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基于AFLP的燕麦遗传多样性研究



全 文 :书基于犃犉犔犘的燕麦遗传多样性研究
刘欢1,慕平2,赵桂琴1
(1.甘肃农业大学草业学院,甘肃 兰州730070;2.甘肃农业大学农学院,甘肃 兰州730070)
摘要:采用AFLP分子标记技术对来自中国、加拿大、澳大利亚和欧洲等国家的34个有代表性的饲用燕麦品种及8
个裸燕麦品种进行遗传多样性分析,从30对EcoRI/MseI引物组合中筛选出5对多态性和清晰度较高的引物组
合,共获得268条带,其中多态带185条,平均多态性检出率为69.0%,EAGG/MCTA的扩增效率最高达78.6%。
由Nei’s指数(h)估测,供试品种平均变异为0.1664,平均Shannon’s信息指数估计值为0.2206;42个燕麦品种
间遗传相似系数为0.4881~0.9880,遗传距离的变化范围是0.0120~0.7172。通过 AFLP数据构建燕麦的
UPGMA系统树,在遗传相似系数0.748水平,所有供试品种可聚为6类。皮燕麦与裸燕麦在遗传相似度0.59处
被明显分为2类,与形态学分类结果一致。由AFLP揭示的品种间遗传关系与品种实际来源基本一致,品种的遗
传距离与其地理分布关系密切。
关键词:燕麦;遗传多样性;AFLP;聚类分析
中图分类号:S543+.703.2;Q943  文献标识码:A  文章编号:10045759(2008)06012107
  燕麦(犃狏犲狀犪狊犪狋犻狏犪)是禾本科早熟禾亚科燕麦属植物,主要分布在欧洲、北美、澳大利亚、中国等国,是一种
粮草兼用作物。我国燕麦栽培历史悠久,研究主要侧重于燕麦栽培、引种、生产性能等方面[1~4],遗传多样性方面
的研究较少。遗传多样性是品种选育的基础,我国对燕麦遗传多样性研究主要借助形态和农艺性状、核型分析、
生化标记等方法[5~10],利用分子标记研究燕麦遗传多样性在国内尚未见报道。
扩增片断长度多态性(AFLP)以其多态性强、可靠性和重复性高,快速高效、DNA用量少等优点,被认为是
迄今为止最有效的分子标记技术之一[11]。目前,AFLP技术已广泛用于小麦(犜狉犻狋犻犮狌犿犪犲狊狋犻狏狌犿)、水稻(犗狉狔狕犪
狊犪狋犻狏犪)、玉米(犣犲犪犿犪狔狊)等多种农作物和蔬菜、林木、花卉以及动物、微生物的遗传育种、遗传多样性分析、物种
亲缘关系、种质鉴定及进化分类等方面的研究[12~14],并逐步渗透到草业科学领域[15,16]。本研究采用AFLP分子
标记技术对42份燕麦的基因组DNA进行了多态性扩增,建立了燕麦AFLP体系,旨在从分子水平探讨国内外
燕麦品种间的遗传距离与亲缘关系,也为我国燕麦资源的收集保存、分类鉴定与品种选育提供理论依据。
1 材料与方法
1.1 材料
试验材料选用来自中国、日本、加拿大、澳大利亚和欧洲等不同国家和地区的34个饲用燕麦及8个裸燕麦
(犃.狀狌犱犪)品种,具体来源见表1。
1.2 基因组DNA提取
用改良CTAB(cetyltriethylammoniumbromide)法提取植物总DNA[17]。
1.3 AFLP分析
DNATaq聚合酶,T4DNA连接酶,Mg2+,dNTPs均购自TaKaRa公司,AFLP引物及接头由上海生物工
程有限公司合成,接头为退火合成的双链Ead、Mad,选取13条引物分别为EcoRI+(A、AC、ACA、AGG、
AAC、AAG),MseI+(C、CAC、CTA、CTG、CAG、CTA、CTCG),交叉配比共30对引物组合进行预扩增与选择
性扩增。
第17卷 第6期
Vol.17,No.6
草 业 学 报
ACTAPRATACULTURAESINICA   
121-127
12/2008
 收稿日期:20071224;改回日期:20080414
基金项目:行业科研专项(nyhyzx0700906),草业生态系统教育部重点实验室(cygg200604)和甘肃省作物遗传改良与种质创新重点实验室
(20063)资助。
作者简介:刘欢(1982),女,山东招远人,硕士。
通讯作者。Email:zhaog07@yahoo.com
表1 试验材料及其来源
犜犪犫犾犲1 犕犪狋犲狉犻犪犾狊犪狀犱狊狅狌狉犮犲
代号Code 种类Species 拉丁名Latinname 品种Variety 来源Source
1 皮燕麦 犃.狊犪狋犻狏犪 巴燕3号Bayan3 青海Qinghai,China
2 皮燕麦 犃.狊犪狋犻狏犪 青引1号 Qingyin1 青海Qinghai,China
3 皮燕麦 犃.狊犪狋犻狏犪 青引2号Qingyin2 青海Qinghai,China
4 皮燕麦 犃.狊犪狋犻狏犪 黄燕麦 Yelowoat 甘肃Gansu,China
5 皮燕麦 犃.狊犪狋犻狏犪 甜燕麦Sweatoat 青海Qinghai,China
6 皮燕麦 犃.狊犪狋犻狏犪 485 陕西Shanxi,China
7 皮燕麦 犃.狊犪狋犻狏犪 冀引1号Jiyin1 河北 Hebei,China
8 皮燕麦 犃.狊犪狋犻狏犪 白燕7号Baiyan7 吉林Jilin,China
9 皮燕麦 犃.狊犪狋犻狏犪 57 蒙古 Mongolia
10 皮燕麦 犃.狊犪狋犻狏犪 49 乌克兰Ukraine
11 皮燕麦 犃.狊犪狋犻狏犪 474 俄罗斯Russia
12 皮燕麦 犃.狊犪狋犻狏犪 149 俄罗斯Russia
13 皮燕麦 犃.狊犪狋犻狏犪 28 俄罗斯Russia
14 皮燕麦 犃.狊犪狋犻狏犪 初岛Chudao 日本Japan
15 皮燕麦 犃.狊犪狋犻狏犪 444 丹麦Denmark
16 皮燕麦 犃.狊犪狋犻狏犪 53 欧洲Europe
17 皮燕麦 犃.狊犪狋犻狏犪 108 欧洲Europe
18 皮燕麦 犃.狊犪狋犻狏犪 353 英国England
19 皮燕麦 犃.狊犪狋犻狏犪 TCO 加拿大Canada
20 皮燕麦 犃.狊犪狋犻狏犪 Calibre 加拿大Canada
21 皮燕麦 犃.狊犪狋犻狏犪 CNC 加拿大Canada
22 皮燕麦 犃.狊犪狋犻狏犪 4607 加拿大Canada
23 皮燕麦 犃.狊犪狋犻狏犪 4628 加拿大Canada
24 皮燕麦 犃.狊犪狋犻狏犪 4632 加拿大Canada
25 皮燕麦 犃.狊犪狋犻狏犪 4617 加拿大Canada
26 皮燕麦 犃.狊犪狋犻狏犪 AC1 加拿大Canada
27 皮燕麦 犃.狊犪狋犻狏犪 AC2 加拿大Canada
28 皮燕麦 犃.狊犪狋犻狏犪 AC7 加拿大Canada
29 皮燕麦 犃.狊犪狋犻狏犪 AC5 加拿大Canada
30 皮燕麦 犃.狊犪狋犻狏犪 ACBaton 加拿大Canada
31 皮燕麦 犃.狊犪狋犻狏犪 Nova 加拿大Canada
32 皮燕麦 犃.狊犪狋犻狏犪 Rigdon 加拿大Canada
33 皮燕麦 犃.狊犪狋犻狏犪 Ronald 加拿大Canada
34 皮燕麦 犃.狊犪狋犻狏犪 Blackbutt 澳大利亚Australia
35 裸燕麦 犃.狀狌犱犪 Navan 加拿大Canada
36 裸燕麦 犃.狀狌犱犪 VOA24 加拿大Canada
37 裸燕麦 犃.狀狌犱犪 NZ35 新西兰NewZealand
38 裸燕麦 犃.狀狌犱犪 定莜1号Dingyou1 定西Dingxi,China
39 裸燕麦 犃.狀狌犱犪 定莜2号Dingyou2 定西Dingxi,China
40 裸燕麦 犃.狀狌犱犪 定莜6号Dingyou6 定西Dingxi,China
41 裸燕麦 犃.狀狌犱犪 坝莜1号Bayou1 河北 Hebei,China
42 裸燕麦 犃.狀狌犱犪 白燕2号Baiyan2 吉林Jilin,China
221 ACTAPRATACULTURAESINICA(Vol.17,No.6) 12/2008
1.3.1 基因组DNA的双酶切 选用2种限制性内切酶EcoRI/MseI,反应总体系20μL。水浴37℃7h、65℃4
h。酶切产物1%琼脂糖凝胶电泳检测在100~2000bp内为清晰的弥散带。
1.3.2 接头连接 单链人工接头稀释至50μmol/L,经退火合成双链,加1UT4DNA连接酶16℃连接过夜。
1.3.3 AFLP预扩增与选择性扩增反应 反应总体系20μL,其中1μL连接产物模板DNA,10μmol/LEcoRI、
MseI预扩引物各0.6μL,离心混匀进行PCR反应。稀释20倍后的预扩增产物5μL,50ng/μLEcoRI和 MseI
选扩引物各0.8μL,反应总体系20μL,进行TouchdownPCR反应。
1.3.4 扩增产物检测 6%变性聚丙烯酰胺凝胶40W 恒功率电泳。采用Brant银染法进行显色观察[18],胶版
干后扫描拍照并统计数据。
1.4 数据处理
AFLP是显性标记,同一对引物组合扩增产物中电泳迁移率一致的条带被认为具有同源性,按照相同移位上
有扩增带记为1,无带记为0的方法记录清晰电泳谱带,得到AFLP表型数据矩阵。用NTSYSpc2.1软件进行
数据处理,采用Nei[19]的方法计算遗传相似系数(geneticsimilarity)犌犛=2犖犻犼/(犖犻+犖犼),式中犖犻和犖犼 分别为
犻和犼两材料的总等位位点数,犖犻犼为犻和犼两材料的共有等位位点数。遗传距离(geneticdistance)犌犇=1-犌犛。
利用犌犇值按非加权成对群算术平均法(UPGMA)进行聚类分析,建立树状图。
2 结果与分析
2.1 燕麦AFLP引物对筛选
本试验预扩增反应采用EcoRI+A/MseI+C的引物组合,选择性扩增反应则从30对引物组合中筛选出5
对多态性和清晰度都较高的引物组合,扩增片段的长度为100~1500bp,共获得清晰可见带268条,其中多态带
185条,平均每对引物组合产生37条带,平均多态性检出率为69.0%(表2),可检测出变种间及变种内各品种间
的变异,且表明燕麦种质间存在丰富的遗传多样性。
表2 5对犃犉犔犘引物对42份燕麦基因组犇犖犃扩增结果
犜犪犫犾犲2 犚犲狊狌犾狋狅犳犃犉犔犘犳狉犪犵犿犲狀狋狊犪犿狆犾犻犳犻犲犱狑犻狋犺5狆狉犻犿犲狉狆犪犻狉狊
引物组合
Primercombination
多态带数
No.ofpolymorphicbands
总带数
TotalNo.offragments
多态带比率
Proportionofpolymorphicfragments(%)
EAGG/MCTA 66 84.0 78.6
EAAC/MCTA 40 63.0 63.5
EACA/MCTG 31 48.0 64.6
EACA/MCAC 28 37.0 75.7
EAGG/MCAG 20 36.0 55.6
平均数 Average 37 53.6 69.0
总数 Total 185 268.0
5对引物组合都为E+3/M+3组合形式,EAGG/MCTA的扩增效率最高达78.6%(图1),EAGG/M
CAG的扩增效率最低为55.6%,说明不同的引物组合对燕麦的扩增效果差别较大。平均多态带比率为69.0%,
此水平的多态性与大麦(犎狅狉犱犲狌犿狏狌犾犵犪狉犲)和水稻等其他自花授粉作物相一致,说明供试燕麦品种间有等位多
态性,这些多态性多来自外部种质的引进或育种亲本的选择。
通过各个引物组合产生的多态性条带,结合各条带的分子量,建立供试材料指纹图谱数据库,可以成功地应
用品种间的鉴别。在所有位点中,共有4条单一带,这些单一带可直接用于检测CNC、353、AC5及4632这4个
品种,通过这些带展示的纯合性,可以把这些品种从供试材料中快速准确地鉴别出来。
2.2 燕麦品种的聚类分析
Nei相似系数是用来比较群体或个体间相似程度的度量参数,对于品种而言,平均相似系数越高,说明相似
321第17卷第6期 草业学报2008年
程度越大,遗传背景一致性越强[19]。42个燕麦品种间遗传相似系数均在0.48以上,最高为0.9881(巴燕3号和
黄燕麦间),最低为0.4881(加拿大裸燕麦VOA24和俄罗斯皮燕麦474),遗传相似系数变幅较大,主要是由于
皮燕麦与裸燕麦之间差异较大。品种间的遗传距离变化范围为0.0120~0.7172。
按UPGMA方法进行聚类分析,建立聚类分支树状图(图2)。在遗传相似系数为0.59处,34个皮燕麦品种
与8个裸燕麦品种明显分为2类。供试品种以遗传相似系数0.748为分类界限,聚为6类:第Ⅰ类由10个品种
组成,且全部为亚洲地区种植的皮燕麦品种,其中日本品种初岛独自归为一亚类。巴燕3号,黄燕麦、甜燕麦为第
2亚类;青引1号、青引2号、57、冀引1号、485、白燕7号为第3亚类,分别来自我国青海、陕西、湖北、吉林四省以
及蒙古。第Ⅱ类由21个品种组成,又分为5个亚类,第1亚类包括乌克兰品种49、俄罗斯品种474、28和149;第
2亚类包括丹麦444,加拿大品种4607、4628、4632、4617,澳大利亚品种Blackbutt;第3亚类包括TCO、AC7、
ACBaton、Calibre、CNC、AC1、AC2,这7个品种均为加拿大品种;Rigdon单独归为第4亚类;欧洲53、108及英
国353归为第5亚类;第Ⅲ类仅有1个品种,即加拿大AC5;第Ⅳ类为加拿大品种 Nova;第Ⅴ类为加拿大品种
Ronald;以上五大类所有品种均为皮燕麦,而第Ⅵ类则包括全部裸燕麦品种。
聚类结果表明,皮燕麦与裸燕麦的遗传距离为0.420~0.722,在聚类树状图上分为两大类,进一步证实了当
今的燕麦分类系统中皮燕麦与裸燕麦分别为燕麦属的2个种的分类情况。34个皮燕麦品种所分的五大类可能
图1 引物犈犃犌犌/犕犆犜犃扩增的燕麦犃犉犔犘图谱(犘犃犌犈)
犉犻犵.1 犃犉犔犘狆狉狅犳犻犾犲狅犳犃狏犲狀犪狑犻狋犺狆狉犻犿犲狉犈犃犌犌/犕犆犜犃(犘犃犌犈)
1~15为皮燕麦样品,35~42为裸燕麦,品种名同表11~15:犃.狊犪狋犻狏犪samples;35~42:
犃.狀狌犱犪samples,nameshowedintable1;M:DNAmarkerC(BBI)
421 ACTAPRATACULTURAESINICA(Vol.17,No.6) 12/2008
图2 燕麦42个品种的遗传相似性犝犘犌犕犃聚类
犉犻犵.2 犝犘犌犕犃犮犾狌狊狋犲狉犪狀犪犾狔狊犻狊犫犪狊犲犱狅狀犖犲犻’狊犵犲狀犲狋犻犮犻犱犲狀狋犻狋犻犲狊犪犿狅狀犵42犃狏犲狀犪犮狌犾狋犻狏犪狉狊
分属六倍体燕麦(2狀=6狓=42)种群中具有AACCDD染色体组的不同种,或是同一种中由于地理位置造成的远
缘关系。第Ⅰ类中的巴燕3号与黄燕麦间的遗传相似度极高,为0.9881。究其原因,黄燕麦是巴燕3号的杂交
亲本之一。黄燕麦是甘肃、青海等地常年种植的一个地方品种,产量较低,将其与一个引进的高产品种杂交育成
了高产且适应性强的新品种———巴燕3号。我国的几个皮燕麦品种聚为第Ⅰ大类,这些品种遗传关系较近,遗传
资源基础狭窄,急需扩大种质多样性。加拿大AC5独自归为一大类,其粒色深棕,籽粒为长纺锤形,且有稃毛,
类似野燕麦。加拿大皮燕麦品种的遗传多样性明显高于我国燕麦品种,其中几个品种单独归为不同大类,证明其
遗传背景相对复杂,多样性水平较高。应试国内外裸燕麦品种遗传相似度为0.80~0.97,都表现为近缘关系,进
一步证实了裸燕麦的中心起源说。
本研究还利用Popgen32软件中的Shannon’s信息指数和Nei’s指数分别估计了群体的遗传变异。供试品
种平均变异为0.1664,平均Shannon’s信息指数估计值为0.2206。34个皮燕麦品种的平均变异为0.2224,平
均Shannon’s信息指数估计值为0.3539;8个裸燕麦品种的平均变异为0.0964,平均Shannon’s信息指数估计
值为0.1448。可见,皮燕麦的遗传多样性高于裸燕麦。
3 讨论
3.1 燕麦遗传多样性的检测
AFLP作为一种较新的分子标记方法,只要选择足够多且具有代表性的种、亚种、类型进行深入研究,在分析
亲缘关系、研究系统发育、种质资源利用等方面将发挥重要作用。加拿大对1886-2001年育成的96个燕麦品种
进行AFLP分析,10对AFLP引物共产生1892条带,其中442条为多态带[20]。多态性水平较低,品种间的遗传
关系很近,证明加拿大燕麦的遗传基础在逐渐缩小。本试验结果显示加拿大燕麦遗传多样性相对于我国尚处于
较高水平。Groh等[21]结合RFLP标记绘制了2个六倍体燕麦群体的AFLP连锁图,8个引物对分别产生了102
和121个AFLP标记,其中包含了32个连锁群,为燕麦的遗传变异研究提供了有力证据。
521第17卷第6期 草业学报2008年
AFLP标记多态性检测效率高的原因在于一次分析中能够检测到大量的多态位点,而不是因为每个位点具
有丰富的等位基因形式。周青平等[10]对10个燕麦品种酯酶同工酶分析结果表明共有16条带,7种表型,证明繁
殖品种与引进品种存在较大差异,但其位点数量偏少,与优良基因紧密连锁的位点有限,远不如AFLP标记;内
蒙古王茅雁和齐秀丽[22]利用RAPD标记对我国21份燕麦材料的遗传差异及类群划分进行了研究,22个多态性
引物共扩增出114条带,其中97条带具有多态性;本试验5对引物组合共获得268条带,其中多态带185条,平
均多态带比率为69.0%,检测到的AFLP标记的有效等位基因数与之相差不多,这可能是由于AFLP在扩增出
丰富的多态性带的同时也扩增出了大量的单态性带,使得其多态性带的百分率并没有明显提高。但平均每对引
物所产生的多态性带数(53.6条)明显高于前者(4.4条)。典型的AFLP反应产物经过变性聚丙烯酰胺凝胶电
泳检测到的谱带为50~100条,这是其他分子标记所不及的。
本研究所用AFLP分子标记可靠性高,如Jones等[23]采用相同材料和反应体系的RAPD、AFLP和SSR在
不同的实验室进行重复性验证,RAPD很难重复,AFLP仅有1条带不能重复,SSR的谱带都能重复,但其长度有
所变化。同其他分子标记比较,AFLP高效的扩增成百上千条可以重复的谱带,广泛应用于种质资源的遗传多样
性和亲缘关系的研究。在分子标记研究中,样品选择、各种标记的优缺点、遗传距离分析方法、采用的统计方法和
软件工具等也十分重要[24]。本试验采用AFLP技术和NTSYS数据分析软件,在分子水平上详细研究了供试燕
麦的遗传多样性和亲缘关系,为分子标记技术在燕麦研究上的应用奠定了基础。
3.2 燕麦遗传多样性与其地理来源的关系
试验选取来自中国、日本、加拿大、澳大利亚、欧洲、乌克兰、英国等不同国家和地区的燕麦品种,这些品种基
于AFLP水平的聚类结果与品种的地域来源表现出较强的相关性,遗传距离与地理分布关系密切,相邻国家的
燕麦品种间遗传距离较小,而距离远的国家燕麦品种间遗传距离大。来自中国、蒙古、日本的品种都在第Ⅰ大类
中;乌克兰、俄罗斯品种在第Ⅱ大类的同一亚类中;丹麦、加拿大、澳大利亚品种在同一亚类;欧洲、英国品种也归
为同一亚类。而来自同一国家的品种间遗传差异并不明显,以加拿大品种的遗传多样性指数最高,欧洲及中国品
种的遗传多样性指数都较低,我国供试的8个皮燕麦品种遗传相似系数极高,为0.9881~0.7976,证明国内品
种间差异小。这一结果与吴霞等[25]的研究结果相似,即地理位置近的具有首先聚在一类的趋势,但王鸣刚等[26]
认为样品间遗传差异与形态、地理来源差异没有必然的联系。
供试的8个裸燕麦品种,遗传相似系数为0.8095~0.9762。加拿大2个裸燕麦品种遗传相似度为0.9524,
与其他中国品种遗传相似度平均保持在0.87;新西兰品种与加拿大品种遗传相似度保持在0.91,与中国品种遗
传相似度也极高,平均在0.85以上,并与白燕2号聚为一类。我国被认为是裸燕麦的起源中心,裸燕麦资源丰
富。我国5个裸燕麦品种遗传相似系数为0.8690~0.9762,甘肃、青海品种相似度极高,定西、河北品种遗传距
离也较近。吉林品种与其余4省遗传距离相对较远,因为吉林的裸燕麦大多来源于加拿大。
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犌犲狀犲狋犻犮犱犻狏犲狉狊犻狋狔犻狀犃狏犲狀犪犫犪狊犲犱狅狀犃犉犔犘犪狀犪犾狔狊犻狊
LIUHuan1,MUPing2,ZHAOGuiqin1
(1.ColegeofGrasslandScience,GansuAgriculturalUniversity,Lanzhou730070,China;2.Colegeof
Agronomy,GansuAgriculturalUniversity,Lanzhou730070,China)
犃犫狊狋狉犪犮狋:Geneticdiversityof34犃狏犲狀犪狊犪狋犻狏犪varietiesand8犃.狀狌犱犪varietiesfromChina,Canada,Austral
ia,Europeandothercountrieswasstudiedusingamplifiedfragmentlengthpolymorphism(AFLP).Fiveprim
erpairswithhigherpolymorphicwereselectedfrom30EcoRI/MseIprimers,268AFLPmarkersweregenera
tedand185werepolymorphic(69.0%).Thehighestpolymorphicratewas78.6% withprimerEAGG/M
CTA.InNei’sindexcalculation,theaveragevariationcoefficientwas0.1664andShannondiversityindexwas
0.2206.AlcultivarsPairwisesimilaritycoefficientvariedfrom0.4881to0.9880,with0.0120-0.7172ge
neticdistance.ThefingerprintingdatawerefurtheranalyzedusingUPGMAmethodswhichclusteredthe42
varietiesintosixmaindistinctgroupsat0.748geneticsimilaritycoefficients.犃.狊犪狋犻狏犪and犃.狀狌犱犪weredi
videdintotwogroupsat0.59,whichwasinaccordancewithtraditionalclassification.Thegeneticrelationship
revealedbyAFLPwasconsistentwithoriginalsources;geneticdistancewascloselyassociatedwithgeograph
icaldistributions.
犓犲狔狑狅狉犱狊:犃狏犲狀犪;geneticdiversity;AFLP;clusteringanalysis
721第17卷第6期 草业学报2008年