全 文 ：书不同来源犛犛犚标记在我国披碱草属
植物的通用性和效率评价
严学兵１，王２，周禾２，王成章１，郭玉霞１
（１．河南农业大学牧医工程学院，河南 郑州４５０００２；２．中国农业大学草地研究所，北京１０００９４）
摘要：ＳＳＲ引物序列常用于近缘物种的遗传学研究，但存在很大的盲目性和分析结果的不可预见性。本研究采用
我国９种披碱草属植物，利用不同来源微卫星引物进行遗传学分析，结果显示，披碱草属的６个和小麦的５个微卫
星引物在我国９种披碱草属植物具有稳定的扩增效果和较好的遗传学分析功能；相对而言，位点ＥＣＧＡ２２、ＥＣ
ＧＡ１１４、ＥＡＧＡ５１和 ＷＭＳ４３遗传信息含量较高，对构建披碱草属植物高密度的微卫星种（品种）指纹是很好的选
择；披碱草属植物的引物所检测到的等位基因数目与测序开发引物时预期的等位基因数目相差较少、遗传多样性
指数较高和更接近研究材料的基因流，预示着亲缘关系更近的引物遗传分析的效率更高。
关键词：ＳＳＲ；披碱草属；遗传；通用性；效率
中图分类号：Ｓ５４３＋．９０１；Ｑ９４３３ 文献标识码：Ａ 文章编号：１００４５７５９（２００８）０６０１１２０９
微卫星（ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｉｔｅ）ＤＮＡ或者简单重复序列（ｓｉｍｐｌｅｓｅｑｕｅｎｃｅｒｅｐｅａｔｓ，ＳＳＲ）系指具有一至几个碱基对连
续多次重复的ＤＮＡ片段。微卫星标记的等位基因变异来源于基因组ＤＮＡ复制时滑动引起的重复序列数目的
变化，而不是单碱基突变或插入缺失造成的，具有标记位点多、多态性高、在基因组中平均分布和共显性等特点，
因此在基因组作图、群体遗传和进化、遗传多样性分析、构建指纹图谱、群体动态和基因诊断等研究中得到了广泛
的应用。由于应用ＳＳＲ技术时必须针对每个ＳＳＲ设计引物，常用的方法是首先建立ＤＮＡ文库，用各种简单重
复序列作为探针在ＤＮＡ文库中筛选，获得阳性克隆子后进行测序，根据所测的序列设计ＳＳＲ引物。这种方法工
作量大，需要较多的资金投入，目前只在部分生物中得到开发，在某种程度上限制着ＳＳＲ的广泛采用。
理论上用侧翼ＤＮＡ设计的引物序列来检测近缘种微卫星位点是可行的，而且已经在实践上得以验证［１～５］。
侧翼序列的保守性在许多植物种类得到验证［２］，侧翼序列的内部起始位点的保守性是跨种扩增成为可能的重要
原因［６］。采用进化上有同源关系的微卫星标记提高对基因组扩增的覆盖面也是另外一个原因。但无法确定相应
的特异ＰＣＲ产物，只能根据扩增产物的重复性和微卫星片段的大小划定大致的范围，因此还需通过测序进一步
验证这些谱带的同源性。更没有对其扩增效率和对遗传分析的结果所造成的影响进行定量或定性评价，使得在
利用近缘物种ＳＳＲ引物序列时存在很大的盲目性和分析结果的不可预见性。本试验采用小麦（犜狉犻狋犻犮狌犿犪犲狊狋犻
狏狌犿）和披碱草属（犈犾狔犿狌狊）植物的微卫星序列设计引物，以我国分布的９种野生披碱草属植物为材料进行通用
性、扩增效率和遗传多样性比较分析，以期为利用不同物种ＳＳＲ引物序列进行遗传研究提供借鉴和经验。
１ 材料与方法
１．１ 供试材料
披碱草属野生植物的种子于２００３年７－９月采集于河北、青海、甘肃等地，采集点分布于低山、丘陵和高山等
不同地区和海拔。试验材料共有９个种，分别为垂穗披碱草（犈．狀狌狋犪狀狊）、老芒麦（犈．狊犻犫犻狉犻犮狌狊）、短芒披碱草（犈．
犫狉犲狏犻犪狉犻狊狋犪狋狌狊）、圆柱披碱草（犈．犮狔犾犻狀犱狉犻犮狌狊）、黑紫披碱草（犈．犪狋狉犪狋狌狊）、紫芒披碱草（犈．狆狌狉狆狌狉犪狉犻狊狋犪狋狌狊）、披碱
草（犈．犱犪犺狌狉犻犮狌狊）、青海披碱草（犈．犵犲犿犻狀犪狋狌狊）和无芒披碱草（犈．狊狌犫犿狌狋犻犮狌狊）的４０个居群（表１）。
１１２－１２０
１２／２００８
草 业 学 报
ＡＣＴＡＰＲＡＴＡＣＵＬＴＵＲＡＥＳＩＮＩＣＡ
第１７卷 第６期
Ｖｏｌ．１７，Ｎｏ．６
收稿日期：２００８０５２２；改回日期：２００８０７０８
基金项目：国家自然科学基金（３０８７１５３１）和青海省重大科技攻关项目（２１０３１４２３）资助。
作者简介：严学兵（１９７４），男，河南周口人，副教授，博士。Ｅｍａｉｌ：ｙｘｂｂｊｚｚ＠１６３．ｃｏｍ
通讯作者。
表１ 试验材料来源
犜犪犫犾犲１ 犗狉犻犵犻狀狅犳犈犾狔犿狌狊狊狆犲犮犻犲狊狋犲狊狋犲犱
来源
Ｏｒｉｇｉｎ
种名
Ｓｐｅｃｉｅｓ
居群编号
Ｉｄｅｎｔｉｔｙ
海拔
Ａｌｔｉｔｕｄｅ
（ｍ）
纬度
Ｌａｔｉｔｕｄｅ
（Ｎ）
经度
Ｌｏｎｇｉｔｕｄｅ
（Ｅ）
生境
Ｈａｂｉｔａｔ
河北鱼儿山牧场 Ｙｕｅｒｓ
ｈａｎｆａｒｍｏｆＨｅｂｅｉｐｒｏｖ
ｉｎｃｅ
紫芒披碱草犈．狆狌狉狆狌狉犪狉犻狊狋犪狋狌狊ＨＹＺＨ １４４７ ４１°４５′３９″ １１６°０９′０４″ 路边Ｒｏａｄｓｉｄｅ
紫芒披碱草犈．狆狌狉狆狌狉犪狉犻狊狋犪狋狌狊ＨＹＺＫ １４４３ ４１°４５′２８″ １１６°１０′１８″ 人工草地Ｐａｓｔｕｒｅ
老芒麦犈．狊犻犫犻狉犻犮狌狊 ＨＹＬ １４５８ ４１°４５′２９″ １１６°０９′３２″ 人工草地Ｐａｓｔｕｒｅ
河北沽源牧场Ｇｕｙｕａｎ
ｆａｒｍｏｆＨｅｂｅｉｐｒｏｖｉｎｃｅ
圆柱披碱草犈．犮狔犾犻狀犱狉犻犮狌狊 ＨＧＹ（Ｎ） １３５３ ４１°５２′４５″ １１５°５１′５７″ 封育的典型草原Ｅｎｃｌｏｓｅｄｓｔｅｐｐｅ
紫芒披碱草犈．狆狌狉狆狌狉犪狉犻狊狋犪狋狌狊ＨＧＺ（Ｎ） １３５７ ４１°５２′０１″ １１５°５２′２７″ 路边Ｒｏａｄｓｉｄｅ
老芒麦犈．狊犻犫犻狉犻犮狌狊 ＨＧＬ（Ｎ） １３５０ ４１°５３′２６ １１５°５２′２４″ 封育的典型草原Ｅｎｃｌｏｓｅｄｓｔｅｐｐｅ
圆柱披碱草犈．犮狔犾犻狀犱狉犻犮狌狊 ＨＧＹ（Ｋ） １３６３ ４１°５２′３１″ １１５°４８′２０″ 拓荒地 Ｗｉｌｄｅｒｎｅｓｓ
甘肃天祝 Ｔｉａｎｚｈｕｃｏｕｎ
ｔｙ，Ｇａｎｓｕｐｒｏｖｉｎｃｅ
垂穗披碱草犈．狀狌狋犪狀狊 ＧＪＣ ２９１５ ３７°１１′３８″ １０２°４８′１４″ 高寒草甸Ａｌｐｉｎｅｍｅａｄｏｗ
圆柱披碱草犈．犮狔犾犻狀犱狉犻犮狌狊 ＧＪＹ ２９１８ ３７°１１′３３″ １０２°４８′１８″ 高寒草甸Ａｌｐｉｎｅｍｅａｄｏｗ
披碱草犈．犱犪犺狌狉犻犮狌狊 ＧＪＭ ２８７４ ３７°１０′１８″ １０２°４７′３１″ 排水沟边Ｄｉｔｃｈ
老芒麦犈．狊犻犫犻狉犻犮狌狊 ＧＪＬ（Ｙ） ２８８１ ３７°１１′０５″ １０２°４７′３８″ 高寒草甸Ａｌｐｉｎｅｍｅａｄｏｗ
老芒麦犈．狊犻犫犻狉犻犮狌狊 ＧＪＬＺ ２８８７ ３７°１２′１８″ １０２°４７′１１″ 人工草地Ｐａｓｔｕｒｅ
短芒披碱草犈．犫狉犲狏犻犪狉犻狊狋犪狋狌狊 ＧＪＤ ２８８３ ３７°１２′１５″ １０２°４７′４２″ 路边Ｒｏａｄｓｉｄｅ
无芒披碱草犈．狊狌犫犿狌狋犻犮狌狊 ＧＪＷ ２８８３ ３７°１２′１５″ １０２°４７′４２″ 路边Ｒｏａｄｓｉｄｅ
黑紫披碱草犈．犪狋狉犪狋狌狊 ＧＪＨ ２８７８ ３７°１１′５３″ １０２°４７′１３″ 河漫滩草地Ｓｗａｍｐｍｅａｄｏｗ
甘南合作 Ｈｅｚｕｏｃｏｕｎｔｙ，
Ｇａｎｓｕｐｒｏｖｉｎｃｅ
垂穗披碱草犈．狀狌狋犪狀狊 ＧＨＣ ３０４０ ３５°０２′１８″ １０２°５５′３１″ 封育的天然草地Ｅｎｃｌｏｓｅｄｒａｎｇｅｌａｎｄ
紫芒披碱草犈．狆狌狉狆狌狉犪狉犻狊狋犪狋狌狊ＧＨＹ ２１０７ ３６°０７′５２″ １０２°１８′０２″ 干河滩Ｄｒｙｒｉｖｅｒｗａｙ
老芒麦犈．狊犻犫犻狉犻犮狌狊 ＧＨＬ（１） ２５３２ ３５°１３′２５″ １０２°４７′０３″ 封育的天然草地Ｅｎｃｌｏｓｅｄｒａｎｇｅｌａｎｄ
老芒麦犈．狊犻犫犻狉犻犮狌狊 ＧＨＬ（２） ２６９３ ３５°２８′０３″ １０２°５５′３１″ 封育的人工草地Ｅｎｃｌｏｓｅｄｐａｓｔｕｒｅ
短芒披碱草犈．犫狉犲狏犻犪狉犻狊狋犪狋狌狊 ＧＨＤ ３０４０ ３５°０２′１８″ １０２°５５′３１″ 封育的天然草地Ｅｎｃｌｏｓｅｄｒａｎｇｅｌａｎｄ
甘南永靖Ｙｏｎｇｊｉｎｇｃｏｕｎ
ｔｙ，Ｇａｎｓｕｐｒｏｖｉｎｃｅ
披碱草犈．犱犪犺狌狉犻犮狌狊 ＧＹＰ １６２４ ３５°０９′３１″ １０３°０４′０２″ 路边Ｒｏａｄｓｉｄｅ
甘南临夏Ｌｉｎｘｉａｃｏｕｎｔｙ，
Ｇａｎｓｕｐｒｏｖｉｎｃｅ
紫芒披碱草犈．狆狌狉狆狌狉犪狉犻狊狋犪狋狌狊ＧＬ（Ｗ） １９７３ ３５°０６′２４″ １０３°０１′１６″ 沟旁Ｄｉｔｃｈ
青海同德牧场Ｔｏｎｇｄｅ
ｆａｒｍ，Ｑｉｎｇｈａｉｐｒｏｖｉｎｃｅ
紫芒披碱草犈．狆狌狉狆狌狉犪狉犻狊狋犪狋狌狊ＱＭＤＬ ３２８２ ３５°１６′０８″ １００°３９′２９″ 疏林草地Ｒａｎｇｅｌａｎｄｗｉｔｈｓｐａｒｓｅｆｏｒｅｓｔ
短芒披碱草犈．犫狉犲狏犻犪狉犻狊狋犪狋狌狊 ＱＭＤＰ ３２８０ ３５°１６′０８″ １００°３９′２９″ 高寒草甸Ａｌｐｉｎｅｍｅａｄｏｗ
老芒麦犈．狊犻犫犻狉犻犮狌狊 ＱＭＬ（Ｙ） ３２８２ ３５°１６′０８″ １００°３９′２９″ 疏林草地Ｒａｎｇｅｌａｎｄｗｉｔｈｓｐａｒｓｅｆｏｒｅｓｔ
紫芒披碱草犈．狆狌狉狆狌狉犪狉犻狊狋犪狋狌狊ＱＭＺ ３２８２ ３５°１６′０８″ １００°３９′２９″ 疏林草地Ｒａｎｇｅｌａｎｄｗｉｔｈｓｐａｒｓｅｆｏｒｅｓｔ
垂穗披碱草犈．狀狌狋犪狀狊 ＱＭＣ ３２８９ ３５°１６′３２″ １００°３９′２２″ 高寒草甸Ａｌｐｉｎｅｍｅａｓｏｗ
老芒麦犈．狊犻犫犻狉犻犮狌狊 ＱＭ３ ３２８０ ３５°１６′２２″ １００°３９′２８″ 试验地Ｔｒｉａｌｌａｎｄ
青海同德河北乡 Ｈｅｂｅｉ
ｔｏｗｎ，Ｔｏｎｇｄｅ ｃｏｕｎｔｙ，
Ｑｉｎｇｈａｉｐｒｏｖｉｎｃｅ
老芒麦犈．狊犻犫犻狉犻犮狌狊 ＱＨＹＦ ３７８６ ３４°５４′２９″ １００°５３′２５″ 高寒草甸Ａｌｐｉｎｅｍｅａｓｏｗ
披碱草犈．犱犪犺狌狉犻犮狌狊 ＱＨＨＭ ３４７０ ３４°４３′１９″ １００°４２′４９″ 路边Ｒｏａｄｓｉｄｅ
垂穗披碱草犈．狀狌狋犪狀狊 ＱＨＨＣ ３４８７ ３４°４２′３６″ １００°４２′３７″ 高寒草甸Ａｌｐｉｎｅｍｅａｄｏｗ
青海玛沁东倾沟乡
Ｄｏｎｇｑｉｎｇｇｏｕｔｏｗｎ，Ｍａｑｉｎ
ｃｏｕｎｔｙ，Ｑｉｎｇｈａｉｐｒｏｖｉｎｃｅ
垂穗披碱草犈．狀狌狋犪狀狊 ＱＭＤＣ１ ３８３８ ３４°２９′２８″ １００°０９′３２″ 高寒草甸Ａｌｐｉｎｅｍｅａｄｏｗ
青海披碱草犈．犵犲犿犻狀犪狋狌狊 ＱＭＤ（Ｗ１）３９０８ ３４°２９′４２″ １００°０９′４７″ 灌丛草地Ｒａｎｇｅｌａｎｄｗｉｔｈｓｈｒｕｂｓ
垂穗披碱草犈．狀狌狋犪狀狊 ＱＭＤＣ２ ３９１６ ３４°４０′２７″ １００°２４′５２″ 高寒草甸Ａｌｐｉｎｅｍｅａｄｏｗ
青海玛沁下达武 Ｘｉａｄａ
ｗｕｔｏｗｎ，Ｍａｑｉｎｃｏｕｎｔｙ，
Ｑｉｎｇｈａｉｐｒｏｖｉｎｃｅ
青海披碱草犈．犵犲犿犻狀犪狋狌狊 ＱＭＸ（Ｗ）４０１０ ３５°０２′０５″ ９９°１２′３８″ 灌丛草地Ｒａｎｇｅｌａｎｄｗｉｔｈｓｈｒｕｂｓ
垂穗披碱草犈．狀狌狋犪狀狊 ＱＭＸＣ ３７２４ ３５°０２′０５″ ９９°１２′３８″ 河漫滩Ｓｗａｍｐａｌｏｎｇｔｈｅｒｉｖｅｒ
垂穗披碱草犈．狀狌狋犪狀狊 ＱＭＨＣ ３８６７ ３４°３２′０６″ １００°２５′１６″ 高寒草甸Ａｌｐｉｎｅｍｅａｄｏｗ
短芒披碱草犈．犫狉犲狏犻犪狉犻狊狋犪狋狌狊 ＱＭＨＤ ３６２８ ３４°３２′０６″ １００°２５′１４″ 山坡草地Ｓｌｏｐｅｒａｎｇｅｌａｎｄ
青海兴海鄂拉山
Ｅｌａｓｈａｎ，Ｘｉｎｇｈａｉｃｏｕｎ
ｔｙ，Ｑｉｎｇｈａｉｐｒｏｖｉｎｃｅ
青海披碱草犈．犵犲犿犻狀犪狋狌狊 ＱＸＥ（Ｗ） ４０３４ ３５°２７′４４″ ９９°２９′１２″ 河漫滩Ｓｗａｍｐａｌｏｎｇｔｈｅｒｉｖｅｒ
短芒披碱草犈．犫狉犲狏犻犪狉犻狊狋犪狋狌狊 ＱＸＥＤ ４１８６ ３５°２７′４１″ ９９°２９′１３″ 水蚀沟内Ｄｉｔｃｈｅｒｏｄｅｄｂｙｗａｔｅｒ
３１１第１７卷第６期 草业学报２００８年
１．２ 植物材料的培养
种子采收后在中国农业大学校园进行盆栽试验，播种时间为２００３年１０月２日，每个材料３盆，每盆定苗１０
株。盆的大小为２５ｃｍ（上口直径）×１７ｃｍ（下口直径）×２９ｃｍ（高）。土壤的理化性质为ｐＨ 值７．１３，有效磷
６９．９２ｍｇ／ｋｇ，有效钾２７６ｍｇ／ｋｇ，全氮０．７４％，全磷２．９４％，有机质４．０５％。
１．３ ＳＳＲ扩增
１．３．１ 植物总ＤＮＡ提取 在披碱草属植物生长至二叶一心期，剪去０．５ｇ左右新鲜叶片用液氮速冻后研成粉
末，置于１．５ｍＬ离心管中在－８０℃冰箱保存。根据 Ｄｏｙｌｅ［７］的方法进行ＤＮＡ提取。
１．３．２ ＳＳＲ引物 试验选择２类引物，一类是来自于披碱草属植物基因组的１４条引物：７条来自于犬草（犈．
犮犪狀犻狀狌狊）（缩写为ＥＣＧＡ）［８］，７条来自于阿拉斯加披碱草（犈．犪犾犪狊犽犪狀狌狊）基因组（缩写为ＥＡＧＡ）［９］；另一类来自
于小麦基因组的８条引物（缩写为 ＷＭＳ）［１，１０］，具体见表２。
１．３．３ ＰＣＲ反应体系和程序 所有ＰＣＲ反应在ＰＴＣ２００的ＰＣＲ仪上进行，不同引物采用不同的反应体系和
程序。ＰＣＲ反应物在冷却后加１／５体积的上样缓冲液在９５℃变性５ｍｉｎ，然后迅速在－８０℃冷却备用。
表２ 试验所选用引物
犜犪犫犾犲２ 犈犾狔犿狌狊犪狀犱犜．犪犲狊狋犻狏狌犿犿犻犮狉狅狊犪狋犲犾犻狋犲狆狉犻犿犲狉狊狌狊犲犱犻狀狋犺犻狊狊狋狌犱狔
引物
Ｐｒｉｍｅｒｓ
重复序列
Ｒｅｐｅａｔｓ
序列
Ｓｅｑｕｅｎｃｅ（５′→３′）
等位基因数
Ｎｕｍｂｅｒｏｆ
ａｌｅｌｅｓ
预期大小
Ｅｘｐｅｃｔｅｄ
ｓｉｚｅ（ｂｐ）
退火温度
Ｔｍ
（℃）
ＥＣＧＡ２２ （ＣＴ）２７ ＧＡＡＧＧＴＧＡＣＴＡＧＧＴＣＣＡＡＣＡＴＡＧＴＣＴＣＧＧＴＣＡＧＧＣＴＣ １３ １６６ ５４
ＥＣＧＡ１１４ （ＴＣ）１５ ＣＴＴＡＴＡＴＣＴＴＧＴＧＧＧＴＴＡＴＣＡＴＧＡＴＣＴＧＡＴＡＣＧＴＧＡＣＡＴＣＴＣＡ ８ １２９ ５４
ＥＣＧＡ４ （ＡＴ）１６ ＴＧＡＴＣＡＡＧＡＡＧＡＧＧＡＡＣＡＴＧＡＴＡＡＧＡＴＣＧＴＧＡＣＴＣＴＣＣＴ ３ １４６ ５２
ＥＣＧＡ８９ （ＧＡ）１７ ＴＴＡＧＣＴＣＴＴＴＡＣＴＴＡＴＴＣＡＡＡＣＴＣＣＴＡＴＧＡＴＣＡＡＧＣＡＣＡＡＧ １ ２３２ ５４
ＥＣＧＡ２１０ （ＧＡ）２２ ＣＧＡＣＡＡＣＴＡＧＴＧＧＡＴＣＡＡＡＧＡＡＧＴＡＣＴＣＴＣＧＡＧＡＡＧＣＴＴ ６ １９６ ５４
ＥＣＧＴ３６ （ＧＴ）１８ ＴＣＡＣＡＧＡＧＴＧＡＴＴＡＣＡＴＧＣＧＡＣＡＴＧＴＡＡＣＴＧＧＡＧＴＣＧＡＧＣ １ １９５ ５４
ＥＣＧＡ１２５ （ＡＧ）２３ ＴＧＣＴＴＣＣＡＡＣＴＴＧＣＴＣＡＴＧＣＡＴＣＴＧＴＧＴＧＴＣＣＡＣＡ １０ ２０４ ５４
ＥＡＧＡ１３ Ａ８Ｇ（ＧＡ）２７ ＡＣＡＣＡＣＴＧＡＧＡＣＴＧＣＴＴＴＧＴＣＡＴＧＣＧＡＡＧＧＴＴＧＡＧＴＴＡＴＧＣＴ ８（３） １３３ ５２
ＥＡＧＡ５１ （ＡＧ）１５ ＴＣＣＡＣＴＧＴＧＣＴＡＣＴＴＣＴＡＧＣＴＡＡＣＴＧＡＡＴＧＡＡＴＧＴＧＴＧＣＡＧＴ ４（２） ２０６ ５２
ＥＡＧＡ１０１ （ＴＣ）２２ ＧＡＴＧＡＴＧＴＣＡＡＴＡＴＧＣＴＧＣＡＡＴＡＧＧＣＣＡＧＡＣＴＴＡＴＧＡＡＣＡＣＴＡＴＴ ５（３） １５９ ５２
ＥＡＧＡ７４ （ＣＴ）１４（ＡＴＣＴ）５
（ＣＴ）３
ＡＧＧＴＴＧＴＡＴＣＴＧＣＴＧＡＴＡＣＧＡＴＣＴＧＣＡＡＧＴＣＧＡＧＣＴＧＴＣＡＣＴＡＧ ６（４） １５３ ５２
ＥＡＧＡ１０２ （ＴＣＣＣ）２（ＴＣ）２１
（ＡＣ）１０
ＣＡＣＡＡＣＣＧＴＧＧＣＡＧＴＧＧＴＴＣＡＡＣＡＴＴＣＡＡＡＴＴＴＧＧＣＡＧＡＣ ７（６） １５９ ５２
ＥＡＧＡ１０３ （ＧＡ）２１ ＧＡＣＴＧＣＴＡＡＡＣＴＡＡＣＡＡＣＡＡＡＡＣＴＡＴＣＴＣＡＣＡＣＴＧＧＣＴＣＡＴＧＴＣ １０（４） １２２ ５２
ＥＡＧＡ１０４ （ＡＧ）４（ＧＡ）１４ ＡＧＣＣＡＧＡＣＡＣＡＡＧＴＧＡＣＴＡＴＧＧＡＣＴＡＣＧＧＴＣＣＡＴＡＧＡＴＡＧＴＡＴＣＴ ５（４） １４３ ５２
ＷＭＳ３７ （ＡＧ）８ＧＧ（ＡＧ）２１ ＡＣＴＴＣＡＴＴＧＴＴＧＡＴＣＴＴＧＣＡＴＣＧＡＣＧＡＡＴＴＣＣＣＡＧＣＴＡＡＡＣ ７ＤＬ １９３ ６０
ＷＭＳ２ （ＣＡ）１８ ＣＴＧＣＡＡＧＣＣＴＧＴＧＡＴＣＡＡＣＴＣＡＴＴＣＴＣＡＡＡＴＧＡＴＣＧＡＡＣＡ ２ＡＳ １３２ ５０
ＷＭＳ４３ （ＣＡ）２２ ＣＡＣＣＧＡＣＧＧＴＴＴＣＣＣＴＡＧＡＧＴＧＧＴＧＡＧＴＧＣＡＡＡＴＧＴＣＡＴＧＴＧ ７ＢＬ １８０ ６０
ＷＭＳ４４ （ＧＡ）２８ ＧＴＴＧＡＧＣＴＴＴＴＣＡＧＴＴＣＧＧＣＡＣＴＧＧＣＡＴＣＣＡＣＴＧＡＧＣＴＧ ７ＤＳ １８２ ６０
ＷＭＳ４６ （ＧＡ）２ＧＣ（ＧＡ）３３ ＧＣＡＣＧＴＧＡＡＴＧＧＡＴＴＧＧＡＣＴＧＡＣＣＣＡＡＴＡＧＴＧＧＴＧＧＴＣＡ ７ＢＳ １８７ ６０
ＷＭＳ４７ （ＣＴ）７ＴＴ（ＣＴ）１６ ＴＴＧＣＴＡＣＣＡＴＧＣＡＴＧＡＣＣＡＴＴＴＣＡＣＣＴＣＧＡＴＴＧＡＧＧＴＣＣＴ ２Ｂ １６６ ６０
ＷＭＳ１０６ （ＧＡ）２４ ＣＴＧＴＴＣＴＴＧＣＧＴＧＧＣＡＴＴＡＡＡＡＴＡＡＧＧＡＣＡＣＡＡＴＴＧＧＧＡＴＧＧ １ＤＳ ８１ ６０
ＷＭＳ１５９ （ＧＴ）１５ ＧＧＧＣＣＡＡＣＡＣＴＧＧＡＡＣＡＣＧＣＡＧＡＡＧＣＴＴＧＴＴＧＧＴＡＧＧＣ ５ＤＳ １８７ ６０
４１１ ＡＣＴＡＰＲＡＴＡＣＵＬＴＵＲＡＥＳＩＮＩＣＡ（Ｖｏｌ．１７，Ｎｏ．６） １２／２００８
反应体系和反应程序：来自于披碱草属植物基因组的１４条引物，其中来自于犬草引物的ＰＣＲ反应体系采用
文献［８］的方法，７条来自于阿拉斯加披碱草基因组的引物采用文献［９］的方法；另一类是来自于小麦基因组的８
条引物采用文献［１］和［１０］的方法。
１．４ 变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和染色
制备６％变性聚丙烯酰胺凝胶（电泳电压３００Ｖ，１×ＴＡＥ电泳４～５ｈ），用０．２％硝酸银染色，胶版用凝胶成
像系统扫描成像。
１．５ 数据统计和处理
每个样品的电泳条带按有或无记录，电泳条带存在时赋值１，无则赋值０，无记为缺失，用“．”表示。采用
Ｐｏｐｇｅｎ１．３１软件进行ＳＳＲ的数据处理，多态位点百分率犘＝（多态位点数／检测位点数）×１００％。某位点基因
频率＝所有参试的样品中出现某一个等位变异之和／该位点所有等位变异的数×１００％。遗传多样性（ｇｅｎｅｔｉｃｄｉ
ｖｅｒｓｉｔｙ）指数：犎犲＝１－∑犡犻２，式中，犡犻是犻等位基因的频率［１１］。Ｓｈａｎｎｏｎ’ｓ指数［１２］：犐＝∑犺／狉，式中，狉为检测的
位点数。
２ 结果
２．１ 不同来源引物的扩增结果
为了验证不同来源ＳＳＲ引物在披碱草属各种群
之间的微卫星（ＳＳＲ）变异，用１４个来自于不同试验材
料的２种披碱草（犬草和阿拉斯加披碱草）的微卫星引
物和８个来自于小麦的引物进行跨种扩增，扩增结果
见表３。其中来自于披碱草的６（４３％）条引物和小麦
的５（６３％）条引物扩增出稳定可靠的扩增结果，分别
是ＥＣＧＡ２２、ＥＣＧＡ１３、ＥＣＧＡ１０１、ＥＡＧＡ５１、ＥＣＧＡ４１、
ＥＣＧＡ１１４、ＷＭＳ４３、ＷＭＳ４７、ＷＭＳ４４、ＷＭＳ１５９ 和
ＷＭＳ１０６，以上引物的扩增片段主要集中在１００～５００
ｂｐ。
２．２ 多个位点的等位基因数目和多态性
１１个微卫星标记共有３８个等位基因编码（表４），
每个位点有１～８个等位基因。最多的ＥＣＧＡ２２扩增
出８条带，ＷＭＳ４７和 ＷＭＳ１５９都只有一条带，平均
每个标记扩增出３．５条带。来自于披碱草属植物的引
物平均扩增出４．５条带，而来自于小麦的微卫星引物
为２．２条带。同一位点不同等位基因在不同种间出现
的频率差异很大，但也发现某些种，甚至整个披碱草属
的共有带。短芒披碱草有６条，老芒麦４条，垂穗披碱
草５条，圆柱披碱草３条，紫芒披碱草３条，披碱草４
条，青海披碱草１５条，黑紫披碱草１２条，无芒披碱草
２１条，但在每一种共有带里面没有发现哪条是这个种
特有的带。
等位基因变异的多态性带数和百分率不仅可以反
应植物的多态性指数，而且可以评价引物反应多样性
信息量的多少。披碱草属１１个微卫星位点３８个等位
基因变异的多态性带数和百分率，在不同披碱草中同
一位点多态性很不均匀，ＥＣＧＡ２２位点扩增出来带数
表３ ９种披碱草属植物种的犛犛犚扩增结果
犜犪犫犾犲３ 犚犲狊狌犾狋狊狅犳犮狉狅狊狊狊狆犲犮犻犲狊犪犿狆犾犻犳犻犮犪狋犻狅狀狅犳犿犻犮狉狅狊犪狋犲犾犻狋犲狊
犳狉狅犿犈犾狔犿狌狊狊狆犲犮犻犲狊犪狀犱犜．犪犲狊狋犻狏狌犿
引物Ｐｒｉｍｅｒｓ １ ２ ３ ４ ５ ６ ７ ８ ９
ＥＣＧＡ２２ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋
ＥＣＧＡ１１４ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋
ＥＣＧＡ４１ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋
ＥＣＧＡ８９ － ＋ － － － － － － －
ＥＣＧＡ２１０ － － － － ＋ － － － －
ＥＣＧＴ３６ － － ＋ － － － － － －
ＥＣＧＡ１２５ － － － － － － － － －
ＥＡＧＡ１３ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋
ＥＡＧＡ５１ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋
ＥＡＧＡ１０１ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋
ＥＡＧＡ７４ － － ＋ － － － － ＋ －
ＥＡＧＡ１０２ ＋ ＋ ＋ － － － ＋ － －
ＥＡＧＡ１０３ － － － ＋ － － － － －
ＥＡＧＡ１０４ ＋ ＋ － ＋ － ＋ ＋ － ＋
ＷＭＳ２ － － ＋ － － － － － －
ＷＭＳ３７ － － － ＋ － － － － －
ＷＭＳ４３ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋
ＷＭＳ４４ ＋ ＋ － ＋ ＋ － ＋ － －
ＷＭＳ４６ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋
ＷＭＳ４７ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋
ＷＭＳ１０６ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋
ＷＭＳ１５９ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋ ＋
注：１～９分别代表短芒披碱草、老芒麦、垂穗披碱草、圆柱披碱草、紫
芒披碱草、披碱草、青海披碱草、黑紫披碱草和无芒披碱草；＋ 表示有
扩增结果，－ 表示没有扩增结果。
Ｎｏｔｅ：Ｎｕｍｂｅｒ１－９ｄｅｎｏｔｅ犈．犫狉犲狏犻犪狉犻狊狋犪狋狌狊，犈．狊犻犫犻狉犻犮狌狊，犈．狀狌
狋犪狀狊，犈．犮狔犾犻狀犱狉犻犮狌狊，犈．狆狌狉狆狌狉犪狉犻狊狋犪狋狌狊，犈．犱犪犺狌狉犻犮狌狊，犈．犵犲犿犻狀犪
狋狌狊，犈．犪狋狉犪狋狌狊，犈．狊狌犫犿狌狋犻犮狌狊ｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ；＋ｉｎｄｉｃａｔｅｓｓｕｃｃｅｓｓｆｕｌａｍ
ｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎｏｆＰＣＲｐｒｏｄｕｃｔ，－ｉｎｄｉｃａｔｅｓｎｏｎｓｕｃｃｅｓｓｆｕｌａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎｏｆ
ＰＣＲｐｒｏｄｕｃｔ．
５１１第１７卷第６期 草业学报２００８年
表４ 等位基因变异的多态性带数和多态性百分数
犜犪犫犾犲４ 犖狌犿犫犲狉狊犪狀犱狆犲狉犮犲狀狋犪犵犲狊狅犳狆狅犾狔犿狅狉狆犺犻犮犪犾犲犾犲
引物
Ｐｒｉｍｅｒｓ
１
带数
Ｂａｎｄｓ
百分率
Ｐｅｒｃｅｎｔａｇｅ
（％）
２
带数
Ｂａｎｄｓ
百分率
Ｐｅｒｃｅｎｔａｇｅ
（％）
３
带数
Ｂａｎｄｓ
百分率
Ｐｅｒｃｅｎｔａｇｅ
（％）
４
带数
Ｂａｎｄｓ
百分率
Ｐｅｒｃｅｎｔａｇｅ
（％）
５
带数
Ｂａｎｄｓ
百分率
Ｐｅｒｃｅｎｔａｇｅ
（％）
６
带数
Ｂａｎｄｓ
百分率
Ｐｅｒｃｅｎｔａｇｅ
（％）
７
带数
Ｂａｎｄｓ
百分率
Ｐｅｒｃｅｎｔａｇｅ
（％）
所有种群
Ａｌｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ
带数
Ｂａｎｄｓ
百分率
Ｐｅｒｃｅｎｔａｇｅ
（％）
ＥＣＧＡ２２ ７ ８８ ７ ８８ ５ ６３ ４ ５０ ７ ８８ ６ ７５ ５ ６３ ８ １００
ＥＣＧＡ１３ ５ １００ ４ ８０ ５ １００ ０ ０ ５ １００ ０ ０ ０ ０ ５ １００
ＥＣＧＡ１０１ ３ １００ １ ３３ ２ ６７ ３ １００ ３ １００ ３ １００ １ ３３ ３ １００
ＥＡＧＡ５１ ５ １００ ５ １００ ５ １００ ２ ４０ ５ １００ ３ ６０ ２ ４０ ５ １００
ＥＣＧＡ４１ １ ３３ ２ ６７ １ ３３ ２ ６７ ２ ６７ １ ３３ ０ ０ ２ ６７
ＥＣＧＡ１１４ ３ １００ ３ １００ ３ １００ ２ ６７ ３ １００ ３ １００ ０ ０ ３ １００
ＷＭＳ４３ ２ ７５ ４ １００ ４ １００ ２ ５０ ４ １００ ３ ７５ ４ １００ ４ １００
ＷＭＳ４７ １ １００ １ １００ １ １００ ０ ０ １ １００ １ １００ ０ ０ １ １００
ＷＭＳ４４ ２ ６７ ２ ６７ ３ １００ ２ ６７ ２ ６７ ３ １００ ０ ０ ３ １００
ＷＭＳ１５９ １ １００ １ １００ ０ ０ １ １００ ０ ０ １ １００ ０ ０ １ １００
ＷＭＳ１０６ １ ５０ ２ １００ ２ １００ １ ５０ ２ １００ ２ １００ １ ５０ ２ １００
总带数
Ｔｏｔａｌ
２７ ７１ ３０ ７９ ３１ ８２ ８ ２１ ３０ ７９ ２６ ６８ １３ ３４ ３７ ９７
注：表头数字１～７代表如表３。
Ｎｏｔｅ：Ｎｕｍｂｅｒ１－７ｄｅｎｏｔｅｔｈｅｓａｍｅａｓｔｈｅｔａｂｌｅ３．
最多之外，等位基因的多态百分数也普遍很高，均在５０％以上。ＥＣＧＡ１１４、ＥＡＧＡ５１和 ＷＭＳ４３也是多态率比
较高的位点（图１），除了青海披碱草之外，其他披碱草植物多数种均表现出丰富的等位基因变异。通过单独采用
这４个位点等位基因数据对供试材料进行亲缘关系分析，基本能够把我国９种披碱草属植物区分开，构建出不同
披碱草属植物的微卫星指纹图谱。
２．３ 披碱草属和种水平上的遗传多样性
不同的披碱草属植物种间遗传多样性变化较大，而且不同来源的引物检测的遗传多样性也有很大的波动，
Ｎｅｉ’ｓ基因多样性和Ｓｈａｎｎｏｎ’ｓ信息指数分别为０～０．５和０～０．６９３１。但总体来说，披碱草属植物引物检测到
更高而且稳定的遗传多样性指数，高于或接近所有引物的检测结果（表５）。
从披碱草属水平的基因多样性指数和基因流（表６）可以看出，多样性指数在多个位点有一定的变化，分别为
０．１８００～０．４９８８和０．３２５１～０．６９１９，ＷＭＳ１５９多样性指数最低，ＷＭＳ４７最高，多个位点平均０．３８１２和
０．５６１９。从引物角度来比较，虽然多样性指数最低和最高都出现在小麦引物里面，但总体水平披碱草引物的多
样性指数要略高于小麦。在反映种内和种间的遗传多样性变异结构方面，多个引物具有很好的一致性。所有引
物检测的结果是：大多数基因多样性存在种内，占总变异的７５．７４％。在本研究中的多个ＳＳＲ位点均具有较高的
基因流，ＥＣＧＡ１３基因流最大（３．３５４２），而 ＷＭＳ４７最小（０．９２８７），所有引物检测的基因流为１．５６１３。不同来
源引物所检测的基因流明显不同，披碱草属的引物反映了较强的基因流（２．１３１２），高于小麦（１．７７１４）和全部引
物的检测水平（表６）。
３ 讨论
３．１ 不同来源的微卫星引物通用性和遗传效率
在同一科和族、不同属和种间共用ＳＳＲ引物的思路和方法，利于在不同物种间互相利用遗传信息，特别是将
模式物种的研究结果引入其他遗传组成复杂、操作难度大的物种中去。根据所测的序列设计ＳＳＲ引物，理论上
６１１ ＡＣＴＡＰＲＡＴＡＣＵＬＴＵＲＡＥＳＩＮＩＣＡ（Ｖｏｌ．１７，Ｎｏ．６） １２／２００８
图１ 引物犈犆犌犃２２和 犠犕犛４３的扩增结果
犉犻犵．１ 犈犾犲犮狋狉狅狆犺狅狉犲狊犻狊狅犳犪犿狆犾犻犳犻犲犱犫犪狀犱狊犫狔狆狉犻犿犲狉狊犈犆犌犃２２犪狀犱犠犕犛４３
泳道的样品分别是：１．ＧＪＬＹ；２．ＨＹＺＫ；３．ＧＪＣ；４．ＧＨＬ（１）；５．ＱＸＥ（Ｗ）；６．ＱＭ３；７．ＱＭＤＣ２；８．ＧＪＬＺ；９．ＱＨＨＭ；１０．ＱＭＤ（Ｗｌ）；１１．ＱＭＸ（Ｗ）；
１２．ＧＨＬ（２）；１３．ＨＹＺＨ；１４．ＧＪＭ；１５．ＨＹＬ；１６．ＱＭＤＰ；１７．ＧＨＣ；１８．ＨＧＹ（Ｋ）；１９．ＱＭＨＤ；２０．ＨＧＺ（１）Ｓａｍｐｌｅｓｉｎｌａｎｅｓｆｒｏｍ１ｔｏ２０ａｒｅＧＪＬＹ，
ＨＹＺＫ，ＧＪＣ，ＧＨＬ（１），ＱＸＥ（Ｗ），ＱＭ３，ＱＭＤＣ２，ＧＪＬＺ，ＱＨＨＭ，ＱＭＤ（Ｗｌ），ＱＭＸ（Ｗ），ＧＨＬ（２），ＨＹＺＨ，ＧＪＭ，ＨＹＬ，ＱＭＤＰ，ＧＨＣ，ＨＧＹ
（Ｋ），ＱＭＨＤａｎｄＨＧＺ（１），ｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ
表５ 不同披碱草种水平上的多样性指数
犜犪犫犾犲５ 犇犻狏犲狉狊犻狋狔犻狀犱犲狓犪狋犈犾狔犿狌狊狊狆犲犮犻犲狊犾犲狏犲犾
引物
Ｐｒｉｍｅｒｓ
垂穗披碱草
犈．狀狌狋犪狀狊
犎犲 犐
紫芒披碱草
犈．狆狌狉狆狌狉犪狉犻狊狋犪狋狌狊
犎犲 犐
短芒披碱草
犈．犫狉犲狏犻犪狉犻狊狋犪狋狌狊
犎犲 犐
老芒麦
犈．狊犻犫犻狉犻犮狌狊
犎犲 犐
圆柱披碱草
犈．犮狔犾犻狀犱狉犻犮狌狊
犎犲 犐
披碱草
犈．犱犪犺狌狉犻犮狌狊
犎犲 犐
青海披碱草
犈．犵犲犿犻狀犪狋狌狊
犎犲 犐
ＥＣＧＡ２２ ０．２６５４０．３８３７ ０．３４７２０．５０８５ ０．２６３９０．４１７５ ０．３８７８０．５５２９ ０．２２２２０．３１８３ ０．３３３３０．４７７４ ０．２５０００．３４６６
ＥＣＧＡ１３ ０．４４４４０．６３６５ ０．３１１１０．４８７８ ０．３４４４０．５２５０ ０．１９５９０．３２８１ ０ ０ ０ ０ ０ ０
ＥＣＧＡ１０１０．２９６３０．４２４３ ０．３８８９０．５７４５ ０．４２５９０．６１２３ ０．０８１６０．１３６７ ０．４４４４０．６３６５ ０．４４４４０．６３６５ ０ ０
ＥＡＧＡ５１ ０．３１６００．４８８８ ０．４３３３０．６２２０ ０．４２２２０．６１０６ ０．２７７６０．４４７７ ０．１７７８０．２５４６ ０．２６６６０．３８１９ ０．３００００．４１５９
ＥＣＧＡ４１ ０．２４６９０．３４３５ ０．３６１１０．５４３６ ０．２２２２０．３１８３ ０．３６７４０．５４６５ ０．４４４４０．６３６５ ０．２２２２０．３１８３ ０．２５０００．３４６６
ＥＣＧＡ１１４０．４４４４０．６３６５ ０．３３３３０．５１２６ ０．５００００．６９３１ ０．４６２６０．６５４７ ０．２９６３０．４２４３ ０．４４４４０．６３６５ ０．５００００．６９３１
所有披碱草引物Ｐｒｉｍｅｒｓｆｒｏｍ犈犾狔犿狌狊ｓｐｅｃｉｅｓ
０．３３２４０．４８３３ ０．３６１１０．５３７１ ０．３５２６０．５２２０ ０．３０１４０．４５２７ ０．２２２２０．３１８３ ０．２７３５０．３９１７ ０．２１１５０．２９３２
ＷＭＳ４７ ０．４４４４０．６３５１ ０．４３０６０．６１８３ ０．１８０６０．２７１８ ０．４４９００．６４０６ ０．２２２２０．３１８３ ０．３３３３０．４７７４ ０ ０
ＷＭＳ４４ ０．３４５７０．５２９７ ０．５００００．６９３１ ０．２７７８０．４５０６ ０．４０８２０．５９８３ ０ ０ ０．４４４４０．６３６５ ０．５００００．６９３１
ＷＭＳ１５９ ０．３７８６０．５５７４ ０．２９６３０．４２４３ ０．２９６３０．４２４３ ０．２９９３０．４２７１ ０．２９６３０．４２４３ ０．４４４４０．６３６５ ０ ０
ＷＭＳ１０６ ０ ０ ０ ０ ０．２７７８０．４５０６ ０．２４４９０．４１０１ ０．４４４４０．６３６５ ０．４４４４０．６３６５ ０ ０
所有小麦引物Ｐｒｉｍｅｒｓｆｒｏｍ犜．犪犲狊狋犻狏狌犿
０．１９７５０．３４８８ ０．４４４４０．６３６５ ０．１３８９０．２２５３ ０．２４４９０．４１０１ ０．２２２２０．３１８３ ０．４４４４０．６３６５ ０ ０
所有引物Ａｌｐｒｉｍｅｒｓ
０．３３２３０．４８６６ ０．３６１９０．５３１８ ０．３１３８０．４６７１ ０．３１５５０．４７１４ ０．２２８２０．３２６９ ０．３１２３０．４４７３ ０．１６２２０．２２４８
犎犲：基因多样性指数Ｎｅｉ’ｓ［１１］ｇｅｎｅｄｉｖｅｒｓｉｔｙ，犐：Ｓｈａｎｎｏｎ’ｓ指数Ｓｈａｎｎｏｎ’ｓｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｉｎｄｅｘ［１２］．
７１１第１７卷第６期 草业学报２００８年
表６ 披碱草属水平上的多样性指数和基因流
犜犪犫犾犲６ 犇犻狏犲狉狊犻狋狔犻狀犱犲狓犪狀犱犵犲狀犲犳犾狅狑犪狋犈犾狔犿狌狊犾犲狏犲犾
引物Ｐｒｉｍｅｒｓ 样本数Ｓａｍｐｌｅｎｕｍｂｅｒ 犺（犎狋） 犐 犎狊 犌狊狋 犖犿
ＥＣＧＡ２２ ４０ ０．３８４４ ０．５６２８ ０．２８９０ ０．２４７２ １．８８２８
ＥＣＧＡ１３ ４０ ０．２６８５ ０．４３９１ ０．２３２６ ０．１３３８ ３．３５４２
ＥＣＧＡ１０１ ４０ ０．３９４２ ０．５７５５ ０．２７８２ ０．２６１５ １．９２６９
ＥＡＧＡ５１ ４０ ０．４２８３ ０．６１６６ ０．３０６３ ０．２７１７ １．６１３０
ＥＣＧＡ４１ ４０ ０．３４００ ０．５０９１ ０．２６９９ ０．２５０８ １．８２３２
ＥＣＧＡ１１４ ４０ ０．４７７５ ０．６７０４ ０．３８６５ ０．１９１２ ２．１８７３
披碱草引物
Ｐｒｉｍｅｒｓｆｒｏｍ犈犾狔犿狌狊ｓｐｅｃｉｅｓ
４０ ０．３８２２ ０．５６２２ ０．２９３８ ０．２２６０ ２．１３１２
ＷＭＳ４３ ４０ ０．４６２８ ０．６５５４ ０．３３６９ ０．２７４８ １．５３３９
ＷＭＳ４７ ４０ ０．４９８８ ０．６９１９ ０．３２４２ ０．３５００ ０．９２８７
ＷＭＳ４４ ４０ ０．３７２９ ０．５５３６ ０．２８２０ ０．２８６８ １．６５５２
ＷＭＳ１５９ ４０ ０．１８００ ０．３２５１ ０．１５１２ ０．１６０１ ２．６２４０
ＷＭＳ１０６ ４０ ０．２６１２ ０．４２７０ ０．２０８６ ０．２００６ ２．１１５０
小麦引物Ｐｒｉｍｅｒｓｆｒｏｍ犜．犪犲狊狋犻狏狌犿 ４０ ０．３５５２ ０．５３０６ ０．２６０６ ０．２５４５ １．７７１４
所有引物Ａｌｐｒｉｍｅｒｓ ４０ ０．３８１２ ０．５６１９ ０．２８８８ ０．２４２６ １．５６１３
犐：Ｓｈａｎｎｏｎ’ｓ指数Ｓｈａｎｎｏｎ’ｓＩｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｉｎｄｅｘ［１２］，犎狋：总基因多样性Ｔｏｔａｌｇｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙ，犎狊：种内基因多样性Ｇｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙｗｉｔｈｉｎｓｐｅ
ｃｉｅｓ，犌狊狋：基因变异系数Ｃｏｅｆｆｉｃｉｅｎｔｏｆｇｅｎｅｔｉｃｖａｒｉａｔｉｏｎ，犖犿：基因流Ｇｅｎｅｆｌｏｗ［犖犿＝０．５（１－犌狊狋）／犌狊狋］．
用侧翼ＤＮＡ设计的引物序列来检测近缘种微卫星位点是可行的［６］。侧翼序列的内部起始位点的保守性是跨种
扩增成为可能的重要原因，许多植物种类侧翼序列存在保守性［２］，而且已经在实践上得以验证［１～５］。本研究中采
用的披碱草属植物微卫星引物是根据２个物种犬草［８］和阿拉斯加披碱草［９］的重复序列设计的，在披碱草属内的
其他植物也得到很好的应用［４，１３，１４］。不同属间ＳＳＲ引物的共享也得到了诸多验证［２，３，５］。本试验采用披碱草属
植物和小麦的微卫星序列在我国９种披碱草属植物进行了遗传学研究，６个（４３％）披碱草属和５个（６３％）小麦
ＳＳＲ引物得到成功扩增和较好遗传多样性分析结果，披碱草属ＳＳＲ引物的成功扩增率与孙建萍和袁庆华［１５］的
４７．４％接近。在利用小麦ＳＳＲ引物在披碱草属植物的遗传学研究方面，ＭａｃＲｉｔｃｈｉｅ和Ｓｕｎ［５］利用２５个大麦
（犎狅狉犱犲狌犿狏狌犾犵犪狉犲）和３个小麦引物在细茎披碱草（犈．狋狉犪犮犺狔犮犪狌犾狌狊）能够成功应用，其中１３个（５２％）大麦和２
个（６７％）小麦引物在细茎披碱草扩增出稳定、可靠的产物并用以多样性分析。因此，小麦引物在对披碱草属植物
的遗传学研究中有一定的适用性。
本试验中不同ＳＳＲ位点所检测到的等位变异数目不同，其等位基因数目的变化范围为１～８。不同披碱草在
某个位点的变异较小，说明ＳＳＲ序列在该位点上进化比较保守，此类ＳＳＲ对研究披碱草起源进化有一定意义。
遗传多样性指数是决定披碱草属植物种质资源利用和保护很重要的依据［１６］。对于等位变异比较大的位点，在揭
示不同披碱草多样性方面有很重要的研究价值。通过比较种内和种间的遗传多样性变异结构发现，多个引物具
有很好的一致性，大多数基因多样性存在种内，占总变异的７５．７４％。但来自于披碱草属植物的引物所检测等位
基因数目与测序开发引物时预期等位基因数目相差较小，遗传多样性指数较高和更接近研究材料的基因流，因此
亲缘关系更近的引物遗传分析的效率更高。从引物设计的遗传学基础方面分析，本研究采用的小麦引物反映的
是小麦Ａ、Ｂ、Ｄ基因组的ＤＮＡ分子标记，而披碱草属引物是基于构成披碱草属Ｓｔ、Ｈ、Ｙ基因组的遗传学背景而
设计的，因此更能与供试材料———披碱草属植物全基因组序列匹配而具有更强的遗传学价值。
３．２ ＳＳＲ引物在物种（品种）指纹分析上的应用
选择遗传多态性高的ＳＳＲ引物组成核心引物，可以快速、有效地对供试材料进行遗传差异分析。郭海林
等［１７］从４５对Ｘｇｗｍ系列ＳＳＲ引物中筛选出２对产物清晰、稳定的引物，建立了１１个结缕草（犣狅狔狊犻犪犼犪狆狅狀犻犮犪）
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优良品系的ＤＮＡ指纹图谱，并借鉴常规植物分类法，以品系的特征带为依据，从分子的角度将它们与生产上的
主栽品种‘马尼拉’、‘青岛结缕草’和‘兰引３号’结缕草区分开来。魏臻武［１８］认为，通过２～３个引物即可鉴别我
国主要苜蓿（犕犲犱犻犮犪犵狅狊犪狋犻狏犪）品种和引进品种，ＳＳＲ和ＩＳＳＲ指纹图谱可以更好地用于苜蓿品种鉴定和遗传多
样性分析。刘杰等［１９］利用ＳＳＲ标记在玉米（犣犲犪犿犪狔狊）自交系分析中，也筛选出了１０对核心引物，并认为不同
的试验材料中有着不同的核心引物，没有必要选择固定核心引物对供试材料进行分析，可选用前人研究中获得较
高遗传多态性的引物进行分析，从而减少引物选择的盲目性，提高试验效率。在本试验中，ＥＣＧＡ２２、ＥＣＧＡ１１４、
ＥＡＧＡ５１和 ＷＭＳ４３表达出更强的遗传信息，其中３对来自于披碱草属植物的引物，每个位点可检测到５个以上
等位变异，３个位点混合扩增就有１００个以上的组合，而且能检测到更多遗传变异和特异等位基因，能区分出不
同种的差异，相当于一种很好的指纹图谱技术。据此建议，在构建核心引物时应尽可能选择更接近供试材料的引
物进行核心种质的遗传分析。
３．３ 其他影响因素
在本试验中，得出披碱草属４３％和小麦ＳＳＲ引物６３％的扩增率，并没有得到预期的结果：披碱草属植物的
引物应该具有较高的成功扩增率。试验中发现，披碱草属植物的ＳＳＲ引物开发比较晚，应用范围相对窄，扩增体
系并不稳定，需要多次的重复和摸索。而相反，小麦的ＳＳＲ引物反应体系就比较成熟，在试验中就很稳定。上述
情况影响了参试引物扩增的成功率。因此，试验体系的成熟程度也是需要考虑的重要因素之一。亲缘关系是反
映物种本身的遗传关系，但地理来源也是影响分子标记，特别是基于重复序列设计的分子标记的扩增效率［２０］，因
此选择不同物种间的ＳＳＲ标记进行跨种间的扩增时，要兼顾二者对分子标记的扩增效率的影响。另外，国际上
普遍采用的是广义披碱草属概念，包括１５０多种植物，是禾本科最大的属。本试验中的材料是依据我国的分类系
统，即狭义的披碱草属概念，在我国仅包括１２个物种，而且国内学者从形态学标记、细胞学标记、生化标记和分子
标记等多个角度并不支持广义的披碱草属概念［２１］。不同的分类系统会缩小或放大不同地域分类群的亲缘关系，
地域和分类系统的不统一是值得思考的另外一个问题。
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ＹＡＮＸｕｅｂｉｎｇ１，ＷＡＮＧＫｕｎ２，ＺＨＯＵＨｅ２，ＷＡＮＧＣｈｅｎｇｚｈａｎｇ１，ＧＵＯＹｕｘｉａ１
（１．ＳｃｈｏｏｌｏｆＡｎｉｍａｌＳｃｉｅｎｃｅａｎｄＶｅｔｉｎａｒｙｏｆＨｅｎａｎＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｚｈｅｎｇｚｈｏｕ４５０００２，
Ｃｈｉｎａ；２．ＧｒａｓｓｌａｎｄＩｎｓｔｉｔｕｔｅｏｆＣｈｉｎａＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｂｅｉｊｉｎｇ１０００９４，Ｃｈｉｎａ）
犃犫狊狋狉犪犮狋：Ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｉｔｅｍａｒｋｅｒｓｆｒｏｍｒｅｌａｔｅｄｓｐｅｃｉｅｓａｒｅｃｏｍｍｏｎｌｙｕｓｅｄｉｎｐｌａｎｔｇｅｎｅｔｉｃｓ，ｂｕｔｍｕｃｈｕｎｐｒｅｄｉｃｔ
ａｂｉｌｉｔｙｅｘｉｓｔｓ．Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｓｏｕｒｃｅｓｏｆｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｉｔｅｍａｒｋｅｒｓｗｅｒｅａｍｐｌｉｆｉｅｄｉｎｎｉｎｅ犈犾狔犿狌狊ｓｐｅｃｉｅｓｉｎＣｈｉｎａ．Ｒｅ
ｓｕｌｔｓｉｎｄｉｃａｔｅｄｔｈａｔｓｉｘ犈犾狔犿狌狊ａｎｄｆｉｖｅ犜狉犻狋犻犮狌犿犪犲狊狋犻狏狌犿 ｍａｒｋｅｒｓｈａｄｓｔａｂｌｅＰＣＲａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎａｎｄｇａｖｅｂｅｔ
ｔｅｒｇｅｎｅｔｉｃａｎａｌｙｔｉｃａｌａｎａｌｙｓｉｓ．ＬｏｃｉＥＣＧＡ２２、ＥＣＧＡ１１４、ＥＡＧＡ５１ａｎｄＷＭＳ４３ｗｅｒｅｈｉｇｈｌｙｉｎｆｏｒｍａｔｉｖｅａｎｄ
ｈｅｌｐｆｕｌｉｎｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎｏｆｈｉｇｈｒｅｓｏｌｕｔｉｏｎｇｅｎｅｔｉｃｆｉｎｇｅｒｐｒｉｎｔｓｏｆ犈犾狔犿狌狊ｔａｘａｆｒｏｍＣｈｉｎａ．Ｔｈｅｒｅｗｅｒｅｆｅｗ
ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅｓｉｎａｌｅｌｅｎｕｍｂｅｒｓｂｅｔｗｅｅｎｔｈｉｓｒｅｓｅａｒｃｈａｎｄｔｈａｔｉｎｆｏｒｍｅｒｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎｓｕｓｉｎｇｈｉｇｈｅｒｇｅｎｅｔｉｃｉｎｄｅｘｅｓ
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ｍｏｒｅｅｆｆｉｃｉｅｎｔ．
犓犲狔狑狅狉犱狊：ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｉｔｅｍａｒｋｅｒ（ＳＳＲ）；犈犾狔犿狌狊；ｇｅｎｅｔｉｃｓ；ｕｎｉｖｅｒｓａｌｉｔｙ；ｅｆｆｉｃａｃｙ
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