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Cloning and Expression Analysis of PGK Gene in Brassica napus

甘蓝型油菜PGK基因的克隆与表达分析



全 文 :书西北植物学报!
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!
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"
##
#$
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!"#$%&#%&()$*+,""-.)/#0-/
!!
文章编号$
#""")$"!*
"
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#
#)!#&&)"+
!!!!!!!!!!!!!!!
!"#
$
#",-+"+
%
.
,/001,#""")$"!*,!"#$,##,!#&&
收稿日期$
!"#$)"+)"+
&修改稿收到日期$
!"#$)"()!&
基金项目$国家自然科学基金"
%##-#*&&
#&重庆市自然科学基金"
2032!"#!
.
4&""#"
#
作者简介$郭
!
楠"
#(&&
#!女!在读硕士研究生!主要从事生物化学与分子生物学研究
5)67/8
$
3012
9
1
!
#+%,2:6
"
通信作者$张
!
涛!博士!教授!主要从事植物遗传与细胞生物学研究
5)67/8
$
;<3!#&&
!
#!+,2:6
甘蓝型油菜
123
基因的克隆与表达分析

!
楠!赵敬会!高天姝!白瑞英!黄兴琳!陆俊杏!张
!
涛"
"重庆师范大学 重庆市植物环境适应分子生物学重点实验室!生命科学学院!重庆
$"#%%#
#

!
要$为研究甘蓝型油菜磷酸甘油酸激酶"
!"#
#基因表达特性!在对拟南芥
!"#
基因家族生物信息学分析的基
础上!通过电子克隆方法获得
%
个甘蓝型油菜
!"#
基因"
$%!"##
(
$%!"#!
(
$%!"#%
#分别设计特异引物!以
甘蓝型油菜雄性不育系
"(4
和保持系
"(=

2>?4
为模板克隆
$%!"#
基因全长序列根据获得的
2>?4
序列
设计实时荧光定量特异引物!采用实时荧光定量
@AB
技术!研究油菜雄性不育系与保持系
!"#
基因表达差异
结果显示$
%!"#
基因在甘蓝型油菜雄性不育系
"(4
和保持系
"(=
的根(茎(叶(花蕾中均有表达!属组成性表
达除茎中的
$%!"#%
外!
$%!"#
其它基因在根(茎(叶中的表达均表现为
"(4
高于
"(=
!而在花蕾中均为
"(=
高于
"(4
!
$%!"##

$%!"#%

"(=
中的表达量是
"(4
中的
!
倍以上
关键词$甘蓝型油菜&雄性不育&磷酸甘油酸激酶&基因克隆&表达
中图分类号$
C-&*
&
C-&+
文献标志码$
4
$%"&#&

(&!)*
+
,-..#"&/&(%
0
.#."11232-&-#&%($44-"$/$
5
64
DEF?71
!
GH4FI/1
9
!
D4FK/710!
=4LBJ/
M
/1
9
!
HE4?DN/1
9
8/1
!
OEIJ1P/1
9
!
GH4?DK7:
"
"
A<:1
9Q
/1
9
RS
M
O7T:U73:U
M
:VW:8S2J87U=/:8:
9M
:V@8713051X/U:16S134Y7
Z
3/:1
!
A:8S
9
S:VO/VS[2/S12S0
!
A<:1
9Q
/1
9
?:U678
E1/XSU0/3
M
!
A<:1
9Q
/1
9
$"#%%#
!
A#
/3.4,(54
$
K9
3<2>?40S
Q
JS12S0:V!"#
9
S1S0
"
$%!"##
!
$%!"#!71Y$%!"#%
#
\SUS:T)
37/1SY39
9
6S3<:YT70SY:1T/:/1V:U673/207178
M
0/0:V&()*+,
-
.*.!"#
9
S1SV76/8
M
V:U3M
:V@<:0
Z
<:
9
8
M
2SU73S]/170S
"
@DR
#
9
S1SSP
Z
US00/:12<7U723SU/03/20VU:6$(..*/(%(
-
0.,[
Z
S)
2/V/2
Z
U/6SU0\SUSYS0/
9
1SY71Y2>?4:V678S03SU/8S8/1S"(471Y67/137/1SU8/1S"(=\SUS703S6
Z
873S03:
28:1S$%!"#VJ8)8S1
9
3<0S
Q
JS12S0,BS78)3/6SV8J:US02S12S
Q
J713/373/XS0
Z
S2/V/2
Z
U/6SU0\SUSYS0/
9
1SY72)
2:UY/1
9
3:3?40S
Q
JS12S0,KQ
J713/373/XS7178
M
0/0\702:1YJ23SYT
M
J0/1
9
CJ713/373/XS@AB6S3<:Y,BS0J8300<:\SY3<7339
S1S0SP
Z
US00SYX7U/:J08
M
/1Y/VVSUS133/00JS0
!
0J2<70U::3
!
03S6
!
8S7V71YTJY:V"(471Y"(=
!
TS8:1
9
3:2:103/3J3/XS8
M
SP
Z
US00SY,5P2S
Z
3$%!"#%/1303S6
!
3Z
US00/:1:V$%!"#:39
S1S0:V"(4\SUS9
!
03S671Y8S7V
!
TJ3
3Z
US00/:1:V$%!"#
9
S1S0:V"(=\SUS9
Z
US00/:1:V$%!"##71Y
$%!"#%:V"(=\70!3/6S03<713<73:V"(4/1TJY,
6-
0
7",!.
$
(..*/(%(
-
0.
&
678S03SU/8S
&
Z
<:0
Z
<:
9
8
M
2SU73S]/170S
&
9
S1S28:1S
&
SP
Z
US00/:1
!!
细胞质雄性不育"
2
M
3:
Z
8706/2678S03SU/8/3
M
!
AW[
#是一种不能产生有活力花粉的母性遗传性
状!这种现象在高等植物中普遍存在)#*由于高等
植物细胞质遗传物质主要存在于线粒体和叶绿体
中!人们很自然地将
AW[
与线粒体和叶绿体遗传
系统联系在一起线粒体
>?4
与植物
AW[
的关
系最为密切!早在
!"
世纪
&"
年代!已发现一些植物

AW[
与线粒体类质粒相关)!)%*然而!油菜
AW[
类型很多!根据其细胞质来源可以分为两大类$一类
是植物自然繁殖过程中!由于突变或品种间杂交产
生的
AW[
!如波里马"
@:8/67
#胞质不育系"
@:8
#(陕
!4
胞质不育系"
0<771!4
#和甘蓝型油菜胞质不育
系"
?7
Z
#等&另一类是通过种属间远缘杂交或原生
质体融合!由核置换而引起的
AW[
!如萝卜胞质不
育系"
F
9
J
#等)$*
磷酸甘油酸激酶 "
Z
<:0
Z
<:
9
8
M
2SU73S]/170S
!
@DR
#是糖酵解的关键酶!也是每种生物得以生存
的必需酶!该酶的缺乏可引起生物体代谢等功能的
紊乱
@DR
是一个单体的(高度柔曲性的糖酵解
酶!主要由
!
个球形的结构域构成!在与底物结合的
过程中发生构相改变!从而产生催化效应糖酵解

@DR
的主要功能!它催化
#
!
%)
二磷酸甘油酸"
#
!
%)Y/
Z
<:0
Z
<:
9
8
M
2SU73S
#转变成
%)
磷酸甘油酸 "
%)
Z
<:0
Z
<:
9
8
M
2SU73S%)@D
#!此过程消耗
#
分子
4>@
!
产生
#
分子
4K@
!逆反应则形成
#
分子
4>@
)
*
*

本课题组以甘蓝型油菜雄性不育系
"(4
"波里
马胞质不育系!简称
@:8/67AW[
#和保持系
"(=

叶片和花蕾为材料进行
[>[)@4D5
!对差异条带进
行质谱分析!分析结果表明差异条带为
@DR
酶)+*
本研究在对拟南芥
!"#
基因家族进行生物信息学
分析的基础上!利用
?A=L
数据库中甘蓝型油菜
5[K
数据库信息!通过电子克隆的方法拼接获得
%
个甘蓝型油菜
!"#
基因!分别设计特异性引物!以
甘蓝型油菜雄性不育系
"(4
和保持系
"(=

2>)
?4
为模板!克隆得到
$%!"#
基因的全长
2>?4
序列并采用实时荧光定量
@AB
技术对不同组织

$%!"#
基因进行表达分析!以期能够揭示雄性
不育与
!"#
基因之间的关联!旨在为雄性不育的
分子机理研究奠定基础
#
!
材料和方法
8,8
!

!

甘蓝型油菜雄性不育系
"(4
和保持系
"(=

自于重庆师范大学试验田
8,9
!

!

8:9:8
!
%/123
基因的克隆
!
以拟南芥
!"#
基因
作为参照从油菜
5[K
数据库中比对出
5[K
序列!

O70SU
9
S1
软件对
5[K
数据进行拼接!获得甘蓝
型油菜
!"#
基因"
$%!"#
#全长分别设计
$%1
!"#
基因引物
$%!"##^

$%!"##B
(
$%1
!"#!^

$%!"#!B
(
$%!"#%^

$%!"#%B
"表
#
#!进行目标基因全长
2>?4
的克隆
@AB

物由英潍捷基有限公司合成
采用
KU/;:8
法分别抽提甘蓝型油菜雄性不育

"(4
和保持系
"(=
叶片的总
B?4
!并逆转录为
2>?4
作为模板进行
@AB
扩增
@AB
反应体系为
#"_@AB=JVVSU
"含
W
9
!`
#
!,"
"
O
!
Y?K@0
"
!,*
66:8
%
O
#
,"
"
O
!合成的
2>?4",*
"
O
!引物"
#"
"
6:8
%
O
#
",*
"
O
!
2(
3
酶"
*E
%
"
O
#
",#
"
O
(
YYH
!
F
补充至
!"
"
O
&
@AB
反应程序为
($a
预变性
*6/1
&
然后按照
($a
变性
%"0
!
$!
#
*-a
"
2
6
#退火
%"0
!
-!a
延伸
#6/1
进行
%"
个循环&最后
-!a
延伸
#"
6/1
&用
#b
琼脂糖凝胶电泳检测
@AB
产物!目的条
带经胶回收(纯化后连接至
@D56)K
载体上!热激
法转化大肠杆菌
>H*
$
!选取阳性克隆送往上海英
潍捷基有限公司测序测序结果利用
?A=L
网站的
=O4[K
和软件
A8J0378N#,&#
进行比对
8,9,9
!
生物信息学分析
!
将得到的
$%!"#
基因
氨基酸序列应用分析软件
@U:3@7U76
"
<33
Z
$%%
\\\,
SP
Z
70
M
,:U
9
%
3::80
%
Z
U:3
Z
7U76,<368
#预测其分子量(

8
!
所用引物序列
K7T8S#
!
@U/6SU0S
Q
JS12S0J0SY/13Z
SU/6S13
引物名称
@U/6SU176S
引物序列
@U/6SU0S
Q
JS12S
说明
5P
Z
87173/:1
=1@DR#^
=1@DR#B
4DAKKA4KA44D4DAD4KA4A4AAD
D4ADD4KDD4KDDD4AKDD4
$%!"##2>?4
全长扩增
46
Z
8/V/273/:1:VVJ8)8S1
9
3<2>?4:V$%!"##
=1@DR!^
=1@DR!B
KKK4AK4KDDAD4AD44D4D
44D4KKKAKA44DADKADKA
$%!"#!2>?4
全长扩增
46
Z
8/V/273/:1:VVJ8)8S1
9
3<2>?4:V$%!"#!
=1@DR%^
=1@DR%B
A4KAK4AK4KDDAD4AD44D
4WDADKADKAB4D4DAR4DD
$%!"#%2>?4
全长扩增
46
Z
8/V/273/:1:VVJ8)8S1
9
3<2>?4:V$%!"#%
=1@DR#)^
=1@DR#)B
DDAD4KKDAK44K444AKDDAD
KA4KA44D4DAD4KA4A4AAD
$%!"##
实时定量荧光
@AB
BS78)3/6S@AB:V$%!"##
=1@DR!)^
=1@DR!)B
A4AA4AAD4DA44D4DD4KD
DAKDKDDA444KAAA44D44
$%!"#!
实时定量荧光
@AB
BS78)3/6S@AB:V$%!"#!
=1@DR%)^
=1@DR%)B
D44A4DADDA4AD44KAAK
DD44AKKKD44DD44DADD4K
$%!"#%
实时定量荧光
@AB
BS78)3/6S@AB:V$%!"#%
%
)723/1^
%
)723/1B
4AD4DA4DD4D4KDD4D4AK
A4AA4AKD4DA4AD4KDKK4
实时定量荧光
@AB
内参基因
K9
S1S:VUS78)3/6S@AB
(&#!
##

!!!!!!!!!!!!!

!
楠!等$甘蓝型油菜
!"#
基因的克隆与表达分析

9
!
;

%/123
基因氨基酸序列特征分析
K7T8S!
!
KM
0/0:V76/1:72/Y0S
Q
JS12S0:V39
S1S0/1$(..*/(%(
-
0.
基因
DS1S
A>[
长度
A>[8S1
9
3<
%
T
Z
氨基酸数目
?:,:V76/1:
72/Y0
%
77
分子量
W:8S2J87U
\S/
9
<3
%
]>
等电点
L0:S8S3U/2
Z
:/13
带负电的氨基酸数
?:,:V1S
9
73/XS8
M
2<7U
9
SY76/1:72/Y0
带正电的氨基酸数
?:,:V
Z
:0/3/XS8
M
2<7U
9
SY76/1:72/Y0
不稳定系数
L1037T/8/3
M
%
/1YSP
$%!"## %!# #"+ #",-# $,!- + #* !!,-!
$%!"#! #!"+ $"# $!,!% *,*& $* *# !$,$+
$%!"#% #!"+ $"# $!,#- *,*& $$ *" !*,*+
等电点(氨基酸数目等基本理化参数采用在线分
析软件
W5W5
"
<33
Z
$%%
6S6S,1T2U,1S3
%
6S6S$)#
%
2
9
/)T/1
%
6S6S,2
9
/
#对
$%!"#
基因的氨基酸序列进
行保守基序分析)-*使用
A8J0378N#,&#

$%1
!"#
基因和所编码的氨基酸与不同植物的氨基酸
序列以及对应的
A>[
进行比对使用
=/:5Y/3
软件

$%!"#
基因氨基酸进行多序列比对!参数为默
认值!采用邻接法"
?S/
9
9
WS3<:Y
#构建
$%!"#
基因的系统进化树)&*!借助
W5D4
软件)(*
分析结果
8:9:;
!
实时荧光定量
<$=
反应和基因表达分析
!
采用
KU/;:8
法分别抽提甘蓝型油菜雄性不育系
"(4
和保持系
"(=
根(茎(叶(花蕾总
B?4
采用微量分
光光度计和
#b
琼脂糖凝胶检测
B?4
浓度和质量

!
"
9

B?4
用于
2>?4
第一链的合成"具体方
法参见
K7R7B7
相关试剂盒说明书#
根据
$%!"#
基因测序信息设计定量
BK)@AB
引物
$%!"##)^

$%!"##)B
(
$%!"#!)^

$%!"#!)B
(
$%!"#%)^

$%!"#%)B
"表
#
#!采用
[c=BDUSS1L
染料法)#")#!*!分析
$%!"#
基因在甘
蓝型油菜雄性不育系
"(4
和保持系
"(=
中的表达
差异以
%
)723/1
为参照基因)#%*设计引物"表
#
#
利用
=/:)B7Y/C*
实时荧光定量
@AB
仪!采用
!

&&
AK法进行数据的相对定量分析)#$*
@AB
反应
程序为
(*a
预变性
%"0
&
(*a
变性
#"0
!
+"a
退

%"0
"实时荧光采集#!
$"
个循环&反应结束后再
缓慢升温至
(*a
!记录荧光信号的变化!得出扩增
产物的溶解曲线每个样品
%
个重复!取其平均值
!
!
结果与分析
9:8
!
%/123
基因的克隆与生物信息学分析
利用设计合成的
$%!"#

%
对特异性引物!
分别以甘蓝型油菜雄性不育系
"(4
和保持系
"(=

2>?4
为模板!扩增出长度分别为
",%
(
#,!
(
#,!
]T
左右的片段 !其长度与预期的基本一致测序
结果经
?A=L
比对分析表明!克隆得到的
%

$%1
!"#
基因序列为目的基因
得到的
$%!"#
氨基酸序列应用在线分析软件
@U:3@7U76
预测其等电点(蛋白质分子量以及氨基
酸数目等基本理化参数结果"表
!
#表明!
=1@DR
的氨基酸长度介于
#"+
#
$"#77
之间!蛋白质分子
量介于
#",-#
#
$!,!%]>
之间
$%!"#
等电点范
围为
$,!-
#
*,*&
!
=1@DR
蛋白质不稳定系数均在
%"
以下!表明它们均是稳定的
%

$%!"#
的氨
基酸保守基序分析结果"图
#
#显示!
$%!"#!

$%!"#%
均含有
6:3/V#
(
6:3/V!

6:3/V%
!排列顺
序依次为
6:3/V%)6:3/V#)6:3/V!
!这是植物
@DR
蛋白的特性
$%!"##
含有
6:3/V#

6:3/V!
!而
6:3/V%
丢失!也许它已成为假基因!失去生物功能
9:9
!
%/123
基因的系统进化分析
$%!"#
基因与拟南芥(玉米(本氏烟草(向日
葵(苜蓿(水稻和小麦的
!"#
基因的氨基酸序列均
表现出高度同源"图
!
#与其它已知的
!"#
的氨
基酸相比!
$%!"#
与白菜型油菜
!"#
关系更加密
切虽然
!"#
的氨基酸序列在整个进化中已高度
保守!但
$%!"#
氨基酸序列与其它双子叶植物
!"#
质体和细胞质亚型略有不同在双子叶植物
中!白菜型油菜(甘蓝型油菜和拟南芥
!"#
基因的
氨基酸序列的一致性非常高!而单子叶植物"如玉米
和水稻#!与双子叶植物相比
!"#
基因的氨基酸序
列的差异较大"图
%
#!碱基缺失(转换和颠换可能是
基因出现差异并导致进化的重要原因
9:;
!
%/123
基因表达分析
分别以甘蓝型油菜雄性不育系
"(4
和保持系
"(=
的根(茎(叶(花蕾的总
B?4
为模板!以
%
)723/1
为参照基因通过
Q
BK)@AB
研究
$%!"##
(
$%)

#
!
$%!"#
基因的氨基酸保守基序分析
/^
9
,#
!
46/1:72/Y2:10SUXSY6:3/V
7178
M
0/0:V$%!"#
9
S1S0
"(#!
西
!

!

!

!

!

!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
%$

!"#!

$%!"#%
在不育系
"(4
和保持系
"(=
根(茎(叶(花蕾中的表达情况!发现
$%!"#
基因在
"(=

"(4
不同组织中均有表达!属组成型表达!

$%!"#
基因主要在叶(花蕾和茎中表达!其次是
在根中
%

$%!"#
基因在
"(4

"(=
花蕾和茎
中的表达量均比较高且相对稳定!在叶中的表达量
不同基因之间差异较大!但品系间差异不大同时
本研究也比较了
$%!"#
基因在甘蓝型油菜雄性不

!
!
$%!"#
与其它植物
!"#
氨基酸序列多重比对结果
黑色表示氨基酸序列一致性为
#""b
&灰色表示氨基酸序列一致性为
-*b
#
((b
&
=U7,
白菜型油菜&
=1,
甘蓝型油菜&
4K,
拟南芥&
4=,
水稻&
4^ ,
玉米&
5W,
乌拉尔图小麦&
N@,
苜蓿&
4>,
向日葵&
C,
烟草&图
%

/^
9
,!
!
48/
9
16S13:V76/1:72/Y0S
Q
JS12S0:V$%!"#\/3<:3Z
8713!"#0S
Q
JS12S0
=872]71Y
9
U7
M
0<:\3M
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基因的克隆与表达分析

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基因的克隆与生物信息学分析
!"#
同工酶在结构和功能上非常相似!目前!
人类
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!
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被定位于细胞溶质
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已被确定且其序列高度同源据报道!在烟草叶片
中!
"#
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!"#
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达)#+*据推测!植物
!"#
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碳分配的调节等过程)#-*向日葵胚胎发育阶段的
脂质合成时期
!"#
同工酶可导致含油量增加)#&*
此外!
!"#
酶和烯醇化酶可能导致低含油量和向日
葵之间脂肪酸含量的差异)#(*
!"#
同工酶的活性
影响着细胞质和质体中脂肪酸的合成)!"*在转基
因油菜发育种子中参与脂肪酸生物合成和糖酵解的
!"#
基因的表达上调将增加含油量)!#*
目前!关于
!"#
基因在甘蓝型油菜雄性不育
系和保持系的糖酵解及脂肪酸生物合成中的作用还
没有任何报道本研究首次从甘蓝型油菜中克隆了
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!"#
基因在进
化过程中高度保守通过氨基酸保守基序分析发现
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缺失!表明植物
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已经在经
历一个快速发散的进化也许它已成为一种假基
因!失去生物学功能)!!*当然!
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是否为假
基因!还需进一步的研究来证实
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基因的差异表达分析
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#和质
体"
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@DR
#中!在糖酵解中!
2@DR
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@DR
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和叶绿体糖酵解!这与
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成中能源的生成和碳的还原的结论一致
除茎中的
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外!
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其它基因在
根(茎(叶中的表达量均为
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!而在花蕾
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中的表达量是
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性不育系花蕾的败育有关有报道称!蕾期相关基
因的突变最有可能干扰花药和花粉的正常发育!从
而导致不育)!%*!在高等植物中!存在于质体中的
!"#
基因主要参与光合碳还原和叶绿体糖酵解!因
此推测
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基因差异表达可能是通过影响花药
的光合作用从而影响油菜花药的发育花粉发育过
程涉及许多特异基因的表达!特定的基因只在特定
时空表达!其表达是否与花粉花药的败育(雄性不育
性的发生相关!该结果与向繤)!$*的研究结果一致!
基本揭示了花药发育过程中涉及的关键代谢过程
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基因在保持系
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!可能与甘蓝型油菜雄性不育有一定的关
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