全 文 ：书犇犗犐：１０．１１６８６／犮狔狓犫２０１５０５１８ 犺狋狋狆：／／犮狔狓犫．犾狕狌．犲犱狌．犮狀
梁小玉，季杨，白史且，黄琳凯，张新全．基于ＳＲＡＰ分子标记构建的菊苣遗传连锁图谱．草业学报，２０１５，２４（５）：１５３１５８．
ＬｉａｎｇＸＹ，ＪｉＹ，ＢａｉＳＱ，ＨｕａｎｇＬＫ，ＺｈａｎｇＸＱ．Ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎｏｆａｇｅｎｅｔｉｃｍａｐｆｏｒｃｈｉｃｏｒｙｕｓｉｎｇｓｅｑｕｅｎｃｅｒｅｌａｔｅｄａｍｐｌｉｆｉｅｄｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｍａｒｋ
ｅｒｓ．ＡｃｔａＰｒａｔａｃｕｌｔｕｒａｅＳｉｎｉｃａ，２０１５，２４（５）：１５３１５８．
基于犛犚犃犘分子标记构建的菊苣遗传连锁图谱
梁小玉１，季杨１，白史且２，黄琳凯３，张新全３
（１．四川省畜牧科学研究院，四川 成都６１００６６；２．四川省草原科学研究院，四川 成都６１１７３１；３．四川农业大学，四川 雅安６２５０１４）
摘要：基于ＳＲＡＰ标记，以遗传关系和表型差异大的菊苣亲本ＰＩ６５１９４７和ＰＩ６５２００７杂交获得的８４个Ｆ１ 单株为
作图群体，进行连锁图谱的构建。采用 ＭａｐＭａｎａｇｅｒＱＴＸｂ２０软件进行连锁分析，分别构建了ＰＩ６５１９４７和ＰＩ
６５２００７的分子连锁框架图，共获得７７个ＳＲＡＰ标记，其中父本遗传图谱涉及４个连锁群，包含１９个标记，图谱总
长为４５０．９ｃＭ，标记间平均图距为２３．７ｃＭ。母本遗传图谱涉及１３个连锁群，包含５８个标记，图谱总长为１４０４．８
ｃＭ，标记间平均图距为２４．２ｃＭ。研究结果可为菊苣重要农艺性状ＱＴＬ定位奠定基础，为菊苣分子育种研究提供
了基础信息。
关键词：菊苣；遗传连锁图谱；ＳＲＡＰ分子标记　　
犆狅狀狊狋狉狌犮狋犻狅狀狅犳犪犵犲狀犲狋犻犮犿犪狆犳狅狉犮犺犻犮狅狉狔狌狊犻狀犵狊犲狇狌犲狀犮犲狉犲犾犪狋犲犱犪犿狆犾犻犳犻犲犱狆狅犾狔犿狅狉狆犺犻狊犿
犿犪狉犽犲狉狊
ＬＩＡＮＧＸｉａｏＹｕ１，ＪＩＹａｎｇ１，ＢＡＩＳｈｉＱｉｅ２，ＨＵＡＮＧＬｉｎＫａｉ３，ＺＨＡＮＧＸｉｎＱｕａｎ３
１．犛犻犮犺狌犪狀犃犮犪犱犲犿狔狅犳犃狀犻犿犪犾犛犮犻犲狀犮犲狊，犆犺犲狀犵犱狌６１００６６，犆犺犻狀犪；２．犛犻犮犺狌犪狀犃犮犪犱犲犿狔狅犳犌狉犪狊狊犾犪狀犱犛犮犻犲狀犮犲狊，犆犺犲狀犵犱狌６１１７３１，
犆犺犻狀犪；３．犇犲狆犪狉狋犿犲狀狋狅犳犌狉犪狊狊犾犪狀犱犛犮犻犲狀犮犲狊，犛犻犮犺狌犪狀犃犵狉犻犮狌犾狋狌狉犪犾犝狀犻狏犲狉狊犻狋狔，犢犪犪狀６２５０１４，犆犺犻狀犪
犃犫狊狋狉犪犮狋：Ｓｅｑｕｅｎｃｅｒｅｌａｔｅｄａｍｐｌｉｆｉｅｄｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ （ＳＲＡＰ）ｍａｒｋｅｒｓｗｅｒｅｕｓｅｄｔｏｃｏｎｓｔｒｕｃｔａｄｒａｆｔｌｉｎｋａｇｅ
ｍａｐｕｓｉｎｇａｎＦ１ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ（８４ｉｎｄｉｖｉｄｕａｌｐｌａｎｔｓ）ｄｅｒｉｖｅｄｆｒｏｍａｃｒｏｓｓｂｅｔｗｅｅｎＰＩ６５１９４７ａｎｄＰＩ６５２００７；ｔｈｅｓｅ
ｌｉｎｅｓｐｏｓｓｅｓｓｄｉｆｆｅｒｅｎｔａｇｒｏｎｏｍｉｃｔｒａｉｔｓａｎｄＤＡＮｌｅｖｅｌｓ．ＤｒａｆｔｌｉｎｋａｇｅｍａｐｓｏｆＰＩ６５１９４７ａｎｄＰＩ６５２００７ｗｅｒｅ
ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｅｄｕｓｉｎｇＭａｐＭａｎａｇｅｒＱＴＸｂ２０ｓｏｆｔｗａｒｅ．７７ｍａｒｋｅｒｓｗｅｒｅｕｓｅｄｔｏｃｏｎｓｔｒｕｃｔｐａｒｅｎｔａｌｌｉｎｋａｇｅｍａｐｓ．
Ｔｈｅｍａｌｅｍａｐｉｎｃｌｕｄｅｄ４ｌｉｎｋａｇｅｇｒｏｕｐｓｗｉｔｈ１９ｍｏｌｅｃｕｌａｒｍａｒｋｅｒｓｃｏｖｅｒｉｎｇａｔｏｔａｌｌｅｎｇｔｈｏｆ４５０．９ｃｅｎｔｉｍｏｒ
ｇａｎｓ（ｃＭ）．Ｔｈｅａｖｅｒａｇｅｇｅｎｅｔｉｃｄｉｓｔａｎｃｅｂｅｔｗｅｅｎｍａｒｋｅｒｓｗａｓ２３．７ｃＭ．Ｔｈｅｆｅｍａｌｅｍａｐｉｎｃｌｕｄｅｄ１３ｌｉｎｋａｇｅ
ｇｒｏｕｐｓｗｉｔｈ５８ｍｏｌｅｃｕｌａｒｍａｒｋｅｒｓａｎｄｃｏｖｅｒｅｄａｔｏｔａｌｌｅｎｇｔｈｏｆ１４０４．８ｃＭ．Ｔｈｅａｖｅｒａｇｅｇｅｎｅｔｉｃｄｉｓｔａｎｃｅｂｅ
ｔｗｅｅｎｍａｒｋｅｒｓｗａｓ２４．２ｃＭ．Ｔｈｉｓｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｅｓｔａｂｌｉｓｈｅｄａｆｏｕｎｄａｔｉｏｎｆｏｒｅｘｔｅｎｄｉｎｇｇｅｎｅｔｉｃｍａｐｐｉｎｇｉｎｃｈｉｃｏ
ｒｙａｎｄｗｉｌｓｅｒｖｅａｓａｆｒａｍｅｗｏｒｋｆｏｒｍａｐｐｉｎｇＱＴＬｓａｎｄｐｒｏｖｉｄｅｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｒｅｑｕｉｒｅｄｆｏｒｆｕｒｔｈｅｒｍｏｌｅｃｕｌａｒｓｔｕｄｉｅｓ．
犓犲狔狑狅狉犱狊：ｃｈｉｃｏｒｙ（犆犻犮犺狅狉犻狌犿犻狀狋狔犫狌狊）；ｇｅｎｅｔｉｃｌｉｎｋａｇｅｍａｐ；ＳＲＡＰｍａｒｋｅｒｓ
菊苣（犆犻犮犺狅狉犻狌犿犻狀狋狔犫狌狊）为菊科（Ａｓｔｅｒａｃｅａｅ）温带多年生草本植物，在食品、医药、畜牧业及化工等多个领域
发挥重要的作用，是当今世界最具发展潜力的经济植物之一［１］。菊苣是自然界中菊粉含量最高的植物，而菊粉是
目前国际食品界受到高度重视的集医疗、保健于一体的优秀的功能性食品基料［２３］。菊苣不仅富含菊粉，而且具
有高产、优质、高抗、适应性范围广等优点，在美国、新西兰等畜牧业发达国家是非常重要的优质牧草。因此，提高
第２４卷　第５期
Ｖｏｌ．２４，Ｎｏ．５
草　业　学　报
ＡＣＴＡＰＲＡＴＡＣＵＬＴＵＲＡＥＳＩＮＩＣＡ
２０１５年５月
Ｍａｙ，２０１５
收稿日期：２０１４０５２１；改回日期：２０１４０６３０
基金项目：四川省畜牧科学研究院基本科研业务费专项资金（ＳＡＳＡ２０１４Ａ０２）和国家科技支撑计划项目（２０１１ＢＡＤ１７Ｂ０３）资助。
作者简介：梁小玉（１９７６），女，四川合江人，副研究员，博士。Ｅｍａｉｌ：ｌｉａｎｇｘｉａｏｙｕｃａｏ＠１６３．ｃｏｍ
通讯作者Ｃｏｒｒｅｓｐｏｎｄｉｎｇａｕｔｈｏｒ．Ｅｍａｉｌ：ｚｈａｎｇｘｑ＠ｓｉｃａｕ．ｅｄｕ．ｃｎ
菊苣产量和菊粉含量是当前菊苣研究和育种的首要目标。菊苣产量和菊粉含量均是受多基因控制的复杂的经济
数量性状，遗传基础复杂，容易受遗传背景和环境因子的共同影响。传统遗传改良方法进展较慢，效率低，分子技
术则是一种快速有效的改良数量性状的遗传改良方法。菊苣分子遗传图谱的构建将有助于重要的农艺性状基因
的定位和克隆［４］，从而大幅度提高菊苣的育种水平和育种效率，为优良新品种选育奠定基础。
国外学者对菊苣遗传图谱构建及ＱＴＬ定位进行了研究，迄今为止，已公布的菊苣图谱仅有４张，而国内尚
未开展这方面的研究。１９９７年 Ｍａｔｔｅｏ等［５］采用单假测交方法，总计３７１个标记（包括１６个 ＲＡＰＤ、２８３个
ＡＦＬＰ和７２个ＳＡＭＰＬ）构建了第１张菊苣分子遗传连锁图。研究者采用菊苣和苦苣（犆犻犮犺狅狉犻狌犿犲狀犱犻狏犻犪）种间
杂交的杂合材料和苦苣种自交产生的纯合材料为亲本，构建了４６个单株的Ｆ１ 群体，最后获得了１３个连锁群，图
谱总长１３３０ｃＭ。２０１０年，Ｃａｓｓａｎ等［６］选择营养生长期对Ｎ肥敏感差异很大的两个食用型菊苣为亲本构建了
３０２个重组自交系群体，采用两种标记绘制其遗传连锁图谱，最终上图标记包括９个ＳＳＲ和７３个ＲＡＰＤ，标记位
点间平均图距为１３．５ｃＭ，并进行ＱＴＬ定位分析。结果显示，控制Ｎ转化的基因对菊苣黄化芽球产量和品质的
性状影响是截然相反的，与产量呈正相关而品质反之。认为通过分子标记辅助选择育种对农艺性状和生理性状
ＱＴＬｓ基因分析，可以帮助选择适宜施Ｎ量获得优质的菊苣黄化芽球。同年，Ｃａｄａｌｅｎ等［７］选择２个工业菊苣和
１个食用型菊苣为亲本，基于ＳＳＲ和ＳＴＳ总计７３４个标记分别构建了３个群体的３张遗传连锁图。利用检测到
的１９３个“桥标记”构建了９个同源连锁群，涉及４７２个标记，覆盖图距为８７８ｃＭ。２０１３年，Ｇｏｎｔｈｉｅｒ等［８］采用工
业用菊苣品种处理后获得的雄性不育的Ｋ２８和花粉可育的Ｋ５９两份材料为亲本构建了３８９个单株的Ｆ１ 群体，
基于１３个与雄性不育位点相关，６个与自交不亲和位点相关的 ＡＦＬＰ标记转化的８个ＳＣＡＲ标记及２５６对
ＡＦＬＰ引物构建了高密度的菊苣遗传连锁图谱。研究结果显示，包含ＮＭＳ１ｌｏｃｕｓ和Ｓｌｏｃｕｓ的染色体区域的图
距都局限于０．８ｃＭ范围内。现有研究表明，菊苣遗传图谱构建及ＱＴＬ定位研究较少，遗传研究相对滞后，而且
主要是集中在以菊苣种和苦苣种为亲本的食用型和工业型菊苣图谱构建，以饲用型菊苣为亲本的菊苣图谱尚未
见报道，也未见基于ＳＲＡＰ标记的菊苣遗传图谱构建的报道。由于已构建的菊苣图谱较少，而且构建图谱的亲
本来源不同，涉及种间和种内的杂交材料，很难将现有的图谱信息进行整合分析和利用，在一定程度上限制了菊
苣分子生物学研究的进程，制约了菊苣育种水平的提高。而ＳＲＡＰ是针对外显子区域进行扩增的一种新型标
记，与ＲＦＬＰ、ＳＳＲ、ＲＡＰＤ以及ＡＦＬＰ标记相比，操作更简单、成本低廉、稳定性好、遗传多态性高，可直接切胶回
收用于测序，便于克隆目标片段，目前已经被成功应用于多种植物的图谱构建［４，９１５］。
本研究以饲用型菊苣种的栽培材料和野生材料为作图亲本，采用“双假测交”方法，利用ＳＲＡＰ标记构建菊
苣遗传图谱，为饲用菊苣产量及其相关重要农艺性状ＱＴＬ定位、菊苣杂种优势机理等研究搭建一个良好的平
台，同时也为菊苣及其近缘种比较分析奠定一定基础。
１　材料与方法
１．１　Ｆ１ 作图群体的构建
菊苣材料由美国国家基因库提供，选择来源和农艺性状差异很大的两份材料为作图亲本，母本ＰＩ６５１９４７为
源自北荷兰的晚熟、饲用型栽培材料，直立株型、植株高大、叶片宽大、叶缘为全缘或者浅裂；父本ＰＩ６５２００７为源
自波兰彼得哥什的晚熟野生材料，莲座期匍匐株型、植株低矮、叶片窄、叶缘为深裂［１６］（图１）。２０１０年进行人工
杂交，杂交前分别针对父、母本，选择健壮、饱满即将张开并已露色的花序除去周围的小花序后套袋。观察到父本
花序有大量花粉时开始杂交，直接从父本单株上剪下花序，然后轻轻把花粉抖落在母本花序上，授完粉之后，即刻
套上杂交袋，并且挂上标签纸牌，注明杂交组合和授粉时间。母本植株杂交种子呈褐色时开始收获成熟种子。当
年将杂交种子在温室大棚中利用育苗盘穴播育苗，９周后将Ｆ１ 群体移栽到试验基地中。提取单株ＤＮＡ用于分
子标记杂交后代鉴定，真杂种用于Ｆ１ 作图群体构建。
１．２　基因组ＤＮＡ的提取及纯度检测
２０１１年３月，选取菊苣Ｆ１ 代杂种及亲本材料单株健康幼嫩叶片采用ＣＴＡＢ方法提取基因组ＤＮＡ［９］。利用
０．８％琼脂糖凝胶电泳和紫外分光光度计检测ＤＮＡ浓度和纯度，合格的ＤＮＡ稀释成１０ｎｇ／μＬ后在－２０℃冰箱
内保存备用。
４５１ 草　业　学　报 第２４卷
图１　父本犘犐６５２００７和母本犘犐６５１９４７植株
犉犻犵．１　犜犺犲狆犾犪狀狋犿犪犾犲狆犪狉犲狀狋犪犾犘犐６５２００７犪狀犱犳犲犿犪犾犲狆犪狉犲狀狋犪犾犘犐６５１９４７狅犳狆犪狉犲狀狋狊
　
１．３　ＳＲＡＰ－ＰＣＲ反应体系及扩增程序
参照Ｌｉ和Ｑｕｉｒｏｓ［９］，Ｍｉｓｈｒａ和Ｎｉｓｈａｎｉ［１７］及Ｇｕｏ和Ｌｕｏ［１８］发表的引物分别设计了ＳＲＡＰ标记的２０条上游
和下游引物，由北京六合华大基因科技股份有限公司合成。ＰＣＲ反应体系为１５μＬ，包括１μＬＤＮＡ，０．３μＬ
（２．５Ｕ／μＬ）ＴａｑＤＮＡ酶，０．８μＬ１０ｍｍｏｌ／Ｌ上游引物，０．８μＬ１０ｍｍｏｌ／Ｌ下游引物，２μＬ１０×ＰＣＲｂｕｆｆｅｒ，２
μＬ２５ｍｍｏｌ／ＬＭｇ
２＋，２．４μＬ２．５ｍｍｏｌ／ＬｄＮＴＰｓ，５．７μＬ无菌水。ＰＣＲ反应程序参考Ｌｉ和Ｑｕｉｒｏｓ
［９］的方法进
行优化，具体如下：９４℃预变性４ｍｉｎ；９４℃变性１ｍｉｎ，３５℃退火１ｍｉｎ，７２℃延伸１ｍｉｎ，共５个循环；９４℃变性１
ｍｉｎ，５０℃退火１ｍｉｎ，７２℃延伸１ｍｉｎ，共３５个循环；７２℃延伸１０ｍｉｎ，４℃保存。ＰＣＲ扩增产物在６．０％聚丙烯
酰胺凝胶中电泳，点样６μＬ，电泳缓冲液为１×ＴＢＥ，稳压４００Ｖ，时间为２．０ｈ。电泳完成后银染，最后用数码相
机拍照保存。
１．４　数据分析及遗传图谱构建
采用“双假侧交”（ｔｗｏｗａｙｐｓｅｕｄｏｔｅｓｔｃｒｏｓｓ）策略，按照显性标记统计方法人工统计双亲中存在多态性以及
在子代中发生分离的条带。有带记为“１”，无带记为“０”，缺失或者无法判断的记为“－”。根据孟德尔分离规律，
对Ｆ１ 群体所有条带进行卡方检验，符合１∶１分离比率的标记用于遗传图谱的构建，显著水平为０．０５。采用
ＭａｐＭａｎａｇｅｒＱＴＸｂ２０软件进行连锁遗传分析，分别构建父本和母本的遗传连锁图谱。构图概率值设为０．００１
（ＬＯＤ＝３），采用 Ｋｏｓａｍｂｉ函数［１９］将重组率转换为图距（ｃＭ），最后用 ＭａｐＤｒａｗＶ２．１软件绘制遗传连锁图谱。
２　结果与分析
２．１　菊苣杂种鉴定
从ＳＲＡＰ引物中随机选取了４０对引物对４个Ｆ１ 子代及其亲本的多态性进行扩增，筛选出带型清晰、稳定性
好的１１对引物作为检测菊苣杂交种纯度的特异引物，分别为：Ｅ１７Ｍ１２，Ｅ６Ｍ１２，Ｅ８Ｍ１５，Ｅ１０Ｍ１５，Ｅ８Ｍ１６，
Ｅ６Ｍ１７，Ｅ６Ｍ１８，Ｅ４Ｍ１９，Ｅ３Ｍ２０，Ｅ７Ｍ２０，Ｅ９Ｍ２０。筛选出的引物在Ｆ１ 与其亲本之间均呈多态性。对８９个杂种
的扩增图谱进行分析，８４个Ｆ１ 植株均具有双亲特征带，鉴定为真杂种，５个只有母本特征带则鉴定为假杂种。结
果表明，菊苣自交率很小，为５．６２％。其中，引物对Ｅ１０Ｍ１５鉴定效率最高，一次性能鉴定出６９粒真杂种，达到
真杂种比例的８２．１４％，Ｅ１７Ｍ１２鉴定效率最差，一次性只鉴定出２８粒真杂种，仅占真杂种比例的３３．３３％。
２．２　引物筛选
用４００对ＳＲＡＰ引物组合对双亲进行多态性筛选，共有３８４对引物能扩增出清晰、明亮条带，再分别对亲本
及８９株Ｆ１代个体筛选，根据后代的分离情况，选出了扩增稳定、能够用于图谱构建的ＳＲＡＰ引物１４３对，引物入
选率为３５．７５％（图２为引物Ｅ３Ｍ３对部分群体的标记分离情况）。
２．３　标记的多态性和偏分离分析
１４３对多态性引物在亲本和Ｆ１ 群体间共扩增出５３５条多态性条带，主要分布在９０～５００ｂｐ之间。平均每个
５５１第５期 梁小玉　等：基于ＳＲＡＰ分子标记构建的菊苣遗传连锁图谱
组合产生３．７４个标记，最多达１０个。经卡方（χ
２）测验（犘＝０．０５），５３５个标记中，偏离孟德尔分离规律的标记有
１２１个，占２２．６％，符合１∶１的标记有２１６个，符合３∶１的标记有１９８个。利用１∶１的标记作图，共有５６对引
物的７８个标记位点用于遗传图谱构建，其中５９个标记来自母本ＰＩ６５１９４７，１９个标记来自父本ＰＩ６５２００７。
图２　犛犚犃犘（犈３犕３）标记在部分犉１ 群体的分离
犉犻犵．２　犛犲犵狉犲犵犪狋犻狅狀狅犳犛犚犃犘（犈３犕３）犿犪狉犽犲狉犻狀狋犺犲狆犪狉狋犻犪犾犉１狆狅狆狌犾犪狋犻狅狀
Ａ：ＰＩ６５１９４７；Ｂ：ＰＩ６５２００７；Ｍ：标记 Ｍａｒｋｅｒ；其他Ｏｔｈｅｒｓ：Ｆ１个体Ｆ１ｉｎｄｉｖｉｄｕａｌｓ．
２．４　遗传图谱构建
利用 Ｍａｐ ＭａｎａｇｅｒＱＴＸｂ２０ 软件对 ２１６ 个
ＳＲＡＰ多态性标记进行连锁遗传分析（表１）。共有７７
个标记进入连锁群，最终得到２张包含１７个连锁群的
菊苣分子遗传图谱（图３和４）。其中，父本的遗传图
谱包含４个连锁群（图３），涉及１９个ＳＲＡＰ标记位
点，该图谱总长４５０．９ｃＭ，标记间平均图距为２３．７
ｃＭ，每个连锁群长度位于２２．１～１２９．４ｃＭ范围内，标
记数介于２～８个；母本的遗传图谱包含１３个连锁群
（图４），涉及５８个ＳＲＡＰ标记位点，该图谱基因组总
长度１４０４．８ｃＭ，每个连锁群的长度位于２２．９～
４８０．４ｃＭ范围内，长度最长的连锁群ＬＧ１为４８０．４
ｃＭ，有１７个位点。每个连锁群的标记位点数２～１７
个，每个标记位点间平均图距为２４．２ｃＭ。
表１　用于连锁分析的位点及连锁分析结果
犜犪犫犾犲１　犔狅犮犻狌狊犲犱犳狅狉犾犻狀犽犪犵犲犪狀犪犾狔狊犻狊
犪狀犱狋犺犲犻狉狉犲狊狌犾狋狊
参数
Ｐａｒａｍｅｔｅｒｓ
父本
Ｍａｌｅｐａｒｅｎｔ
（ＰＩ６５２００７）
母本
Ｆｅｍａｌｅｐａｒｅｎｔ
（ＰＩ６５１９４７）
上图标记数 Ｍａｐｐｅｄｍａｒｋｅｒｓ（Ｎｏ．） １９ ５８
连锁群Ｌｉｎｇｋａｇｅｇｒｏｕｐｓ ４ １３
总图距Ｔｏｔａｌｌｅｎｇｔｈ（ｃＭ） ４５０．９ １４０４．８
密度Ｄｅｎｓｉｔｙ（ｃＭ） ２３．７ ２４．２
未连锁标记数 Ｕｎｌｉｎｋｅｄｍａｒｋｅｒｓ（Ｎｏ．） ７４ ６５
获得总标记数Ｓｃｏｒｅｄｍａｒｋｅｒｓ（Ｎｏ．） ９３ １２３
图３　基于犛犚犃犘标记构建的菊苣父本（犘犐６５２００７）遗传连锁图谱
犉犻犵．３　犘犐６５２００７犵犲狀犲狋犻犮犾犻狀犽犪犵犲犿犪狆狅犳犮犺犻犮狅狉狔犫犪狊犲犱狅狀犛犚犃犘犿犪狉犽犲狉狊
６５１ 草　业　学　报 第２４卷
图４　基于犛犚犃犘标记构建的菊苣母本（犘犐６５１９４７）遗传连锁图谱
犉犻犵．４　犘犐６５１９４７犵犲狀犲狋犻犮犾犻狀犽犪犵犲犿犪狆狅犳犮犺犻犮狅狉狔犫犪狊犲犱狅狀犛犚犃犘犿犪狉犽犲狉狊
　
３　讨论
本研究采用ＳＲＡＰ标记构建菊苣遗传连锁图谱，结果表明，ＳＲＡＰ标记操作简单、经济成本低、扩增谱带清
晰，多态性好，对于构建高密度菊苣遗传连锁图谱是有效的。
遗传作图群体的类型与群体大小直接关系到遗传图谱的精度和应用范围。菊苣是一个自然杂交的二倍体物
种，存在严重自交不亲和、花粉竞争和雄性先熟等防止自花受粉的冗余系统，具有高度杂合性，许多基因位点在
Ｆ１ 代即发生分离，较难获得纯系，利用高世代群体构建遗传图谱很难［２０］。从目前已经公布的４个二倍体菊苣分
子遗传图谱看，群体样本数在４０～４００以内，种间或种内杂交所产生的Ｆ１ 代群体就会有高频率的分离位点，作图
群体主要是Ｆ１ 杂交群体。理论上本研究中选择的亲本为亲缘关系远且多态性高的材料，获得了８４个Ｆ１ 真杂种
单株群体，检测到重组最小图距为１３．４ｃＭ，表明亲本和群体样本数量上可以满足构建菊苣连锁框架图的需要。
“双拟测交”被认为是解决多倍性异花授粉植物遗传图谱构建的有效方法［２１］，该方法对Ｆ１ 群体作图已经被广泛
应用于异花授粉植物中。与其他作图群体比较，Ｆ１ 群体作图不仅节约时间而且操作简单，也避免了自交不亲和
所造成的阻碍。因此，本研究采用“双假侧交”策略对Ｆ１ 群体进行作图，可视为回交（ＢＣ）群体模型来进行图谱构
建［２２］。
本研究构建了饲用菊苣的父本和母本２张遗传连锁图谱，共包含了７７个基于ＰＣＲ扩增技术的ＳＲＡＰ分子
标记。其中，母本图谱包含１３个连锁群，涉及５８个标记，总图距１４０４．８ｃＭ，虽然上图的标记不多，但与 Ｍａｔｔｅｏ
等［５］构建的连锁图谱的总图距（１４０５ｃＭ）一致，比较接近实际基因组，可以反映出双亲间遗传距离大，差异位点
多。父本图谱仅包含了４个连锁群，总图距４５０．９ｃＭ，远远小于已经构建的菊苣图谱总长度，主要原因可能是因
为父本图谱上图标记太少仅有１９个，因此对整个基因组的覆盖率也较小。此外，父、母本图谱上均存在较大的标
记空隙区，连锁群数目与染色体组的数目不一致，而通常情况下，分子连锁群的数目与相应物种染色体的数目是
一致的。除了上图标记少外，分子标记在染色体上分布的随机性及染色体不同区段交换值的异质性存在也会造
成连锁群上存在较大空隙，严重的则出现小片段的连锁群［２３］。
总的来看，总标记数目相对较少、作图软件的局限性以及作图群体较小是导致本研究所获得的连锁标记不多
图距相对较大的主要原因，当然，数据统计的失误也可能造成标记图位差异的现象［２４］，有待于进一步增加标记数
量，甚至利用不同分子标记特性的互补来减小遗传图谱中的空隙［２５］。
致谢：本试验曾得到兰州大学谢文刚老师和四川农业大学蒋林峰、汪霞、赵欣欣等同学的支持，特此致谢！
犚犲犳犲狉犲狀犮犲狊：
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７５１第５期 梁小玉　等：基于ＳＲＡＰ分子标记构建的菊苣遗传连锁图谱
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８５１ 草　业　学　报 第２４卷