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波兰小麦×普通小麦品系“中13”RIL群体籽粒特性的QTL定位



全 文 :麦类作物学报 2012,32(5):813-819
Journal of Triticeae Crops
网络出版时间:2012-8-23 17:19
网络出版地址:http://www.cnki.net/kcms/detail/61.1359.S.20120823.1719.201205.0_022.html
波兰小麦×普通小麦品系“中13”RIL群体
籽粒特性的QTL定位*
李美霞,杨 睿,李有梅,崔桂宾,王竹林,奚亚军,刘曙东
(西北农林科技大学农学院,陕西杨凌712100)
摘 要:小麦籽粒特性与籽粒产量和品质密切相关。本研究以波兰小麦(Tiriticum polonicum L.)×普
通小麦(Triticum aestivumL.)品系“中13”杂交组合衍生的99个F8 重组自交系(Recombinant inbred lines,
RIL)群体为材料,利用SSR分子标记构建连锁遗传图谱。根据两年实验数据,利用复合区间作图法对粒重、
粒长和粒宽3个籽粒特性相关性状进行了QTL定位分析,共检测到12个与籽粒特性相关的加性QTL位点。
其中,3个粒重 QTL,1个位于1A染色体上,另外2个都在2A染色体上,单个 QTL可解释表型变异的
13.35%~20.04%;5个粒长QTL,其中2个位于2A染色体上,其余3个分别位于3A、5A和2B染色体上,
单个QTL可解释表型变异的8.53%~21.03%;4个粒宽 QTL,分别位于1A、2A、3B和5B染色体上,单个
QTL可解释表型变异的9.76%~40.79%。在2A染色体上共检测到5个籽粒特性相关性状的 QTL,表明
2A染色体与籽粒特性关系密切。
关键词:普通小麦,波兰小麦,QTL,重组自交系,籽粒特性
中图分类号:S512.1;S330    文献标识码:A    文章编号:1009-1041(2012)05-0813-07
QTL Analysis of Kernel Characteristics Using a Recombinant Inbred Lines
(RILs)Population Derived from the Cross of Tiriticum polonicumL.
and Triticum aestivumL.Line“Zhong 13”
LI Mei-xia,YANG Rui,LI You-mei,CUI Gui-bin,WANG Zhu-lin,XI Ya-jun,LIU Shu-dong
(Colege of Agronomy,Northwest A&F University,Yangling,Shaanxi 712100,China)
Abstract:Wheat kernel characteristics are associated with kernel yield and quality.In this study,the
QTLs of grain weight,grain length and grain width were analyzed using SSR markers in a population
which consisted of 99F8recombinant inbred lines(RILs)derived from the cross of Poland wheat
(Triticum polonicum L.)and Common Wheat(Triticum aestivum L.)Zhong 13.The ANOVA
showed that there was highly significant difference between Poland Wheat and Zhong 13in al three
traits in 2010and 2011.It was clear that the hereditary basis between two parents on grain weight,
grain length and grain width was very different.A significant difference among recombinant inbred
lines(RIL)was found in grain weight in two years,a highly significant difference among recombinant
inbred lines(RIL)was found in grain length and grain width in two years.Of 355pairs of polymor-
phic SSR primers between parents,there were 173pairs of SSR primers with polymorphism among re-
* 收稿日期:2012-04-24   修回日期:2012-06-20
基金项目:“十二五”农村领域国家科技计划课题(2011AA100501);国家自然科学基金项目(30971768);西北农林科技大学唐仲
英植物育种基金。
作者简介:李美霞(1991-),女,硕士研究生,主要从事小麦数量性状遗传研究。E-mail:meixia1019@163.com
通讯作者:刘曙东(1958-),男,教授,主要从事小麦遗传育种研究。E-mail:liushd325@163.com
王竹林(1965-),女,副教授,主要从事小麦分子生物学研究。E-mail:wangzhulin1@163.com
combinant inbred lines(RIL).Finaly,115polymorphic loci were located on the 14linkage groups of
wheat genome A and B.On average,there were 8.2pairs of primers each chromosome.13pairs of
primers were located on Chromonsome 3Band only 5pairs of primers on chromosomes 1A,5Band
6B.The total length of 14linkage groups was 822.9cM,and the average genetic distance between
markers was 7.16cM.With the method of composite interval mapping(CIM),the QTLs of kernel
characteristics were detected using the data from two years(2010and 2011).12QTLs for kernel
characteristics were found in two years.Among them,3QTLs for grain weight were detected,one
located on chromosome 1Aand the other two on chromosome 2A,and the phenotypic variation ex-
plained by individual QTL varied from 13.35%to 20.04%;5QTLs for grain width were detected,2
located on chromosome 2Aand the other 3on chromosome 3A,5Aand 2B,respectively,and the phe-
notypic variation accounted for by individual QTL varied from 8.53%to 21.03%;4QTLs for grain
width were detected on chromosome 1A,2A,3Band 5B,respectively,and 9.76%~40.79%pheno-
typic variation were explained by individual QTL.The modes of action of al QTLs identified were ad-
dictive effect.Besides,5QTLs for kernel characteristics were detected on chromosome 2A,which
might suggest chromosome 2Awas closely related to kernel characteristics.
Key words:Triticum aestivumL.,Tiriticum polonicumL;Quantitative trait locus(QTL);Recombi-
nant inbred line(RIL);Kernel characteristics
  小麦籽粒大小是决定粒重的重要因素[1],粒
长和粒宽是籽粒大小的构成因子。小麦籽粒特性
是典型的数量性状,受多基因控制,遗传基础
复杂。
QTL分析既可有效地估计基因位点数目及
位置,也能分析各基因的效应大小和作用方式,还
可确定与其紧密连锁的分子标记,便于分子标记
辅助选择育种[2]。前人关于小麦籽粒特性的
QTL分析已做了很多研究。王瑞霞等[3]对小麦
千粒重进行QTL分析,检测到35个与千粒重有
关的QTLs,单个QTL可解释表型变异的4.36%
~16.80%,涉及小麦1A、1B、2A、2D、3A、3B、
4A、4D、5A、5B、6D和7D染色体。严 俊等[4]对
四倍体小麦产量相关性状 QTL进行定位和分
析,共检测到16个与产量性状相关的QTL,LOD
值为2.1~4.4,贡献率为7.4%~39.4%。Roder
等[5]通过分析来自Opata 85/W7984杂交组合的
RIL群体,定位了64个籽粒产量及相关性状的
QTLs。Campbel等[6]在1B、2B、2D、3B和7D染
色体上检测到控制粒长的遗传位点,同时发现
2B、2D和5D染色体与粒宽有关。Li等[7]采用复
合区间定位法研究来源于 W7984×Opata85的重
组自交系群体,发现2个控制粒长的 QTL,分别
位于5B和7D染色体上,单个 QTL对表型的贡
献率为13.54%~20.81%;1个与粒宽有关的
QTL,位于2B染色体上,其贡献率为13.71%~
19.30%。Flavio等[8]检测到小麦粒长、粒重和粒
宽QTL分别位于2D、5A和5B染色体上。陈佳
慧等[9]对小麦籽粒形态及千粒重性状的 QTL进
行初步定位,结果显示在两年两个环境下共检测
到12个相关的QTLs位点,可解释变异在6%~
25%之间。Tsilo等[10]在红粒春小麦中发现了影
响粒重、籽粒直径和籽粒大小的稳定QTL群,分
布在2A、5B和7A染色体上,可解释表型变异的
5%~20%。Ramya 等[11]检 测 到 10 个 粒 重
QTL,6个粒长 QTL,9个粒宽 QTL位点,这些
QTL分别位于1A、1D、2B、2D、4B、5A、5B、5D和
6B染色体上。Cui[12]等利用两个相关RIL群体
在4种不同环境条件下定位小麦千粒重、粒长、粒
宽和长宽比QTL,结果共发现77个相关性状非
条件QTL。但前人有关小麦籽粒特性QTL的分
析无论采用何种群体,均是来自不同品种间的杂
交后代。因亲本间的差异较小,不是两类极端类
型,因此限制了QTL的检测。
波兰小麦(Triticum polonicum L.,2n=28,
AABB)属四倍体小麦栽培种,具有穗大、粒大、
品质好、分蘖能力强等许多优良农艺性状,特别是
蛋白质含量在18%以上,甚至高达26.9%[13-14],
千粒重为70~80g,与普通小麦杂交后能显著提
高普通小麦的分蘖性,是选育高产优质小麦新品
种的重要遗传资源之一[15]。本研究利用波兰小
麦和普通小麦品系“中13”杂交后产生的A、B染
·418· 麦 类 作 物 学 报                  第32卷
色体组的F8 重组自交系(RIL)群体为材料,构建
SSR分子标记的连锁遗传图谱,定位小麦籽粒特
性的QTL,试图探索其遗传特点,找到与其紧密
连锁的分子标记,为小麦高产育种提供参考。
1 材料与方法
1.1 试验材料
1.1.1 小麦材料
波兰小麦和普通小麦品系“中13”杂交后利
用单粒传方法获得F8 代重组自交系群体,共有
99个株系,所有株系经过细胞学检查为2n=42
条染色体。波兰小麦株高190cm以上,极度晚
熟,高抗白粉病,千粒重62g以上。普通小麦品
系“中13”矮杆早熟,综合农艺性状优良,但高感
白粉病和条锈病。亲本和重组自交系群体均由西
北农林科技大学小麦分子育种课题组提供。
1.1.2 SSR引物
由于本试验所用RIL群体只有 A和B染色
体组是由波兰小麦和普通小麦品系“中13”重组
的,所以,只选用 A 和B染色体组上的SSR标
记。试验所用引物包括:Xgwm、Xbarc、Xgdm等
系列共883对,由北京奥科生物技术有限责任公
司合成。基因定位信息见http://www.Grain-
Genes.org网站。
1.2 试验方法
1.2.1 田间试验和性状调查
分别于2009年和2010年10月上旬将99个
重组自交系和亲本波兰小麦及“中13”播种于西
北农林科技大学实验农场。2行区,行长1m,行
距25cm,株距6cm,随机区组设计,重复2次。
试验地肥力均匀,田间管理同大田生产。成熟后
收获脱粒晒干,称取千粒重。用游标卡尺测量粒
长、粒宽,每个株系随机测量20粒,取平均值作为
该株系的数值。
1.2.2 DNA提取
苗期取亲本和各株系叶片1g左右,采用
CTAB法[16]提取DNA。用1%的琼脂糖凝胶电
泳检测基因组 DNA 的完整性,用分光光度计
NanoDrop 2000检测DNA的浓度,稀释成50ng
·μL
-1的浓度用于PCR扩增。
1.2.3 SSR标记检测
采用BIO-RAD公司生产的PCR仪筛选多
态性引物并对特异性引物进行扩增。反应体系为
25μL,10×Buffer 2.5μL,MgCl2(25mmol·
L-1)1.8μL,dNTPs(25mmol·L
-1)0.8μL,
SSR 引 物 (10μmol·L
-1)0.3μL,Taq 酶
0.15μL,模板DNA 1.0μL,ddH2O 10.0μL,液
体石蜡油覆盖。PCR扩增程序为:94℃预变性3
min;94℃变性1min;50℃/55℃/60℃/65℃(因
引物而异)复性45s,72℃延伸1min,循环35次;
72℃延伸10min;降至10℃保存。用6%变性聚
丙烯酰胺凝胶电泳分离,银染检测,统计带型并
照相。
1.3 连锁图谱的构建
根据电泳分离的扩增产物结果,与波兰小麦
相同的带型记作A,与普通小麦品系“中13”相同
的带型记作B,缺失和其他带型记作“-”。利用
Mapmaker/EXP3.0软件构建 A 染色体组和B
染色体组的14个连锁群的遗传图谱。
1.4 QTL定位
根据构建的连锁图谱,利用 Win QTL Carto-
graph2.5软件采用复合区间作图法定位分析
QTL。当阈值(LOD)≥2.5时,认为存在 QTL,
并计算每个QTL的贡献率和效应值。鉴于本实
验所用群体为 RIL 群体,QTL 分析的软件是
Win QTL Cartograph2.5,因此,只检测加性
QTL。QTL的命名采用 McIntosh等[17]的方法,
即“Q+性状名称缩写+染色体编号+编号(如有
多个QTL)”。
2 结果与分析
2.1 亲本及重组自交系表型分析
2.1.1 亲本间的表型差异
波兰小麦和普通小麦“中13”的籽粒特性调
查结果列于表1。经过统计分析,2010和2011两
年千粒重、粒长和粒宽在亲本间均达到极显著差
异。说明两亲本的遗传基础存在较大差异,其杂
交后代可以进行数量性状的遗传分析。
2.1.2 重组自交系间的表型差异
重组自交系间籽粒特性表型差异分析见表
1。单因素方差分析结果表明,重组自交系间千粒
重两年都达到显著差异;粒长和粒宽两年均达到
极显著差异。说明99个重组自交系间在所研究
的籽粒特性上存在真实的遗传差异,可作为进一
步QTL分析的群体。由表1还可以看出,无论
是千粒重还是粒长和粒宽,2010年株系间的变异
系数较2011年小。3个性状的变化趋势一致,因
而这可能是由于年份间的气候条件影响所致。
·518·第5期       李美霞等:波兰小麦×普通小麦品系“中13”RIL群体籽粒特性的QTL定位
表1 亲本及重组自交系间籽粒特性的表型分析
Table 1 Phenotypic analysis of kernel characteristics in RIL population and their parents
性状 年份
亲本
波兰小麦 “中13” 亲本间差值 平均值
RIL群体
变化范围 标准差 变异系数/%
千粒重/g  2010  61.37  47.50 -26.71** 46.92* 33.39~56.74  5.53  11.78
2011  56.14  44.50 -5.82** 46.48* 23.26~68.54  6.72  14.46
粒长/cm  2010  10.00  6.53 -3.47** 6.51** 5.74~7.00  0.27  4.15
2011  9.96  6.84 -3.12** 6.80** 3.49~9.52  0.55  8.07
粒宽/cm  2010  2.81  3.48  0.67** 3.31** 2.83~3.82  0.20  6.04
2011  2.98  3.40 -0.43** 3.35** 1.17~4.08  0.31  9.31
  *表示P<0.05的差异显著水平;**表示P<0.01的差异极显著水平。
2.2 SSR标记连锁图谱
883对A和B染色体组上的SSR引物中,共
有335对在两个亲本波兰小麦和“中13”中表现
出多态性,多态性检出率为37.94%。利用这335
对引物进一步分析RIL群体,结果有173对引物
在群体中表现出多态性,占双亲间多态性标记的
51.64%。用 Mapmaker/EXP3.0软件将其中的
115对定位到了A和B染色体组的14条染色体
上。图谱全长822.9cM,标记间的平均遗传距离
为7.16cM,每个连锁群平均含有8.2个标记。
其中,3B染色体含标记最多,有13个标记;其次
是2A染色体,含有12个标记,1A、5B、6B染色体
含有的标记最少,都只有5个标记(图1)。
2.3 QTL定位分析
基于连锁遗传图谱,根据两年的数据检测籽
粒特性的QTL,结果见表2。共检测到12个与籽
粒特性相关的 QTL位点;其中3个与千粒重有
关的QTL,5个与粒长有关的 QTL和4个与粒
宽有关的QTL。
2.3.1 千粒重QTL
千粒重QTL分析结果见表2和图1。2010
年的试验资料检测出1个粒重QTL,位于1B染
色体Xgwm273~Xbarc81标记区间,与最近的标
记Xgwm273相距6.01cM,其加性效应值为
-2.15,可解释表型变异的14.08%,暂命名为
Qgwt1B。2011年检测出2个粒重QTL位点,都
位于2A染色体上,其中,1个位于Xgwm312~
Xbarc279标记之间,与最近的标记Xbarc279相
距3.03cM;另1个位于Xbarc279~Xgwm382
标记之间,与最近的标记 Xbarc279相距2.07
cM;2 个 QTL 的加性效应分别为 -3.01和
-3.61,分别可解释表型变异的12.53%和20.04%,
表2 复合区间作图法检测籽粒特性的QTL
Table 2 QTLs for kernel characteristics based on composite interval mapping
性状 年份 染色体 标记区间 与最近标记的距离/cM LOD值 加性效应
贡献率
/%
千粒重 2010  1B Xgwm273~Xbarc81  6.01  3.04 -2.15  14.08
2011  2A Xgwm312~Xbarc279  3.03  2.98 -3.01  13.35
2A Xbarc279~Xgwm382  2.07  3.65 -3.61  20.04
粒长 2010  2A Xbarc309~Xgwm339  0.01  2.74 -0.28  8.53
5A Xgwm595~Xgwm291  0.69  5.96 -0.14  21.03
2011  2A Xgwm339~Xgwm425  0.02  3.22 -0.27  11.15
3A Xgwm369~Xbarc86  2.05  3.25  0.17  12.77
2B Xbarc7~Xbarc35  0.96  3.83  0.36  13.25
粒宽 2010  2A Xbarc279~Xgwm382  0.01  5.10 -0.10  19.97
3B Xbarc371~Xbarc84  0.01  3.20  0.18  9.76
5B Xbarc340~Xbarc59  0.01  3.68  0.11  11.34
2011  1A Xgwm99~Xbarc17  13.19  2.50 -0.13  40.79
·618· 麦 类 作 物 学 报                  第32卷
图1 A染色体组和B染色体组的14个连锁遗传图谱及籽粒特性相关性状的QTL位点
Fig.1 Genetic linkage map of 14chromosomes in genome A and B and QTLs for kernel characteristics
暂将这2个QTL分别命名为 Qgwt2A-1和 Qg-
wt2A-2。
2.3.2 粒长QTL
两年共检测到5个粒长QTL位点(表2和图
1)。其中,2010检测出2个。1个位于2A染色
体Xbarc309~Xgwm339标记区间,与最近标记
Xbarc309相距0.01cM,加性效应值为-0.28,
对表 型 变 异 的 贡 献 率 为 8.53%,暂 命 名 为
Qgl2A-1;另外一个位于5A染色体的Xgwm595
~Xgwm291标记区间,与最近的标记Xgwm291
相距0.59cM,加性效应值为0.13,对表型变异
的贡献率为21.03%,暂命名为 Qgl5A。2011年
检测到3个粒长 QTL位点。分别位于2A染色
体Xgwm339~Xgwm425标记之间、2B染色体
·718·第5期       李美霞等:波兰小麦×普通小麦品系“中13”RIL群体籽粒特性的QTL定位
Xbarc7~Xbarc35标记之间和3A 染色体 Xg-
wm369~Xbarc86标记之间。2A染色体上的粒
长QTL与最近的标记Xgwm339相距0.02cM,
可解释表型变异的11.15%,暂命名为Qgl2A-2。
2B染色体上的粒长QTL与最近的标记Xbarc35
相距0.96,可解释表型变异的12.77%,暂命名为
Qgl2B。3A染色体上的QTL与最近的标记Xg-
wm369 相 距 2.05cM,可 解 释 表 型 变 异 的
13.25%,暂命名为 Qgl3A。3个 QTL的加性效
应值分别为-0.27、0.36和0.17。
2.3.3 粒宽QTL
2010年检测出3个与粒宽 QTL位点(表2
和图1),分别位于2A染色体的Xbarc279~Xg-
wm382、3B染色体的Xbarc371~Xbarc84和5A
染色体的Xbarc340~Xbarc59标记之间。2A染
色体上的粒宽 QTL与最近的标记Xgwm382相
距1.49cM,可解释表型变异的19.97%,暂命名
为Qgwd2A。3B染色体上的粒宽QTL与最近的
标记Xbarc84相距0.01cM,可解释表型变异的
9.76%,暂命名为 Qgwd3B。5B染色上的粒宽
QTL与最近的标记Xbarc340相距0.01cM,可
解释表型变异的11.34%,暂命名为 Qgwd5B。3
个粒宽QTL的加性效应值分别为-0.095、0.18
和0.13。
2011年检测到1个与粒宽 QTL位点,位于
1A染色体Xgwm99~Xbarc17标记之间,与最近
的标记Xbarc17相距13.19cM,加性效应值为-
0.13,可解释表型变异的40.79%,暂命名为Qg-
wd1A。
3 讨 论
本研究利用波兰小麦和普通小麦品系“中
13”杂交的F8 重组自交系群体构建小麦 A染色
体组和B染色体组的连锁遗传图谱,并且利用复
合区间作图法在两年中共检测到12个与籽粒特
性有关的 QTL位点。两年都在2A染色体上检
测到粒长QTL,尽管不在同一分子标记区间内,
却是位于标记Xgwm339的两侧,表明标记Xg-
wm339可能确实与粒长的QTL连锁。两年的研
究结果在2A染色体上共检测到2个与粒长相关
的QTL位点,2个与粒重有关的 QTL位点和1
个与粒宽有关的QTL位点,说明在2A染色体上
可能真实存在控制籽粒特性的QTL,在小麦高产
育种中2A染色体应该得到充分地重视。
本研究根据2010和2011两年的性状表现未
能检测到完全相同的籽粒特性相关 QTL。这可
能是由于两年的气候条件变化较大,来自不同亲
本的相关QTL对气候条件变化的反应不同。如
千粒重,波兰小麦2011年比2010年降低8.52%,
“中13”2011年只比2010年降低6.32%;波兰小
麦的粒长2011年比2010年略有降低,而“中13”
的粒长2011年则比2010年略有增加;两个亲本
的粒宽却表现出相反的变化。RIL群体株系间,
2011年3个性状的变异范围比2010年更广,变
异系数更大。这反映了数量性状的复杂性和容易
受环境条件影响的特性。同一群体研究其他性状
也很难在不同环境条件下检测到完全相同的
QTL[18]。
小麦数量性状分析研究中,利用不同作图群
体检测出同一性状 QTL位点不完全相同,这表
明数量性状的遗传机理是非常复杂的,与遗传背
景密切相关。周淼平等[19]检测到与千粒重相关
的5个QTLs,分别位于2A、2B、3B、4D和7A染
色体上。本研究2011年在2A染色体亦检测出2
个粒重QTL,说明在2A染色体上可能真实存在
粒重QTL位点。2010年检测到1B染色体上有
控制粒重的QTL,尚未见前人有相同的报道,或
许是波兰小麦所特有,值得进一步研究探讨。
Campbel等[6]曾在 2B 染色体上发现有粒长
QTL,本研究在2B染色体Xbarc7~Xbarc35区
间检测到粒长QTL,与前人结果相符,说明在2B
染色体上存在与粒长相关的QTL位点的可能性
很大。本研究在2A、3A和5A染色体上也检测
到控制粒长的QTL位点,尚未见前人报道,或许
是来自波兰小麦特有的控制小麦粒长的 QTL位
点。Campbel等[6]将粒宽定位在1A、2A、2B、2D
和3D染色体上,本研究在染色体1A和2A染色
体上亦检测到粒宽 QTL,与前人结果相吻合,表
明1A和2A染色体上存在控制小麦粒宽 QTL
的可能性极大。另外,本研究在3B染色体5A染
色体上也检测到控制粒宽的 QTL,尚未见到报
道,是否亦是来自波兰小麦所特有的控制粒宽的
QTL位点尚需进一步研究证实。
籽粒性状属于典型的数量性状,受环境影响
较大,育种中根据表型难以准确判断真实的基因
型。相反,利用与目标基因紧密连锁的分子标记
辅助选择,可直接选择基因型,能大大地提高选择
效率。利用连锁的分子标记选择目标性状的基因
·818· 麦 类 作 物 学 报                  第32卷
型,其可靠性也取决于分子标记与目标基因连锁
的紧密程度,连锁越紧密,选择的准确性越高。本
研究定位的1个粒长和3个粒宽QTL与其最近
的分子标记仅相距0.01cM,几乎属于共分离,
将其应用到分子标记辅助选择育种中可望收到很
好的效果。此外,本研究检测到的 1 个粒宽
QTL,对粒宽表型变异的贡献率高达40.79%,是
一个主效QTL,将其应用于籽粒形状的改良中可
能会产生较好的效果。
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·918·第5期       李美霞等:波兰小麦×普通小麦品系“中13”RIL群体籽粒特性的QTL定位