作 者 ：王栋
期 刊 ：山东农业大学 2008年 02期 页码：107
关键词：CCCH；锌指蛋白Perl；BLAST；基因家族；生物信息学；
摘 要 ：CCCH型锌指蛋白是锌指蛋白中的一大类,它包含一个或多个由三个半胱氨酸和一个组氨酸组成的,能与锌离子结合的基序。相比较而言,动物中CCCH蛋白研究的比较多,对其功能的了解也比较透彻,而植物中CCCH蛋白研究非常之少。迄今为止,对植物CCCH蛋白的研究只是局限于个别基因的鉴定与功能分析,没有任何研究从基因组水平对此基因家族进行分析。 本研究中用两种方法检索了模式植物拟南芥和水稻的基因组,获得编码含有CCCH锌指的基因。一是以已知CCCH基因的序列作为检索条件,利用BLAST查找其同源序列。二是根据CCCH锌指结构的保守氨基酸序列编写正则表达式,用Perl语言操纵含有基因组数据的...