全 文 :书西北植物学报!
"#$
!
%$
"
#
#$
"""#&"""
!"#$%%&()$*+,""-.)/#0-/
!!
文章编号$
#"""()"!*
"
!"#$
#
"#("""#("
!!!!!!!!!!!!!!!
!"#
$
#"+$"$
%
,
+-../+#"""()"!*+!"#$+"#+"""#
收稿日期$
!"#*("0("0
&修改稿收到日期$
!"#*(##(#$
基金项目$国家自然科学基金"
%#!""!*"
#&国家
1$%
(计划"
!"#!22#"#!"#
#&广州市对外科技合作项目"
!"#)3)*"""%"
#&现代农业产业技
术体系建设专项资金"
4256("#(#!
#
作者简介$陈立凯"
#01$&
#!男!在读博士研究生!主要从事作物遗传育种研究)
7(89-:
$
:;;<-/
=
###%
!
#$%+>?8
"
通信作者$郭
!
涛!博士!教授!硕士生导师!主要从事水稻分子育种研究)
7(89-:
$
=
@?+A9?
!
B-
C
+#$%+>?8
水稻矮秆基因
-
1
$$%
的序列变异和表达分析
陈立凯!卢苏龙!刘永柱!王
!
慧!陈志强!郭
!
涛"
"华南农业大学 国家植物航天育种工程技术研究中心!广州
*#"$)!
#
摘
!
要$该研究以水稻矮秆突变体
!"#(!
为材料!对控制其表型性状的
$
%
#(#
基因进行候选基因筛选!利用基因注
释数据库对定位区间进行候选基因预测!通过
D5E
及其上下游调控区域的测序*序列比对及关键元件分析进行序
列变异研究!半定量
F45
检测目标基因的表达模式!明确其在基因序列*表达模式的变异!探讨其分子遗传调控机
理)结果显示$"
#
#在隐性核基因
$
%
#(#
精细定位基础上预测得到
%
个
D5E
!其中
!
个编码
G/93
分子伴侣"含有
G/93
结构域的蛋白#!分别是
&(
+
)"*
%
!$0"!
和
&(
+
)"*
%
!$0!$
&另外
#
个为已克隆的水稻矮秆基因
*+,#
"
&(
+
)"*
%
!$10"
#)"
!
#
D5E
序列分析表明矮秆突变体
!"#(!
与野生型仅在
*+,#
基因座存在
6HF
变异!但未造
成氨基酸编码的改变)"
%
#表达模式分析发现!矮秆突变体
!"#(!
的
*+,#
基因在种子萌发期*二叶期*四叶期和分
蘖期等
)
个发育时期均不表达!且在,中花
##
-*,石狩白茅-的遗传背景下稳定遗传!均显现出失活状态!初步确定
*+,#
为
$
%
#(#
的候选基因)"
)
#对
*+,#
基因上游和下游调控转录关键区进行测序结果表明!突变体
!"#(!
存在
1$*I
C
的大片段缺失!包括第
#
外显子*部分第
#
内含子和转录起始上游区域)研究推断!突变体
!"#(!
的矮秆基
因
$
%
#(#
正是没有活性的
*+,#
基因!其转录关键区域的大片段缺失!导致无法正常转录表达)
关键词$水稻&矮秆基因&缺失突变&
J
蛋白
"
亚基&
-
=
9(#
中图分类号$
K*)
&
K10
文献标志码$
2
&
(
)*+,-.#-/#"*-*!01
2
.33#"*4*-5
6
3#3"7
89-.7:*-
1
$$%#*;#+
"
,(
2
3$4$#-5$<=
#
4L7HM-<9-
!
MN6@:?/
=
!
MONP?/
=
QR@
!
S2HJL@-
!
4L7HTR-
U
-9/
=
!
JNDV9?
"
"
H9A-?/9:7/
=
-/;;W-/
=
5;.;9W>R4;/AW;?XF:9/A6
C
9>;YW;;G-/
=
!
6?@AR4R-/92
=
W->@:A@W9:N/-B;W.-A
Z
!
J@9/
=
QR?@*#"$)!
!
4R-/9
#
4>3/.-+/
$
O/AR-..A@G
Z
!
[;.>W;;/;G9/G>?/X-W8;GAR;>9/G-G9A;
=
;/;?X$
%
#(#-/AR;X-/;89
CC
-/
=
W;
=
-?/
!
[R->R>?/AW?:.AR;G[9WX
C
R;/?A
ZC
;?X8@A9A-?/?X!"#(!
!
89G;>:;9WAR;.;
U
@;/>;B9W-9A-?/9/G;C
W;..-?/
C
9AA;W/.?XAR;
=
;/;
!
9/G;C
:?W;G-A.8?:;>@:9W8;>R9/-.8?X
=
;/;A->W;
=
@:9A-?/+49/G-G9A;
=
;/;-/AR;
89
CC
-/
=
W;
=
-?/[9.
C
W;G->A;G@.-/
=
W->;9//?A9A-?/G9A9I9.;
!
9/G.;
U
@;/>;B9W-9A-?/.?XAR;D5E
!
@
C
.AW;98
9/GG?[/.AW;98[;W;9/9:
Z
Q;GI9.;G?/.;
U
@;/>-/
=
9/G.;
U
@;/>;9:-
=
/8;/A+E@WAR;W8?W;
!
8;A9(9/9:
Z
.-.?X
AR;>W@>-9:8?A-X[9.
C
;WX?W8;G+2/G;C
W;..-?/
C
9AA;W/[9.-/B;.A-
=
9A;G@.-/
=
.;8-(
U
@9/A-A9A-B;F45+
"
#
#
D/AR;I9.-.?X;9W:
Z
.A@G-;.?XX-/;89
CC
-/
=
?XAR;/@>:;9W
=
;/;.$
%
#(#
!
%D5E[;W;
C
W;G->A;G-/AR-..A@G(
Z
!
-/>:@G-/
=
!G/93>R9
C
;W?/;.&(
+
)"*
%
!$0"!9/G&(
+
)"*
%
!$0!$
!
9/G9/?AR;W?/;-.AR;G[9WX
=
;/;
!
*+,#
"
&(
+
)"*
%
!$10"
#
+
"
!
#
OA-.X?@/GAR9A?/:
Z
.;B;W9:6HF[;W;G;A;>A;G-/AR;&(
+
)"*
%
!$10"-/
AR;89
CC
-/
=
W;
=
-?/I;A[;;/!"#(!9/G[-:GA
ZC
;I
Z
.;
U
@;/>-/
=
?XD5E.
!
[R->R9
CC
;9WA?R9B;/?9:A;W9A-?/
?X98-/?9>-G>?G-/
=
+
"
%
#
7C
W;..-?/9/9:
Z
.-.W;.@:A..R?[AR9A*+,#[9.@/9I:;A?;C
W;..-/X?@WG;B;:(
?C
8;/A9:.A9
=
;.?X!"#(!9/G[9.W;B;9:;G-/9>A-B9A-?/-/
=
;/;A->I9><
=
W?@/G?X
,
TR?/
=
R@9##
-
?W
,
6R-.?@(
I9-89?
-
[-AR
=
;/;A->.A9I-:-A
Z
!
[R->RAR;W;X?W;[9.-G;/A-X-;G9.>9/G-G9A;
=
;/;?X$
%
#(#+
"
)
#
VR;.;
U
@;/>;.
-/@
C
.AW;989/GG?[/.AW;98?XAR;*+,#[;W;;\98-/;G
!
9/G1$*I
C
G;:;A-?/[9.X?@/G-/AR;@
C
.AW;98?X
*+,#-/!"#(!
!
[R->R[9.-/G@>;GAR;[R?:;;\?/#
!
C
9WA?X-/AW?/#9/G@
C
.AW;98W;
=
-?/?XAW9/.>W-
C
A-?/
-/-A-9A-?/+S;>?/>:@G;GAR9AAR;$
%
#(#-/8@A9A-?/?X!"#(![9.AR;-/9>A-B9A;G5J2#[-AR?@A/?W89:;\(
C
W;..-?/
!
[R->R[9.>9@.;GI
Z
9:9W
=
;XW9
=
8;/AG;:;A-?/-/AR;<;
Z
W;
=
-?/?XAW9/.>W-
C
A-?/+
?
6
9".!3
$
W->;
"
-
.
/#)#0$1#M+
#&
G[9WX
=
;/;
&
G;:;A-?/8@A9A-?/
&
J
C
W?A;-/
"
.@I@/-A
&
$
%
#(#
!!
株高和分蘖是水稻株型结构中的两个重要农艺
性状!也是影响产量的关键因素.#/)自然变异产生
的半矮秆基因
)2(#
在水稻育种史上具有重要影
响.!(%/!利用
)2(#
系列矮源种质!中国在水稻矮化育
种上取得重要进展!先后育成了大批高产*优质*抗
倒伏的优良品种在生产上大面积应用)但是!单一
矮源的广泛利用存在遗传脆弱性风险.)/!限制了新
品种生产潜力的进一步提高)
一般认为!水稻植株矮化是矮秆主基因表达作
用的结果!同时也受到修饰基因或抑制基因的影响)
矮秆基因能直接导致水稻植株形态学或细胞结构发
生变化!如节间变短或细胞个数减少!从而使植株变
矮.*/)迄今已登记的矮秆基因接近
#""
多个!包括
小粒矮秆"
2#
*
2
*
2##
等#*畸形矮秆"
2!
*
2$
*
2!"
等#*半矮秆"
)2(#
*
)23
%
*
)230
等#和多蘖矮秆"
02#
*
02-#
*
02-!
等#.$/)多数新发现的矮秆突变体经常伴
随其他不良性状!难以在生产上利用./)相对于自
然突变!空间诱变是创新矮秆基因的潜在途径)目
前!已通过空间诱变技术创造了一系列矮秆突变体!
其中部分突变体应用于育种实践.1/)
本研究通过空间诱变获得矮秆突变体
!"#(!
!该
突变体株高降低*粒型短圆*着粒密度高!并将控制
矮秆性状的突变基因
$
%
#(#
精细定位于第
*
染色体
约
*"的范围内.$!0/!但尚未实现候选基因筛选)
本研究在前期工作基础上!通过序列检测和表达分
析鉴定候选基因)研究结果有望进一步丰富水稻矮
化基因分子调控机制!为株型育种提供理论指导)
#
!
材料和方法
%+%
!
供试材料
,特籼占
#%
-为野生型原种!是广东省佛山市农
科所选育的籼型常规稻品种),惠阳珍珠早-为高秆
品种!是广东省惠阳地区籼型常规稻)
!"#(!
是由
,特籼占
#%
-"
V]T#%
#干种子经卫星搭载后!在地面
种植诱变后代筛选得到的矮秆突变体!经多世代观
察!其矮秆性状稳定遗传"图
#
#)遗传分析表明其
携带
!
个矮秆基因!基因型为
)2#)2#$
%
#3#$
%
#(#
)
以,惠阳珍珠早-"
LPTTT
#为轮回亲本*
!"#(!
为非
轮回亲本!回交
%
次将
$
%
#(#
导入,惠阳珍珠早-!形
成矮秆材料
!"#3!4
"图
#
#!矮秆基因型为
563#563
#$
%
#3#$
%
#(#
)利用同样方法!将
$
%
#(#
分别导入,中
花
##
-"
TL##
#*,石狩白茅-"
66Y^
#!形成
78##(
2+
灌浆期叶片&
Y+
谷粒&
4+
灌浆期稻穗&
_+
灌浆期植株&每个图中从左到右依次为
!"#(!
*
!"#3!4
*特籼占
#%
和矮脚南特
图
#
!
$
%
#(#
矮秆突变体
!"#(!
和
!"#3!4
的表型.*/
2+M;9XI:9G;.-/
=
W9-/(X-:-/
=
.A9
=
;
&
Y+JW9-/
&
4+F9/->:;.-/
=
W9-/(X-:-/
=
.A9
=
;
&
_+JW?..8?W
C
R?:?
=Z
-/
=
W9-/(X-:-/
=
.A9
=
;
&
EW?8:;XAA?W-
=
RA
$
!"#(!
!
"#3!4
!
V]T#%
!
23HV
E-
=
+#
!
FR;/?A
ZC
;.?XAR;$
%
#(#G[9WX:-/;!"#(!9/G!"#3!4
.
*
/
!
西
!
北
!
植
!
物
!
学
!
报
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
%$
卷
表
%
!
用于扩增定位区间内
@;A
及侧翼序列的引物
V9I:;#
!
FW-8;W.@.;GA?98
C
:-X
Z
AR;D5E9/GX:9/<-/
=
.;
U
@;/>;.[-AR-/AR;89
CC
-/
=
W;
=
-?/
引物
FW-8;W
正向引物
E?W[9WG
C
W-8;W
"
*`
#
%`
#
反向引物
5;B;W.;
C
W-8;W
"
*`
#
%`
#
扩增子长度
28
C
:->?/
.-Q;
%
I
C
备注
5;89W<
F0"! 4V2JV2V2VVJ22JJVVJ22J4 2V2VVJ44222J42VVVVJV442 !%
扩增
MD4
+
D."*
=
!$0"!D5E
28
C
:-X->9A-?/?XMD4
+
D."*
=
!$0"!D5E
F0!$ JVJJJV2V442J422JV2VVV4 VJ42V2VVJ44222J42VVVVJV4 !#*
扩增
MD4
+
D."*
=
!$0!$D5E
28
C
:-X->9A-?/?XMD4
+
D."*
=
!$0!$D5E
F10"(#
F10"(!
2VJV44JVJ4VV244VJ2JVJ4
24VV2V4V22J4244VVJ2J4
JVVVJ4224VV2VVJ22JJ224
VJ24VV242244V2JV4VV2J4
!!#!
#*1)
扩增
MD4
+
D."*
=
!$10"D5E
28
C
:-X->9A-?/?XMD4
+
D."*
=
!$10"D5E
F10"(_ V242JJVVVJV422J22J22JVV J2J22J22V24JJ422V2JJ2V #%$)
扩增
MD4
+
D."*
=
!$10"
下游序列
28
C
:-X->9A-?/?XMD4
+
D."*
=
!$10"G?[/.AW;98
F10"(N 22JVJV422VJ442JV2J44 JVVJVVV42J44V424VV222J2 %$%*
扩增
MD4
+
D."*
=
!$10"
上游序列
28
C
:-X->9A-?/?XMD4
+
D."*
=
!$10"@
C
.AW;98
$
%
#3#
*
559:3$
%
#(#
矮秆株系)
%+B
!
引物设计
根据前期定位结果!从
H4YO
网站和
^N6
数
据库获得各预测
D5E
及其上下游碱基序列!用在
线引物设计工具
FW-8;W%F:@.
进行引物设计"表
#
#)
%=C
!
DE;
扩增
参照王慧等.0/的方法提取水稻叶片基因组总
_H2
)取适量新鲜叶片放在
!8M
离心管中加液氮
捣碎!加入
#8M4V2Y
抽提液!摇匀&置于
$*a
水
浴锅或恒温箱
%"
#
)*8-/
后取出&加入氯仿
(
异戊
醇"
!)b#
#至满管!上下剧烈摇动混匀&
#*"""
W
%
8-/
离心
#"8-/
后吸取上清液至新的灭菌离心管
中!加入
$""
$
M
预冷的异丙醇后
&!"a
放置
!"
8-/
!使
_H2
充分沉淀后
#""""W
%
8-/
瞬间离心!
立即倒掉液体!加入
!"
$
M"c
乙醇洗涤&待
_H2
干燥后加入
#""
$
M#dV7Y@XX;W
!溶解
_H2
&置于
&!"a
保存*备用)
采用适合长片段高保真扩增的
eD_E\;#
<
酶"
VDPDYD
!上海#!
F45
扩增体系按照说明书配
制)反应条件为$
0)a
预变性
*8-/
&
01a
变性
%"
.
!
*a
退火
%".
!
$1a
延伸
!
#
)+*8-/
!
%!
#
%*
个
循环&
$1a
延伸
#"8-/
)扩增产物在
#+!c
琼脂糖
凝胶中电泳检测)
%+F
!
序列比对分析
使用
VO2H
=
;: -^G-F@W-X->9A-?/e-A
"天根生化
公司!
%
_F#%")#0
#对扩增产物进行回收纯化)具
体操作参照试剂盒说明书)主要步骤$从琼脂糖凝
胶上割下带有目的片段的凝胶块到一个
!8M
离心
管中!加入
#dY@XX;WJ4
!置于
**
#
$"a
热板中约
#"8-/
直完全溶化)转移混合液至带收集管的吸
附柱中离心)重复该步骤!直至剩余的混合液全部
通过吸附柱)加入
$*"
$
M
预热的
_H2
洗涤缓冲
液"
[9.RI@XX;W
#至吸附柱中!
$"a
静置
*8-/
)室
温下!
#%"""W
%
8-/
离心
%".
)重复此步骤)转移
吸附柱至
#+*8M
收集管中!加入
%"
#
*"
$
M
预热
的洗脱液"
7:@A-?/I@XX;W
#至吸附柱中央!室温放置
#8-/
!
#%"""W
%
8-/
离心
#8-/
)
纯化
F45
产物送至
O/B-AW?
=
;/
公司测序!利用
正反向引物双向测序)测序碱基序列使用
_H2(
_
Z
/98?
和
4M46;
U
@;/>;
软件拼接!并进行序列比
对分析)
%=G
!
半定量
;H$DE;
突变体和野生型各组织总
5H2
提取方法参考
文献.
#"
/)以第一链
>_H2
为模板!应用引物组合
进行
F45
扩增!琼脂糖凝胶电泳检测)
F45
程序
如下$
0)a
预变性
!8-/
!
0)a
变性
%".
!
*1a
退火
%".
!
!a
延伸
%".
!共
%"
个循环!最后
!a
延伸
8-/
)所用内参照基因为
,!0$4#
!所用引物为
2>A(
-/E
"
*`(V44V4V4V4VJV2VJ442JV(%`
#和
2>A(
-/5
"
*`(4JJ2224J4V42J424422V(%`
#!扩增
片段长度为
%*#I
C
!
F45
退火温度为
*1a
)
!
!
结果与分析
B+%
!
候选基因预测
根据前期研究结果!候选基因被定位于第
*
染色
体标记
_M#1
和
_M#0
之间.$/!通过
6^N5->;J;(
/?8;2//?A9A-?/FW?
,
;>A_9A9I9.;
"
RAA
C
$%%
W->;+
C
:9/A(
I-?:?
=Z
+8.@+;G@
%
-/G;\+.RA8:
#对定位区间进行候选
基因预测"图
!
#)预测得到
%
个
D5E
!其中
!
个编码
G/93
分 子 伴 侣 "含 有
G/93
结 构 域 蛋 白#
&(
+
)"*
%
!$0"!
和
&(
+
)"*
%
!$0!$
&另外
#
个为已克隆
的水稻矮秆基因
*+,#
"
&(
+
)"*
%
!$10"
#)
*+,#
"
6#
!
6=#-
>
#
!
6,?@@A6B,*C
#基
%
#
期
!!!!!!!!!!!!!
陈立凯!等$水稻矮秆基因
$
%
#(#
的序列变异和表达分析
图
!
!
$
%
#(#
定位区域的基因预测"
RAA
C
$%%
W->;+
C
:9/AI-?:?
=Z
+8.@+;G@
#
E-
=
+!
!
J;/;
C
W;G->A-?/[-AR-/AR;89
CC
-/
=
W;
=
-?/?X$
%
#(#
"
RAA
C
$%%
W->;+
C
:9/AI-?:?
=Z
+8.@+;G@
#
表
B
!
6,7
!
,4IG
1
BJKLI
基因座的变异位点
V9I:;!
!
f9W-9A-?/.-A;.:?>9A;G-/AR;&(
!
)"*
%
!$10"
位置
F?.-A-?/
区域
5;
=
-?/ O5%$
日本晴
H-
CC
?/I9W;
特籼占
#%V]T#% !"#(!
*0
外显子
7\?/ 2 4 4 2
%0
内含子
O/AW?/ 2 2 & 2
#%#*
内含子
O/AW?/ J J 4 J
#%*0
内含子
O/AW?/ 2 2 V 2
因是第一个克隆的水稻矮秆基因!编码
JVF
结合
蛋白"
J
蛋白#的
"
亚基!参与赤霉素"
=
-II;W;:->
9>-G
!
J2
#信号传导通路!影响糊粉层中
"
(
淀粉酶的
诱导和节间延长.##/)突变体材料
LD*)#
由于
2#
"
2=#-
>
#
#基因的第
#
外显子和内含子部分碱基缺
失!导致
JVF
结合蛋白表达受到抑制!赤霉素信号
传导途径受阻!从而产生矮杆*谷粒小而圆等性状特
征.%/!与本研究
!"#(!
突变表型高度相似!最有可能
是候选基因)
以,日本晴-基因组作为参考序列!针对定位区
间的
%
个预测
D5E
设计引物进行扩增和测序)序
列比对结果发现!突变体
!"#(!
和野生型,特籼占
#%
-在
&(
+
)"*
%
!$0"!
和
&(
+
)"*
%
!$0!$
的
D5E
序列完全一致!而
&(
+
)"*
%
!$10"
则发生一
些点突变"表
!
#)与野生型,特籼占
#%
-相比!
"#(!
存在
)
个
6HF
!其中
%
个位于内含子区域"
g%0
*
g#%#*
和
g#%*0
#!另外存在
#
个
6HF
"
g*0
#是位
于外显子内)在
g*0
这个碱基位点!
O5%$
与
!"#(!
都是
2
!而,日本晴-和,特籼占
#%
-都是
4
)通过编
码序列分析!发现此突变属于同义突变!即密码子
242
"
O5%$
与
!"#(!
#%
244
",日本晴-和,特籼占
#%
-#都编码苏氨酸)由此表明!
$
%
#(#
的突变位点
并非位于
*+,#
基因
4_6
区域)
B+B
!
预测候选基因的表达模式
基因表达水平往往对基因的功能活性具有显著
影响)前人研究表明!
*+,#
基因表达降低会产生
图
%
!
!"#(!
*
!"#3!4
*特籼占
#%
不同时期
*+,#
基因检测
E-
=
+%
!
F459/9:
Z
.-.?X*+,#-/)G-XX;W;/A.A9
=
;.
98?/
=
!"#(!
!
"#3!49/GV]T#%
矮秆性状!因此!进一步调查突变体
!"#(!
该基因的
表达模式)选取,特籼占
#%
-*
!"#(!
*
!"#3!4
种子萌
发期*二叶期*四叶期和分蘖期等
)
个发育时期!利
用半定量
F45
分析
*+,#
基因表达模式)结果表
明!,特籼占
#%
-的预测基因均正常表达!且在分蘖
期表达水平较高&而
!"#(!
*
!"#3!4
预测基因在上述
时期均不表达"图
%
#)上述结果表明!
$
%
#(#
可能是
*+,#
表达缺陷型突变基因)
为进一步研究突变体预测候选基因
$
%
#(#
在不
同遗传背景下的表达情况!分别以,中花
##
-和,石
狩白茅-作为轮回亲本!构建了
$
%
#(#
的基因导入系
78##3$
%
##
*
559:3$
%
##
)表型观察发现!
!
个基
因导入系均表现出矮化*叶色浓绿*圆小粒及直立紧
凑小穗性状!与
!"#(!
相似)进一步利用半定量
F45
检测亲本及
!
个导入系
*+,#
基因表达水平
)
西
!
北
!
植
!
物
!
学
!
报
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
%$
卷
"图
)
#)结果表明!,中花
##
-*,石狩白茅-均能检测
到
5J2#
正常表达&而
!
个导入系与突变体
!"#(!
则均无法扩增得到目的片段)说明突变基因
$
%
#(#
在不同遗传背景中稳定遗传!且均表达缺失!进而引
起植株的矮化等表型)
B=C
!
候选基因
89!%
序列分析
为了了解导致
*+,#
基因在突变体
!"#(!
中表
达缺失的原因!对候选基因
*+,#
的上*下游区序
列进行检测!分析是否其转录表达的调控序列发生
突变)
通过检索
H4YO
数据库!下载已报道的
O5%$
的
*+,#
序列"
J;/Y9/<
登录号
M%*1))+#
#!扩增测序
,特籼占
#%
-和
!"#(!
的
*+,#
的上*下游区域)通
过序列比对!发现三者基因下游约
#!""I
C
碱基序
列完全一致!而在基因上游区域则发现
!"#(!
存在
大片段碱基缺失)以已克隆的
O5%$
*
L"*)#
*,日本
图
)
!
候选基因
*+,#
在不同遗传背景下的表型和表达情况
E-
=
+)
!
FR;/?A
ZC
;.9/G;C
W;..-?/9/9:
Z
.-.?X>9/G-G9A;
=
;/;*+,#-/G-XX;W;/A
=
;/;A->I9><
=
W?@/G
图
*
!
水稻
*+,#
基因部分结构及
!"#(!
突变位置示意图
E-
=
+*
!
6>R;89A->G-9
=
W98?X
C
9WA-9:.AW@>A@W;?XAR;*+,#
=
;/;9/GAR;
C
?.-A-?/.?X8@A9A-?/-/!"#(!
方框序列分别表示
422V(I?和
V2V2(I?&灰色背景方框序列表示转录起始位点&红色背景碱基表示
6HF
位点
图
$
!
突变体
!"#(!
部分缺失碱基序列分析
6;
U
@;/>;.[-ARI?\W;
C
W;.;/A422V(I?\9/GV2V2(I?&
.;
U
@;/>;[-AR
=
W9
Z
I9><
=
W?@/GI?W;
C
W;.;/A.AW9/.>W-
C
A-?/.A9WA.-A;
&
I9.;.[-ARW;GI9><
=
W?@/GW;
C
W;.;/A6HF.
E-
=
+$
!
6;
U
@;/>;9/9:
Z
.-.?X
C
9WA-9:/@>:;?A-G;.G;:;A;G-/!"#(!
*
#
期
!!!!!!!!!!!!!
陈立凯!等$水稻矮秆基因
$
%
#(#
的序列变异和表达分析
晴-与,特籼占
#%
-*
!"#(!
对
*+,#
的上游区域进行
比对分析)结果"图
*
#显示!
L"*)#
"
2#
突变体#在
第
#
外显子和内含子区域缺失了
1%%I
C
!导致基因
表达受抑制&而突变体
!"#(!
缺失了包括第
#
外显
子整体*第
#
内含子部分以及转录起始上游区在内
的
1$*I
C
)关键转录起始*调控位置大片段的缺
失!理论上将导致基因表达失活!不具备正常功能)
对
*+,#
转录起始上游区的序列分析"图
$
#可
以发现!该区域存在着
V2V2(Y?及
422V(Y?等转录关键元件"基序#)前者功能在于结合
5H2
聚合酶!引导聚合酶准确识别转录的起始位点!而后
者一般被认为控制着转录的起始频率)
!"#(!
在
5J2#
的转录起始关键位置的大片段缺失对该基因
的转录是致命的!将导致
*+,#
完全无法表达!这
与表达分析的结果相一致)
*+,#
编码
JVF
结合蛋白!是
J2
的传导途径
的重要因子!对植株的正常生长和结实具有重要影
响)由此判断!矮秆突变体
!"#(!
的矮秆基因
$
%
#(#
正是没有活性的
*+,#
基因!其转录关键区域的大
片段缺失!导致无法正常转录表达!属于
J2
信号传
导受阻型突变体)
%
!
讨
!
论
*+,#
基因在
#00*
年以
O5%$
为材料进行了
>_H2
克隆!序列分析表明
*+,#
基因含有
#)
个外
显子!编码
%1"
个氨基酸的
JVF
结合蛋白
"
亚基)
到目前为止!至少发现鉴定了
个该位点的等位变
异!包 括
2#
.
##(#!
/
*
2=#-
>
10
.
#%
/
*
2=#-
>
$0
.
#)
/
*
2#($D5
.
#*
/
*
2#31
*
2#3)
和
E
F
$32#
.
#$
/等)
2#
等位
基因由于第
#
外显子和内含子的
1%%I
C
缺失造成
JVF
结合蛋白功能丧失!从而导致矮化)在植株生
长正常的材料中!转入
J
蛋白"
JVF
结合蛋白#
"
亚
基的反义
>_H2
!其单株表现为
2#
基因类似的生长
特征)
2=#-
>
10
编码区存在一个
6HF
"
2(J
#!以致
核苷酸编码发生突变"由苏氨酸突变为丙氨酸#!亚
基螺旋变短进而无法
3
结合
J6F
!导致基因失活)
2=#-
>
$0
的
*`
上游区存在大片段"
#"$I
C
#插入
导致突变体
*+,#
的表达显著下降!从而造成植株
矮化)
ED?32#
的研究还发现了
*+,#
基因新的突
变分子机制!启动子区域的组蛋白和
_H2
甲基化
修饰变异显著地影响基因的表达造成植株株高的亚
稳定状态)这些结果表明!新的
2#
等位基因的发
现及研究会促进我们对
J
蛋白
"
构象的了解!从而
揭示其与效应因子相互作用参与信号转导的精细
机制.#*/)
水稻突变体
!"#(!
是籼稻品种,特籼占
#%
-的空
间诱变后代中选育出来的遗传稳定的矮秆突变体!
前人的研究将控制基因
$
%
#(#
精细定位在约
%!的区间内)定位区间的预测基因
MD4
+
D."*
=
(
!$10"+#
"即
*+,#
#是编码
JVF
结合蛋白的相关基
因!编码区序列比对表明
!"#(!
并没有发生氨基酸
编码的突变!排除了基因区突变引起矮秆的预测)
基因表达差异筛选是另一有效鉴定基因突变的手
段!因此!通过半定量
F45
分析!意外发现野生型原
种的
*+,#
正常表达!而
!"#(!
*
!"#3!4
的
*+,#
在
)
个发育阶段均为表达缺失)推测
!"#(!
*
!"#3!4
中
因缺少或只携带无功能的
J
蛋白!导致
J2
信号传
导受到抑制!从而出现株高的矮化)基因表达的缺
失!说明转录受到了致命性的阻碍!通过调控区域的
测序发现
*+,#
上游序列出现大片段的缺失!并且
缺失的区域涵盖了转录起始*启动子和第一外显子
等关键部位)分析表明!
"#(!
缺失了受
5H2
聚合
酶识别活化的特异顺式元件!不能形成具有
5H2
聚合酶活性的转录起始复合体!也不存在特异的转
录起始位点进行启动转录的过程)绝大多数矮化基
因都是由于基因编码区出现碱基的插入*缺失和替
换所引起的突变得到的!与
!"#(!
植株矮化的分子
机理存在明显不同)
J2
信号传导途径对植物的生长是不可或缺
的!
"#(!
能够生长和结实!说明
J2
信号传导在
!"#(!
生物体内仍能够完成!暗示
*+,#
功能缺失
的情况下应还有其他基因承担部分
J2
信号传导的
功能!因此突变体
!"#(!
是研究
J2
信号传导相关
基因的特异材料)另一方面!
J
蛋白是调控动植物
生长发育的重要信号传导蛋白!
J(
蛋白
"
能够与
&
亚基互作!降低水稻营养生长期对氮的响应!增强氮
的吸收和同化能力!进而提高收获指数和产量.#/)
通过调节
J
蛋白的活性可以改变水稻的氮响应!可
以在适当减少氮肥施用量的条件下获得水稻的高
产)突变基因
$
%
#(#
能够在后代稳定遗传!这些矮
秆分离个体表现出来矮秆*叶片直立挺拔*茎杆粗
壮*着粒密等优良性状!具有同时改良品种多个性状
的潜力!能够间接应用于品种选育)
$
西
!
北
!
植
!
物
!
学
!
报
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
%$
卷
参考文献"
.
#
/
!
eNMe25HOeF
!
fO6LS2e25^24
!
62LDD6F
!
G0#H+2
.@I.A-A@A-?/8@A9A-?/-/D.44_>?.;
=
W;
=
9A;.[-ARG[9WX9/G
-/>W;9.;GA-:;W-/
=C
R;/?A
ZC
;-/W->;
.
3
/
+IJK-4#HJ
>
+G4G0$!)
!
!"#)
!
LC
"
!
#$
%10()"#+
.
!
/
!
eLN6LJ6+JW;;/W;B?:@A-?/
$
C
W;
C
9W-/
=
X?WAR;!#.A>;/A@W
Z
.
3
/
+G4JLG
!
#000
!
FB
"
)
#$
)$($**+
.
%
/
!
26LOe25O^
!
SN3
!
P2HD^
!
G0#H+5->;
=
-II;W;:-/(-/.;/(
.-A-B;G[9WX8@A9/A
=
;/;6=#-
>
#;/>?G;.AR;9:
C
R9(.@I@/-A?X
JVF(I-/G-/
=C
W?A;-/
.
3
/
+D-J!GG2$4
%
)J
>
0"GM#0$J4#H,!#2G3
L
.
J
>
5!$G4!G)J
>
0"GA4$0G250#0G)J
>
,LG-$!#
!
#000
!
LJ
"
#1
#$
#"!1)(#"!10+
.
)
/
!
262HDe
!
LO52HDe
!
N7JN4LO(V2H2e2 ^
!
G0#H+O.?(
:9A-?/9/G>R9W9>A;W-Q9A-?/?XG?8-/9/AG[9WX8@A9/A.
!
5H-#(G
!
-/W->;
.
3
/
N:JHG!KH#-+G4G0$!)#42+G4JL$!)
!
!""0
!
BK%
"
!
#$
!!%(!%#+
.
*
/
!
^DHH2M
!
eOV2T2S2 H
!
PD6LOHD5
!
G0#H+F?.-A-?/9:
>:?/-/
=
?XW->;.;8-G[9WX-/
==
;/;
!
)2(#
$
W->;
=
W;;/W;B?:@A-?/
=
;/;
(
;/>?G;.98@A9/A;/Q
Z
8;-/B?:B;G-/
=
-II;W;:-/.
Z
/AR;(
.-.
.
3
/
+6M,*G)G#-!"
!
""!
!
L
"
#
#$
##(#+
.
$
/
!
郭
!
涛!霍
!
兴!饶得花!等
+
水稻半矮秆基因
$
%
#(#
的鉴定及
精细定位.
3
/
+
作物学报
+!"##
!
CM
"
$
#$
0**(0$)+
!!!
JNDV
!
LND]
!
52D_L
!
G0#H+OG;/A-X->9A-?/9/GX-/;89
C
(
C
-/
=
?X9.;8-G[9WX
=
;/;$
%
#(#-/W->;
.
3
/
+,!0#,
%
-J4JL$!#
5$4$!#
!
"##
!
CM
"
$
#$
0**(0$)+
.
/
!
25OV7V
!
OS2V2 L
!
DL6LO^ 2 e
!
G0#H+_S25E#"
!
9/
5 6^#
%
^2])
%
_2_#?WAR?:?
=
!
>?/AW?:.:9A;W9:I@G?@A
=
W?[AR
-/W->;
.
3
/
+DH#40IJK-4#H
!
""
!
G%
"
$
#$
#"#0(#"!0+
.
1
/
!
陈志强!郭
!
涛!刘永柱!等
+
水稻航天育种研究进展与展望
.
3
/
+
华南农业大学学报!
""0
!
CI
"
#
#$
#(*+
!!!
4L7HTK
!
JNDV
!
MONPT
!
G0#H+2>R-;B;8;/A.9/G
C
;W(
.
C
;>A-B;?@A:??;.
C
9>;-/G@>;G8@A9A-?/IW;;G-/
=
-/
4R-/9
.
3
/
+IJK-4#HJ
>
5JK0"("$4#,
%
-$!KH0K-#HA4$1G-)$0
.
!
!""0
!
CI
"
#
#$
#(*+
.
0
/
!
王
!
慧!张书涛!郭
!
涛!等
+
籼型矮杆突变体
(8,(!
的矮生性
状遗传分析及基因初步定位.
3
/
+
分子植物育种!
""$
!"
6!
#$
#($+
!!!
S2HJL
!
TL2HJ6V
!
JNDV
!
G0#H+J;/;A->9/9:
Z
.-.9/G
8@A9/A
=
;/;89
CC
-/
=
?X.
C
9>;-/G@>;GG[9WX8@A9/A(8,(!?X
-/G->9W->;
.
3
/
+:JHG!KH#-DH#409-GG2$4
%
!
""$
!"
6!
#$
#($+
.
#"
/
!
刘永柱!罗文龙!黄翠红!等
+
水稻花色素苷合成调节基因
"-2#
"
A
#的鉴定.
3
/
+
中国农业科学!
"#%
!
FJ
"
#0
#$
%0**(%0$)+
!!!
MONPTL
!
MND SM
!
LN2HJ4L
!
G0#H+4R9W9>A;W-Q9A-?/
?XAR;W;
=
@:9A?W
Z=
;/;"-2#
"
A
#
-/B?:B;G-/9/AR?>
Z
9/-/I-?(
.
Z
/AR;.-.
.
3
/
+("$4#,
%
-$!KH0K-G5!$G4!G
!
"#%
!
FJ
"
#0
#$
%0**(
%0$)+
.
##
/
!
N7JN4LO(V2H2e2^
!
EN3O62S2P
!
eDY2P26LO^
!
G0#H+5->;G[9WX8@A9/A2#
!
[R->R-.G;X;>A-B;-/AR;9:
C
R9
.@I@/-A?XAR;R;A;W?AW-8;W->J
C
W?A;-/
!
9XX;>A.
=
-II;W;:-/.-
=
(
/9:AW9/.G@>A-?/
.
3
/
+D-J!GG2$4
%
)J
>
0"GM#0$J4#H,!#2GL
.
J
>
5!$G4!G)J
>
0"GA4$0G250#0G)J
>
,LG-$!#
!
!"""
!
LM
"
!#
#$
##$%1(##$)%+
.
#!
/
!
O6LOe2S22
!
V6NYDN4LOL
!
OS262eOP
!
G0#H+^ ?:;>(
@:9W>:?/-/
=
9/G>R9W9>A;W-Q9A-?/?X9>_H2X?WAR;9:
C
R9.@I(
@/-A?X9J
C
W?A;-/XW?8W->;
.
3
/
+DH#40#42(GHHD"
.
)$JHJ
%.
!
#00*
!
CJ
"
!
#$
%*%(%*0+
.
#%
/
!
P2HJ_
!
TL7HJ]
!
4L7HJ4
!
G0#H+2G[9WX-/
=
8@A9/A
>9@.;GI
Z
G;9>A-B9A-?/X@/>A-?/?X9:
C
R9.@I@/-A?XAR;R;A;W?AW-8(
;W->J(
C
W?A;-/-/W->;
.
3
/
+EK
F
"
.
0$!#
!
"#)
!
%LM
"
#
#$
#)*(#*0+
.
#)
/
!
费小雯!邓晓东!王永胜!等
+
水稻矮化突变体
J
蛋白
"
亚基
基因的结构和表达.
3
/
+
中山大学学报"自然科学版#!
"")
!
FC
"
#
#$
"()+
!!!
E7O] S
!
_7HJ]_
!
S2HJP6L
!
G0#H+J;/;A->9/9:
Z
.-.
9/G8?:;>@:9W>R9W9>A;W-Q9A-?/?XAR;JVFI-/G-/
=C
W?A;-/9:(
C
R9(.@I@/-A
=
;/;XW?8W->;G[9WX8@A9/AG[9WX$0
.
3
/
N,!0#
5!$G40$#-KL M#0K-#H$KLA4$1G-)$0#0$)5K4
.
#0)G4$
"
H9A+6>-+
7G-+
#!
"")
!
FC
"
#
#$
"()+
.
#*
/
!
陈华夏!周成博!邢永忠
+
水稻
6=#-
>
#
移码突变的新突变体
鉴定.
3
/
+
遗传!
"##
!
CC
"
)
#$
%0()"%+
!!!
4L7HL]
!
TLDN4LY
!
]OHJPTL+2/;[W->;6=#-
>
#
8@A9/A>9@.;GI
Z
9XW98;(.R-XA8@A9A-?/
.
3
/
+8G-G2$0#)
!
!"##
!
CC
"
)
#$
%0()"%+
.
#$
/
!
O^N52e
!
2J7V6N^2 ^
!
eOV2HDL
!
G0#H+28;A9.A9(
I:;_S25E#;
C
-
=
;/;A->8@A9/A9XX;>A-/
=C
:9/A.A9A@W;-/W->;
.
3
/
+D-J!GG2$4
%
)J
>
0"GM#0$J4#H,!#2GL
.
J
>
5!$G4!G)J
>
0"G
A4$0G250#0G)J
>
,LG-$!#
!
""0
!
%IJ
"
!
#$
##!#1(##!!%+
.
#
/
!
eNHOLO5D6
!
62OVDV
!
^2V6N_2V
!
G0#H+5->;_7F#
!
;/>?G-/
=
9R-
=
R:
Z
>
Z
.A;-/;(W->RJ
C
W?A;-/
=
9889.@I@/-A
!
>?/(
X;W.>9G8-@8A?:;W9/>;?/
Z
;9.A>;:.9/G
C
:9/A.
.
3
/
+IJK-4#H
J
>
EO
F
G-$LG40#H9J0#4
.
!
"#%
!
JF
"
#)
#$
)*#()*!+
!编辑"宋亚珍#
!!
#
期
!!!!!!!!!!!!!
陈立凯!等$水稻矮秆基因
$
%
#(#
的序列变异和表达分析