 转 化 子 WD1、WD2、WD3、WD4、
WD5、WD34与 ABI2在培养基SD/Leu-/Trp-/
His-/Ade-/8MMOL 3AT 平板上不能长出菌落
(WD1和 WD2的结果此处未给出),说明 WD3、
WD4、WD5、WD34与ABI2没有相互作用或者
非常微弱.而 WD45,WD345在培养基SD/Leu-/
Trp-/His-/Ade-/8MMOL 3AT 平板上长出阳性
菌落 (图6)说明相互作用较为强烈,也就是证明
了这个相互作用区域集中在 WD45的部分,也就
是AtDWD C端145~450位氨基酸这个部位.
图6 ABI2与AtDWD不同结构域片段的酵母共转结果
Fig.6 The yeast co-transformation result of ABI2and the different domain of AtDWD
4 讨 论
脱落酸ABA是一种植物激素,在植物生长发
育调控过程中,ABA的功能是不能够忽视的,尤
其是在植物应对如干旱、低温、高温、盐等多种
胁迫的抗逆和应答时 ABA 的作用更是十分关
键[11],ABA诱导的一些基因大多也受到干旱和
盐碱等胁迫的诱导,这就表明ABA在胁迫应答中
有着非常重要的作用[12].此外 ABA还在气孔开
闭,调节种子休眠等过程中有重要意义[13-15].
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在已有的研究中我们了解到RCAR1是ABA
信号通路的重要受体之一[16],RCARs能够与
ABI2之间存在相互作用,在我们的研究中,我们
发现了ABI2能够与DWD相互作用,而这种相互
作用将有可能影响到ABA信号通路的各个功能,
而这一点是由DWD的功能实现的.
本实验中我们发现,ABA受体RCARs能够
与ABI2相互作用,而ABI2能够与DWD相互作
用,ABI2如果受到抑制,下游的SnRKs将会激
活,这种活性将会磷酸化一类bZIP型转录因子
ABFs/AREBs[17],而这种转录因子恰恰诱导了
ABA应答基因的表达.介于 DWD有可能在E3
体系中起到连接底物受体的关键作用,而E3泛素
连接酶已被证明参与ABA信号转导,这就是说有
可能存在着在 ABI2磷酸激酶调节下的泛素体系
降解过程,调节RCAR3从而参与到ABA信号通
路中,并最终影响到植物的抗逆等生理过程,
ABA信号通路中的RCARs,ABI2都有可能是通
过DWD参与到泛素降解体系中的,当然这需要
我们进一步的实验证明.
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