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Proteomic analysis of nitrogen stress-responsive proteins in the leaves of tall fescue

高羊茅在低氮胁迫下的蛋白组学分析



全 文 :犇犗犐:10.11686/犮狔狓犫2015470 犺狋狋狆://犮狔狓犫.犾狕狌.犲犱狌.犮狀
李小冬,舒健虹,于二汝,吴佳海,蔡一鸣,王小利.高羊茅在低氮胁迫下的蛋白组学分析.草业学报,2016,25(3):6776.
LIXiaoDong,SHUJianHong,YUErRu,WUJiaHai,CAIYiMing,WANGXiaoLi.Proteomicanalysisofnitrogenstressresponsiveproteinsin
theleavesoftalfescue.ActaPrataculturaeSinica,2016,25(3):6776.
高羊茅在低氮胁迫下的蛋白组学分析
李小冬1,舒健虹1,于二汝2,吴佳海1,蔡一鸣1,王小利1
(1.贵州省草业研究所,贵州 贵阳550006;2.贵州省油料研究所,贵州 贵阳550006)
摘要:为了研究高羊茅在低氮胁迫条件下的蛋白水平变化,我们采用iTRAP技术分析了氮胁迫30d的高羊茅叶片
中蛋白组学的变化。一共检测到595个差异蛋白(295个上调,300个下调),分别参与了多个不同的代谢途径。在
高严谨筛选标准下,氮代谢、氧化还原反应以及胁迫相关代谢等多个途径的基因被明显上调表达。通过生理生化
测定发现,叶绿素、可溶性蛋白以及游离氨基酸的含量显著下降,而过氧化物酶(POD)、超氧化物歧化酶(SOD)以
及谷胱甘肽合成酶(GS)等活性氧清除酶活性显著升高。采用荧光定量PCR的方法验证蛋白组学数据发现所有挑
选的基因都具有相同的变化趋势。分析显著富集的1433基因家族的表达,发现其都能被低氮胁迫诱导,因此胁
迫相关的基因可能是调节高羊茅抵抗多种不同逆境的关键基因。本文首次在高羊茅中采用蛋白组学的方法分析
低氮胁迫条件下基因的表达变化,获得重要候选基因,并对其应用进行了讨论。
关键词:高羊茅;低氮胁迫;蛋白组学;表达分析  
犘狉狅狋犲狅犿犻犮犪狀犪犾狔狊犻狊狅犳狀犻狋狉狅犵犲狀狊狋狉犲狊狊狉犲狊狆狅狀狊犻狏犲狆狉狅狋犲犻狀狊犻狀狋犺犲犾犲犪狏犲狊狅犳狋犪犾犳犲狊犮狌犲
LIXiaoDong1,SHUJianHong1,YUErRu2,WUJiaHai1,CAIYiMing1,WANGXiaoLi1
1.犌狌犻狕犺狅狌犐狀狊狋犻狋狌狋犲狅犳犘狉犪狋犪犮狌犾狋狌狉犲,犌狌犻狔犪狀犵550006,犆犺犻狀犪;2.犌狌犻狕犺狅狌犐狀狊狋犻狋狌狋犲狅犳犗犻犾犆狉狅狆狊,犌狌犻狔犪狀犵550006,犆犺犻狀犪
犃犫狊狋狉犪犮狋:Inordertothoroughlyinvestigatetheproteinlevelchangesoftalfescueinlownitrogenconditions,
weanalyzedtheproteomeoftheleavesfrom30dayoldplantsexposedtolownitrogenstressusingtheiTRAP
technique.Intotal,595proteinsweredifferentialyaccumulated(295upregulatedand300downregulated),
whichparticipatedindiversemetabolicpathways.Accordingtoastrictselectionstandard,wediscoveredthat
thegenesrelatedtoredoxreactionsandstressessignificantlyincreased.Physiologicalandbiochemicalanalysis
revealedthatthecontentsofchlorophyl,solubleproteinsandfreeaminoaciddramaticalydecreased,whilere
activeoxygenscavengingenzymessuchasPOD,SODandGSwerehighlyactive.Theexpressionpatternofaf
fectedgenes,detectedbyrealtimefluorescencequantitativeRT-PCR,coincidedwiththeproteomicdata.No
tably,mostofthe1433familyofproteinswereenrichedbynitrogenshortage,suggestingthattheseinvolve
thekeygenesthattakepartindiversestressesintalfescue.Inthisstudy,weprovideproteomicinformation
fortalfescuesubjectedtolownitrogenavailability.Wealsohighlightsomeofthekeygenesinvolvedanddis
cusstheirpotentialuses.
犓犲狔狑狅狉犱狊:talfescue;nitrogenstress;proteomic;geneexpression
第25卷 第3期
Vol.25,No.3
草 业 学 报
ACTAPRATACULTURAESINICA   
67-76
2016年3月
收稿日期:20150929;改回日期:20151116
基金项目:国家自然基金项目“高羊茅光周期调控基因FaCONSTANS特异性表达与生物学功能分析”(31360576)资助。
作者简介:李小冬(1984),男,湖南邵阳人,副研究员,博士。Email:lixiaodongzl@163.com
通信作者Correspondingauthor.Email:wangxiaolizhenyuan@126.com
非生物胁迫限制植物的生长发育与作物产量,植物主要通过两种方式来抵御这些伤害:一种是形成抵抗能力
强生理活性弱的成熟种子等特殊形态以躲避不利环境;二是通过激活一些可逆的调节机制(如抗逆基因的表达)
增强植物本身的抵抗力[12]。耐低氮胁迫新品种的培育是减少农作物生产投入成本的一个主要方面。研究植物
在低氮胁迫条件下的分子响应机制将大大加快抗逆育种的进程。
通过转录组、蛋白组以及代谢组学等高通量生物信息学分析方法已经成功鉴定出许多参与逆境反应的功能
基因,它们参与了碳、氮以及油脂代谢等多个过程,在模式植物以及农作物中,已经成功发现了逆境胁迫调节过程
中许多关键酶的功能[3]。蛋白质是植物功能的体现者与执行者,其调节植物的抗逆性不仅体现在改变酶的催化
活性,而且部分可以作为转录因子调节其他基因的表达。作为大分子物质,蛋白质能够调节胞内物质的组成与浓
度,进而影响植物的渗透压等。因此,蛋白组的数据往往比转录组或者芯片分析的结果更可靠[45]。
前人对氮代谢的研究主要集中在对植物根系的影响。根系发育和根吸收氮元素的能力是影响植物对氮元素
吸收能力的两个主要因素。氮元素对植物发育也有重要影响:随着氮素水平的增加,根系生物量和根系活力呈增
加的趋势,根系总量增加主要表现在侧根数目明显增多[6];而在低氮条件下,植物也倾向于根系生长,但是在增加
相同生物量的情况下,根茎比重值增大,而且不利于侧根生长[78],对大部分收获籽实和营养体的农作物不利。植
物氮元素的代谢主要存在两种机制:一种叫 HATS(highaffinitytransportsystem),是在低氮条件下植物启动
组成型和诱导型表达的功能基因促进氮元素吸收;另一种是LATS(lowaffinitytransportsystem),是在高氮条
件下减缓植物吸收氮元素的机制[910],因此,这些不同机制导致了农作物不同品种对氮的吸收和利用具有显著的
差异,相关的研究在玉米(犣犲犪犿犪狔狊)、油菜(犅狉犪狊狊犻犮犪犮犪犿狆犲狊狋狉犻狊)和小麦(犜狉犻狋犻犮狌犿犪犲狊狋犻狏狌犿)等农作物中都有报
道[1013]。
氮元素吸收的分子模式在拟南芥(犃狉犪犫犻犱狅狆狊犻狊狋犺犪犾犻犪狀犪)中已经有很好的研究成果,氮不仅是一种重要的矿
物质元素,而且还作为一种重要的外部信号调节氮代谢基因的表达[1417]。氮元素作为生物体主要元素之一,其代
谢过程往往与其他信号途径互作。磷酸烯醇丙酮酸羧化酶(PEPC)是有机酸代谢途径的关键酶,有报道称PEPC
在12mmol/L硝酸盐处理2h后表达显著下调,另外淀粉合成的关键基因腺苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶
(AGPS2)的表达同样受硝酸盐的抑制[18]。
在牧草类作物中,关于蛋白组学的研究在苜蓿(犕犲犱犻犮犪犵狅狊犪狋犻狏犪)已经有开展,但是在禾本科牧草中的报道
还很少。本研究通过蛋白组学的方法分析高羊茅(犉犲狊狋狌犮犪犪狉狌狀犱犻狀犪犮犲犪)在低氮胁迫条件下表达谱的变化,共检
测到595个差异蛋白,这些蛋白参与氮代谢、细胞氧化还原和逆境相关等多个不同的代谢途径。生理生化测定发
现,叶绿素、可溶性蛋白以及游离氨基酸的含量显著下降,而过氧化物酶(POD)、超氧化物歧化酶(SOD)以及谷
胱甘肽合成酶(GS)等酶活性在胁迫条件下显著升高,并采用荧光定量PCR的方法对随机挑选的候选基因进行
了表达水平的分析。本研究为在禾本科牧草中研究氮代谢以及通过转基因技术培育抗性种质资源提供候选基因
与技术储备。
1 材料与方法
1.1 材料
本研究采用2005年贵州省草业研究所育成的国家牧草新品种黔草1号高羊茅(登记号:299)为试验材料。
本实验Hoagland水培液所用的无机盐均购自上海国药公司,RNA提取试剂盒购自Axygen公司,RNA反转录
试剂盒购自ThermoScientific公司,荧光定量PCR试剂盒购自Promega公司。
1.2 方法
1.2.1 试验材料的准备和非生物胁迫处理  从新鲜收获的黔草1号高羊茅中选取300粒饱满的种子,用
50℃温水浸泡过夜,加50mL75%酒精搅动、浸泡30s进行表面消毒,用100mL无菌水冲洗3次。在培养皿底
铺垫2~3张灭菌滤纸,加入4~5mL无菌蒸馏水,然后将消毒好的种子均匀点播于滤纸上,放入光照培养箱中
发芽7d,每天补加3~4mL无菌水使滤纸保持湿润,萌发后将幼苗放置在装有 Hoagland营养液的水培装置中
培养30d进行低氮胁迫处理:将幼苗分别转移到无氮水培液(低氮胁迫,营养液中NO3-被Cl-取代)和正常水培
86 ACTAPRATACULTURAESINICA(2016) Vol.25,No.3
液中(对照,标准 Hoagland营养液)进行生长处理,低氮胁迫15d,每3d更换1次营养液,同时为了缩小温室内
微环境的影响,栽植盆进行定期旋转。剪取胁迫与对照的高羊茅叶片,用液氮速冻,保存在-80℃的冰箱中待用。
植株培养条件参考文献[19],具体为光照16h,黑暗8h,生长温度22℃。
1.2.2 蛋白酶解与iTRAQ标记  蛋白酶解采用FASP程序,参照文献[20],打断后的多肽采用4plex/8
plexiTRAQ(appliedbiosystems)试剂进行标记,实验程序参照试剂盒说明书。操作过程如下:将200μg蛋白样
品溶解到30μLSTD缓冲液中(4%SDS,100mmol/LDTT,150mmol/LTrisHCl,pH8.0)。采用UA缓冲液
(8mol/LUrea尿素,150mmol/LTrisHCl,pH8.0)进行超滤透析去除DTT和小分子量蛋白(30kD)。然后
加入100μL0.05mol/L碘乙酰胺到UA缓冲液中,黑暗条件孵育20min用来封闭多肽残基的C端。用100μL
UA缓冲液润洗3次,然后用100μLDS缓冲液[50mmol/L三乙基碳酸氢铵(triethylammoniumbicarbonate),
pH8.5]润洗2次。用40μLDS缓冲液溶解,加入2μg胰蛋白酶(promega,美国)37℃暗光条件下酶解过夜后
收集起来备用。采用紫外分光的方法在280nm利用消光系数计算蛋白浓度。将iTRAQ试剂融入70μL乙醇,
加入待标记的样品组织,标记完成后冷冻真空抽干备用。
1.2.3 蛋白分离与色谱分析  将iTRAQ标记好的蛋白利用通用电气医疗集团生命科学部(GEHealthcare,
美国)的AKTA蛋白自动纯化系统进行纯化。将标记好的多肽冲洗溶解于2mLA缓冲液中(25%ACN中加入
10mmol/LKH2PO4,pH2.7),加入到4.6×100mm多聚磺乙基的分离柱中(5μm,200?)(PolyLC,美国)。
洗脱采用0%~10% B缓冲液(25% ACN 中加入500mmol/LKCl和10mmol/LKH2PO4,pH2.7)以1
mL/min的流速洗脱2min,10%~20%B缓冲液洗脱25min,20%~45%B缓冲液洗脱5min,50%~100%B
缓冲液洗脱5min。每min的样品都单独收集,通过在214nm条件下监测吸光值,将相似的样品混合最终形成
10个样品池进行脱盐处理,每个样品通过浓缩再溶解到40μL0.1%(v/v)三氟乙酸中保存在-80℃备用。
1.2.4 液相质谱分析  将制备好的样品上样到nanoLCMS/MS液相质谱联用分析仪中分析。具体过程如
下:取10μL(约5μg)样品溶液注射到C18反相色谱柱(15cm长,内径75μm),内部填充5μmRPC18树脂混
合液A(0.1%甲酸),洗脱时采用线性浓度的B缓冲液 (80% 氰化甲烷和0.1% 甲酸溶液),以流速250mL/min
分离超过140min。质谱数据是根据扫描300~1800m/z范围丰度最高的高能诱导解离(HCD)片段。
1.2.5 数据库比对分析质谱数据  采用MASCOT和ProteomeDiscoverer1.3软件进行分析,差异蛋白的序
列根据UniProtKB数据库获得,通过NCBIBLAST与SwissProt数据库比对与功能注释,阈值小于10-3的序列
进行Blast2GO与 GO分析,阈值设为10-6。BLAST无结果的未注释基因通过InterProScan3搜索EBI数据库
获取已知蛋白的模体,通过InterProScanGO进行注释。代谢途径分析通过比对KEGG数据库。
1.2.6 生理生化指标的测定  用0.8cm打孔器取低氮胁迫处理组和对照组的高羊茅叶片各10片,称重后,
加入5mL80% 丙酮溶液进行萃取,分别测定663,646以及470nm下的吸光值,叶绿素a(Chla)与叶绿素b
(Chlb)的计算方法分别为:Chla=12.21OD663-2.81OD646;Chlb=20.13OD646-5.03OD663,总叶绿素(T
Chl)为Chla+Chlb。取100mg处理组和对照组新鲜叶片,加液氮磨碎,加入1mL提取缓冲液(甲醇∶水=
1∶1)超声处理30min,13200r/min,4℃离心10min,上清液用来进行可溶性蛋白和游离氨基酸含量的测定,测
定分析是由北京艾米诺医药研究公司分析完成,详细操作程序参考文献[21]。氧化还原酶活性采用试剂盒测定,
称取100mg新鲜处理组和对照组的叶片,加1mL预冷的PBS提取缓冲液,4℃,用研钵磨碎,超氧化物歧化酶
(SOD)和谷氨酰胺合成酶(GS)分别采用试剂盒S0102和S0055(碧云天,北京)测定,过氧化物酶(POD)活性采
用试剂盒A0843(南京建成)测定,测定过程均按照试剂盒说明书进行。
1.2.7 高羊茅总RNA提取与反转录PCR荧光定量分析  RNA提取与反转录PCR参考文献[22],RNA提
取采用 TaKaRaRNAisoReagent试剂盒,具体操作过程参照试剂盒说明书。RNA的反转录应用 RevertAid
FirstStrandcDNASynthesisKit完成,用1μLDNase处理RNA,每样品取5μgRNA反转录成cDNA,具体程
序参照试剂盒说明书。应用荧光定量PCR技术验证筛选的候选基因的表达变化。具体方法如下,将合成的cD
NA稀释20倍作为荧光定量PCR的模板。PCR的程序为:95℃5min,95℃10s,58℃10s,72℃30s,45个循
环,72℃10min,从65℃缓慢升温到95℃,每0.5℃收集一次荧光信号用于制作溶解曲线,荧光定量引物利用在
96第25卷第3期 草业学报2016年
线软件http://www.idtdna.com/Scitools/Applications/Primerquest设计,引物序列参照表1。试验方法和程
序参照文献[20],采用2-ΔΔct算法,每个样品3个生物学重复,每个生物学重复3个技术重复。
表1 本实验中使用的引物
犜犪犫犾犲1 犘狉犻犿犲狉狊狌狊犲犱犻狀狋犺犻狊狊狋狌犱狔
基因名称Genename 左引物序列(5′-3′)Forwardprimersequence 右引物序列(5′-3′)Reverseprimersequence
1433A ATGAGGGTGGTGATGAGATCAAG CGAACAATACAGGTAGCTGCGAAT
1433B TAGTGATGAGTGGCGGTTTAGTTGA ATAAGGTCATGCTTGCTGAAATCAA
1433C TTGCCTACCCTGGATAAGATCTAAG TAATAAACCCAGTCGTATCGCTTAG
1433D CAAGATGAAGGGCGACTACCA GCCAAATCTGCAAGAGCGATG
CL163.Contig2 CCTTTACTACAGGAGGAGATTATCAGAA CCCTTGTTGGAGTTGGGTGA
Unigene14042 TCTCCACGCTCGACGACCAC AACGACAACGAACTTGCCTGAT
CL3787.Contig1 CCCAGCAGATGCCACAAGG CCTTCTGGAAGTCGCCAAACAT
CL4924.Contig1 AGACGGACAGCAACCACTGC CTCCACGGACTGCATACTCACAT
CL1564.Contig1 CGTATGGTTGCTGCTGGTTACAT TATTTGGATGGAAGGATGTGTCAGA
CL7119.Contig2 CAACGGCGGAAGGATTAGGT CCACTTGGAGCGGATGAGGA
CL7743.Contig1 CCGAGGCTGTTCAGAAGATGC CAGCGAATCCAAGAACGGTAGA
CL10900.Contig1 GGGTCAGCGAGAAGATAACGAA ACGGACGAGGTAGACGAGCAG
Unigene18786 AAGCATTGCGTATGTCTGGGG CATGGATACCCAATCCTGAGTGAA
Unigene11547 GACAACCCTGCTAACCCGAA CCCGTTCCAATTCCACCAAT
Unigene18806 GCAACGCCTACTTCCAGCG CTCCACCTTGTCCACCTCCTC
1.3 数据分析
采用Excel与PowerPoint完成实验数据作图及统计分析。
2 结果与分析
2.1 高羊茅蛋白组数据总体描述
我们采用了iTRAQ技术分析了高羊茅叶片在低氮胁迫条件下蛋白组的变化,在差异基因阈值设为>1.2倍
或者<0.83倍,并且犘<0.05情况下,我们共检测到595个蛋白表达有显著变化,其中有295个蛋白上调表达,
300个基因下调表达,对所有氮胁迫诱导差异表达基因进行GO功能聚类(GeneOntologydatabase,http://ge
neontology.org)。在细胞组分聚类分析中,蛋白主要定位于细胞质(77)、细胞器(61)、质膜(25)(图1A);在生物
过程聚类中参与最多的依次为代谢过程(58)、细胞过程(40)、单有机体过程(18)、逆境反应(13)等过程(图1B);
在分子功能聚类分析中发现具有结合功能(51)和催化功能(45)的基因占据大部分(图1C)。
2.2 差异基因代谢途径分析
高羊茅在低氮胁迫条件下,有几个代谢途径的基因呈现明显的变化。其中氮代谢途径的基因,在高严谨筛选
条件下(表达差异倍数>1.5,或者<0.67),共有10个蛋白(CL10359.Contig4_Al、CL5776.Contig1_Al、Uni
gene12843_Al、CL5527.Contig1_Al、CL8689.Contig1_Al、CL8708.Contig2_Al、Unigene9083_Al、Uni
gene23702_Al、CL11136.Contig1_Al 和CL340.Contig11_Al)被上调1.52~2.24倍,另外5个蛋白(Uni
gene6516_Al、Unigene23474_Al、Unigene21261_Al、Unigene42040_Al 和 CL7688.Contig1_Al)被下调了
0.48~0.63倍(表2)。这些基因参与氮元素的吸收、固定、同化、转运等多个过程。
在低氮胁迫条件下,植株不仅会出现生长缓慢、叶片变黄、分蘖数减少等显著的表型变化,同时在生理生化上
也有显著差异。在研究中发现,严格筛选条件下,共有5个蛋白(Unigene24111_Al、Unigene39854_Al、
CL784.Contig2_Al、CL6318.Contig1_Al 和 Unigene16350_Al)的表达上调,有一个蛋白CL224.Contig5_Al
下调表达,这6个基因都参与了细胞内氧化还原调节(表3)。
07 ACTAPRATACULTURAESINICA(2016) Vol.25,No.3
表2 氮代谢途径的基因表达变化
犜犪犫犾犲2 犈狓狆狉犲狊狊犻狅狀犮犺犪狀犵犲狊狅犳犵犲狀犲狊狉犲狊狆狅狀狊犻犫犾犲犳狅狉狀犻狋狉狅犵犲狀犿犲狋犪犫狅犾犻狊犿
基因名称
Genename
蛋白名称
Proteinname
物种名称
Plantspecies
变化值
Foldchange
CL10359.Contig4_Al 苏氨酸肽链内切酶Threonineendopeptidase 大麦犎狅狉犱犲狌犿狏狌犾犵犪狉犲subsp.犞狌犾犵犪狉犲 2.2443
CL5776.Contig1_Al 枯草杆菌蛋白酶Subtilisinlikeprotease 二穗短柄草犅狉犪犮犺狔狆狅犱犻狌犿犱犻狊狋犪犮犺狔狅狀 2.0811
Unigene12843_Al 液泡加工酶4Vacuolarprocessingenzyme4 拟斯卑尔脱山羊草犃犲犵犻犾狅狆狊狊狆犲犾狋狅犻犱犲狊 1.9636
CL5527.Contig1_Al 鸟嘌呤脱氨酶Guaninedeaminase 大麦犎狅狉犱犲狌犿狏狌犾犵犪狉犲subsp.犞狌犾犵犪狉犲 1.8551
CL8689.Contig1_Al 受伤诱导的Bowmanbirk型抑制剂Bowmanbirktypewoundin
ducedproteaseinhibitor
大麦犎狅狉犱犲狌犿狏狌犾犵犪狉犲subsp.犞狌犾犵犪狉犲 1.6210
CL8708.Contig2_Al 26S蛋白酶体非ATP酶调节亚基626sproteasomenonATPase
regulatorysubunit6
节节麦犃犲犵犻犾狅狆狊狋犪狌狊犮犺犻犻 1.5869
Unigene9083_Al 天门冬氨酸氨基甲酰1Aspartatecarbamoyltransferase1 二穗短柄草犅狉犪犮犺狔狆狅犱犻狌犿犱犻狊狋犪犮犺狔狅狀 1.5539
Unigene23702_Al 天冬氨酸蛋白酶猪笼草蛋白类似酶1Asparticproteinasenepen
thesin1like
高粱犛狅狉犵犺狌犿犫犻犮狅犾狅狉 1.5520
CL11136.Contig1_Al 26S蛋白酶体非 ATP酶调节亚基1326sproteasomenonAT
Paseregulatorysubunit13
乌拉尔图小麦犜狉犻狋犻犮狌犿狌狉犪狉狋狌 1.5380
CL340.Contig11_Al 天冬氨酸蛋白酶猪笼草蛋白酶1Asparticproteinasenepenthesin1 大麦犎狅狉犱犲狌犿狏狌犾犵犪狉犲subsp.犞狌犾犵犪狉犲 1.5242
Unigene6516_Al ATP依赖的CLP蛋白酶蛋白水解亚单位类叶绿体蛋白ATPde
pendentCLPproteaseproteolyticsubunitchloroplasticlike
大麦犎狅狉犱犲狌犿狏狌犾犵犪狉犲subsp.犞狌犾犵犪狉犲 0.6398
Unigene23474_Al ATP依赖的CLP蛋白酶衔接蛋白ATPdependentCLPprotease
adaptorcontainingprotein
二穗短柄草犅狉犪犮犺狔狆狅犱犻狌犿犱犻狊狋犪犮犺狔狅狀 0.6372
Unigene21261_Al 硝酸还原酶Nitratereductase 二穗短柄草犅狉犪犮犺狔狆狅犱犻狌犿犱犻狊狋犪犮犺狔狅狀 0.6266
Unigene42040_Al 间α胰蛋白酶抑制剂重链h3Interalphatrypsininhibitorheavy
chainh3
蓖麻犚犻犮犻狀狌狊犮狅犿犿狌狀犻狊 0.6120
CL7688.Contig1_Al 铁氧还原蛋白亚硝酸还原酶前体Ferredoxinnitritereductaseprecursor 大麦犎狅狉犱犲狌犿狏狌犾犵犪狉犲subsp.犞狌犾犵犪狉犲 0.4867
图1 高羊茅底单处理条件下差异蛋白的生物信息预测
犉犻犵.1 犌犲狀犲狅狀狋狅犾狅犵狔犪狀狀狅狋犪狋犻狅狀狅犳犱犻犳犳犲狉犲狀狋犻犪犾狔
犲狓狆狉犲狊狊犲犱狆狉狅狋犲犻狀狊犻狀狋犪犾犳犲狊犮狌犲犻狀狋犺犲
犾狅狑狀犻狋狉狅犵犲狀犮狅狀犱犻狋犻狅狀
 图中数字表示每个类别中包含的蛋白数目。Thefiguresstandfor
thenumberofproteinscontainedineachcategories.
17第25卷第3期 草业学报2016年
表3 氧化还原反应途径的基因表达变化
犜犪犫犾犲3 犈狓狆狉犲狊狊犻狅狀犮犺犪狀犵犲狊狅犳狉犲犱狅狓犵犲狀犲狊狌狀犱犲狉犱犻犳犳犲狉犲狀狋犖犾犲狏犲犾狊
基因名称
Genename
蛋白名称
Proteinname
物种名称
Plantspecies
变化值
Foldchange
Unigene24111_Al NADH脱氢酶NADHdehydrogenase 毛竹犘犺狔犾犾狅狊狋犪犮犺狔狊犲犱狌犾犻狊 1.75
Unigene39854_Al immutans蛋白immutansprotein 水稻粳稻组犗狉狔狕犪狊犪狋犻狏犪JaponicaGroup 1.69
CL784.Contig2_Al 蛋白质SRG1ProteinSRG1 大麦犎狅狉犱犲狌犿狏狌犾犵犪狉犲subsp.犞狌犾犵犪狉犲 1.55
CL6318.Contig1_Al 伯胺氧化酶Primaryamineoxidase 大麦犎狅狉犱犲狌犿狏狌犾犵犪狉犲subsp.犞狌犾犵犪狉犲 1.55
Unigene16350_Al NADP依赖的乙醛脱氢酶NADPaldehydedehydrogenase 二穗短柄草犅狉犪犮犺狔狆狅犱犻狌犿犱犻狊狋犪犮犺狔狅狀 1.50
CL224.Contig5_Al 过氧化物酶51Peroxidase51 大麦犎狅狉犱犲狌犿狏狌犾犵犪狉犲subsp.犞狌犾犵犪狉犲 0.59
除了氮代谢以及氧化还原反应途径外,胁迫相关的基因也有明显的变化,在高严谨筛选条件下,共有15个蛋
白显著被诱导,只有1个蛋白的表达被抑制(表4)。在这些上调表达的基因中,高羊茅1433家族蛋白如
CL210.Contig4_Al、CL210.Contig7_Al、CL210.Contig2_Al、Unigene6925_Al 在低氮胁迫条件下,其表达呈
现整体被诱导的趋势。具有一致变化趋势的除1433蛋白外,还有3个谷胱甘肽转移酶(CL468.Contig2_Al、
CL468.Contig1_Al 和CL4631.Contig2_Al)以及2个胁迫相关蛋白(CL11641.Contig1_Al和CL3913.Contig3
_Al)。这些关键基因的上调表达说明其在高羊茅氮代谢过程中起到重要的调节作用。
表4 胁迫相关途径的基因表达变化
犜犪犫犾犲4 犈狓狆狉犲狊狊犻狅狀犮犺犪狀犵犲狊狅犳狊狋狉犲狊狊狉犲犾犪狋犲犱犵犲狀犲狊
基因名称
Genename
蛋白名称
Proteinname
物种名称
Plantspecies
变化值
Foldchange
CL210.Contig4_Al 1433类似蛋白gf14a类似基因1433likeproteingf14alike 小麦犜狉犻狋犻犮狌犿犪犲狊狋犻狏狌犿 2.2619
CL8457.Contig1_Al 普遍胁迫蛋白3739Universalstressprotein3739 球茎大麦犎狅狉犱犲狌犿犫狌犾犫狅狊狌犿 1.5384
CL468.Contig2_Al 谷胱甘肽转移酶Glutathionetransferase 大麦犎狅狉犱犲狌犿狏狌犾犵犪狉犲subsp.犞狌犾犵犪狉犲 2.1298
CL11641.Contig1_Al 胁迫调节蛋白Stressregulatedprotein 乌拉尔图小麦犜狉犻狋犻犮狌犿狌狉犪狉狋狌 1.9681
CL468.Contig1_Al 谷胱甘肽转移酶Glutathionetransferase 犃犾狅狆犲犮狌狉狌狊犿狔狅狊狌狉狅犻犱犲狊 1.8184
CL210.Contig7_Al 1433蛋白1433protein 二穗短柄草犅狉犪犮犺狔狆狅犱犻狌犿犱犻狊狋犪犮犺狔狅狀 1.6975
Unigene6925_Al 1433类似蛋白1433likeprotein 玉米犣犲犪犿犪狔狊 1.6946
CL210.Contig2_Al 1433蛋白1433protein 二穗短柄草犅狉犪犮犺狔狆狅犱犻狌犿犱犻狊狋犪犮犺狔狅狀 1.6250
Unigene12249_Al 果聚糖6果糖Fructan6fructosyltransferase 黑麦草犔狅犾犻狌犿狆犲狉犲狀狀犲 1.5247
CL3913.Contig3_Al 胁迫相关蛋白Stressrelatedprotein 水稻籼组犗狉狔狕犪狊犪狋犻狏犪IndicaGroup 1.5428
CL4631.Contig2_Al 谷胱甘肽转移酶Glutathionetransferase 小麦犜狉犻狋犻犮狌犿犪犲狊狋犻狏狌犿 1.5515
Unigene25038_Al 半胱氨酸蛋白酶Cysteineproteinase 大麦犎狅狉犱犲狌犿狏狌犾犵犪狉犲subsp.犞狌犾犵犪狉犲 1.5850
CL10569.Contig2_Al 半胱氨酸蛋白酶1前体Cysteineprotease1precursor 大麦犎狅狉犱犲狌犿狏狌犾犵犪狉犲subsp.犞狌犾犵犪狉犲 1.5057
Unigene6778_Al 线粒体抑制素复合蛋白2Mitochondrialprohibitincomplexprotein2 高粱犛狅狉犵犺狌犿犫犻犮狅犾狅狉 1.6557
Unigene573_Al 木质部半胱氨酸蛋白酶2类似蛋白Xylemcysteineproteinase2like 大麦犎狅狉犱犲狌犿狏狌犾犵犪狉犲subsp.犞狌犾犵犪狉犲 0.5321
CL7084.Contig1_Al harpin诱导蛋白1harpininducedprotein1 水稻粳稻组犗狉狔狕犪狊犪狋犻狏犪JaponicaGroup 1.5404
2.3 高羊茅在胁迫条件下生理生化的改变
为了验证蛋白组学的结果,我们测定了低氮胁迫条件下,高羊茅叶片中叶绿素、可溶性蛋白、氨基酸等的含
量,以及POD、SOD、GS等酶的活性。氮胁迫显著降低了叶片中叶绿素的含量,在对照材料鲜叶中,叶绿素a、叶
绿素b以及总叶绿素含量依次为(1.45±0.12),(0.67±0.11)和(2.12±0.22)mg/g(图2A)。低氮胁迫条件下
其含量分别降低到(0.80±0.16),(0.48±0.08)和(1.28±0.22)mg/g,暗示低氮胁迫能够显著降低光合作用的
27 ACTAPRATACULTURAESINICA(2016) Vol.25,No.3
效率(图2A)。
与叶绿素含量变化类似,在低氮胁迫下,可溶性蛋白的含量也显著降低了47%(图2B)。在检测的19种游离
氨基酸中,只有色氨酸的含量增加4倍,而其余氨基酸含量下降了20%~80%(图2C)。另外,低氮胁迫打破了细
胞内的氧化还原平衡,POD、TSOD和GS的活性被分别上调了1.43,2.07和1.78倍(图2D)。这些生理生化水
平的变化与蛋白组学中检测到调节氮代谢以及氧化还原反应蛋白水平的变化可能存在密切的联系。
图2 氮胁迫条件下高羊茅生理生化变化
犉犻犵.2 犘犺狔狊犻狅犾狅犵犻犮犪犾犪狀犱犫犻狅犮犺犲犿犻犮犪犾犮犺犪狀犵犲狊犻狀狋犪犾犳犲狊犮狌犲狌狀犱犲狉犾狅狑狀犻狋狉狅犵犲狀犮狅狀犱犻狋犻狅狀
 Chla:叶绿素aChlorophyla;Chlb:叶绿素bChlorophylb;TChl:总叶绿素Totalchlorophyl;POD:过氧化物酶Peroxidase;TSOD:总超氧化物
歧化酶Totalsuperoxidedismutase;GS:谷胱甘肽合成酶Glutathionesynthetase.
图3 荧光定量犘犆犚验证蛋白组数据
犉犻犵.3 犞犪犾犻犱犪狋犻狅狀狅犳狆狉狅狋犲狅犿犻犮犱犪狋犪犫狔狉犲犪犾狋犻犿犲
犳犾狌狅狉犲狊犮犲狀犮犲狇狌犪狀狋犻狋犪狋犻狏犲犚犜-犘犆犚
 
37第25卷第3期 草业学报2016年
2.4 荧光定量验证蛋白组学数据及1433基因表达分析
为了验证蛋白数据的可靠性,我们随机挑选了12个基因,采用荧光定量PCR方法分析其在低氮胁迫条件下
的表达变化。包括3个上调表达的基因(Unigene18806、CL163.Contig2和 Unigene14042)和8个下调的基因
(CL1564.Contig1、CL7119.Contig2、CL3787.Contig1、CL10900.Contig1、Unigene18786、CL4924.Contig1、
CL7743.Contig1和Unigene11547)。所有挑选的基因的表达变化趋势与蛋白组相同。然而,蛋白差异筛选标准
为大于 1.2 或 者 小 于 0.8 的 前 提 下,有 4 个 基 因 (Unigene18806、CL163.Contig2、Unigene14042 和
Unigene11547)的荧光定量变化倍数小于2。说明这些基因在低氮胁迫条件下的表达只受到轻微的激活或抑制,
或者最终的蛋白含量受到了转录后翻译的影响。
上述挑选的上调表达基因定量PCR验证结果,虽然具有和蛋白组数据相同的变化趋势,但是其诱导的幅度
并不大(小于2),为了检验上调表达数据的可靠性,我们对1433基因家族在低氮胁迫条件下的表达变化也进行
了验证。4个被检测的1433基因 CL210.Contig4_Al、CL210.Contig7_Al、CL210.Contig2_Al 和 Uni
gene6925_Al分别命名为1433A、1433B、1433C和1433D,在低氮胁迫后4个基因都显著被诱导2.7~
11.3倍,说明蛋白组的数据是可信的。
3 讨论与结论
氮元素是限制植物生长发育的关键因素之一,和20世纪70年代相比,植物的产量已经增长了一倍,其中氮
肥是主要贡献因素之一。然而氮肥的大量使用直接导致了植物氮利用效率的下降[23]。通过改良氮利用效率是
减少氮肥使用的主要方法之一,植物对氮元素的吸收利用受到其自身的精细调控,通过调节基因的表达、关键酶
活性以及代谢物的含量,可以改变植物应对不同氮营养水平的能力[2425]。牧草类作物相对于其他农作物受贫瘠
土壤胁迫的危害更加严重,然而相应的理论研究还比较滞后。本文采用iTRAQ的方法鉴定高羊茅叶片在低氮
胁迫条件下蛋白水平的变化,获得了氮高效利用的候选基因,该研究在禾本科牧草类植物中处于领先地位,为在
其他牧草类作物中开展类似研究提供了很好的借鉴作用。
在高羊茅低氮处理的蛋白组数据中,氮代谢途径蛋白发生了明显变化(表1),相应的生理生化测定结果也表
明低氮胁迫显著降低了叶绿素含量、可溶性蛋白和游离氨基酸的水平(图2A~C),说明在低氮胁迫条件下,光合
作用速率、蛋白质的翻译与合成等都受到显著的影响。类似的研究在水稻(犗狉狔狕犪狊犪狋犻狏犪)中也有报道,在低氮胁
迫条件下,水稻气体交换、光合效率、光合色素的含量、可溶性蛋白等都不同程度受到抑制[26]。另外在小麦低氮
诱导的蛋白谱中同样也发现了光合作用、氮代谢相关蛋白表达的变化[27]。
光合中心Ⅱ(PSⅡ)的活性在低氮条件下被减弱,进而会导致植物细胞体内的活性氧化物质的积累,出于对
不利环境的应激反应,植物细胞会激活活性氧清除系统以保护自身不受伤害[28]。我们的研究发现低氮处理下,
高羊茅体内氧化还原代谢途径的关键蛋白都明显上调(表3),通过测定相应酶的活性发现POD、SOD与GS活性
都显著增强(图2D),说明低氮胁迫间接地导致了植物细胞受到活性氧伤害在植物界中具有一定的普遍性。与其
他植物一样,在高羊茅中,低氮胁迫能够激活活性氧清除系统。
低氮条件下,胁迫相关蛋白明显诱导,他们分别具有不同的功能,定位于不同的亚细胞器,参与不同的代谢途
径。因此,低氮胁迫可能与其他胁迫存在广泛的互作,而这些基因则可能具有调节植物多种抗性的功能。其中最
显著的是1433蛋白,在前人研究中,1433能够调控植物对非生物胁迫(干旱、高温、高盐等)和生物胁迫(病虫
害)的应答[29]。在本研究中,我们一共发现了4个高羊茅1433蛋白受低氮胁迫条件诱导(表4),并且其表达水
平也得到荧光定量PCR的验证(图3C),说明1433蛋白在高羊茅应对低氮胁迫的反应中可能起到至关重要的
作用,为我们创制氮高效高羊茅新品种提供了重要的基因资源。
犚犲犳犲狉犲狀犮犲狊:
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