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CCCH型锌指蛋白研究进展



全 文 :综述与专论
生物技术通报
BIOTECHNOLOGY BULLETIN 2010年第 8期
CCCH型锌指蛋白研究进展
秦智慧1, 2  杨青川 1  晁跃辉 1  康俊梅 1
( 1中国农业科学院北京畜牧兽医研究所,北京 100193; 2重庆大学生物工程学院,重庆 400030)
  摘  要:  锌指蛋白是一类生物体中广泛存在的具有典型锌指结构特征的超蛋白家族, 几乎参与了生物体生长发育的各
个阶段。根据锌指蛋白的结构及功能特点,锌指蛋白主要分为 9大类, 其中 CCCH型锌指蛋白相比其它几类来说较少,约占所
有锌指蛋白的 0. 8% , 在植物、动物、微生物中都有发现。 CCCH型锌指蛋白包含一个或多个由 3个半胱氨酸和一个组氨酸组
成的能与锌离子结合的基序。综述了 CCCH 型锌指蛋白的定义、结构、表达、作用方式和功能。
关键词:  CCCH  定义  结构  表达模式  作用方式  功能
Study of CCCHtype Zinc F inger Protein
Q in Zh ihu i
1, 2  YangQ ingchuan1  Chao Yuehu i1  Kang Junm ei1
(
1
Institu te of Animal Sciences, ChineseA cademy of Agr icultural Sciences, Beij ing 100193;
2
B ioengineering College of Chongq ing University, Chongq ing 400030 )
  Abstrac:t  Z inc finge r pro te ins are defined as a superfam ilyw ith typ ica l zinc finger dom a in that involved in m any aspects o f plant
g row th and developm ent and have been w ide ly found in m any an im als and p lants. They have been c lassified into nine types acco rding to
the structura l and functional diversities. The CCCHtype zinc fing er is less comm on com pared to other zinc fingers and represents ap
prox im ately 0. 8% o f a ll zinc finge rs, wh ich has been found in plan t, anim a l andM icroorgan ism. Genes o f CCCH fam ily encode zinc fin
ger pro te ins con taining them otif w ith three cy ste ines and one histid ine res idues. Th is pape r descr ibed the advances resea rch on the the
defin ition, struc ture, expression, ac tion and the func tion o f CCCHtype zinc finger in recent year.
Key words:  CCCH  Defin ition Structure Expression Ac tion Function
收稿日期: 20100311
基金项目:国家科技支撑计划项目 ( 2008BADB3B05) ,现代农业产业技术体系建设专项资金资助
作者简介:秦智慧,女,在读硕士研究生,主要从事分子生物学与基因工程相关研究工作; Em ai:l q in zh ihu i999@ 163. com
通讯作者:杨青川, Em ai:l qchyang66@ yah oo. com. cn
生物形态的多样性, 不仅是因为个体所包含
的基因具有的差别, 同时也与基因的有序表达及
表达量相关。在基因调控研究领域中, 转录因子
起着非常重要的作用。锌指蛋白是真核生物基因
组中最丰富的一类转录因子, 这种蛋白质与 Zn2+
结合形成稳定的手指结构, 在基因的表达调控、细
胞分化、胚胎发育等生命过程中发挥重要作用。
自 1985年在爪蟾卵母细胞中发现了第一个具有
基因转录调控作用的锌指蛋白 转录因子 TF!
A以来,如今已在动物、植物、微生物中陆续发现
各类与基因调控相关的新的锌指蛋白。大量研究
表明众多的锌指蛋白组成了一个庞大的家族, Berg
等 [ 1]根据锌指蛋白序列与功能的不同将其分为 9
大类: C2H 2, C8, C6, C3HC4, C2HC, C2HC5, C4, C4
HC3, CCCH ( C和 H分别代表半胱氨酸和组氨酸 )。
目前,研究最多的是 C2H 2类锌指蛋白, CCCH 型锌
指蛋白研究较少。CCCH型锌指蛋白约占所有锌指
蛋白的 0. 8% [ 2, 3]。
1 CCCH锌指基序的定义
CCCH类型锌指蛋白包括 1- 6个 CCCH结构。
Berg等 [ 1]研究定义的 CCCH 锌指基序特征是 C
X614CX45 CX3H。W ang等 [ 4]的研究发现了 5种
在 Berg的分类中没有提到的 CCCH 基序, CX4 C
X5 CX3 H, CX5CX4 CX3 H, CX7 CX6CX3 H,
CX8 CX6 CX 3H和 CX15 CX5CX3 H。由此, 对
CCCH基因下了新的定义: CCCH基因编码的蛋白
生物技术通报 B iotechnology  Bulletin 2010年第 8期
包含 1到 6个 CCCH类型的锌指基序, 其基序的特
征是富含甘氨酸和苯丙氨酸残基的 CX4 - 15 CX4- 6
CX3H。分析的结果表明含有 CX7- 8CX5 CX3 H
基序的 CCCH蛋白是最大的一个类 , 约占 75% ,
并认为该基序很可能是其它 CCCH 基序的一个
起源。
2 结构研究
目前, 关于 CCCH 结构的研究主要是 CCCH与
RNA复合体的结构。Hudson等 [ 5]已经利用核磁共
振技术得到了 TIS11D的 CCCH 结构域与富含 AU
的 RNA单体结合的三维结构 (图 1, 图 2)。由于
TIS11D与拟南芥中 A tC3H14都含有两个连续的 C
X8CX5CX3H基序,并且两个基序之间的氨基酸
残基的间隔都是 18个, 其它的残基的保守性也很
高。W ang依据前者模拟了 A tC3H14与 RNA结合
的三维构象 (图 3,图 4)。
图 1 TIS11D与 RNA单体结合的三维结构
图 2 TIS11D与 RNA单体结合的拓扑结构
图 3 A tC3H14的 RNA复合物的三维结构
图 4 A tC3H14结构的分子接触表面拓扑结构
W ang
[ 4 ]根据图 1-图 4分析, 每个 CCCH锌指
的 N端都有一段 KTEL (V )的残基, 这段残基形成
与 RNA结合的关键接触面,每个锌指都形成一个容
纳 RNA的口袋,分别容纳 RNA的 U 6和 U2两个核
苷 酸 残 基。 U 2Phe293A3, U 4Tyr287U5, U 6
Phe255A7和 U8Tyr249U9相互之间形成的芳香族
的堆积力在 CCCH 锌指结构与 RNA结合中起着关
键作用,这些相应的氨基酸的缺失可能会导致二者
的结合丧失紧密性。
3 CCCH锌指蛋白表达模式
3. 1 组织表达
在植物中, W ang等在拟南芥和水稻中分别鉴
定到 68个和 67个 CCCH基因,这些 CCCH在不同
的组织中都有表达, 但 CCCH基因的组织表达模
式不同。根据表达模式的差异可以将 CCCH基因
分为 3类。第一类的基因在所有 4种检测的组织
都有表达, 这类基因在拟南芥中有 33个, 在水稻
2
2010年第 8期 秦智慧等: CCCH型锌指蛋白研究进展
中有 36个; 第二类包括拟南芥中的 18个基因和水
稻中的 12个基因, 这些基因只是在部分组织而不
是在全部组织中表达; 第三类的基因是组织特异
表达的基因, 包括 17个 CCCH 基因, A tC3H 50和
A tC3H68在根中特异表达, A tC3H 18、A tC3H35、
A tC3H43、OsC3H 36和 OsC3H 39在花中特异表达,
A tC3H45、OsC3H 28和 OsC3H 30在叶中特异表达,
A tC3H2、A tC3H5、A tC3H 13、A tC3H 15、A tC3H54、
O sC3H1和 O sC3H 52在种子中特异表达 [ 4 ]。在动
物中, L iang在人和小鼠体内分别鉴定到 55个和
58个 CCCH基因。CCCH 基因在所有组织中有不
同水平的表达。根据表达模式的差异可以将
CCCH基因分为 3类。第一类包括 44个 CCCH基
因, 这些基因虽不在全部组织中表达,但在超过半
数的组织中有不同水平的表达。第二类包含 6个
基因,分别为 Dus3 l、Zc3h4、Dhx57、Cpsf4、BC019429和
BC003883。它们在能量消耗高的组织中有较高水平
表达,如心脏、肌肉、血管和棕色脂肪组织, 这表明它
们可能涉及脂肪酸代谢的调节。第三组包括
Mbnl3、Zfp36 l2、Zfp36、Zc3h12a、Zc3h12d、Zc3h7a和
Leng9。它们在与巨噬细胞有关的器官中含量丰富,
如脾、肺、肠和胸腺,主动脉和脂肪组织,这表明它们
可能参与调节先天免疫和炎症反应 [ 6 ]。
3. 2 亚细胞定位
细胞中蛋白质合成后被转运到特定的细胞器
中, 只有转运到正确的部位才能参与细胞的各种
生命活动, 如果定位发生偏差, 将会对细胞功能甚
至生命产生重大影响。蛋白质的亚细胞定位是蛋
白质功能研究的重要方面。目前, 随着生物信息
学的发展, 除了一些综合数据库 ( sw issPROT、
M IPS等 )和模式生物数据库收录有部分蛋白质亚
细胞信息, 出现了一些专门的亚细胞定位数据库,
如 LOCATE、DBSubloc等。这些数据库的构建主要
基于计算机预测、大规模试验和文献挖掘技术。
W ang利用 DBSubLoc对拟南芥中亚家族 IX和水
稻中亚家族 I的 20个基因进行了亚细胞定位的预
测, 定位的结果显示 20个基因都定位于细胞核
内。当然, 也可通过试验来进行亚细胞定位研究,
表 1列出了一些已知的 CCCH 的亚细胞定位
情况。
表 1 已知的 CCCH的亚细胞定位情况
基因名称 物种 定位
 OsDOS[ 7]  Oryza sativa  nuclear
 P IE1[8]  Ca enorha bd itis e legans  nuclear
 AtCPSF30[ 9]  Arabidopsis thaliana  nuclear
 HUA1[ 10]  Arabidopsis thaliana  nuclear
 SOMNUS[ 11]  Arabidopsis thaliana  nuclear
 AtSZF1[ 12]  Arabidopsis thaliana  nuclear
 ZFP36L3[13]  m ice  cytop lasm
 Zc3h12 a[14]  m ice  cytop lasm
 ZFP36L1[13]  m ice  Nuclear/cytop lasm
 ZFP36L2[13]  m ice  Nuclear/cytop lasm
 ZAP[ 15]  m ice  Nuclear/cytop lasm
 OsL IC[ 16]  Oryza sativa  Nuclear/cytop lasm
对于既出现在细胞质又出现在细胞核的 CCCH
锌指蛋白,如 ZFP36L1和 ZFP36L2,已被证明是在核
内外穿梭发挥作用 [ 13]。Ph illips等 [ 17]研究认为核内
外穿梭主要通过其 N或 C端有功能的核输出信号
序列 ( NES)与核孔复合物上的核输出受体 CRM1起
介导作用,实现核内核外穿梭过程。W ang[ 4]发现拟
南芥中的 54个 CCCH 蛋白含有 NES序列, 而水稻
亚基族 IX的 11个 CCCH蛋白也都含有 NES序列,
并由此推断核内外穿梭信号在 CCCH蛋白的广泛存
在说明这些蛋白可能是核内外穿梭蛋白,并且在细
胞中核内外信号的转导中起着重要作用。
4 CCCH作用方式研究
传统的观点认为,锌指蛋白与 DNA结合发生作
用。最近的研究表明, 锌指也可以间接地与 RNA、
蛋白质、脂质作用。 CCCH 型锌指蛋白主要与 DNA
和 RNA相互作用。
4. 1 与 DNA结合
M cm10有一个高度保守的 CCCH锌指结构, 其
在真核生物 DNA复制起始和延伸中起 Mcm27复
合体和 DNA间物理连接的作用 [ 18]。拟南芥中的
PE I1是一种 DNA结合蛋白 [ 19]。 Zc3h8 (也称为胎
儿肝脏锌指蛋白 1, F liz1)直接结合到 GATA3基
因, 并强烈抑制 GATA3的转录 [ 20]。 Sm icl的 CCCH
域与单链 DNA结合,但不与双链 DNA结合 [ 21]。
4. 2 与 RNA结合
在小鼠中,含有两个 CCCH锌指的 TTP被证明
可以与富含 AU的 RNA 3∀端结合, 并对靶 RNA进行
3
生物技术通报 B iotechnology  Bulletin 2010年第 8期
降解。XC3H3b是 TTP /T IS家族成员, 通过生理刺
激影响肿瘤坏死因子 的 mRNA稳定性 [ 22]。含一
个锌指的 C fCSBPA和 C fCSBPB通过 CAUAGAAG
序列结合 RNA[ 23]。 Zc3h12a片段是 RNA酶, 通过
调节 mRNA衰变控制免疫反应 [ 14]。 Bhandari研究
发现 LdCSBP蛋白结合 RNA [ 23 ]。Gao等 [ 24]在 2000
年首次阐述了小鼠中一种 CCCH型锌指结构蛋白
ZAP可以直接结合到特定的病毒 RNA序列引起
mRNA降解。MBNL 也是一类结合前体 mRNA的
CCCH蛋白 [ 25 ]。A tCPSF30是拟南芥中一种可以与
钙调素结合的 RNA结合蛋白 [ 9]。FES1可能通过影
响靶基因 RNA的加工过程影响拟南芥的冬性 [ 26 ]。
水稻中的 O sDOS是叶片的衰老途径中的一个调控
因子, 可能是在转录后水平起作用 [ 7]。Pagano[ 27]发
现线虫中的 MEX5亲和蛋白低特异的与 RNA结
合。POS1是线虫早期胚胎发育所需的关键蛋白,
也是与 RNA结合蛋白 [ 28 ]。 PIE1是结合 RNA蛋
白,调节胚胎种系分化 [ 8]。在克氏锥虫中, TbZFP1、
TbZFP3是与 RNA结合的蛋白, 是表面蛋白分化的
反式调节器 [ 29 - 31 ]。在粟酒裂殖酵母中, zfs1是一个
RNA结合的不稳定的蛋白 [ 32]。
4. 3 既与 DNA结合又与 RNA结合
O sLIC,在真核生物中有一个新的保守的 EELR
结构域。与双链 DNA结合,也与单链 DNA结合,同
时也与单链 po lyrA、po lyrU和 polyrG结合, 但不与
po lyrC结合 [ 16]。HUA1与 RNA和单链 DNA结合,
但不与双链 DNA结合 [ 10 ]。
5 CCCH功能研究
5. 1 受不同的胁迫的诱导
ZFAR1的表达受灰霉菌 ( Bo try tis)的诱导, 而且
其突变体 zfar1对 ABA处理高度敏感 [ 33 ]。拟南芥锌
指蛋白 FES1研究发现,它可以通过与 FR I和 FLC相
互作用, 促进拟南芥冬季驯化特性的形成 [ 34]。 Sun
等 [ 12]发现 A tSZF1和 A tSZF2在拟南芥中负调控盐
胁迫相关基因的表达。
5. 2 与生长发育相关
L i等 [ 19]在 1998年发现拟南芥的一个锌指蛋白
PE I1参与了心胚的形成过程。L i等 [ 10]在 2001年
指出 HUA1参与了控制开花发育的新的调控机制。
K ong等 [ 7]也发现水稻中第一个编码 CCCH型锌指
蛋白的基因 OsDOS,在水稻中的过量表达可以延缓
叶片的衰老。CsSEF1基因编码参与黄瓜体细胞胚
胎发育过程 [ 35]。在拟南芥中发现的 SOMNUS蛋白,
对光依赖种子发芽的下游蛋白起负调控作用 [ 11]。
OsLIC则控制水稻叶片和分蘖角度影响水稻结构进
而影响稻谷产量 [ 16]。线虫中, Detw iler Shim ada
等 [ 36, 37]发现其中的 OMA1和 OMA2参与卵母细
胞成熟过程和种系分化。M asum i等 [ 38 ]在 2002年
的研究提出了一个可能的 CCCH型锌指蛋白家族,
即包括 MOE1、MOE2和 MOE3等锌指蛋白, 这些蛋
白均具有两个保守的 CCCH 型锌指元件,并且均在
参与线虫卵母细胞成熟过程中发挥了不同的重要作
用, 因此形成了一个新的 CCCH型锌指蛋白亚家族。
TbZFP1, TbZFP2在锥虫早期发育中调节分化 [ 29]。
在斑马鱼中, Kaneko等 [ 39]研究发现 Xc3hb在调节
前肾的发育。
5. 3 与疾病相关
研究最多的 CCCH锌指蛋白是 TTP, 该蛋白最
初是在纤维原细胞中发现的,是对胰岛素、TPA响应
的早期基因的蛋白产物 [ 40]。 Lai等 [ 41]在后来的研
究中发现 TTP可以结合于肿瘤坏死因子 和粒细
胞巨噬细胞刺激因子的 mRNA的富含 AU元件的 3∀
非翻译区, 调控着 mRNA 的降解。TTP 家族的
zfp36l2,对造血起关键的调节作用 [ 42] ,在早期胚胎水
平影响女性生育 [ 43 ]。Liang[ 44]发现一个新的 CCCH
蛋白家族, MCPIP1、MCPIP2、MCPIP3和 MCPIP4负
调节巨噬细胞活性, 在小鼠中, Zc3h12a所编码的
MCPIP1有预防免疫疾病的作用。MBNL家族分布
在果蝇中视网膜细胞和肌肉细胞、鸡胚胎视网膜细
胞及人肌肉细胞中,调节肌肉和眼睛分化,与人的强
直性肌营养不良有关 [ 45]。
6 前景展望
在目前的研究中, CCCH锌指蛋白在生物与非
生物胁迫、生长发育、疾病时都行使着不同的功能,
这些资料暗示着 CCCH是一类极具研究价值的锌指
蛋白。同时, CCCH锌指蛋白更多的表现出与 RNA
结合的特性,这与其它锌指蛋白表现出了极大的不
同, 也为研究锌指蛋白调控方式的研究提供了新
的方向。
4
2010年第 8期 秦智慧等: CCCH型锌指蛋白研究进展
参 考 文 献
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