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栽培一粒小麦α-醇溶蛋白新基因的克隆与序列分析



全 文 :书麦类作物学报 2012,32(3):387-392
Journal of Triticeae Crops
栽培一粒小麦α-醇溶蛋白新基因的克隆与序列分析
*?
李玉阁,邢冉冉,李锁平
(河南大学生命科学学院,河南开封475004)
摘 要:α-醇溶蛋白是人们生活中消费最多的蛋白,由于含有引起乳糜泻(CD)的主要毒性肽成分,也是
引起CD的最活跃的蛋白。为了解一粒小麦在小麦品质育种中的潜力,利用1对α-醇溶蛋白的特异引物,采
用基因组PCR法从栽培一粒小麦中克隆α-醇溶蛋白新基因,共获得片段大小为856~882bp的4个基因序
列,分别命名为AA-6、AA-8、AA-9和AA-21(GenBank登录号为JN831382~JN831385)。其中,AA-8、AA-9
和AA-21均在102位因C→T替换而导致TAG终止子出现成为假基因;AA-6由882个 核苷酸构成,可编码
293个氨基酸,与已知基因的最高同源性为99%,推断氨基酸序列具有α-醇溶蛋白的典型结构,是α-醇溶蛋白
家族的新成员。AA-6的CD毒性肽分析表明,除不含 A基因组所没有的glia-α和glia-α2毒性肽外,其他已
知的7种毒性肽均有分布。AA-6和86个来源于小麦及其祖先供体种的α-醇溶蛋白的同源性分析表明,α-醇
溶蛋白基因存在基因组来源的差异性,其中,A、D基因组来源的α-醇溶蛋白基因的相似性较高。
关键词:栽培一粒小麦;α-醇溶蛋白;基因克隆;乳糜泻;系统进化
中图分类号:S512.1;S330    文献标识码:A    文章编号:1009-1041(2012)03-0387-06
Cloning and Sequence Analysis of Newα-Gliadin
Genes fromTriticum monococcum
LI Yu-ge,XING Ran-ran,LI Suo-ping
(Colege of Life Science,Henan University,Kaifeng,Henan 475004,China)
Abstract:Theα-gliadins were typicaly the most consumed storage proteins in human life,however,
owing to the main toxic components they contained causing celiac disease(CD),theα-gliadins were
also the most active proteins in triggering CD.So the objective of this study was to estimate the po-
tential value in wheat quality breeding of the clonedα-gliadin sequences from the genomic DNA and to
analyze the CD epitopes among them.One newα-gliadin gene with ful-ORF(named as AA-6,Gen-
Bank accession No.JN831382)and three pseudogenes(named as AA-8,AA-9,AA-21,GenBank ac-
cession No.JN831383,JN831384and JN831385,respectively)were cloned and sequenced.The three
pseudogenes resulted from C to T base transitions,which leading to the alternative of a CAG codon
for glutamine into a TAG stop codon at the position of 102bp.Analysis on the deduced amino acid se-
quences of AA-6revealed that AA-6was characterized with the typical structure ofα-gliadins,with the
highest homology of 99%.Analysis on its CD epitops demonstrated that seven toxic peptides of the
nine known epitops were present in AA-6except for the absence of Glia-α2and Glia-αin the A ge-
nome.Phylogenetic analysis among AA-6and 86genes from common wheat and its ancestral species
showed that a clear cluster can be observed according to the origin of their genome.The homology of
A genome and D genome was more close than that of B genome.
*收稿日期:2011-12-12   修回日期:2012-01-28
基金项目:国家自然科学基金项目(30971774);“十二五”农村领域国家科技计划课题(2011BAD07B00);河南省教育厅自然科学基
金项目(2008A180006)。
作者简介:李玉阁(1977-),女,在读博士,讲师,主要从事小麦分子生物学研究。E-mail:lygzixiu@henu.edu.cn
通讯作者:李锁平(1962-),男,博士生导师,教授,主要从事小麦遗传育种研究。E-mail:lisuoping@henu.edu.cn
Key words:Triticum monococcum,α-gliadin,gene cloning,celiac disease,phylogenetic analysis
  麦谷蛋白和醇溶蛋白是面筋蛋白的主要成
分,是影响小麦加工品质的重要因素,尤其是醇溶
蛋白和谷蛋白的数量、比例及组成与小麦面团的
粘性和弹性密切相关。麦谷蛋白主要决定面团的
强度和弹性,醇溶蛋白决定面团的粘性和延展
性[1-2]。根据酸性聚丙烯酰胺凝胶 电 泳 (A-
PAGE)的迁移率及结构,醇溶蛋白可分为α、γ和
ω(或α/β、γ和ω)3种类型。在醇溶蛋白中,α-醇
溶蛋白含量最丰富,占种子储藏蛋白的15%~
30%,是人类消费量最大的蛋白质[3-5]。Metak-
ovsky等[6]研究表明,等位基因Gli-B1b、Gli-B2c
和Gli-A2b 与高面筋强度显著相关。晏月明等[7]
研究认为,醇溶蛋白等位基因的变异与小麦品种
间品质差异有关,可通过对醇溶蛋白的选择来改
良小麦品质。同时,人们发现醇溶蛋白,尤其是
α-醇溶蛋白也是人类乳糜泻(Celia disease,CD)
的主要诱发因素[8,9]。
乳糜泻是最常见的一种遗传性的肠紊乱疾
病,又称面筋过敏性肠病,主要是由于机体对所摄
取的麦类作物(包括小麦、大麦及黑麦)中富含脯
氨酸和谷氨酸的面筋蛋白产生过敏所导致的一种
过敏反应。该病是一种终身性疾病,发病率高达
1%[8],与人类白细胞抗原(human leukocyte anti-
gen,HLA)家族的DQ2和DQ8分子密切相关,
而对面筋蛋白能产生特异反应的CD+T细胞也
对该病的发生有重要的影响[9]。根据Ciccociop-
po等[10]和 Vaccino等[11]的综述,目前已检测出
18种在体内或体外具有活性、能刺激CD症发生
的面筋蛋白肽段(CD肽),分布于醇溶蛋白的有
14种,并根据其产生的过敏反应的不同,分为“毒
性肽”和“免疫肽”两种,前者诱导的过敏反应会引
起肠道粘膜的损伤,而后者仅对 HLA-DQ2或
HLA-DQ8特异的T 细胞产生刺激。研究表明,
大部分面筋蛋白多肽为“免疫肽”。在已知的18
种毒性肽中,仅有4种为“毒性肽”,除PQQPF-
PQQ 分 布 于 ω-醇 溶 蛋 白 外,LGQQQPFP-
PQQPYPQPQPF,PQPQPFPSQQPY,LGQGS-
FRPSQQN均分布于α-醇溶蛋白。而且,在已知
的18种毒性肽中,诱发CD症的五个主要优势多
肽(免疫活性命名为+++,而其他的命名为+),
除QQPQQSFPEQQ分布于γ-醇溶蛋白外,glia-
α20 (PFRPQQPYPQPQPQ )、glia-α9 (PF-
PQPQLPY)、glia-α2(PQPQLPYPQPQLPY)和
glia-α(PSGQGSFQPSQQ)均分布于α-醇溶蛋白。
可见,α-醇溶蛋白是诱发 CD 病的主要活性蛋
白[4,11]。
栽培一粒小麦(Triticum monococcum,AA)
是普通小麦A基因组的供体,是小麦遗传改良的
重要种质资源,目前,在 GenBank注册的具有完
整编码区的α-醇溶蛋白功能基因为256个,其中
来源于一粒小麦的仅有12个,而有关栽培一粒小
麦在诱发CD症的潜在危险性方面,目前还存在
争议。因此,本研究采用基因组PCR法对实验室
收集的栽培一粒小麦的α-醇溶蛋白基因进行克
隆和CD肽分析,以期为小麦品质育种提供基础
的参考资料。
1 材料与方法
1.1 材 料
栽培一粒小麦(Triticum monococcum,AA,
2n=2x=14)种子由本实验收集。
1.2 基因组DNA的提取及PCR扩增
随机抽取20粒栽培一粒小麦种子培养黄化
苗,采用改良的CTAB法从黄化苗嫩叶中提取基
因组DNA[12],根据已注册的α-醇溶蛋白基因序
列的保守区域设计 1 对简并引物,F:5′-AT-
GAAGACCTTTCTCATCCT-3′, R:5′-TCA-
GTTRGTACCRAAGATGCC-3′。该 引 物 的 扩
增范围包括从起始密码子“ATG”到终止密码子
“TGA”之间的编码序列。PCR 反应体系为50
μL,含有DNA模板100ng,4种dNTP各100
μmol·L
-1,2×GC buffer I 25μL,引物F和R
各0.5μmol·L
-1,1.5U 的 LATaq酶(TaKa-
Ra)。PCR的反应条件为94℃预变性4min;然
后94℃变性30s,62℃退火45s,72℃延伸60s,
共32个循环,最后72℃延伸15min。
1.3 PCR产物纯化及克隆测序
PCR 产物经 1.0% 琼脂糖凝胶电泳,用
TaKaRa公司的 DNA凝胶回收试剂盒 Ver2.0
对目的片段回收纯化,纯化产物连接到pMD19-T
载体(TaKaRa公司),并转化 Escherichia coli
(DH5α)感受态细胞,通过菌液PCR鉴定阳性克
隆,DNA序列测定由北京六合华大生物技术公司
测定完成。
·883· 麦 类 作 物 学 报                  第32卷
1.4 序列分析和系统树的构建
利用Clustal W vesion 1.8和Bioedit 7.0软
件进行克隆基因的序列分析,并用本试验中所克
隆基因与86个来源于小麦及其祖先种的α-醇溶
蛋白基因进行同源性比较,用 Mega 4.0构建
neighbor-joining 树。根 据 Ciccocioppo 等[10]和
Vaccino等[11]的综述识别克隆基因所编码的CD肽。
2 结果与分析
2.1 PCR扩增、克隆和序列分析
引物F和R用来扩增栽培一粒小麦α-醇溶
蛋白的完整编码区,得到一个约800bp左右的单
一条带(图1),目的条带纯化回收克隆到pMD19-
T载体,通过菌液PCR共鉴定到四个阳性克隆,
分别命名为AA-6、AA-8、AA-9和 AA-21。四个
序列均为完整的编码区,与已知的经典α-醇溶蛋
白基因具有较高的相似性(大于95%),均为α-醇
溶蛋白基因家族的新成员。四序列的 GenBank
注册序列号为JN831382-JN831385。
  通过Bioedit 7.0对序列进行分析表明,AA-
8、AA-9和AA-21均因碱基替换或移码突变而导
致终止子的提前出现,均为假基因。除移码突变
外,碱基替换导致的终止子中均为C→T替换导
致 CAA、CAG 变成了终止子 TAA 和 TAG。
AA-6为功能基因,由882bp核苷酸组成,可编码
293个氨基酸。AA-6的推断氨基酸序列与已知
的定位于6A染色体的四个α-醇溶蛋白基因的比
对(图2)表明,AA-6具有α-醇溶蛋白的典型结
构,没有内含子,且以TGA为终止密码子,有20
个氨基酸构成的信号肽(Signal peptide,Sig)、一
个N-末端重复区(Repetitive domain,Rep)、多聚
谷氨酸I区(polyglutamine domain I,PloyI)、特
征区I(unique domainI,Uniq I)、多聚谷氨酸II
区(polyglutamine domainII,Ploy II)和一个C-末
端特征区II(unique domainII,Uniq II),在两个
特征区含有六个保守的半胱氨酸(c)。
2.2 系统进化分析
目前,GenBank中已注册的α-醇溶蛋白的核
苷酸序列858个,大部分是假基因,只有325个序
列可编码部分或者完整编码区(266个)的α-醇溶
蛋白序列。Van Herpen等[4]的研究表明,α-醇溶
蛋白基因推断氨基酸序列的序列相似性和多聚谷
氨酰重复区的平均长度存在基因组来源的差异
性。为了揭示所克隆基因与已注册基因的同源
性,AA-6与来源于普通小麦的已进行染色体定
位的15个基因(藁城8901的8个,郑优9507的7
个)、来源于粗山羊草(Aegilops tauschii,DD)的
27个具有完整编码区的基因、栽培一粒小麦
(Triticum monococcum,AA)的27个基因(12个
有完整编码区、15个为部分的编码区)、四倍体小
麦(Triticumturgidum,AABB)的1 2个基因和
图1  栽培一粒小麦α-醇溶蛋白基因的PCR扩增
Fig.1 PCR amplification of theα-gliadin
gene fromT.monococcum
图2 AA-6与4个经典α-醇溶蛋白基因推断氨基酸序列比对图
Fig.2 Mutliple alignment of the deduced amino acid sequences of AA-6and other four typicalα-gliadin genes.
·983·第3期         李玉阁等:栽培一粒小麦α-醇溶蛋白新基因的克隆与序列分析
来源于拟斯卑尔脱山羊草(Aegilops speltoides,
SS)的5个部分编码区的基因的推断氨基酸的同
源性进行比较分析,并构建了系统进化树(图3)。
  从图3可以看出,87个基因在遗传距离约为
0.05处可聚为四组,其中第一组(Group 1)又可
分为两个亚组(A、D),A亚组共包括32个基因,
其中来源于栽培一粒小麦的24个、四倍体小麦4
个、粗山羊草1个、来源于小麦品种并定位于6B
或6D染色体的基因3个,所以该亚组主要代表
A染色体组来源的α-醇溶蛋白基因,而本文所克
隆的AA-6基因正分布于此组。D亚组共包括27
个来源于粗山羊草或小麦并定位于D染色体的
基因,表明D亚组代表来源于D染色体来源的α-
醇溶蛋白基因。同样,第二组(Group 2)和第三组
(Group 3)代表B基因组来源的α-醇溶蛋白基
因,而第四组(Group 4)则包含4个亚组,分别由
来源于A、B、B、D基因组的α-醇溶蛋白基因构
成。说明α-醇溶蛋白序列的同源性的确存在基
因组来源的差异性,其中,A、D基因组来源的α-
醇溶蛋白同源性更高。
2.3 CD毒性肽识别及毒性肽基因组来源的差
异性分析
研究表明,每种毒性肽在α-醇溶蛋白序列中
都有出现的特定区域[11]。在已知分布于α-醇溶
蛋白的 9 种毒性多肽序列中,glia-α20(PFR-
PQQPYPQPQPQ)、glia-α9(PFPQPQLPY)、gli-
a-α2(PQPQLPYPQPQLPY)、QNPSQQQPQE-
QVPLVQQQ、L/PGQQQPFPPQQPYPQPQPF
和PQPQPFPSQQPY这六种多肽通常以不同的
组合出现在N-末端重复区,特征区I没有或只出
现(QLIP)FCMDVVLQ 多肽序列,glia-α(PS-
GQGSFQPSQQ)或 LGQGSFRPSQQN 通常出
现在C-末端特征区II。另外,研究还表明,四种
主要的 T细胞毒性肽glia-α、glia-α2、glia-α9和
glia-α20的数量和分布存在基因组来源特异性,
来源于A基因组的α-醇溶蛋白通常含有glia-α9
和glia-α20,而没有完整的glia-α、glia-α2,来源于
D基因组的α-醇溶蛋白四种都可能含有或者是含
图3 AA-6与来源于普通小麦及其祖先种的86个α-醇溶蛋白推断氨基酸的系统进化树
Fig.3 Neighbor-joining tree based on the deduced amnio acid sequence of the clonedα-gliadin
genes and 86other related genes from common wheat and its ancestral species
·093· 麦 类 作 物 学 报                  第32卷
有不同组合的部分毒性肽,而来源于B基因组的
α-醇溶蛋白大多数不含有任何一种 T细胞毒性
肽,少数仅含有glia-α[4]。因此,可根据四种T细
胞毒性肽的分布来进行α-醇溶蛋白的基因组定
位。本实验所克隆的 AA-6基因符合 A染色体
组来源的α-醇溶蛋白的毒性肽分布特点,除不含
有A染色体所不具备的glia-α、glia-α2毒性肽外,
其他7种毒性肽均有分布。
为进一步了解α-醇溶蛋白CD毒性肽分布的
基因组差异性,对分布于α-醇溶蛋白的9种CD
毒性肽的分布频率作了统计分析(表1),结果表
明,四种主要的T细胞毒性肽的分布和数量与前
人的研究结果一致,存在明显的基因组差异
性[4,12]。其他五种毒性肽只在分布频率上存在一
定的基因组来源差异性。相比而言,除多肽序列
QNPSQQQPQEQVPLVQQQ 在 B基因组分布
的频率较高外,9种已知的CD毒性肽在B基因
组来源的α-醇溶蛋白中分布的种类和频率均相
对较低。与A基因组相比,D基因组来源的α-醇
溶 蛋 白 除 QLIPCMDVVLQ 和 LGQGSFRP-
SQQN分布的频率显著较低外,其他毒性肽的分
布频率均高于或与A基因组接近。
表1 9种CD毒性肽在A、B、D基因组中出现的频率比较
Table 1 Percentage of 9kinds of known CD epitops in A,B and D genome
出现区域 CD肽序列
CD肽在不同基因组出现的频率/%
A基因组 B基因组 D基因组
N-重复区 QNPSQQQPQEQVPLVQQQ  25.81  88.29  85.71
*P/LGQQQPFPPQQPYPQPQPF  38.71  22.22  65.71
*PQPQPFPSQQPY  74.19  33.33  88.57
PFPQPQLPY(glia-α9) 83.87  0.00  62.86
PQPQLPYPQPQLPY(glia-α2) 0.00  0.00  22.86
特征区I  PFRPQQPYPQPQPQ(glia-α20) 83.87  0.00  77.14
QLIPCMDVVLQ  83.87  11.11  5.71
C-特征区 PSGQGSFQPSQQ(glia-α) 0.00  22.22  68.57
*LGQGSFRPSQQN  77.42  11.11  8.57
  *表示毒性肽。
3 讨 论
3.1 α-醇溶蛋白的变异、分子结构及其与功能的
关系
α-醇溶蛋白存在很多与面粉加工品质密切相
关的变异[6,13]。Khatkar等[14]通过向基础面粉中
添加总的醇溶蛋白和醇溶蛋白的不同组分(α、β、γ
和ω)来研究醇溶蛋白与小麦加工品质的关系,结
果表明,添加醇溶蛋白及其组分会显著降低面筋
强度和增大面包体积,而α-醇溶蛋白对面包体积
的增大效果最大,对面筋强度的降低最小(ω>γ
>β>α)。有关α-醇溶蛋白结构与功能的关系的
研究表明,长的重复区和高的半胱胺酸数量与面
粉的加工品质呈正相关[15-18]。另外,高的谷氨酰
胺残基的含量对提高面筋的粘弹性也有重要影
响,因为大部分的谷氨酸盐链间的相互作用可作
为氢键的供体和受体[19]。然而,大约 50%[20],
甚至87% [4]的α-醇溶蛋白基因都是假基因,且大
多数假基因都是由于C→T碱基替换或缺失、插
入导致的移码突变所导致的。
GenBank中已注册的α-醇溶蛋白基因的重
复区的长度在82-100个氨基酸残基之间,通常在
两个特征区还包含6个可形成三个分子内二硫键
的保守半胱氨酸残基[14]。谷氨酰胺的比例在
4.69%(ADA83692)到21.73% (ABQ96119)之
间。本研究中所克隆到的4个序列,其中3个序
列均为假基因,而所产生的终止子中,除移码突变
外,均为C→T碱基替换所导致的CAA或CAG
密码子变成了TAA或TAG终止子。AA-6基因
具有典型的α-醇溶蛋白结构,谷氨酰胺残基的含
量为10.58%,有6个保守的半胱氨酸残基,与已
知基因的最高相似度为99%,为α-醇溶蛋白基因
家族的新成员。
3.2 α-醇溶蛋白的CD毒性肽分布的基因组来
源差异性
α-醇溶蛋白不仅是生活中消费量最大的蛋
白,也是诱导CD的最活跃的蛋白。且α-醇溶蛋
白的序列同源性及四种主要的 T细胞毒性肽均
存在基因组差异性。本实验所克隆的AA-6基因
中,除不含有 A 基因组没有的glia-α和glia-α2
外,其他7种CD毒性肽均有分布。而且对已知
并进行基因定位的75个α-醇溶蛋白的CD毒性
·193·第3期         李玉阁等:栽培一粒小麦α-醇溶蛋白新基因的克隆与序列分析
肽的分布类型的分布频率的分析来看,B染色体
组来源的α-醇溶蛋白的CD肽毒性无论在分布频
率还是分布频率上均相对较低,而栽培一粒小麦
(Triticum monococcum)和D基因组来源的α-醇溶蛋
白的CD肽毒性的分布数量和频率均较高。
3.3 系统进化分析
栽培一粒小麦(Triticum monococcum,AA)
是四倍体小麦(Triticum turgidum)A基因组的
供体,而关于B基因组的供体,目前还没有定论,
一般认为拟斯卑尔脱山羊草(Aegilops spel-
toides,S)单独或与其近亲物种,如双角山羊草
(Aegilops bicornis,Sb)或高大山羊草(Tritic-
um.longissima,Sl)共同提供了B基因组。栽培
一粒小麦的A基因组和普通小麦的A基因组,粗
山羊草的D基因组与普通小麦的D基因组亲缘
关系十分相近;但普通小麦的B基因组与二粒小
麦的B基因组虽然也很相似,但不如A基因组和
D基因组的同源程度高[4,21]。本文对所克隆基因
以及86个来源小麦及其祖先供体种的α-醇溶蛋
白的同源性分析与前人的研究一致,α-醇溶蛋白
序列的确存在基因组特异性,且A、D基因组的同
源性更高。
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·293· 麦 类 作 物 学 报                  第32卷