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独行菜LaSPS基因的克隆与生物信息学分析及原核表达



全 文 :·生物技术· 北方园艺2016(06):92~99
第一作者简介:赵乐(1983-),男,博士,讲师,现主要从事药用植物
分子生物学等研究工作。E-mail:zhaole1983@126.com.
责任作者:郑晓珂(1961-),女,博士,教授,博士生导师,现主要从
事中药活性成分及作用机制等研究工作。E-mail:zhengxk.2006
@163.com.
基金项目:国家重点基础研究发展计划“973计划”资助项目
(2013CB531802);河南中医学院博士科研基金资助项目(BSJJ2011-
07)。
收稿日期:2015-12-16
DOI:10.11937/bfyy.201606023
独行菜LaSPS基因的克隆与
生物信息学分析及原核表达
赵   乐1,2,马 利 刚1,2,韩 杜 菀1,冯 卫 生1,2,郑 晓 珂1,2
(1.河南中医学院 药学院,河南 郑州450046;2.呼吸疾病诊疗与新药研发河南省协同创新中心 河南 郑州450046)
  摘 要:以独行菜(Lepidium apetalum)幼苗叶片为试材,采用PCR方法,扩增得到LaSPS
基因的开放阅读框(open reading frame,ORF),构建pET-32a-LaSPS原核表达载体并在大肠杆菌
BL21(DE3)菌株中表达LaSPS重组蛋白。结果表明:LaSPS基因ORF长1 269bp,编码422个
氨基酸,包含茄呢醇焦磷酸合酶结构域,是异戊烯基合成酶家族的成员;序列分析发现,LaSPS蛋
白定位于叶绿体中,不含信号肽没有跨膜区;通过序列比对和系统进化分析,显示LaSPS蛋白与
拟南芥(Arabidopsis thaliana)AtSPS2蛋白相似度为91%,亲缘关系最近;在大肠杆菌BL21(DE3)
菌株中成功表达LaSPS重组蛋白,为研究LaSPS基因在独行菜质体醌生物合成途径中的功能奠
定了基础。
关键词:独行菜;茄呢醇焦磷酸合酶;基因克隆;序列分析;原核表达
中图分类号:R 282.71 文献标识码:A 文章编号:1001-0009(2016)06-0092-08
  质体醌(plastoquinone,PQ)和泛醌(ubiquinone,UQ)
是植物体内主要2种含有异戊二烯基侧链的醌类,它们
作为电子载体参与多种生化反应[1]。质体醌存在于叶
绿体中,是光合电子传递链的组成成分,参与电子从光
系统II传递到细胞色素b6f复合体,是植物光合作用不
可缺少的重要部分,而泛醌存在于线粒体中,是呼吸电
子传递链的组成成分,参与电子从NADH脱氢酶复合
体传递到细胞色素bc1 复合体,是生物氧化过程不可缺
少的成员[2-3]。质体醌和泛醌都含有的异戊烯基侧链,
是苯醌的衍生物,不同物种的质体醌和泛醌含有不同长
度的异戊烯基侧链。大多数植物的质体醌和泛醌都含
有9或10个异戊烯基单位的侧链,如在拟南芥中含有
PQ-9和UQ-9[4]。
质体醌和泛醌的异戊烯基侧链来源于异戊烯基
焦磷酸(IPP)和它的异构体二甲基烯丙基焦磷酸
(DMAPP)。在植物中IPP和DMAPP主要由存在于细
胞质中的甲羟戊酸途径(mevalonic acid pathway,MVA
pathway)和存在于质体中的甲基赤藓糖醇磷酸途径
(methylerythritiol phosphate pathway,MEP pathway)来
合成[5]。同位素标记试验显示泛醌的异戊烯基侧链来
源于MVA途径生成的IPP,而质体醌的异戊烯基侧链
则来源于 MEP途径生成的IPP[6-7]。异戊烯基侧链从
IPP和DMAPP开始合成,先形成较短的异戊烯基链,如
15碳的法呢基焦磷酸(farnesyl diphosphate,FPP)和20碳
的牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸(geranylgeranyl diphosphate,
GGPP),然后由一系列多聚异戊烯基焦磷酸合成酶
(polyprenyl diphosphate synthase)催化,这些酶都具有异
戊烯基转移酶(prenyl transferases)的活性,以IPP为单
位,每次延伸5个碳原子。这些多聚异戊烯基焦磷酸合
成酶已在不同的微生物中被克隆,从原核生物细菌到真
核生物酵母,但是在高等植物中对这些多聚异戊烯基焦
磷酸合成酶还研究较少[8-10]。目前仅在拟南芥、水稻和西
红柿克隆得到了茄呢醇焦磷酸合酶(solanesyl diphosphate
synthase,SPS),用来合成45碳的茄呢醇焦磷酸,进一步
合成质体醌PQ-9[1,11-12]。
独行菜(Lepidium apetalum Wild.)属十字花科独
行菜属植物,其种子称为北葶苈子,是泻肺平喘、利水消
肿的重要中药[13]。现已从独行菜中分离得到多种化学
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北方园艺2016(06):92~99 ·生物技术·
成分,有强心苷、异硫氰酸和硫苷类、脂肪油类、生物碱
类、黄酮类、酚酸类、香豆素类、类萜类等,其药理作用有
改善心血管功能、细胞毒活性、止咳平喘、利尿等[13]。目
前独行菜方面的研究多集中于化学成分的分离和药理
作用的研究,关于光合作用中质体醌和电子传递链中泛
醌的研究尚鲜见报道。
根据课题组前期获得的大量独行菜转录组数据,其
中有一个注释为茄呢醇焦磷酸合酶(SPS)的基因,该研
究首次从独行菜中克隆了SPS基因的cDNA序列,进行
生物信息学分析,发现LaSPS蛋白可能定位在叶绿体,
参与质体醌的生物合成,然后将LaSPS基因克隆至原
核表达载体pET-32a中,构建重组质粒pET-32a-LaSPS,
成功在大肠杆菌中表达LaSPS蛋白,为进一步研究
LaSPS基因在独行菜光合电子传递链组分质体醌生物
合成中的作用和功能奠定了基础。
1 材料与方法
1.1 试验材料
独行菜采自河南省伏牛山自然保护区,由河南中医
学院董诚明教授和谢晓龙博士鉴定为十字花科植物独
行菜属独行菜,取其种子在16h、23℃光照,8h、20℃黑
暗条件,于人工气候箱中培养,采其幼苗叶片作为供试
材料。
植物总RNA提取试剂盒、质粒小提试剂盒、普通
DNA产物纯化试剂盒、RNase-Free DNaseⅠ、普通琼脂糖
凝胶DNA回收试剂盒均购自北京天根生化科技有限公
司。反转录试剂盒TransScriptⅡReverse Transcriptase、
大肠杆菌感受态细胞Trans5α和BL21(DE3)购自北京
全式金生物科技有限公司。Ex Taq酶、限制性核酸内切
酶(EcoRⅠ、XhoⅠ)、pMD19-T Vector、T4DNA Ligase购自
TaKaRa公司。引物合成、样品测序由北京三博远志生
物技术有限责任公司完成。
1.2 叶片总RNA提取及cDNA的合成
使用植物总RNA提取试剂盒提取独行菜幼苗叶
片总RNA,用NanoDrop 2000和1%琼脂糖凝胶电泳
检测RNA的含量和完整性。以得到总RNA为模板,
oligo(dT)为引物,使用反转录试剂盒,合成得到叶片
cDNA。
1.3 独行菜SPS基因克隆
根据课题组前期得到的独行菜转录组数据,用
Primer 5软件设计SPS基因的特异性引物:LaSPS-
Exp-F(5′-CG GAATTCATGATGATGTCATGT -3′,下
划线部分为EcoRI酶切位点),LaSPS-Exp-R(5′-
CCGCTCGAGCTAATCAATCCTTTC-3′,下划线部分为
XhoⅠ酶切位点),以叶片cDNA为模板,按照下列条件进
行PCR扩增:95℃2min;95℃10s,53.4℃15s,72℃
1min 36s,30个循环;72℃延伸10min。经1%琼脂糖
凝胶电泳检测PCR产物后,用琼脂糖凝胶DNA回收试
剂盒回收与预期大小一致的条带,然后将其连接到
pMD19-T载体上,转化大肠杆菌Trans5α感受态细胞,
均匀涂布在含有氨苄青霉素的LB平板上,37℃培养12
h后,经PCR检测后挑选阳性克隆进行测序。
1.4 独行菜SPS基因的生物信息学分析
将测序得到的序列通过NCBI ORF Finder查找开
放阅读框,并通过NCBI blastp与nr数据库进行序列比
对分析。LaSPS基因编码蛋白的理化性质预测采用
ExPASy Proteomics Server提供的在线工具Protparam;
使用InterPro Scan预测蛋白的保守结构域;采用SWISS-
MODEL进行蛋白质的三维同源建模;使用SinalP4.0
Server进行分泌蛋白预测;利用Target P 1.1Server进
行蛋白定位信号预测;跨膜区预测通过TMHMM Server
v.2.0;使用MEGA 5软件相邻连接法(neighbor-joining)
构建系统进化树。
1.5 独行菜pET-32a-LaSPS原核表达载体的构建与诱
导表达
用EcoRⅠ和XhoⅠ分别对测序正确的测序正确的
pMD19-T-LaSPS质粒和原核表达载体pET-32a进行双
酶切,1%琼脂糖凝胶电泳检测后,纯化回收目的基因片
段和载体片段,回收后,用T4DNA Ligase 16℃的过夜
连接,然后转化大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞,均匀
涂布在LB固体平板(含有100mg/L的氨苄青霉素),
挑取单克隆进行质粒的提取,然后用EcoRⅠ和XhoⅠ双
酶切鉴定,酶切鉴定正确的质粒送北京三博远志公司
测序。
将测序正确的单克隆接种于含氨苄青霉素的LB液
体培养基中,37℃培养过夜后,按照1∶100比例接种
到含氨苄青霉素的LB液体培养基中,37℃、220r/min
振荡培养至对数生长期(OD600至0.6),然后在28℃、
0.4mmol/L IPTG、150r/min条件下培养8h,诱导独行
菜LaSPS重组蛋白的表达。诱导完成后,用SDS-PAGE
(5%浓缩胶和10%分离胶)检测重组蛋白的表达。
2 结果与分析
2.1 独行菜LaSPS基因的克隆
由图1可知,PCR扩增得到1条1 200bp左右的条
带,与预期大小相符。经测序后得到独行菜LaSPS基
因的cDNA序列,大小为1 269bp,编码422个氨基酸,
LaSPS基因序列信息已提交到NCBI GenBank,注册号
为KT318734。
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注:M,DL 2 000DNA Marker;1,LaSPS基因ORF。
Note:M,DL 2 000DNA Marker;1,ORF of LaSPSgene.
图1 PCR扩增LaSPS基因ORF
Fig.1 PCR amplification of LaSPSgene ORF
2.2 独行菜LaSPS基因编码蛋白的生物信息学分析
2.2.1 理化性质分析 LaSPS基因编码422个氨基酸残
基,通过ExPASy Proteomics Server的在线软件Protparam
预测LaSPS基因编码蛋白的分子式为C2033H3295N559O633
S22,分子量是46.40kDa,等电点为5.15,带负电残基 (Asp
+Glu)为58,带正电残基数(Arg+Lys)为47。该蛋白的
不稳定系数为43.49,说明LaSPS蛋白不稳定,亲水性系
数为-0.053,说明该蛋白为亲水性蛋白。LaSPS基因的
cDNA编码区序列及对应氨基酸序列如图2所示。
2.2.2 保守结构预测 使用InterProScan预测的
LaSPS蛋白的保守结构域如下:多聚异戊烯基合成相关
酶(polyprenyl synthetase-related)(IPR017446)、多聚异戊
烯基合成酶(polyprenyl synthetase)(IPR000092)、茄呢醇
焦磷酸合酶(solanesyl diphosphate synthase)(IPR014120)、
异戊二烯合成酶结构域(isoprenoid synthase domain)
(IPR008949)。
图2 LaSPS基因cDNA编码区序列及对应氨基酸序列
Fig.2 Coding sequence and amino acid sequence of LaSPSgene cDNA
图3 InterProScan预测LaSPS蛋白的保守结构域
Fig.3 InterProScan prediction of conserved domain of LaSPS protein
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2.2.3 信号肽、亚细胞定位及跨膜区预测 利用
Signal P4.1Server预测LaSPS蛋白为非分泌蛋白,不
具有信号肽。利用在线软件Target P1.1Sever预测
LaSPS蛋白的亚细胞定位情况,结果表明LaSPS定位于
叶绿体中(图4),利用 TMHMM Server v.2.0预测
LaSPS的跨膜区,结果表明 LaSPS蛋白无跨膜区
(图5)。
  注:Len表示序列长度,cTP代表序列含有叶绿体转运肽,mTP代表
序列含有线粒体靶向肽,SP代表序列含有分泌途径的信号肽,other代表
在细胞内其它地方,Loc表示根据得分预测亚细胞定位(C表示叶绿体,M
表示线粒体,S表示分泌途径),RC表示预测的可靠性等级(分为1到5
级,数值越小表示预测的可信度越高)。
Note:Len represents sequence length,cTP represents the sequence
contains a chloroplast transit peptide,mTP represents the sequence contains a
mitochondrial targeting peptide,SP represents the sequence contains a
secretory pathway signal peptide,other represents any other location in the
cel,Loc represents the prediction of localization based on the scores(C,
Chloroplast;M,Mitochondrion;S,Secretory pathway),RC represents the
reliability class of prediction(from 1to 5,the lower the value of RC the safer
the prediction).
图4 LaSPS蛋白亚细胞定预测
Fig.4 Prediction of the subcelular
location of LaSPS protein
图5 LaSPS蛋白跨膜区预测
Fig.5 Prediction of the transmembrane
domains of LaSPS protein
2.2.4 三维结构预测 用PredictProtein对LaSPS蛋白
的二级结构进行预测。结果显示,在该蛋白中α?螺旋结
构占49.53%,β?折叠占3.79%,无规则卷曲占46.68%。
用SWISS-MODEL预测LaSPS蛋白的三级结构,以拟南
芥的一个长链焦磷酸合成酶(long-chain-length prenyl
pyrophosphate synthase)(PDB ID:3AQ0)为模板,序列相
似度为39.43%,在第102~422位氨基酸建模,模型覆盖
率75%。
图6 LaSPS蛋白质三级结构预测
Fig.6 Prediction of three-dimensional
structure of LaSPS protein
2.2.5 多序列比对分析 依据 NCBI网站上通过
blastp比对nr蛋白数据库的搜索结果,独行菜LaSPS
蛋白与拟南芥(Arabidopsis thaliana)的位于叶绿体的
AtSPS2蛋白(BAD88534.1)序列相似性最高,达91%,
与拟南芥位于线粒体的AtSPS1蛋白(BAD88533.1)相
似度为79%,与其它植物序列相似性较高的SPS蛋白
为橡胶树(Hevea brasiliensis)HbSPS蛋白(ABD92707.1)
相似度为71%,番茄(Solanum lycopersicum)SlSPS蛋白
(ABI63627.1)相似度为67%,水稻(Oryza sativa)
的位于叶绿体的OsSPS2蛋白(BAG90037.1)相似度
为63%,而与水稻位于线粒体中的 OsSPS1蛋白
(AK071299.1)的相似度只有33%。使用DNAMAN
8.0软件对以上各种植物的SPS蛋白进行多序列比
对,结果表明LaSPS蛋白与其它植物的SPS蛋白一样,都
含有2个富含天冬氨酸[DD(X)nD]的保守序列(图7)。
2.2.6 系统进化树分析 从UniPort数据库中,选取其
它植物中参与异戊烯基侧链合成的酶,如法呢基焦磷酸
合成酶(farnesyl diphosphate synthase,FPPS)、牻牛儿
基牻牛儿基焦磷酸合成酶(geranylgeranyl diphosphate
synthase,GGPPS)以及茄呢醇焦磷酸合酶(solanesyl
diphosphate synthase,SPS),共20条蛋白序列作为参考,
构建系统进化树。如图8所示,这些参与异戊烯基侧链
合成的酶,分为三大类,一类是SPS系列,LaSPS归属这
一分支,其中LaSPS与AtSPS2亲缘关系较近,序列相似
性为91%,这与多序列比对分析结果一致;第二类是
GGPPS系列;第三类是FPPS系列,这些酶都具有异戊
烯基转移酶的活性(图8)。
    
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注:保守序列DD(X)nD用黑色框标出。
Note:The conserved functional motifs,DD(X)nD,are boxed in black.
图7 LaSPS与其它植物中SPS蛋白的多序列比对分析
Fig.7 Multiple sequence alignment of LaSPS and SPS from other plant species
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  注:用于构建此系统进化树蛋白的登陆号为拟南芥 AtSPS2
(BAD88534.1),拟南芥AtSPS1(BAD88533.1),橡胶树HbSPS(ABD92707.1),
番茄 SlSPS(ABI63627.1),水稻 OsSPS2(BAG90037.1),丹参 SmSPS
(AFK29285.1),水稻OsSPS1(AK071299.1),拟南芥AtGGPS6(NP_175376.1),
番茄GGPPS1(ABB82554.1),番茄GGPPS2(ABB82555.1),辣椒CaGGPPS1
(P80042.1),水 稻 OsGGPPS1(BAH00537.1),拟 南 芥 AtGGPPS1
(BAH00537.1),拟南芥 GGPPS3(NP_188073.2),拟南芥 GGPPS4
(NP_179454.1),拟南芥 AtGGPPS2(NP_179960.1),拟南芥 AtFPPS1
(Q09152.2),水稻OsFPPS3(BAG93128.1),水稻OsFPPS1(BAA19856.1),
水稻OsFPPS2(BAA36347.1)。
Note:The accession numbers of proteins used in this analysis are
Arabidopsis thaliana,AtSPS2 (BAD88534.1),A.thaliana,AtSPS1
(BAD88533.1),Hevea brasiliensis,HbSPS(ABD92707.1),Solanum
lycopersicum,SlSPS(ABI63627.1);Oryza sativa,OsSPS2(BAG90037.1);
Salvia miltiorrhiza,SmSPS(AFK29285.1);O.sativa,OsSPS1(AK071299.1);
A.thaliana,AtGGPS6 (NP_175376.1);S.lycopersicum,GGPPS1
(ABB82554.1);S.lycopersicum,GGPPS2(ABB82555.1);Capsicum
annuum,CaGGPPS1(P80042.1);O.sativa,OsGGPPS1(BAH00537.1);A.
thaliana,AtGGPPS1 (BAH00537.1);A.thaliana,GGPPS3 (NP _
188073.2);A.thaliana,GGPPS4(NP_179454.1);A.thaliana,AtGGPPS2
(NP_179960.1);A.thaliana,AtFPPS1(Q09152.2);O.sativa,OsFPPS3
(BAG93128.1);O.sativa,OsFPPS1(BAA19856.1);O.sativa,OsFPPS2
(BAA36347.1).
图8 LaSPS与其它植物SPS、GGPPS、
FPPS蛋白的系统进化分析
Fig.8 Phylogenetic analysis of LaSPS protein with
other plant SPS,GGPPS and FPPS proteins
2.3 LaSPS原核表达载体的构建
用EcoRI和XhoI分别对原核表达载体pET-32a和
测序正确的pMD19-T-LaSPS质粒进行双酶切,利用重
组DNA技术,得到重组质粒pET-32a-LaSPS,然后转化
大肠杆菌BL21(DE3),选择单克隆提取质粒后,用
EcoRI和XhoI进行双酶切鉴定,结果显示有1 200bp左
右的目的条带和6 000bp左右的载体条带(图9)。将双
酶切鉴定正确的单克隆送到公司测序,测序结果显示重
组质粒pET-32a-LaSPS中LaSPS的序列与目的基因
LaSPS序列一致,未发生碱基突变或移码突变,表明已
成功将LaSPS基因克隆到原核表达载体pET-32a上。
  注:M,DL 10 000DNA Marker;1,EcoRI和XhoI双酶切结果。
Note:M,DL 10 000DNA Marker;1,Double digestion result by EcoRI
and XhoI.
图9 原核表达载体pET-32a-LaSPS的双酶切鉴定
Fig.9 Identification of prokaryotic expression vector
pET-32a-LaSPSwith double digestion
  注:M,蛋白分子量标准;C,含pET-32a空载体的E.coli菌株在28℃、
0.4mmol/L IPTG条件下诱导8h表达的总蛋白;1,相同条件下含
pET-32a-LaSPS质粒的E.coli菌株表达的总蛋白。
Note:M,Protein Marker;C,The total proteins of E.coli containing pET-32a
induced with 0.4mmol/L IPTG at 28℃for 8h;1,The total proteins of E.
coli containing pET-32a-LaSPSinduced under the same condition.
图10 LaSPS重组蛋白的原核表达
Fig.10 Prokaryotic expression of recombinant LaSPS protein
2.4 LaSPS蛋白的原核表达
将测序正确的pET-32a-LaSPS质粒转化大肠杆菌
BL21(DE3)后,当大肠杆菌生长至OD600为0.6时,在
28℃、0.4mmol/L IPTG、150r/min条件下培养8h,诱
导独行菜LaSPS重组蛋白的表达。如图10所示,提取
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总蛋白进行SDS-PAGE分析,在约60kDa处出现目的
蛋白条带,与预测的重组LaSPS的蛋白分子量符合,而
含有空载体(pET-32a)的对照样品,同样条件下诱导表
达后,在60kDa处未见条带出现。结果表明,LaSPS蛋
白成功在大肠杆菌BL21(DE3)中表达。
3 讨论
质体醌是光合电子传递链中不可缺少的组分,在植
物中一般含有9个异戊烯基单位的侧链,如PQ-9,对于
植物的光合作用极为重要。该研究首次从独行菜中克
隆了一条参与质体醌合成的基因LaSPS,并利用生物信
息学方法分析了LaSPS基因编码的蛋白序列,结果表
明LaSPS与其它植物中SPS蛋白相似性较高,含有异戊
烯基合酶和茄呢醇焦磷酸合酶保守结构域,具有DD(X)
nD的保守序列,具有异戊烯基转移酶活性。通过多序
列比对和系统进化树分析,发现LaSPS蛋白与AtSPS2蛋
白有91%的相似性,亲缘关系最近。拟南芥中目前报道
有2种茄呢醇焦磷酸合酶,分别为AtSPS1和AtSPS2,负
责拟南芥中泛醌和质体醌的类异戊烯基侧链的合成,进
一步研究表明,AtSPS1定位于线粒体中,是线粒体呼吸
电子转移不可缺少的条件;AtSPS2定位于叶绿体中,是
叶绿体光合电子转移的必要条件[4]。TARGET P预测
LaSPS蛋白定位于叶绿体中,所以,独行菜LaSPS蛋白
可能和拟南芥的AtSPS2为同一类型的酶,功能也相似,
定位于叶绿体中,参与质体醌的生物合成。
该研究通过构建原核表达载体pET-32a-LaSPS,成
功在大肠杆菌BL21(DE3)菌株中表达了独行菜LaSPS
蛋白,大肠杆菌BL21(DE3)菌株可以增加细胞质中蛋白
质二硫键的形成,使得蛋白的可溶性更好,同时,利用
pET-32a载体表达的重组蛋白N端带有6个His Tag标
签,方便后续重组蛋白的纯化[14]。这些结果为纯化
LaSPS蛋白,进一步研究LaSPS蛋白的生物学活性,以
及LaSPS基因在独行菜质体醌生物合成途径中的生物
学功能奠定了基础。
参考文献
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Cloning and Bioinformatic Analysis and Prokaryotic Expression of
LaSPS Gene FromLepidium apetalum
ZHAO Le1,2,MA Ligang1,2,HAN Duwan1,FENG Weisheng1,2,ZHENG Xiaoke1,2
(1.School of Pharmacy,Henan University of Traditional Chinese Medicine,Zhengzhou,Henan 450046;2.Colaborative Innovation Center for
Respiratory Disease Diagnosis and Treatment &Chinese Medicine Development of Henan Province,Zhengzhou,Henan 450046)
Abstract:Taking leaves of Lepidium apetalumas experimental material,using PCR method,the open reading frame
(ORF)of LaSPSgene was amplified,and the prokaryotic expression vector pET-32a-LaSPSwas constructed and then
Escherichia coli BL21(DE3)cels were transformed with the plasmid pET-32a-LaSPSin order to express recombinant
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北方园艺2016(06):99~102 ·生物技术·
     
第一作者简介:喻晓敏(1984-),女,硕士,编辑,现主要从事植物生
物技术及出版学等研究工作。E-mail:21581872@qq.com.
责任作者:李世升(1983-),男,博士,讲师,现主要从事作物发育与
育种等研究工作。E-mail:lishisheng2002@whu.edu.cn.
基金项目:湖北省自然科学基金资助项目(2013CFC126);湖北省
教育厅自然科学研究资助项目(D20122703)。
收稿日期:2015-12-23
DOI:10.11937/bfyy.201606024
根癌农杆菌介导的萝卜
遗传转化方法研究
喻 晓 敏1,吴   雷2,王   魁3,李 世 升2,徐   漫2
(1.黄冈师范学院 黄冈师范学院学报编辑部,湖北 黄冈438000;2.黄冈师范学院 湖北省经济林木种质改良重点实验室,
大别山特色资源协同创新中心,生命科学学院,湖北 黄冈438000;3.华中农业大学 园艺林学学院,湖北 武汉430070)
  摘 要:以“短叶-13”萝卜为试材,采用浸花法,使用含有绿色荧光蛋白(GFP)报告基因的根
癌农杆菌浸泡生长状态良好的萝卜花序,研究了农杆菌介导萝卜遗传转化的新方法。结果表明:
GFP蛋白能够在萝卜幼根中成功表达。
关键词:转基因;根癌农杆菌;萝卜;浸花法
中图分类号:S 631.103.6 文献标识码:A 文章编号:1001-0009(2016)06-0099-04
  萝卜(Raphanus sativus L.)属十字花科(Brassicaceae)
萝卜属一年或两年生草本植物,是油菜的近缘物种。萝
卜在世界范围内广泛种植,且有着十分悠久的种植历
史。在长期的进化、栽培及选育过程中,萝卜品种越发
丰富,在根形、根色、叶形、叶色及风味、收获期和抽苔期
等方面表现各有差异。近年来有关萝卜的新型用途也
渐渐呈现,如叶用萝卜、食荚萝卜及油用萝卜等。随着
萝卜用途的扩大,萝卜在人们日常生活中显得日益重要
的同时,也逐渐成为众多学者开展科学研究的重要对
象。萝卜的生长发育规律在个体、细胞及分子等多方
面、多层次不断得到揭示。随着测序技术的飞速发
展[1],许多物种基因测序工作正在进行,像蕃茄、黄瓜、大
    
白菜及大豆等全基因组测序已完成。萝卜测序工作正
在开展,部分测序结果也被陆续公布。例如包含萝卜部
分基因信息的数据库已由美国康奈尔大学开发建成,该
库(http://bioinfo.bti.cornel.edu/radish)包含大量基因
序列信息,主要有萝卜线粒体全基因组序列、表达序标
签(EST)、单基因序列及其功能提示、生物化学信号通路
及单核苷酸多样性(SNP)、简单序列重复标记(SSR)和
遗传图谱等重要信息。另外,日本学者也为日本萝卜
(Daikon)建立了含有26 606个EST的小型数据库,这些
EST可拼接成10 381个unigene[2]。最近,日本学者公
布了萝卜全基因组序列[3],为深入分析萝卜基因功能以
及进一步改良萝卜种质资源提供了极大便利。
为了能更快捷且有针对性的改良萝卜种子、根形及
其它重要性状,将拟南芥业已十分成熟的浸花转基因法
在萝卜中作了尝试。萝卜遗传体系的建立,一方面为解
读萝卜基因的功能提供方便,另一方面可极大促进萝卜
种质改良及育种水平,进而为社会经济发展服务。该研
究报导了农杆菌成功介导的萝卜遗传转化新方法,利用
绿色荧光蛋白(green fluorescent protein,GFP)及卡那霉
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LaSPS protein.The results indicated that the ORF of LaSPSgene was 1 269bp(GenBank accession number KT318734),
which encoded a protein of 422amino acid residues.The LaSPS protein which contained solanesyl diphosphate synthase
domain was the member of‘polyprenyl diphosphate synthase’family.Bioinformatic analysis indicated that LaSPS protein
which located in chloroplast had no transmembrane domain and signal peptide.The multiple alignment and phylogenetic
analysis indicated that LaSPS protein showed the highest homology,91% similarity,with AtSPS2protein from
Arabidopsis thaliana.The prokaryotic expression vector pET-32a-LaSPS was constructed and the recombinant LaSPS
protein was successfuly expressed in E.coli BL21(DE3)cels.This study provided the foundation for folow-up research
of its function in plastoquinoe biosynthesis pathway.
Keywords:Lepidium apetalum;solanesyl diphosphate synthase;gene cloning;sequence analysis;prokaryotic expression
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