全 文 ：第 ３５ 卷第 ８ 期
２０１５年 ４月
生 态 学 报
ＡＣＴＡ ＥＣＯＬＯＧＩＣＡ ＳＩＮＩＣＡ
Ｖｏｌ．３５，Ｎｏ．８
Ａｐｒ．，２０１５
ｈｔｔｐ： ／ ／ ｗｗｗ．ｅｃｏｌｏｇｉｃａ．ｃｎ
基金项目：江苏省自然科学基金项目（ＢＫ２０１３１２１０）； 江苏高校优势学科建设工程资助项目； 江苏省海洋生物技术重点实验室开放课题
（２０１１ＨＳ００９， ２００９ＨＳ１３）； 国家自然科学基金（４０９０６０６７）； 江苏省“青蓝工程”人才基金（苏教师［２０１０］２７号）； 中央财政支持地方高校发展专
项资金资助（ＣＸＴＤ０１， ＣＸＴＤ０４）； 江苏省海洋资源开发研究院科技开放基金（ＪＳＩＭＲ１１Ｂ１９）；江苏高校优势学科建设工程资助项目（ＰＡＰＤ）
收稿日期：２０１３⁃０６⁃０９； 　 　 网络出版日期：２０１４⁃０５⁃１６
∗通讯作者 Ｃｏｒｒｅｓｐｏｎｄｉｎｇ ａｕｔｈｏｒ．Ｅ⁃ｍａｉｌ： ｍｘｐ２００２＠ ｈｏｔｍａｉｌ．ｃｏｍ
ＤＯＩ： １０．５８４６ ／ ｓｔｘｂ２０１３０６０９１５４７
孟学平， 申欣，屠海淼，朱笑琳， 赵娜娜， 程汉良，阎斌论．基于 ｎａｄ５的西施舌漳州群体遗传分化水平分析———以蛤蜊属 ２ 个物种差异水平为参
照．生态学报，２０１５，３５（８）：２６３５⁃２６４２．
Ｍｅｎｇ Ｘ Ｐ， Ｓｈｅｎ Ｘ， Ｔｕ Ｈ Ｍ， Ｚｈｕ Ｘ Ｌ， Ｚｈａｏ Ｎ Ｎ， Ｃｈｅｎｇ Ｈ Ｌ， Ｙａｎ Ｂ Ｌ． Ｔｈｅ ｇｅｎｅｔｉｃ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｎ Ｃｏｅｌｏｍａｃｔｒａ ａｎｔｉｑｕａｔａ Ｚｈａｎｇｚｈｏｕ
ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ ｂａｓｅｄ ｏｎ ｎａｄ５： ｔａｋｉｎｇ ｔｈａｔ ｏｆ ｔｗｏ Ｍａｃｔｒａ ｓｐｅｃｉｅｓ ａｓ ａ ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ．Ａｃｔａ Ｅｃｏｌｏｇｉｃａ Ｓｉｎｉｃａ，２０１５，３５（８）：２６３５⁃２６４２．
基于 ｎａｄ５的西施舌漳州群体遗传分化水平分析
———以蛤蜊属 ２个物种差异水平为参照
孟学平１，∗， 申　 欣１，屠海淼１，朱笑琳１， 赵娜娜１，２， 程汉良１，阎斌论１
１ 淮海工学院海洋学院， 江苏省海洋生物技术重点实验室， 连云港　 ２２２００５
２ 南京农业大学资源与环境科学学院， 江苏省海洋生物重点实验室， 南京　 ２１００９５
摘要：扩增了西施舌日照、连云港、北海、漳州 ４个野生群体、四角蛤蜊和中国蛤蜊各 １ 个群体共 ７３ 个样本的 ＮＡＤ５ 基因片段，
测序获得了 ４８０ｂｐ核苷酸序列，分析核苷酸的多态性，旨在评估福建漳州西施舌与日照、连云港、北海西施舌之间的分化水平。
结果：从 ７３个序列中共检测到 ４４种单倍型（Ｈａｐ），其中西施舌 ４个群体有 ２９种 Ｈａｐｓ，四角蛤蜊和中国蛤蜊分别有 １０种和 ５种
Ｈａｐｓ，漳州群体与北海、日照、连云港群体单倍型有明显差异；将西施舌分为北海、日照、连云港组（ＧＰ１）和漳州组（ＧＰ２）２ 个
组，分析核苷酸差异，ＧＰ１与 ＧＰ２间的 Ｔ、Ａ、Ｇ含量差异极显著（Ｐ＜０．０１）。 ＧＰ１与 ＧＰ２间的遗传距离与组内（ＧＰ１、ＧＰ２）遗传距
离之比为 ２５．１—４１．８，四角蛤蜊与中国蛤蜊之间的遗传距离与种内个体间遗传距离之比为 ２４．４—３６．７，ＧＰ１、ＧＰ２间的差异达到
了四角蛤蜊和中国蛤蜊种间差异水平，而日照、北海群体间的遗传距离只有 ０．００９，北海与日照群体地理位置虽远，但遗传差异
则很小；ＡＭＯＶＡ分析显示漳州西施舌发生了极显著遗传分化（ＦＳＴ ＝ ０．９６６—０．９７８， Ｐ＜０．０１）。
关键词：西施舌； 四角蛤蜊； 中国蛤蜊； ｎａｄ５； 差异
Ｔｈｅ ｇｅｎｅｔｉｃ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｎ Ｃｏｅｌｏｍａｃｔｒａ ａｎｔｉｑｕａｔａ Ｚｈａｎｇｚｈｏｕ
ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ ｂａｓｅｄ ｏｎ ｎａｄ５： ｔａｋｉｎｇ ｔｈａｔ ｏｆ ｔｗｏ Ｍａｃｔｒａ ｓｐｅｃｉｅｓ ａｓ ａ ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ
ＭＥＮＧ Ｘｕｅｐｉｎｇ１，∗， ＳＨＥＮ Ｘｉｎ１， ＴＵ Ｈａｉｍｉａｏ１， ＺＨＵ Ｘｉａｏｌｉｎ１， ＺＨＡＯ Ｎａｎａ１，２， ＣＨＥＮＧ Ｈａｎｌｉａｎｇ１， ＹＡＮ Ｂｉｎｌｕｎ１
１ Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｍａｒｉｎｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ， Ｈｕａｉｈａｉ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ， Ｋｅｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｏｆ Ｍａｒｉｎｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ｏｆ Ｊｉａｎｇｓｕ Ｐｒｏｖｉｎｃｅ， Ｌｉａｎｙｕｎｇａｎｇ ２２２００５， Ｃｈｉｎａ
２ Ｋｅｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｏｆ Ｍａｒｉｎｅ Ｂｉｏｌｏｇｙ ｏｆ Ｊｉａｎｇｓｕ Ｐｒｏｖｉｎｃｅ， Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ ａｎｄ Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ， Ｎａｎｊｉｎｇ Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ， Ｎａｎｊｉｎｇ
２１００９５， Ｃｈｉｎａ
Ａｂｓｔｒａｃｔ： Ｃｌａｓｓ Ｂｉｖａｌｖｉａ ｉｓ ａ ｇｒｏｕｐ ｏｆ ｍａｒｉｎｅ ａｎｄ ｆｒｅｓｈｗａｔｅｒ ｍｏｌｌｕｓｃｓ ｗｉｔｈ ｌａｔｅｒａｌｌｙ ｃｏｍｐｒｅｓｓｅｄ ｂｏｄｉｅｓ ｅｎｃｌｏｓｅｄ ｂｙ ａ ｓｈｅｌｌ
ｉｎ ｔｗｏ ｈｉｎｇｅｄ ｐａｒｔｓ． Ｂｉｖａｌｖｅｓ ｈａｖｅ ｂｅｅｎ ａｎ ｉｍｐｏｒｔａｎｔ ｓｏｕｒｃｅ ｏｆ ｆｏｏｄ ｆｏｒ ｈｕｍａｎｓ． Ｃｌａｍｓ， ｏｙｓｔｅｒｓ， ａｒｋ ｃｌａｍｓ， ｓｃａｌｌｏｐｓ，
ｃｏｃｋｌｅｓ ａｎｄ ｍｕｓｓｅｌｓ ａｒｅ ｔｈｅ ｍｏｓｔ ｃｏｍｍｏｎｌｙ ｃｏｎｓｕｍｅｄ ｋｉｎｄｓ ｏｆ ｂｉｖａｌｖｅ， ａｎｄ ａｒｅ ｅａｔｅｎ ｒａｗ ｏｒ ｃｏｏｋｅｄ． Ｍａｃｔｒｉｄａｅ， ａｌｓｏ ｋｎｏｗｎ
ａｓ ｔｒｏｕｇｈ ｓｈｅｌｌｓ ｏｒ ｄｕｃｋ ｃｌａｍｓ， ｉｓ ａｎ ｉｍｐｏｒｔａｎｔ ｆａｍｉｌｙ ｏｆ ｍａｒｉｎｅ ｂｉｖａｌｖｅ ｃｌａｍｓ ｏｆ ｔｈｅ ｏｒｄｅｒ Ｖｅｎｅｒｏｉｄａ． Ｍａｃｔｒｉｄａｅ ｃｕｒｒｅｎｔｌｙ
ｉｎｃｌｕｄｅｓ ａｂｏｕｔ ３５０ ｒｅｃｏｇｎｉｚｅｄ ｓｐｅｃｉｅｓ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｅｄ ｉｎ ｔｈｅ ｗｏｒｌｄ． Ｃｏｅｌｏｍａｃｔｒａ ａｎｔｉｑｕａｔａ （Ｂｉｖａｌｖｉａ： Ｖｅｎｅｒｏｉｄａ： Ｍａｃｔｒｉｄａｅ）
ｗａｓ ｗｉｄｅｌｙ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｅｄ ａｌｏｎｇ ｔｈｅ Ｃｈｉｎｅｓｅ ｃｏａｓｔ， ｎｏｒｔｈ ｔｏ Ｄａｌｉａｎ ｃｉｔｙ （Ｌｉａｏｎｉｎｇ ｐｒｏｖｉｎｃｅ） ａｎｄ ｓｏｕｔｈ ｔｏ Ｂｅｉｈａｉ ｃｉｔｙ （Ｇｕａｎｇｘｉ
ｐｒｏｖｉｎｃｅ）， ｗｈｉｃｈ ｗａｓ ｍｏｓｔ ａｂｕｎｄａｎｔ ｉｎ Ｆｕｊｉａｎ ｐｒｏｖｉｎｃｅ ２０ ｙｅａｒｓ ａｇｏ． Ｃ． ａｎｔｉｑｕａｔａ ｉｓ ｏｎｅ ｏｆ ｔｈｅ ｖａｌｕａｂｌｅ ａｎｄ ａ ｐｒｏｍｉｓｉｎｇ
ｈｔｔｐ： ／ ／ ｗｗｗ．ｅｃｏｌｏｇｉｃａ．ｃｎ
ｎｅｗ ｃａｎｄｉｄａｔｅ ｆｏｒ ａｑｕａｃｕｌｔｕｒｅ， ａｎｄ ｉｔ ｈａｄ ｂｅｅｎ ｒａｎｋｅｄ ａｓ ｃｒｉｔｉｃａｌｌｙ ｅｎｄａｎｇｅｒｅｄ ｓｐｅｃｉｅｓ ｉｎ Ｃｈｉｎａ． Ｔｈｅ ｒｅｓｅａｒｃｈ ｒｅｓｕｌｔｓ ｆｒｏｍ
ｍｏｒｐｈｏｌｏｇｙ ａｎｄ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ （ｎｕｃｌｅａｒ ＤＮＡ ａｎｄ ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌ ＤＮＡ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ） ｓｈｏｗｅｄ ｔｈａｔ Ｆｕｊｉａｎ （Ｚｈａｎｇｚｈｏｕ ａｎｄ Ｃｈａｎｇｌｅ）
Ｃ． ａｎｔｉｑｕａｔａ ｕｎｄｅｒｇｏｎｅ ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ， ａｎｄ ｉｔ ｍａｙ ｂｅ ａ ｓｕｂｓｐｅｃｉｅｓ ｏｆ Ｃ． ａｎｔｉｑｕａｔａ ｏｒ ａ ｃｒｙｐｔｉｃ ｓｐｅｃｉｅｓ．
Ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌ ｇｅｎｏｍｉｃ ａｎａｌｙｓｅｓ ａｌｓｏ ｓｈｏｗｅｄ ｔｈａｔ ｔｈｅ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ ｂｅｔｗｅｅｎ ｔｈｅ Ｚｈａｎｇｚｈｕ（ ｚｚ⁃） ａｎｄ Ｒｉｚａｈｏ
（ｒｚ⁃） ｍｔＤＮＡ ｒｅａｃｈｅｄ ｔｈｅ ｓｐｅｃｉｅｓ ｌｅｖｅｌ． Ｔｈｅ ｄａｔａ ａｂｏｖｅ ｍｅｎｔｉｏｎｅｄ ｐｒｏｖｉｄｅ ａｎ ｉｍｐｏｒｔａｎｔ ｂａｃｋｇｒｏｕｎｄ ｔｏ ｄｅｔｅｒｍｉｎｅ ｔｈｅ
ｔａｘｏｎｏｍｉｃ ｓｔａｔｕｓ ｏｆ Ｚｈａｎｇｚｈｏｕ Ｃ． ａｎｔｉｑｕａｔａ． Ｈｏｗｅｖｅｒ， ｔｈｅ ｅｖｉｄｅｎｃｅｓ ｔｏ ｄｅｔｅｒｍｉｎｅ ｔｈｅ ｔａｘｏｎｏｍｉｃ ｓｔａｔｕｓ ｂａｓｅｄ ｏｎ ｔｈｅ ｃｕｒｒｅｎｔ
ｄａｔａ ａｒｅ ｉｎｓｕｆｆｉｃｉｅｎｔ． Ｔｈｅ ｖａｒｉａｔｉｏｎ ｏｆ ＮＡＤＨ ｄｅｈｙｄｒｏｇｅｎａｓｅ ｓｕｂｕｎｉｔ ５ ｇｅｎｅ （ ｎａｄ５） ｉｓ ｌａｒｇｅｒ ｔｈａｎ １６Ｓ ｒＲＮＡ ｇｅｎｅ ａｎｄ
ｃｙｔｏｃｈｒｏｍｅ ｏｘｉｄａｓｅ ｓｕｂｕｎｉｔ １ ｇｅｎｅ， ｔｈｅ ｎａｄ５ ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅｓ ａｍｏｎｇ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ ｃａｎ ｐｒｏｖｉｄｅ ｍｏｒｅ ｃｏｎｖｉｎｃｉｎｇ ｅｖｉｄｅｎｃｅ
ｆｏｒ ｉｄｅｎｔｉｆｙｉｎｇ ｔｈｅ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ ｌｅｖｅｌ ｏｆ Ｆｕｊｉａｎ Ｃ． ａｎｔｉｑｕａｔａ． Ｉｎ ｔｈｉｓ ｓｔｕｄｙ， ＮＡＤ５ ｇｅｎｅ ｆｒａｇｍｅｎｔｓ ｏｆ ７３ ｓａｍｐｌｅｓ ｗｅｒｅ
ａｍｐｌｉｆｉｅｄ， ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ ｆｏｕｒ ｗｉｌｄ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ ｏｆ Ｃ． ａｎｔｉｑｕａｔａ （ Ｒｉｚｈａｏ， Ｌｉａｎｙｕｎｇａｎｇ， Ｂｅｉｈａｉ ａｎｄ Ｚｈａｎｇｚｈｏｕ） ａｎｄ ｅａｃｈ
ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｗｏ Ｍａｃｔｒａ ｓｐｅｃｉｅｓ （Ｍ． ｖｅｎｅｒｉｆｏｒｍｉｓ ａｎｄ Ｍ． ｃｈｉｎｅｎｓｉｓ）． Ｔｈｅｎ ｓｅｑｕｅｎｃｅｄ ａｎｄ ４８０ｂｐ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ
ｅａｃｈ ｓａｍｐｌｅ ｗｅｒｅ ｏｂｔａｉｎｅｄ． Ｓｉｎｇｌｅ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ （ ＳＮＰ） ａｎａｌｙｓｅｓ ｗｅｒｅ ｄｏｎｅ ｔｏ ａｓｓｅｓｓ ｔｈｅ ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅ ｌｅｖｅｌ
ｂｅｔｗｅｅｎ Ｚｈａｎｇｚｈｏｕ ａｎｄ ｎｏｎ⁃Ｚｈａｎｇｚｈｏｕ （Ｒｉｚｈａｏ， Ｌｉａｎｙｕｎｇａｎｇ ａｎｄ Ｂｅｉｈａｉ） Ｃ． ａｎｔｉｑｕｔａ． Ｒｅｓｕｌｔｓ： Ａ ｔｏｔａｌ ｏｆ ４４ ｈａｐｌｏｔｙｐｅｓ
（Ｈａｐｓ） ｗｅｒｅ ｄｅｔｅｃｔｅｄ ｆｒｏｍ ７３ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ， ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ ２９ Ｈａｐｓ ｆｒｏｍ Ｃ． ａｎｔｉｑｕａｔａ ｆｏｕｒ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ， １０ Ｈａｐｓ ｆｒｏｍ Ｍ．
ｖｅｎｅｒｉｆｏｒｍｉｓ ａｎｄ ｆｉｖｅ ｏｎｅｓ ｆｒｏｍ Ｍ． ｃｈｉｎｅｎｓｉｓ． Ｔｈｅｒｅ ａｒｅ ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ ｈａｐｌｏｔｙｐｅｓ ｂｅｔｗｅｅｎ Ｚｈａｎｇｚｈｏｕ ａｎｄ ｎｏｎ⁃
Ｚｈａｎｇｚｈｏｕ ｇｒｏｕｐｓ． Ｆｏｕｒ Ｃ． ａｎｔｉｑｕａｔａ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ ｗｅｒｅ ｄｉｖｉｄｅｄ ｉｎｔｏ ｔｗｏ ｇｒｏｕｐｓ： ｎｏｎ⁃Ｚｈａｎｇｚｈｏｕ ｇｒｏｕｐ （ ＧＰ１ ） ａｎｄ
Ｚｈａｎｇｚｈｏｕ ｇｒｏｕｐ （ＧＰ２）． Ｔｈｅｒｅ ａｒｅ ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔｌｙ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ （Ｐ＜０．０１） ｏｎ ｔｈｅ ｃｏｎｔｅｎｔ ｏｆ Ｔ， Ａ， Ｇ ｂｅｔｗｅｅｎ ＧＰ１ ａｎｄ ＧＰ２． Ｔｈｅ
ｒａｔｉｏ ｏｆ ｉｎｔｅｒｇｒｏｕｐ （ｂｅｔｗｅｅｎ ＧＰ１ ａｎｄ ＧＰ２） ａｎｄ ｉｎｔｒａｇｒｏｕｐ（ＧＰ１ ｏｒ ＧＰ２）ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅｓ ｉｓ ２５．１—４１．８． Ｔｈｅ ｒａｔｉｏ ｏｆ
ｉｎｔｅｒｓｐｅｃｉｅｓ ａｎｄ ｉｎｔｒａｓｐｅｃｉｅｓ （Ｍ． ｃｈｉｎｅｎｓｉｓ ａｎｄ Ｍ． ｖｅｎｅｒｉｆｏｒｍｉｓ） ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅｓ ｉｓ ２４．４—３６．７． Ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅ ｂｅｔｗｅｅｎ ＧＰ１ ａｎｄ
ＧＰ２ ｒｅａｃｈｉｎｇ ｔｈｅ ｉｎｔｅｒｓｐｅｃｉｅｓ ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅｓ ｌｅｖｅｌ ｏｆ Ｍ． ｖｅｎｅｒｉｆｏｒｍｉｓ ａｎｄ Ｍ． ｃｈｉｎｅｎｓｉｓ． Ｔｈｅ ｇｅｎｅｔｉｃ ｄｉｓｔａｎｃｅ ａｍｏｎｇ Ｒｉｚｈａｏ，
Ｌｉａｎｇｙｕｎｇａｎｇ ａｎｄ Ｂｅｉｈａｉ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ ｉｓ ｒａｎｇｉｎｇ ｂｅｔｗｅｅｎ ０． ００９ ａｎｄ ０． ０１２． ＡＭＯＶＡ ａｎａｌｙｓｉｓ ｓｈｏｗｎ ｔｈａｔ Ｚｈａｎｇｚｈｏｕ Ｃ．
ａｎｔｉｑｕａｔａ ｕｎｄｅｒｇｏｎｅ ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔｌｙ ｈｉｇｈ ｇｅｎｅｔｉｃ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ （ＦＳＴ ＝ ０．９６６—０．９７８， Ｐ＜ ０．０１）． Ｔｈｉｓ ｓｔｕｄｙ ｓｕｇｇｅｓｔｓ ｔｈａｔ
Ｆｕｊｉａｎ Ｚｈａｎｇｚｈｏｕ Ｃ． ａｎｔｉｑｕａｔａ ｈａｖｅ ａｌｒｅａｄｙ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｅｄ ｉｎｔｏ ａ ｎｅｗ ｓｐｅｃｉｅｓ．
Ｋｅｙ Ｗｏｒｄｓ： Ｃｏｅｌｏｍａｃｔｒａ ａｎｔｉｑｕａｔａ； Ｍａｃｔｒａ ｖｅｎｅｒｉｆｏｒｍｉｓ； Ｍａｃｔｒａ ｃｈｉｎｅｎｓｉｓ； ｎａｄ５； ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅ
西施舌广泛地分布于中国沿海，北至辽宁大连，南到广西北海，２０ 年前，福建西施舌产量最多。 西施舌是
一种珍奇的重要渔业资源，在我国已属于濒危物种［１］。 来自形态学［１⁃２］、核 ＤＮＡ［３］和线粒体基因组部分序
列［４⁃６］等分子生物学的资料均显示中国福建（漳州、长乐）西施舌发生了明显的分化，是西施舌的亚种或隐种；
来自线粒体全基因组的比较基因组学资料也显示漳州西施舌与日照西施舌发生了明显的分化，使其与其它群
体的差异达到了亚种或种间差异水平［７⁃９］。 目前的资料为福建西施舌分类地位的重新确定提供了重要的依
据，但是，就现有的研究结果，要确定福建西施舌是西施舌的亚种或腔蛤蜊属（Ｃｏｅｌｏｍａｃｔｒａ）的新种，资料尚显
不足。 线粒体 ＤＮＡ编码的基因保守性不同，在群体遗传差异分析中的解析力也不同。 ＮＡＤＨ 脱氢酶亚基 ５
基因（ｎａｄ５）在双壳类中相对保守，但较核糖体 １６Ｓ ｒＲＮＡ 基因（１６Ｓ ｒＲＮＡ）、细胞色素 ｃ 氧化酶亚基 １ 基因
（ｃｏｘ１）变异稍大，更能显示群体变异水平。 本研究基于 ｎａｄ５ 核苷酸序列分析中国西施舌 ４ 个代表性自然群
体遗传差异，同时以蛤蜊科（Ｍａｃｔｒｉｄａｅ）蛤蜊属（Ｍａｃｔｒａ）的中国蛤蜊（Ｍａｃｔｒａ ｃｈｉｎｅｓｉｓ）和四角蛤蜊（Ｍａｃｔｒａ
ｖｅｎｅｒｉｆｏｒｍｉｓ）间、双壳类部分属属内不同物种间 ｎａｄ５ 差异水平为参照，对福建西施舌分化水平的界定可提供
更有说服力的证据，研究结果对西施舌种质资源的保护和可持续利用及良种选育具有重要意义。
１　 材料和方法
１．１　 实验材料
实验用样本 ７３个，其中西施舌 ５５ 个，分别采自福建漳州（１４ 个）、连云港（９ 个）、山东日照（２０ 个）和广
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西北海（１２个）沿海；中国蛤蜊（８个）采自山东日照；四角蛤蜊（１０个）采自江苏连云港海域。 样本经鉴定后，
取闭壳肌 ７５％乙醇固定备用，或用新鲜组织直接提取 ＤＮＡ。
１．２　 ＤＮＡ提取及 ＰＣＲ扩增
取乙醇保存的或新鲜组织，用 ＳＤＳ、蛋白酶 Ｋ裂解组织，用酚⁃氯仿法抽提蛋白质，乙醇沉淀获得总 ＤＮＡ。
将日照［９］、漳州西施舌、中国蛤蜊和四角蛤蜊 ｎａｄ５核苷酸序列用 Ｃｌｕｓｔａｌｘ 软件进行比对，根据相对保守区，设
计兼并引物，Ｔｈｍ⁃４Ｓ⁃ＮＤ５Ｆ： ＧＲＧ ＡＧＴ ＣＮＴ ＡＹＴ ＣＹＧ ＣＴＧ Ｇ：Ｔｈｍ⁃４Ｓ⁃ＮＤ５Ｒ：ＴＧＡ ＡＣＲ ＣＣＶ ＣＣＷ ＣＴＲ ＣＡＭ
ＧＣ。 ＰＣＲ体系 ２５ μＬ，模板 ２０—５０ ｎｇ，ｄＮＴＰ（１０ ｍｍｏｌ ／ ｄｍ３ ｅａｃｈ）０．５ μＬ，Ｔａｑ ＤＮＡ聚合酶 ［Ｄ００９０，生工生物
工程（上海）股份有限公司（上海生工）］ ０．３ μＬ（５Ｕ ／ μＬ），９５℃预变性 ５ ｍｉｎ 后，进行 ３５ 个循环扩增：９４℃变
性 ４５ ｓ，５２—５５ ℃退火 ３０ ｓ，７２℃延伸 １ ｍｉｎ。 循环结束后，７２℃延伸 １０ ｍｉｎ。
１．３　 ＰＣＲ产物测序及序列比对分析
ＰＣＲ产物经 ０．８％琼脂糖凝胶电泳检测后，送上海生工进行双向测序。 ＰＣＲ 产物经切胶回收，在 ＡＢＩ 公
司的 ３７３０ｘｌ ＤＮＡ Ａｎａｌｙｚｅｒ测序仪上测序，试剂为 ＢｉｇＤｙｅ ｔｅｒｍｉｎａｔｏｒ ｖ３．１。
利用 ＤＮＡＳｔａｒ软件包中的 ＳｅｑＭａｎ软件对序列进行组装拼接，用看图软件 Ｃｈｒｏｍａｓ分析测序峰图，用人工
的方法对序列进行校对；查找、切除引物序列，获得用于比对分析的 ｎａｄ５ 片段核苷酸序列；用 ＳＰＳＳ １７．０ 进行
碱基含量差异显著性分析；用 ＤｎａＳＰ ｖ５．１软件进行单倍型确定；用 Ｃｌｕｓｔａｌｘ进行序列对位排列，ＭＥＧＡ４．０进行
核苷酸序列差异分析：统计变异位点、简约信息位点，根据 Ｋ２⁃Ｐ （Ｋｉｍｕｒａ ２⁃ｐａｒａｍｅｔｅｒ）计算遗传距离，用邻接
法（Ｎｅｉｇｈｂｅｒ⁃Ｊｏｉｎｉｎｇ， ＮＪ）构建系统进化树，系统树节点处自举置信水平用 ｂｏｏｔｓｔｒａｐ 估计，验证次数设置为
１０００；用 Ａｒｌｅｑｕｉｎ ｖｅｒ ３． １ 进行分子方差分析 （ ＡＭＯＶＡ），群体间遗传分化指数 （ ＦＳＴ ）计算采用 ｐａｉｒｗｉｓｅ
ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅ模型。
１．４　 双壳类 ４个属属内种间遗传距离分析
从 ＧｅｎＢａｎｋ下载双壳类（Ｂｉｖａｌｖｅ）巨蛎属（Ｃｒａｓｓｏｓｔｒｅａ）８个种、贻贝属（Ｍｙｔｉｌｕｓ）４ 个种、竹蛏属（Ｓｏｌｅｎ）２ 个
种、文蛤属（Ｍｅｒｅｔｒｉｘ）２个种线粒体全基因组，从中析出 ｎａｄ５全序列，截取与本研究扩增序列的同源部分，计算
属内种间的遗传距离（Ｋ２⁃Ｐ），作为漳州西施舌与非漳州西施舌差异水平判断的参照。 物种拉丁文、ＧｅｎＢａｎｋ
序列号见表 ５及本文讨论部分。
２　 结果
２．１　 ｎａｄ５序列核苷酸含量差异分析
本研究共获得西施舌日照、连云港、北海、漳州群体，中国蛤蜊日照群体、四角蛤蜊连云港群体 ｎａｄ５ 序列
７３条，拼接后去除引物序列、两端取齐后得到 ４８０ ｂｐ的 ＤＮＡ片段，用于序列比对与分析。
西施舌 ４个群体共 ５５条 ｎａｄ５片段，各群体 ｎａｄ５ 碱基 Ｔ、Ｃ、Ａ、Ｇ平均含量（％）如表 １，由表 １可见漳州西
施舌碱基 Ｔ和 Ａ的含量极显著低于其它 ３个群体（Ｐ＜０．０１），Ｇ含量显著高于其它 ３ 个群体，Ｃ 含量 ４ 个群体
差异不显著。 而北海、日照和连云港群体间 ４种碱基含量差异均不显著（Ｐ＞０．０５）。 四角蛤蜊 ／中国蛤蜊共 １８
条序列，其 Ｔ、Ｃ、Ａ、Ｇ 平均含量（％）分别为 ４６．２７ ／ ４２．２４、１３．９４ ／ １５．６８、２０．６５ ／ ２０．８６、１９．１５ ／ ２１．２２，ＡＴ 含量为
６６􀆰 ９２ ／ ６３．１０，其中 Ｔ、Ａ和 Ｇ含量（％）差异极显著（Ｐ＜０．０１），Ａ含量差异不显著（Ｐ＞０．０５）。
表 １　 西施舌 ４个群体 ｎａｄ５核苷酸差异分析
Ｔａｂｌｅ １　 Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｎ ｎａｄ５ ｏｆ Ｃｏｅｌｏｍａｃｔｒａ ａｎｔｉｑｕａｔａ ｆｏｕｒ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ
群体
Ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ
碱基含量 Ｂａｓｅ ｐｅｒｃｅｎｔａｇｅ ／ ％
Ｔ Ｃ Ａ Ｇ
北海　 ４２．３ ａＡ １４．０ ａＡ ２２．８ ａＡ ２０．９ ｂＢ
日照　 ４２．３ ａＡ １４．０ ａＡ ２２．７ ａＡ ２１．１ ｂＢ
连云港 ４２．２ ａＡ １４．１ ａＡ ２２．７ ａＡ ２１．０ ｂＢ
漳州　 ４０．８ ｂＢ １４．０ ａＡ ２０．１ ｂＢ ２５．１ ａＡ
　 　 小写字母表示在 ０．０５水平上差异显著；大写字母表示在 ０．０１水平上差异显著
７３６２　 ８期 　 　 　 孟学平　 等：基于 ｎａｄ５的西施舌漳州群体遗传分化水平分析———以蛤蜊属 ２个物种差异水平为参照 　
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２．２　 序列比较分析
序列经 ＤｎａＳＰ 分析，从 ７３个序列中共检测到 ４４种单倍型（Ｈａｐ） （表 ２），其中西施舌有 ２９种 Ｈａｐｓ，四角
蛤蜊 １０种，中国蛤蜊 ５种；西施舌中，漳州群体有 ５种 Ｈａｐｓ，日照群体 １５种，连云港群体 ８种，北海群体 ３种。
其中 Ｈａｐ２由连云港群体和北海群体共享，Ｈａｐ２１由连云港群体和日照群体共享，漳州群体与其它 ３个群体无
共享单倍型。 ４４种 Ｈａｐｓ序列比对共获得 ４８０个比对位点，无插入 ／缺失碱基，西施舌 ４ 个群体 ２９ 个 Ｈａｐｓ变
异位点（Ｖ）１２２个，占 ２５．４％，简约信息位点（Ｐｉ）１０８个（图 １），占 ２２．５％，北海、日照、连云港群体合并计算，Ｖ
位点 ３９ 个，占 ８．１％，Ｐｉ 位点 １４ 个，占 ２．９％；中国蛤蜊和四角蛤蜊共有 Ｖ 位点 ９９ 个，占 ２０．６％，Ｐｉ 位点 ９１ 个
（图 １），占 １９．０％；３ 种贝类合并计算，Ｖ 位点 １９７ 个，Ｐｉ 位点 １９１ 个，分别占 ４１．０％和 ３９．８％。
图 １　 蛤蜊科 ３种贝类 ＮＡＤ５基因片段核苷酸序列简约信息位点比对
Ｆｉｇ．１　 ＮＡＤ５ ｇｅｎｅ ｆｒａｇｍｅｎｔｓ ｃｏｍｐａｒｉｓｉｏｎ ｏｆ ｔｈｒｅｅ ｓｐｅｃｉｅｓ ｉｎ ｆａｍｉｌｙ Ｍａｃｔｒｉｄａｅ
Ｈａｐ： 单倍型； Ｈａｐ４—８： 漳州群体； Ｈａｐ９—２３： 日照群体； Ｈａｐ１—３： 北海群体；Ｈａｐ２， ２１， ２４—２９： 连云港群体； Ｈａｐ３０—３９：四角蛤蜊群
体； Ｈａｐ４０—４４：中国蛤蜊群体
２．３　 基于 ｎａｄ５片段的遗传距离
将 ４４种 Ｈａｐｓ分为 ４组，日照、连云港、北海群体分为一组（Ｇｐ１），漳州群体分为另一组（Ｇｐ２），四角蛤蜊
群体（Ｇｐ３）、中国蛤蜊群体（Ｇｐ４）各分为一组，计算组内和组间遗传距离（Ｋ２⁃Ｐ）。 Ｇｐ２ 组内遗传距离（Ｄ）平
均为 ０．００６；Ｇｐ１组内 Ｄ值平均为 ０．０１０；Ｇｐ３组内 Ｄ值平均为 ０．００９，Ｇｐ４组内 Ｄ值平均为 ０．００６。 Ｇｐ１和 Ｇｐ２
间的 Ｄ值为 ０．２５０—０．２５１，Ｇｐ３和 Ｇｐ４间的 Ｄ值为 ０．２２０，Ｇｐ１、Ｇｐ２ 与 Ｇｐ３、Ｇｐ４ 之间的 Ｄ 值在 ０．３０４—０．３６５
之间。 计算 Ｇｐ１、Ｇｐ２间的遗传距离（ＢＧ）与 Ｇｐ１、Ｇｐ２ 组内遗传距离（ＷＧ）的比值（ＢＧ ／ＷＧ），结果显示 ＢＧ ／
ＷＧ值为 ２５．１—４１．８，Ｇｐ３、Ｇｐ４间的 ＢＧ ／ ＢＷ 比值为 ２４．４—３６．７（表 ３）。 日照与北海群体间的遗传距离只有
８３６２ 　 生　 态　 学　 报　 　 　 ３５卷　
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０􀆰 ００９，远远小于漳州与其它群体的遗传距离。 西施舌漳州群体和非漳州群体的 ＢＧ ／ ＢＷ值在四角蛤蜊和中国
蛤蜊的 ＢＧ ／ ＢＷ比值范围内，说明西施舌漳州群体与日照、连云港、北海群体间的差异达到种间差异的水平。
表 ２　 蛤蜊科 ３种贝类 ｎａｄ５片段单倍型
Ｔａｂｌｅ ２　 Ｔｈｅ ｈａｐｌｏｔｙｐｅｓ ｏｎ ｎａｄ５ ｆｒａｇｍｅｎｔｓ ｏｆ Ｍａｃｔｒｉｄａｅ ｔｈｒｅｅ ｓｐｅｃｉｅｓ
单倍型
Ｈａｐ
群体 Ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ
ＺＺ ＲＺ ＬＹＧ ＢＨ
单倍型
Ｈａｐ
群体 Ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ
ＺＺ ＲＺ ＬＹＧ ＢＨ
单倍型
Ｈａｐ
群体 Ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ
ＺＺ ＲＺ ＬＹＧ ＢＨ
单倍型
Ｈａｐ
群体 Ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ
Ｍｖｅ
单倍型
Ｈａｐ
群体 Ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ
Ｍｃｈ
Ｈａｐ１ ６ Ｈａｐ１１ １ Ｈａｐ２１ ２ １ Ｈａｐ３０ １ Ｈａｐ４０ ４
Ｈａｐ２ ２ ２ Ｈａｐ１２ ２ Ｈａｐ２２ １ Ｈａｐ３１ １ Ｈａｐ４１ １
Ｈａｐ３ ４ Ｈａｐ１３ ２ Ｈａｐ２３ １ Ｈａｐ３２ １ Ｈａｐ４２ １
Ｈａｐ４ ２ Ｈａｐ１４ １ Ｈａｐ２４ １ Ｈａｐ３３ １ Ｈａｐ４３ １
Ｈａｐ５ ６ Ｈａｐ１５ １ Ｈａｐ２５ １ Ｈａｐ３４ １ Ｈａｐ４４ １
Ｈａｐ６ ４ Ｈａｐ１６ １ Ｈａｐ２６ １ Ｈａｐ３５ １
Ｈａｐ７ １ Ｈａｐ１７ ２ Ｈａｐ２７ １ Ｈａｐ３６ １
Ｈａｐ８ １ Ｈａｐ１８ １ Ｈａｐ２８ １ Ｈａｐ３７ １
Ｈａｐ９ １ Ｈａｐ１９ １ Ｈａｐ２９ １ Ｈａｐ３８ １
Ｈａｐ１０ １ Ｈａｐ２０ ２ Ｈａｐ３９ １
７３ １４ ２ ２ １２ １４ ４ ７ １０ ８
　 　 ｐｏｐ．： ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ， Ｈａｐ： ｈａｐｌｏｔｙｐｅ；ＺＺ：漳州，ＲＺ：日照，ＬＹＧ：连云港；ＢＨ：北海；Ｍｖｅ：四角蛤蜊，Ｍｃｈ：中国蛤蜊
表 ３　 基于 ｎａｄ５片段核苷到的遗传距离
Ｔａｂｌｅ ３　 Ｇｅｎｅｔｉｃ ｄｉｓｔａｎｃｅｓ ｂａｓｅｄ ｏｎ ｎａｄ５ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ
组
Ｇｒｏｕｐ
群体
Ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ
Ｇｐ１
连云港 北海 日照
Ｇｐ２ Ｇｐ３ ＷＰ ＢＧ ／ ＷＧ
Ｇｐ１ 西施舌 连云港 ０．０１０
北海 ０．０１１ ２５．１—４１．８Ａ
日照 ０．０１２ ０．００９
Ｇｐ２ 漳州 ０．２５０ ０．２５０ ０．２５１ ０．００６
Ｇｐ３ 四角蛤蜊 ０．３０４ ０．３１１ ０．３０５ ０．３２８ ０．００９ ２４．４—３６．７Ｂ
Ｇｐ４ 中国蛤蜊 ０．３６３ ０．３６５ ０．３６１ ０．３６４ ０．２２０ ０．００６
　 　 ＢＧ、ＷＰ：组间、组内遗传距离（ｂｅｔｗｅｅｎ ｇｒｏｕｐｓ， ｗｉｔｈｉｎ ｇｒｏｕｐ ｇｅｎｅｔｉｃ ｄｉｓｔａｎｃｅｓ）， ＢＧ ／ ＷＧ：组间与组内遗传距离比值（ｔｈｅ ｒａｔｉｏ ｏｆ ＢＧ ／ ＷＧ）； Ｇｐ
（ｇｒｏｕｐ）：组，Ａ：Ｇｐ１与 Ｇｐ２间，Ｂ：Ｇｐ３与 Ｇｐ４间
２．４　 群体遗传差异的分子方差分析（ＡＭＯＶＡ）
用 ＡＭＯＶＡ方法分析西施舌组间、群体间和群体内遗传变异来源，结果显示（表 ４），９５．５５％的变异来源于
组间，即漳州组与混合组（连云港、日照、北海）间，说明组间群体遗传分化很大，３．５６％的变异来源于群体内，
只有 ０．８９％的变异来源于组内群体间，提示西施舌漳州群体发生了极大的遗传分化。 漳州群体与日照、连云
港和北海群体间的 ＦＳＴ分别为 ０．９６７（Ｐ＜０．０１）、０．９６３（Ｐ＜０．００１）和 ０．９７６（Ｐ＜０．０１），说明漳州西施舌与日照、连
云港和北海群体遗传分化很大，而北海与日照、北海与连云港间的 ＦＳＴ分别为 ０．２５８（Ｐ＜０．０１）和 ０．１９１（Ｐ＜
０􀆰 ０１），日照与连云港群体间的 ＦＳＴ为 ０．０１３（Ｐ＞０．０５），这两个群体间的遗传分化很小，两组间的 ＦＳＴ为 ０．９６４
（Ｐ＜０．０１），四角蛤蜊与中国蛤蜊间的 ＦＳＴ为 ０．９６５（Ｐ＜０．０１）。
表 ４　 西施舌种群差异分子方差分析（ＡＭＯＶＡ）
Ｔａｂｌｅ ４　 Ｔｈｅ ＡＭＯＶＡ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｃｏｅｌｏｍａｃｔｒａ ａｎｔｉｑｕａｔａ ｇｅｎｅｔｉｃ ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅ
变异来源
Ｓｏｕｒｃｅ ｏｆ ｖａｒｉａｔｉｏｎ
遗传变异元素
Ｖａｒｉａｎｃｅ ｃｏｍｐｏｎｅｎｔｓ
占总变异的百分数 ／ ％
Ｐｅｒｃｅｎｔａｇｅ ｏｆ ｖａｒｉａｔｉｏｎ Ｐ
组间 Ａｍｏｎｇ ｇｒｏｕｐｓ ４７．５９０６３ Ｖａ ９５．５５ ＜０．００１
组内群体间 Ａｍｏｎｇ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ Ｗｉｔｈｉｎ ｇｒｏｕｐｓ ０．４４４８３ Ｖｂ ０．８９ ＜０．００１
群体内 Ｗｉｔｈｉｎ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ １．７７２１１ Ｖｃ ３．５６ ＜０．００１
９３６２　 ８期 　 　 　 孟学平　 等：基于 ｎａｄ５的西施舌漳州群体遗传分化水平分析———以蛤蜊属 ２个物种差异水平为参照 　
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图 ２　 基于 ｎａｄ５的蛤蜊科 ３种贝类的 ＮＪ树
　 Ｆｉｇ． ２ 　 Ｔｈｅ ＮＪ ｔｒｅｅ ｂａｓｅｄ ｏｎ ｎａｄ５ ｏｆ ｔｈｒｅｅ ｓｐｅｃｉｅｓ ｉｎ
ｆａｍｉｌｙ Ｍａｃｔｒｉｄａｅ
Ａ支：西施舌 ４ 个群体，Ｂ 支：四角蛤蜊、中国蛤蜊各 １ 个群体，
Ｈａｐ： 单倍型
２．５　 基于 ｎａｄ５的系统发育分析
基于 ｎａｄ５的 ４４种单倍型构建了西施舌不同群体
与四角蛤蜊、中国蛤蜊的系统发生 ＮＪ 树（图 ２），由图 ２
可见，进化树拓扑结构形成 ２大支（Ａ支，Ｂ 支），Ａ支又
分为 ２ 小支（Ａ⁃ １，Ａ⁃ ２），Ｂ 也分为 ２ 小支（Ｂ⁃ １，Ｂ⁃ ２）。
日照、连云港、北海群体不同的单倍型交叉聚为支持率
（１００％）较高的一小支（Ａ⁃ ２），漳州群体不同单倍型聚
为另一小支（Ａ⁃ １） （１００％）。 中国蛤蜊、四角蛤蜊不同
单倍型分别聚为两小支（Ｂ⁃１和 Ｂ⁃ ２）（１００％）。 图 ２ 可
见，漳州西施舌与日照、连云港、北海西施舌相聚，形成
清晰的两支，说明漳州西施舌与日照、连云港、北海西施
舌发生了明显的分化。
３　 讨论
本人对日照、漳州西施舌线粒体全基因组组成及结
构进行了比较［７］，发现两地西施舌 ｔＲＮＡｓ 组成、非编码
区组成有明显差异，但是线粒体基因组结构只反映了 ２
个个体间的差异，是否一个群体中其它不同的个体间的
差异也达到如此高的水平，需要对更多的线粒体全基因
组进行比对，但全基因组测序耗资颇大，为了能达到既
经济、又能获得大量有效信息资料，因此，决定扩大取样
量，将线粒体基因组个别基因或非编码区序列进行比
较。 本人前期工作中及国内其它学者对线粒体 ＤＮＡ的
１６Ｓ ｒＲＮＡ和 ｃｏｘ１、细胞色素 ｂ基因（ｃｏｂ）进行了群体间
的比对。 线粒体 ＤＮＡ编码的基因中，１６Ｓ ｒＲＮＡ 和 ｃｏｘ１
常被用来进行高［１０］、低［１１］阶元种类群体差异分析。
ｎａｄ５核苷酸较 １６Ｓ 和 ｃｏｘ１ 变异稍大，用于遗传差异分
析相对灵敏，此外，ｎａｄ５分子量相对大，便于设计引物，
因此，本研究选择了 ｎａｄ５ 作为标记，可放大差异，便于
观察。 目前，关于群体基因核苷酸差异值的种间、种内
差异界限尚无标准，且不同的动物的相同基因保守性不
同，因此，也不便定标准。 但对于同一个基因的种间差
异与种内个体间差异之比值相对稳定，可作为重要的参考指标。 Ｈｅｂｅｒｔ［１２⁃１３］提出了 １０×规则：认为 ｃｏｘ１ 在群
体间的差异若是群体内差异的 １０倍以上，则认为两群体可能是 ２ 个种。 前期工作中基于 ｃｏｘ１ 的福建群体与
非福建群体间的差异与福建群体内或非福建群体内的差异之比为 １７．８—２３．５，远远大于 １０。 基于 ｎａｄ５ 基因
种间差异界限目前尚不明确，本研究基于 ｎａｄ５的漳州群体与非漳州群体间的差异与群体内个体间的差异之
比为 ２５．１—４１．８，远远大于 １０。 若参考基于 ｃｏｘ１的 １０×规则，此差异也达到种间差异水平。 为了有一个可参
考的值，本研究计算了与西施舌同一个科（Ｍａｃｔｒｉｄａｅ）的蛤蜊属（Ｍａｃｔｒａ）中国蛤蜊和四角蛤蜊间的差异与群体
内差异比值（２４．４—３６．７），此比值与漳州群体、非漳州群体间与群体内之比值相似，ｎａｄ５资料证明漳州西施舌
已经分化为一个新种。
本研究基于 ｎａｄ５片段（与本研究采用的西施舌 ｎａｄ５ 片段同源）分析了双壳类巨蛎属、贻贝属、文蛤属、
０４６２ 　 生　 态　 学　 报　 　 　 ３５卷　
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竹蛏属 ４个属属内种间遗传距离（Ｄ） （Ｋ２⁃Ｐ），结果显示巨蛎属 ８ 个物种间的 Ｄ 值为 ０．０５３—０．３７９，多数在
０􀆰 １５０—０．２６９之间（表 ５）。 贻贝属 ４个物种间的 Ｄ值为 ０．０１１—０．３１７，多数在 ０．２１８—０．２９１ 之间（表 ５）。 竹
蛏属的大竹蛏（Ｓｏｌｅｎ ｇｒａｎｄｉｓ，ＮＣ＿０１６６６５）和长竹蛏（Ｓｏｌｅｎ ｓｔｒｉｃｔｕｓ，ＮＣ＿０１７６１６）之间的 Ｄ 值为 ０．２１０。 文蛤属
的中华文蛤（Ｍｅｒｅｔｒｉｘ ｐｅｔｅｃｈｉａｌｉｓ，ＮＣ＿０１２７６７）和丽文蛤（Ｍｅｒｅｔｒｉｘ ｌｕｓｏｒｉａ ＮＣ＿０１４８０９）间的遗传距离为 ０．０９０。 而
西施舌混合群体（北海、日照和连云港）与漳州群体间的遗传距离为 ０．２５０—０．２５１（表 ３），此值在巨蛎属 ８ 种
贝类、贻贝属 ４种贝类种间遗传距离范围内；大于文蛤属 ２ 种贝类、竹蛏属 ２ 种贝类间的遗传距离，这从侧面
证明西施舌漳州群体与其它 ３个群体的差异达到了种间差异水平。
西施舌连云港与北海群体、连云港与日照群体间均有共享 ｎａｄ５ 单倍型，说明 ３ 个群体间有基因交流现
象，但漳州群体与上述 ３个群体间无共享单倍型，说明无基因交流现象，存在生殖隔离，其原因有待进一步研
究；本研究分析了群体间 ｎａｄ５ 核苷酸组成差异显著性，发现西施舌漳州与非漳州群体的 Ｔ、Ａ、Ｇ ３ 种核苷酸
含量差异极显著（Ｐ＜０．０１），而中国蛤蜊与四角蛤蜊的也有 ３ 种核苷酸（Ｔ、Ｃ、Ｇ）含量差异极显著（Ｐ＜０．０１）；
ＡＭＯＶＡ分析结果显示西施舌漳州群体与非漳州群体的 ＦＳＴ ＝ ０．９６４，而中国蛤蜊与四角蛤蜊间的 ＦＳＴ ＝ ０．９６５，
两 ＦＳＴ值接近。 碱基组成显著差异及分化程度之高均证实漳州西施舌发生了极大的遗传分化。
表 ５　 基于 ｎａｄ５片段的巨蛎属和贻贝属贝类的遗传距离
Ｔａｂｌｅ ５　 Ｇｅｎｅｔｉｃ ｄｉｓｔａｎｃｅ ｏｆ ｇｅｎｕｓ Ｃｒａｓｓｏｓｔｒｅａ ａｎｄ Ｍｙｔｉｌｉｓ ｂａｓｅｄ ｏｎ ｎａｄ５ ｆｒａｇｍｅｎｔｓ
样本序号
Ｓａｍｐｌｅ Ｎｏ．
物种名及其注册号
Ｓｐｅｃｉｅｓ ａｎｄ ｓｕｂｍｉｔｉｏｎ Ｎｏ．
样本序号 Ｓａｍｐｌｅ Ｎｏ．
１ ２ ３ ４ ５ ６ ７ ９ １０ １１
１ Ｃ． ｎｉｐｐｏｎａ ＮＣ＿０１５２４８
２ Ｃ． ｈｏｎｇｋｏｎｇｅｎｓｉｓ ＮＣ＿０１１５１８ ０．１５８
３ Ｃ． ａｒｉａｋｅｎｓｉｓ ＮＣ＿０１２６５０ ０．１５７ ０．１５０
４ Ｃ． ｇｉｇａｓ ＮＣ＿００１２７６ ０．２４５ ０．２１２ ０．２１９
５ Ｃ． ａｎｇｕｌａｔａ ＮＣ＿０１２６４８ ０．２２１ ０．２０３ ０．２１３ ０．０５３
６ Ｃ． ｓｉｋａｍｅａ ＮＣ＿０１２６４９ ０．２１６ ０．２０６ ０．２０６ ０．１５４ ０．１５６
７ Ｃ． ｉｒｅｄａｌｅｉ ＮＣ＿０１３９９７ ０．２４２ ０．２５３ ０．２５７ ０．２６９ ０．２５９ ０．２５０
８ Ｃ． ｖｉｒｇｉｎｉｃａ ＮＣ＿００７１７５ ０．３６８ ０．３７１ ０．３７８ ０．３７８ ０．３７８ ０．３４２ ０．３７９
９ Ｍ．ｇａｌｌｏｐｒｏｖｉｎｃｉａｌｉｓ ＮＣ＿００６８８６
１０ Ｍ． ｅｄｕｌｉｓ ＮＣ＿００６１６１ ０．０１１
１１ Ｍ． ｔｒｏｓｓｕｌｕｓ ＮＣ＿００７６８７ ０．２１８ ０．２２７
１２ Ｍ． ｃａｌｉｆｏｒｎｉａｎｕｓ ＮＣ＿０１５９９３ ０．２８４ ０．２９１ ０．３１７
我国学者孔令峰［１］对福建长乐、山东即墨、日照和江苏启东西施舌 ４个群体贝壳的 １２个变量数据分析结
果显示，长乐群体与北方的 ３个群体发生了高度遗传分化；刘德经［２］对长乐和江苏如东野生西施舌群体贝壳
的 ５个数量性状分析结果认为，２个群体西施舌的差异达到亚种水平。 此资料为漳州西施舌分类地位的确定
提供了形态学的证据；综合本研究结果、前期工作的核基因组 ＤＮＡ 标记（ＩＴＳ１［３］和 ＲＡＰＤ［１４］ ）和线粒体基因
组标记（ｃｏｘ１［５］和 ｃｏｂ［６］）及全基因组资料［７， ８］、结合上述形态学资料，提示中国福建西施舌与其它群体间的差
异达到了种间差异水平，应该是腔蛤蜊属的新种。 目前腔蛤蜊属只有两个种，即西施舌和古氏腔蛤蜊
（Ｃｏｅｌｏｍａｃｔｒａ ｃｕｍｉｎｇｉｉ），这 ２个种均为濒危物种［１５］，ｃｏｘ１分析结果［１５］也认为福建西施舌与日照西施舌可能是
姊妹种，因此，作者建议对福建西施舌进行重命名，并对其种质资源加强管理和保护，以确保此优良资源的可
持续利用。
参考文献（Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅｓ）：
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Ｃｈｉｎａ． Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｍａｒｉｎｅ Ｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｅｃｏｌｏｇｙ， ２００７， ３４３（１）： １１０⁃１１７．
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１４６２　 ８期 　 　 　 孟学平　 等：基于 ｎａｄ５的西施舌漳州群体遗传分化水平分析———以蛤蜊属 ２个物种差异水平为参照 　
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［ ３ ］　 孟学平，高如承，申欣，王帅，程汉良，董志国，阎斌伦． 西施舌 ５个地理群体 ＩＴＳ１序列变异及系统发生分析． 生态学报， ２０１０， ３０（２０）：
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［ ５ ］ 　 孟学平， 申欣， 张波， 程汉良， 田美， 郑雯雯． 西施舌 Ｃｙｔ ｂ基因核苷酸差异分析． 水产科学， ２０１０， ２９（９）： ５３７⁃５４２．
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［ ７ ］ 　 Ｍｅｎｇ Ｘ Ｐ， Ｓｈｅｎ Ｘ， Ｚｈａｏ Ｎ Ｎ， Ｔｉａｎ Ｍ， Ｌｉａｎｇ Ｍ， Ｈａｏ Ｊ， Ｃｈｅｎｇ Ｈ Ｌ， Ｙａｎ Ｂ Ｌ， Ｄｏｎｇ Ｚ Ｇ， Ｚｈｕ Ｘ Ｌ． Ｍｉｔｏｇｅｎｏｍｉｃｓ ｒｅｖｅａｌｓ ｔｗｏ ｓｕｂｓｐｅｃｉｅｓ ｉｎ
Ｃｏｅｌｏｍａｃｔｒａ ａｎｔｉｑｕａｔａ （Ｍｏｌｌｕｓｃａ： Ｂｉｖａｌｖｉａ） ． Ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌ ＤＮＡ， ２０１３， ２４（２）： １０２⁃１０４．
［ ８ ］ 　 孟学平， 申欣， 赵娜娜， 田美， 梁猛， 郝珏， 程汉良， 阎斌伦， 董志国． 漳州西施舌线粒体基因组全序列： 腔蛤蜊属（Ｃｏｅｌｏｍａｃｔｒａ） 存在新
种的证据． 海洋学报， ２０１３， ３５（３）： ２１３⁃２２２．
［ ９ ］ 　 Ｍｅｎｇ Ｘ Ｐ， Ｚｈａｏ Ｎ Ｎ， Ｓｈｅｎ Ｘ， Ｈａｏ Ｊ， Ｌｉａｎｇ Ｍ， Ｚｈｕ Ｘ Ｌ， Ｃｈｅｎ Ｈ Ｌ， Ｙａｎ Ｂ Ｌ， Ｌｉｕ Ｚ Ｐ． Ｃｏｍｐｌｅｔｅ ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌ ｇｅｎｏｍｅ ｏｆ Ｃｏｅｌｏｍａｃｔｒａ
ａｎｔｉｑｕａｔａ （Ｍｏｌｌｕｓｃａ： Ｂｉｖａｌｖｉａ）： Ｔｈｅ ｆｉｒｓｔ ｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｖｅ ｆｒｏｍ ｔｈｅ ｆａｍｉｌｙ Ｍａｃｔｒｉｄａｅ ｗｉｔｈ ｎｏｖｅｌ ｇｅｎｅ ｏｒｄｅｒ ａｎｄ ｕｎｕｓｕａｌ ｔａｎｄｅｍ ｒｅｐｅａｔｓ． Ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ
Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａｎｄ Ｐｈｙｓｉｏｌｏｇｙ Ｐａｒｔ Ｄ： Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ， ２０１２， ７（２）： １７５⁃１７９．
［１０］ 　 Ｐｕｓｌｅｄｎｉｋ Ｌ， Ｓｅｒｂ Ｊ Ｍ． Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｐｅｃｔｉｎｉｄａｅ （ Ｍｏｌｌｕｓｃａ： Ｂｉｖａｌｖｉａ） ａｎｄ ｅｆｆｅｃｔ ｏｆ ｉｎｃｒｅａｓｅｄ ｔａｘｏｎ ｓａｍｐｌｉｎｇ ａｎｄ ｏｕｔｇｒｏｕｐ
ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ ｏｎ ｔｒｅｅ ｔｏｐｏｌｏｇｙ． Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃｓ ａｎｄ Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ， ２００８， ４８（３）： １１７８⁃１１８８．
［１１］ 　 Ｍａｏ Ｙ Ｌ， Ｇａｏ Ｔ Ｘ， Ｙａｎａｇｉｍｏｔｏ Ｔ， Ｘｉａｏ Ｙ Ｓ． Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｐｈｙｌｏｇｅｏｇｒａｐｈｙ ｏｆ Ｒｕｄｉｔａｐｅｓ ｐｈｉｌｉｐｐｉｎａｒｕｍ ｉｎ ｔｈｅ Ｎｏｒｔｈｗｅｓｔｅｒｎ Ｐａｃｉｆｉｃ Ｏｃｅａｎ ｂａｓｅｄ ｏｎ
ＣＯＩ ｇｅｎｅ． Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｍａｒｉｎｅ Ｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｅｃｏｌｏｇｙ， ２０１１， ４０７（２）： １７１⁃１８１．
［１２］ 　 Ｈｅｂｅｒｔ Ｐ Ｄ， Ｐｅｎｔｏｎ Ｅ Ｈ， Ｂｕｒｎｓ Ｊ Ｍ， Ｊａｎｚｅｎ Ｄ Ｈ， Ｈａｌｌｗａｃｈｓ Ｗ． Ｔｅｎ ｓｐｅｃｉｅｓ ｉｎ ｏｎｅ： ＤＮＡ ｂａｒｃｏｄｉｎｇ ｒｅｖｅａｌｓ ｃｒｙｐｔｉｃ ｓｐｅｃｉｅｓ ｉｎ ｔｈｅ ｎｅｏｔｒｏｐｉｃａｌ
ｓｋｉｐｐｅｒ ｂｕｔｔｅｒｆｌｙ Ａｓｔｒａｐｔｅｓ ｆｕｌｇｅｒａｔｏｒ． Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｕｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ ｏｆ Ａｍｅｒｉｃａ， ２００４， １０１ （ ４１）：
１４８１２⁃１４８１７．
［１３］ 　 Ｈｅｂｅｒｔ Ｐ Ｄ， Ｓｔｏｅｃｋｌｅ Ｍ Ｙ， Ｚｅｍｌａｋ Ｔ Ｓ， Ｆｒａｎｃｉｓ Ｃ Ｍ． Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｂｉｒｄｓ ｔｈｒｏｕｇｈ ＤＮＡ ｂａｒｃｏｄｅｓ． ＰＬｏＳ Ｂｉｏｌｏｇｙ， ２００４， ２（１０）： ｅ３１２．
［１４］ 　 孟学平， 王帅， 高如承， 申欣， 程汉良， 田美． 西施舌群体遗传结构及分化的 ＲＡＰＤ分析． 海洋科学， ２０１１， ３５（２）： ６⁃９．
［１５］ 　 Ｎｉ Ｌ， Ｌｉ Ｑ， Ｋｏｎｇ Ｌ Ｆ， Ｈｕａｎｇ Ｓ Ｑ， Ｌｉ Ｌ Ｊ． ＤＮＡ ｂａｒｃｏｄｉｎｇ ａｎｄ ｐｈｙｌｏｇｅｎｙ ｉｎ ｔｈｅ ｆａｍｉｌｙ Ｍａｃｔｒｉｄａｅ（Ｂｉｖａｌｖｉａ： Ｈｅｔｅｒｏｄｏｎｔａ）： Ｅｖｉｄｅｎｃｅ ｆｏｒ ｃｒｙｐｔｉｃ
ｓｐｅｃｉｅｓ． Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ Ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃｓ ａｎｄ Ｅｃｏｌｏｇｙ， ２０１２， ４４： １６４⁃１７２．
２４６２ 　 生　 态　 学　 报　 　 　 ３５卷