全 文 :植物病理学报
ACTA PHYTOPATHOLOGICA SINICA 43(3): 318 ̄322(2013)
收稿日期: 2012 ̄06 ̄15ꎻ 修回日期: 2013 ̄02 ̄16
基金项目: 公益性行业(农业)科研专项(200903049 ̄06)
通讯作者: 郑小波ꎬ教授ꎬ主要从事植物病原真菌分子生物学研究ꎻ Tel:025 ̄84395302ꎬ E ̄mail: xbzheng@njau. edu. cnꎮ
研究简报
尖镰孢菌(Fusarium oxysporum)的快速分子检测
王健生ꎬ 王佳妹ꎬ 李 潇ꎬ 董莎萌ꎬ 张正光ꎬ 郑小波∗
(南京农业大学植物保护学院 /农业部作物病虫害监测与防控重点开放实验室ꎬ 南京 210095)
Rapid molecular detection of Fusarium oxysporum by PCR WANG Jian ̄shengꎬ WANG
Jia ̄meiꎬ LI Xiaoꎬ DONG Suo ̄mengꎬ ZHANG Zheng ̄guangꎬ ZHENG Xiao ̄bo (College of Plant Protection / Key
Laboratory of Monitoring and Management of Crop Diseases and Pest Insectsꎬ Ministry of Agricultureꎬ Nanjing Agricultural
Universityꎬ Nanjing 210095ꎬ China)
Abstract: Based on differences in sterol 14α ̄demethylase (CYP51C) sequences of Fusarium genusꎬ two
primer pairsꎬ C1 / C2 and C3 / C4 were synthesized respectively to amplify DNA from Fusarium oxysporum by
PCR. More than 45 species of Fusarium and other species of pathogens were used to test the specificity of the
primersꎻ C1 / C2 amplified only an unique 699 bp band from F. oxysporum. The detection sensitivity with C1 /
C2 was 100 ng for genomic DNA of F. oxysporum and 100 ̄microconidia / g soil for the soil pathogens. In con ̄
trastꎬ the nested PCR with two pairs of primers (C3 / C4 and C1 / C2) increased detection sensitivity to 1 pg for
genomic DNA of F. oxysporum and 1 ̄microconidia / g soil for the soil pathogens. And F. oxysporum could be
specifically detected by PCR assay with C1 / C2 from diseased plant samples.
Key words: Fusarium oxysporumꎻ molecular detectionꎻ PCRꎻ CYP51C
文章编号: 0412 ̄0914(2013)03 ̄0318 ̄05
由尖镰孢菌(Fusarium oxysporum Schlecht. )
引起的大豆枯萎病是危害大豆生产的主要土传病
害[1]ꎮ 该菌在土壤和病残体上均可长期生存造成
危害ꎮ 快速准确地在发病初期植株和带病土壤中
进行鉴定和检测对防治该病害至关重要ꎮ
甾醇 14α ̄去甲基化酶基因 ( Sterol 14α ̄de ̄
methylaseꎬ CYP51C)序列在 Fusarium 种内不同菌
株间高度保守ꎬ种间存在丰富变化ꎬ相比 rDNA ̄
ITS、β ̄tubulin序列为更好的分子检测靶标[2]ꎮ 本
研究通过新的分子靶标序列 CYP51C 探索尖镰孢
菌(F. oxysporum)的分子检测技术ꎬ以期为新靶标
在其他病原菌的检测应用提供参考ꎮ
1 材料与方法
1. 1 供试菌株培养及基因组 DNA提取
供试菌株见表 1ꎮ 供试菌株在液体完全培养
基中ꎬ25℃ 振荡培养 4 dꎬ过滤收集菌丝ꎬ采用
CTAB法[3]提取基因组 DNAꎮ
1. 2 土壤中病原菌 DNA的提取
将 8 ×107 个分生孢子与 1 g 灭菌土混匀ꎮ 用
FastDNA SPIN KIT for Soil (MPBioꎬ土壤基因组
DNA提取试剂盒)提取土壤基因组 DNAꎬ将终产物
以 80 μL灭菌水溶解(相当于浓度为 106 个孢子的
DNA)ꎮ 未接种灭菌土壤 DNA作为空白对照ꎮ
3 期 王健生ꎬ等:尖镰孢菌(Fusarium oxysporum)的快速分子检测
Table 1 Isolates of different fungi used to screen the primer specificity in the study
Species Host Source
No. of
isolate
Amplification
with primer T1 / T2
Fusarium oxysporum f. sp. niveum Citrullus lanatus Jiang su (China) 1 +
F. oxysporum f. sp. cucumerinum Cucumis sativus Fu Jian(China) 1 +
F. oxysporum f. sp. cubense Musa paradisiaca Jiang su (China) 1 +
F. oxysporum f. sp. lycoersici Solanum lycopersicum Fu Jian(China) 1 +
F. oxysporum f. sp. melonis Cucumis melo Fu Jian(China) 1 +
F. oxysporum f. sp. momdicae Momordica charantia Fu Jian(China) 1 +
F. oxysporum Glycine max Jiang su (China) 1 +
F. solani Unknown Jiang su (China) 1 -
F. equiseti Unknown Jiang su (China) 1 -
F. proliferatum Glycine max Jiang su (China) 1 -
F. moniforme Oryza sativa Jiang su (China) 1 -
F. culmorum Unknown Unknown 1 -
F. nivale Triticuma estivum Unknown 1 -
F. avenaceum Unknown Unknown 1 -
F. graminerum Triticuma estivum Jiang su (China) 1 -
Verticillium dahliae Unknown Jiang su (China) 1 -
Mycosphaerella melonis Unknown Unknown 1 -
Colletotrichum truncatum Glycine max Jiang su (China) 1 -
Cryphonectria parasitica Unknown Unknown 1 -
Magnaporthe oryzae Oryza sativa Jiang su (China) 1 -
Phytophthora lateralis Chamaecyparis lawsoniana USA 1 -
P. sojae Glycine max Jiang su (China) 1 -
P. infestans Unknown Jiang su (China) 1 -
“ + ”: 699 bp products amplified by primer C1 / C2ꎻ “ - ”: No amplified products.
1. 3 发病植株组织 DNA的提取
参考Wang等[4]的 NaOH法提取健康、发病植
株组织 DNAꎮ
1. 4 引物设计及 PCR扩增验证
特异性引物 C1 / C2 的设计:对 GenBank 中的
F. oxysporum和其他相关病原真菌的 CYP51C 序
列进行比较分析ꎬ设计了一对特异性引物 C1 / C2:
C1 (5′ ̄AAGAAGTCGAAGAATACATCGCT ̄3′)和
C2(5′ ̄CGAGGAGTGTATGAGACGGC ̄3′)ꎮ 设计
的引物重新在 GenBank 中 BLAST 分析验证其特
异性ꎮ
巢式 PCR外引物 C3 / C4 的设计:根据尖镰孢
菌的 CYP51C序列ꎬ使此引物在特异性引物外侧ꎬ
设计一对外引物 C3 / C4:C3(5′ ̄GATTCATGGAT ̄
CAGAAGAGGGCAAG ̄3′)和 C4(5′ ̄GTAGATAT ̄
GGGCTGCTCACAGACTT ̄3′)ꎮ
常规 PCR扩增体系:PCR 反应混合液总体积
为 25 μL:2. 5 μL 10 × PCR bufferꎬMgCl2 2 mmol /
Lꎬ0. 5 μL 2. 5 mmol / L dNTPꎬ引物 C1 / C2 (20
μmol / L)各 0. 25 μLꎬ0. 25 μL Taq DNA 酶(5 U /
μL )ꎬ相应浓度的模板 DNAꎬ用灭菌水补足体积ꎮ
所有试剂均购于 TaKaRa 公司ꎮ 在 TaKaRa PCR
扩增仪上进行扩增反应ꎬ反应程序为:94℃预变性
5 minꎻ94℃变性 30 sꎬ65℃退火 30 sꎬ72℃延伸 1
minꎬ共 35 个循环ꎻ72℃延伸 10 minꎮ 取 5 μL扩增
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植物病理学报 43 卷
产物于 1. 0%琼脂糖凝胶中电泳(电压 5 V / cm)ꎬ
在凝胶成像系统上检测并拍照ꎮ
巢式 PCR扩增体系:以 C3 / C4 作为第一轮反
应引物ꎬ进行常规 PCR扩增ꎮ 取 1 μL PCR反应产
物为模板与引物 C1 / C2 进行第二轮常规 PCR 扩
增ꎮ 所有试剂均购于 TaKaRa公司ꎮ 取 5 μL 扩增
产物于 1. 0%琼脂糖凝胶中电泳(电压 5 V / cm)ꎬ
在凝胶成像系统上检测并拍照ꎮ
荧光定量 PCR 扩增体系:反应混合液总体积
为 20 μL:10. 0 μL SYBR Premix Ex TaqTM(2 × )ꎬ
0. 4 μL ROX Reference Dye II (50 × )ꎬ引物(10
μmol / L)各 0. 4 μLꎬ模板 2 μLꎬ用灭菌水补足体
积ꎮ 优化后的反应程序为:95℃预变性 30 sꎻ 95℃
变性 5 sꎬ65℃退火 34 sꎬ40 个循环ꎻ95℃ 15 sꎬ60℃
1 minꎬ95℃ 15 sꎬ60℃ 15 sꎮ 荧光定量 PCR仪器为
7500 Real ̄Time PCR Systemꎮ
1. 5 PCR扩增灵敏度检测
将 F. oxysporum 基因组 DNA 从 100 ng / μL
依次 10 倍梯度稀释至 100 ag / μLꎬ分别取 1 μL 为
模板进行常规 PCR反应和巢式 PCR反应ꎮ
1. 6 土壤中病原菌的检测
将土壤中病原菌 DNA 浓度从 106 个孢子 / μL
依次 10 倍梯度稀释至 1 个孢子 / μLꎬ分别取 1 μL
为模板进行常规 PCR反应和巢式 PCR反应ꎮ
1. 7 发病植株组织的快速检测
以健康和发病组织中病原菌基因组 DNA 为
模板进行常规 PCR反应ꎮ
2 结果与分析
2. 1 引物特异性及灵敏度检测
用引物 C1 / C2 对供试菌株进行常规 PCR 扩
增ꎬ结果表明:只能从 F. oxysporum 菌株中特异性
地扩增出一条 699 bp 左右的条带ꎬ而其他供试菌
株及空白对照均无扩增条带(图 1)ꎮ 表明该对引
物具有种的特异性ꎮ 引物 C1 / C2 对 F. oxysporum
基因组 DNA的检测灵敏度为 100 ng(图 2 ̄a)ꎮ 而
利用巢式 PCR 可稳定地检测到 1 pg 的基因组
DNA(图 2 ̄b)ꎬ检测灵敏度提高了 105 倍ꎮ
2. 2 土壤中病原菌的检测
引物 C1 / C2 对土壤中病菌孢子的检测灵敏度
为 102 个孢子 /克土 (图 2 ̄c)ꎻ而在 25 μL 巢式
PCR反应体系中可在 1 g 土中检测到 1 个分生孢
子(图 2 ̄d)ꎬ灵敏度提高了 102 倍ꎮ
2. 3 发病植株组织的快速检测
对发病组织中病原菌 DNA 进行常规 PCR 扩
增ꎬ发病样品均扩增出 699 bp 的特异性条带(图
3)ꎬ而健康植株未扩增出该条带ꎮ 说明该套技术
能够用于植物病组织中尖镰孢菌的快速分子检测ꎮ
2.4 基因组 DNA实时定量 PCR及标准曲线建立
用引物 C1 / C2 对 F. oxysporum 基因组 DNA
的 10 倍梯度稀释液进行 SYBR Green I PCR扩增ꎮ
结果表明ꎬ该体系的检测下限为 1 pg / μL 基因组
DNAꎮ F. oxysporum基因组 DNA 的 SYBR Green
Ⅰ PCR标准曲线显示ꎬDNA量(pg)的对数(x)和
Fig. 1 Agarose gel electrophoresis of PCR ̄amplified products with the specific primers C1 / C2
Lane M: 2 kb DNA ladderꎻ Lane 1 ̄23: The same strains as Table 1ꎻ Lane 24: Negative control.
023
3 期 王健生ꎬ等:尖镰孢菌(Fusarium oxysporum)的快速分子检测
Fig. 2 Sensitivity of PCR and nested PCR for the detection of Fusarium oxysporum
(a) and (b): Lane Mꎬ 2 kb DNA ladderꎻ Lane 1 ̄10ꎬ PCR products from 100 ngꎬ 10 ngꎬ 1 ngꎬ 100 pgꎬ 10 pgꎬ
1 pgꎬ 100 fgꎬ 10 fgꎬ 1 fg and 100 ag genomic DNAꎻ Lane11ꎬ Positive controlꎻ Lane12: Negative control.
(c) and (d): Lane Mꎬ 2 kb DNA ladderꎻ Lane 1 ̄7ꎬ Number of microconidia was 106ꎬ 105ꎬ
104ꎬ 103ꎬ 102ꎬ 10ꎬ 1 respectivelyꎻ Lane 8ꎬ Positive controlꎻ Lane 9ꎬ Negative control.
Fig. 3 PCR amplification of DNA extracted from diseased plants with specific primers C1 / C2
Lane M: 2 kb DNA ladderꎻ Lane 1: Positive controlꎻ Lane 2 ̄4: Amplified product using DNA
from diseased plant tissueꎻ Lane 5: Healthy plant tissue.
对应的 Ct值(y)之间呈线性关系:
Y = -3. 58x +31. 65 R2 =0. 97(图 4)ꎮ
3 讨论
本研究分析比较了 F. oxysporum 与其他病原
真菌的 CYP51C 序列ꎬ设计出对 F. oxysporum 基
因组 DNA具有高度特异性的引物ꎬ结合 PCR 技
术ꎬ建立了一套快速、高灵敏度、稳定可靠的检测尖
镰孢菌的分子检测体系ꎮ 该检测体系可以在病害
侵染初期鉴定出病原物ꎬ为枯萎病的防治提供参
考ꎮ 更重要的是ꎬ基于新的靶序列 CYP51C 建立
的检测体系为其他病原菌检测新靶标的应用提供
了技术指导和理论依据ꎬ也为病原菌的分子检测研
究奠定了方法基础ꎮ
该检测体系对 F. oxysporum 基因组 DNA 检
测灵敏度为 100 ng(图 2 ̄a)ꎬ相比其他病原菌的分
子检测灵敏度水平较低ꎬ但通过巢式 PCR 可将检
测灵敏度至少提高 105 倍ꎬ灵敏度达到 1 pg
(图 2 ̄b)ꎬ可以满足实际需求ꎮ 引物亦能从土壤中
直接检测到枯萎病病菌的分生孢子ꎬ灵敏度达到
1 g土中检测到 100 个分生孢子(图 2 ̄c)ꎬ通过巢
式 PCR灵敏度达到1 g土中检测到1个分生孢子
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植物病理学报 43 卷
Fig. 4 Standard curve relationship between
log quantity of genomic DNA from
Fusarium oxysporum and cycle
threshold ( Ct ) from sensitivity of
SYBR Green assay
(图 2 ̄d)ꎮ 但条带的亮度与模板分生孢子的数目
并不成线性关系ꎬ可能是提取的土壤中病原菌
DNA含有 PCR抑制物ꎮ
另外ꎬ本试验还对实时定量检测体系进行了摸
索ꎬ可以对土壤和发病植物中病原菌精确定量ꎬ这
对尖镰孢菌引起枯萎病的实时监测和制定防治策
略具有指导意义ꎮ
参考文献
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责任编辑:于金枝
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