全 文 ：第25卷 第10期
2013年10月
生命科学
Chinese Bulletin of Life Sciences
Vol. 25, No. 10
Oct., 2013
文章编号：1004-0374(2013)10-1000-08
分子标记在食(药)用真菌遗传多样性研究中的应用
张　婷1， 王元忠2， 张晓东3， 李杰庆1 ，刘鸿高1*
(1 云南农业大学农学与生物技术学院，昆明 650201；2 云南省农业科学院药用植物
研究所，昆明 650223；3 玉溪师范学院资源环境学院，玉溪 653100)
摘　要：食 (药 )用真菌在经济和生态方面都具有重要意义，其遗传多样性研究是资源可持续利用和生物
保护学研究的基础，有利于食 (药 )用真菌种质资源的收集、保存、评价和利用，也有助于其分类学、系
统学及进化等的研究。遗传多样性的研究方法很多，分子标记是目前最常用最有效的方法之一。综合分析
了分子标记在食 (药 )用真菌遗传多样性研究中的应用，比较了各种标记的应用范围、优缺点，探讨了分
子标记用于食 (药 )用真菌遗传多样性评价的前景及问题。
关键词：食 (药 )用真菌；遗传多样性；DNA分子标记
中图分类号：S646；Q949.3；Q94-33 文献标志码：A
Molecular markers in the studies of genetic
diversity of edible and medicinal fungi
ZHANG Ting1, WANG Yuan-Zhong2, ZHANG Xiao-Dong3, LI Jie-Qing1, LIU Hong-Gao1*
(1 College of Agriculture and Biotechnology, Yunnan Agriculture University, Kunming 650201, China; 2 Institute of
Medicinal Plants, Yunnan Academy of Agricultural Sciences, Kunming 650223, China; 3 College of Resources and
Environment, Yuxi Normal University, Yuxi 653100, China )
Abstract: Edible and medicinal fungi have important economic significance as food and medicine, and also play an
important ecological role. However, their genetic diversities are not well known. To understand their genetic
diversities and structures is important for the utilization and conservation of these fungal resources, and is also
benefit for the studies in taxonomy, systematics and evolution. There are various molecular methods to evaluate
genetic diversity. The present paper summarized the research progresses of molecular markers applied in genetic
diversity of edible and medicinal fungi, and compared the advantages and disadvantages of each marker. The
application and the problems encountered using molecular markers were also discussed.
Key words: edible and medicinal fungi; genetic diversity; DNA markers
收稿日期：2013-04-10； 修回日期：2013-05-19
基金项目：国家自然科学基金项目(31160409)
*通信作者：E-mail: honggaoliu@126.com；Tel：0871-
65222338
1　食(药)用真菌遗传多样性研究的重要性
全世界有记载的食用真菌约有 2 500种，其中
中国有 936种，大部分都具有重要的经济价值 [1]。
食用菌营养丰富，含有丰富的蛋白质、多糖、氨基
酸和维生素；其脂肪含量低，大部分为亚麻油酸和
不饱和亚油酸类；还富含 Fe、Cu、Mg、Zn、Se、
Al、K等有益于人类健康的矿质元素 [2]。在中国和
其他一些亚洲国家，真菌在民间医药中被用作治疗
和保健用药物已有 2 000多年的历史 [3]。Dai等 [4]
总结了中国 540余种药用真菌名称及主要功效，其
中 126种具有抗癌作用。食 (药 )用真菌具有抗肿瘤、
消炎、预防心血管疾病等生物功能。过去的 50年间，
从真菌中分离出大量的活性化合物用于药物和药物
前导，很大程度上提高了人类的医疗保健水平 [5]。
近年来，真菌提取物因具有保护皮肤、抗氧化和抗
∙ 评述与综述 ∙
张　婷，等：分子标记在食(药)用真菌遗传多样性研究中的应用第10期 1001
衰老的作用，被用于化妆品及保健品资源 [6]。此外，
食 (药 )用真菌还具有重要的生态学意义，如与植
物互利共生、生物降解、土壤修复等 [7-10]。
食 (药 )用真菌在经济、医疗保健及生态方面
均具有重要意义，其资源多样性的研究与保护引起
了很多国家的重视。部分欧洲国家很早就开始了对
真菌资源保护的研究，如德国、芬兰、奥地利、挪威、
波兰、瑞典等国家均颁布了野生真菌保护相关重
要文件，包含了多种濒临灭绝和非濒临灭绝的种
类 [11]。但在国内，食 (药 )用真菌的研究起步较晚，
其保护也未受到足够的重视，目前仅有部分地区的
食 (药 )用真菌保育和部分濒危食 (药 )用真菌的
研究 [12-15]。随着环境的变化和人类活动的不断增加，
越来越多的种群及其多样性受到威胁。部分具有重
要经济价值的食 (药 )用真菌如松口蘑 (Tricholoma
matsutake)、冬虫夏草 (Ophiocordyceps sinensis)等
未实现人工栽培，主要靠野外采集来满足市场需求，
而过度的采集常导致一地区该物种的多样性急剧下
降甚至灭绝，生物保护措施的缺乏和环境的恶化加
剧了食 (药 )用真菌的濒危状况。
对食 (药 )用真菌的濒危状况进行评估，采取
必要保护措施以实现资源可持续利用，必须了解其
遗传多样性。种群遗传多样性及其遗传结构是生物
保护的理论基础。遗传多样性的研究方法很多，如
最初的形态学分析、生化水平的同工酶标记等都曾
用于遗传多样性的研究，目前最常用的方法是
DNA分子标记技术，随着分子生物技术的发展，
已有数十种 DNA分子标记用于大型食 (药 )用真
菌遗传多样性的研究 [16-17]。
2　食(药)用真菌遗传多样性研究现状
DNA分子标记技术在食 (药 )用真菌分子育种、
菌种和菌株的鉴定、遗传多样性分析、基因定位和
克隆等方面的研究中发挥了重要的作用。我国是较
早开始食 (药 )用真菌遗传多样性研究的国家，部
分重要的种类遗传多样性研究较多。通过对国内外
文献分析，分子标记已用于约 23属 30余种食 (药 )
用真菌的遗传多样性分析 (表 1)。
如表 1所述，食 (药 )用真菌遗传多样性的研
究在近二三年较多，主要集中在具有重要商业价值
的食 (药 )用真菌，如木耳属、虫草属、香菇属、
口蘑属、块菌属等。分子标记运用较广泛的为
RAPD、SSR、ISSR等，其中来源于中国的研究较多。
未来应加强更多种属的遗传多样性研究，为其开发
利用奠定基础。
同一物种居群数量或地理来源不同，其遗传多
样性可能不同。如Wang等 [31]运用 ITS分析了英国、
中国、日本、挪威、韩国等地的 26 个蛹虫草
(Cordyceps militaris)居群的遗传多样性，结果发现
其种间变异度小于 0.01，且与地理来源不相关。而
Wen等 [32]用 RAPD技术分析了中国 6个蛹虫草个
体的遗传多样性，发现种间变异显著，遗传距离为
0.2834~0.4890。用不同的分子标记研究同一物种，
得到的遗传多样性结果有一定差异。Fu等 [44]分别
用 RAPD、ISSR和 SRAP 3种标记研究 23株香菇
菌株的遗传多样性，结果显示 3种标记均适用于香
菇的遗传多样性研究，但得到的遗传距离却不完全
相同；分别使用这 3种标记构建的系统发育树对个
别菌株的定位有差异，如基于 RAPD和 SRAP的聚
类分析图中申香 -6和申香 -9与其他菌株聚为一类，
而基于 ISSR的聚类分析中两菌株单独聚为一支，
反映了这两个菌株与其他菌株的差异，表明 ISSR
标记比 RAPD和 SRAP的灵敏度更高。
综上所述，在利用分子标记技术评价食 (药 )
用真菌的遗传多样性时，应全面考虑多种因素。根
据遗传多样性研究范围合理确定采样的居群数、合
理布局采样地点，必要时结合其地理信息及形态特
征综合分析其遗传多样性。选用分子标记时应充分
考虑各标记的优缺点，扬长避短，并根据实验条件
合理选择标记，也可多种标记结合使用，确保研究
的准确性。
3　食(药)用真菌研究中常用的DNA分子标记
3.1　基于限制酶和杂交技术的分子标记
限制性片段长度多态性 (restriction fragment
length polymorphism, RFLP)标记是最早发展的第一
代 DNA分子标记，该技术分析数据信息量大，结
果稳定可靠，重复性好，不受环境和真菌生长发育
阶段影响。Yakhlef等 [59]利用 RFLP技术研究摩洛
哥橡树林下食 (药 )用真菌的分类及种间多样性，
分析了 15个属 39个种的 87份外生菌根真菌基因
的 ITS区域，结果显示外生菌根真菌的 ITS序列的
种间变异水平很高。RFLP分析需要的DNA数量少，
重现性高，是一种外生菌根真菌分类的有效工具，
能有效地评价种间遗传多样性。但 RFLP 操作繁琐，
检测周期长，成本昂贵，不适于大规模的遗传多样
性分析。
生命科学 第25卷1002
表1 分子标记在23属食(药)用真菌遗传多样性研究中的应用
种 菌株数量 DNA标记 遗传多样性 年份 参考文献
Agaricus bisporus 25 AFLP — 2001 [18]
Agaricus bisporus 27 SSR Ho=0~0.88 2009 [19]
Amamita sp. 26 RAPD GS=0.2~0.6 2000 [20]
Antrodia cinnamomea 23 EST-SSR Ho=0.130~0.783 2009 [21]
He=0.122~0.809
Armillaria gallica 53 ISSR GS=0.744~0.910 2011 [22]
Auricularia auricula 34 ISSR、SRAP GS=0.34~0.91 2010 [23]
Auricularia auricula 9 RAPD D=0.2016~0.9324 2007 [24]
Auricularia auricula-judae 32 TRAP GS=0.567~0.922 2011 [25]
Auricularia auricula-judae 22 ISSR GS=0.75 2013 [26]
Auricularia polytricha 40 ISSR H=0.2398 2011 [27]
Auricularia polytricha 145 ISSR H=0.1935 2012 [28]
Auricularia polytricha 17 RAPD D=0.056~0.867 2004 [29]
Coprinus comatus 57 SRAP、RAPD、ISSR GS=0~0.72 2013 [30]
Cordyceps militaris 26 ITS D﹤0.01 2008 [31]
Cordyceps militaris 6 RAPD D=0.2834~0.4890 2009 [32]
Cordyceps sinensis 18 ISSR Hs=0.071 2008 [33]
Cordyceps sinensis 17 ITS D﹤0.03 2004 [34]
Flammulina velutipes 14 SSR PIC=0.13~0.69 2010 [35]
Ganoderma sp. 38 AFLP、ITS-PCR-RFLP GS=0.07692~0.99194 2009 [36]
Ganoderma sp. 31 SRAP — 2006 [37]
Hericium sp. 18 ITS GS=0.018~0.453 2011 [38]
Hypsizygus marmoreus 19 AFLP — 2009 [39]
Inonotus obliquus 21 ISSR GS=0.605~0.880 2012 [40]
Laccaria bicolor 15 SSR Ho=0.167~0.667 2006 [41]
Lactarius akahatsu 38 ITS H=0.21875~0.59875 2012 [42]
Lactarius deliciosus 68 ITS — 2011 [43]
Lentinula edodes 23 RAPD D=0.64~1.00 2010 [44]
ISSR D=0.62~0.99
SRAP D=0.70~1.00
Lentinu a edodes 24 SCAR D=0.58~0.94 2012 [45]
Lentinula edodes 30 AFLP H=0.19±0.01
I=0.292±0.014 2012 [46]
Morehella sp. 56 ISSR GS=0.6155~0.8424 2011 [47]
Pleurotus cituinopileatus 18 ISSR GS=0.50~0.96 2011 [48]
Pleurotus ostreatus 20 RAPD、SRAP — 2013 [49]
Russula alutacea 122 ITS — 2010 [50]
Shiraia bambusicola 32 RAPD H=0.1908 2009 [51]
Trametes versicolor 34 ISSR GS=0.58~0.91 2010 [52]
Tricholoma matsutake 129 SRAP H=0.1012~0.1690
I=0.1451~0.2252 2010 [53]
Tricholoma matsutake 56 ITS、IGS、IRAP Is=0.0769, Ip=0.0741 2007 [54]
Tricholoma terreum 33 RAPD I=4.52 2003 [55]
Tuber magnatum 370 SSR He=0.167~0.708 2004 [56]
Tuber melanosporum 210 SSR H=0.25 2012 [57]
Volvariella volvacea 8 RAPD GS=0.4388~0.7410 2004 [58]
注：Ho，观察杂合度；GS，遗传相似系数；He，预期杂合度；D，遗传距离；H，Nei’s 基因多样性；Hs，种群内遗传多样
性；I，Shannon 多样性指数；Is，种间Shannon 多样性指数；Ip，种内Shannon多样性指数； PIC，多态信息量；“—”，无具
体数据。
张　婷，等：分子标记在食(药)用真菌遗传多样性研究中的应用第10期 1003
3.2　基于PCR技术的分子标记
3.2.1　随机扩增多态性DNA (RAPD)
RAPD (random amplified polymorphic DNA) 标
记技术利用一个长 10 bp左右的随机寡核苷酸链作
引物，经 PCR扩增、凝胶电泳分离后检测 DNA的
多态性。其优点是不需要知道被研究物种的核酸序
列信息，所需的样品量较少，成本低，灵敏度高，
简单易行，可检测出 RFLP不能检测出的重复序列。
1999年，Ito 和 Yanagi[60]用 RAPD技术鉴定担子菌
的种类和菌株，成功地区分了鬼伞属和口蘑属的不
同种。Huai等 [55]用 RAPD技术对人造松林中灰棕
口蘑 (Tricholoma terreum)的遗传多样性进行研究，
结果显示 33个子实体的 Shannon遗传多样性指数
为 4.52。RAPD标记是食 (药 )用真菌遗传多样性
研究中运用较多的分子标记，广泛用于鹅膏属、木
耳属、虫草属等物种的研究 [20,24,32]。但该技术扩增
得到的片段特异性、重复性和稳定性较差，受环境
影响较大。
3.2.2　序列特异扩增区域(SCAR)
SCAR (sequence characterized amplified region)
标记是在 RAPD基础上发展而来的，该标记克服
RAPD技术再现性差的缺点，是对 RAPD扩增的特
异性目标片段进行克隆，并对其末端进行测序后转
换为 SCAR标记，即将非特异性的分子标记转化为
特异性标记。该标记广泛用于动植物育种、群体遗
传学、遗传分析以及遗传多样性等研究中。SCAR
技术主要用于具有重要经济价值的真菌，如灵芝
(Ganoderma Lucidum)和金针菇 (Flammulina velutipes)
等研究 [61-62]。
Liu等 [45]用 SCAR标记评价了商业上主要的
24个香菇菌种的遗传多样性，用于研究的 29对
SCAR引物通过 RAPD、ISSR、SRAP设计，结果
显示在相似系数为 0.68时，将 24个香菇菌种聚为 5
类，表明该标记在研究香菇遗传多样性方面非常有
效，比 RAPD、ISSR、SRAP 3种标记更简单、可靠。
SCAR标记的应用有效地克服了 RAPD 技术重
现性差、无特异性等缺点，成为菌种鉴定以及遗传
多样性分析的有效手段。不同的标记转化成 SCAR
的成功率不同，ISSR和 SRAP转化成功率较高，
而 RAPD由于错配率较高，其转化成功的机会较低。
3.2.3　扩增片段长度多态性(AFLP)
AFLP (amplifid fragment length polymorphism)
标记是将 RFLP技术与 PCR技术结合起来形成的，
主要分为总 DNA限制性酶和寡核苷酸适配器的连
接、限制性片段的选择性扩增和凝胶分析三个步骤。
该技术的优点是不需要大量的核苷酸序列，用 PCR
扩增代替 Southern杂交来获得限制性片段，该标记
可靠、稳定性高，被认为是一种精确有效地评价种
间种内遗传多样性的方法。
Wang等 [63]从真姬菇 (Hypsizygus marmoreus)
中开发 AFLP标记来评价该菌的遗传多样性及遗传
关系，设计的 10对引物共扩增出 609条片段，其
中 532条特异性片段能将 19个种群菌株完全分开，
利用这些分子标记对真姬菇进行遗传分析，结果显
示，真姬菇自然种群间存在着丰富的遗传变异。
AFLP技术的优点是分辨率高，稳定性好，重复性强，
多态性强；缺点是对 DNA纯度和内切酶质量要求
很高，费用昂贵。
3.2.4　微卫星(SSR)
简单重复序列或微卫星 (simple sequence repeats)
标记是由 1~6个碱基构成简单重复单位串联而成的
长达几十个碱基的重复序列。微卫星广泛存在于整
个真核生物的基因组中，多态性高，共显性表达，
通用性高，被广泛地应用于植物及真菌的遗传图谱
构建、进化研究、QTL分析、分子育种和遗传多样
性分析 [64]。Murat等 [65]分析了佩里戈黑孢块菌 (Tuber
melanosporum)基因组中的 SSR分布，共发现 22 425
条 SSR，其中单核苷酸和三核苷酸重复最多，对其
他 48种真菌基因组中的 SSR序列分析发现 SSR普
遍存在于真菌基因组中。该标记在不同物种间具有
通用性，Prospero等 [66]对 SSR标记的通用性进行
研究，从蜜环菌属真菌 (Armillaria cepistipes)中开
发得到 8个多态性标记，并用于蜜环菌属其他种的
遗传分析，8个标记中有 6个在 Armillaria gallica
中有多态性，4个在 Armillaria ostoyae中有多态性，2
个在 Armillaria mellea 中有多态性，1个在 Armillaria
borealis中有多态性，这些结果表明 SSR标记在蜜
环菌属其他 4个种间具有较高的通用性。Jany等 [41]
从富含 SSR双色蜡蘑 (Laccaria bicolor)基因组文库
中开发出 7条 SSR特异性标记，用于该菌鉴定及遗
传研究，结果显示不同来源的 15个菌株的观察杂
合度为 0.167~0.667。
食 (药 )用真菌的基因组信息有限，使基于基
因组序列的标记 (如 SSR)开发受到限制。随着高
通量技术的发展，越来越多的食 (药 )用真菌基因
组将被测序，更有利于遗传多样性的研究。
3.2.5　表达序列标签微卫星(EST-SSR)
随着基因测序技术的发展，公共数据库中出现
生命科学 第25卷1004
大量由 cDNA克隆产生的表达序列标签 (expressed
sequence tags, EST)，快速增长的 EST数据已成为
SSR开发的重要资源。EST序列中 SSR含量丰富，
Polat等 [67]研究了侧耳、香菇和双孢菇 EST序列中
的 SSR分布，结果显示 3种真菌 EST序列中 SSR
的比例分别为 15.74%、12.35%和 6.68%。
EST-SSR标记反映的是转录区的差异，其多态
性可能与基因功能直接相关。EST-SSR侧翼序列保
守性较高，SSR标记在进化中比较稳定，因而基于
EST开发的 SSR在不同物种间具有很好的通用性。
王筱凡等 [68]基于香菇 EST序列设计了 40对引物，
研究EST-SSR标记在柱状田头菇 (Agrocybe cylindracea)
中的通用性，筛选的 28对引物中 13对多态性较好
且稳定，通用率为 46.4%。Kanagarajan等 [21]开发
了 8条牛樟芝 (Antrodia cinnamomea) EST-SSR特异
标记，用于台湾不同地点的 23个菌株的鉴定及遗
传分析，结果显示，预期杂合度和观察杂合度分别
为 0.122~0.809和 0.130~0.783，差异不显著。与传
统的基于基因组的 SSR标记相比，EST-SSR不需
要基因组信息，开发费用低，更节省时间，但该标
记的开发依赖于大量的 EST序列，公共数据库中食
(药 )用真菌 EST序列数量不足限制了该标记的
应用。
3.2.6　简单重复序列间区(ISSR)
ISSR (inter-simple sequence repeat)是在 SSR基
础上发展起来的。该标记揭示的多态性较高，检测
非常方便，可以在不同的物种间通用。与 RAPD和
RFLP相比，ISSR标记多态性更丰富，已广泛用于
植物及真菌的遗传多样性研究 [69]。杜萍等 [70]通过
单因子试验对野生毛木耳 ISSR-PCR的反应体系进
行优化，确定了最佳反应条件，为毛木耳种质资源
的鉴定和遗传多样性分析提供了一个合适的程序。
Du等 [27-28]进一步用 ISSR标记分别深入分析了中
国海南省及其他 27 个省市的野生毛木耳菌株的
遗传多样性，表现出较高的遗传多样性。 Yang等 [52]
用 ISSR 标 记 技 术 对 34 株 野 生 云 芝 (Trametes
versicolor)菌株进行遗传多样性分析，成功筛选出
7对多态性高的引物，聚类结果表明遗传相似系数
变异范围为 0.58~0.91，相似系数为 0.60时，34个
菌株聚为 4类。
3.2.7　逆转座子间扩增多态性(IRAP)
IRAP (inter-retrotransposon amplified polymorphism)
标记与 RAPD、ISSR等常规分子标记相比，IRAP
技术具有实验重复性好、检测位点数多、多态性丰
富等优点，比 SSR、AFLP等技术操作简单。目前，
大部分食 (药 )用真菌缺乏转座子的序列信息，
IRAP仅运用于一些经济上重要的有序列信息的食
(药 )用真菌的研究，如双色蜡蘑和松口蘑等 [71-72]。
3.2.8　相关序列扩增多态性(SRAP)
SRAP (sequence-related amplified polymorphism)
标记的基本原理是以 PCR扩增为基础，通过独特
的引物设计对基因开放阅读框区域进行扩增，针对
外显子 GC含量丰富而内含子和启动子 AT含量丰
富的特点设计引物，因不同个体及物种内含子和间
隔区域长度不同而产生多态性。SRAP在食 (药 )
用真菌中的应用还比较局限。贾定洪等 [73]用 SRAP
标记分析了中国不同地方金针菇菌株的遗传多样
性。结果表明，遗传相似系数为 0.143~1.000，居群
间遗传差异较大；相似系数为 0.486时，将 23个菌
株聚为 3类。该标记具有简便、稳定、中等产率、
便于克隆测序目标片段等特点。
3.2.9　单链构象多态性(SSCP)
SSCP (single-stranded conformational polymorphism)
标记的原理是 PCR产物经热或化学变性以后形成
单链，由于 DNA单链的构象不同而在中性的聚丙
烯酰胺凝胶中迁移率不同，产生多态性。该技术操
作简单，PCR产物变性后无需特殊处理就可以直接
电泳，既能分析 DNA的多态性，又可检测 DNA
片段的各种突变，但要检测准确的突变位点还需要
进行测序分析。目前，SSCP在真菌遗传方面的研
究还很少。Kuo等 [74]用 SSCP技术鉴定冬虫夏草，
该标记能有效区分虫草属 7个不同的种。研究人员
进一步将该标记用于虫草属 48个居群的鉴定，能
灵敏地区分任意两个近缘种 [75]。
3.3　基于测序技术的分子标记
3.3.1　内转录区间(ITS)
作为真菌 DNA条形码，rDNA的 ITS (internal
transcribed spacer)标记被广泛用于真菌的鉴定，该
方法具有快速、准确、标准化、引物通用性强、扩
增成功率高、便于高通量测序与分析等优点。ITS
也常用于真菌系统发育、种间和种内遗传多样性的
研究。Chen等 [34]研究了中国冬虫夏草的遗传变异
及进化关系，对其 17个不同地理来源菌株进行
ITS测序，系统发生分析结果显示，不同序列间的
遗传距离低于 0.03，表明所研究的不同地理来源的
冬虫夏草可能为同一个种。Sha等 [76]用 ITS技术研
究云南干巴菌 (Thelephora ganbajun)的遗传多样性，
用通用引物 ITS4和 ITS5扩增该菌 156个个体的
张　婷，等：分子标记在食(药)用真菌遗传多样性研究中的应用第10期 1005
ITS区域，结果表明不同地理来源的种群变异水平
为 0.102，种间变异为 0.082，种内变异为 0.175，
即该菌的遗传变异度较低。真菌 ITS序列在种水平
上存在错误鉴定，且大部分序列缺少记录和最新的
注释，导致基于 DNA序列的物种鉴定不准确，ITS
序列的测序方法可能会导致扩增结果出现一些潜在
误差 [77-78]。
3.3.2　单核苷酸多态性 (SNP)
SNP (single nucleotide polymorphisms) 代表基
因组中最广泛的基因变异类型，能够有效地揭示种
群的进化历程，是一种用于物种鉴定、自动化筛选、
种群遗传多样性、单体型推断与统计分析的新型标
记。与 SSR、RFLP、AFLP等标记相比，其具有取
样公正、变异容易解释和容易与线粒体 DNA区别
的显著优点 [79]。Xu等 [80]从松口蘑中开发并分析出
一系列 SNP标记，从云南的两个个体中共发现 178
个 SNP位点，其中一部分标记可用于松口蘑群体
遗传研究 [81]。
4　展望
食 (药 )用真菌具有重要的经济价值与生态意
义，其遗传多样性研究不仅有利于了解食 (药 )用
真菌的相对遗传关系，揭示物种的濒危状况，还有
利于资源保护和可持续利用。目前，食 (药 )用真
菌的研究主要集中在分类及栽培方面，其遗传多样
性的研究尚少。且现有研究主要集中在部分地区内
的部分物种，这与食 (药 )用菌类样品采集难度大、
物种的鉴定与保存比较困难有很大关系。此外，食
(药 )用真菌的遗传多样性的评价还没有统一的标
准，研究方法和评价标准各异，很难精确全面地评
估每一物种的遗传多样性，将遗传多样性评价结果
运用于食 (药 )用真菌的保护，还需要建立多样性
评价的标准。未来研究中，分子标记将在食 (药 )
用真菌的新种发现与鉴定、基于基因组的系统发生
和功能研究、地理起源推断、物种进化及适应性的
研究方面发挥重大作用。同时，应该倡导保护性采
集，加强人工种植及生物发酵生产菌物相关产品研
究，从根本上保护食 (药 )用真菌野生资源的遗传
多样性。
[参　考　文　献]
[1] 戴玉成, 周丽伟, 杨祝良, 等. 中国食用菌名录. 菌物学
报, 2010, 29(1): 1-21
[2] Kalač P. Chemical composition and nutritional value of
European species of wild growing mushrooms: A review.
Food Chem, 2009, 113(1): 9-16
[3] 戴玉成, 杨祝良. 中国药用真菌名录及部分名称的修订.
菌物学报, 2008, 27(6): 801-24
[4] Dai YC, Yang ZL, Cui BK, et al. Species diversity and
utilization of medicinal mushrooms and fungi in China
(review). Int J Med Mushrooms, 2009, 11(3): 287-302
[5] Aly AH, Debbab A, Proksch P. Fifty years of drug
discovery from fungi. Fungal Divers, 2011, 50(1): 3-19
[6] Hyde KD, Bahkali AH, Moslem MA. Fungi-an unusual
source for cosmetics. Fungal Divers, 2010, 43(1):1-9
[7] Brundrett M. Diversity and classification of mycorrhizal
associations. Biol Rev, 2004, 79(3): 473-95
[8] 魏玉莲, 戴玉成. 木材腐朽菌在森林生态系统中的功能.
应用生态学报, 2004, 15(10): 1935-8
[9] Sánchez C. Lignocellulosic residues: biodegradation and
bioconversion by fungi. Biotechnol Adv, 2009, 27(2): 185-
94
[10] Yamaç M, Yıldız D, Sarıkürkcü C, et al. Heavy metals in
some edible mushrooms from the central Anatolia, Turkey.
Food Chem, 2007, 103(2): 263-7
[11] Rydin H, Diekmann M, Hallingbäck T. Biological
characteristics, habitat associations, and distribution of
macrofungi in Sweden. Conserv Biol, 2002, 11(3): 628-40
[12] 图力古尔. 我国蕈菌生物多样性及保育研究进展. 鲁东
大学学报: 自然科学版, 2010, 26(4): 353-60
[13] 范宇光, 图力古尔. 长白山自然保护区大型真菌物种优
先保护的量化评价. 东北林业大学学报, 2008, 36(11):
86-7, 91
[14] 戴玉成. 长白山森林生态系统中的稀有和濒危多孔菌.
应用生态学报, 2003, 14(6): 1015-8
[15] 戴玉成, 崔宝凯, 袁海生, 等. 中国濒危的多孔菌. 菌物
学报, 2010, 29(2): 164-71
[16] 张丹, 郑有良. 生化标记和分子标记在蕈菌研究中的应
用现状. 天然产物研究与开发, 2004, 16(6): 590-6
[17] 张靠稳, 杨振华, 马爱瑛. 标记技术在食用菌遗传多样
性中的研究进展. 贵州农业科学, 2010, 38(6): 6-9
[18] 李荣春. 双孢菇遗传多样性分析. 云南植物研究, 2001,
23(4): 444-50
[19] Foulongne-Oriol M, Spataro C, Savoie JM. Novel
microsatellite markers suitable for genetic studies in the
white button mushroom Agaricus bisporus . Appl
Microbiol Biotechnol, 2009, 84(6): 1125-35
[20] 陈作红, 张志光, 张天晓. 鹅膏菌属真菌RAPD分析及亲
缘关系的研究. 菌物系统, 2000, 19(1): 51-5
[21] Kanagarajan S, Muthusamy S, Chen ECF, et al .
Development and characterization of microsatellite
markers in the fungus Antrodia cinnamomea from dbEST
database. Conserv Genet, 2009, 10(5): 1487-90
[22] 孙立夫, 裴克全, 张艳华, 等. 法国蜜环菌Amillar gallica
菌株遗传多样性的ISSR分析. 菌物学报, 2011, 30(5):
686-94
[23] Tang L, Xiao Y, Li L, et al. Analysis of genetic diversity
among Chinese Auricularia auricula cultivars using
combined ISSR and SRAP markers. Curr Microbiol, 2010,
61(2): 132-40
[24] Li L, Li J, Zou L, et al. RAPD analysis of genetic diversity
生命科学 第25卷1006
of nine strains of Auricularia auricular cultivated in
Heilongjiang Province. J Forest Res, 2007, 18(2): 136-8
[25] 李黎. 中国木耳栽培种质资源的遗传多样性研究[D]. 武
汉: 华中农业大学, 2011
[26] Du P, Cui BK, Zhang CF, et al. Genetic diversity of wild
Auricularia auricula-judae revealed by ISSR analysis.
Bioch Syst Ecol, 2013, 48: 199-205
[27] Du P, Cui BK, Dai YC. High genetic diversity in wild
culinary-medicinal wood ear mushroom, Auricularia
polytricha(Mont.) Sacc. In tropical China revealed by
ISSR analysis. Int J Med Mushrooms, 2011, 13(3): 289-98
[28] Du P, Cui BK, Dai YC. Assessment of genetic diversity
among wild Auricularia polytricha populations in
China using ISSR markers. Cryptogamie Mycol, 2012,
33(2): 191-201
[29] Yan PS, Luo XC, Zhou Q. RAPD molecular differentiation
of the cultivated strains of the jelly mushrooms,
Auricularia auricula and A. polytricha. World J Microbiol
Biotechnol, 2004, 20(8): 795-9
[30] 江玉姬, 谢宝贵, 邓优锦, 等. 57株毛头鬼伞遗传多样性
分析. 菌物学, 2013, 32(1): 25-34
[31] Wang L, Zhang W, Hu B, et al. Genetic variation of
Cordyceps militaris and its allies based on phylogenetic
analysis of rDNA ITS sequence data. Fung Divers, 2008,
31: 147-55
[32] Wen T, Li M, Kang J, et al. A molecular genetic study on
the fruiting-body formation of Cordyceps militaris. Afr J
Microbiol Res, 2012, 6(24): 5215-21
[33] Liang HH, Cheng Z, Yang XL, et al. Genetic diversity and
structure of Cordyceps sinensis populations from extensive
geographical regions in China as revealed by inter-simple
sequence repeat markers. J Microbiol, 2008, 46(5): 549-56
[34] Chen YQ, Hu B, Xu F, et al. Genetic variation of Cordyceps
sinensis, a fruit-body-producing entomopathogenic species
from different geographical regions in China. FEMS
Microbiol Lett, 2004, 230(1): 153-8
[35] Zhang R, Hu D, Zhang J, et al. Development and
characterization of simple sequence repeat (SSR) markers
for the mushroom(Flammulina velutipes). J Biosci Bioeng,
2010, 110(3): 273-5
[36] Zheng LY, Jia DH, Fei XF, et al. An assessment of the
genetic diversity diversity within Ganoderma strains with
AFLP and ITS PCR-RFLP. Microbiol Res, 2009, 164(3):
312-21
[37] Sun SJ, Gao W, Lin SQ, et al. Analysis of genetic diversity
in Ganoderma population with a novel molecular marker
SRAP. Appl Microbiol Biotechnol, 2006, 72(3): 537-43
[38] 王俊. 猴头菌属的系统分类及栽培猴头菌株的遗传多
样性研究[D]. 长春: 吉林农业大学, 2011
[39] 汪林. 真姬菇AFLP分子标记的建立和遗传多样性分析
及酿酒酵母细胞絮凝主效基因的定位克隆[D]. 南京: 南
京农业大学, 2009
[40] 闫可, 尹勇刚, 傅常娥, 等. 桦褐孔菌菌株遗传多样性的
ISSR分析. 食用菌学报, 2012, 19(2): 26-30
[41] Jany JL, Bousquet J, Gagné A, et al. Simple sequence
repeat (SSR) markers in the ectomycorrhizal fungus
(Laccaria bicolor) for environmental monitoring of
introduced strains and molecular ecology applications.
Mycol Res, 2006, 110(1): 51-9
[42] 李河, 徐建平, 郭亮, 等. 橙黄乳菇遗传多样性分析. 食
用菌学报, 2012, 19(3): 29-36
[43] 郭亮, 刘君昂, 周国英, 等. 中国南方地区松乳菇遗传多
样性分析. 菌物学报, 2011, 30(3): 384-91
[44] Fu LZ, Zhang HY, Wu XQ, et al. Evaluation of genetic
diversity in Lentinula edodes strains using RAPD, ISSR
and SRAP markers. World J Microbiol Biotechnol, 2010,
26(4): 709-16
[45] Liu JY, Ying ZH, Liu F, et al. Evaluation of the use of
SCAR markers for screening genetic diversity of Lentinula
edodes strains. Curr Microbiol, 2012, 64:317-25
[46] Mukhopadhyay K, Haque I, Bandopadhyay R, et al. AFLP
based assessment of genetic relationships among shiitake
(Lentinula ssp.) mushrooms. Mol Biol Rep, 2012, 39:
6059-65
[47] 刘从文, 张建博, 桂明英, 等. 滇西北地区五种羊肚菌遗
传多样性的ISSR分析. 中国食用菌, 2011, 30(4): 38-42
[48] 张秋胜, 徐丙莲, 刘林德, 等. 中国金顶侧耳菌株遗传多
态性的ISSR分析. 食品科学, 2011, 32(5): 172-5
[49] Yin YG, Liu Y, Wang SX, et al. Examining genetic
relationships of Chinese Pleurotus ostreatus cultivars by
combined RAPD and SRAP markers. Mycoscience, 2013,
54(3): 221-5
[50] Li M, Liang J, Li Y, et al. Genetic diversity of Dahongjun,
the commercially important “big red mushroom” from
southern China. PLoS One, 2010, 5(5): e10684
[51] 范英, 钟成刚, 程洁, 等. 华东竹黄菌不同居群遗传分化
的RAPD分析. 基因组学与应用生物学, 2009, 28(5):
889-95
[52] Yang XL, Li GJ, Li SF, et al. Genetic diversity of Trametes
versicolor revealed by inter-simple sequence repeat
markers. Mycosystema, 2010, 29(6): 886-92
[53] Ma D, Yang G, Mu L, et al. Application of SRAP in the
genetic diversity of Tricholoma matsutake in northeastern
China. Afr J Biotechnol, 2010, 9(38): 6244-50
[54] Sha T, Zhang H, Ding H, et al. Genetic diversity of
Tricholoma matsutake in Yunnan Province. Chn Sci Bull,
2007, 52(9): 1212-6
[55] Huai WX, Guo LD, He W. Genetic diversity of an
ectomycorrhizal fungus Tricholoma terreum in a Larix
principis-rupprechtii stand assessed using random
amplified polymorphic DNA. Mycorrhiza, 2003, 13(5):
265-70
[56] Rubini A, Topini F, Riccioni C, et al. Isolation and
characterization of polymorphic microsatellite loci in
white truffle (Tuber magnatum). Mol Ecol Notes, 2004,
4(1): 116-8
[57] Linde C, Selmes H. Genetic diversity and mating type
distribution of Tuber melanosporum and their significance
to truffle cultivation in artificially planted truffiéres in
Australia. Appl Environ Microb, 2012, 78(18): 6534-9
[58] 邓旺秋, 杨小兵, 李泰辉, 等. 广东省草菇主要栽培菌株
RAPD多态性分析. 食用菌学报, 2004, 11(3): 1-6
[59] Yakhlef SB, Kerdouh B, Mousain D, et al. Phylogenetic
diversity of Moroccan cork oak woodlands fungi.
张　婷，等：分子标记在食(药)用真菌遗传多样性研究中的应用第10期 1007
Biotechnol Agron Soc Environ, 2009, 13(4): 521-8
[60] Ito Y, Yanagi S. Discrimination of basidiomycete species
and strains by random amplified polymorphic DNA
(RAPD) analysis. Jarq-Jpn Agr Res Q, 1999, 33: 149-54
[61] Su H, Wang L, Ge Y, et al. Development of strain-specific
SCAR markers for authentication of Ganoderma lucidum.
World J Microbiol Biotechnol, 2008, 24(7): 1223-6
[62] Su H, Wang L, Liu L, et al. Use of inter-simple sequence
repeat markers to develop strain-specific SCAR markers
for Flammulina velutipes. J Appl Genet, 2008, 49(3): 233-
5
[63] Wang L, Hu X, Feng Z, et al. Development of AFLP
markers and phylogenetic analysis in Hypsizygus
marmoreus. J Gen Appl Microbiol, 2009, 55(1): 9-17
[64] Sharma PC, Grover A, Kahl G. Mining microsatellites in
eukaryotic genomes. Trends Biotechnol, 2007, 25(11):
490-8
[65] Murat C, Riccioni C, Belfiori B, et al. Distribution and
localization of microsatellites in the Perigord black truffle
genome and identification of new molecular markers.
Fungal Genet Biol, 2011, 48(6): 592-601
[66] Prospero S, Jung E, Tsykun T, et al. Eight microsatellite
markers for Armillaria cepistipes and their transferability
to other Armillaria species. Eur J Plant Pathol, 2010,
127(2): 165-70
[67] Polat E, Ince AG, Karaca M, et al. Mining and utilization
of mushroom ESTs for microsatellites. Conserv Genet,
2010, 11(3): 1123-6
[68] 王筱凡, 毛慧玲, 欧阳涟, 等. 柱状田头菇EST-SSR的开
发及其应用研究. 菌物学报, 2012, 31(5): 800-6
[69] Godwin ID, Aitken EAB, Smith LW. Application of inter
simple sequence repeat (ISSR) markers to plant genetics.
Electrophoresis, 2005, 18(9): 1524-8
[70] 杜萍, 崔宝凯, 戴玉成. 野生毛木耳ISSR-PCR 反应体系
的建立与优化. 生物技术通报, 2010, 6: 130-7
[71] Diez J, Beguiristain T, Le Tacon F, et al. Identification of
Ty1-copia retrotransposons in three ectomycorrhizal
basidiomycetes: evolutionary relationships and use as
molecular markers. Curr Genet, 2003, 43(1): 34-44
[72] Murata H, Babasaki K, Yamada A. Highly polymorphic
DNA markers to specify strains of the ectomycorrhizal
basidiomycete Tricholoma matsutake based on σ marY1,
the long terminal repeat of gypsy-type retroelement
marY1. Mycorrhiza, 2005, 15(3): 179-86
[73] 贾定洪, 王波, 彭卫红. 23 个金针菇菌株的 SRAP 分析.
西南农业学报, 2011, 24(5): 1871-4
[74] Kuo HC, Su YL, Yang HL, et al. Identification of Chinese
medicinal fungus Cordyceps sinensis by PCR-single-
stranded conformation polymorphism and phylogenetic
relationship. J Agric Food Chem, 2005, 53(10): 3963-8
[75] Kuo HC, Su YL, Yang HL, et al. Establishment and
application of PCR-SSCP profile for molecular typing of
cordyceps fungi. Food Biotechnol, 2008, 22(4): 311-25
[76] Sha T, Xu J, Palanichamy MG, et al. Genetic diversity of
the endemic gourmet mushroom Thelephora ganbajun
from south-western China. Microbiology, 2008, 154(11):
3460-8
[77] Nilsson RH, Ryberg M, Kristiansson E, et al. Taxonomic
reliability of DNA sequences in public sequence databases:
a fungal perspective. PLos One, 2006, 1(1): e59
[78] Bellemain E, Carlsen T, Brochmann C, et al. ITS as an
environmental DNA barcode for fungi: an in silico
approach reveals potential PCR biases. BMC Microbiol,
2010, 10(1): 189
[79] Brumfield RT, Beerli P, Nickerson DA, et al. The utility of
single nucleotide polymorphisms in inferences of
population history. Trends Ecol Evol, 2003, 18(5): 249-56
[80] Xu JP, Guo H, Yang ZL. Single nucleotide polymorphisms
in the ectomycorrhizal mushroom Tricholoma matsutake.
Microbiology, 2007, 153(7): 2002-12
[81] Xu JP, Sha T, Li YC, et al. Recombination and genetic
differentiation among natural populations of the
ectomycorrhizal mushroom Tricholoma matsutake from
southwestern China. Mol Ecol, 2008, 17: 1238-47