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Cloning and Expression Analysis of Cytosolic Malate Dehydrogenase Gene from Sugarcane

甘蔗细胞质型苹果酸脱氢酶基因的克隆及其表达分析



全 文 :收稿日期: 2011–11–14    接受日期: 2012–03–03
基金项目: 国家自然科学基金项目(30700514); 农业部 2010 年引进国际先进农业科学技术“948”计划项目(2010-C21)资助
作者简介: 徐景升,博士,副研究员,主要从事分子育种研究工作。E-mail: xujingsheng@126.com
* 通讯作者 Corresponding author. E-mail: fafu948@126.com
热带亚热带植物学报 2012, 20(5): 455~461
Journal of Tropical and Subtropical Botany
苹果酸脱氢酶(malate dehydrogenases,MDH)
广泛存在于生物体内。根据辅酶专一性、亚细胞
定 位 和 生 理 功 能,植 物 MDH 可 分 为 5 类:线 粒
体 NAD-MDH (mMDH)、微体 NAD-MDH、叶绿体
NADP-MDH、叶绿体 NAD-MDH 和细胞质 NAD-
MDH (cytosolic malate dehydrogenase, cMDH)[1]。
MDH 主要催化草酰乙酸和苹果酸的相互转化,参
与众多重要的代谢过程,如糖酵解、光合作用、木质
素合成、氮固定、氨基酸合成、离子平衡、磷[2]、铁的
吸收[3]和抗铝盐毒害等[4–5]。植物 cMDH 是 NAD
甘蔗细胞质型苹果酸脱氢酶基因的克隆及其表达
分析
徐景升a, 阙友雄a, 颜克伟b, 唐唯其c, 许莉萍a, 高三基a, 郭晋隆a,
董萌a, 陈如凯a*
(福建农林大学, a. 农业部甘蔗遗传改良重点开放实验室, 甘蔗综合研究所;b. 生命科学学院;c. 水稻遗传研究所, 福州 350002)
摘要: 对甘蔗(Saccharum officinarum L.)叶片全长 cDNA 文库进行测序,获得了 1 个细胞质型苹果酸脱氢酶(cMDH)基因的全
长 cDNA 序列,命名为 Sc-cMDH。生物信息学分析表明,该基因全长 1314 bp,开放阅读框为 999 bp,编码 332 个氨基酸。Sc-
cMDH 与其他植物 cMDH 的氨基酸序列同源性高达 86.5%~97.0%。Sc-cMDH 包含典型的 NAD+ 结合基元 T11GAAGQI17 和催
化基元 I184WGNH188,还有相当保守的 6 个半胱氨酸残基,因此推断该基因为细胞质型 NAD-MDH。定量 PCR 分析结果表明,
该基因在甘蔗叶片和根中的表达量高于茎。
关键词: 甘蔗; 细胞质型苹果酸脱氢酶基因; 实时定量 PCR
doi: 10.3969/j.issn.1005–3395.2012.05.005
Cloning and Expression Analysis of Cytosolic Malate Dehydrogenase
Gene from Sugarcane
XU Jing-shenga, QUE You-xionga, YAN Ke-weib, TANG Wei-qic, XU Li-pinga, GAO San-jia,
GUO Jin-longa, DONG Menga, CHEN Ru-kaia*
(a. Key Laboratory of Sugarcane Genetic Improvement, Ministry of Agriculture; Institute of Sugarcane; b. College of Life Science; c. Institute of Rice
Genetics, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou 350002, China)
Abstract: A full-length cDNA sequence of sugarcane (Saccharum officinarum L.) cytosolic malate dehydrogenase
(cMDH) gene, named as Sc-cMDH, was obtained from sugarcane full-length cDNA library by EST sequencing
and bioinformatics analysis. The full-length of Sc-cMDH was 1314 bp with 999 bp open reading frame, encoding
332 amino acids. Sc-cMDH shared 86.5%~97.0% of amino acids with cMDH from other 9 species. Sc-cMDH
contains typical NAD+ binding motif (T11GAAGQI17) and catalytic motif (I184WGNH188). Real-time PCR analysis
showed that the expression of Sc-cMDH was higher in leaves and roots than that in stems of sugarcane.
Key words: Saccharum officinarum L.; Cytosolic malate dehydrogenase gene; Real-time PCR
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依赖酶,目前相关研究还比较少。cMDH 在植物的
中枢代谢途径(糖柠檬酸循环)、线粒体能量代谢底
物供应中均占有重要地位,参与柠檬酸循环的主要
底物草酰乙酸必须在细胞质中经 cMDH 还原为苹
果酸后,才可以直接进入线粒体,进入线粒体的苹
果酸在 mMDH 作用下再生成草酰乙酸从而进入柠
檬酸循环[6–9]。
甘 蔗(Saccharum officinarum L.)是 重 要 的 糖
料 作 物,其 成 熟 节 间 积 累 的 蔗 糖 浓 度 可 以 达 到
650 mmol L-1 [10]。对甘蔗糖代谢过程进行研究,不
但具有重要的生物学意义,而且可为甘蔗高糖育
种提供科学依据。迄今,在禾谷类作物中,玉米
(Zea mays)[11]、水 稻(Oryza sativa)[12]、小 麦(Triticum
aestivum)[1,13]、高粱(Sorghum bicolor)[14]等作物的细
胞质型苹果酸脱氢酶基因相继被克隆,但是有关甘
蔗细胞质型苹果酸脱氢酶基因的研究尚未见报道。
本研究在对甘蔗叶片全长 cDNA 文库测序[15]的基
础上,首次获得了编码甘蔗细胞质型苹果酸脱氢酶
的基因,并利用生物信息学手段对该基因的结构特
征和特性进行了分析。同时,利用 Real-time PCR
技术研究了该基因在甘蔗不同组织中的表达,探讨
了该基因的潜在应用价值,为甘蔗高糖育种提供科
学依据。
1 材料和方法
1.1 实验材料
甘蔗叶片全长 cDNA 文库和福农 95-1702 由
本实验室提供。福农 95-1702 种植于试验田内。
核酸分子量标准、SYBR®Premix Ex TaqTM (Perfect
Real Time)、Reverse Transcription System 试 剂 盒
等购自 TaKaRa 公司(日本)、用于 RNA 分离的试剂
TriPure Isolation Reagent 购 自 Roche 公 司(美 国)。
所用定量 PCR 仪器为 ABI PRISM 7500 实时定量
PCR 仪。
1.2 Sc-cMDH基因的获得和生物信息学分析
将甘蔗叶片全长 cDNA 文库进行大规模测序
和生物信息学分析。挑取含有目的基因的克隆进
行测序,获得目的基因全长序列。
用National Center of Biotechnology Information
(NCBI,http://ncbi.nlm.nih.gov/)站 点 上 的 在 线 软
件 ORF finder 和 BLAST,分别对该序列进行开放
阅读框预测和同源性比较分析。使用 Clustal W 做
多序列比对;利用 ProtParam 分析翻译蛋白的分子
量和等电点。利用 EBI/SAS (http://www.ebi.ac.uk/
thornton-srv/databases/sas/)和蛋白质数据库(Protein
Data Bank,PDB,http://www.rcsb.org/pdb/)预测蛋
白质结构并注释,使用 Sanger PFAM 预测结构域,
使用 ProtParam (http://expasy.org/tools/protparam.html)
预测该基因编码蛋白分子量、等电点和不稳定系
数。使用 Phobius 预测信号肽和跨膜区域,利用
MEGA 4.0 构 建 进 化 树。 检 索 Expasy 酶 数 据 库
(http://www.expasy.org/enzyme),确认该基因编码的
酶的 EC 号。
1.3 Sc-cMDH基因定量表达分析
RNA 分离  分别取甘蔗的心叶,正 1 叶,第
8 叶,第 1、2 节间,第 4 节间,第 7 节间,第 14 节间
和根,在液氮中研磨成粉末,按照 TriPure Isolation
Reagent 使用说明书分离提取 RNA。用 Nanodrop
核酸蛋白定量仪定量,取 1 μg RNA 用 1% 琼脂糖
凝胶电泳检查质量。RNA 样品储存于 –80℃冰箱
中备用。
RNA 反 转 录   使 用 Takara 公 司 的 Prime-
ScriptTM RT reagent Kit (perfect Real Time)反转录试剂
盒,将 RNA 反转录成 cDNA。冰上配制反转录反应
液,反转录体系为 20 μL,包含 4 μL 5×PrimerScriptTM
buffer,1.0 μL PrimerScriptTM RT Enzyme Mix I,
1.0 μL Oligo dT Primer (50 μmol L-1),1.0 μL Random
6 mers (100 μmol L-1),RNA 样 品 1 μg,用 RNase
free H2O 补 足。 反 应 条 件 为:37 ℃ 反 应 15 min,
85℃ 5 s,储存于 –20℃冰箱中备用。
定量 PCR 引物测试  以反转录 PCR 产物
为模板,对内参基因 25S RNA (PCR 产物长度为
110 bp)[16]和目的基因 Sc-cMDH 进行扩增,测试引
物和模板质量。两个基因的 PCR 反应体系和反应
条件相同。使用 Vector NTI 9.0 设计 Sc-cMDH 基因
的定量 PCR 引物。PCR 产物长度为 100 bp,正向
引 物 Sc-cMDH-F:5′-TTGACGGGTTCTCAAGGA-
AGAAGCT-3′,反向引物 Sc-cMDH-R:5′-GGGTAT-
GGTAGAATTTACTCGAGGCATG-3′。 反 应 体 系
为 25 μL,包 含 1×PCR 缓 冲 液,2 mol L-1 MgCl2,
0.2 mol L-1 dNTPs,1 μL 反转录 PCR 产物,2.5 U
Taq 聚合酶,引物浓度为 0.25 μmol L-1。PCR 反应
程序为:95℃变性 5 min;94℃ 30 s,60℃ 1 min,
72℃退火 1 min,35 个循环;72℃延伸 10 min。反
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应结束后,用 1.5% 的琼脂糖凝胶电泳检测。
Real-time PCR 分 析   以 反 转 录 PCR 产
物为模板,使用 TakaRa 公司的 SYBR® Premix Ex
TaqTM (Perfect Real Time)定量 PCR 试剂盒,采用相
对定量方法,在 ABI PRISM7500 实时定量 PCR 仪
对 Sc-MDH 基因进行实时定量 PCR 检测。引物
序 列 同 上。50 μL 反 转 录 PCR 体 系 包 含 SYBR®
Premix Ex TaqTM (2×) 25 μL,1 μL PCR Forward
Primer (10 μmol L-1),1 μL PCR Reverse Primer
(10 μmol L-1),1 μL Rox Dye Ⅱ (50×),4 μL
cDNA,dH2O 18 μL。 反 应 程 序 为 50.0 ℃ 2 min;
95.0℃ 10 min;95.0℃ 15 s,60.0℃ 1 min,循环 40 次。
2 结果和分析
2.1 Sc-cMDH基因全长获得和生物信息学分析
在对甘蔗叶片全长 cDNA 文库大规模测序的
过程中,发现了 1 个与水稻细胞质型苹果酸脱氢酶
基因同源性达 91.24% 的表达序列标签(EST),找到
该 EST 对应的克隆将其完全测序,获得全长序列。
该基因全长 1314 bp,5′ 端非编码区(untranslated
region,UTR)长 87 bp,3′ 端 UTR 长 228 bp,包含
1 个长度为 999 bp 的完整开放阅读框,编码 332 个
氨基酸(图 1),命名为 Sc-cMDH。
利用 BLAST 程序,对 Sc-cMDH 与其他 9 种植
物 cMDH 的氨基酸序列进行比对,结果表明序列同
源性非常高,均为 332 个氨基酸。Sc-cMDH 与同是
C4 植物的高粱和玉米的 cMDH 同源性分别达 96%
和 95%,高 于 其 它 C3 植 物 水 稻 cMDH 的 同 源 性
(91.0%),这 10 物种间 cMDH 的氨基酸序列相似性
最低为 89.5%。同时,Sc-cMDH 具有 cMDH 典型
特征的 6 个半胱氨酸残基和 1 个决定辅酶特异性结
合位点的 D43。Sanger PFAM 分析表明有两个高度
保守的结构域,一个是 N 端 6~155,包含 1 个 NAD+
结合基元“T11GAAGQI17”;另一个是 C 端 157~331,
图 1 Sc-cMDH 基因的 cDNA 序列及其氨基酸序列。灰色为起始密码子和终止密码子。
Fig. 1 cDNA sequence of Sc-cMDH and deducted amino acid sequence. Start codon and stop codon are light grey.
徐景升等:甘蔗细胞质型苹果酸脱氢酶基因的克隆及其表达分析
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包含 1 个催化基元“I184WGNH188”。这两个基元在
植物 cMDH 中广泛存在且高度保守,由此断定该基
因为 cMDH。EBI/SAS 分析表明,Sc-cMDH 包含
13 个 α 螺旋、13 个 β 折叠、4 个催化残基。PDB
分析表明,除了结合基元的 7 个氨基酸残基外,还
有 22 个氨基酸残基可能参与 NAD 结合(图 2)。
图2 Sc-cMDH与其他物种cMDHs的多序列比对。Sc-cMDH: 甘蔗; Sorghum-cMDH: 高粱(Uniprot登录号C5WYF2); Maize-cMDH: 玉米
(B6SLL8); Rice-cMDH: 水稻(Q7XDC8); Potato-cMDH: 马铃薯(Q2PYY8); Tobacco-cMDH: 烟草(Q9FSF0); Ath-cMDH: 拟南芥(P57106); Poplar-
cMDH: 杨树(A9P8R3); Apple-cMDH: 苹果(A3DSX0); Grape-cMDH: 葡萄(A7Q1T9);◊: 催化基元; □: 结合基元; △: 催化残基; ▲: 配体NAD+结
合位点; ○: 决定辅酶特异性的关键位点; =: α-螺旋;→: β-折叠;C: 半胱氨酸残基。
Fig. 2 Multiple sequence alignment between Sc-MDH and cMDHs from other 9 species. Sc-cMDH: Saccharum officinarum; Sorghum-cMDH:
Sorghum bicolor (Uniprot accession number C5WYF2); Maize-cMDH: Zea mays (B6SLL8); Rice-cMDH: Oryza sativa (Q7XDC8); Potato-cMDH:
Solanum tuberosum (Q2PYY8); Tobacco-cMDH: Nicotiana tabacum (Q9FSF0); Ath-cMDH: Arabidopsis thaliana (P57106); Poplar-cMDH: Populus
trichocarpa (A9P8R3); Apple-cMDH: Malus domestica (A3DSX0); Grape-cMDH: Vitis vinifera (A7Q1T9); ◊: Rhombus motif; □: Binding motif; △:
Catalytic residue; ▲: Binding site of ligand coenzyme NAD+;○: Critical site of cofactor specificity; =: α-helix;→: β-sheet; C: Cysteine.
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通过检索 Expasy 酶数据库(http://www.expasy.
org/enzyme),确认该基因编码的蛋白酶的 EC 号
为 1.1.1.37。ProtParam (http://expasy.org/tools/
protparam.html)预测该基因编码的蛋白质分子量为
35443.7 D,等电点为 5.60,不稳定系数为 26.98,属
于稳定蛋白。用 Phobius 预测信号肽和跨膜区域,
前 20 个氨基酸有 70% 的可能是信号肽,其跨膜可
能性在 10% 以下,因此认为没有跨膜结构。
通过进化树分析表明,Sc-cMDH 与高粱、玉
米这 3 个 C4 植物聚在一起;然后与 C3 植物水稻
聚在同一类。而茄科的烟草(Nicotiana tabacum)和
马铃薯(Solanum tuberosum)聚在一起,木本植物葡
萄(Vitis vinifera)、 杨树(Populus trichocarpa)和苹果
(Malus sieversii)聚在一起,然后再与十字花科的拟
南芥(Arabidopsis thaliana)聚在一起(图 3)。
2.2 Sc-cMDH基因定量表达分析
定量 PCR 引物测试  电泳检测结果表明,
25S RNA 引物和 Sc-cMDH 基因的特异引物均能
扩增出与预期一致的目标条带,没有杂带和引物二
聚体出现,表明引物特异性强,且模板质量良好
(图 4)。
图3 甘蔗和其他物种cMDH的进化树分析。Sc-cMDH: 甘蔗; Sorghum-cMDH: 高粱(Uniprot登录号: C5WYF2); Maize-cMDH:玉米(B6SLL8);
Rice-cMDH: 水稻(Q7XDC8); Potato-cMDH: 马铃薯(Q2PYY8); Tobacco-cMDH: 烟草(Q9FSF0); Ath-cMDH: 拟南芥(P57106); Poplar-cMDH: 杨
树(A9P8R3); Apple-cMDH: 苹果(A3DSX0); Grape-cMDH: 葡萄(A7Q1T9)。
Fig. 3 Phylogenetic analysis based on cMDH amino acid sequence of sugarcane and other species. Sc-cMDH: Saccharum officinarum; Sorghum-
cMDH: Sorghum bicolor (Uniprot accession number: C5WYF2); Maize-cMDH: Zea mays (B6SLL8); Rice-cMDH: Oryza sativa (Q7XDC8); Potato-
cMDH: Solanum tuberosum (Q2PYY8); Tobacco-cMDH: Nicotiana tabacum (Q9FSF0); Ath-cMDH: Arabidopsis thaliana (P57106); Poplar-cMDH:
Populus trichocarpa (A9P8R3); Apple-cMDH: Malus domestica (A3DSX0 ); Grape-cMDH: Vitis vinifera (A7Q1T9).
图4 引物及模板质量的PCR电泳图。M: 分子量标记;1~8: 25S RNA; 9~16: Sc-cMDH基因; 1,9: 正1叶; 2,10: 心叶; 3,11:第8叶; 4,12: 第1,2节间;
5,13: 第4节间; 6,14: 第7节间; 7,15: 第14节间; 8,16: 根。
Fig. 4 PCR of sugarcane with different primers and template. M: Molecular marker; 1–8: 25S RNA; 9–16: Sc-cMDH gene; 1,9: Leaf roll; 2,10: 1st leaf;
3,11: 8th leaf; 4,12: 1st and 2nd internode; 5,13: 4th internode; 6,14: 7th internode; 7,15: 14th internode; 8,16: Root.
徐景升等:甘蔗细胞质型苹果酸脱氢酶基因的克隆及其表达分析
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Sc-cMDH 基因的组织表达特性  定量 PCR
分析结果表明,Sc-cMDH 基因在甘蔗不同组织
中的表达有差异(图 5)。总的看来,在叶片和根中
的表达量高于蔗茎。其中,Sc-cMDH 基因在正 1
叶中表达量最高,在第 4 节间表达量最低,而且在
幼叶中的表达量高于老叶。但是在蔗茎中,Sc-
cMDH 基因的表达没有明显差异。
图5 Sc-cMDH基因在甘蔗组织中的定量表达。LR: 心叶;L1: 正1
叶;L8: 第8叶;I1: 第1,2节间;I4: 第4节间;I7: 第7节间;I14: 第
14节间;R: 根;n=3。
Fig. 5 Expression of Sc-cMDH gene in sugarcane tissues. LR: Leaf
roll;L1: 1st leaf;L8: 8th leaf;I1: 1st and 2nd internode;I4: 4th
internode;I7: 7th internode;I14: 14th internode;R: Root; n=3.
3 讨论
本研究从甘蔗中获得了细胞质型苹果酸脱氢
酶基因序列,将其命名为 Sc-cMDH。Sc-cMDH 与
其他物种的氨基酸序列相似性非常高,表明该基因
选择压力大,具有重要的生物学功能。此外,定量
PCR 分析结果表明,Sc-cMDH 基因在甘蔗不同器
官和组织中的表达存在差异,具有组织特异性。叶
片是进行光合作用的场所,柠檬酸循环中产生的苹
果酸有可能经葡萄糖异生作用生成葡萄糖。对于
具有高光效高糖特性的 C4 植物甘蔗而言,生成的
葡萄糖能立即被合成蔗糖并运输到蔗茎中,反应有
利于葡萄糖的生成。Sc-cMDH 基因在正 1 叶中的
表达高于幼叶和老叶,可能是因为叶片以合成代谢
为主,正 1 叶已完成形态建成,开始进行旺盛的光
和作用,而心叶处于快速生长阶段,柠檬酸循环以
提供能量为主,老叶则趋于衰老,因而 Sc-cMDH 基
因的表达有所下降。
蔗茎中进行的糖分代谢反应主要是蔗糖积
累,蔗糖的长距离运输需要能量,在共质体途径中,
cMDH 可能将草酰乙酸还原为苹果酸输入线粒体
进入柠檬酸循环为蔗糖积累提供能量。蔗茎中 Sc-
cMDH 基因的表达明显低于叶片,可能由于在蔗茎
中的柠檬酸循环所需要的苹果酸比叶片中低。在
不同成熟度的节间中,Sc-cMDH 基因的表达没有
明显差异,但是不能确定 Sc-cMDH 基因的表达与
蔗茎的发育程度无关。甘蔗第 1、2 节间处于旺盛
的生长阶段,需要大量的碳源和能量,这两个节间
的柠檬酸循环不单要提供能量,还要为其他生化反
应提供底物,其中草酰乙酸可能通过转氨基作用生
成氨基酸,用于蛋白质合成。第 4 节间基本完成形
态建成,糖分累积开始,第 7 节间完全处于糖分累
积阶段,第 14 节间则完成糖分累积,即达到所谓的
成熟,蔗糖含量不再增加。从第 4 节间到第 14 节间,
柠檬酸循环所产生的能量可能主要是用于运输光
合作用产生的蔗糖和维持细胞的正常功能。
甘蔗根的主要功能是吸收于水分和矿质营养,
柠檬酸循环需要苹果酸为大分子物质的吸收提供
能量。但蔗根中 Sc-cMDH 基因的表达也明显高于
蔗茎,可能还与土壤环境有关。本实验所用甘蔗材
料种植的土壤呈酸性,pH 值为 4.0~4.5。在酸性土
壤中,Al3+ 阻碍植物根系生长和发育,是植物生长
主要的限制因子之一[4]。同时,Al3+ 与可溶性磷结
合,形成不易溶解的 AlPO4,导致土壤中可利用磷
极度缺乏[5]。在酸性土壤中,甘蔗根系发育不良[17]。
近年来的研究表明,植物通过向根际分泌有机酸如
柠檬酸、草酸和苹果酸等,与 Al3+ 形成复合物,阻
止 Al3+ 进入根内,保护根系免受铝盐毒害。有研究
表明,耐铝盐毒害的小麦根系能分泌苹果酸,玉米
和大豆(Glycine max)分泌柠檬酸,荞麦(Fagopyrum
esculentum)和 芋 头(Colocasia esculenta)分 泌 草 酸;
而有的耐铝盐植物同时分泌两种有机酸,如葡萄、
燕麦(Avena sativa)和黑麦(Secale cereale)分泌苹果
酸和柠檬酸[4–5]。
通过转苹果酸脱氢酶基因培育耐铝盐毒害品
系已经在苜蓿(Medicago sativa)[18]和烟草[19]等植物
获得成功。本研究中甘蔗根中 Sc-cMDH 基因表达
量很高,推测植物 cMDH 表达量增加,能合成大量
苹果酸,分泌于根际用于螯合 Al3+。通过转基因手
第5期 461
段,提高根系苹果酸的分泌,则有望培育耐铝盐毒
害的甘蔗品种。在酸性土壤中甘蔗根系分泌何种
有机酸,对 Sc-cMDH 进行基因功能鉴定,在铝盐胁
迫下的 Sc-cMDH 基因表达及 cMDH 活性变化等还
有待于进一步研究。
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徐景升等:甘蔗细胞质型苹果酸脱氢酶基因的克隆及其表达分析