全 文 ：第25卷 第1期
2013年1月
Vol. 25, No. 1
Jan., 2013
生命科学
Chinese Bulletin of Life Sciences
网络出版时间：2012-12-17 11:15
网络出版地址：http://www.cnki.net/kcms/detail/31.1600.Q.20121217.1115.001.html
文章编号：1004-0374(2013)01-0119-07
分子人类学中的单核苷酸突变检测方法的研究进展
胡　抗，袁东亚，贺　学，康龙丽*
(西藏民族学院医学院，咸阳 712082)
摘　要：以单核苷酸多态性 (single nucleotide polymorphisms, SNPs)为代表的第三代遗传标记已经广泛用于
群体遗传学、疾病相关性分析、基因作图及药物研究等领域，是后基因组时代的人类学研究焦点之一。对
应用于分子人类学的 SNPs检测方法的原理、应用、优缺点等进行了介绍，并对 SNP高通量检测技术的发
展进行了展望。
关键词：单核苷酸多态性；分子人类学；遗传标记；检测技术
中图分类号：Q524.3；Q986　　文献标志码：A
Approaches for SNPs genotyping in molecular anthropology
HU Kang, YUAN Dong-Ya, HE Xue, KANG Long-Li*
(School of Medicine, Tibet University For Nationalities, Xianyang 712082, China)
Abstract: The third-generation genetic markers, single nucleotide polymorphisms(SNPs), have been prevalently
applied in population genetics, correlation analysis of disease, gene mapping, and pharmacology, being one of the
focal points in anthropology research of post-genome era. In this review, we discussd the methods of SNP-detection
in molecular anthropology, and gave an outlook for high-throughput SNPs-detecting technologies.
Key words: SNPs; molecular anthropology; genetic markers; genotyping technologies
收稿日期：2012-05-28； 修回日期：2012-06-25
基金项目：国家自然科学基金项目(31260252)；教育
部社科人文规划项目(12YJA850011)；西藏自治区科技
厅重点项目(2011)
*通信作者：E-mail: klongli@163.com; Tel: 029-33755276
近年来，由“曹操墓”等考古学重大事件引起
了“三国热”，引发了各界对人类学和分子人类学
的广泛关注。分子人类学，作为一门新的交叉学科
揭开了自己神秘的面纱。
为了发现和研究单核苷酸多态性 (single nucle-
otide plymorphism, SNP)，必须在群体内进行抽样调
查和序列比对 [1]。基于 SNPs分析的分子人类学面
对庞大的工作量，要求有一种理想、高度自动化、
高通量、高准确性和低成本的 SNPs测定方法及平
台。本文着重介绍 Squencing、Tapman、SNaPshot
等几种分子人类学中最常用的 SNP检测技术。
1　分子人类学和单核苷酸多态性
1.1　分子人类学
分子人类学 (molecular anthropology)是分子生
物学和人类学交叉产生的新兴学科，属于人类学中
的一个分支。分子人类学强调利用现代分子生物学
的方法来研究人类学感兴趣的问题，主要包括了人
类的起源、进化，人群的历史、结构以及人群之间
的相互关系等。遗传标记 (genetic markers)是一种
研究遗传物质传递轨迹的标记方法，在分子水平上
称为“分子标记 (molecular marker)”，也指那些能
表达生物的变异性且能稳定遗传，可被检测的性状
或物质。遗传标记按照标记的类型分成长度多态标
记和序列多态标记。长度多态包括卫星 DNA 标记、
小卫星 DNA 标记、微卫星 DNA标记、大片段重复
标记等；序列多态是指单核苷酸多态标记。分子人
类学中主要研究对象是微卫星标记和单核苷酸多态
标记 [2]。
1.2　单核苷酸多态性
单核苷酸多态性 (SNP)是指在基因组水平上由
∙ 技术与应用 ∙
生命科学 第25卷120
单个核苷酸的突变所引起的 DNA 序列多态性。
SNPs所表现的多态性只涉及到单个碱基的变异，
可由单个碱基的转换 (transition)、颠换 (transversion)、
插入 (insertion)或缺失 (deletion)所引起。遗传密码
由腺嘌呤核苷酸 (AMP)、鸟嘌呤核苷酸 (GMP)、胞
嘧啶核苷酸 ( CMP)、胸腺嘧啶核苷酸 (TMP)等 4
种碱基组成，但 SNP通常是双等位基因的遗传变异，
即在同一位置上有两种不同的碱基。
1.3　单核苷酸多态性的特点
SNP成为继限制性酶切片段长度多态性 (rest-
riction fragment length polymorphism, RFLP)和微卫
星标记 (short tandem repeat, STR)之后的第三代遗
传标记。SNPs具有以下特点。(1)数量多，分布广泛。
平均每 500~1 000个碱基对中就有一个 SNP，估计
总数可达 3×106个，甚至更多 [3]，是最常见的人类
可遗传的变异，占所有已知多态性的 90%以上。(2)
易于基因分型。组成 DNA的碱基虽然有 4种，但
SNPs一般只有两种碱基组成，所以它是一种二态
的标记，即二等位基因 (biallelic)。这种非此即彼的
二态性使基因分形更加简单。(3)适于快速、规模
化筛查。SNPs的二态性使得在基因组筛选中 SNPs
往往只需 +/-的分析，而不用分析片段的长度，这
就利于发展自动化技术筛选或检测 SNPs。(4)稳定
遗传。处于编码区的 SNP(cSNP)是高度稳定的，它
会随着生物的繁衍传递给下一代。
由于 SNP具有数量多、分布广和稳定遗传等
特点，分子人类学把 SNP作为常用的遗传标记来
标定群体内和群体间的单倍型、遗传距离等。
2　SNP检测技术的原理
SNP与许多遗传疾病 (如血友病和苯酮尿病等 )
直接相关，是决定人类疾病易感性和药物反应差异
的主要因素。因此，人类群体分型、新药研究、个
体化用药、临床检验和分子诊断中的 SNPs分型具
有十分重大的意义。对 SNPs的广泛关注刺激了检
测技术突飞猛进的发展。
按照 SNP位点区分方法，检测技术可以分为
以下几大类。(1)基于杂交的方法。包括ASO (allele-
specific oligonecleotide, 等位基因特异核苷酸片段 )
杂交、LNA(locked nucleic acid)杂交、molecular bea-
cons(分子信标 )、scorpion primer、DASH(dynamic
allele-specific hybridization, 动态等位基因特异杂交 )
等。(2)基于 PCR或酶的方法。在杂交的基础上增
加酶促反映，提高检测的可靠性和准确性。(3)以
构象为基础的方法。 SNP位点引入 DNA分子后引
起其构象的改变或 Tm 值的不同。这些差异在温度
梯度凝胶电泳中表现为电泳迁移率的不同 ,而将突
变体检测出来。(4)直接测序法。直接将含有目标
SNP位点的一段核酸序列做为目的片段，对该段序
列进行直接测序。这一方法的 SNP检出率为 100%[4]。
3　分子人类学中的SNP检测技术
3.1　PCR-RFLP法
PCR-RFLP法是最早应用于分子人类学的 SNP
检测技术。该技术用 PCR反应扩增纯化后的 DNA，
随后用限制性核酸内切酶将扩增产物切成“限制性
片段”。限制性内切酶是一类识别DNA特异位点 (通
常 4~6 bp)并在特异位点将双链 DNA中戊糖与磷酸
之间的糖苷键切断的酶类 (酵素 )。用限制性内切
酶消化特定 DNA会产生同样的片段。而 SNP可以
产生或消除一个特定酶切位点，从而改变酶切割后
产生片段的大小和数目。每个个体的酶切位点之间
的距离会有差距，限制性片段的长度就有区别。将
限制性片段进行琼脂糖凝胶电泳，不同个体的条带
位置将会表现出多态性，即限制性片段长度多态性
(RFLP)，从遗传水平上区分不同个体。
该技术简单易操作，对于检测单拷贝上 (Y染
色体和线粒体 )的 SNP，准确度非常高。但由于酶
切的不完全导致无法判断杂合子，该技术对常染色
体上的 SNP检测不是很准确。实际上大约一半的
SNP位点并不改变限制性酶切位点，这一点可以通
过设计包含酶切位点的错配引物来克服 [5]，但错配
的引物在 PCR扩增时可能会产生一定的困难。
基于 PCR 反应的限制性酶切位点多样性分析
(PCR-RFLP analysis)在分子人类学线粒体基因分型
中得到了广泛的应用，所涉及到的位点包括 10397
AluI、5176AluI、4831HhaI、13259HincII、663
HaeIII、12406HpaI、9824HinfI、3394HaeIII、
3010、4715、5417、10310等 [6-7]。
3.2　直接测序法
线粒体 DNA (mtDNA) 是真核生物线粒体中含
有的、在线粒体中复制和表达的 DNA，为双链环
状分子，每个细胞的拷贝数可达数千，属于母系遗
传。线粒体 DNA含有的基因能编码部分线粒体蛋
白质 (如膜蛋白 )、组成线粒体自身翻译体系的转
移核糖核酸 (tRNA)和核糖体核糖核酸 (rRNA)。
mtDNA可分成编码区和非编码区 (D-环区 ) 。D -
环区是 mtDNA 分子复制和转录的调控中心 ,也是
胡　抗，等：分子人类学中的单核苷酸突变检测方法的研究进展第1期 121
mtDNA 和核基因组之间进行信息交换的枢纽。由
于 D-环区多态性较高，又称为高变区。通常分为
高变区 I (HVR I)、高变区 II (HVR II)及其周边区域。
线粒体高变区 I (HVR I)，即线粒体非编码区 (D-环
区 )16 024~16 383碱基序列 [8]。
SNP研究中经常应用直接测序法，即双脱氧链
终止法 (dideoxy chain-termination method)，又称桑
格法 (sanger method)。对样本的线粒体高变区 I (hyp-
ervariable region I, HVRI)进行测序，然后比对标准
序列，从而得到样本 HVR I序列内的所有 SNP位点
信息。
直接测序法由 Sanger等于 1977年发明，其原
理为：将模板在 DNA聚合酶、引物、4种单脱氧
核苷酸 (dNTP，包括 dATP、dGTP、dCTP和 dTTP，
其中一种以放射性 32P标记 )环境中复制，分成 4
个独立的测序反应，分别按比例加入 4种双脱氧核
苷酸 (ddNTP)。链延长反应在结合到一个双脱氧核
苷酸时，因为缺少一个形成磷酸二酯键所必需的
3-OH而使 DNA链终止延伸，由此产生不同长度
的 DNA片段。新合成的 DNA片段热变性后通过
变性丙烯酰胺凝胶电泳根据链长度而分开，可精确
到一个碱基。变性丙烯酰胺电泳有四个泳道，每个
泳道对应一种碱基。电泳结束后通过放射自显影或
紫外显影可读出 X光片或凝胶影像。图像中的每一
个暗带表示一个双脱氧核苷酸 (ddATP、ddGTP、
ddCTP、ddTTP)掺入后链终止的 DNA片段的结果。
4个泳道之间的不同暗带的相对位置可以用来读取
(从底部到顶部 )DNA序列 [9]。
随着 Sanger测序技术的发展，ddNTP的标记
技术有了很大的提高。不同种类的 ddNTP可以被
不同荧光基团所标记，这些荧光基团具有相同的激
发波长和不同的发射波长，在光学上表现为不同的
颜色。经 ABI-3130XL测序仪跑胶后，得到和目标
序列匹配的不同颜色峰图 (图 1)。测序反应在一个
体系中进行，这就满足了对测序速度、自动化及通
量不断提高的要求，使直接测序法在 DNA研究中
得到广泛使用。
直接测序法可以 100%检测目标序列内的所有
SNPs，具有准确度高的特点，对于在一段很短的序
列上存在多个 SNP的检测是有优势的。由于它是
针对目标片段所有碱基的全测序，目标片段内所有
碱基 (不论有无突变 )全部测定出来，所以在跨基
因或者多基因 SNPs研究中采用直接测序法会使成
本偏高、工作量偏大。
3.3　PCR-SSCP技术
单链构象多态性 (single-strand conformation poly-
morphism, SSCP)是一种利用凝胶电泳分离长度相
同但序列和构象不同的核酸的技术 [10]。1989年，
Orita等 [11]研究发现，单链 DNA片段呈复杂的空
间折叠构象，这种立体结构主要是由其内部碱基配
对等分子内相互作用力来维持的，当有一个碱基发
生改变时，会或多或少地影响其空间构象，使构象
发生改变，空间构象有差异的单链 DNA分子在聚
丙烯酰胺凝胶中受排阻大小不同。因此，通过非变
性聚丙烯酰胺凝胶电泳 (PAGE)，可以非常敏锐地
将构象上有差异的分子分离开，其基本过程是：(1)
PCR扩增靶 DNA；(2)将特异的 PCR扩增产物变性，
而后快速复性，使之成为具有一定空间结构的单链
DNA分子；(3)将适量的单链 DNA进行非变性聚
丙烯酰胺凝胶电泳；(4)通过放射性自显影、银染
或溴化乙锭显色分析结果。若发现单链 DNA带迁移
率与正常对照的相比发生改变，就可以判定该链构
象发生改变，进而推断该 DNA片段中有碱基突变。
PCR-SSCP技术简便、快速、灵敏，小于 300 bp
的 DNA片段中的 SNP检出率达 90%，可以发现靶
DNA片段中未知位置 SNP，不需要特殊的仪器，
适合临床实验的需要。但要最后确定突变的位置和
类型，还需进一步测序，且电泳条件要求较严格。
另外，由于 SSCP是依据点突变引起单链 DNA分
子立体构象的改变来实现电泳分离的，这样就可能
会出现当某些位置的点突变对单链 DNA分子立体
图1　测序原理图
生命科学 第25卷122
构象的改变不起作用或作用很小时，聚丙烯酰胺凝
胶电泳无法分辨造成漏检。这些都造成 PCR-SSCP
技术在分子人类学中较少应用，而多用于 DNA研
究中的未知基因突变的检测。
3.4　Taqman探针法
Taqman探针技术最先由 Polakis等 [12]于 1991
年在 PNAS上介绍，随后被 ABI开发广泛应用于
DNA研究。Taqman是基于等位基因特异性杂交原
理的 SNP 检测技术，通过检测 PCR过程中和 PCR
之后产生的荧光信号来区分等位基因类型。它的基
本原理： PCR扩增时，在加入一对引物的同时加入
一个特异性的荧光探针，该探针为一寡核苷酸，两
端分别标记一个荧光发光基团 (reporter dye)和一个
荧光淬灭基团 (quencher)。探针完整时，发光基团
发射的荧光信号被淬灭基团吸收；PCR扩增时，探
针和模板结合，当 forward primer (5端的 )延伸到
探针结合的地方时，Taq酶的 5→3外切酶活性将
探针酶切降解，使报告荧光基团和淬灭荧光基团分
离，从而荧光监测系统可接收到荧光信号 (图 2)。Taq-
man每扩增一条 DNA链，就有一个荧光分子形成，
实现了荧光信号的累积与 PCR 产物形成完全同
步 [13-15]。
分子人类学关注的 Y染色体和线粒体上一般
不存在等位基因。在用 Taqman进行分型时，非此
即彼的 SNPs表现在 Taqman结果分析上只需要分
为两个群组 (cluster)。与疾病分析中的 Taqman(需
分为三个群组 )相比，分型错误可能性降低、分型
精度提高。
Taqman技术针对每个 SNP位点单独设计引物
和探针，具有耗时短、灵敏度高、实时性强、高可
重复性和高可靠性等特点 [16]。同时，Taqman探针
法多用于样本量大而检测位点不多的 SNP研究，因
为此技术的主要成本是合成探针，如果样本量大，
摊到每个样本上的成本也是很经济的。但是，
Taqman一个反应只能检测一个 SNP位点，对于多
个 SNP位点的研究来说，成本较高，工作量也比
较大。另外，Taqman探针设计方案、样本质量和
ABI PRISM 7900HT机器灵敏度等因素影响 Taqman
分型结果，在实际应用中存在分型不准确的可能。
3.5　SNaPshot技术
SNaPshot技术由美国应用生物公司 (ABI)开
发，主要针对中等通量的 SNPs分型项目。它可同
时对多个 SNPs进行基因分型。它的原理：先经过
多重 PCR，将模版体外扩增。然后用虾碱酶消化掉
剩余的 dNTP。在一个含有测序酶、4种荧光标记
的 ddNTP(不含 dNTP)，以及紧挨多态位点 5端的
不同长度延伸引物和 PCR产物模板的反应体系中，
引物延伸一个碱基即终止。4种双脱氧核苷酸——
ddATP、ddTTP、ddCTP和 ddGTP分别加上荧光标
记 dR6G、dROX™、dTAMRA™和 dR110，经 ABI
荧光测序仪检测并由 Peak scaner等软件分析后，分
别呈现出绿、红、黑、蓝等 4种颜色 [17]。因此，根
据峰的颜色可知掺入的碱基种类，从而确定该样本
的基因型；根据峰的位置和延伸引物设计方案，可
以确定该峰所对应的 SNP位点 (图 3)。
从 Y染色体或者线粒体 DNA的系统树上选择
若干已知单倍群及其定义 SNP位点，建立一个 panel
组。然后依据 SNP位点设计特定的 PCR引物和延
伸引物。最后利用 SNaPshot获得目标群体的相关
SNP信息 [18-20]。
与其他 SNP检测技术相比，SNaPshot具有以
下鲜明的特点。(1)分型准确。该技术也称小测序
技术，其准确度仅亚于直接测序。(2)多位点同时
检测。体系和程序经优化后，可以同时检测达
12~22个位点，而 RFLP及 Taqman一次仅能检测
一个。(3)不受 SNP位点多态特性限制。不管该位
点是 G/C、A/T、G/A、C/T，还是插入 /缺失多态，
都可以放在一个体系中检测。(4)少量样本即可实
现有效检测。(5)可以检测出受污染的样本。如果
一个样本的分型峰谱偏离正常的分布，它可以提示
该样本可能受到污染或浓度过低。正是由于这些优
点，就使得 SNPs的研究趋于高通量和高质量，大
大缩短了 SNPs分析时间。再加上其结果比较直观
和成本比较低廉的原因，分子人类学中样本量不大
而又要检测大量 SNP位点的研究大量应用 SNaPshot
这一先进技术。
3.6　新型高通量SNP检测技术
近年来，由于 SNP研究的需要，发展出了一
大批高通量、高自动化的新型 SNP检测技术，包
括 SNP芯片、全基因组关联研究 (genome wide ass-
ociation studies, GWAS)和第二代测序技术。
国外大规模筛查疾病关联分析常用 SNP芯片
技术。它是一种商业化的、在固相支持介质上进行
分子杂交和原位荧光检测的高通量 SNPs分析方法。
它的原理是针对等位基因设计 2个探针，然后与样
本的 DNA杂交，通过检测与某一个探针有杂交来
区分位点上是某种碱基。SNP芯片按制作方法分为
Stanford型、原位合成型、微珠布放型和 qPCR array
胡　抗，等：分子人类学中的单核苷酸突变检测方法的研究进展第1期 123
图3　SNaPshot原理图
Forward primer：正向引物；Reverse primer：反向引物；probe：探针
图2　Taqman原理图
生命科学 第25卷124
型，可应用于群体内部或群体之间等位基因的
SNPs检测 [21]。该技术结果准确，适合复杂疾病研究，
多用于固定的大量 SNP检测。Illumina和 Affy等
公司都有不同密度的成熟产品，单位点成本很低，
但 SNP位点较多、样本量大时也会花费很高。
GWAS是一种检测特定物种中不同个体间的
全部或大部分基因，从而了解不同个体间的基因
变化有多大的方法。GWAS研究新发现了数千个
SNPs[22]，且在发现疾病的分子途径时非常有用，但
是通常在发现预测疾病风险的基因时作用不大 [23]。
GAWS研究需要投入极大的人力、物力，成本过高。
另外，GWAS是一种发现符合常见疾病 -常见变异
假说 (common desease-common variant hapothesis)
相关位点的方法，可以确定相关位点，但不能直接
确定基因本身，且在任何人群中不能方便地识别罕
见的风险等位基因。
第二代测序基本原理都是在来源于不同样本的
DNA 上加上序列标签 (bar-coding),然后将很多的样
本混合 (pooling)后形成一个 DNA 文库进行高通量
测序。在得到的序列数据后，通过序列上特异性的
标签将测序结果与样本一一对应 (mapping)[24-25]。商
业化高通量测序技术主要有 Illumina 公司的 Solexa
系统、 Apply Biosystems 公司的 SOLiD 系统、 Roche
公司的 GS FLX 系统、 Helicos 公司的 Helicos 系统
等。一次高通量测序反应的价格固定，增加每次反
应中样本的数量可以减少平均到每个样本的成本。
同时由于高通量测序每次产生的数据量非常大，使
得每个样本被测得次数较高 (>20 次 )，测序结果的
精度非常高。
对于样本量较小的的分子人类学研究，SNP芯
片、GWAS和第二代测序等新型检测技术成本过高，
在分子人类学中应用较为局限。
4　结束语
随着 SNP研究的普及和深入，SNPs检测技术
也日新月异地发展起来。 Makridakis和 Reichardt[26]
开发的MAPA技术、Tully等 [27] 介绍的多重固相荧
光微测序 (multiplex solid-phase fluorescent minisequencing)、
上海天昊生物科技有限公司 SNPscan和 ISS (in silico
sequencing) [28]等新型检测技术层出不穷。虽然 PCR-
RFLP、Squencing、Tapman 和 SNaPshot是目前分子
人类学研究中比较常用的 SNP检测技术，但是其
他检测技术也有着各自的优缺点，应根据不同研究
的具体情况选择一种低成本、高准确性的最适方法。
商业化 SNP检测试剂盒的出现使 SNPs研究朝
向快速、经济、小型化、自动化、高通量、高质量
的方向发展。SNPs研究已经成为分子人类学，甚
至是整个分子生物学的热点，是群体遗传学、制药
业、法医学、癌症及遗传性疾病甚至进化研究的重
点和突破点。各个基因组 SNPs图谱的建立和公共
数据库中 SNPs数据的不断增多也证明了这一点。
作为第三代遗传标记的 SNPs的应用潜力将不断被
开发和发掘出来。
[参　考　文　献]
[1] David A, Pollara VJ, Cowles CR, et al. An SNP map of
the human genome generated by reduced representation
shotgun sequencing. Nature, 2000, 407(5): 513-6
[2] 覃振东. 东亚西南部人群线粒体 DNA 研究：藏族和孟
高棉语族人群的母系遗传多样性 [D]. 上海: 复旦大学,
2011: 1-5
[3] Brookes AJ. The essence of SNPs. Gene, 1999, 234(2):
177-86
[4] 高秀丽, 景奉香, 杨剑波, 等. 单核苷酸多态性检测分析
技术. 遗传, 2005, 27(1): 110-22
[5] Cohen JB, Levinson AD. A point mutation in the last
intron responsible for increased expression and
transforming activity of the c-Ha-ras oncogene. Nature,
1988, 334(6178): 119-24
[6] Torroni A, Rengo C, Guida V, et al. Do the four clades of
the mtDNA haplogroup L2 evolve atdifferent rates? Am J
Hum Genet, 2001, 69(6): 1348-56
[7] Yao YG, Kong QP, Bandelt HJ, et al. Phylogeographic
differentiation of mitochondrial DNA in Han Chinese. Am
J Hum Genet, 2002, 70(3): 635-51
[8] 赵健民, 康龙丽, 卞利强. 西藏昌都藏族mtDNA高变Ⅰ
和高变II区序列多态性分析 . 中华医学遗传学杂志 ,
2008, 25(5): 588-92
[9] Sanger F, Nicklen S, Coulson AR. DNA sequencing with
chain-terminating inhibitors. Proc Natl Acad Sci USA,
1977, 74(12): 5463-7
[10] Kubo KS, Stuart RM, Freitas-Astúa J, et al. Evaluation of
the genetic variability of orchid fleck virus by single-
strand conformational polymorphism analysis and
nucleotide sequencing of a fragment from the nucleocapsid
gene. Arch Virol, 2009, 154(6): 1009-14
[11] Orita M, Iwahana H, Kanazawa H, et al. Detection of
polymorphisms of human DNA by gel electrophoresis as
single-strand conformation polymorphisms. Proc Natl
Acad Sci USA, 1989, 86(8): 2766-70
[12] Polakis PG, Rubinfeld B, Evans T, et al. Purification of a
plasma membrane-associated GTPase-activating protein
specific for rap1/Krev-1 from HL60 cells. Proc Natl Acad
Sci USA, 1991, 88(1): 239-43
[13] Holland PM, Abramson, RD, Watson R, et al. Detection of
specific polymerase chain reaction product by utilizing the 5-
---3 exonuclease activity of Thermus aquaticus DNA
polymerase. Proc Natl Acad Sci USA, 1991, 88(16): 7276-80
胡　抗，等：分子人类学中的单核苷酸突变检测方法的研究进展第1期 125
[14] Bustin SA. Absolute quantification of mRNA using real-
time reverse transcription polymerase chain reaction
assays. J Mol Endocrinol, 2000, 25(2): 169-93
[15] Kutyavin IV, Afonina IA, Mills A, et al. 3′-Minor groove
binder-DNA probes increase sequence specificity at PCR
extension temperatures. Nucleic Acids Res, 2000, 28 (2):
655-61
[16] Kamau E, Alemayehu S, Feghali KC, et al. Development
of a taqman dllelic discrimination assay for detection of
single nucleotides polymorphisms associated with anti-
malarial drug resistance. Malaria J, 2012, 11(1): 11-23
[17] Applied Biosystems. ABI PRISM® SNaPshot™ Multiplex
Kit [EB/OL]. 2000. http://www3.appliedbiosystems.com/
cms/groups/mcb_support/documents/generaldocuments/
cms_041203.pdf
[18] Yan S, Wang CC, Li H, et al. An updated tree of Y-chrom-
osome Haplogroup O and revised phylogenetic positions
of mutations P164 and PK4. Eur J Hum Genet, 2011,
19(9): 1013-5
[19] 文波. Y染色体、mtDNA多态性与东亚人群的遗传结构
[D]. 上海: 复旦大学, 2004
[20] Cai X, Qin Z, Jin L, et al. Human migration through
bottlenecks from Southeast Asia into East Asia during Last
Glacial Maximum revealed by Y chromosomes. PLoS
One, 2011, 6(8): e24282
[21] Hacia JG, Fan JB, Ryder O, et al. Determination of
ancestral alleles for human single-nucleotide polymorphisms
using high-density oligonucleotide arrays. Nat Genet,
1999, 22(2): 164-7
[22] Li H, Lee Y, Chen JL, et al. Complex-disease networks of
trait-associated single-nucleotide polymorphisms (SNPs)
unveiled by information theory. J Am Med Inform Assoc,
2012, 19(2): 295-305
[23] Manolio TA. Genomewide association studies and
assessment of the risk of disease. N Engl J Med, 2010,
363(2): 166-76
[24] Meyer M, Stenzel U, Myles S, et al. Targeted high-
throughput sequencing of tagged nucleic acid samples.
Nucleic Acids Res, 2007, 35(15): e97
[25] Cronn R, Cronn R, Liston A, et al. Multiplex sequencing
of plant chloroplast genomes using Solexasequencing-by-
synthesis technology. Nucleic Acids Res, 2008, 36(19):
e122
[26] Makridakis NM, Reichardt JK. Multiplex automated
primer extension analysis: simultaneous genotyping of
several polymorphisms. Biotechniques, 2001, 31(6): 1374-
80
[27] Tully G, Sullivan KM, Nixon P, et al. Rapid detection of
mitochondrial sequence polymorphisms using multiplex
solid-phase fluorescent minisequencing. Genomics, 1996,
34(1): 107-13
[28] Zhang XC, Zhang B, Li SS, et al. Sequencing genes in
silico using single nucleotide polymorphisms. BMC
Genet, 2012, 13(1): 6