全 文 ：第 35 卷第 6 期
2015年 3月
生 态 学 报
ACTA ECOLOGICA SINICA
Vol.35,No.6
Mar.,2015
http: / / www.ecologica.cn
基金项目:国家自然科学基金(31302183); 国家高技术研究发展计划“863冶项目(2012AA10A400); 现代农业产业技术体系建设专项(CARS鄄
48)
收稿日期:2013鄄05鄄16; 摇 摇 网络出版日期:2014鄄04鄄25
*通讯作者 Corresponding author.E鄄mail: yanxiwu@ dlou.edu
DOI: 10.5846 / stxb201305161083
牛泓博,聂鸿涛,朱德鹏,杨凤,闫喜武.菲律宾蛤仔 EST_SSR标记与生长性状的相关分析.生态学报,2015,35(6):1910鄄1916.
Niu H B, Nie H T, Zhu D P, Yang F, Yan X W.Identification of EST_SSR markers associated with growth鄄related traits in the Manila clam Ruditapes
philippinarum.Acta Ecologica Sinica,2015,35(6):1910鄄1916.
菲律宾蛤仔 EST_SSR标记与生长性状的相关分析
牛泓博,聂鸿涛,朱德鹏,杨摇 凤,闫喜武*
大连海洋大学,辽宁省贝类良种繁育工程技术研究中心, 大连摇 116023
摘要:研究利用 20 个微卫星标记对菲律宾蛤仔斑马蛤 F2代家系 107 个个体进行遗传多样性分析,并对标记位点与生长相关性
状进行分析。 在 20 个微卫星位点共检测到 41 个等位基因,各位点等位基因数为 2—3 个,等位基因片段大小为 109—430 bp,
平均等位基因数为 2.05 个。 平均有效等位基因数为 1.71个,观测杂合度平均值为 0.504,期望杂合度的平均值为 0.431,平均多
态信息含量为 0.324。 经卡方检验,3 个位点 SSR11,SSR164和 SSR213的基因型分布显著偏离了孟德尔定律(P<0郾 01)。 运用
SPSS 20.0对 20 个微卫星位点与菲律宾蛤仔斑马蛤家系生长性状的相关性(壳长、壳宽、壳高和体重)进行连锁显著性检验。 结
果表明,SSR9位点与壳高存在显著的相关关系(P<0.05),SSR135和 SSR164位点与壳宽呈显著相关(P<0郾 05),SSR142位点与
体重呈显著性相关(P<0.05)。 研究结果可为菲律宾蛤仔的分子标记辅助选育提供参考。
关键词:菲律宾蛤仔; 微卫星标记; 生长性状; 相关分析
Identification of EST_SSR markers associated with growth鄄related traits in the
Manila clam Ruditapes philippinarum
NIU Hongbo, NIE Hongtao, ZHU Depeng, YANG Feng, YAN Xiwu*
Engineering and Technology Research Center of Shellfish Breeding of Liaoning Province, Dalian Ocean University, Dalian 116023, China
Abstract: The Manila clam, Ruditapes philippinarum, which is widely distributed along the coasts of China, is an
economically important marine bivalve species in China忆s aquaculture industry. The world production of this species was 3.6
million metric tons in 2010. China is the first largest country in the world in terms of production of the Manila clam,
producing about 3.0 million metric tons annually, which accounts for about 90% of global production. This species has
several pedigrees including White, Zebra, Liangdao Red and Marine Red distributing in the coastal areas in North China.
Microsatellites or simple sequence repeats (SSRs) are tandemly repeated motifs of 1—6 genetic base pairs. Microsatellite
markers are powerful molecular markers due to their high polymorphism, stability, and co鄄dominance, and they are used
widely in studies of genetic diversity, parentage assignment, genetic linkage map construction, and trait鄄related marker
screening. In this study, 20 microsatellite DNA markers were used to analyze the genetic diversity of 107 individuals of a
Zebra F2 pedigree of R. philippinarum. Forty鄄one alleles were detected, and the number of alleles (Na) was 2—3 at each
locus (average, 2.05) . The effective number of alleles (Ne) was 1.71, and the DNA fragment length was 109—430 base
pairs. The mean values of observed heterozygosity (Ho), expected heterozygosity (He), and polymorphism information
content (PIC) were 0.504, 0.431, and 0.324, respectively. The probability value of the chi鄄square test showed that three
loci significantly deviated from Mendelian segregation (P < 0. 01), which suggested that these loci might link with the
adaptive gene, and two loci ( SSR11 and SSR164) may link with recessive homozygous lethal genes. The general linear
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model procedure in SPSS20.0 was used to analyze the correlation between the 20 microsatellites and growth鄄related traits of
R. philippinarum (i.e., shell length, shell width, shell height, and body weight) . Four loci were significantly related to the
growth traits (P<0.05): SSR135 and SSR164 were significantly related to shell width (P<0.05), SSR9 was significantly
related to shell height (P<0.05), and SSR142 was significantly related to total weight (P<0.05). Favorable genotypes for
each growth trait were identified by a multiple comparison among the loci. Allele A for SSR9 had a significant impact on
shell height (P<0.05) and had the highest phenotype value; thus, it can be used as a molecular marker for selective
breeding. SSR135 and SSR164 had a significant impact on shell width and total weight (P<0.05), respectively, and allele
B for SSR135 and allele A for SSR142 had a positive effect on growth鄄related traits. The following four genotypes of these
loci had a favorable effect on growth鄄related traits: AA for SSR9, BB for SSR135, AA for SSR142, and AB for SSR164.
The trait鄄related microsatellite loci identified in this study will be valuable for marker鄄assisted breeding of R. philippinarum.
Key Words: Ruditapes philippinarum; microsatellites; growth鄄related traits; correlation analysis
菲律宾蛤仔 ( Ruditapes philippinarum)隶属于软体动物门 (Mollusca),双壳纲 ( Bivalvia),异齿亚纲
(Heterodonta),帘蛤目(Veneroida),帘蛤科(Veneridae),蛤仔属(Ruditapes),是我国传统四大养殖贝类之一,
广泛分布在我国南北沿海。 据统计,2010年菲律宾蛤仔世界产量达到 360多万 t[1],我国年产量在 300 万 t左
右,占世界菲律宾蛤仔产量的 90%以上[2]。 由于其营养丰富、味道鲜美,近年来市场需求量也日益增大。 然
而由于人工苗种的累代养殖,菲律宾蛤仔养殖群体的种质逐渐下降,养殖产业迫切需要菲律宾蛤仔的优良品
种。 近年来,菲律宾蛤仔的遗传改良技术取得了一定的成绩,如选择育种和杂交育种等[2鄄6]。 传统育种方法
对目标性状缺乏准确可靠的早期预选手段,造成育种盲目性大、效率低。 而紧密连锁的 DNA标记为实现水产
动物目标性状的早期选择提供了有效途径。 因此,研究与水产动物重要经济性状紧密连锁的分子标记,特别
是对缺乏遗传连锁图谱的水产动物 DNA标记,就显得十分重要。
微卫星(microsatellites)又称简单序列重复(Simple Sequence Repeat, SSR),一般由 1—6 bp的简单序列重
复排列组成。 由于微卫星具有多态性丰富、共显性遗传、遵循孟德尔分离定律、易于 ( Polymerase Chain
Reaction) PCR扩增等优点,是分子遗传学研究的理想分子标记,已广泛应用于水产动物的重要经济性状相关
分子标记筛选、(Quantitative Trait Locus) QTL定位等方面[7鄄15]。 在海洋贝类,虾夷扇贝[16]和马氏珠母贝[17]等
已报道了生长性状与微卫星标记的相关性分析。 目前,对菲律宾蛤仔的研究,主要集中在生物学、生态学和养
殖技术等方面[2]。 然而,有关菲律宾蛤仔重要经济性状的分子基础研究还刚刚起步,标记与生长性状的相关
分析迄今还未见报道。
本实验利用 20 对微卫星标记对菲律宾蛤仔斑马蛤家系进行遗传多样性分析,并对标记位点与生长性状
相关性进行分析,筛选出对斑马蛤生长有利的基因型,实现分子标记和生长性状的连锁分析。 为菲律宾蛤仔
优良品系的进一步选育,以及遗传图谱的构建和 QTL定位等提供参考。
1摇 材料与方法
1.1摇 实验材料
实验所用斑马蛤材料为 2011年大连石河菲律宾蛤仔野生群体中挑选的斑马蛤为亲本,交配产生 F1代群
体,上选 F1代群体中大的个体,采用巢式设计建立了 30 个 F1家系,本实验所用家系为第 8 组家系,随机选取
其中 107 个个体,对所有个体的壳长、壳宽、壳高和体重进行测量。 取部分足尖组织,固定于 95%乙醇中用于
DNA的提取。
1.2摇 DNA提取及微卫星分析
DNA的提取采用苯酚鄄氯仿鄄异戊醇法抽提 DNA,并用 1%琼脂糖凝胶电泳进行检测。 DNA保存于-20 益
备用。 PCR反应体系:反应总体积为 10 滋L,其中 DNA模板 1 滋L、上下游引物(10 滋mol / L) 各 0.4 滋L、easytaq
1191摇 6期 摇 摇 摇 牛泓博摇 等:菲律宾蛤仔 EST_SSR标记与生长性状的相关分析 摇
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MIX 5 滋L、ddH2O 3.2 滋L。 实验中所用微卫星引物的核心序列及退火温度见表 1。 PCR 反应程序为:94 益 5
min,94 益 40 s,退火温度 40 s,72 益 40 s,30 个循环;72 益 延伸 10 min,4 益保存。 PCR扩增产物经 12%聚丙
烯酰胺凝胶电泳检测,银染显色。 凝胶在扫描仪上成像,拍照保存后对电泳谱带进行分析。 等位基因大小用
100 bp marker为参照标准对电泳条带进行判读。
表 1摇 菲律宾蛤仔 20个微卫星引物序列和退火温度
Table 1摇 Characteristics of the 20 polymorphic microsatellite loci from Ruditapes philippinarum
位点
Locus
退火温度 / 益
Annealing temperature
核心序列
Repeat motif sequence
引物序列(5忆鄄3忆)
Primer sequence
SSR4 48 (ATC) 5 F:TTTGTAGCCTTTGGAGTT R:GCGATAACGAAAGTGAAG
SSR9 52 (TTG) 5 F:CGATGTTTCATTTGTTTG R:ATGCTTTCTTTTCGTGTA
SSR11 54 (TACA) 5 F:GGCTCCCACATTCTCATT R:CGTCTCCTGCCTTAACCA
SSR106 49 (AGT) 6 F:ACCTCAGTTCAAATGTCT R:AATACTAACGCTGTGGAT
SSR107 47 (GA) 6 F:AGCCAATGGTAGGATAAT R:GTCATAGTGGGTTCAGGT
SSR122 46 (TTC) 8 F:CCTCTGTATCCGAGTCAC R:GGAAAGCCAATTAGTATCA
SSR135 47 (TA) 6 F:TTTACTGTATTGATGGGACT R:CTTATCTTTGCTTGCTTATT
SSR142 51 (CA) 6 F:CAGGACATGGGTTACAAA R:AGTCACAGAATCCGCAAA
SSR164 49 (GT) 17 F:AATCAAACCAGCACAATC R:AAACATTAGCAACGGATC
SSR213 49 (CA) 6 F:ATAGTAAGTGAATGGGGATA R:TGTTTGGTGTCAAATGGT
SSR244 49 (AGTT) 12 F:TCCTGGAACAAAGCAATA R:TAAACATCCGCAAGGTAC
SSR261 52 (TGA) 6 F:GAGGTCCTGTTGCGTTTA R:CTTTCATCTCCCATTTCATT
SSR313 50 (TC) 6 F:ACTTGCTTAGCTGGTGGT R:GAACAGGTGTTGGGAGAA
SSR333 47 (ACA) 5 F:TACTCAACTCACCCTCCC R:ATTGTTCAGAAAAGCATC
SSR337 47 (CAA) 5 F:TAACCAGACAAAGCGTAT R:GGTGAAGGGATTTAGAAT
SSR341 49 (CAA) 5 F:TAATGGAAGAAGGAGCAA R:TCACAGCACCACAGTAAA
SSR361 46 (TTTG) 7 F:AGAGTTACGCTTATTGGT R:GGTGATTTATTCCGTCTT
SSR372 48 (ATC) 6 F:CACGAAATGCTAACAATG R:TGAAAGTGAAGGGTATGA
SSR373 46 (ATG)8 F:TCTTGCTGAAAGTCCTAA R:TCAGTTGACCAAGAAAAG
SSR399 47 (3CT) 6 F:TACTTTGGCTGATAATCTAG R:TTATAGGGAGAAAGGGTG
1.3摇 统计分析
用 PopGene3.2软件进行数据处理、遗传多样性分析, 计算等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、观测
杂合度(Ho)及期望杂合度(He)。 根据 Botstein 等[18]的方法可计算多态信息含量(PIC)。 利用 PIC鄄CALC 计
算软件,根据等位基因频率来计算每个位点的多态信息含量,其计算公式如下:
PIC = 1 - 移
n
i = 2
p2i - 移
n-1
i = 1
移
n
j = i+1
2p2i p2j
式中, n为某一位点上的等位基因数; pi 、 p j 分别为群体中第 i和第 j个位点的等位基因频率, j = i + 1。
用 SPSS 20.0软件中的一般线性模型(GLM) 对菲律宾蛤仔斑马蛤家系的生长相关性状与 20个微卫星标
记相关性进行分析。 其线性模型如下:
yij = 滋 + gi + 着ij
式中, yij为斑马蛤某性状第 i个标记第 j个个体表型值,滋为群体平均值, gi为第 i个标记的效应值, 着ij为随机
误差。
2摇 结果
2.1摇 性状的表型值分布
经测量得到的壳长、壳宽、壳高和体重 4 个生长性状,均符合正态分布,可直接进行相关性分析。 正态分
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布信息见表 2。
表 2摇 壳长、壳宽、壳高和体重的表型数据及正态分布统计检验
Table 2摇 The phenotypic data of shell lenth, width, height, body weight and normal distribution test
项目
Item
最小值
Minimum
最大值
Maximum
平均值
Mean依SD
K鄄S值
Kolmogorov鄄Smirnov Z
P值
P value
壳长 Shell length / mm 6.15 13.81 10.53 依 1.39 0.805 0.536
壳宽 Shell width / mm 2.04 5.16 3.60 依 0.61 0.784 0.570
壳高 Shell height / mm 4.87 10.60 7.49 依 1.05 0.806 0.534
体质量 Total weight / g 0.04 0.42 0.19 依 0.07 1.325 0.060郾
摇 图 1摇 引物 SSR372和 SSR373在斑马蛤 F2 家系部分个体的聚丙
烯电泳图谱
Fig. 1 摇 Electrophoresis pattern of PCR product of partial
individuals in the F2 family of Ruditapes philippinarum amplified
with microsatellite marker SSR372 and SSR373
图中 M为 100 bp DNA Marker, A、B为不同等位基因
2.2摇 微卫星位点基因型
利用父母本和 8 个子代进行引物筛选,经 PCR 扩
增、聚丙烯酰胺凝胶电泳,从 32 对微卫星引物中筛选得
到 20 对扩增条带清晰、稳定,具有多态性的位点。 检测
了父母本和 107 个 F2子代个体在 20 个微卫星位点的
基因型(表 3)。 SSR372 和 SSR373 位点在菲律宾蛤仔
斑马蛤家系部分个体中的扩增结果见图 1。
20 个微卫星位点共检测到 41 个等位基因,片段大
小为 109—430 bp,各位点的等位基因数 2—3 个,平均
等位基因数 2.05 个,平均有效等位基因数为 1.71 个。
各位点的期望杂合度、观测杂合度、基因型分布和多态
信息含量等值见表 3。 20 个位点的期望杂合度平均值
为 0.431,观测杂合度平均值为 0.504,多态信息含量平
均值为 0.324。 在 20 个位点中,有 2 个位点 SSR213和 SSR261的观测杂合度低于期望杂合度,表现出纯合子
过剩、杂合子不足现象。 另外 18 个位点的观测杂合度则高于期望杂合度,其中 SSR11 和 SSR164 的观测杂合
度与期望杂合度的差异较大。 经卡方检验,有 17 个位点的基因型比例符合孟德尔分离定律,另外 3 个位点
SSR11,SSR164和 SSR213的基因型分布显著偏离了孟德尔定律(P<0.01)(表 3)。
表 3摇 菲律宾蛤仔 20个微卫星位点在斑马蛤 F2家系中的统计信息
Table 3摇 Statistic information for 20 microsatellite loci in an F2 family of Ruditapes philippinarum
位点
Locus
亲本基
因型
Parental
genotypes
等位基因
片段大
小 / bp
Size range
等位基因
Na
有效等位
基因数
Ne
期望
杂合度
Ho
观测
杂合度
He
子代
基因型
Genotypes
of progeny
多态信
息含量
PIC
P
SSR4 AB伊BB 163—175 2 1.545 0.354 0.457 AB 颐BB= 47颐56 0.290 0.375
SSR9 AB伊AB 109—118 2 1.926 0.483 0.523 AA 颐AB 颐BB= 36颐53颐16 0.365 0.014
SSR11 AA伊AB 359—383 2 1.966 0.494 0.868 AA 颐AB= 16颐91 0.371 0.000
SSR106 AA伊AB 409—421 2 1.594 0.374 0.495 AA 颐AB= 54颐53 0.303 0.923
SSR107 AB伊BB 255—263 2 1.618 0.384 0.514 AB 颐BB= 54颐51 0.309 0.770
SSR122 AB伊AA 404—422 2 1.523 0.345 0.440 AA 颐AB= 59颐48 0.284 0.288
SSR135 BB伊AB 237—253 2 1.487 0.329 0.413 AB 颐BB= 43颐64 0.274 0.042
SSR142 AA伊AB 298—322 2 1.618 0.384 0.514 AA 颐AB= 52颐55 0.309 0.772
SSR164 AB伊AB 418—430 2 1.892 0.474 0.762 AA 颐AB 颐BB= 0颐83颐24 0.360 0.000
SSR213 AB伊AB 379—391 2 1.989 0.500 0.241 AA 颐AB 颐BB= 37颐27颐43 0.374 0.000
SSR244 AB伊BB 309—325 2 1.552 0.358 0.463 AB 颐BB= 49颐58 0.293 0.384
SSR261 AB伊AB 163—172 2 1.963 0.493 0.440 AA 颐AB 颐BB= 23颐46颐38 0.370 0.043
3191摇 6期 摇 摇 摇 牛泓博摇 等:菲律宾蛤仔 EST_SSR标记与生长性状的相关分析 摇
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续表
位点
Locus
亲本基
因型
Parental
genotypes
等位基因
片段大
小 / bp
Size range
等位基因
Na
有效等位
基因数
Ne
期望
杂合度
Ho
观测
杂合度
He
子代
基因型
Genotypes
of progeny
多态信
息含量
PIC
P
SSR313 AB伊BB 215—227 2 1.547 0.355 0.459 AB 颐BB= 49颐58 0.291 0.384
SSR333 AA伊AB 248—254 2 1.523 0.345 0.440 AA 颐AB= 60颐47 0.284 0.209
SSR337 AB伊AA 288—312 2 1.452 0.313 0.385 AA 颐AB= 66颐41 0.263 0.016
SSR341 AA伊AB 169—193 2 1.733 0.450 0.608 AA 颐AB= 41颐64 0.333 0.025
SSR361 BC伊AC 302—318 3 2.698 0.632 0.750 AB 颐AC 颐BC 颐CC= 27颐29颐24颐26 0.558 0.921
SSR372 BB伊AB 173—191 2 1.485 0.328 0.411 AB 颐BB= 45颐62 0.273 0.100
SSR373 BB伊AB 154—166 2 1.588 0.372 0.490 AB 颐BB= 50颐52 0.302 0.843
SSR399 BB伊AB 125—131 2 1.490 0.331 0.415 AB 颐BB= 43颐61 0.275 0.078
平均值 Mean 2.05 1.709 0.431 0.504 0.324
摇 摇 Na: The number of alleles; Ne: Number of effective alleles; Ho: Observed heterozygosity; He: Expected heterozygosity; PIC: Polymorphism
information content; P为基因型分离比的卡方检验;加粗 P值代表偏分离的基因型分离比 (P <0.01)
2.3摇 微卫星标记与生长性状的相关性分析
用 SPSS 20.0 软件中的一般线性模型(General Linear Model, GLM),对微卫星位点基因型与斑马蛤主要
生长性状(壳长、壳宽、壳高和体重)之间的相关性进行分析,经方差分析检验呈显著性差异的位点。 在 20 对
微卫星位点中,共找出 4 个与斑马蛤生长相关的位点(表 4)。 SSR9 位点与壳高呈显著关联,SSR135 和
SSR164与壳宽显著相关,SSR142位点与体重呈显著性相关。 由于相关分析得到的微卫星位点除 SSR9 号引
物外其他 3 个位点基因型个数都小于 3,故使用 SPSS中 compare means过程进行不同位点表型值的比较。 在
SSR9位点上,AA基因型的壳长,壳宽,壳高和体重 4 项生长指标平均值均高于其他基因型个体,说明 AA 基
因型对斑马蛤生长起正效应。 另外,SSR135位点上的 BB 基因型、SSR142 位点上的 AA 基因型和 SSR164 位
点上的 AB基因型,在 4 项生长指标中的平均值均高于各自位点中的其他基因型,说明 4 个基因型在各自位
点上对斑马蛤的生长具有正效应。
表 4摇 20个微卫星位点不同基因型主要生长性状的平均值及多重比较
Table 4摇 Means and multiple comparisons of major growth traits with different genotypes at 20 microsatellites
位点
Locus
基因型
Genotype
个体数
No.
壳长 / mm
Shell length
壳宽 / mm
Shell width
壳高 / mm
Shell height
体重 / g
Body weight
SSR9 AA 36 10.97依1.13a 3.95依0.48a 7.91依0.91a* 0.21依0.07a
AB 53 10.26依1.39b 3.66依0.60b 7.25依0.97b* 0.18依0.07b
BB 15 10.34依1.48b 3.65依0.68b 7.33依1.22b* 0.18依0.09b
SSR135 AB 43 10.30依1.63a 3.61依0.71a* 7.28依1.22a 0.17依0.08a
BB 64 10.69依1.18b 3.86依0.50b* 7.64依0.90b 0.20依0.07b
SSR142 AA 52 10.80依1.23a 3.88依0.56a 7.70依0.96a 0.21依0.07a*
AB 55 10.28依1.48b 3.65依0.63b 7.30依1.11b 0.18依0.07b*
SSR164 AB 83 10.66依1.36a 3.83依0.61a* 7.59依1.07a 0.19依0.08a
BB 24 10.11依1.41b 3.56依0.57b* 7.19依0.96b 0.17依0.06b
摇 摇 上标字母表示在同一位点中不同基因型之间差异显著(P <0.05),无字母表示基因型间差异不显著,*表示与生长相关的位点
3摇 讨论
群体的遗传多样性主要表现在杂合度、等位基因数和多态信息含量三个方面。 杂合度大小可以反映出遗
传结构变异程度的高低,杂合度期望越高,群体的遗传结构越复杂[19]。 本实验中,观测杂合度和期望杂合度
的平均值分别为 0.504和 0.431,说明实验家系的遗传变异和遗传多样性较丰富。 从等位基因来看,有效等位
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基因越接近所检测到的等位基因的绝对值,说明等位基因在群体中的分布越均匀[20]。 本研究在 20 个微卫星
位点共检测到 41 个等位基因,其中有效等位基因数为 34 个,接近于实际等位基因数,表明所检测的微卫星位
点的等位基因在群体中分布较均匀。 多态信息含量可作为一个衡量遗传标记所包含的或能提供的遗传信息
容量的指标。 一般认为,在某一群体中,当 PIC > 0.5时该位点表现为高度多态,0.25
点表现为高度多态位点,表明所选微卫星标记多态性相对丰富,可作为有效的遗传标记进行遗传多样性分析。
在许多海洋贝类中,经常会出现偏分离的等位基因,这似乎是海洋贝类中普遍存在的现象。 在本实验中,
发现 3 个微卫星位点的基因型分离比显著偏离孟德尔遗传定律(P<0.01),部分位点偏分离的原因可能与生
活环境和人工选择有关,再有可能是由隐性致死基因、取样或基因型判读错误等因素引起[22]。 大部分微卫星
位点的期望杂合度与观测杂合度基本接近,说明群体内的基因型频率未发生大的改变。 但有 2 个位点 SSR11
和 SSR164的观测杂合度明显大于期望杂合度,在 SSR164发现了一种纯合子完全缺失的现象(基因型 AA 为
0),说明该位点附近可能存在着与之紧密连锁的隐性致死基因[23]。
菲律宾蛤仔的壳长、壳宽、壳高、体重等性状属于数量性状,数量性状受多个基因的控制,其遗传基础比较
复杂且容易受环境的影响。 标记与性状之间的连锁分析,是根据标记位点的基因型以及数量性状的表型对个
体进行显著性检验,差异显著则说明标记与数量性状存在关联[24]。 因此,如果一个群体的性状差异显著,或
两个群体的差异很大,就可以通过标记与性状的相关分析,找出性状与一个或多个标记的遗传相关,一旦发现
显著相关,即可认为存在一个数量性状位点,从而实现从表型到基因型选择育种的转变[25]。 借助微卫星标记
进行性状连锁分析或 QTL 定位,在水产动物育种中已也有较多报道[10鄄17]。
目前,菲律宾蛤仔遗传标记的开发较少, 不足以满足遗传作图和 QTL 定位的需要。 所以,有必要应用有
限的微卫星标记对菲律宾蛤仔生长相关性状进行连锁分析。 在本研究中,共找到了 4 个与生长性状相关的位
点,SSR9位点与壳高存在显著的相关关系(P<0.05),SSR135 和 SSR164 与壳宽显著相关(P<0.05),SSR142
与体重显著相关(P<0.05)。 在这些关联中,出现了几个标记同一个性状相关,说明这些位点存在多因一效的
现象,并符合数量性状的相关理论。 对上述位点不同基因型的多重比较表明,SSR9 位点的 AA 基因型、
SSR135位点的 BB基因型、SSR142位点的 AA基因型和 SSR164位点的 AB 基因型都与壳长、壳宽、壳高和体
重性状呈正相关。 目前,分子标记在菲律宾蛤仔中的应用主要集中于遗传多样性研究[26鄄27],有关菲律宾蛤仔
性状相关分子标记的筛选迄今未见报道。 本文筛选出菲律宾蛤仔生长性状相关的微卫星标记,为菲律宾蛤仔
分子标记辅助选育提供参考。
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