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麻风树脂肪酸去饱和酶7基因的克隆及生物信息学分析



全 文 :书王海波,郭俊云,刘 潮,等.麻风树脂肪酸去饱和酶7基因的克隆及生物信息学分析[J].江苏农业科学,2017,45(2):31-35.
doi:10.15889/j.issn.1002-1302.2017.02.008
麻风树脂肪酸去饱和酶7基因
的克隆及生物信息学分析
王海波1,2,3,郭俊云2,刘 潮1,2,3,高 永1,2,3
(1.曲靖师范学院云南高原生物资源保护与利用研究中心,云南曲靖655011;2.曲靖师范学院生物资源与食品工程学院,云南曲靖 655011;
3.云南省高校云贵高原动植物多样性及生态适应性进化重点实验室,云南曲靖655011)
  摘要:质体型ω-3(Δ15)脂肪酸去饱和酶(FAD7)是多不饱和脂肪酸合成途径中催化亚油酸(Δ9,12-C18∶2)形成
α-亚麻酸(Δ9,12,15-C18∶3,ALA)的关键酶。基于麻风树低温锻炼转录组数据,通过逆转录PCR(RT-PCR)技术克隆
到麻风树FAD7基因的全长cDNA,命名为JcFAD7。结果表明,该cDNA序列全长1796bp,完整开放阅读框1341bp,
编码446个氨基酸,理论分子量为51.1ku,等电点为8.92。序列分析表明,JcFAD7编码蛋白包含膜结合FAD蛋白的
4个跨膜区、2个膜嵌合区、1个亚铁血红素结合基序及3个组氨酸簇等特征区域。构建系统进化树显示,麻风树
JcFAD7蛋白与芍药(Paeonialactiflora)的亲缘关系最近。
  关键词:麻风树;脂肪酸去饱和酶7(FAD7);基因克隆;生物信息学分析
  中图分类号:Q785  文献标志码:A  文章编号:1002-1302(2017)02-0031-05
收稿日期:2015-11-23
基金项目:国家自然科学基金(编号:31460179)。
作者简介:王海波(1980—),男,山西长治人,博士,副教授,硕士生导
师,主要从事植物逆境分子生物学研究。Tel:(0874)8987890;
E-mail:bocai0406@163.com。
  麻风树(JatrophacurcasL.)为喜温植物,原产于热带及
亚热带地区[1-2],可形成优势种群落,现广布于25°N~25°S
之间,在我国云南、广西、四川、广东、海南等省(区)多有野生
种分布[2-3]。因其种子具有含油量高、油质好、可生产生物柴
油等优点,成为具有巨大开发潜力的能源树种。温度是影响
麻风树地域分布的主要限制因素,10℃以下低温对麻风树有
致命的伤害[4-5],可严重影响麻风树的产量、分布及其产业的
发展。因此,弄清麻风树低温冷害与抗冷性机制,进而培育抗
冷新品种,对于麻风树的基础与应用研究都有重要意义。
细胞膜的流动性和稳定性是细胞乃至整个植物体赖以生
存的基础[6],细胞膜不仅是植物低温伤害的原初部位,也是
植物细胞感受低温的首要结构元件。大量研究证实,膜系中
脂肪酸的不饱和度或膜流动性与植物抗冷性密切相关。膜脂
的不饱和脂肪酸比例越大,膜流动性越强,植物的相变温度越
低,抗冷性越强[7-8]。高等植物不饱和脂肪酸生物合成始于
质体基质中的棕榈酰 -ACP(palmitoyl-ACP,C16∶0)和硬脂
酰-ACP(stearic-ACP,C18∶0),硬脂酰 -ACP被质体中可溶
性硬脂酰-ACP去饱和酶(stearic-ACPdesaturase,简称SAD
或FAD1)催化形成油酰 -ACP(oleic-ACP,Δ9-C18∶1)
[9]。
棕榈酰-ACP与油酰 -ACP随后继续在质体内或被运往内
质网形成甘油酯,而棕榈酰 -ACP被定位于质体膜上的棕榈
酰-ACP去饱和酶(palmitoyl-ACPdesaturase,简称 FAD4或
FAD5,属ω-6系列的膜整合蛋白)催化形成棕榈油酰-ACP
(palmitoleoyl-ACP,Δ9-C16∶1)。单不饱和脂肪酸(monoun
saturatedfatyacid,简称MUFA)分别由与内质网或质体膜结
合的ω-6(Δ12)、ω-3(Δ15)脂肪酸去饱和酶(fatyaciddesat
urase,简称FAD)作用进一步去饱和,生成多不饱和脂肪酸
(polyunsaturatedfatyacid,简称PUFA)的甘油酯[10]。催化多
不饱和脂肪酸生成的脂肪酸去饱和酶主要有 5种:FAD2、
FAD3、FAD6、FAD7和FAD8,它们都属于膜整合蛋白(FAD2、
FAD3定位于内质网膜,FAD6、FAD7和 FAD8定位于质体
膜),可分为ω-6型(也称为 Δ12型)(包括 FAD2、FAD6)、
ω-3型(也称为 Δ15型)(包括 FAD3、FAD7、FAD8)两大
类[11-12]。FAD7以NADPH-铁氧还蛋白为电子供体,催化亚
油酸(Δ9,12 -C18∶2)形成 α-亚麻酸(Δ
9,12,15 -C18∶3,简称
ALA)[13]。本研究利用GenBank中麻风树低温锻炼转录组数
据[14-15],筛选并克隆到麻风树 FAD7基因(JcFAD7),并对其
进行生物信息学分析,为进一步研究 JcFAD7基因的结构与
功能及该基因在麻风树三烯脂肪酸形成中的作用奠定基础。
1 材料与方法
1.1 材料与处理
供试麻风树种子采自云南省楚雄州元谋县。选取饱满的
麻风树种子,先用1.5% CuSO4消毒20min,再用无菌水漂洗
5次,于26℃恒温培养箱中吸涨24h[16]。将吸涨的种子在无
菌水中漂洗3次,播于垫有5层用无菌水湿润的滤纸的白瓷
盘(24cm×16cm)中,于相对湿度75%、昼—夜温度26℃—
20℃、光—暗周期16h—8h的恒温培养箱中萌发5d。之后
将发芽的种子播于消毒的培养土中并于同样恒温培养箱中培
养15d至第2张真叶展开。取第2张真叶材料,液氮速冻后
置于-80℃冰箱中用于RNA的提取。
1.2 菌株与主要试剂
大肠杆菌Trans1-T1(DH5α)菌株,由笔者所在实验室
保存;TransZolUp、DNaseI、TransStartTaqDNA聚合酶、氨苄
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网络出版时间:2017-02-16 16:13:19
网络出版地址:http://www.cnki.net/kcms/detail/32.1214.S.20170216.1613.205.html
青霉素(Amp)、5-溴-4-氯 -3-吲哚 -β-D-半乳糖苷
(X-gal)、异丙基硫代半乳糖苷(IPTG)、2×EasyTaqPCRSu
perMix(+dye,即已加6×loadingbufer,PCR产物可直接上样
电泳)、TransScriptTwo-StepRT-PCRSuperMix、EasyPure
QuickGelExtractionKit、EasyPurePlasmidMiniPrepKit、
pEASY-T1CloningKit、Trans2KPlusIDNAMarker,购自北
京全式金生物技术有限公司;引物合成和测序由深圳华大基
因有限公司完成。
1.3 试验方法
1.3.1 总RNA的提取及第1链cDNA的合成 取0.2g麻风
树叶片材料,按照王海波等的方法[13],利用 TransZolUp试剂
提取并纯化总RNA。以AnchoredOligo(dT)18为逆转录引物,
利用TransScriptTwo-StepRT-PCRSuperMix合成第1链cDNA。
1.3.2 麻风树JcFAD7基因全长cDNA的克隆 以与麻风树
同科的植物蓖麻(Ricinuscommunis)FAD7全长 mRNA序列
(L25897.1)为种子序列,对GenBank中麻风树低温锻炼转录
组数据(GenBank登录号:GAHK00000000.1)的 45171条
Unigenes序列进行本地BLAST,得到麻风树JcFAD7基因的序
列 CL1490.Contig2_JC-CK_1A(GAHK01004476.1,
2035bp)。分析表明,该序列包含全长开放阅读框(ORF)
(1341bp)。以此序列为基础设计全长 cDNA克隆引物,并
送深圳华大基因有限公司合成。引物序列:上游 F,5′-CTA
CAGACGATAGAGAAC-3′;下游 R,5′-GAACAAATGATAG
GATAC-3′。以“1.3.1”节中的反转录 cDNA为模板,使用
TransStartTaqDNA聚合酶进行 PCR扩增,扩增条件:94℃
5min→(94℃ 30s,48.8℃ 30s,72℃ 1.5min,35个循
环)→72℃ 20min。扩增完成后用1%琼脂糖凝胶电泳检测
PCR产物,利用EasyPureQuickGelExtractionKit从琼脂糖凝
胶中回收目的基因片段(1796bp),并与克隆载体 pEASY-
T1连接,转化大肠杆菌 Trans1-T1感受态细胞,涂 LB抗性
平板(LB-Amp++IPTG+X-gal),过夜生长,挑取白斑菌落
进行菌落PCR鉴定。阳性克隆取名为pEASY-T1-JcFAD7,
并送深圳华大基因有限公司,利用 pEASY-T1质粒上的
M13F、M13R通用引物进行双向测序。
1.3.3 麻风树 JcFAD7基因的生物信息学分析 利用
BioEdit软件将JcFAD7cDNA序列翻译成氨基酸序列,利用在
线工具ProtParam计算蛋白质的理论分子量、等电点等基本参
数。利用在线工具 TMHMM与 Proscale检测其跨膜结构与
亲/疏水特性。从GenBank下载其他物种FAD7氨基酸序列,
利用ClustalX进行序列相似性比对,然后用 MEGA软件通过
邻接法(neighbour-joining,简称NJ)构建系统进化树,并采用
自展法(Bootstrapmethod)进行检验。
2 结果与分析
2.1 麻风树JcFAD7基因全长cDNA的克隆
以麻风树叶片cDNA为模板,扩增JcFAD7基因cDNA的
全长序列,结果表明,扩增得到的产物长度约1.8kbp(图1-
A)。将目的条带切胶回收后与T/A克隆载体pEASY-T1连
接,转化大肠杆菌,通过菌落 PCR验证阳性克隆(图1-B)。
挑取阳性克隆过夜摇菌,并用M13通用引物进行测序。
2.2 麻风树JcFAD7基因的生物信息学分析
经测序分析,本研究克隆的麻风树JcFAD7基因的 cDNA
序列全长1796bp,包含1个完整的开放阅读框(1341bp),
编码446个氨基酸(图2)。将 JcFAD7编码框与其基因组序
列进行比对,发现JcFAD7基因包含8个外显子、7个内含子。
ProtParam分析结果显示,JcFAD7编码的蛋白质分子量为
51.1ku,理论等电点为8.92。TMHMM与Proscale分析表明,
JcFAD7蛋白存在6段明显的疏水区域,与4段跨膜 α-螺旋
区、2段膜嵌合α-螺旋区相对应(图3)。另外研究表明,该
蛋白质在 N端、C端都不含信号肽,但 N端存在1个亚铁血
红素结合基序。
  将克隆的麻风树 JcFAD7基因翻译的氨基酸序列与
GenBank下载的其他高等植物的 FAD7进行序列相似性比
对,用邻接法构建系统进化树(图4)。FAD7蛋白的物种名称
及GenBank登录号:拟南芥(Arabidopsisthaliana),NM_111953.2;
垂枝桦(Betulapendula),AY135565.1;二穗短柄草(Brachypo
diumdistachyon),XM_003558109.2;欧洲油菜(Brasicana
pus),FJ985690.1;亚麻荠(Camelinasativa),XM_010466516.
1;茶(Cameliasinensis),KC847167.1;黄瓜(Cucumissativus),
NM_001287475.1;播娘蒿(Descurainiasophia),EF105163.1;
油棕(Elaeisguineensis),XM_010939556.1;美洲油棕(Elaeis
oleifera),EU057620.1;猴面花(Erythranthegutata),XM_
012994633.1;巨尾桉(Eucalyptusgrandis),XM_010032901.1;
大豆(Glycinemax),GQ144962.1;野大豆(Glycinesoja),
L22965.1;草棉(Gosypiumherbaceum),KF460118.1;陆地棉
(Gosypiumhirsutum),KF460144.1;雷蒙德氏棉(Gosypium
—23— 江苏农业科学 2017年第45卷第2期
raimondi),NM_001309351.1;向日葵(Helianthusannuus),
AY254858.1;苹果(Malusdomestica),NM_001293987.1;蒺藜
苜蓿(Medicagotruncatula),XM_003604610.1;川桑(Morusno
tabilis),XM_010103126.1;莲 (Nelumbonucifera),XM_
010266313.1;美花烟草(Nicotianasylvestris),XM_009799172.
1;烟草(Nicotianatabacum),D79979.1;茸毛烟草(Nicotiana
tomentosiformis),XM_009596074.1;橄榄(Oleaeuropaea),
DQ788674.1;芍药(Paeonialactiflora),KP271031.1;胡杨
(Populuseuphratica),XM_011006458.1;马齿苋(Portulacaol
eracea),DQ991249.1;蓖麻(Ricinuscommunis),L25897.1;芝
麻(Sesamum indicum),U25817.1;油桐(Verniciafordi),
AF200717.1;豇豆(Vignaunguiculata),EU180596.1;葡萄(Vi
tisvinifera),XM_002273738.2;玉米 (Zeamays),NM_
001279611.1;麻风树(Jatrophacurcas,登录号暂缺)。结果显
示,单子叶植物如二穗短柄草与双子叶植物明显聚类为2支,
说明两者的FAD7基因在进化上亲缘关系较远。在双子叶植
物中,不同科的植物分别聚类为单独1支,如豆科(Legumino
sae)的大豆、蒺藜苜蓿等,茄科(Solanaceae)的烟草、美花烟草
等,大戟科(Euphorbiaceae)的油桐、蓖麻等,十字花科(Brassi
caceae)的拟南芥、油菜、播娘蒿等。大戟科的麻风树未与近
科物种蓖麻聚类在一起,而与芍药的亲缘关系更近,序列相似
性为74.6%。
—33—江苏农业科学 2017年第45卷第2期
3 讨论
决定高等植物抗冷性强弱的主要是三烯脂肪酸(简称
TA,即C18∶3、C16∶3)的含量。目前,催化三烯脂肪酸合成的关
键ω-3去饱和酶FAD3、FAD7、FAD8的研究也在逐渐深入。
根据电子供体不同可将 ω-3脂肪酸去饱和酶分为2类:一
类为FAD3,定位于植物细胞的内质网,以细胞色素 b为电子
供体,作用于磷脂酰甘油(PG)或其他磷脂;另一类为 FAD7、
FAD8,定位于植物细胞的质体,以铁氧还蛋白为电子供体,作
用于磷脂酰甘油、硫脂和半乳糖脂。FAD3、FAD7、FAD8都具
有相似的蛋白序列结构特征,氨基端与羧基端位于膜的外侧,
保守性低,中间部位相对保守,包含4个跨膜区域及2段膜嵌
合区,在细胞质一侧存在 3个极度保守的组氨酸簇(HX3/4
HH、HX2/3HH、HX2/3HH)与 Fe
2+形成酶的催化活性中心[17]
(图5)。
  FAD3基因编码内质网型ω-3脂肪酸去饱和酶,负责质
体内膜膜脂之外所有不饱和甘油酯的合成。目前已经从拟南
芥、油菜、大豆、红花菜豆(PhaseoluseoccineusL.)、芝麻、甘蓝
(Brasicaoleracea)、亚麻(Linumusitatisimum)、菠菜(Spinacia
oleracea)、番茄(Lycopersiconesculentum)、欧洲白桦(Betula
pendulaRot)、白苏[Perilafrutescens(L.)Brit]、紫苏[Perila
frutescens(L.)Briton.]、云杉(PiceaasperataMast)、油桐
[Verniciafordi(Hemsl.)AiryShaw]、野毛豆(Glycinesoja
Sieb.EtZucc.)、挪威云杉[Piceaabies(L.)Karst.]、麻风树
(JatrophacurcasL.)、油橄榄等植物中分离到 FAD3基因。
Kodama等研究表明,随着温度的降低,植物体内FAD3mRNA
含量增加,进而亚麻酸的比例提高,而且 FAD3基因的响应可
能依赖于翻译后水平的调控,涉及蛋白质的磷酸化共价修饰
调节作用[18]。Yu等在番茄中过表达FAD3基因,经过4℃低
温处理后,转基因番茄叶片中亚麻酸含量增加,植株地上部分
生物量高于对照植株,叶片中叶绿体膜系统超微结构和所有
亚细胞器的完整性均高于对照植株[19]。FAD7、FAD8为
FAD3的质体型同工酶。FAD7基因的表达不受温度的调控,
—43— 江苏农业科学 2017年第45卷第2期
而FAD8基因则属于温度敏感型表达,在转录、转录后水平都
受到调控,而酶活性的调控区域主要在 FAD8的羧基末端。
目前 已 从 拟 南 芥、油 菜、甘 蓝、向 日 葵、玉 米、欧 芹
(Petroselinumcrispum)、蓖麻、白桦(BetulaplatyphylaSuk.)、
新疆野苹果[Malussieversi(Ledeb.)Roem.]、大豆、芥菜、莱
茵衣藻(ChlamydomonasreinhardtiD.)、播娘蒿、黄瓜、洋桔梗
(EustomagrandiflorumShinn.)、芝麻、仙客来(Cyclamenpersi
cumMil.)等植物中分离到FAD7基因。Kodama等将从拟南
芥中克隆的叶绿体ω-3脂肪酸去饱和酶基因(FAD7基因)
导入烟草中进行表达,发现转基因烟草中十六碳三烯酸、十八
碳三烯酸含量提高,其前体物质含量相应减少,在1℃低温下
表现出明显的抗寒性。表明FAD7基因在叶绿体中主要负责
叶组织中三烯脂肪酸的形成,同时也有力地证明了三烯脂肪
酸水平的提高对植物耐寒性有非常重要的作用[20],这与
Dominguez等研究发现转 FAD7基因番茄植株的抗寒性提高
的结果一致[21]。1994年,Gibson等首次分离到 FAD8基因,
并进一步分析了 FAD8、FAD7基因的结构和功能特点,结果
表明,与其他已知去饱和酶基因及 FAD7相比,在正常条件
下,FAD8mRNA表达水平较稳定,但在低温条件下,其表达水
平会显著升高,证明FAD8基因属于低温诱导基因,与植物的
抗冷性直接相关[22]。目前,已经从拟南芥、玉米、籼稻(Oryza
sativaL.ssp.indicaKato)、白桦、豇豆、油菜、马齿苋、播娘蒿
等植物中分离到FAD8基因。Wang等将FAD8基因在水稻中
过表达,发现转基因品系中十六碳三烯脂肪酸和亚麻酸含量
均增加,2℃处理7d后,转基因植株受损伤程度明显低于对
照植株[23]。
研究发现,植物组织中不饱和脂肪酸含量一般占脂肪酸
总量的75%以上,而植物组织的不饱和脂肪酸组成在很大程
度上受脂肪酸去饱和酶种类和数量的调控,深入了解脂肪酸
去饱和酶的种类、数量及其编码基因的各种性质对于定向改
变植物的脂肪酸组成具有重要的理论和实际意义。本研究首
次克隆到能源植物麻风树的 FAD7基因,该基因为控制 α-
亚麻酸系列多不饱和脂肪酸合成的关键酶基因,深入研究该
基因的结构特征、表达方式对于阐明麻风树不饱和脂肪酸与
抗冷性的关系具有较好的指导作用。
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