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中国野生毛葡萄白粉菌诱导响应VqAP基因的克隆及表达分析



全 文 :第41卷 第2期
2013年2月
西北农林科技大学学报(自然科学版)
Journal of Northwest A&F University(Nat.Sci.Ed.)
Vol.41 No.2
Feb.2013
网络出版时间:2013-01-14 16:36
网络出版地址:http://www.cnki.net/kcms/detail/61.1390.S.20130114.1636.031.html
中国野生毛葡萄白粉菌诱导响应VqAP基因的
克隆及表达分析
 [收稿日期] 2012-06-07
 [基金项目] 国家自然科学基金项目(30871701,31071782)
 [作者简介] 牛 姣(1988-),女,陕西潼关人,在读硕士,主要从事果树种质资源与生物技术研究。E-mail:niujiao.2009@163.com
 [通信作者] 王西平(1968-),男,陕西渭南人,教授,博士生导师,主要从事果树种质资源与生物技术研究。
E-mail:wangxiping@nwsuaf.edu.cn
牛 姣1,2,王西平1,2
(1西北农林科技大学 园艺学院,农业部西北地区园艺作物生物学与种质创制重点开放实验室,陕西 杨凌712100;
2旱区作物逆境生物学国家重点实验室,陕西 杨凌712100)
[摘 要]  【目的】克隆中国野生毛葡萄“商-24”天冬氨酸蛋白酶(AP)基因的cDNA序列,明确其在葡萄抗病防
御机制中的作用。【方法】在前期获得的中国野生毛葡萄株系“商-24”AP基因(VqAP)EST序列的基础上,采用RT-
PCR克隆AP基因的cDNA序列,对其序列及编码产物进行生物信息学分析,并通过实时定量PCR和半定量PCR,
分析VqAP 基因在白粉菌诱导不同时间(0,6,12,24,48,72,96和120h),不同激素(100μmol/L水杨酸,50μmol/L
乙烯和0.5g/L茉莉酸甲酯)刺激及不同组织(嫩叶、嫩茎、花、果皮、卷须)中的表达情况。【结果】序列分析表明,
VqAP 基因序列长度为1 377bp,具有开放阅读框,编码458个氨基酸残基,相对分子质量为50.48ku,等电点为
8.73。保守结构域分析表明,VqAP 编码产物含有2个保守的具有催化活性的天冬氨酸残基,位于 Asp-Thr/Ser-Gly
(DT/SG)结构域,该基因编码的氨基酸序列属于植物天冬氨酸蛋白酶 A1家族,为非典型的天冬氨酸蛋白酶。荧光
定量PCR结果表明,接种白粉菌后6h,VqAP 基因表达量为0h的6倍多,之后迅速下调;不同激素处理后,该基因也
均诱导表达,这可能是由于VqAP 基因参与了植物早期的抗病反应,以及由不同激素诱导的发病相关基因的调节作
用。半定量PCR结果表明,在葡萄嫩叶、嫩茎、花、果皮、卷须等不同组织中VqAP 基因的表达量不同,这可能与它参
与了植物不同组织中功能蛋白的合成与降解有关。【结论】VqAP 的表达响应病原菌侵染并受生物胁迫相关激素的
调控,可能在葡萄防御病原菌侵染的机制中发挥重要作用。
[关键词] 中国野生毛葡萄;天冬氨酸蛋白酶(AP);VqAP 基因;表达分析
[中图分类号] S663.1;Q786 [文献标志码] A [文章编号] 1671-9387(2013)02-0101-07
Cloning and expression analysis of a powdery mildew-responsive
VqAPgene in Chinese wild Vitis quinquangularis
NIU Jiao1,2,WANG Xi-ping1,2
(1 College of Horticulture,Key Laboratory of Horticultural Plant Biology and Germplasm Innovation in Northwest China,
Ministry of Agriculture,Northwest A&F University,Yangling,Shaanxi 712100,China;2 State Key Laboratory of
Crop Stress Biology in Arid Areas,Northwest A&F University,Yangling,Shaanxi 712100,China)
Abstract:【Objective】This study aimed to clone a cDNA sequence of aspartic protease(AP)in Vitis
quinquangularis‘Shang-24’to verify the role of APgene in grape disease resistance mechanism.【Method】
Based on a EST sequence of APgene in the subtractive suppression hybridization(SSH)cDNA library of
young leaves of Chinese wild Vitis quinquangularis clone‘Shang-24’inoculated with Uncinula necator
(Schw.)Burr,we isolated the cDNA sequence of APgene using the RT-PCR technology,which was desig-
DOI:10.13207/j.cnki.jnwafu.2013.02.027
nated as VqAP,and analyzed it with bioinformatics method.Real-time quantitative PCR and semi-quantita-
tive PCR were used to detect the expression trends after inoculation with pathogen at different times(0,6,
12,24,48,72,96and 120h),treated with different hormones(100μmol/L Salicylic acid,50μmol/L Ethyl-
ene and 0.5g/L Methyl jasmonate)in different tissues(leaves,stems,flowers,pericarps and tendrils).
【Result】The sequence analysis indicated that the complete ORF was 1 377bp,encoding 458amino acids.
The predicted molecular weight was 50.48ku and the isoelectric point was 8.73.Conserved domains analy-
sis of VqAPdeduced amino acid showed that the amino acid encoded by VqAPhad two conserved aspartic
acid residues located in Asp-Thr/Ser-Gly(DT/SG)of these two domains and it was atypical aspartic prote-
ases belonging to clan A1of plant aspartic proteases gene family.QRT-PCR analysis showed that the ex-
pression of VqAPwas induced six hours later after infected with U.necator and treatmented with different
hormones.The gene may be involved in defense response at the early period of pathogen infection and it
may be regulated some pathogen-related genes.Different expression levels of VqAPwere observed in leav-
es,stems,flowers,pericarps and tendrils which indicated that it involved in synthesis and degradation of
different proteins in plants tissues.【Conclusion】VqAP was a pathogen-responsive gene and it was regula-
ted by certain biotic stress-related hormones,indicating that it may play an important role in grape patho-
gen resistance.
Key words:Chinese wild Vitis quinquangularis;aspartic protease(AP);VqAPgene;expression analysis
  天冬氨酸蛋白酶(Aspartic protease,AP,E.C.
3.4.23)是生物体中4种主要蛋白酶类之一,在动
物、植物、真菌和病毒中有着不同的生理功能[1-3]。
根据Barrett和Rawlings所发明的 MEROPS数据
库(http://www.merops.ac.ukq)[4],基于 APs的
氨基酸同源序列,可以将其分为14个不同家族。根
据三维结构和进化关系,又可以将APs分为6个不
同的宗族。植物 APs主要分布在 AA 宗族中的
A1、A3、A11和A12家族以及AD宗族中的A22家
族[3]。大多数植物APs都属于A1家族。与A1家
族的其他成员一样,植物 APs在酸性条件下有活
性,且被胃蛋白酶特异性抑制,并且有2个催化活性
必需的天冬氨酸残基。根据植物APs的结构特征,
又可将其分为3大类:典型的天冬氨酸蛋白酶、nu-
celin-like的天冬氨酸蛋白酶和非典型的天冬氨酸
蛋白酶[5]。典型的天冬氨酸蛋白酶的前体结构中包
含了1个被称作植物特异插入(PSI)的额外的蛋白
域,其大小为50~100个氨基酸,这个结构域为植物
所特有,与动物和微生物中的 APs没有任何同源
性,但与saposin-like proteins[1]有高度的相似性,它
会在植物APs的成熟过程中被去除。nucelin-like
APs可以编码1种类似于在大麦核细胞中检测到的
nucelin蛋白[6]。非典型的天冬氨酸蛋白酶的特征
介于前两者之间。
研究证明,植物APs参与了不同植物器官中蛋
白的合成与降解,植物胁迫、衰老、细胞繁殖以及程
序性死亡等过程[3]。拟南芥 (Arabidopsis thali-
ana)PCS1编码的天冬氨酸蛋白酶在细胞的胚胎
发育和繁殖过程中起决定作用[7]。小麦(Triticum
aestivum)种子中的2个天冬氨酸蛋白酶 WAP1和
WAP2,参与了种子萌发中储存蛋白的水解过程和
种子成熟的胚胎发育过程[8]。烟草叶绿体CND41
编码的天冬氨酸蛋白酶的积累与核酮糖二磷酸羧化
酶及光系统Ⅱ中QB蛋白的积累呈负相关[9]。豇豆
VuAP1在细胞衰老过程中大量积累,可能参与了细
胞衰老过程[10]。迄今为止,已有很多研究表明,植
物天冬氨酸蛋白酶还参与了植物抵御多种病原菌侵
染的应激反应。Schaler和Ryan[11]研究发现,当番
茄叶片受到伤害或用茉莉酸甲酯(MeJA)处理叶片
时,AP基因均被诱导表达,这可能是由于番茄 AP
参与了植物胞间蛋白循环作用,其通过增加氨基酸
数量来合成特异的抗病相关蛋白以及水解入侵病原
菌所分泌的蛋白,从而使植株对病原菌产生抗性。
马铃薯叶片中的AP也被证实对病原菌和有害昆虫
具有抗性[12-13]。Xia等[14]报道,当植物受到病原菌
侵染时,由nucelin-like AP基因编码的天冬氨酸蛋
白酶含量不断增加,证明这种 AP可能通过产生1
个信号肽来激活抗性。
关于植物 AP 的研究在水稻、拟南芥中较
多[15-16],而有关葡萄 AP的研究却鲜有报道。本研
究以中国野生毛葡萄品种“商-24”为材料,在前期利
用抑制消减杂交技术(SSH)获得的AP 基因EST
201 西北农林科技大学学报(自然科学版) 第41卷
序列的基础上,克隆其cDNA序列,对其进行序列
分析;并对AP基因在白粉菌液诱导不同时间、不同
激素刺激(水杨酸(SA)、乙烯(Eth)和茉莉酸甲酯
(MeJA))及不同组织(嫩叶、嫩茎、花、果皮、卷须)
中的表达特点进行分析,以期明确AP基因在葡萄
抗病防御机制中的作用。
1 材料与方法
1.1 材料与处理
供试品种高抗葡萄白粉病的中国野生毛葡萄品
种“商-24”,取自西北农林科技大学葡萄种质资源
圃。选取感染白粉病的欧洲葡萄品种“佳利酿”叶
片,用压片法接种该病原菌于正常生长的“商-24”,
分别于接种后0,6,12,24,48,72,96和120h取样,
同时设未接种病原菌的“商-24”幼叶为对照,叶片采
摘后迅速置于液氮罐中带回实验室,于-80℃冻
存。
将水杨酸 SA (100μmol/L)、乙烯 Eth(50
μmol/L)和茉莉酸甲酯 MeJA(0.5g/L)3种激素溶
液,分别用喷壶均匀喷洒于正常生长的“商-24”叶片
表面,同时以喷蒸馏水为对照,分别于喷洒后0,
0.5,1,3,6,12,24及48h采样,将采集的叶片迅速
放入液氮罐中带回实验室,于-80℃冻存。
采集正常生长的中国野生毛葡萄“商-24”嫩叶、
嫩茎、花、果皮、卷须等组织,迅速置于液氮罐中带回
实验室,于-80℃冻存。
1.2 总RNA的提取与cDNA第1链的合成
葡萄叶片总RNA的提取参照张今今等[17]的改
良SDS酚法,RNA的纯化参照王西平[18]的方法进
行。取葡萄叶片总RNA 1μL(1μg/μL),10g/L琼
脂糖凝胶电泳检测总 RNA 的完整性。其中用于
RT-PCR技术的第1链cDNA的合成按照TaKaRa
公司的反转录试剂盒进行。
1.3 中国野生毛葡萄AP基因的克隆
以前期获得的中国野生毛葡萄“商-24”SSH 文
库中的EST序列为探针,对NCBI GenBank中的欧
洲葡萄(Vitis vinifera)的dbEST数据库进行Blast
分析,获得与信息探针一致的基因序列。根据该序
列的开放阅读框,用Primer 5.0软件设计引物(AP-
F1:5′-GGATCCATGGCTTCTTTTACTACTTT-
GCT-3′,AP-R1:5′-GGTACCCTAGCAAGTTT-
GTTGTCGG-3′),以白粉菌诱导6h的中国野生毛
葡萄叶片cDNA第1链为模板进行PCR。PCR扩
增体系:模板1μL,10×Taq Reaction Buffer 2.5
μL,dNTPs(10mmol/L)1.5μL,上、下游引物(10
μmol/L)各1μL,Taq Polymerase 0.3μL,无菌水
补足至25μL。扩增程序为:94℃3min;94℃30
s,58℃30s,72℃60s,25个循环;72℃5min,4
℃保存。将PCR产物在10g/L琼脂糖凝胶中电泳
检测,凝胶成像分析系统进行拍照及分析。采用
Omega公司的琼脂糖凝胶回收试剂盒纯化目的片
段,并将纯化的片段连接到pGEM-T Easy载体上
进行克隆测序。
1.4 VqAP 基因序列的分析
将获得的序列用 Blastp(http://blast.ncbi.
nlm.nih.gov/Blast.cgi)程序在 NCBI网站上进行
同源性比对,验证基因的完整性,同时进行保守结构
域分析。用ProtParam 程序预测克隆基因编码蛋
白质 的 一 级 结 构、分 子 质 量 和 等 电 点。利 用
CLUSTALW(http://align.genome.jp/clustalw/)
在线分析软件构建不同物种的AP基因,并进行进
化树分析。
1.5 VqAP 基因的表达分析
根据VqAP 的cDNA序列设计定量PCR引物
(AP-F2:5′-GGATTGAAGATGGGGACCTTT-3′,
AP-R2:5′-CTCTCAGCTTCGGCACTCCT-3′)。分别
取不同诱导时间(0,6,12,24,48,72,96和120h)的
叶片组织总RNA各1μg为模板,反转录成cDNA,
cDNA 合成按照 PrimeScript TM RT Reagent Kit
(Perfect Real Time)的说明书操作。利用荧光染料
法进行荧光定量 PCR 反应,以葡萄 Actin 基因
(GenBank登录号:AY680701)作为内参,其引物为
Actin-F:5′-GAT TCT GGT GAT GGT GTG
AGT-3′和 Actin-R:5′-GAC AAT TTC CCG TTC
AGC AGT-3′。采用20μL PCR反应体系:10μL
2×SYBR Green Mix,1μL cDNA,上、下游引物(10
μmol/L)各0.8μL,补无菌水至总体积20μL。
PCR反应程序为94℃3min;94℃30s,60℃30
s,72℃60s,40个循环;72℃5min,4℃保存。操
作步骤参照SYBR Premix Ex TaqTM(Perfect Real
Time)(TaKaRa公司)的操作说明书进行,每个样品
设3次重复。通过 ABI 7500Fast Real-Time PCR
System的SDSShel.exe分析系统,分析VqAP 基
因在病原菌诱导处理时的相对表达量。不同激素诱
导处理时VqAP 基因的相对表达量方法同上。
1.6 VqAP 基因在毛葡萄“商-24”不同组织中的表
达分析
  以1.5中的 AP-F2和 AP-R2引物为条件,取
301第2期 牛 姣,等:中国野生毛葡萄白粉菌诱导响应VqAP 基因的克隆及表达分析
中国野生毛葡萄“商-24”的嫩叶、嫩茎、花、果皮、卷
须等不同组织总RNA各1μg作为模板,反转录成
cDNA,cDNA合成按照PrimeScript TM RT Reagent
Kit(Perfect Real Time)的说明书操作。以1.5中
葡萄Actin基因(GenBank登录号:AY680701)作为
内参进行校正。采用20μL PCR反应体系:9.8μL
PCR Mix,1μL cDNA,上、下游引物(10μmol/L)各
0.8μL,补无菌水至总体积20μL。PCR反应程序
为:94℃3min;94℃30s,58℃30s,72℃1min,
25个循环;72℃5min,4℃保存。
2 结果与分析
2.1 中国野生毛葡萄AP基因的克隆及序列分析
根据前期获得的中国野生毛葡萄 AP 基因
EST序列(GenBank登录号:JK266876),在 NCBI
葡萄dbEST数据库进行Blast比对分析,选择与该
EST序列一致的欧洲葡萄“黑比诺”的AP 基因序
列,设计特异PCR引物,以白粉菌诱导6h的中国
野生毛葡萄叶片cDNA为模板,采用 RT-PCR,获
得1条约1 400bp的cDNA片段。测序结果表明,
该序列长度为1 377bp,具有完整的开放阅读框,编
码458个氨基酸残基(图1),编码蛋白的相对分子
质量为50.48ku,等电点为8.73,命名为VqAP。
多重比对分析显示,VqAP 与其他植物中AP 基因
的相似性低于41%,其中与拟南芥(A.thaliana)
AP基因(GenBank登录号:NP_566966.1)的相似
性最高,为41%,与紫茉莉(Mirabilis jalapa)AP
基因(GenBank登录号:ACL81165.1)的相似性最
低,为29%(图2和图3)。图2表明,VqAP 编码产
物含有2个保守的具有催化活性的天冬氨酸残基,
位于Asp-Thr/Ser-Gly(DT/SG)这2个结构域,该
基因编码的氨基酸序列属于天冬氨酸蛋白酶 A1家
族,为非典型的天冬氨酸蛋白酶。
图1 中国野生毛葡萄“商-24”AP基因的开放阅读框及其编码的氨基酸序列
Fig.1 The ORF of VqAPand the deduced amino acid sequence
401 西北农林科技大学学报(自然科学版) 第41卷
图2 不同植物AP基因氨基酸序列的多重比较
RcAP(XP_002523869.1)、ZmAP(NP_001147022.1)、AtAP(NP_566966.1)、AlAP(XP_002877867.1)、
FeAP(AAS48510.2)、MjAP(ACL81165.1)、NaAP(BAF98915.1)分别代表蓖麻、玉米、拟南芥、
拟南芥Lyrata亚种、荞麦、紫茉莉、猪笼草中的天冬氨酸蛋白酶。图3同
Fig.2 Multiple alignment of deduced amino acid sequence of APfrom different plants
RcAP(XP_002523869.1),ZmAP(NP_001147022.1),AtAP(NP_566966.1),AlAP(XP_002877867.1),FeAP(AAS48510.2),
MjAP(ACL81165.1),NaAP(BAF98915.1)stand for aspartic protease fromRicinus communis,Zea mays,A.thaliana,
A.lyrata subsp.Lyrata,Fagopyrum esculentum,Mirabilis jalapa,Nepenthes alata respectively.The same Fig.3
501第2期 牛 姣,等:中国野生毛葡萄白粉菌诱导响应VqAP 基因的克隆及表达分析
图3 不同植物AP基因氨基酸序列的同源进化树分析
Fig.3 Phyolgenetic tree of deduced amino acid
sequence of APfrom different plants
2.2 白粉菌诱导后抗病葡萄“商-24”中VqAP 基因
的表达分析
  高抗葡萄白粉病的中国野生毛葡萄“商-24”接
种白粉菌后,VqAP基因表达分析结果(图4)表明,
接菌后6hVqAP 基因表达量为0h的6倍多,之后
迅速下调。这可能是因为在接种6h后,AP开始参
与病程相关蛋白的降解过程,调控这些胁迫诱导蛋
白的生物功能,从而抵抗病害的侵染。
2.3 不同激素处理后抗病葡萄“商-24”中VqAP 基
因的表达分析
  实时定量结果(图5)表明,SA、Eth、MeJA 3种
激素均能调节VqAP 基因的表达,呈现出先上升后
下调的表达趋势,且以SA处理的变化最明显,在处
理12h后表达量达到0h的35倍,MeJA处理3h
后,诱导表达最高,为0h的5倍多,而Eth处理6h
达到0h的10倍多。可见水杨酸、乙烯和茉莉酸甲
酯3种激素刺激均能诱导AP基因的表达。
2.4 VqAP 基因在葡萄不同组织中的表达分析
半定量PCR结果(图6)表明,VqAP 基因在嫩
叶、嫩茎、花、果皮、卷须5个不同组织中均呈组成型
表达,但表达量各不相同,以在嫩茎中的表达量最
高,在果皮中表达量很弱。这可能与其参与不同组
织蛋白的合成与代谢有关。
图4 接种白粉菌后抗病毛葡萄“商-24”中
VqAP 基因的表达分析
Fig.4 Expression analysis of VqAPgene in resistant
line‘Shang-24’in response to Uncinula nector
图5 不同激素处理后抗病毛葡萄“商-24”中
VqAP 基因的表达分析
Fig.5 Expression profiles of VqAPgene induced by
Eth,SA,and MeJA in resistant line“Shang-24”
图6 VqAP 基因在毛葡萄“商-24”
不同组织中的表达分析
Fig.6 Semi-quantitative PCR analysis of VqAPin
different tissues fromV.quinquangularis clone“Shang-24”
3 讨 论
本试验克隆得到了具有完整开放阅读框的天冬
氨酸蛋白酶基因VqAP,VqAP 基因编码产物具有
多数天冬氨酸蛋白酶类都含有的2个保守的天冬氨
酸残基,该基因编码的氨基酸序列为第3类非典型
的天冬氨酸蛋白酶,即 Nepenthesin-AP。目前,关
于第3类中AP的生物功能尚无明确界定。研究发
现,拟南芥中CDR1(Constitutive disease resistance
1)参与抗病信号途径[14];Prasad等[19-20]研究发现,
水稻中编码天冬氨酸蛋白酶的OsCDR1基因能够
诱导植物系统抗性反应的发生。PCS1蛋白被认为
参与植物胚细胞的发育与再生[7]。烟草中的天冬氨
酸蛋白酶NtCND41被证明与叶绿体的DNA结合
和蛋白活性相关[9]。
601 西北农林科技大学学报(自然科学版) 第41卷
为了明确VqAP 基因是否受白粉病侵染的诱
导,本研究利用实时荧光定量 PCR技术,分析接种
白粉病菌后不同时间VqAP 基因在转录水平上的
表达变化,结果表明,接种白粉菌后6h,VqAP 基因
的表达量为0h的6倍多,之后迅速下调,这表明病
原菌侵染后,VqAP 基因被诱导表达。Rodrigo
等[21-22]研究也发现,番茄叶片和烟草叶片分别受柑
橘裂皮类病毒(CEV)和烟草花叶病毒(TMV)侵染
时,其AP基因被诱导表达,这可能是由于AP通过
参与病程相关蛋白的降解过程,调控这些胁迫诱导
蛋白的生物功能,从而抵抗病害的侵染。有研究表
明,茉莉酸甲酯(MeJA)、水杨酸(SA)和乙烯(Eth)
等信号分子也参与了天冬氨酸蛋白酶介导的抗性诱
导反应[14]。本试验结果表明,茉莉酸甲酯(MeJA)、
水杨酸(SA)和乙烯(Eth)均能诱导VqAP 的表达,
且以SA诱导最为明显,这可能是由于VqAP 参与
了SA诱导植物产生的系统获得性抗性中蛋白基因
的表达过程,进而调节植物的抗病反应。MeJA处
理后VqAP 基因表达先上调后下调,推测VqAP可
能参与了胞间蛋白循环以增加氨基酸数量,用来合
成特异的病程相关蛋白并水解入侵病原菌所分泌的
蛋白,从而对病原菌产生抗性。乙烯既是衰老调控
的重要调节因子,又能调控下游防卫基因的表达,乙
烯处理下VqAP 基因的诱导表达是参与了植物防
卫反应还是启动了衰老进程的表达,抑或是这2种
途径的重叠,这仍需进一步验证。本研究结果表明,
VqAP 基因在中国野生毛葡萄“商-24”不同组织中
表现出差异性表达,这可能与其参与了植物不同组
织中各个功能蛋白的合成与降解有关。
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611 西北农林科技大学学报(自然科学版) 第41卷