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高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒BJBLZ株序列剖析



全 文 :·研究报告·
生物技术通报
BIOTECHNOLOGY BULLETIN 2011 年第 10 期
高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒 BJBLZ株序列剖析
刘永宏1,3 赵丽2 刘俊峰1 王凤龙2 刘月焕3
(1塔里木大学动物科学学院 新疆生产建设兵团塔里木畜牧科技重点实验室,阿拉尔 843300;
2内蒙古农业大学动物科学与医学学院,呼和浩特 010018;3北京市农林科学院畜牧兽医研究所,北京 100097)
摘 要: 预测与分析 HP-PRRSV BJBLZ株序列特点,为进一步该毒株的研究做准备。利用分子生物学软件及服务器,对
HP-PRRSV BJBLZ株全序列及各结构蛋白的生化特性、溶解性和核定位信号等进行了分析,结果显示 HP-PRRSV BJBLZ 株至
少可划分 12 个非结构蛋白和 6 个结构蛋白;同源性比较显示 GP3 和 GP5 蛋白变异性高,M和 N蛋白保守。GP3、GP5 和 M蛋
白糖基化位点与参考株有变化,GP2、GP4 和 N蛋白糖基化位点与所有参考株一致。服务器预测显示,N蛋白的碱性氨基酸比
例明显高于其他蛋白,总平均亲水值明显低于其他蛋白;GP2、GP3 和 GP4 蛋白不稳定,GP5、M和 N蛋白稳定。6 个结构蛋白
预测不溶性概率均占 66%以上,GP3 不溶性概率最高。可以利用以上一些不同于以往各代表株的特点,为 PRRS 的诊断和防
治进行进一步的研究。
关键词: 高致病性 猪繁殖与呼吸障碍综合征 序列分析 BJBLZ株
Sequence Analysis of BJBLZ Strain of Highly Pathogenicity Porcine
Reproductive and Respiratory Syndrome Virus
Liu Yonghong1,3 Zhao Li2 Liu Junfeng1 Wang Fenglong2 Liu Yuehuan3
(1College of Animal Science,Tarim University,Key Laboratory of Tarim Animanl Husbandry Science and Technology of Xinjiang
Production & Construction Corps,Alar 843300;2College of Animal Science and Medicine,Inner Mongolia
Agriculture University,Hohhot 010018;3 Institute of Animal Husbandry and Veterinary Medicine,Beijing Academy of
Agriculture and Forestry Sciences,Beijing 100097)
Abstract: The properties of HP-PRRSV BJBLZ sequence were predicted and analyzed,which could provide reference prepare for
further study of this strain. Molecular biology software and server were used to analyze the complete sequence of HP-PRRSV BJBLZ
strain,the biochemistry properties,solubility of various stuctural proteins and nuclear location signal. The results showed that there are
12 non-structural and 6 structural protein. When we compare different protein homology,we found that GP3 and GP5 are high mutant,
while M and N are conservative. The Protein Glycosylation Site of GP3,GP5 and M are different from the reference strains,but GP2,
GP4 and N are the same. Server showed the ratio of Alkaline Amino acid of N is higher than others,and the total average hydrophilic
value obviously is lower than other proteins. GP2,GP3 and GP4 are unstable,but GP5,M and N. Prediction of 6 structural protein insol-
uble probability are accounted for more than 66 percent,GP3 is highest. The properties of above strains could pave the way for the diag-
nosis and treatment of PRRS.
Key words: Highly pathogenicity Porcine reproductive and respiratory syndrome(PRRS) Sequence analysis BJBLZ strain
收稿日期:2011-03-25
基金项目:北京市农林科学院青年基金项目(2007020122) ,新疆生产建设兵团博士资金项目(2011BB022)
作者简介:刘永宏,男,博士,副教授,研究方向:传染病与免疫病理学;E-mail:lyhdky@ 126. com
通讯作者:刘月焕,男,博士,研究员,E-mail:liuyuehuan@ sina. com
2006 年春夏之交,我国从南向北超过 25 个省、
市、自治区暴发以高热、高发病率、高死亡率和低治
愈率为特征的“猪高热病(porcine high fever disease,
PHFD)”,2007 年 7 月将其确诊为高致病性猪繁殖
与呼吸综合征(highly pathogenicity porcine reproduc-
tive and respiratory syndrome,HP-PRRS) ,JXA1 株为
HP-PRRSV代表株,属于北美洲型[1]。
研究 JXA1 株及其他 HP-PRRSV 发现,NSP2
生物技术通报 Biotechnology Bulletin 2011 年第 10 期
有两个位置不连续缺失 30 个氨基酸,最初认为该
缺失为 HP-PRRSV 毒株毒力增强的原因[1],后经
研究确定 NSP2 缺失的 30 个氨基酸和 HP-PRRSV
的高毒力无关[2]。JXA1 株在易感细胞传 80 代突
变体为低毒力,但是该位置的缺失仍然存在[3],也
证明了这一点。NSP2 高变区 324 - 726 nt 在病毒
的复制中是可有可无的,可能影响等电点、电荷和
蛋白构象,从而影响 NSP2 的机能[3,4]。NSP2 缺失
型突变显示减少细胞溶解的活性效力,改变二级
结构等[4]。HP-PRRSV 的高毒力是多区域多点的
综合因素所致。
剖析清楚 HP-PRRSV 毒株的二级结构和各结
构蛋白的生化特性,对 HP-PRRS的预防和控制,以
及进一步研究该病原是极其必要的。本研究将之
前分离、鉴定、保存并测定全基因序列的 HP-
PRRSV BJBLZ株作为研究对象,剖析其分子特点,
为该毒株进一步的研究奠定基础,以及为 PRRSV
其他毒株的研究做参照。
1 材料与方法
1. 1 材料
1. 1. 1 毒株 HP-PRRSV BJBLZ 株,由北京市农林
科学院畜牧所动物疫病研究室分离、鉴定和保存,以
及测得全基因序列通过美国国立生物技术信息中心
(NCBI)的审核,GenBank登录号为 FJ950745。
1. 1. 2 PRRSV参考毒株 PRRSV参考毒株均下载
于 NCBI数据库,毒株名称、大小和 GenBank 登录号
见表 1。
表 1 参考毒株
毒株 大小(nt)GenBank登录号 备注
BJBLZ 15316 FJ950745 本研究毒株
CH-1a 15432 AY032626 中国代表株
JXA1 15347 EF112445
2006年中国暴发高致
病性 PRRSV代表株
Lelystad virus(LV) 15111 M96262 欧洲型代表株(荷兰)
MLV RespPRRS /
Repro
15390 AF159149 经典疫苗株(美国)
NC /PRRSV 15428 NC_001961 标准株(美国)
VR-2332 15411 PRU87392 美洲型代表株(经典株)
1. 2 方法
1. 2. 1 BJBLZ株结构划分 以 NC_001961 标准株
为参照,对比剖析 BJBLZ 株的各阅读框架和各蛋白
的详细信息。
1. 2. 2 BJBLZ株各结构蛋白生化特性预测 在 ht-
tp:/ / cn. expasy. org / tools /protparam. html 服务器上,
按照 Hoop和 Woods 的方法(1981) ,分析 BJBLZ 株
各蛋白分子量、理论等电点、酸碱性氨基酸比例、半
衰期、稳定性和总平均亲水值(GRAVY)等。
1. 2. 3 可溶性预测 根据 Davis G. D(1999)等修订
的Wilkinson-Harrison模型通过正则变量(CV)和组
成参数计算来判断蛋白质的可溶性。CV = μ1(N +
G + P + S)/n +μ2 "[(R + K)#(D + E) ]/n-0. 03 ";n =
蛋白中的氨基酸数;N、G、P 和 S 分别表示 Asp、Gly、
Pro和 Ser 残基的数量;R,K、D 和 E 分别表示 Arg、
Lys、Asp 和 Glu 残基的数量,μ1 = 15. 43,μ2 = #
29. 56;可溶性的概率 = CV #CV,判别常数 CV =
1. 71;CV #CV > 0,为不溶性蛋白;CV #CV < 0 为可
溶性蛋白。可溶性 /不溶性的概率 = 0. 4934 + 0. 276 $
CV #CV$ -0. 0392(CV #CV)2。
1. 2. 4 BJBLZ株各结构蛋白核定位信号预测 应
用 http:/ /psort. ims. u-tokyo. ac. jp / form2. html 预测
各结构蛋白氨基酸序列核定位信号(NLS)。
2 结果
2. 1 BJBLZ株各蛋白结构划分及与各代表株的遗
传演化分析
BJBLZ株序列全长为 15 316 nt,以 NC_001961标
准株为参照,结合 DNAStar 软件 EditSeq 程序寻找开
放阅读框架,划分 12 个非结构蛋白和 6 个结构蛋白
的位置(表 2) ,ORF1a编码的蛋白在水解酶的切割下
分成 8 个非结构蛋白(Nsp1 - Nsp8) ,ORF1b 在
ORF1a编码的蛋白酶切割下分解成 4 个成熟的非结
构蛋白(Nsp9 - Nsp12) ,整个 ORF1全长 11 790 nt,占
全基因总长度的 77. 0%。ORF2 - ORF7 分别编码病
毒的结构蛋白 GP2、GP3、GP4、GP5、M 和 N。BJBLZ
株结构蛋白和美洲型代表株 VR-2332、欧洲型代表株
LV、经典疫苗株 MLVRespPRRS /Repro、2006 年高致
病性代表株 JXA1、中国代表株 CH-1a 和 NC_001961
标准株的核苷酸同源性(表 3)及氨基酸同源性(表
4)比较,各区域与美洲型株同源性明显高于与欧洲型
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2011 年第 10 期 刘永宏等:高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒 BJBLZ株序列剖析
毒株的同源性,变异率基本均为 GP3 最高,其次为
GP5,M蛋白是最保守的,N蛋白次之,但 GP4 或 GP5
蛋白与某些代表株可能变异率高于 GP3 蛋白或低于
N蛋白,甚至低于 M蛋白。
表 2 HP-PRRSV BJBLZ 全基因结构组成
病毒编码蛋白 基因序列位置
基因长度
(nt)
氨基酸
长度(个)
病毒编码蛋白 基因序列位置
基因长度
(nt)
氨基酸
长度(个)
5UTR 1 - 189 189 % Nsp10 9525 - 10847 1323 441
ORF1 190 - 11979 11790 % Nsp11 10848 - 11516 669 222
ORF1a Nsp1 190 - 1335 1146 382 Nsp12 11517 - 11975 459 153
Nsp2 1336 - 4833 3498 1166 PRF2 GP2 11981 - 12751 771 256
Nsp3 4834 - 5526 693 231 ORF3 GP3 12604 - 13368 765 254
Nsp4 5527 - 6138 612 204 ORF4 GP4 13149 - 13685 537 178
Nsp5 6139 - 6648 510 170 ORF5 GP5 13696 - 14298 603 200
Nsp6 6649 - 6696 48 15 ORF6 M 14283 - 14807 525 174
Nsp7 6697 - 7473 777 259 ORF7 N 14797 - 15168 372 123
Nsp8 7474 - 7611 138 45 3UTR 15169 - 15316 148 %
ORF1b Nsp9 7605 - 9524 1920 639
表 3 HP-PRRSV BJBLZ 核苷酸序列与代表株的同源性分析
序列
美洲型代表株
VR-2332
经典疫苗株
MLV
RespPRRS /Repro
欧洲型代表株
LV
2006 年中国
高致病性代表株
JXA1
中国代表株
CH-1a
标准株
NC_001961
全序列 89. 6% 89. 5% 61. 7% 99. 4% 95. 2% 89. 2%
GP2 93. 4% 93. 0% 66. 7% 99. 6% 96. 5% 92. 3%
GP3 89. 2% 89. 3% 61. 6% 99. 7% 96. 1% 89. 2%
GP4 89. 9% 90. 1% 66. 9% 98. 7% 96. 5% 89. 9%
GP 5 89. 4% 89. 1% 63. 5% 99. 7% 95. 4% 88. 7%
M 94. 9% 95. 0% 69. 2% 99. 8% 97. 3% 94. 7%
N 93. 8% 93. 8% 66. 1% 99. 7% 96. 0% 93. 5%
表 4 HP-PRRSV BJBLZ 氨基酸序列与代表株的同源性分析
蛋白
美洲型代表株
VR-2332
经典疫苗株
MLV
RespPRRS /Repro
欧洲型代表株
LV
2006 年中国
高致病性代表株
JXA1
中国代表株
CH-1a
标准株
NC_001961
GP2 92. 6% 91. 8% 62. 2% 99. 6% 96. 1% 91. 8%
GP3 85. 8% 86. 6% 55. 5% 99. 2% 93. 3% 87. 0%
GP4 91. 0% 91. 0% 70. 2% 97. 2% 97. 8% 90. 4%
GP 5 88. 5% 87. 5% 58. 0% 99. 5% 93. 5% 88. 0%
M 97. 1% 97. 1% 79. 2% 100. 0% 97. 7% 97. 7%
N 95. 1% 95. 1% 58. 5% 100. 0% 95. 1% 95. 1%
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生物技术通报 Biotechnology Bulletin 2011 年第 10 期
BJBLZ 株与美洲型代表株 VR-2332、欧洲型代
表株 LV、经典疫苗株 MLVRespPRRS /Repro、2006 年
中国高致病性 PRRSV 代表株 JXA1、中国代表株
CH-1a和标准株 NC_001961 的基因遗传进化树显
示,BJBLZ与 HP-PRRSV亲缘关系最近,属于北美洲
株(图 1)。
图 1 PRRSV全基因进化树
2. 2 BJBLZ株各结构蛋白糖基化位点分析
由于点突变导致 BJBLZ 株 M 蛋白相对于 VR-
2332株和NC_001961株增加1个糖基化位点,与中国代
表株CH-1a一致;GP5蛋白34位和35位氨基酸点突变
使其相对于 VR-2332 株增加 1 个糖基化位点,相对于
CH-1a株增加 2个糖基化位点,相对于 LV株增加 3个
糖基化位点;M蛋白的 10 位和 GP5 蛋白的 40 位糖基
化位点是高致病性毒株所独有的;GP3 蛋白北美洲型
参考株均比欧洲型参考株多一个糖基化位点,GP2、GP4
和 N蛋白所有参考株一致(表 5,表 6)。
表 5 HP-PRRSV BJBLZ与其他毒株糖基化位点分析
蛋白 BJBLZ
美洲型代表株
VR-2332
经典疫苗株
MLV Resp
PRRS /Repro
欧洲型代表株
LV
2006 年中国高
致病性代表株
JXA1
中国代表株
CH-1a
标准株
NC_001961
GP2 2 2 2 2 2 2 2
GP3 7 7 7 6 7 7 7
GP4 4 4 4 4 4 4 4
GP5 5 4 4 2 5 3 4
M 2 1 1 2 2 2 1
N 1 1 1 1 1 1 1
表 6 HP-PRRSV BJBLZ与其他毒株糖基化位点分析
毒株
GP2 GP3 GP4 GP5 M N
178 184 29 42 50 131 152 160 195 37 88 124 134 35 38 39 40 49 56 10 52 144 5 38
BJBLZ NVT NST NAT NFS NYT NVS NAT NIS NVS NTT NVT NVS NFT NAS - NNS NSS NLT NGT NDS - NGT - NQS
VR-2332 NVT NST NTT NFS NYT NVS NTT NIS NVS NTT NVT NVS NFT NAS NDS - - NLT NGT - - NGT - NQS
MLV NVT NST NTT NFS NYT NVS NTT NIS NVS NTT NVT NVS NFT NAS NDS - - NLT NGT - - NGT - NQS
LV NVS NTT - NTS NYT NVS NST NIS NIS NTT NVT NVS NFT - - - - NLT NGT - NCS NGT NQS -
JXA1 NVT NST NAT NFS NYT NVS NAT NIS NVS NTT NVT NVS NFS NAS - NNS NSS NLT NGT NDS - NGT - NQS
CH-1a NVT NST NAT NFS NYT NVS NAT NIS NVS NTT NVT NVS NFT - - NSS - NLT NGT - NCS NGT - NQS
NC_001961 NVT NST NST NFS NYT NVS NAT NIS NVS NTT NVT NVS NFT NAS NSS - - NLT NGT - - NGT - NQS
糖基化是糖链通过 N-糖苷键结合在 Asn(天冬酰胺 N)-X-Thr(苏氨酸 T)/Ser(丝氨酸 S)的 Asn残基上,X 为除脯氨酸(P)外的任一氨基酸残
基;数字为糖基化位点第一个氨基酸(N)在这几个序列比对时对应的位置,由于同欧洲株一起比对位置和前述可能有变化,“ -”为非糖基化
位点
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2011 年第 10 期 刘永宏等:高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒 BJBLZ株序列剖析
2. 3 BJBLZ株各结构蛋白生化特性预测
通过 Expasy 服务器输入 BJBLZ 株各结构蛋白
氨基酸序列,预测理论等电点、酸碱性氨基酸比例、
稳定性、半衰期和总平均亲水值等蛋白的生物学信
息(表 7)显示,N 蛋白的碱性氨基酸比例明显高于
其他蛋白,总平均亲水值明显低于其他蛋白。GP2、
GP3 和 GP4 蛋白不稳定,GP5、M和 N蛋白稳定。总
电荷 GP4 最小。脂肪族系数 N蛋白最小,GP5 蛋白
最大。利用公式计算预测蛋白可溶性(表 8) ,表明
6 个结构蛋白预测不溶性概率均占 66%以上,GP3
蛋白不溶性概率最高,M蛋白最低。
表 7 HP-PRRSV BJBLZ的各结构蛋白推测信息
预测项目
蛋白质名称
GP2 GP3 GP4 GP5 M N
氨基酸数 256 254 178 200 174 123
分子量(Da) 29436. 4 28903. 0 19576. 7 22431. 2 19003. 4 13508. 3
原子总数 4148 3996 2753 3173 2718 1894
理论等电点 9. 76 8. 73 7. 58 8. 82 9. 87 10. 21
碱性氨基酸比
例(%)
12. 9 13. 0 10. 1 11. 5 13. 8 18. 8
酸性氨基酸比例 4. 6% 6. 2% 6. 7% 6. 0% 4. 0% 5. 7%
总电荷 &12 &5 &1 &6 &11 &12
半衰期评估(小
时)
> 10 > 10 > 10 > 10 > 10 > 10
不稳定指数 47. 95 45. 29 42. 76 35. 29 32. 10 33. 66
稳定性 U U U S S S
脂肪族的系数 95. 23 75. 63 97. 98 109. 65 107. 01 57. 15
总平均亲水
值(GRAVY)
0. 221 0. 013 0. 522 0. 433 0. 448 - 0. 941
U.不稳定;S.稳定
表 8 HP-PRRSV BJBLZ各结构蛋白的可溶性预测结果


氨基
酸数
N + G
+
P + S
(R + K)
#
(D + E)
正则
变量
CV
#
CV
溶解性
可 /不溶
性概率
(%)
GP2 256 57 12 2. 9368 1. 2268 I 77. 30
GP3 254 63 5 3. 5222 1. 8122 I 86. 48
GP4 178 37 1 2. 4866 0. 7766 I 68. 40
GP5 200 38 6 2. 9371 1. 2271 I 77. 31
M 174 38 11 2. 3878 0. 6778 I 66. 25
N 123 38 12 2. 7699 1. 0599 I 74. 19
I.不溶性;S.可溶性
2. 4 BJBLZ株各结构蛋白核定位信号预测
通过服务器 Psort程序输入 BJBLZ 株各结构蛋
白氨基酸序列,该程序即可分析所输入的序列在细
胞内外以及细胞器存在的比例(表 9) ,GP2 蛋白在
胞内分配较均匀,GP3 蛋白主要存在于内质网和高
尔基体,GP4 蛋白在胞外较多,GP5 蛋白主要存在于
内质网和线粒体,M蛋白主要存在于内质网,N蛋白
主要存在于细胞核。
表 9 HP-PRRSV BJBLZ的结构蛋白软件预测
核定位信号(NLS)分析
细胞器
蛋白质名称
GP2 GP3 GP4 GP5 M N
胞外 - - 34. 8% 11. 1% - -
分泌囊泡系统 21. 7% - - - - 4. 3%
细胞质 21. 7% 11. 1% - - - 13. 0%
细胞核 13. 0% 11. 1% - - - 47. 8%
线粒体 13. 0% 11. 1% - 22. 2% 11. 1% 26. 1%
内质网 8. 7% 44. 4% 17. 4% 44. 4% 55. 6% -
血浆 8. 7% - 34. 8% - - -
细胞支架 4. 3% - - - - 8. 7%
空泡 4. 3% - - 11. 1% 22. 2% -
高尔基体 4. 3% 22. 2% 13. 0% 11. 1% 11. 1% -
3 讨论
流行病学调查显示,HP-PRRS 与以往发病表现
不同,此次疫情不仅导致母猪繁殖障碍和仔猪呼吸
困难以及高死亡率,同时还导致肥猪高发病率和高
病死率,后报道此次 HP-PRRSV 毒株有其自身的独
特变异特点[5],正是由于 RNA病毒多阅读框架多点
突变的综合因素导致此次毒株的高毒力。
本研究所分离鉴定的 HP-PRRSV BJBLZ株与欧
洲型和美洲型代表株相比同源性最低的是 ORF3 基
因,其次是 ORF5 基因,这与文献报道的结构蛋白中
ORF6 最保守,ORF5 和 ORF3 最易发生变异相一
致[6]。在 HP-PRRSV中 GP3 和 GP5 蛋白是应该特
别注意的,因为往往变异性最大的区域对疾病的预
防和控制是至关重要的。PRRSV 欧洲型和北美洲
型株 GP2 蛋白有 2 个共有的糖基化位点[7],GP4 有
4 个公认的共有保守糖基化位点[8],BJBLZ 株也未
发生变化,也许是由于该位置在病毒复制中的重要
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生物技术通报 Biotechnology Bulletin 2011 年第 10 期
性而没有发生变化。GP3 是最不保守的蛋白之一,
但是潜在的糖基化位点是高度保守的[9],这和本研
究也是完全相符的。ORF5 是高度变异的区域,34
位和 35 位氨基酸点突变使 ORF5 的第 2 个糖基化
位点发生变异,即 33 - 35 位的氨基酸相对 VR-2332
株而言由 NDSSS变为 NNNSS,同时也导致抗原相关
区发生了变异,也增加了该位置的糖基化位点组合。
糖基化位点的变化发生在非中和表位 A26VLANA和
中和表位 S37HLQLIYNL之间,其余 N30、N44 和 N51
位置的糖基化位点同 VR-2332 没有变化,糖基化水
平可能涉及到毒株的病原性[10],N44 是固定存在
的,对鉴定感染性具有重要作用[11]。2006 年 HP-
PRRSV毒株的高毒力可能与 GP5 增加糖基化的水
平和 N44 的固定不变有关系,其中 C端 2 个 N糖基
化位点在美洲和欧洲株中最保守区作为前导序列,
可能起膜锚定作用。病毒包膜蛋白糖基化作用已是
病毒免疫逃脱和若干不同的包膜病毒逃脱、封闭
(阻断)或病毒中和抗体效应降低到最小的主要机
理[11]。M蛋白由于 10 位氨基酸的突变使 BJBLZ株
相对于北美洲代表株 VR-2332 和 NC标准株均增加
了 1 个糖基化位点,共 2 个糖基化位点,增加了 M
蛋白的糖基化水平。总之,ORF6 是保守的,Han
等[3]报道 JXA1 株传 80 代突变株毒力降低,但是氨
基酸的改变没有发生在 M和 N蛋白。
RNA病毒是易于变异的,原因是每个位置 RNA
复制时核苷酸置换的错配率为 10 -3 - 10 -5[11],HP-
PRRSV的高变异也不是一次性突然的发生[4],也是
有一定的过程,正如一些报道此次毒力的变化是多
个突变位点累积效应所致[12]。如从美洲代表株
VR-2332 L39到 HP-PRRSV I39发生了两次突变,中间
经中国代表株 CH-1a(F39) ,也是随时间在变化的,
可能中国的祖先株 CH-1a 充当亚群Ⅰ和亚群Ⅱ的
过度角色[4];还有 HP-PRRSV 相对 VR-2332 在 GP5
蛋白 34 位和 M蛋白 10 位增加了一个糖基化位点,
早在 CH-1a株就出现。更具说服力的是,早在 2002
年分离于上海的低毒力 SH02 株 ORF5 和 2006 年高
致病性代表株 JXA1-ORF5 同源性高达 98. 8%[4,11];
此次 NSP2 的连续 29 个氨基酸缺失早在 2005 年的
WJ-05 和 HZ-05 株已经出现[4]。另外,变异原因之
一 PRRSV重组也是容易发生的,且重组位点可随机
地发生,如 ZJJ07 株 ORF5 为 NH04 株和 SY0608 株
的重组,另外,93 - 15416 株和 ZJJ07 株 ORF5 的重
组位点不同[11]。其次,现在弱毒活疫苗的商业价值
以及防控特点使其大量的使用,导致疫苗株的返强
也是经常出现的,BJBLZ 株全基因进化分析显示
CH-1a和 VR-2332 不在一个亚群,在它们的亚群有
各自的两个 MLV疫苗株的亲本毒株,所以猜测各亚
群的某些流行毒株可能来源于疫苗的回复突变,这
同 Li等[11]的报道也是一致的。
各 ORFs酸碱性氨基酸的变化导致各蛋白酸
碱性氨基酸比例、等电点、总电荷以及二级结构的
变化。氨基酸的改变对于 PRRSV 的毒力改变等
有重要的生物学意义,尤其功能区的变异,推定潜
在的影响 PRRSV 的复制、信号转导、蛋白运输和
抗体中和等作用。此外,预测与分析清楚各蛋白
或各区域的信息,为下一步的研究奠定了基础,以
免因盲目试验而导致人力和物力的损失。如原核
表达可溶性的蛋白产物对诊断抗原等的制备有一
定的意义,若包涵体经过变性、复性等步骤,得到
的蛋白由于空间立体构象的改变是否具有很好的
抗原性等,还不得而知,需进行后续研究。
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(责任编辑 马鑫
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(责任编辑 狄艳红)
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