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Optimization of Start Codon Targeted Polymorphism System in MedicinalChrysanthemum MorifoliumBased on Orthogonal Design

药用菊花SCoT-PCR反应体系的正交优化


为进一步开发利用药用菊花种质资源,为药用菊花的遗传多样性及分子鉴定研究提供技术支持,建立并优化药用菊花的目标起始密码子多态性-聚合酶链式反应(SCoT-PCR)体系,在方差分析基础上,运用L25(56)正交设计在5个水平上对影响药用菊花SCoT-PCR反应的模板DNA、Mg2+、dNTPs、Taq 酶、引物5个因素进行优化试验,并对PCR结果进行分析.建立了药用菊花SCoT-PCR最佳反应体系(20 μL):模板DNA 10 ng,引物0.8 μmol·L-1,dNTPs 0.2 mmol·L-1,Mg2+ 2.0 mmol·L-1,Taq酶1.5 U,SCoT反应的影响因素依次为:Taq酶>引物>dNTPs>Mg2+>模板DNA.优化的SCoT-PCR反应体系在多个药用菊花品种遗传多样性研究中得到了验证,结果表现出良好的稳定性、重复性和多态性丰富等特点,该体系的建立为药用菊花品种遗传多样性分析、系统发育研究、遗传图谱构建、基因定位和分子标记辅助育种研究奠定了基础.


全 文 :!核 农 学 报!"### ’&$ )$’&A !"#$%&’"()#*’+&$,-$.*#’/#$&’0*.+%*+1 收稿日期!"#$(*$"*!接受日期!"#"#&# !浙江省自然科学基金项目"Bc(]"&###H# !浙江省药用植物种质改良与质量控制技术重点实验
室项目""#(#%!"#/##.# !杭州师范大学研究生创新基金优秀硕士学位论文培育项目及浙江省大学生科技创新活动计划暨新苗 人才计划项目""#(W%"#H’# 作者简介!何仁锋!男!主要从事药用植物系统发育研究% /*0123 UXf&&##((4"H8;J0!!!!! eUlH"4H(8;J0!!! PU15LL7J##’4"H8;J0!###*&..""#%##*’&*#A 药用菊花 ?IJF*VIW反应体系的正交优化 何仁锋!冯尚国!!!高!岭!"!""!
" !!!(##(H*" 浙江省中药研究所!浙江 杭州!(##"(# 摘!要!为进一步开发利用药用菊花种质资源!为药用菊花的遗传多样性及分子鉴定研究提供技术支持! 建立并优化药用菊花的目标起始密码子多态性 @聚合酶链式反应" ?IJF*VIW#体系!在方差分析基础 上!运用 B".". H#正交设计在 . 个水平上对影响药用菊花 ?IJF*VIW反应的模板 -E,ZL" K:EFVPB&F
引物 . 个因素进行优化试验!并对 VIW结果进行分析’ 建立了药用菊花 ?IJF*VIW最佳反应体系 ""# "B#(模板 -E,# 5L!引物 #Q& "0J3%B@!:EFVP#Q" 00J3%B@!ZL" K "Q# 00J3%B@!B&F酶Q. a!
?IJF反应的影响因素依次为(B&F酶 q引物 q:EFVPqZL" K q模板 -E,’ 优化的 ?IJF*VIW反应体系
在多个药用菊花品种遗传多样性研究中得到了验证!结果表现出良好的稳定性!系统发育研究基因定位和分子标
记辅助育种研究奠定了基础’
关键词!药用菊花&?IJF&优化&正交设计
-SC#Q&HAT682PP58##*&..Q"##8’&
!!菊花"L+%=&%/;+6& 6".("’.#6W101[# 是菊科菊属
的多年生草本植物!其干燥头状花序为常用中药材之
一&’ !0神农本草经1中有+生川泽及田野!久服能轻身 延年,等描述!并将菊列为疏风散热(解毒消肿(利言明 目之上品&"’ % 药用菊花品种是由菊花的药用类群经过 不同的生态环境和长期人工栽培选育等条件形成!我国 药用菊花栽培历史悠久!类型多样!主要有贡菊(湖菊( 小白菊(大白菊(小黄菊(滁菊(亳菊(大马牙(大怀菊等 A 个菊花药用类群栽培变种&(’ % 由于药用菊花品种繁多 且极易变异!地区间药用菊花类型混杂!出现了许多形 态特征多样的生态型和地理居群!导致药用菊花与其同 属的近缘种类在形态特征上鉴定困难&%’ % 因此!单独利 用传统的分类方法难以对种质资源的遗传多样性做出 准确有效评价% 近年来 -E,分子标记技术迅速发展! 各类标记如W,V-&.’ (C??W&H @’’ (?W,V&&’等都在药用菊
花遗传多样性研究中有了初步应用!这些研究为药用菊
花种质资源的遗传多样性分析及分子鉴定研究奠定了
基础% 不过!上述标记如 W,V-是简单的随机标记!存
在重复性和可靠性方面的缺陷!不能全面准确反映药用
菊花的遗传多样性!也无法充分满足药用菊花亲缘关
系(图谱构建(基因定位及图位克隆的研究需求*另外!
也有研究表明 W,V-(C??W等分子标记普遍不能与目标
性状建立准确联系!它们在应用上与其目标也存在一定
的偏差&A’ %
"##A 年!国际水稻研究所 IJ31X: 等 &#’在水稻中 开发出一种新型分子标记技术---目标起始密码子多 态性"P[1X[;J:J5 [1XL9[9: YJ3M0JXYU2P0?IJF#标记!其 原理是根据植物基因中的 ,FG翻译起始位点侧翼序 列的保守性来设计单引物!扩增产生偏向候选功能基 因区% 该标记技术有效整合和补充了 W,V-(C??W标&’核!农!学!报 "& 卷 记技术的优点!同时能够有效产生与性状连锁的标记! 作为目的基因标记具有有效跟踪目的性状的优点 &!"’ (铁皮石斛 &(12#.)..,3%7,(%).
因素 D1;[JX
水平 B9\93
"( Q##Q.# "Q## "Q.# (Q##
:EFVPT00J3)B@#Q# #Q"# #Q(# #Q%# #Q.#
B&F-E,聚合酶 B&F-E,YJ3M09X1P9Ta #Q". #Q.# Q##Q.# "Q##
引物 VX209XPT"0J3)B@#Q"# #Q%# #QH# #Q&#Q##
模板 -E,[90Y31[9-E,T5L #Q## "#Q## (#Q## %#Q## .#Q## !"材料和方法 !#!"材料及主要试剂 试验材料杭白菊品种 @金菊 % 号采自浙江桐乡药 用菊花主产区% ?IJF*VIW反应中的 " a)"B@ B&F
酶(# 00J3)B@ :EFVP("# 00J3)B@ZL"K(# ‘VIW
<7f9X" ## 00J3)B@ FX2P*]I3! ## 00J3)B@
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IJ31X: 和 Z1;N23&#’ 等! 引 物 ?IJF( " .n @ I,,I,,FGGIF,II,IIG @ (n#! ?IJF" " .n@
,IG,I,FGGIG,III,I,@(n# 及 ?IJF(. " .n@
I,FGGIF,II,IIGGIII@(n#均由北京鼎国昌盛生
物技术有限责任公司合成%
!#"Q"Q!E,!E,E,!
剪取新鲜药用菊花叶片约 ## 0L!剪碎后放入研钵! 并将剩余叶片于 @&# ^保存% 往研钵中立即加入液 氮研磨至粉末并迅速转移至Q. 0B的离心管中!加入
0BIF,+*fX99缓冲液&#Q. 0J3)B@ /-F," Y]值 _
&Q#### 0B(Q# 0J3)B@FX2P*]I3" Y]值 _&Q## "## 0B(E1I3%QH L!定溶至 B’缓慢震荡 (# P!于 H. ^ 水浴锅中震荡 "# )(# 025 &%’ !然后使用生工生物工程
"上海#股份有限公司的 /l7Y 柱式植物基因组 -E,
抽提试剂盒!提取药用菊花基因组 -E,%
提取的药用菊花基因组 -E,!用 R!置于 @"# ^保存
备用%
Q"Q"!?IJFVIW@#!选用 B". ".
H #正交表对药
用菊花 ?IJF*VIW反应进行正交优化"表 "#% 其中每
个处理的 VIW扩增体系为 "# "B!每个处理含 # ‘ VIW<7f9X"不含 ZL" K#"Q# "B!不足部分用 ::]"S补 足!每个处理重复两次%Q"Q(! ?IJF*VIW 扩增及检测 ! 在 /YY95:JXf,G
""((]10<7XLVIWVIW!A% ^预变性 % 025*(. 个循环"A% ^变性 025!F0 025!’" ^延伸 " 025#*’" ^延伸 # 025!% ^保存% 扩增反应结束后!取 H "BVIW产物与 "B的 H ‘BJ1:25L<7f9X混匀!在 ‘F,/缓冲系统 下!于含溴化乙锭"/+#的Q.R琼脂糖凝胶中进行凝
胶电泳!电压 .# O!电泳结束后!在紫外凝胶成像系 统上拍照保存% "&’
!# 期 药用菊花 ?IJF*VIW反应体系的正交优化 表"7@,%I>@V反应因素水平正交试验设计表 ?P #P G
%&’()"?P #P
G \+29,5,1&(;)/3510,+0&82,+/&1;()Q)(/,07@,%I>@V+)&823,1 试验号 EJ8 ZL" KT "00J3)B@ #
:EFVPT
"00J3)B@# B&F-E,聚合酶 B&F-E,YJ3M09X1P9Ta 引物 VX209XPT""0J3)B@ #
模板 -E,
[90Y31[9-E,T5L
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" Q# #Q" #Q. #Q% "# (Q# #Q( Q# #QH (# %Q# #Q% Q. #Q& %# .Q# #Q. "Q# Q# .# HQ. #Q#Q. #QH %# ’Q. #Q" Q# #Q& .# &Q. #Q( Q.Q# # AQ. #Q% "Q# #Q" "#
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记+,分*条带多态性最高(清晰度最好(分散性强和 背景颜色少的最佳扩增结果记+".,分#% 根据打分结 果进行直观分析!在假设不存在交互作用情况下!试验 每一因素下各水平的平均值能够反映影响因素各水平 对反应体系的影响情况!因此本研究首先根据电泳平 均得分求出每一因素下各水平的和 F2!各列各水平重 复 . 次!然后求出每一因素下各水平的均值 k2用以反 映因素各水平的影响大小*最后求出同一因素不同水 平间平均值的极差 W!极差 W值越大!影响越显著*为 更好地估计试验误差!利用 ?V??(Q# 对结果进一步
进行方差分析%
!#K"7@,%最佳反应体系的稳定性和通用性检测
在对供试引物进行初步筛选的基础上!随机选取
引物对 & 个不同地域来源的 "% 个品种的 (" 份药用菊
花材料进行 VIW扩增!扩增产物在 Q.R?IJFVIW"结果与分析
#!"正交设计电泳结果评分 将表 ( 正交设计的 ". 个处理进行 VIW!电泳结果 "图#所示!结果表明在 . 个水平上 . 种因素的不同
组合对试验影响差异明显!其中 % 和 & 处理的扩增条
(&’核!农!学!报 "& 卷 注)". @处理代号参见表 "* Z*-B"###% EJ[9)". @[X91[095[570<9X15: [X91[095[1PPUJe9: 25 F1<39"* Z*-B"### 01XN9X8 图 !"药用菊花 7@,%I>@V反应体系正交实验电泳图 435 !"M()82+,.9,+)2,5+&: ,0:);3831&(=23-*"12#.)..,3%7,(%).7@,%I>@V,+29,5,1&(;)/351
带相对明亮(清晰!多态性也相对较高% 据此进行两次
独立打分统计!得分依次为"!!"!"%!A!’!"#!".!(!!.!""!"(!!%!H!&!’!!.!H!A!!#!"*"!
!$"!"QA (Q"k(%Q% (Q""QH QQH
k% "Q.(Q# "Q(%Q& (Q# k. AQ."Q% HQ ’Q#"Q#
W %QA HQ. ’QH &Q’ "Q( !!注 F2表示任一列上水平号为 2" 本试验中 2_!"!(!% 或 .#时!所对应的试验结果之和% k2k2F2TP!P!k22 F2eU95 2_!"!(!%!JX.! IJXX9PYJ5:25L[J[U9P70Jf[U9[9P[X9P73[P8k2k2F2TP!PX9YX9P95[[U9fX9o795;MJ515M329!k2X9YX9P95[eU95k22![U9P70Jf[U9[9P[X9P73[P8WX9YX9P95[X15L98"QQ!VIW正交设计直观分析!由正交设计直观分 析结果"表 (#可知!B&F酶的浓度对该反应结果影响 最显著!模板 -E,浓度影响最小!各因素水平的变化 对药用菊花 ?IJF*VIW反应的影响依次为B&F酶 q引
物 q:EFVPqZL" K q模板 -E,%
"QQ"!VIW!!!!?V??(Q# 软件对结果进行方
差分析"表 %#方差分析中的 VIW各因素对本体系的 影响与直观分析结果一致!其中 B&F酶对本试验影响 显著!其他各个因素影响主次也与直观分析一致% 总 体表明试验误差对本试验影响较小!试验结果可行(可 信% %&’
!# 期 药用菊花 ?IJF*VIW反应体系的正交优化 表 K"药用菊花 7@,%I>@V反应体系正交设计方差分析 %&’()K"Z&+3&18)&1&(N/3/,0,+29,5,1&(;)/351,0:);3831&(=23-*"12#.)..,3%7,(%).7@,%I>@V
变异来源
O1X215;9PJ7X;9
CCC型平方和
?70JfPo71X9P
自由度
=(
均方
Z915 Po71X9P
9值
9\1379
显著性 2值
?2L52f2;15[Jf2\1379
校正模型 IJXX9;[9: 0J:93 "&AQ(##1 "# H%Q%H. "Q%% #Q"%#
截距 C5[9X;9Y[ %#.’QHA# (%QAH% #Q###
ZL" K ’.Q%H# % &Q&H. #QH"’ #QHHA :EFVP#’QAH# % "HQAA# #Q&A& #Q.%#
B&F-E,聚合酶 B&F-E,YJ3M09X1P9 &HAQ#H# % "’Q"H. ’Q""’ #Q#%
引物 VX209X "AQQ&". #Q"&’
模板 -E,F90Y31[9-E, ’Q(H# % %Q(%# #Q%% #QA.H
误差 /XXJX "#Q"H# % (#Q#H. 总计 FJ[13 .%H’Q".# ". 校正的总计 IJXX9;[9: [J[13%#AQ.H# "%
!!注可决系数 @_#QA."调整的可决系数 @_#Q%&&# %
EJ[9@Po71X9: _#QA."1:67P[9: @Po71X9: _#Q%&
#"五因素各水平的综合优化结果
从直观分析和方差分析结果可知 "表 ((表 % #!
B&F酶浓度对药用菊花 ?IJF*VIW扩增结果的影响最
显著!B&F酶浓度低!VIW扩增产物少甚至没有!B&F
酶浓度过高!表现为非特异性扩增!背景不清晰等现
象!该因素在 . 个水平中 k% 及 F% 值最高!故选择 B&F
酶用量为 Q.a(Q# "0J3)B@水平扩增效果均较好!但过高
的引物浓度将提高引物二聚体形成机率!造成遗传多
样性特异性条带鉴别困难% 在考虑经济费用及试验质
量的前提下!引物浓度选择 #Q& "0J3)B@时!直接影响
VIW扩增产物的浓度*而浓度过高时!可能由于 :EFVP
结合大量游离 ZL" K!影响 B&F酶活性!最终使 VIW扩
增受到影响% 因此!选择 :EFVP#Q" 00J3)B@’’ % . 个设计水平中k( 及 F( 值最
高!即当 ZL" K浓度在 "Q# 00J3)B@时!其条带的总体 多态性(背景颜色以及条带分散性等较好于其他各个 水平!故选择 "Q# 00J3)B@作为最佳浓度水平!此结
果与姜小凤等 &H?IJFVIWZL"K 及 F值最高!最终确定模板 -E,最佳用量为 "# "B体系中加# 5L模板 -E,%
#F"优化的 7@,%I>@V反应体系稳定性和通用性检 测 根据已建立的药用菊花 ?IJF*VIW最佳反应体 系!通过引物初步筛选!我们从中随机选取引物 ?IJF((?IJF" 和 ?IJF(. 分别对 & 个不同地域来源的
"% 个品种的 (" 份药用菊花材料进行 VIW扩增验证!
结果表明均能扩增出多态性丰富(相对清晰的电泳条
带"如图 ’(图 & 和图 A #% 说明该优化的药用菊花
?IJF*VIW反应体系是可行的!可以进一步应用于药用
菊花的分子生物学研究%
F"讨论
目前!基于 VIW扩增的 -E,分子标记技术发展
较快且应用越来越广泛 &&’ % 其中 ?IJF标记作为一种 新型的目的基因分子标记!不仅具有操作简便(稳定性 和重复性高(成本较低(引物通用性强等特点!而且其 单引物产生的标记能够有效地与目标性状连锁 &A’ %
该标记方法被有效地运用在有关样品的遗传多样性分
析(目的基因表达差异研究等方面% 但 ?IJF分子标
.&’核!农!学!报 "& 卷 图 ]"引物 F 对 ! F^ 样品扩增结果
4356]"M()82+,.9,+)2,5+&: ,0! F^/&:.()/’N >+3:)+F 图 W"引物! 对 ! F^样品扩增结果 4356W"M()82+,.9,+)2,5+&: ,0! F^ /&:.()/’N >+3:)+! 图 C"引物 FP 对 ! F^ 样品扩增结果
4356C"M()82+,.9,+)2,5+&: ,0! F^/&:.()/’N >+3:)+FP 记技 术 受 VIW反 应 体 系 中 的 多 个 因 素 综 合 影 响 &"# @""’ !不同试材在 ?IJF*VIW反应体系中各因素的 最佳浓度和影响主次也存在差异% 针对不同的研究材 料确定最佳的反应体系是成功应用 ?IJF*VIW标记技 术的前提!对特定的反应体系进行优化是一项基础性 工作!这也是获得理想(可靠的研究结果的关键 &"( @".’ % H&’
!# 期 药用菊花 ?IJF*VIW反应体系的正交优化 张君玉等 &!:EFVP?IJFVIW作为 :EFVP
最佳浓度!取得了较好的试验结果% 另外!ZL" K通过
影响引物与模板的结合效率(产物特异性及引物二聚
体的形成!继而显著的影响 VIW扩增的特异性和产
量% 秦国新等 &"&’在建立草莓属植物 ?IJF体系中却发
现 ZL" K对体系的影响差异不显著!结合本文的方差分
析结果其 D值小于 V值!这也进一步证明了 ZL" K在不
同浓度下几乎没有差异% 模板 -E,在药用菊花 ?IJF
@VIW反应体系中影响最小!模板量过多使非特异性
产物增加!杂质能抑制 B&F酶的活性!最终影响 VIW
的效率!这与姜小凤等 &H!! 和 ?IJF(. 对药用菊花 ?IJF*VIW反应体系进
行验证都能获得清晰(稳定和多态性丰富的扩增结果!
将为以后的药用菊花植物分子遗传学与标记辅助选择
育种研究打下基础%
K"结论
本研究利用正交设计在 . 个水平上对影响药用菊
花 ?IJF*VIW反应的 . 个主要因素进行优化试验!对
VIW结果进行了方差分析!其中只有 B&F酶对试验影
响显著!各因素对药用菊花 ?IJF反应的影响依次B&F酶 q引物 q:EFVPqZL" K q模板-E,% 首次建立 了稳定性好(分辨率高的药用菊花 ?IJF*VIW反应体 系反应总体积 "# "B! -E,模板 # 5L!引物 #Q& "0J3)B@!:EFVP#Q" 00J3)B@!ZL" K"Q# 00J3)B@!
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能型分子标记"C?,V#的开发及评价&>’8遗传! "##&! (# "A# "#’ @"H
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