全 文 ：第 34卷 第 2期 生 态 科 学 34(2): 915
2015 年 3 月 Ecological Science Mar. 2015

收稿日期: 2014-07-17 修订日期: 2014-10-02
基金项目: 国家自然科学基金项目(30970467)
作者简介: 谢理丽(1991—), 女, 汉族, 硕士生, 从事浮游动物生态学研究, E-mail: yilanyouyue2013@163.com
*通信作者: 韩博平，E-mail: tbphan@jnu.edu.cn

谢理丽, 徐磊, 任晶晶, 等. 盔型溞(Daphnia galeata)四个地理种群遗传多样性及分化的 RADP分析[J]. 生态科学, 2015, 34(2):
915.
XIE Lili, XU Lei, REN Jinjin, et al. Genetic diversity and differentiation of four populations of Daphnia galeata by RAPD[J].
Ecological Science, 2015, 34(2): 915.

盔型溞(Daphnia galeata)四个地理种群遗传多样性
及分化的 RADP分析
谢理丽, 徐磊, 任晶晶, 徐少林, 韩博平*
暨南大学生态学系/水生生物研究中心, 广州 510632

【摘要】 利用 RAPD技术对采自云南和广东省的盔形溞的四个不同地理种群(拉市海、程海、洱海和流溪河水库)遗传
多样性进行了分析。从 20条寡聚核苷酸中筛选出了 12条扩增产物稳定的随机引物。在 4个群体 180 个个体中共检测
到 72 个可重复位点, 其中多态位点 65个, 多态率超过 90%。四个种群的遗传多样性指数(Shannon 指数)介于 0.405—
0.440 之间, 其中以流溪河水库群体遗传多样性最高, 拉市海群体遗传多样性最低。四个不同地理的盔形溞种群间的遗
传分化系数 Gst 为 0.23。分子方差分析(AMOVA)表明, 四个地理种群内的分子变异为 71%, 种群之间为 29%, 说明 4
个地理种群之间的遗传分化水平较高; 云南三个种群内变异为 70%, 种群之间的变异为 30%, 说明距离较近云南省内
的 3个湖泊种群内存在较大的遗传变异, 以上分子方差分析中 P 值为 0.001, 表明差异极显著(P<0.01)。Jaccard 距离和
Nei’s 无偏遗传距离分析显示 , 地理距离最近的程海种群(CH)与拉市海种群(LS)并未首先聚在一起 , 而是与洱海种群
(EH)聚在一起, 之后与地理距离最远的流溪河种群(LX)相聚; 种群分化与距离之间的弱相关性支持资源垄断假说。

关键词：盔形溞; 遗传多样性; 种群分化; RAPD分析
doi:10.3969/j.issn. 1008-8873.2015.02.002 中图分类号：X55 文献标识码：A 文章编号：1008-8873(2015)02-009-07
Genetic diversity and differentiation of four populations of Daphnia galeata
by RAPD
XIE Lili, XU Lei, REN Jinjin, XU shaolin, HAN Boping
Department of Ecology and Institute of Hydrobiology, Guangzhou 510632, China
Abstract: RAPD markers were used to explore the genetic diversity of four local populations of Daphnia galeata from two
provinces: Lake Lashihai(LS), Lake Erhai(EH), Lake Chenghai(CH) in Yunnan (subtropical highland) and Liuxihe Reservoir
(LXH) in Guangdong (subtropical lowland). In RAPD reaction, 12 primers were selected from 20 random primers, which
produced polymorphic, clear and stable bands. 72 clearly identifiable loci were detected from 180 individuals of the four
local populations, among which 65 loci were polymorphic, and the percentage of polymorphic loci was higher than 90%. The
total genetic diversity measured in Shannon index was 0.424 in the four populations, and the genetic diversity within
populations was 0.3125. The coefficient of genetic differentiation was 0.23. Based on the distance between haploid type,
AMOVA analysis showed the molecular variation 71% within the four populations and 29% among the populations. When
excluding the population from Lixihe Reservoir, the molecular variation became 70% and 30% within and among the three
local populations from Yunnan. As for the AMOVA analysis above, the P value is 0.001, which means the difference is
significant at the 0.01 level. This result indicates the high differentiation within and among the local populations. The Mantel
10 生 态 科 学 34卷

analysis showed that there is no correlation between Jaccard distance or Nei’s unbiased genetic distance with geographical
distance, indicating the geographical distance is not the main factor explaining the existing differentiation. Our data support
monopolization hypothesis in freshwater zooplanktons.
Key words: Daphnia galeata; genetic diversity; population differentiation; RAPD
1 前言
枝角类是指节肢动物门, 甲壳超纲, 瓣鳃纲,
枝角超目(Cladocera)和薄皮溞超目(Leptodorida)的
动物, 包括栉足目(Ctenopoda), 异足目(Anomopoda),
钩足目(Onychopoda)和单足目(Haplopoda)[1]。枝角
类中的溞属种类具有分布广, 滤食能力强和个体相
对较大等特点[2–4], 具有较强的生态功能, 是生态学
和生物进化研究的重要对象和模式生物。在正常环
境条件下, 溞属枝角类以孤雌生殖为主, 雌体所产
的孤雌生殖卵, 经过很短的时间就形成幼溞, 幼溞
发育到一定程度随母体脱壳时离开母体, 营独立生
活。在环境条件发生变化(如极端温度、干旱、缺氧
等)时, 孤雌生殖卵会发育成雄体, 与雌体交配, 进
行有性生殖, 从而产生有性生殖卵(即休眠卵)。休眠
卵外部还有一层由几丁质和角质组成的卵鞍
(ephippium)包被, 卵鞍的几丁质外壳和尾刺、背缘
的刺、突起[5–6]等这些结构为溞属种类通过风力、水
流、动物以及人类活动为媒介的远距离扩散成为广
布种(cosmopolitan)提供了可能[7]。Michels 等人发现
Daphnia ambigua 的遗传距离与水系及河流分支间
的距离间的相关性比与地理距离间的相关性更高,
认为 Daphnia ambigua 主要是靠水流传播的 [8]。
Mellors 报道了溞属一些种类的休眠卵停留在鱼类
的肠道中, 跟随鱼类迁徙回到上游水体, 而这些休
眠卵被鱼类排出后仍然具有萌发活性[9]。休眠卵产
生后随水流风浪影响, 漂浮到沿岸带, 并通过卵鞍
上的结构附着于鸟类和水生哺乳动物的皮毛上进行
远距离传播[10]。Figuerola等人结合遗传数据(线粒体
DNA、微卫星, 等位酶)与地理距离研究发现, 分布
于美国和加拿大地区 Daphnia ambigua 和 Daphnia
laevis的遗传距离与鸟类的迁徙路线距离相关[11]。
溞属枝角类拥有极强的被动扩散能力, 通常被
认为它们不同的种群间个体交流频繁和较强的基因
流, 从而使得地区内种群间的遗传结构趋于均一
化。但有不少研究显示, 溞属枝角类在小尺度的地
理范围内, 种群间的基因流有限, 种群遗传结构存
在较大差异[12–14]。De Meester等人通过综述枝角类
的研究, 发现具有强扩散能力的枝角类并未形成有
效的基因流, 地理距离较近的种群间通常存在较高
的遗传差异, 并将这一矛盾归结为由枝角类的局部
适应(local adaption)与卵库持续的奠基者效应(founder
effects)引起的 , 提出了资源垄断假说(monopoliza-
tion hypothesis)来解释近距离种群间的遗传差异[15]。
我国云南气候独特, 平均海拔为 2400 m, 拥有众
多高原湖泊[16], 溞属种类较多, 成为研究这些种类
的种群遗传分化的理想生境。本文以我国广泛分布
的大型枝角类盔型溞(Daphnia galeata)为对象, 对云
南的三个高原湖泊进行种群采集, 同以广东省流溪
河水库中的盔型溞种群为比较对象, 采用 RAPD 分
析了种群遗传多样性, 为了解盔型溞种群遗传结构
和可能的分化提供基础数据。
2 材料与方法
2.1 样品采集
分别于 2008年 11月和 2009年 5月从云南 3个
湖泊和广州流溪河水库中采集了盔形溞的 4 个地理
种群, 用 95％乙醇中固定保存。然后在解剖镜下每
个种群随即挑出 45个个体, 共 180个个体(具体采集
地点的信息见表 1和图 1)。
2.2 DNA提取
DNA的提取参考Xu等的方法[17]: 1) 在 1.5 mL
离心管中加入 200 μL核裂解液和 3 μL的蛋白酶 K
待用, 然后在剖镜下挑取实验用的盔形溞, 用去离
子水清洗2遍, 放入离心管中, 并在55 ℃水浴过夜;
2) 加入等体积的氯仿: 异戊醇(24: 1)抽提 5 min,
10000 rpm离心 10 min取上清; 3) 将上清移至新离
心管中, 加 3 μL玻璃乳和 400 μL的 Binding buffer,
颠倒混匀, 10000 rpm离心 1 min, 去上清; 4) 加
300 μL的Washing buffer, 10000 rpm离心 1 min, 去
上清, 室温干燥(很重要); 5)加 20 μL的Elution buffer,
4 ℃过夜。6)涡旋 10000 rpm 离心 1 min, 取上清
–20℃保存。

2期 谢理丽, 等. 盔型溞(Daphnia galeata)四个地理种群遗传多样性及分化的 RADP分析 11

表 1 四个水体的库容、水深和气温
Tab. 1 The basic parameters of 4 water bodies
水体 经纬度 最大库容 /m3
平均水深
/m
全年平均气温度
/℃
最低月平均气温
/℃
最高月平均气温
/℃
拉市海 26°52′N, 100°07′E 1.84×10
7 4.5 11.8 3.9 18
程海 26°49′5″N 100°69′1″E 19.8×10
8 26.5 19.4 8.2 29.7
洱海 25°80′N 100°19′E 2.88×10
9 11.2 14.6 8.5 20.0
流溪河 23°76′5″N 113°79′5″E 3.25×10
8 21.3 20.0 13.0 30.0

图 1 广东省和云南省地理位置(左)以及云南省 3个湖泊地理位置(右)
Fig. 1 Location of Guangdong Province and Yunnan Province (left), and location of three lakes in Yunnan Province(right)
2.3 RAPD反应与检测
RAPD-PCR反应体系为 30μl, 其中: 模板 DNA
4 μL, 引物 2 μL, 10x buffer 3 μL, BSA, 1.2 μL,
dNTP 1.2 μL, Taq酶 0.5 μL, ddH2O18.1 μL。
RAPD-PCR 循环条件: 循环参数设置为 94 ℃预
变性 5 min; 94℃变性 1 min, 36℃复性 1 min, 72 ℃延
伸 2 min, 进行 40个循环; 末次循环 72 ℃延伸 7 min。
PCR产物检测: PCR扩增反应结束后, 取 6 μL
扩增产物, 加 1 μL的 10x loading buffer, 用 1.0%琼
脂糖凝胶(含 0.5 μg·mL–1溴化乙锭, EB)在 1×TAE缓
冲液(含 40 mM Tris-Ac, 2 mM EDTA)中室温下 90 V
电泳 50 min。紫外灯下观察条带情况, 并用凝胶成
像系统拍照保存结果。每次电泳均以M-2000 marker
作为DNA分子量标准参照物, 判断扩增产物各条带
分子量的大小。
2.4 RAPD数据统计与分析
每个样品的扩增情况按扩增带的有或无作记
录, 有扩增带的记为 1, 无扩增带的记为 0, 列出 0、
1 矩阵, 用于统计分析。每条扩增带看作为一个位
点, 统计扩增总位点数、多态位点数以及多态位点
比例数。
等位基因频率、多态位点百分比、期望杂合度、
有效等位基因数目, Shannon多样性指数等指数均在
POPGEN[18]中计算。种群间遗传差异采用 Nei’s无偏
遗传距离和遗传一致度衡量, 并利用 GENALEX[19]
中进行 AMOVA 分析。分别利用 vegan 软件包在 R
程序中对 RAPD原始矩阵进行 Jaccard距离分析[20],
以及MEGA5.0[21]对 Nei’s无偏遗传距离进行种群间
的非加权算术平均聚类方法(UPGMA)聚类分析了
解四个种群的分化, 利用 R 程序的 vegan 软件包对
遗传距离与空间距离关系进行Mantel检验。
3 结果分析
3.1 RAPD多样性分析
从 20 个引物中筛选出 12个扩增稳定、重复性
强的引物, 对盔形溞四个群体进行 RAPD 扩增, 扩
增结果列于下表 2。不同引物得到的扩增片段数和
所揭示的多态性不同(表 2)。12种扩增引物在四个群
体(180个个体)中 72个位点, 其中 65个位点是多态
性的, 群体中多态位点比率(P)为 90.28%。
12 生 态 科 学 34卷

表 2 盔形溞分析引物序列及扩增谱带
Tab. 2 The primer sequences and amplified bands of Daphnia galeata
拉市海 洱海 程海 流溪河水库
引物 序列
多态位点 比率 多态位点 比率 多态位点 比率 多态位点 比率
总位点数
S51 AGCGCCATTG 9 1 8 0.8889 8 0.8 8 0.8889 9
S183 CAGAGGTCCC 6 0.75 4 0.5 4 0.5 8 1 8
S234 AGATCCCGCC 9 1 8 0.8889 8 0.8889 8 0.8889 9
S301 CTGGGCACGA 6 1 6 1 5 0.8333 5 0.8333 6
S1107 AACCGCGGCA 5 1 5 1 5 1 5 1 5
S1159 GTTCTCGGAC 5 1 4 0.8 5 1 5 1 5
S1239 TGACAGCCCC 6 1 6 1 6 1 5 0.8333 6
S1304 AGGAGCGACA 6 1 6 1 6 1 6 1 6
S1330 CCAGGCTGAC 4 1 4 1 4 1 4 1 4
S1355 CCAAGAGGCA 4 1 4 1 4 1 4 1 4
S1357 GGTGATTCGG 4 1 4 1 4 1 4 1 4
S1391 ACCCGACCTG 6 1 6 1 6 1 6 1 6

3.2 遗传分化和遗传距离
多态位点分析表明(表 3), 4 个地理种群的多态
位点百分率分别为 : 拉市海种群 87.50%, 洱海
79.17%, 程海种群 73.61%, 流溪河种群 81.94%。
Shannon多样性指数为 0.405—0.440。四个群体的
种群内遗传多样性以流溪河种群最高, 拉市海种
群最低。
通过 12 种引物检测到的表型频率来计算盔形
溞各群体的遗传多样性参数、整个群体的遗传多样
性参数以及遗传多样性在群体内和群体间的分布见
表 4。整个盔形溞平均总基因多样性(Ht)为 0.424, 群
体内遗传多样性指数(Hs)为 0.3125 (表 4)。由 Nei氏
指数按不同引物得出的种群内遗传多样性比例差异
很显著, 最低的为 54.88%(引物 S1357), 最高的为
91.76%(引物 S1355)。平均种群内遗传多样性指数为
77.02%。根据总的遗传多样性和种群内遗传多样性
计算不同种群间的遗传分化系数(Gst)为 0.23, 表明
有 23%的遗传变异存在于群体间, 77%的遗传变异
存在于群体内。

表 3 4个盔形溞群体的遗传多样性
Tab. 3 Genetic diversity of four Daphnia galeata populations
种群名称 样本数 多态位点个数 PPB/% H0
拉市海 45 63 87.50 0.405
洱海 45 57 79.17 0.423
程海 45 53 73.61 0.427
流溪河水库 45 59 81.94 0.440
表 4 由 Nei氏指数估计的种群内基因多样性及遗传分化
Tab. 4 The genetic diversity and genetic differentiation in
the four populations
引物
种群内基
因多样性
(Hs)
总基因多
样性(Ht)
种群内基因
多样性比率
(Hs/Ht)
遗传分化
系数(Gst)
S51 0.2724 0.3201 0.8510 0.1490
S183 0.2092 0.3293 0.6353 0.3647
S234 0.3424 0.4455 0.7686 0.2314
S301 0.2732 0.3263 0.8373 0.1627
S1107 0.3964 0.4716 0.8405 0.1595
S1159 0.3301 0.4237 0.7791 0.2209
S1239 0.2867 0.4626 0.6198 0.3802
S1304 0.3235 0.4123 0.7846 0.2154
S1330 0.3567 0.4372 0.8159 0.1841
S1355 0.3978 0.4335 0.9176 0.0824
S1357 0.2248 0.4096 0.5488 0.4512
S1391 0.3378 0.4001 0.8443 0.1557
平均 0.3125 0.4240 0.7702 0.2298

根据 12 种引物的扩增带图谱进行统计分析,
并计算出 4 个群体间的遗传相似性指数和遗传距
离(表 5)。基于 Nei 氏遗传距离大小, 由遗传距离
采用非加权的组平均法(UPGMA)进行盔形溞四个
群体的聚类分析, 利用 MEGA5.0构建了分子系统
树(图 3)。
利用 vegan软件包在 R程序中对 RAPD原始矩
阵进行 Jaccard 距离分析得到 Jaccard 距离矩阵的排
序(图 4)。Jaccard 距离和 Nei’s 无偏遗传距离分析
2期 谢理丽, 等. 盔型溞(Daphnia galeata)四个地理种群遗传多样性及分化的 RADP分析 13

表 5 个盔形溞地理种群间的遗传相似度(上三角)和遗传距
离指数(下三角)
Tab. 5 Genetic identity (above diagonal) and genetic dis-
tance (below diagonal) of four Daphnia galeata populations
种群 拉市海 洱海 程海 流溪河
拉市海 - 0.7834 0.8209 0.8083
洱海 0.2442 - 0.8728 0.8306
程海 0.1973 0.1360 - 0.8284
流溪河 0.2128 0.1856 0.1882 -

图 3 四个盔形溞种群的聚类分组
Fig. 3 The cluster of 4 Daphnia galeata populations

图 4 基于 Jaccard距离矩阵的主成份排序, 4个形图对应于
4 个种群: 方形为 Lake Lashihai(LS), 小圆点为 Liuxihe
Reservoir (LXH); 三角为 Lake Erhai(EH), 加号为 Lake
Chenghai(CH)
Fig. 4 PCA ordination based on Jaccard distance matrix,
square for Lake Lashihai(LS) population, small circle for
Liuxihe Reservoir (LXH); trigular for Lake Erhai(EH), plus
for Lake Chenghai(CH).
显示, 地理距离最近的程海种群(CH)与拉市海种群
(LS)并未首先聚在一起, 而是与洱海种群(EH)聚在
一起, 之后与地理距离最远的流溪河种群(LX)相聚;
Nei’s 无偏遗传距离与地理距离的 Mantel 检验的 P
值为 0.36。
AMOVA 分析结果显示(表 5), 种群内的遗传变
异较大, 占总变异的 71%, 种群间存在一定的遗传
变异(29%), 差异极显著(P=0.001)。
表 5 盔形溞四个群体 RAPD数据的 AMOVA 分析结果
Tab. 5 AMOVA analysis of RAPD data from four
populations in Daphnia galeata
来源 df SS MS Est. Var. % P
种群间 3 564.744 188.248 3.967 29% 0.001
种群内 176 1715.244 9.746 9.746 71%
总变异 179 2279.989 13.712 100%
4 讨论
4.1 盔形溞群体的遗传多样性
De Meester 等综述了大量周期性孤雌生殖浮游
动物遗传结构变化的研究, 将影响遗传结构的关键
因素归纳: 休眠卵库的大小(卵库的补充)、生长季节
的时长(遗传漂变)和选择压力的强度(选择压力)[22]。
他们认为在天然水体中(包括永久性水体与临时性
水体), 生长季节初期, 由越冬种群和休眠种群补充
的个体携带的遗传多样性构成了枝角类种群生长初
期的总遗传多样性, 随着生长季节的延续, 基因型
通过枝角类的孤雌生殖方式固定在某一克隆系中,
在选择压力与遗传漂变的共同作用下, 随着克隆系
的消亡, 种群内遗传多样性在下降, 直到下一个生
长季节的开始, 卵库中的遗传多样性再度对现生种
群进行补充。云南高原湖泊采样时间为 11月, 接近
种群生长季节末期, 克隆侵蚀(erosion)时间较长; 而
流溪河水库采样时间为 5 月, 为种群生长初期, 克
隆侵蚀时间较短, 这也可能是流溪河种群的遗传
多样性较高的原因之一。因此, 采样的时间会影响
数据和结果, 需要今后的采样中考虑这种季节性
差异。
在 4 个盔形溞地理种群中, 拉市海的遗传多样
性最低(0.405), 程海和洱海接近, 而广东省流溪河
遗传多样性最高(0.440)。拉市海遗传多样性最低, 可
能由于拉市海为湿地 , 水容量仅为 3.80×106—
18.40×106 m3, 远远小于其他3个湖泊或水库的容量,
其平均水深在 2.5—4.5 m, 生境相对单一, 有利于单
一的盔型溞种群占优势, 从而导致所采集的种群个
体主要来自单个遗传种群。程海和洱海, 与拉市海
地理距离较近, 气候也很接近, 但遗传多样性较拉
市海高。这可能与程海成湖历史与地理位置有关。
由于流域水位下降, 海口河断流, 程海逐渐演变为
内陆封闭湖泊, 正处于水体逐步向富营养化的转变
阶段[23], 因此水质的季节性变化较大, 能为多个遗
传种群的共存或季节性替代提供了条件, 从而有利
14 生 态 科 学 34卷

于该水体累积较高的遗传多样性。程海平均水深
26.5 m, 有多种水生高等植物覆盖[24], 为盔型溞提
供了逃避鱼类捕食的天然庇护所, 生境的多样性化
也是该水体容纳不同遗传种群的可能因素[25]。洱海
是云南省内第二大高原淡水湖泊, 水容量是这四个
湖泊或水)中最大的(28.8×108 m3)[26], 水深与程海相
似, 其遗传多样性也相近。值得注意的是, 广州流溪
河水库盔型溞种群遗传多样性最高, 造成这一现象
可能有两个原因。流溪河水库是位于北回归线上的
一座大型深水型水库, 全年的水温较高, 盔型溞面
临的鱼类捕食物压力相对较高。在鱼类捕食压力下,
大型枝角类通常需要以合理的方式避开鱼类捕食,
垂直迁移(DVM)就是枝角类等浮游动物一种逃避捕
食的有效方式, 深水水域为枝角类提供了一个天然
的庇护场所, 使其能避免被靠视觉捕食的鱼类所捕
食[27–28]。流溪河水库平均水深为 21.3 m, 最大水深
达到 73 m, 有利于盔型溞能过垂直迁移来保存种
群[29]。较强的捕食压力也降低了单一种遗传种群长
期占优势的可能性, 尽管种群盔型溞种群数量不大,
但增加了多个遗传种群共存在机会。我们对水库的
沉积物分析表明, 底泥中保存着大量的盔型溞休眠
卵, 说明了有性生殖对流溪河盔型溞种群的遗传多
样性维持有关重要的作用[30]。
4.2 盔形溞种群的遗传分化
根据总遗传多样性和种群内遗传多样性计算, 4
个盔形溞种群间的遗传分化系数(Gst)为 0.23, 同时
根据分子方差分析(AMOVA), 种群内变异 71%, 说
明了种群内个体间的分化水平较高。在理论上, 地
理距离较近的种群间的个体交流频率会远远大于距
离较远的种群间交流, 使得种群隔离或遗传差异与
地理距离成正相关[31]。云南三个湖泊地理上距离分
别为: 拉市海和程海相距 65.8 km, 程海和洱海相距
80.9 km, 拉市海和洱海相距 104.5 km。但根据聚类
分析得到结果: 程海和洱海种群先聚在一起, 然后
与流溪河一起, 最终再和拉市海种群聚在一起(图 3
－4)。拉市海种群与程海种群地理距离最近, 但种群
遗传分化指数为 0.197, 洱海种群与拉市海种群的遗
传分化指数为 0.244, 程海与洱海种群的遗传分化指
数也已达到 0. 136。距离较近的种群, 遗传分化也较
高, Mantel 检验进一步说明种群遗传距离与空间距
离的没有相关性(P=0.36)。上述结果符合 De Meester
提出资源垄断假说, 对与一个新发育或新建的水体,
枝角类通过不同途径进入并定居下来, 由于枝角类
有着不依赖雄性个体的孤雌生殖, 使得少数几个个
体在短时间内就可以占据一个水体, 一旦形成稳定
的种群并建立起休眠卵库以后。再次进入该种群的
基因流就会受到限制。这由于新扩散来的个体一方
面要面临当地种群的竞争, 生态位发生改变。另一
方面, 底泥中休眠卵库还储存着当地种群的遗传多
样性, 通过休眠卵的不断孵化, 对该种群进行补充,
甚至重建, 这就使得进入该种群的基因流被稀释或
者限制, 这就造成了对于有着高被动扩散能力的盔
型溞, 即使地理距离较近的种群, 种群遗传差异也
较大。
本文采用的 RAPD方法, 其特点是继承了 PCR
技术本身所具有的简便、快速和高效等特点, 与其
他标记方法相比还具有引物具有广泛性和通用性。
本文采用了十个碱基序列随机排列的寡聚核苷酸单
链为引物, 对基因组DNA进行PCR多态扩增, 进行
RAPD 分析时引物数很大, 因此从理论上讲可以较
全面地覆盖整个基因组[32]。DNA扩增片段的多态性
反映了整个基因组的DNA多态性, 从而可以检测到
丰富的遗传变异信息, 尤其适合于群体水平的遗传
变异研究[33]。但是目前多采用基因序列和简单重复
序(SSR)等方法, 因为RAPD方法的缺点之一是显性
标记, 不能区别纯合基因型与杂合基因型。另外, 在
基因定位、作连锁遗传图时, 会因显性遮盖作用而
使计算位点间的遗传距离的准确性下降[34]。如果不
涉及世代问题, 显性标记是适用的, 且重复性高,
标记较为稳定。由于局部种群数量相对较小, 在单
个季节采样, 本文的结论可靠性仍需要进一步的数
据和其采用其它遗传标记物支持。
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