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低温驯化过程中大青杨叶片差异蛋白质分析



全 文 :第 39 卷 第 10 期 东 北 林 业 大 学 学 报 Vol. 39 No. 10
2011 年 10 月 JOURNAL OF NORTHEAST FORESTRY UNIVERSITY Oct. 2011
1)林业公益性行业科研专项(201004060),黑龙江省森林工业总局科
技计划项目(sgzjY2010012),黑龙江省科技计划项目(GA09B202-02)。
第一作者简介:李春明,男,1978 年 2 月生,林木育种国家工程实
验室(北京林业大学) ,博士研究生;现工作于黑龙江省林业科学研究
所,助理研究员。
通信作者:于文喜,黑龙江省林业科学院,研究员。E-mail:lkykjc
@ 126. com。
收稿日期:2011 年 7 月 1 日。
责任编辑:潘 华。
低温驯化过程中大青杨叶片差异蛋白质分析1)
李春明 白 卉 于文喜
(林木育种国家工程实验室(北京林业大学) ,北京,10083) (黑龙江省林业科学研究所) (黑龙江省林业科学院)
摘 要 为探索大青杨秋季自然降温下的低温适应机制,分别于 9 月 8 日、9 月 21 日、10 月 6 日 3 个时期对
大青杨叶片总蛋白质进行提取,经双向电泳及质谱鉴定,成功鉴定 45 个差异表达蛋白,其中 40 个蛋白表达量上调
2倍以上,5 个蛋白表达量下调 2 倍以上。功能分类表明,22 个蛋白与胁迫响应相关,12 个与呼吸作用相关,9 个
与光合作用相关,5 个参与其它生命过程,另有 4 个属于功能未知蛋白。生物信息学分析推测,所鉴定的差异蛋白
参与大青杨秋季自然降温及短光周期诱导下完成的低温驯化过程。
关键词 大青杨;自然降温;低温驯化;差异蛋白
分类号 S79211;Q946. 84
Differential Protein in Populus ussuriensis Leaves During Natural Low-Temperature Acclimation by Proteomic Analy-
sis /Li Chunming(National Engineering Laboratory for Tree Breeding (Beijing Forestry University) ,Beijing 100083,P.
R. China) ;Bai Hui(Forestry Research Institute of Heilongjiang Province);Yu Wenxi(Heilongjiang Academy of Forestry)/ /
Journal of Northeast Forestry University. -2011,39(10). -45 ~ 49
Two-dimensional gel electrophoresis (2-DE)coupled with mass spectrometry was adopted to determine the protein ex-
pression patterns of Populus ussuriensis leaves during three growth stages in order to explore the acclimation mechanism of
P. ussuriensis at natural low temperature. A total of 45 differentially expressed proteins were identified,among which 40
proteins were up-regulated expression,and 5 proteins were down-regulated. Gene ontology analysis indicates that 22 pro-
teins related to stress response,12 to respiration,9 to photosynthesis,5 are involved in other metabolism processes,and 4
are unknown proteins. Bioinformatics analysis indicates that the identified differential proteins are involved in low-tempera-
ture acclimation of P. ussuriensis at natural low temperature or under short photoperiod induction in spring.
Keywords Populus ussuriensis;Natural low-temperature;Acclimation;Differential proteins
温度是重要的环境因子之一,主要影响植物分布以及生
长、发育等多个生命过程[1]。温带木本植物通过休眠可以避
开冬季极端低温,但早春与晚秋季节仍面临低温胁迫风险。
通过低温驯化增强抗寒能力是木本植物应对秋季低温胁迫的
重要方式之一。该过程主要表现为生长减缓或停止,伴随大
量活性氧的生成[2],含水量降低[3]等。另外低温驯化过程会
改变基因表达[4-7],主要表现蛋白表达上调,如抗冻蛋白[8],
热激蛋白(HSP)[9],稳定蛋白[10],晚期胚胎富集蛋白
(LEA)[11]等。
大青杨(P. ussuriensis Kom) ,又称憨大杨、哈达杨。自然
分布于我国东北的长白山、小兴安岭林区,材质优良,抗寒性
强,是东北三省东部山区森林更新的主要树种之一[12]。在长
期进化过程中,大青杨形成了特有的低温适应机制,但对其低
温适应机制研究不够深入,暂未见有关大青杨低温分子适应
机制方面的研究。蛋白质是生命活动的执行者,直接影响植
物的生长发育,通过对大青杨休眠前低温驯化过程中蛋白质
差异表达的研究,寻找其低温驯化过程中起作用的重要蛋白
质,能够从蛋白质水平研究其低温适应机制,对全面研究大青
杨抗寒机理具有重要的理论及实践意义。
1 材料与方法
1. 1 植物材料
大青杨为同一无性系,通过硬枝扦插繁殖,于 2010 年 5
月初定植于规格为 20 cm×16 cm×20 cm 的塑料花盆中,置于
黑龙江省林业科学研究所温室外,培养基质为 V(腐殖土)∶ V
(河沙)= 3 ∶ 1,每周浇水 2 次,10 ~ 15 d喷施 1 次 10% MS溶
液,培养 4 个月后开始试验。2010 年 9 月 8 日、9 月 21 日、10
月 6 日,于上午 9:00 时至 10:00 时,选择 3 株长势一致幼苗,
每株取功能叶 5 ~ 8 片,混合后放于冰箱中-80 ℃保存,用于
蛋白质分析。
1. 2 实验仪器
Ettan IPGphor II等电聚焦系统、Ettan DALT twelve垂直电
泳系统、SE600 电泳仪扫描仪、自动染胶仪(美国通用)、高速
冷冻离心机(德国 Sigma 公司)、紫外分光光度计、Powerlook
2100XL UMAX扫描仪(台湾)。
1. 3 主要试剂
固相 pH值 4. 0 ~ 7. 0,24 cm梯度干胶条、2D-Quant试剂
盒、丙烯酰胺(Acrylamide)、甲叉双丙烯酰胺(Bis-Acrylam-
ide) ,均购自 Amersham Biosciences 公司。苯甲基磺酰氟
(PMSF)、碘乙酰胺、二硫苏糖醇(DTT)、NNNN-四甲基乙
二胺(TEMED)购自 Sigma 公司;Trizol 购自 Invitrogen 公司,
Tris-base、溴酚蓝、蛋白 Marker、三氯乙酸(TCA)、聚乙烯吡咯
烷酮(PVPP)、牛血清白蛋白(BSA)、考马斯亮蓝 R-350、低熔
点琼脂糖、β-巯基乙醇(β-ME)购自 BBI(Bio Basic Inc,Cana-
da)。胰蛋白酶、酶抑制剂购自德国 Roche公司。其它试剂为
国产分析纯。所有溶液均用 Milli-Q制备的纯水配制。
1. 4 实验方法
样品制备:蛋白质提取方法采用三氯醋酸 /丙酮沉淀
法[13]。
蛋白质样本的定量:应用 Amersham Biosciences 公司的
2D-Quant试剂盒,进行蛋白质样本的定量。具体操作步骤见
Amersham Biosciences公司提供的双向电泳原理和方法。
双向电泳:①第一向等电聚焦(IEF)。初始 IEF:100 V 1
h,200 V 1 h,500 V 1 h,1 000 V 1 h,1 000 ~ 8 000 V 1 h;IEF到
稳定状态:8 000 V 10 h。② IPG 胶条平衡和第二向 SDS -
PAGE电泳。IPG胶条平衡参照 Amersham Biosciences公司提
供的双向电泳原理和方法,平衡后进行聚丙烯酰胺凝胶,将平
衡好的 IPG胶条用电泳缓冲液冲洗后胶面朝外小心置于第二
向 PAGE胶上,在胶的上面加入低熔点琼脂糖封闭液(0. 5%
琼脂糖,0. 002%溴酚蓝溶于 SDS 电泳缓冲液中) ,待琼脂糖
凝固后即可进行第二向 SDS凝胶电泳。电泳条件见表 1。
表 1 第二向 Ettan DALT twelve系统电泳参数
阶段 功率 /W 持续时间 /h
1 2 1
2 15 5 ~ 6
过夜运行 2 14 ~ 16
染色:采用考马斯亮蓝染色法[14]。
凝胶扫描:凝胶显色后用 UMAX 2100XL 扫描仪进行图
像扫描,图像扫描仪经强度矫正后,透射扫描 2-DE 凝胶(光
学分辨率 300 像素,象素深度 8bite)。
图像分析:所得 2-DE图谱利用 PDQuest V 8. 0 图像分析
软件进行分析处理。
蛋白质的胶内酶解:方法参见毕影东方法[15],略有改动,
加入酶液后,改水浴为 37 ℃空气浴倒置酶解 12 ~ 14 h。
蛋白质的质谱分析:Ultraflex TM MALDI-TOF-MS 质谱
仪检测,获得蛋白点的肽指纹图谱(PMF)信息。
数据分析及 Mascot 数据库搜索:应用本地服务器上的
Matrix server 2. 0 模块选择毛果杨蛋白库(网站 http:/ /www.
ncbi. nlm. nih. gov)对 PMF 信息进行检索。蛋白选择胰蛋白
酶(Trypsin) ,可变修饰选择(Oxidation) ,固定修饰选择(Car-
bamidomethyl) ,肽段质量标准偏差:±10-4。
蛋白质的生物信息学分析:使用本地 Perl 程序根据蛋白
GI号从毛果杨蛋白数据库(http:/ /genome. jgipsf /poptrl _1 /
poptrl_1. home. html)中抽提目的序列。应用 Blast2Go 程序进
行 Go(gene ontology)分类。
2 结果与分析
2. 1 双向电泳图谱
大青杨在 9 月 8 日、9 月 21 日、10 月 6 日叶片中蛋白质
的双向电泳图谱见图 1,在 pH 值 4. 0 ~ 7. 0 的范围内 3 个样
品经 R-350 染色后分别得到了 853、988、1192 个清晰可分辨
的蛋白点。用分析软件 PDQuest 8. 0 对蛋白点进行比较,共
获得 538 个匹配的蛋白点,蛋白点多分布在胶的中上部。
图 1 低温胁迫下杨树叶片中蛋白质的双向电泳图谱
A.大青杨 9 月 8 日;B.大青杨 9 月 21 日;C.大青杨 10 月 6 日。
2. 2 差异蛋白点的选择
使用 PDQuest8. 0 软件,对大青杨 3 个时期蛋白质点的表
达丰度(由软件根据蛋白质点的灰度生成的数量值)进行差
异检测,选择相对表达丰度大于 200%的蛋白质点作为差异
蛋白点,共 94 个(见图 2)。
2. 3 差异表达蛋白点质谱鉴定结果
对 94 个差异蛋白点从胶上回收、酶解后进行质谱鉴定,
78 个蛋白点得到了完整的肽指纹图谱,在毛果杨与植物蛋白
库中进行搜索,其中 45 个蛋白质得到了鉴定,结果见表 2。
已鉴定的 45 个蛋白中有 40 个蛋白表达量上调 2 倍以
上,其中有 4 个蛋白点(19、37、58、90)第 1 个时期未见表达,
后两个时期表达量大增;只有 5 个蛋白点(53、60、67、72、92)
表达量下调 2 倍以上,蛋白点 67 在最后 1 个时期未见表达。
另外,出现同一蛋白质出现在蛋白图谱不同位置的现象,蛋白
点 4、5、6、7,蛋白点 23、25,蛋白点 39、41,蛋白点 9、67 4 组蛋
白肽指纹图谱信息相同,但蛋白点可以通过双向电泳分开
(见表 2) ,蛋白点 39、41 相对分子质量与等电点均有较大差
异,其它 3 组蛋白相对分子质量几乎相同,由于等电点差异而
被分开(见图 2)。
2. 4 蛋白功能分类
植物低温驯化是一个复杂的生理过程,众多蛋白参与这
一过程,一个蛋白可能执行多个功能。对已鉴定的 45 个蛋白
进行功能分类,结果表明 22 个(42%)是胁迫响应蛋白,12 个
(23%)与呼吸作用相关,9 个(17%)与光合作用相关,5 个
(10%)参与其它生理过程,还有 4 个(8%)功能未知。
3 讨论
3. 1 利用肽指纹图谱鉴定蛋白质
PMF是利用测量酶解肽段相对分子质量并与现有数据
库进行比对,进行蛋白质鉴定的一项技术。蛋白点 4、5、6、7
64 东 北 林 业 大 学 学 报 第 39 卷
的 PMF信息相同,相对分子质量基本相同,等电点不同,推测
这 4 个蛋白点可能为同一蛋白经翻译后修饰(磷酸化、甲基
化、糖基化等)而造成的等电点差异。由于 PMF 提供的信息
有限,不能对翻译后修饰进行鉴定,所以这 4 个蛋白被鉴定为
同一蛋白。类似情况还蛋白点 23、25,蛋白点 9、67。蛋白点
39、41 的 PMF 信息相同,相对分子质量、等电点均不同,推测
这两个蛋白可能是由同一基因家族控制的旁系同源基因产
物,或者为同一蛋白携带不同信号分子或目标靶序列而形成
异构体[16]。
图 2 差异蛋白点在胶图上的分布(以大青杨 9 月 8 日胶图为例)
3. 2 与胁迫相关蛋白
热激蛋白(HSPs)是一类在生物体遭受高温胁迫时合成
的保守多肽序列蛋白质[17],又被称为胁迫相关分子伴侣[18]。
大量研究表明,低温[19-21]、干旱、盐渍、水淹等多种逆境胁迫
也能诱导热激蛋白的积累[22]。热激蛋白参与变性蛋白的重
新折叠,防止变性蛋白聚合,参与稳定膜系统等多个生命过
程[23-24]。本研究所鉴定的 45 个蛋白中 13 个属于热激蛋白 /
分子伴侣类,10 个属于热激蛋白 70 家族(点 4、5、6、7、9、10、
16、39、41、67) ,1 个属于热激蛋白 90 家族(点 8) ,2 个属于伴
侣蛋白前体(点 1、45)。除点 67 表达量下调外,其它 12 个蛋
白在自然低温驯化过程中表达量均显著上调。表明热激蛋
白 /分子伴侣蛋白在大青杨低温驯化过程中起到重要作用。
其它与胁迫响应蛋白 9 个(11、12、13、21、22、46、58、90、
92) ,在大青杨自然低温驯过程中,除抗病蛋白(点 92)表达量
下调外,其余表达量均上调,与前人研究结论基本一致。其中
蛋白点 21(磷酸甘油酸变位酶)[1]与蛋白点 90(ATP合酶)是
三羧酸循环关键酶[25],低温驯化过程中,三羧酸循环关键酶
表达量上调,会促进下游产物及 ATP 生成,为大青杨应对低
温胁迫提供必需的物质及能量。蛋白点 46(抗坏血酸过氧化
物酶)与蛋白点 58(过氧化还原酶)等抗氧化酶表达量上调,
有助于清除大青杨低温胁迫下产生的过量活性氧,该结果与
Renaut研究相似[20]。
3. 3 与呼吸作用相关蛋白
呼吸作用是植物细胞最基本的生命活动,环境胁迫下,能
量代谢加强是植物抵御逆境的基本特征。本研究中,低温胁
迫条件下共鉴定出 12 个与呼吸作用相关蛋白,包括温度敏感
74第 10 期 李春明等:低温驯化过程中大青杨叶片差异蛋白质分析
丝状胁迫响应蛋白(点 11) ,细胞分裂蛋白(点 12) ,Rubisco β
亚基(点 13、14) ,翻译延伸因子 G(点 17) ,磷酸甘油酸变位酶
(点 21) ,羧化酶前体(点 23、25) ,苹果酸脱氢酶(36) ,脱氢酶
亚基(37) ,酯酶 D(点 62) ,ATP合酶(点 90)等在低温胁迫下
表达量都显著上调。
表 2 低温胁迫下杨树叶片蛋白点质谱鉴定
点号 蛋白质名称 注册号 等电点 /理论相对分子质量
1 ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase-related[Arabidopsis thaliana] AAD26868 6. 66 /134. 330
4 heat shock protein 70[P. trichocarpa] XP_002331133 5. 24 /75. 343
5 heat shock protein 70[P. trichocarpa] XP_002331133 5. 24 /75. 344
6 heat shock protein 70[P. trichocarpa] XP_002331133 5. 24 /75. 344
7 heat shock protein 70[P. trichocarpa] XP_002331133 5. 24 /75. 344
8 heat shock protein[P. trichocarpa] EEF02168 4. 96 /90. 151
9 heat shock protein 70[P. trichocarpa] EEE89457 5. 14 /71. 116
10 heat shock protein 70[P. trichocarpa] EEE88528 5. 14 /71. 266
11 filamentation temperature-sensitive h 2b[P. trichocarpa] EEE98711 6. 06 /73. 324
12 cell division protein[P. trichocarpa] EEE82098 8. 88 /51. 879
13 rubisco subunit binding-protein beta[P. trichocarpa] EEE78962 5. 73 /64. 544
14 rubisco subunit binding-protein beta[P. trichocarpa] EEE82422 5. 62 /64. 245
16 heat shock 70 protein[P. trichocarpa] EEE87910 5. 56 /73. 261
17 translation elongation factor G,putative[P. trichocarpa] EEE79409 4. 99 /75. 079
19 ARABIDOPSIS THALIANA PRESEQUENCE PROTEASE 1[P. trichocarpa] XP_002330286 5. 07 /112. 796
21 bisphosphoglycerate-independent phosphoglycerate mutase[P. trichocarpa] XP_002326261 5. 37 /61. 013
22 chloroplast protease[P. trichocarpa] EEE81200 6. 00 /75. 559
23 p-protein[P. trichocarpa] EEE92085 6. 51 /115. 089
25 p-protein[P. trichocarpa] EEE92085 6. 51 /115. 089
34 Centromeric protein E,putative[P. trichocarpa] EEE78610 4. 78 /146. 938
35 aldo keto[P. trichocarpa] EEE99412 6. 25 /37. 661
36 malate dehydrogenase[P. trichocarpa] EEE89950 6. 11 /35. 716
37 pyruvate dehydrogenase e1 alpha subunit[P. trichocarpa] EEE89155 8. 06 /43. 420
38 putative aminocyclopropane carboxylate oxidase[Musa acuminata] CAD44265 5. 02 /35. 643
39 heat shock protein,putative[P. trichocarpa] XP_002331133 5. 24 /75. 344
40 OSJNBa0070D17. 5 EAZ29574 8. 11 /47. 862
41 heat shock protein,putative[P. trichocarpa] XP_002331133 5. 24 /75. 344
44 cytoplasmic dynein heavy chain 1b[Chlamydomonas reinhardtii] CAB56748 6. 13 /481. 651
45 chaperonin 21 precursor[P. trichocarpa] EEF02703 7. 77 /27. 115
46 ascorbate peroxidase[P. trichocarpa] EEE87461 5. 53 /27. 319
51 hypothetical protein[Oryza sativa Japonica Group] BAD28324 12. 40 /10. 407
52 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase /oxygenase large ubunit[Ceratolobus pseudoconcolor] CAH25666 6. 14 /51. 869
53 ATP synthase delta chain[P. trichocarpa] EEE99949 9. 02 /26. 955
57 chloroplast copper zinc-superoxide dismutase[P. trichocarpa] XP_002331456 6. 39 /21. 621
58 type ii peroxiredoxin[P. trichocarpa] EEF03570 5. 55 /17. 416
60 ARALYDRAFT_483433[P. trichocarpa] XP_002336040 9. 18 /69. 177
61 ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit[Polygonum cuspidatum] BAA76612 6. 26 /52. 731
62 esterase d[P. trichocarpa] EEE91536 6. 17 /31. 883
67 Heat shock protein[P. trichocarpa] EEE89457 5. 14 /71. 116
70 pentatricopeptide repeat-containing protein[P. trichocarpa] EEE83476 8. 39 /68. 607
71 oxygen-evolving enhancer protein chloroplast[P. trichocarpa] EEE90638 5. 85 /35. 206
72 oxygen-evolving enhancer protein chloroplast[P. trichocarpa] EEE94230 5. 89 /35. 141
90 ATP synthase d mitochondrial[P. trichocarpa] EEF01451 5. 20 /19. 659
92 NBS-LRR disease resistance-like protein[(Populus tomentosa×P. bolleana)×P. tomentosa var. truncata] ABC59498 6. 61 /19. 879
能量代谢是各种生命活动的基础代谢,不仅为各种生命
活动提供必需的 ATP,还为众多代谢过程提供中间代谢产物。
蛋白点 36 为苹果酸脱氢酶是三羧酸循环中起重要作用的
酶[26],其表达丰度上调会促进能量生成及下游物质的合成,
为大青杨低温驯化及抵御低温胁迫提供必要的能量及物质。
3. 4 与光合作用相关蛋白
光合作用是绿色植物将光能固定及物质合成的过程,也
是各种生命活动的起点。叶绿体是进行光合作用的细胞器,
由于低温等逆境胁迫会对叶绿体类囊体膜造成伤害,因此,必
将影响植物的光合代谢,从而影响植物的正常生长发育[19]。
本研究从大青杨叶片中鉴定与光合作用相关的蛋白包括温度
敏感丝状胁迫响应蛋白(点 11) ,细胞分裂蛋白(点 12) ,叶绿
体蛋白酶(点 22) ,Rubisco大亚基(点 52、61) ,叶绿体铜锌超
氧化物歧化酶(点 57) ,叶绿体放氧蛋白(点 71)等 7 个蛋白
在自然低温驯化过程中蛋白表达量显著上调;ATP合酶 δ 链
(点 53),叶绿体放氧蛋白(点 72)等 2个蛋白表达量显著下调。
84 东 北 林 业 大 学 学 报 第 39 卷
Xiao等[27]研究表明,抗旱能力差的杨树叶片中 Rubisco
大亚基在干旱胁迫下表达量下调。Zhao Yan 等[25]发现狗牙
根叶片在干旱胁迫下,叶绿素结合蛋白、叶绿体放氧蛋白、
ATP合酶与 Rubisco 大亚基表达均下调,直接影响光合作用
捕光过程、电子传递及碳同化 3 个主要过程。本研究中,只有
ATP合酶 δ链、叶绿体放氧蛋白 2 个蛋白表达量下调,表明大
青杨在自然低温驯化过程中光反应的光合放氧及光合磷酸化
过程受到影响。
3. 5 其它蛋白及功能未知蛋白
除以上 3 类主要蛋白外,本研究还鉴定了翻译延伸因子
G(点 17) ,前序列蛋白酶(点 19)、细胞质动力蛋白重链(点
44)、酯酶 D(点 62)、抗病蛋白(点 92)以及 4 个未知功能蛋
白(34、51、60、70)。这些蛋白质在自然低温驯化过程中表达
量变化明显,可能执行某种生物学功能。由于目前对这些蛋
白功能信息了解有限,它们在大青杨自然低温驯化中的表达
变化与其在适应低温胁迫的调节机制和功能还需要进一步的
研究。
3. 6 蛋白质在大青杨低温驯化过程中的作用
大青杨是黑龙江省乡土树种,在长期进化过程中形成了
特有低温适应机制。通过本研究可以推测,蛋白质表达量变
化与大青杨低温驯化关系密切。大青杨在低温及短光周期的
诱导下,热激蛋白表达量显著上调。热激蛋白一方面作为功
能蛋白参与变性蛋白的重新折叠,防止变性蛋白聚合,稳定新
生成蛋白质结构等;另外热激蛋白也起到转导胁迫信号并激
活相关基因表达的作用。在热激蛋白调节下,大青杨叶片中
呼吸作用相关蛋白、抗氧化酶表达量上调,而参与光反应的蛋
白表达量则显著下调,进而调整生理状态,逐步完成低温驯化
过程,为抵御低温胁迫做好准备,见图 3。
图 3 蛋白质丰度变化与大青杨低温驯化关系
参 考 文 献
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